เส้นทางการเดินเรือระหว่างชายฝั่งตะวันออกและชายฝั่งอ่าวของสหรัฐอเมริกาผ่านช่องแคบฟลอริดาใกล้กับแนวปะการังฟลอริดาที่อยู่ไม่ไกลจากหมู่ เกาะ ฟลอริดาคีย์ก่อนศตวรรษที่ 20 เรือหลายลำอับปางลงบริเวณปลายด้านใต้ของคาบสมุทรฟลอริดา ทางรถไฟที่ตัดผ่านปลายด้านเหนือของคาบสมุทรฟลอริดาจะช่วยให้สามารถขนถ่ายสินค้าจากเรือในอ่าวเม็กซิโกไปยังเรือในมหาสมุทรแอตแลนติกและในทางกลับกัน โดยไม่ต้องเสี่ยงต่อการผ่านช่องแคบฟลอริดา และยังช่วยลดระยะทางในการเดินทางลงได้ถึง 800 ไมล์^{[ 1 ] : 27–28}

ในปี ค.ศ. 1842 รัฐสภาสหรัฐอเมริกาได้มอบหมายให้สำรวจเส้นทางรถไฟระหว่างแม่น้ำเซนต์แมรีและซีดาร์คีย์ในดินแดนฟลอริดาในปี ค.ศ. 1853 สภานิติบัญญัติฟลอริดาได้อนุญาตให้บริษัทรถไฟฟลอริดาสร้าง ทางรถไฟ ขนาด ราง 5  ฟุต ( 1,524  มม. ) ^{[ 2 ]} จากเฟอร์นันดินา (ใกล้ปากแม่น้ำเซนต์แมรี) ไปยังแทมปา รัฐฟลอริดาโดยมีสาขาไปยังซีดาร์คีย์ ประธานและผู้ถือหุ้นรายใหญ่ของบริษัทรถไฟฟลอริดาคือวุฒิสมาชิก สหรัฐ เดวิด เลวี ยูลียูลีตัดสินใจที่จะสร้างทางรถไฟไปยังซีดาร์คีย์ให้เสร็จก่อน โดยจะต่อเชื่อมไปยังแทมปาในภายหลัง การก่อสร้างเริ่มขึ้นในเฟอร์นันดินาในปี ค.ศ. 1855 ภายในปี ค.ศ. 1858 ทางรถไฟก็เปิดให้บริการระหว่างเฟอร์นันดินาและสตาร์กแต่ภาวะเศรษฐกิจตกต่ำในปี ค.ศ. 1857ทำให้บริษัทรถไฟตกอยู่ในภาวะใกล้ล้มละลาย ยูลีต้องยอมสละสิทธิ์ส่วนใหญ่ในทางรถไฟให้กับกลุ่มนักลงทุนทางเหนือที่นำโดยเอ็ดเวิร์ด ดิกเกอร์สัน เพื่อรักษาบริษัทไว้ ทางรถไฟสายนี้สร้างเสร็จถึงเกนส์วิลล์ ในปี 1859 และซีดาร์คีย์ในปี ¹⁸⁶¹เมืองอื่นๆ ที่มีทางรถไฟให้บริการ ได้แก่คัลลาแฮน บอลด์วินวอลโดและอาร์เชอร์ด้วยความยาว 156 ไมล์ นับเป็นทางรถไฟที่ยาวที่สุดที่สร้างเสร็จในฟลอริดาก่อนเริ่มสงครามกลางเมืองอเมริกา [ ^{1 ] : 27–31 [ 3 ] : 451–452}

ทางรถไฟฟลอริดาได้รับผลกระทบในทางลบจากสงครามกลางเมืองเรือ USS Hatterasบุกโจมตี Cedar Key ในเดือนมกราคม ค.ศ. 1862 ทำลายขบวนรถและอาคารของทางรถไฟ ในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1862 กองเรือ ของฝ่ายสหภาพยึด Fernandina กระสุนปืนใหญ่ที่ยิงโดยเรือUSS Ottawaสร้างความเสียหายให้กับรถไฟขบวนสุดท้ายที่ออกจาก Fernandina ทำให้ผู้โดยสารหลายคนเสียชีวิตหรือบาดเจ็บ และเกือบจะทำให้วุฒิสมาชิก Yulee เสียชีวิตด้วย ในปี ค.ศ. 1864 กองทัพฝ่ายใต้ได้รื้อรางรถไฟจากทางรถไฟฟลอริดาเพื่อใช้สร้างทางรถไฟสายใหม่จากLive Oak รัฐฟลอริดาไปยัง Lawton รัฐจอร์เจีย (ปัจจุบันรู้จักกันในชื่อDuPont ) กองกำลังฝ่ายสหภาพยังได้ทำลายรางรถไฟ 30 ไมล์ที่นำจาก Cedar Key อีกด้วย^{[ 1 ] : 34–37, 40}

หลังสงคราม กลุ่มทุนดิคเกอร์สันกลับมาดำเนินกิจการรถไฟฟลอริดาอีกครั้ง แต่เนื่องจากอุปกรณ์ สิ่งอำนวยความสะดวก และรางรถไฟส่วนใหญ่ถูกทำลายหรือถูกยึด บริษัทจึงประสบปัญหาและผิดนัดชำระหนี้ต่อกองทุนพัฒนาภายในประเทศในปี 1866 รถไฟถูกนำออกประมูลและกลุ่มทุนดิคเกอร์สันซื้อคืนในราคา 20 เปอร์เซ็นต์ของมูลค่าเดิมของพันธบัตร ในปี 1872 รถไฟฟลอริดาได้รับการปรับโครงสร้างใหม่เป็นบริษัทแอตแลนติก กัลฟ์ แอนด์ เวสต์ อินเดีย ทรานสิต คอมพานีโดยยังคงอยู่ภายใต้การควบคุมของกลุ่มทุนดิคเกอร์สัน บริษัทที่ปรับโครงสร้างใหม่นี้เริ่มก่อสร้างเส้นทางรถไฟที่สัญญาไว้มานานไปยังแทมปาผ่านบริษัทในเครือ: รถไฟเพนินซูลาให้บริการเส้นทางจากจุดเชื่อมต่อกับรถไฟฟลอริดาที่วอลโดไปยังโอคาลาและซิลเวอร์สปริงส์ในขณะที่รถไฟทรอปิคอลฟลอริดาให้บริการจากโอคาลาไปยังไวลด์วูด ในระหว่างนี้ บริษัท Atlantic, Gulf and West India Transit Company ได้เช่าทางรถไฟ Fernandina and Jacksonville Railroad ซึ่งเชื่อมต่อจากรางรถไฟที่ Hart's Road (ต่อมาคือYulee, Florida ) ไปยังJacksonville, Floridaเนื่องจากปัญหาทางการเงิน บริษัท Atlantic, Gulf and West India Transit Company จึงได้รับการปรับโครงสร้างใหม่เป็นบริษัท Florida Transit Company ในปี 1881 ภายใต้การควบคุมของเซอร์เอ็ดเวิร์ด เจมส์ รีดบริษัทได้รับการปรับโครงสร้างอีกครั้งเป็นบริษัท Florida Transit and Peninsular Railroad ในปี 1883 ^{[ 1 ] : 40–41, 47, 49–52}

ทางรถไฟฟลอริดาทรานสิตแอนด์เพนินซูลาร์ได้ควบรวมกับทางรถไฟฟลอริดาเซ็นทรัลแอนด์เวสเทิร์นทางรถไฟเฟอร์นันดินาแอนด์แจ็กสันวิลล์ และทางรถไฟลีสเบิร์กแอนด์อินเดียนริเวอร์ในปี 1884–85 เพื่อก่อตั้งบริษัทฟลอริดาเรลเวย์แอนด์เนวิเกชั่นหนึ่งปีต่อมา บริษัทได้รับการปรับโครงสร้างใหม่เป็นทางรถไฟฟลอริดาเซ็นทรัลแอนด์เพนินซูลาร์ (FC&P) ในปี 1890 FC&P ได้สร้างทางรถไฟสาขาจากทางรถไฟฟลอริดาเดิมที่อาร์เชอร์ไปทางใต้เพื่อให้บริการเหมืองฟอสเฟตในเออร์ลีเบิร์ด^{[ 1 ] : 52}

ในปี พ.ศ. 2443 หนึ่งปีหลังจากซื้อหุ้นส่วนใหญ่ของ FC&P บริษัทSeaboard Air Line Railway ที่จัดตั้งขึ้นใหม่ ได้เช่า FC&P และในปี พ.ศ. 2446 ก็ได้เข้าซื้อกิจการทั้งหมด^{[ 4 ] : 146}

ครั้งหนึ่งเคยอยู่ภายใต้การครอบครองของ Seaboard Air Line ทางรถไฟฟลอริดาทางเหนือของ Waldo ถูกจัดประเภทเป็นส่วนหนึ่งของเขต Ocala โดยส่วนจาก Baldwin ไปยัง Waldo กลายเป็นส่วนหนึ่งของสายหลัก ของบริษัท รางจาก Waldo ไปยัง Cedar Key เป็นที่รู้จักในชื่อ Cedar Key Branch ^{[ 5 ]} ในปี 1911 Seaboard Air Line ได้ขยายสาขาจาก Early Bird ไปทางใต้ถึง Inverness ^{[ 1 ]}

ในช่วงทศวรรษ 1920 บริษัท Seaboard ได้ทำการปรับปรุงเพิ่มเติมให้กับทางรถไฟฟลอริดาเดิม ในปี 1925 Seaboard ได้ขยายเส้นทาง Inverness Branch ไปทางใต้ถึงBrooksvilleซึ่งเชื่อมต่อกับทางรถไฟ Tampa Northern เดิม ทำให้เกิดเส้นทางขนส่งสินค้าเพิ่มเติมสำหรับบริษัทจากทางเหนือของฟลอริดาไปยังแทมปา นอกจากนี้ Seaboard ยังได้สร้างGross Cutoffจากทางรถไฟฟลอริดาเดิมที่Callahanไปทางตะวันออกเฉียงเหนือไปยังเส้นทางหลักที่Grossในปีเดียวกัน^{[ 1 ]} เมื่อการปรับปรุงเหล่านี้เสร็จสมบูรณ์ Seaboard Air Line ได้จัดประเภททางรถไฟฟลอริดาเดิมจาก Fernandina ไปยัง Callahan เป็นFernandina Subdivisionในขณะที่รางจาก Callahan ไปยัง Baldwin กลายเป็นGross Subdivisionรางจาก Waldo ไปยัง Archer และ Early Bird พร้อมกับเส้นทางที่ Seaboard สร้างขึ้นไปยังแทมปาจะรู้จักกันในชื่อBrooksville Subdivisionในขณะที่รางจาก Archer ไปยัง Cedar Key กลายเป็น Cedar Key Subdivision ^{[ 6 ]}

บริษัท Seaboard ได้ยกเลิกโครงการ Cedar Key Subdivision ในปี พ.ศ. 2475 ^{[ 7 ]} โครงการ Fernandina Subdivision ถูกยกเลิกระหว่างCallahanและYuleeในปี พ.ศ. 2497 ^{[ 8 ]}

ในปี พ.ศ. 2510 Seaboard Air Line ได้ควบรวมกิจการกับ Atlantic Coast Line Railroad (ACL) ซึ่งเป็นคู่แข่งกันมายาวนานหลังจากการควบรวมกิจการเสร็จสมบูรณ์ บริษัทได้เปลี่ยนชื่อเป็นSeaboard Coast Line Railroad (SCL) SCL ได้ละทิ้งทางรถไฟฟลอริดาที่เหลืออยู่ทางตะวันตกเฉียงใต้ของ Waldo ในช่วงทศวรรษ พ.ศ. 2513 ^{[ 1 ]} ในปี พ.ศ. 2523 บริษัทแม่ของ Seaboard Coast Line ได้ควบรวมกิจการกับChessie Systemก่อตั้งเป็นCSX Corporation ขึ้น CSX Corporation ดำเนินการ Chessie และ Seaboard Systems แยกจากกันในตอนแรก จนกระทั่งปี พ.ศ. 2529 จึงได้ควบรวมกิจการเข้ากับCSX Transportation ^{[ 1 ] : 12}