ข้อเสนอแรกสำหรับการเชื่อมต่อทางรถไฟโดยตรงไปยังสนามบิน JFK เกิดขึ้นในช่วงกลางทศวรรษ 1940 เมื่อมีการเสนอเส้นทางรถไฟบนเกาะกลางของทางด่วน Van Wyckซึ่งเชื่อมต่อมิดทาวน์แมนฮัตตัน กับสนามบิน โรเบิร์ต โมเสสกรรมาธิการสวนสาธารณะแห่งนครนิวยอร์กซึ่งในขณะนั้นเป็นนักวางผังเมืองที่มีอิทธิพลในพื้นที่นครนิวยอร์ก ปฏิเสธที่จะพิจารณาแนวคิดนี้^{[ 7 ] [ 8 ] [ 9 ]}ในปี 1968 องค์การขนส่งมวลชนแห่งมหานคร (MTA) เสนอให้ขยายเส้นทางรถไฟลองไอส์แลนด์ (LIRR) ไปยังสนามบิน ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของโครงการปฏิบัติการ (Program for Action) ซึ่งเป็นโครงการขยายการขนส่งที่ทะเยอทะยานสำหรับพื้นที่นครนิวยอร์ก^{[ 8 ] [ 10 ] [ 11 ]}ในที่สุด การเชื่อมต่อทางรถไฟก็ถูกยกเลิกทั้งหมดเนื่องจากวิกฤตการเงินของเมืองนิวยอร์กในปี 1975 ^{[ 12 ]}ข้อเสนออีกข้อหนึ่งที่เสนอโดยหน่วยงานท่าเรือแห่งนิวยอร์กและนิวเจอร์ซีย์ในปี 1987 เรียกร้องให้มีเส้นทางรถไฟเพื่อเชื่อมต่ออาคารผู้โดยสารทั้งหมดของสนามบิน JFK กับศูนย์การขนส่งแห่งใหม่มูลค่า 500 ล้านดอลลาร์^{[ 13 ]}หน่วยงานท่าเรือถอนแผนของตนในปี 1990 หลังจากที่สายการบินคัดค้านว่าไม่สามารถจัดหาเงินทุนสำหรับข้อเสนอดังกล่าวได้^{[ 14 ] [ 15 ]}

ในปี พ.ศ. 2521 MTA เริ่มให้บริการJFK Expressซึ่งเป็นบริการรถไฟใต้ดินนิวยอร์กซิตี้แบบพรีเมียมที่เชื่อมต่อมิดทาวน์แมนฮัตตันกับสถานีฮาวาร์ดบีช-สนามบิน JFK [ ^{8 ] [ 16 ] [ 17 ] เส้นทาง}นี้ให้บริการผู้โดยสารรถไฟใต้ดินไปยังสถานีฮาวาร์ดบีช^{[ 8 ] [ 18 ]}ซึ่งผู้โดยสารจะขึ้นรถบัสรับส่งไปยังสนามบิน^{[ 17 ] [ 19 ]}รถบัสรับส่งจะขนส่งผู้โดยสารระหว่างอาคารผู้โดยสารต่างๆ ภายในพื้นที่อาคารผู้โดยสารกลางของ JFK รวมถึงระหว่างฮาวาร์ดบีชและอาคารผู้โดยสาร^{[ 20 ]}บริการ JFK Express ไม่เป็นที่นิยมในหมู่ผู้โดยสารเนื่องจากมีราคาสูง และเนื่องจากรถบัสมักจะติดอยู่ในสภาพการจราจรติดขัด^{[ 21 ] [ 22 ]}ในที่สุดบริการนี้ก็ถูกยกเลิกในปี พ.ศ. 2533 ^{[ 8 ] [ 21 ]}

ในช่วงทศวรรษ 1990 มีความต้องการเส้นทางเชื่อมต่อโดยตรงระหว่างมิดทาวน์แมนฮัตตันและสนามบิน JFK ซึ่งอยู่ ห่างกัน 15 ไมล์ (24 กม.)โดยทางถนน^{[ 11 ] [ 23 ]}ในขณะนั้น สนามบินมีเพียงทางหลวงสองสายที่ให้บริการ ได้แก่Belt ParkwayและVan Wyck Expressway [ ^{23 ] ใน}ช่วงชั่วโมงเร่งด่วน เวลาเดินทางจาก JFK ไปยังแมนฮัตตันอาจใช้เวลาเฉลี่ยถึง 80 นาทีโดยรถประจำทาง ในช่วงนอกชั่วโมงเร่งด่วนรถแท็กซี่ในนิวยอร์กซิตี้สามารถเดินทางได้ใน 45 นาที ในขณะที่รถประจำทางสามารถเดินทางในระยะทางเดียวกันได้ในหนึ่งชั่วโมง^{[ 11 ]}หน่วยงานการท่าเรือคาดการณ์ถึงการเติบโตทางเศรษฐกิจของพื้นที่นิวยอร์กซิตี้และการจราจรทางอากาศที่เพิ่มขึ้นที่ JFK จึงเริ่มวางแผนสำหรับเส้นทางรถไฟเชื่อมต่อโดยตรงจากสนามบินไปยังแมนฮัตตัน ในปี พ.ศ. 2534 หน่วยงานท่าเรือได้นำค่าธรรมเนียมสิ่งอำนวยความสะดวกสำหรับผู้โดยสาร (PFC) มาใช้ ^{[ 11 ]} ซึ่ง เป็นภาษี 3 ดอลลาร์สำหรับผู้โดยสารทุกคนที่เดินทางออกจาก JFK ^{[ 11 ] [ 15 ]}ซึ่งจะสร้างรายได้ 120 ล้านดอลลาร์ต่อปี^{[ 24 ]} 

ในปี พ.ศ. 2533 MTA เสนอโครงการเชื่อมต่อทางรถไฟมูลค่า 1.6 พันล้านดอลลาร์ไปยัง สนามบิน LaGuardiaและ JFK ซึ่งจะได้รับเงินทุนร่วมกันจากหน่วยงานรัฐบาลกลาง รัฐ และเมือง^{[ 22 ]}เส้นทางรถไฟจะเริ่มต้นที่มิดทาวน์แมนฮัตตัน ข้ามแม่น้ำอีสต์ริเวอร์ไปยังควีนส์ผ่านสะพานควีนส์โบโร [ ^{25 ] โดย}จะเดินทางไปยังสนามบิน LaGuardia จากนั้นจะจอดอีกสองจุดที่สนามกีฬา SheaและJamaicaก่อนที่จะไปยัง JFK ^{[ 22 ] [ 26 ] [ 27 ]}หลังจากที่การท่าเรือพบว่าความต้องการผู้โดยสารอาจไม่คุ้มค่ากับต้นทุนของการเชื่อมต่อทางรถไฟ MTA จึงลดลำดับความสำคัญของโครงการลง^{[ 28 ]}ข้อเสนอนี้ได้รับการสนับสนุนจากผู้ว่าการMario Cuomo ^{[ 15 ]}และประธานเขตควีนส์Claire Shulman ^{[ 21 ] [ 25 ]}กลุ่มสนับสนุนการขนส่งRegional Plan Association (RPA) เรียกแผนนี้ว่า "ผิดพลาด" และผู้อำนวยการบริหารของ East Side Coalition on Airport Access กล่าวว่า "สุดท้ายแล้วเราก็จะมีโครงการที่ไม่เสร็จสมบูรณ์อีกโครงการหนึ่งในเมืองนี้" ^{[ 25 ]}

หน่วยงานท่าเรือเริ่มตรวจสอบแบบแปลนสำหรับเส้นทางรถไฟเชื่อมต่อ JFK ในปี 1992 ^{[ 27 ] [ 24 ]}ในขณะนั้น คาดว่าเส้นทางดังกล่าวจะเปิดให้บริการได้บางส่วนภายในหกปี^{[ 24 ]} ในปี 1994 หน่วยงานท่าเรือได้จัดสรรเงิน 40 ล้านดอลลาร์สำหรับการออกแบบทางวิศวกรรมและการตลาดของเส้นทางใหม่ และจัดทำรายงานการประเมินผลกระทบสิ่งแวดล้อม (EIS) ^{[ 29 ]}งบประมาณของโครงการเพิ่มขึ้นเป็น 2.6 พันล้านดอลลาร์ในปีนั้น^{[ 29 ]}รายงาน EIS ซึ่งจัดทำโดยกรมการขนส่งแห่งรัฐนิวยอร์กและสำนักงานบริหารการบินแห่งสหรัฐอเมริกา (FAA) พบว่าแผนดังกล่าวมีความเป็นไปได้ แม้ว่าโครงการจะได้รับการต่อต้านจากผู้อยู่อาศัยในพื้นที่และกลุ่มผู้สนับสนุน^{[ 30 ]}

โครงการนี้มีกำหนดเริ่มต้นในปี 1996 แต่เกิดข้อพิพาทเกี่ยวกับตำแหน่งที่ตั้งของสถานีปลายทางแมนฮัตตัน หน่วยงานการท่าเรือได้เสนอมุมถนนเลกซิงตันและถนนสาย 59ซึ่ง เป็นจุดที่มีการจราจรหนาแน่น ^{[ 25 ] [ 27 ] [ 29 ]}แม้ว่าผู้อยู่อาศัยในบริเวณใกล้เคียงหลายคนจะคัดค้านสถานีปลายทางแมนฮัตตันอย่างสิ้นเชิง^{[ 31 ]} หน่วยงานการท่าเรือไม่ได้พิจารณาการเชื่อมต่อกับ สถานีแกรนด์เซ็นทรัลหรือสถานีเพนน์ซึ่งมีการใช้งานมากกว่าเนื่องจากว่าการเชื่อมต่อดังกล่าวจะมีค่าใช้จ่ายสูงและซับซ้อนเกินไป^{[ 25 ]}เพื่อชำระค่าใช้จ่ายของโครงการ หน่วยงานการท่าเรือจะเรียกเก็บค่าตั๋วเที่ยวเดียวในราคา 9 ถึง 12 ดอลลาร์^{[ 25 ]}ภายในเดือนกุมภาพันธ์ 1995 ค่าใช้จ่ายของการเชื่อมต่อที่วางแผนไว้ได้เพิ่มขึ้นเป็นมากกว่า 3 พันล้านดอลลาร์ในปีก่อนหน้าเพียงปีเดียว ส่งผลให้หน่วยงานการท่าเรือพิจารณาที่จะลดขนาดแผนการเชื่อมต่อทางรถไฟ แสวงหาเงินทุนจากรัฐบาลกลางและรัฐบาลท้องถิ่น ร่วมมือกับนักลงทุนเอกชน หรือยุติเส้นทางที่สถานีรถไฟใต้ดินควีนส์^{[ 25 ]}ในเดือนถัดมา ฝ่ายบริหารของผู้ว่าการจอร์จ พาตากิได้สั่งให้หน่วยงานท่าเรือจัดทำและสรุปแผนงานแก้ไขสำหรับเส้นทางรถไฟเชื่อม JFK ^{[ 32 ]}

การเชื่อมต่อทางรถไฟโดยตรงระหว่างแมนฮัตตัน สนามบินลาการ์เดีย และสนามบินเจเอฟเค ถูกยกเลิกอย่างสิ้นเชิงในช่วงกลางปี ​​1995 ^{[ 33 ] [ 34 ] [ 35 ]}แผนดังกล่าวไม่ได้รับความนิยมทางการเมือง เนื่องจากจะต้องเพิ่มค่าผ่านทางและ ค่าโดยสารรถไฟ PATHเพื่อจ่ายค่าเชื่อมต่อใหม่^{[ 34 ]}นอกจากนี้ภาวะเศรษฐกิจถดถอยในช่วงทศวรรษ 1990หมายความว่ามีโอกาสน้อยมากที่การท่าเรือจะสามารถจัดหาเงินทุนสำหรับราคาที่สูงขึ้นของโครงการได้^{[ 34 ] [ 36 ]}หลังจากการยกเลิก แผนการเชื่อมต่อสนามบินเจเอฟเคจึงลดขนาดลงเหลือเพียงรถไฟโมโนเรลหรือรถไฟขนส่งผู้โดยสาร ระยะ ทาง 7.5 ไมล์ (12.1 กม.)ซึ่งจะวิ่งระหว่างหาดฮาวาร์ดและอาคารผู้โดยสารของสนามบินเจเอฟเค^{[ 21 ]}ในตอนแรก การท่าเรือเสนอให้สร้างรถไฟโมโนเรลมูลค่า 827 ล้านดอลลาร์ คล้ายกับAirTrain Newarkที่สนามบินนิวอาร์กซึ่งจะเปิดให้บริการในปีถัดไป^{[ 37 ]}ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2538 FAA ได้อนุมัติคำขอของหน่วยงานท่าเรือให้ใช้เงินทุน PFC สำหรับแผนรถไฟโมโนเรล^{[ 36 ]} (หน่วยงานได้รวบรวมเงินไปแล้ว 114 ล้านดอลลาร์ และวางแผนที่จะรวบรวมอีก 325 ล้านดอลลาร์) ^{[ 35 ]}หลังจากที่รถไฟโมโนเรลได้รับการอนุมัติ หน่วยงานท่าเรือหวังว่าจะเริ่มการก่อสร้างในปี พ.ศ. 2540 และเปิดให้บริการในปี พ.ศ. 2545 ^{[ 35 ] [ 36 ]} 

หน่วยงานท่าเรือลงมติให้ดำเนินการระบบที่ลดขนาดลงในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2539 ^{[ 33 ] [ 38 ]}และในขณะเดียวกันก็จัดสรรเงิน 25 ล้านดอลลาร์สหรัฐสำหรับการวางแผนและวิศวกรรม^{[ 39 ]} FAA ได้อนุญาตให้หน่วยงานท่าเรือเก็บเงินทุน PFC สำหรับสาขา Howard Beach และส่วนอาคารผู้โดยสารแล้ว แต่ไม่ใช่สำหรับสาขาไปยัง Jamaica ^{[ 32 ]}รายงานการประเมินผลกระทบสิ่งแวดล้อมฉบับสุดท้าย (FEIS) ของหน่วยงานท่าเรือสำหรับระบบขนส่งผู้โดยสาร JFK ซึ่งเผยแพร่ในปี พ.ศ. 2540 ได้ตรวจสอบความเป็นไปได้แปดประการ^{[ 40 ]}ในที่สุด หน่วยงานท่าเรือเลือกใช้ ระบบ รถไฟรางเบาที่มีคุณสมบัติของระบบขนส่งผู้โดยสาร ซึ่งเรียกอย่างไม่เป็นทางการว่า ระบบรถไฟรางเบา JFK ^{[ 41 ]}ระบบนี้จะมาแทนที่รถบัสรับส่งและวิ่งไปยัง Jamaica และ Howard Beach ^{[ 33 ] [ 4 ]} FEIS ระบุว่าระบบอัตโนมัติที่มีช่วงเวลาการเดินรถ ถี่ๆ เป็นแบบที่ดีที่สุด^{[ 42 ] [ 43 ] [ 44 ]}แม้ว่าจะไม่มีการเชื่อมต่อโดยตรงกับแมนฮัตตัน แต่การท่าเรือประเมินว่าจะช่วยลดเวลาเดินทางระหว่าง JFK และมิดทาวน์ลงครึ่งหนึ่ง โดยการเดินทางระหว่าง JFK และสถานีเพนน์จะใช้เวลาหนึ่งชั่วโมง^{[ 33 ]}หนังสือพิมพ์นิวยอร์กไทมส์เขียนว่าข้อเสนอแนะก่อนหน้านี้ 21 ข้อสำหรับการเชื่อมต่อทางรถไฟโดยตรงไปยังสนามบินในพื้นที่นิวยอร์กถูกยกเลิกในช่วง 30 ปีที่ผ่านมา^{[ 33 ] [ 43 ]}ในขณะที่Engineering News-Recordกล่าวว่าข้อเสนอดังกล่าว 22 ข้อล้มเหลว^{[ 45 ]}

ระบบขนส่งผู้โดยสารเป็นหนึ่งในโครงการสำคัญหลายโครงการที่เสนอที่สนามบิน JFK ในช่วงปลายทศวรรษ 1990 ^{[ 46 ] [ 47 ]} Pataki สนับสนุนแผนระบบขนส่งผู้โดยสารที่ปรับปรุงใหม่ แต่ Rudy Giuliani นายกเทศมนตรีเมืองนิวยอร์กกล่าวว่าเมืองจะต้องสนับสนุนเงิน 300 ล้านดอลลาร์ และเนื่องจากไม่ใช่เส้นทางรถไฟเชื่อมต่อโดยตรงจากแมนฮัตตัน จึงจะไม่คุ้มค่าเพราะต้องมีการเปลี่ยนเส้นทางจากจาเมกา^{[ 48 ]}เดิมทีการท่าเรือวางแผนที่จะให้ทุนสนับสนุนโครงการโดยใช้ค่าธรรมเนียม PFC 1.2 พันล้านดอลลาร์และรายได้ค่าเช่า 300 ล้านดอลลาร์^{[ 43 ] [ 49 ]} Giuliani ต้องการให้การท่าเรือศึกษาการขยาย ทางรถไฟ ยกระดับ Astoriaไปยังสนามบิน LaGuardia รวมถึงทำให้ระบบรถไฟรางเบาเข้ากันได้กับรถไฟใต้ดินหรือ LIRR เพื่อให้สามารถใช้งานร่วมกันได้ในอนาคต^{[ 50 ]}ภายในเดือนมีนาคม 1997 มีบริษัท 5 แห่งแสดงความสนใจที่จะสร้างระบบนี้^{[ 50 ] [ 51 ]}เดือนถัดมา Pataki ตกลงที่จะให้เงิน 100 ล้านดอลลาร์เพื่อศึกษาเส้นทางรถไฟเชื่อมไปยัง LaGuardia โดยแลกเปลี่ยนกับการที่ Giuliani และ Shulman ตกลงที่จะไม่คัดค้านเส้นทางเชื่อมไปยัง JFK หน่วยงานท่าเรือไม่เต็มใจที่จะอนุมัติเงินมากกว่า 5 ล้านดอลลาร์สำหรับการศึกษา LaGuardia ^{[ 52 ]}

การคัดค้านอย่างต่อเนื่องของ Giuliani ต่อระบบดังกล่าวทำให้โครงการล่าช้า และหากการก่อสร้างไม่เริ่มต้นภายในเดือนตุลาคม โครงการอาจสูญเสียเงินทุนของรัฐบาลกลางมูลค่า 100 ล้านดอลลาร์^{[ 49 ]} Giuliani เห็นด้วยกับแผนในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2540 เมื่อรัฐตกลงที่จะชดเชยให้กับเมืองสำหรับส่วนแบ่งค่าใช้จ่ายของระบบ^{[ 43 ] [ 53 ]}ในส่วนหนึ่งของข้อตกลง รัฐจะทำการศึกษาเกี่ยวกับการเชื่อมต่อทางรถไฟที่คล้ายกันไปยังสนามบิน LaGuardia ด้วย^{[ 53 ]}ในเวลานั้น หน่วยงานท่าเรือได้รวบรวมเงินทุน PFC ได้ 441 ล้านดอลลาร์^{[ 54 ]}ภาพร่างของระบบขนส่งผู้โดยสารที่เสนอถูกนำเสนอต่อผู้อยู่อาศัยในควีนส์ตอนใต้ในเดือนพฤศจิกายนนั้น^{[ 55 ]}การตอบรับจากสาธารณชนนั้นหลากหลาย ผู้นำชุมชนคนหนึ่งในจาเมกาเชื่อมั่นว่าระบบขนส่งผู้โดยสารจะกระตุ้นการพัฒนาในละแวกนั้น^{[ 56 ]}และผู้สนับสนุนคนอื่นๆ กล่าวว่าจะเป็นประโยชน์ต่อธุรกิจและบรรเทาปัญหาการจราจรบนทางด่วน Van Wyck ในระยะยาว^{[ 57 ]} On the other hand, two community boards and several civic groups claimed the people mover would worsen traffic, ^{[ 57 ]} and local newspaper Newsday criticized the proposal as being ineffective without a direct link to Manhattan, citing the failure of the JFK Express. ^{[ 58 ]}

หน่วยงานท่าเรือสามารถใช้เงินทุนจากค่าธรรมเนียมสิ่งอำนวยความสะดวกสำหรับผู้โดยสารได้เฉพาะในการปรับปรุงที่ให้ประโยชน์แก่ผู้โดยสารสนามบินเท่านั้น ส่งผลให้มีการอนุมัติและสร้างเฉพาะส่วนที่เชื่อมระหว่างจาเมกาและฮาวาร์ดบีชกับสนามบิน JFK เท่านั้น เนื่องจากคาดว่าผู้เดินทางจากสนามบินจะเป็นผู้ใช้ระบบนี้เพียงกลุ่มเดียว^{[ 42 ]}รัฐบาลกลางอนุมัติการใช้เงินทุน PFC สำหรับระบบรถไฟฟ้ารางเบาใหม่ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2541 ^{[ 59 ] [ 60 ]}เงินทุน PFC ไม่สามารถนำมาใช้จ่ายได้มากถึง 200 ล้านดอลลาร์สหรัฐฯ เนื่องจากตามที่ FAA ระบุ เงินภาษีไม่สามารถนำมาใช้จ่ายสำหรับค่าใช้จ่ายเพิ่มเติม เช่น ค่าเก็บรักษา ค่าบำรุงรักษา ค่าใช้จ่ายในการดำเนินงาน และค่าเก็บค่าโดยสาร^{[ 60 ]}สมาคมการขนส่งทางอากาศแห่งอเมริกา (ATA) ซึ่งโต้แย้งว่าเงินทุน PFC สามารถใช้ได้เฉพาะกับโครงการภายในสนามบินเท่านั้น ได้ฟ้องร้อง FAA ในเดือนถัดมา โดยกล่าวว่าโครงการรถไฟฟ้ารางเบาใช้เงินทุนอย่างผิดกฎหมาย^{[ 61 ]}

หน่วยงานท่าเรือได้มอบสัญญาออกแบบ-ก่อสร้าง-ดำเนินการ-บำรุงรักษามูลค่า 930 ล้านดอลลาร์สหรัฐในเดือนเมษายน พ.ศ. 2541 ^{[ 61 ] [ 62 ]}ให้กับ AirRail Transit Consortium ซึ่งเป็นกลุ่มที่ประกอบด้วยSlattery Skanska , Bombardier Transportation , STV Inc. , Perini Corporationและที่ปรึกษาจำนวนมาก^{[ 45 ] [ 63 ]} Giuliani ซึ่งไม่ต้องการให้เมืองจ่ายส่วนต่างต้นทุนของโครงการ 200 ล้านดอลลาร์สหรัฐ กล่าวว่าเขาจะไม่ยอมให้เริ่มการก่อสร้างเว้นแต่ข้อพิพาทเรื่องเงินทุนจะได้รับการแก้ไข^{[ 62 ] [ 63 ]}การก่อสร้างระบบเริ่มขึ้นในที่สุดในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2541 ^{[ 64 ] [ 65 ]}และมีการวางศิลาฤกษ์อย่างเป็นทางการในวันที่ 16 กันยายน พ.ศ. 2541 ^{[ 9 ] [ 66 ] [ 67 ]}ในช่วงต้นปี พ.ศ. 2542 ระบบนี้เป็นที่รู้จักในชื่อ AirTrain ^{[ 68 ]}

เส้นทางส่วนใหญ่จะวิ่งไปตามทางสัญจร ที่มีอยู่แล้ว แต่ทรัพย์สินเชิงพาณิชย์สามแห่งถูกยึดและรื้อถอนเพื่อสร้างทางสำหรับเส้นทาง^{[ 69 ]}สมาชิกของคณะกรรมการวางแผนเมืองนิวยอร์กอนุมัติการเวนคืนอาคารหลายแห่งตามเส้นทางในเดือนพฤษภาคม 1999 แต่แสดงความกังวลเกี่ยวกับราคาตั๋วที่คาดว่าจะสูง ความต้องการของผู้โดยสาร และการเปลี่ยนรถที่ยุ่งยากที่จาเมกา^{[ 70 ] [ 71 ]}ก่อนที่การก่อสร้างครั้งใหญ่จะเริ่มต้นได้สภาเมืองนิวยอร์กต้องลงคะแนนเสียงว่าจะอนุมัติโครงการหรือไม่ และทั้งผู้สนับสนุนและผู้ต่อต้าน AirTrain ต่างก็ล็อบบี้สภาเมืองอย่างหนัก^{[ 72 ]}แม้ว่าประธานสภาเมือง ปีเตอร์ วัลโลนจะวางตัวเป็นกลางต่อโครงการนี้^{[ 73 ]} แต่ สำนักงานของเขาเองได้เผยแพร่การศึกษาในช่วงต้นปี 1999 ซึ่งวิพากษ์วิจารณ์ AirTrain ที่ขาดการเข้าถึงแมนฮัตตันโดยตรง และคาดการณ์ว่าจะช่วยเศรษฐกิจท้องถิ่นได้เพียงเล็กน้อย^{[ 72 ] [ 74 ]} เพื่อดึงดูดการสนับสนุนในท้องถิ่น หน่วยงานท่าเรือเสนอที่จะจ่ายเงินสำหรับโครงการอื่นๆ ในละแวกใกล้เคียง เช่น สวนสาธารณะริมน้ำ^{[ 75 ]}สภาอนุมัติแอร์เทรนในเดือนมิถุนายนนั้นด้วยคะแนนเสียง 47 ต่อ 3 ^{[ 76 ]}แม้ว่าสมาชิกสภาหลายคนจะมีข้อสงสัยเกี่ยวกับแอร์เทรนก็ตาม^{[ 77 ]}

ระบบส่วนใหญ่ถูกสร้างขึ้นทีละช่วง โดยใช้เครนที่ติดตั้งบนโครงสร้างชั่วคราวซึ่งสร้างช่วงใหม่เมื่อดำเนินการไปตามแนวโครงสร้าง หลายส่วนถูกสร้างขึ้นโดยใช้ การออกแบบ คานยื่น สมดุล โดยที่ช่วงสองช่วงแยกกันเชื่อมต่อกันโดยใช้วิธีการทีละช่วง^{[ 78 ]}ตำแหน่งของสาขาจาเมกาที่อยู่เหนือเกาะกลางของทางด่วนแวนไวค์ที่พลุกพล่าน ประกอบกับความยาวและความโค้งที่แตกต่างกันของช่วงราง ทำให้เกิดความซับซ้อนระหว่างการก่อสร้าง^{[ 65 ]}ต้องปิดเลนหนึ่งของแวนไวค์ในแต่ละทิศทางในช่วงนอกเวลาเร่งด่วน ทำให้เกิดการจราจรติดขัด^{[ 45 ] [ 65 ]}หน่วยงานท่าเรือยังได้ติดตั้งทางเท้าใหม่ ปลูกต้นไม้ และรั้วตามแนวแวนไวค์ด้วย^{[ 75 ] [ 79 ]}เมื่อสิ้นปีพ.ศ. 2542 เสาในบริเวณเกาะกลางถนนของแวน ไวค์กำลังถูกสร้างขึ้น^{[ 80 ]}และสะพานลอยครึ่งหนึ่งได้ถูกสร้างขึ้นแล้ว แม้ว่าในขณะนั้นระบบจะเสร็จสมบูรณ์เพียงร้อยละสิบห้าก็ตาม^{[ 81 ]}

โครงการนี้ยังรวมถึงอุโมงค์มูลค่า 80 ล้านดอลลาร์ภายในสนามบิน ซึ่งสร้างโดยใช้วิธีการขุดและกลบ^{[ 82 ]}อุโมงค์เหล่านี้เป็นหนึ่งในสัญญาแรกๆ ที่ได้รับมอบหมาย^{[ 45 ]}คนงานสองกะขุดร่องลึก25 ฟุต (7.6 เมตร) กว้าง 100 ฟุต (30 เมตร)และยาว1,000 ฟุต (300 เมตร) ระดับน้ำใต้ดินตื้นเพียง5 ฟุต (1.5 เมตร)ใต้พื้นผิว ดังนั้นผู้รับเหมาจึงสูบน้ำออกจากร่องระหว่างการก่อสร้าง สำหรับการกันซึม บริษัทรับเหมาช่วง Trevi-Icos Inc. เทปูนยา แนวรูปตัวยู กว้าง80 ฟุต (24 เมตร) และ ลึกระหว่าง50 ถึง 90 ฟุต (15 ถึง 27 เมตร) ^{[ 82 ]}      

โครงการนี้เป็นที่ถกเถียงกันตั้งแต่เริ่มต้น แม้ว่านักการเมืองท้องถิ่น ผู้นำชุมชน และอุตสาหกรรมการก่อสร้างที่มีอำนาจทางการเมืองหลายคนจะสนับสนุน AirTrain แต่ก็ต้องเผชิญกับการต่อต้านจาก ATA และผู้อยู่อาศัยในท้องถิ่น^{[ 72 ]}ผู้นำชุมชนสนับสนุนโครงการนี้เนื่องจากเชื่อมต่อกับสถานี Jamaica และ Howard Beach ^{[ 70 ]}ผู้สนับสนุน รวมถึงอดีตสมาชิกสภาคองเกรสสหรัฐฯFloyd Flakeและ Greater Jamaica Development Corporation อ้างว่าระบบนี้จะดึงดูดธุรกิจมายังใจกลางเมือง Jamaica และสร้างงาน^{[ 83 ]}คณะกรรมการชุมชนควีนส์10 , 12และ13ลงคะแนนเสียงให้คำแนะนำเพื่อสนับสนุนโครงการนี้^{[ 84 ]}

กลุ่มพลเมืองเกือบทั้งหมดตามเส้นทางของสายจาเมกาต่างคัดค้านเนื่องจากกังวลเกี่ยวกับความรำคาญ เสียงดัง และการจราจร^{[ 70 ] [ 83 ]}ผู้คัดค้านอ้างว่าระบบไม่ได้ผ่านกระบวนการตรวจสอบการใช้ที่ดินแบบเดียวกัน^{[ 66 ]}และองค์กรท้องถิ่นมากกว่า 90 แห่งต้องการให้ FAA อนุญาตให้ประชาชนหารือเกี่ยวกับค่าธรรมเนียม PFC ^{[ 85 ]}ผู้อยู่อาศัยในBriarwoodซึ่งเป็นย่านที่ไม่ได้อยู่ใกล้กับ AirTrain ก็คัดค้านโครงการนี้เช่นกัน เพราะพวกเขากลัวว่าสายจาเมกาจะขยายไปยัง LaGuardia ^{[ 68 ]}มีการประท้วงต่อต้านโครงการนี้หลายครั้ง เช่น ในปี 2000 เมื่อเครนเกิดไฟไหม้ซึ่งต้องสงสัยว่าเป็นการวางเพลิง[ 86 ^{]เจ้าของบ้าน}เชื่อว่าสะพานลอยคอนกรีตจะทำให้มูลค่าบ้านของพวกเขาลดลง^{[ 87 ] [ 65 ] [ 88 ]}และผู้อยู่อาศัยบางรายรายงานว่าการสั่นสะเทือนจากการก่อสร้างทำให้บ้านของพวกเขาสั่นและแตก^{[ 87 ]}ผู้อยู่อาศัยยังมีความกังวลเกี่ยวกับเสียงรบกวนที่โครงสร้างสูงจะก่อให้เกิด^{[ 21 ]}จากการศึกษาในปี 2012 พบว่าข้อร้องเรียนของผู้อยู่อาศัยส่วนใหญ่เกิดจาก "การละเมิดที่ก่อความรำคาญ" ^{[ 65 ]}

จากกรณีฟ้องร้องของ ATA ในปี 1998 หน่วยงานท่าเรือขู่ว่าจะระงับการพัฒนาอาคารผู้โดยสารใหม่สำหรับสายการบินอเมริกันแอร์ไลน์ (หนึ่งในสมาชิกหลักของ ATA) ที่สนามบิน JFK เว้นแต่ว่าอเมริกันแอร์ไลน์จะยกเลิกการคัดค้านระบบดังกล่าว^{[ 89 ]} ATA ยื่นฟ้องต่อศาลรัฐบาลกลางในเดือนมกราคม 1999 ^{[ 90 ]}โดยกล่าวหาว่ามีการใช้เงินทุน PFC ในทางที่ผิด^{[ 88 ]}ในเดือนมีนาคม ผู้พิพากษาของรัฐบาลกลางได้เพิกถอนการอนุมัติโครงการ เนื่องจาก FAA ได้รวบรวมและตรวจสอบความคิดเห็นสาธารณะหลังจากหมดกำหนดเวลาแสดงความคิดเห็นสาธารณะแล้ว แต่พบว่าเงินทุน PFC ไม่ได้ถูกนำไปใช้ในทางที่ผิด^{[ 90 ] [ 91 ]}นอกจากนี้ ผู้พิพากษายังพบว่าหน่วยงานท่าเรือและ FAA ได้กีดกัน ATA ออกจากการหารือ^{[ 45 ]} FAA เปิดคำขอความคิดเห็นสาธารณะครั้งที่สอง^{[ 92 ]}และอนุมัติโครงการเป็นครั้งที่สองในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2542 ^{[ 91 ]} ATA และกลุ่มสนับสนุนในท้องถิ่นสองกลุ่มได้ยื่นอุทธรณ์การตัดสินใจเรื่องเงินทุนในช่วงปลายปี พ.ศ. 2542 ^{[ 93 ]} กลุ่มสนับสนุนได้ยื่นฟ้องคดีรัฐบาลกลางครั้งที่สองในปี พ.ศ. 2543 โดยอ้างว่า FEIS มีข้อความที่ทำให้เข้าใจผิดเกี่ยวกับผลกระทบของโครงสร้างยกระดับต่อย่านทางตอนใต้ของควีนส์^{[ 94 ] [ 95 ]} ATA ถอนตัวจากการฟ้องร้อง แต่กลุ่มสนับสนุนกลุ่มหนึ่งดำเนินการอุทธรณ์ต่อไปและแพ้คดี^{[ 96 ] [ 97 ]}

หน่วยงานท่าเรือยังได้ว่าจ้างเจ้าหน้าที่ประสานงานชุมชนในปี 1998 เพื่อรับฟังข้อกังวลของผู้อยู่อาศัยในท้องถิ่น^{[ 98 ]}ในช่วงสองปีถัดมา เจ้าหน้าที่ประสานงานได้รับโทรศัพท์ 400 สายที่เรียกร้องค่าเสียหายหรือร้องเรียนเกี่ยวกับการสั่นสะเทือนและการก่อสร้าง^{[ 99 ]}เพื่อตอบสนองต่อข้อร้องเรียน หน่วยงานท่าเรือได้กำหนดกฎเกณฑ์ที่เข้มงวดเกี่ยวกับการก่อสร้างที่ก่อให้เกิดความรบกวนหรือเสียงดัง รวมถึงการนำกระบวนการเรียกร้องค่าเสียหายที่รวดเร็วมาใช้เพื่อชดเชยเจ้าของบ้าน^{[ 100 ]}จนถึงปี 2002 มีการร้องเรียนเรื่องความรำคาญจากการก่อสร้าง AirTrain จำนวน 550 ครั้ง ซึ่ง 98  เปอร์เซ็นต์ได้รับการแก้ไขภายในเดือนเมษายนของปีนั้น^{[ 101 ]}ในทางตรงกันข้าม เขตชุมชนควีนส์ 12 ซึ่งรวมถึงย่านเซาท์จาไมก้าตามเส้นทางของ AirTrain มีการร้องเรียนเกี่ยวกับการก่อสร้างน้อยมาก^{[ 102 ]}

เว็บไซต์สำหรับโครงการนี้เปิดตัวในเดือนเมษายน พ.ศ. 2543 ^{[ 103 ]}การตอกเสาเข็มสำหรับเสายกระดับเกือบเสร็จสมบูรณ์ในช่วงปลายปี พ.ศ. 2543 ^{[ 99 ] [ 104 ]}เมื่อเสาของระบบสองในสามได้รับการติดตั้งแล้ว^{[ 96 ]}รัฐสภาสหรัฐอเมริกาได้จัดสรรเงินเกือบ 2 ล้านดอลลาร์สหรัฐในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2543 สำหรับโครงการนำทาง การตลาด และการเข้าถึง รวมถึงการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับ AirTrain ^{[ 105 ]}ระบบพร้อมสำหรับการทดสอบรถไฟขบวนแรกภายในสิ้นปี^{[ 94 ]} และรถ AirTrain สองคันถูกส่งมอบและทดสอบหลังจากราง นำทางของระบบเสร็จสมบูรณ์ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2544 ^{[ 102 ] [ 106 ]}ในเวลานั้น คนงานได้สร้างเสาสำหรับรางนำทางในบริเวณเกาะกลางของทางด่วนแวนไวค์เสร็จสมบูรณ์แล้ว 140 ต้น^{[ 106 ]}รางนำทางเองก็เสร็จสมบูรณ์ในเดือนสิงหาคมนั้น^{[ 107 ]}แม้ว่าการท่าเรือจะวางแผนที่จะมอบสัญญา 17% สำหรับระยะแรกของการก่อสร้างแอร์เทรนให้กับวิสาหกิจที่เป็นเจ้าของโดยชนกลุ่มน้อยและสตรี (MWBEs) แต่ภายในกลางปี ​​2544 มีการมอบสัญญาให้กับ MWBEs เพียง 8.6% เท่านั้น^{[ 108 ]}หลังจากการประท้วงเล็กๆ น้อยๆ โดยกลุ่มคนงานชนกลุ่มน้อยกลุ่มหนึ่ง การท่าเรือจึงตกลงที่จะว่าจ้างที่ปรึกษา^{[ 109 ]}และจัดตั้งคณะกรรมการเพื่อกำกับดูแลการมอบสัญญา^{[ 110 ]}แม้จะ เกิด เหตุการณ์โจมตี 11 กันยายนในปลายปีเดียวกันนั้น งานในโครงการก็ไม่ได้หยุดชะงัก^{[ 111 ]}

ในส่วนหนึ่งของการก่อสร้าง AirTrain มีการประกาศการปรับปรุงสถานีรถไฟ LIRR จาเมกาในปี 2000 ^{[ 112 ]}การปรับปรุงสถานี Howard Beach มูลค่า 75 ล้านดอลลาร์เสร็จสมบูรณ์ในเดือนพฤษภาคม 2001 ^{[ 113 ]}โดยมีการเปลี่ยนเส้นทางไปยังและจาก AirTrain ที่สอดคล้องกับมาตรฐาน ADA ^{[ 114 ]}ในเดือนเดียวกันนั้น งานปรับปรุงสถานีจาเมกาได้เริ่มต้นขึ้น ซึ่งรวมถึงการสร้างทางเดินเชื่อมต่อไปยัง AirTrain ^{[ 113 ] [ 114 ]}หน่วยงานท่าเรือวางแผนที่จะใช้เงิน 326 ล้านดอลลาร์สำหรับอาคารผู้โดยสาร AirTrain และงานบางส่วนในสถานีรถไฟ LIRR ที่จาเมกา^{[ 115 ]}แม้ว่าการฟื้นฟูสถานีจาเมกาเดิมทีควรจะเสร็จสิ้นภายในปี 2005 ^{[ 101 ]}แต่ก็ไม่เสร็จสมบูรณ์จนกระทั่งเดือนกันยายน 2006 ^{[ 116 ]}

เดิมทีมีการวางแผนจะเริ่มให้บริการในสาย Howard Beach ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2545 ^{[ 64 ] [ 101 ]}ตามด้วยสาย Jamaica ในปี พ.ศ. 2546 ^{[ 117 ] [ 118 ]}แต่การเปิดให้บริการล่าช้าออกไปเนื่องจากเกิดเหตุการณ์ระหว่างการทดสอบ^{[ 119 ]}ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2545 พนักงาน 3 คนได้รับบาดเจ็บจากอุบัติเหตุรถไฟ AirTrain ตกราง^{[ 119 ]}ในเดือนถัดมา รางนำทาง สถานีและสถานีย่อยส่วนใหญ่ และขบวนรถไฟก็เสร็จสมบูรณ์ และรถไฟทดสอบก็วิ่งบนระบบ^{[ 118 ]}พนักงานของ Bombardier ชื่อ Kelvin DeBourgh กำลังขับรถไฟทดสอบที่มีบล็อกหินบัลลาสต์คอนกรีตเมื่อรถไฟของเขาตกรางในเดือนกันยายน พ.ศ. 2545 ทำให้บล็อกเอียงไปข้างหน้าและทำให้เขาเสียชีวิต^{[ 120 ] [ 121 ]}การเสียชีวิตของเดอบอร์กทำให้คณะกรรมการความปลอดภัยด้านการขนส่งแห่งชาติ (NTSB) ทำการสอบสวน ^{[ 122 ] [ 123 ]}ซึ่งพบว่ารถไฟวิ่งเร็วเกินไปบนทางโค้ง^{[ 124 ] [ 125 ]}โดยเฉพาะอย่างยิ่ง รถไฟวิ่งเร็วถึง55 ไมล์ต่อชั่วโมง (89 กิโลเมตรต่อชั่วโมง)บนรางรถไฟช่วงหนึ่งที่ควรจะวิ่งด้วยความเร็ว25 ไมล์ต่อชั่วโมง (40 กิโลเมตรต่อชั่วโมง) [ ^{126 ] [ 127 ] การ}สอบสวนเพิ่มเติมพบว่าหัวหน้างานของเดอบอร์กไม่ได้ฝึกอบรมเขาอย่างถูกต้อง^{[ 128 ] [ 129 ]}    

การเปิดทำการถูกเลื่อนออกไปอย่างไม่มีกำหนด เนื่องจากเจ้าหน้าที่กำลังตรวจสอบสาเหตุของการตกรางที่ทำให้เดอบอร์กเสียชีวิต^{[ 127 ] [ 130 ]}ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2546 หน่วยงานท่าเรือประกาศว่าระบบสามารถเปิดทำการได้ในเดือนมิถุนายน^{[ 131 ]}แม้ว่าการเปิดทำการจะถูกเลื่อนออกไปอีก^{[ 80 ]}งานก่อสร้างสถานียังคงดำเนินต่อไปตลอดช่วงต้นปี พ.ศ. 2546 ^{[ 132 ] [ 133 ]}และหน่วยงานท่าเรือได้กลับมาทดสอบระบบอีกครั้งในเดือนเมษายน หลังจากที่คณะกรรมการความปลอดภัยภายในพบว่าการเสียชีวิตของเดอบอร์กไม่ได้เกิดจากการออกแบบของระบบ^{[ 128 ] [ 132 ]}ครอบครัวของเดอบอร์กฟ้องร้องหน่วยงานท่าเรือและบอมบาร์เดียร์ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2546 ขณะที่สถานีปลายทางจาเมกาแห่งใหม่กำลังเปิดตัว^{[ 134 ] [ 135 ]}ในขณะนั้น ระบบมีแผนจะเปิดทำการภายในสิ้นปี^{[ 136 ]}กลุ่มบริษัท AirRail Transit Consortium กล่าวในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2546 ว่าจะเปิดให้บริการระบบทั้งหมดในปลายเดือนนั้น^{[ 137 ]}แต่ต่อมาได้เลื่อนวันดังกล่าวออกไปเป็นวันที่ 17 ธันวาคม^{[ 138 ] [ 139 ]}วันหลังนี้ถูกเลือกเพื่อเป็นการฉลองครบรอบ 100 ปีของ การบินครั้งแรก ของเครื่องบิน Wright Flyerรวมทั้งเพื่อรองรับปริมาณการจราจรทางอากาศที่เพิ่มขึ้นในช่วงเทศกาลคริสต์มาสและวันหยุด^{[ 138 ]}

มีการพัฒนาโครงการหลายโครงการในจาเมกาเพื่อเตรียมพร้อมสำหรับการเปิดระบบ^{[ 155 ] [ 156 ]}และผู้นำชุมชนท้องถิ่นหวังว่าระบบนี้จะช่วยฟื้นฟูย่านใจกลางเมืองจาเมกา^{[ 157 ] [ 158 ]}ศูนย์การค้า Jamaica Center Mall, อาคาร Joseph P. Addabbo Federal Building, ศาลแพ่ง และ ห้องปฏิบัติการและสำนักงานของสำนักงานคณะ กรรมการอาหารและยา ล้วน ถูกสร้างขึ้นในช่วงห้าปีก่อนที่ AirTrain จะเปิดให้บริการ^{[ 155 ]}ตั้งแต่ปี 2000 ผู้นำท้องถิ่นได้จินตนาการถึงโรงแรม สำนักงาน และที่จอดรถรอบสถานี AirTrain ในจาเมกา^{[ 158 ]}บริษัทพัฒนาอสังหาริมทรัพย์แห่งหนึ่งเริ่มก่อสร้าง อาคารสำนักงาน ขนาด 300,000 ตารางฟุต (28,000 ตารางเมตร)ในพื้นที่ดังกล่าวในปี 2001 ^{[ 159 ] โครงการ}อีกโครงการหนึ่งคือโรงแรม 250 ห้องเหนือสถานี AirTrain ^{[ 160 ] [ 161 ]}ถูกเลื่อนออกไปหลังจากการโจมตีเมื่อวันที่ 11 กันยายน^{[ 162 ]}ในช่วงกลางปี ​​2546 มีการวางแผนสร้างอาคาร 16 ชั้นพื้นที่500,000 ตารางฟุต (46,000 ตารางเมตร^{) บนถนนซัตฟิน บูเลอวาร์ด ตรงข้ามสถานีจาไมกา [ 155 ]}โครงสร้างนี้เป็นอาคารหลังแรกในโครงการพัฒนาแบบผสมผสานที่ มี พื้นที่4,500,000 ตารางฟุต (420,000 ตารางเมตร^{) [ 163 ] [ 164 ]}   

หลังจากที่ AirTrain JFK เริ่มดำเนินการ จาเมกาได้เห็นการเติบโตอย่างรวดเร็วในด้านการค้า^{[ 162 ]}และโดยเฉพาะอย่างยิ่งพื้นที่รอบๆ Sutphin Boulevard คาดว่าจะดึงดูดกิจกรรมทางธุรกิจมากขึ้น^{[ 165 ]}โรงภาพยนตร์ 15 จอเปิดให้บริการในพื้นที่เมื่อต้นปี 2547 และนักพัฒนาอสังหาริมทรัพย์ยังวางแผนที่จะสร้างอาคาร 13 ชั้นในพื้นที่ ดังกล่าว ^{[ 162 ]}ในปี 2547 เมืองได้เสนอให้เปลี่ยนเขตการใช้ที่ดินของจาเมกา 40 บล็อก ซึ่งอยู่รอบสถานี AirTrain ให้เป็นพื้นที่เชิงพาณิชย์ ตามข้อมูลของ RPA การเปลี่ยนเขตการใช้ที่ดินเป็นส่วนหนึ่งของข้อเสนอในการปรับภาพลักษณ์ของจาเมกาให้เป็น "ศูนย์กลางระดับภูมิภาค" เนื่องจากพื้นที่ดังกล่าวมีการใช้งานสูงในฐานะศูนย์กลางการขนส่ง ในช่วงวันธรรมดาโดยเฉลี่ย มีผู้โดยสาร LIRR 100,000 คน และผู้โดยสารรถไฟใต้ดิน 53,000 คน เดินทางไปหรือมาจากจาเมกา และ Port Authority ได้ประมาณการว่า AirTrain JFK จะขนส่งผู้โดยสาร 12.4 ล้านคนต่อปี^{[ 162 ]}พื้นที่ดังกล่าวได้รับการกำหนดเขตใหม่ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2550 และโครงการพัฒนาแรกที่เสนอในพื้นที่ที่กำหนดเขตใหม่ ซึ่งเป็นอาคารตลาดและโชว์รูมสินค้าสูง 13 ชั้น ได้รับการประกาศในเดือนถัดมา^{[ 166 ]}

นักข่าวของนิวยอร์กไทมส์เขียนว่า การปรากฏตัวของผู้โดยสาร AirTrain JFK เป็นปัจจัยหนึ่งในการพัฒนาพื้นที่ใจกลางเมืองจาไมก้า ซึ่งภายในปี 2011 มีโรงแรมราคาประหยัด 3 แห่งสร้างขึ้นใกล้สถานีจาไมก้า^{[ 167 ]}พื้นที่ทางตะวันตกของสถานีจาไมก้ายังไม่ได้รับการพัฒนามากนัก ดังนั้นผู้เดินทางจำนวนมากจึงเลือกที่จะเปลี่ยนไปใช้รถไฟ LIRR หรือรถไฟใต้ดินในจาไมก้าแทนที่จะพักค้างคืนที่นั่น^{[ 167 ]}

แผนการขยายเส้นทาง AirTrain ไปยังแมนฮัตตันได้รับการพิจารณาก่อนที่ระบบจะเปิดให้บริการเสียอีก^{[ 168 ]}ในปี 1998 หน่วยงานท่าเรือได้ตรวจสอบความเป็นไปได้ในการเปิดใช้งานเส้นทางRockaway Beach Branch ที่ถูกทิ้งร้างอีกครั้ง ซึ่งจะ ทำให้รถไฟ LIRR สามารถวิ่งจากแมนฮัตตันไปยังเส้นทาง Howard Beach Branch ได้โดยตรง^{[ 169 ]}นอกจากนี้ RPA ยังได้เผยแพร่รายงานในปี 1999 ซึ่งแนะนำให้สร้างเส้นทางและสถานีใหม่สำหรับรถไฟใต้ดินนิวยอร์กซิตี้ แผนดังกล่าวรวมถึงบริการหนึ่งที่จะเดินทางจาก Grand Central Terminal ไปยังสนามบิน JFK ผ่านทางที่ต่อมากลายเป็น AirTrain ^{[ 170 ]}ในที่สุด MTA ก็ปฏิเสธข้อเสนอของ RPA ^{[ 171 ]}

วุฒิสมาชิกสหรัฐฯChuck Schumerได้เสนอเส้นทางรถไฟเชื่อมต่อโดยตรงจากสนามบิน JFK ไปยังFulton Center ในแมนฮัตตัน ในวันที่ AirTrain เปิดให้บริการ^{[ 172 ]}ระหว่างเดือนกันยายน พ.ศ. 2546 ถึงเมษายน พ.ศ. 2547 หน่วยงานหลายแห่ง รวมถึง MTA และ Port Authority ได้ทำการศึกษาความเป็นไปได้ของโครงการขนส่ง Lower Manhattan–Jamaica/JFKซึ่งจะทำให้รถไฟสามารถเดินทางโดยตรงจากสนามบิน JFK ไปยังแมนฮัตตันได้^{[ 173 ]}การศึกษานี้ได้ตรวจสอบทางเลือก 40 ทางเลือก^{[ 174 ]}และมีการประกาศทางเลือก 4 ทางสำหรับการขยาย AirTrain ในช่วงต้นปี พ.ศ. 2547 ^{[ 175 ]}โครงการนี้ถูกระงับในปี พ.ศ. 2551 ก่อนที่จะมีการจัดทำรายงานผลกระทบสิ่งแวดล้อม^{[ 176 ]} แม้ว่าจะไม่เคยมีการสร้างเส้นทางตรงไปยัง Grand Central แต่โครงการ East Side Accessของ LIRR ก็เปิดให้บริการในปี พ.ศ. 2566 ซึ่งเชื่อมต่อฝั่งตะวันออกของแมนฮัตตันกับสถานี Jamaica อย่างไรก็ตาม ผู้โดยสารยังคงต้องเปลี่ยนรถไฟระหว่าง LIRR และ AirTrain ที่จาเมกา^{[ 177 ]}