ส่วนตะวันตกสุดของสาย Montauk Branch ในควีนส์ ซึ่งรู้จักกันในชื่อ "Lower Montauk" วิ่งระหว่าง สถานี Long Island CityและJamaicaส่วนใหญ่เป็นระดับถนนที่มีทางข้ามระดับพื้นดินทางตะวันออกของสถานี Long Island City สายMontauk Cutoff ที่ถูกทิ้งร้าง จะรวมเข้ากับสายนี้หลังจากที่ทั้งสองสายข้าม Dutch Kills สาย Lower Montauk Branch มีสถานีทั้งหมดเก้าสถานี โดยสี่สถานีถูกปิดไปภายในปี 1940 สถานีที่เหลืออีกห้าสถานี ( Richmond Hill , Glendale , Fresh Pond , HabermanและPenny Bridge ) ถูกปิดเมื่อวันที่ 13 มีนาคม 1998 ^{[ 4 ]}เนื่องจากมีผู้โดยสารน้อยและไม่เข้ากันกับ รถโดยสารสองชั้น C3 รุ่นใหม่ในขณะนั้น ซึ่งสามารถใช้ได้เฉพาะชานชาลาสูงเท่านั้น (มีเพียง Richmond Hill เท่านั้นที่มีชานชาลาจริง ส่วนชานชาลาของอีกสี่สถานีเป็นเพียงทางเท้าข้างรางรถไฟ) หลังจากที่สถานีเหล่านี้ปิดตัวลง LIRR ยังคงใช้ Lower Montauk เพื่อให้บริการรถไฟแบบไม่หยุดระหว่าง Jamaica และ Long Island City แทนที่จะเปลี่ยนเส้นทางไปยังสายหลัก ในขณะที่มีการปิดสถานีในปี 1998 มีรถไฟดังกล่าวเพียงสองขบวนเท่านั้น คือขบวนที่วิ่งไปทางทิศตะวันตกในตอนเช้า และขบวนที่วิ่งไปทางทิศตะวันออกในตอนเย็น รถไฟทั้งสองขบวนนี้ถูกเปลี่ยนเส้นทางไปทางเหนือไปยังHunterspoint Avenueในปี 2012 ส่งผลให้การให้บริการรถไฟโดยสารบน Lower Montauk ยุติลงอย่างมีประสิทธิภาพ หลังจากนั้นไม่นาน การควบคุม Lower Montauk ทั้งหมดก็ถูกโอนไปยังNew York and Atlantic Railwayเพื่อดำเนินการขนส่งสินค้า^{[ 5 ] [ 6 ]}

กรมการขนส่งนครนิวยอร์กได้เสนอแผนการต่างๆ เป็นระยะๆ เพื่อปรับเปลี่ยนเส้นทางรถไฟสายล่างมอนทอก (Lower Montauk Branch) สำหรับการให้บริการขนส่งมวลชนความเร็วสูง ในปี 1984 กรมฯ ได้ศึกษาทางเลือกในการเชื่อมต่อเส้นทางรถไฟสายนี้กับรถไฟใต้ดินนครนิวยอร์กโดยเสนอให้เชื่อมต่อกับสาย IND 63rd Streetในลองไอส์แลนด์ซิตี้^{[ 7 ]}ข้อเสนอนี้ไม่เป็นที่นิยมในชุมชนรอบๆ เส้นทางรถไฟสายนี้^{[ 8 ]}ในปี 2017 กรมฯ ได้ศึกษาแผนการที่จะให้ บริการ รถไฟรางเบาบนเส้นทางรถไฟสายล่างมอนทอก^{[ 9 ]}

หลังจากสถานีเพนน์เปิดให้บริการในปี 1910 เส้นทางโลเวอร์มอนทอกก็กลายเป็นเส้นทางขนส่งสินค้าเป็นหลัก และเมื่อสถานีจาไมกาแห่งปัจจุบันเปิดให้บริการในปี 1913 รางรถไฟสองรางของโลเวอร์มอนทอกก็วิ่งต่อไปทางด้านใต้ของสถานี ทางใต้ของหอฮอลล์และ ชานชาลา ถนนยูเนียนฮอลล์ ทางใต้ และต่อไปยังโฮลบันยาร์ดปัจจุบันรางรถไฟสองรางนี้ใช้สำหรับขนส่งรถไฟไป/กลับจากฮิลล์ไซด์แฟมิลีซึ่งเข้ามาแทนที่โฮลบันยาร์ด นอกจากนี้ยังสามารถใช้ขนส่งรถไฟสายหลักแบบไม่หยุดจอดผ่านสถานีจาไมกาได้อีกด้วย

เส้นทางระหว่างสถานีจาเมกาและบาบิลอนได้รับการติดตั้งระบบไฟฟ้าตั้งแต่วันที่ 20 พฤษภาคม พ.ศ. 2468 และรถไฟไฟฟ้าไปยังบาบิลอนมักถูกระบุว่าเป็นบริการแยกต่างหาก คือเส้นทางบาบิลอน [ ^{10 ] โดย}มีการแยกต่างระดับบนคันดินหรือโครงสร้างยกระดับ^{[ 11 ]}

ทางตะวันออกของจาเมกา เส้นทางรถไฟสายมอนทอกวิ่งอยู่ระหว่างรางรถไฟสายหลัก (โดยมีรางรถไฟสายหลักสองรางที่มักจะวิ่งไปทางทิศตะวันตกอยู่ทางเหนือ และเส้นทางรถไฟสองรางที่วิ่งไปทางทิศตะวันออกอยู่ทางใต้) จนกระทั่งถึงทางตะวันตกของโรงงานฮิลล์ไซด์ที่พิกัด40°42′21″N 73°47′04″W / 40.70585°N 73.7845°W / 40.70585; -73.7845เส้นทางรถไฟสายมอนทอกจะสูงขึ้นเพื่อข้ามเหนือรางรถไฟอื่นๆ และเลี้ยวไปทางทิศตะวันออกเฉียงใต้^{[ 12 ]}

ที่ละติจูด 40°40′01″N ลองจิจูด 73°44′49″W / 40.667°N ลองจิจูด 73.747°W / 40.667; -73.747รางรถไฟจะขนานไปกับสายแอตแลนติกระหว่าง สถานี ลอเรลตันและโรสเดลสายมอนทอกทางตะวันออกของจาเมกาจะยาวกว่าสายแอตแลนติก 0.7 ไมล์สายเวสต์เฮมป์สเตดแยกออกจากสายมอนทอกทางตะวันออกของสถานีแวลลีย์สตรีมและจุดเชื่อมต่อในบริเวณใกล้เคียงสถานีนั้นทำให้สามารถเคลื่อนไปยังสายแอตแลนติก สายฟาร์ร็อกอะเวย์และสายลองบีชได้^{[ 13 ]}

จากบาบิลอนไปทางตะวันออกถึงมอนทอก รถไฟโดยสารจะถูกลากโดยหัวรถจักรดีเซลไฟฟ้าหรือหัวรถจักรแบบผสมไฟฟ้า/ดีเซลไฟฟ้า รถไฟดีเซล บาง ขบวนในสายมอนทอกจะเริ่มต้นหรือสิ้นสุดการเดินทางที่สถานีบาบิลอน โดยเชื่อมต่อกับรถไฟไฟฟ้าที่นั่น รถไฟดีเซลสายมอนทอกอื่นๆ จะวิ่งเข้าสู่เมืองนิวยอร์กผ่านทางสาย เซ็นทรัล ซึ่งใช้เฉพาะรถไฟดีเซลเท่านั้น โดยเชื่อมต่อกับสายหลักทางตะวันออกของสถานีเบธเพจมีเพียงไม่กี่ขบวนเท่านั้นที่วิ่งผ่านทางสายมอนทอกทางตะวันตกของบาบิลอน ภายใต้สภาวะปกติบนสายหลัก

เส้นทาง รถไฟสายมอนทอก (Montauk Branch) เป็นรางคู่ตั้งแต่ทางตะวันออกของลองไอส์แลนด์ซิตี้ (Long Island City) เล็กน้อย (ซึ่งมีช่วงสั้นๆ ที่เป็นรางเดี่ยว) ไปจนถึงบาบิลอน (Babylon) และกลายเป็นรางเดี่ยวที่จุดเชื่อมต่อ Y ทางตะวันออกของสถานีเซย์วิลล์ (Sayville ) สถานีปลายทางในเขตบริการรถไฟดีเซล ทางตะวันออกของบาบิลอน ได้แก่ แพทโชก (Patchogue), สเออนก์ (Speonk), เซาท์แฮมป์ตัน (Southampton) และมอนทอก (Montauk) รถไฟรับส่งผู้โดยสารสายเซาท์ฟอร์ก (South Fork Commuter Connection) อาจวิ่งกลับรถที่แฮมป์ตันเบย์ส (Hampton Bays) และอะมาแกนเซตต์ (Amagansett)

เส้นทางรถไฟมอนทอกมีผู้โดยสารจำนวนมากและให้บริการบ่อยครั้งถึงสถานีแพทโชกและให้บริการสำหรับผู้โดยสารที่เดินทางไปกลับถึงสถานีสเปอองค์ในช่วงฤดูร้อน เมื่อมีนักท่องเที่ยวเดินทางไปยังแฮมป์ตันส์เกาะไฟร์ไอ ส์แลนด์ และชายหาดอื่นๆ จะมีการให้บริการเพิ่มเติมไปยังสถานีปลายทางด้านตะวันออกสุดที่มอนทอก เช่น รถไฟแคนนอนบอล ซึ่งเป็น รถไฟในบ่ายวันศุกร์ที่ออกจากสถานีเพนน์ (เดิมคือถนนฮันเตอร์สพอยต์) และวิ่งแบบไม่หยุดไปยังสถานีเวสแฮมป์ตันในเวสแฮมป์ตัน

สาขา Montauk เป็นที่ตั้งของหอควบคุมการเดินรถแห่งสุดท้ายในอเมริกาเหนือที่ยังคงใช้การเดินรถแบบ "เกี่ยวห่วง" เป็นประจำ นั่นคือหอควบคุม PDใน Patchogue การเดินรถแบบ "เกี่ยวห่วง" คือการส่งต่อคำสั่งไปยังวิศวกรและพนักงานควบคุมรถไฟโดยการติดคำสั่งที่พับไว้กับ "ห่วง" ซึ่งเป็นแท่งยาวหลายฟุตที่มีห่วงอยู่ที่ปลายด้านหนึ่ง โดยจะส่งจากพื้นไปยังรถไฟที่กำลังเคลื่อนที่โดยการเกี่ยวห่วงไว้ที่แขน รถไฟขบวนสุดท้ายที่ได้รับการเดินรถแบบเกี่ยวห่วงที่ PD คือรถไฟขบวนที่ 2730 เมื่อวันที่ 6 พฤษภาคม 2549 ^{[ 14 ]}

ทางรถไฟเซาท์ไซด์แห่งลองไอส์แลนด์สร้างเส้นทางจากบุชวิก บรูคลินไปยังแพทโชกในช่วงทศวรรษ 1860 และสร้างเส้นทางใหม่ไปยังลองไอส์แลนด์ซิตี้เสร็จสมบูรณ์ในปี 1870 ^{[ 15 ]}ด้วยการปรับโครงสร้างใหม่ของเซาท์ไซด์เป็นทางรถไฟเซาเทิร์นแห่งลองไอส์แลนด์ในปี 1874 และการเช่าโดย LIRR ในปี 1876 เส้นทางนี้จึงกลายเป็นทางรถไฟเซาเทิร์น [ ^{16 ] ทาง}รถไฟเซาเทิร์นแห่งลองไอส์แลนด์หรือเรียกง่ายๆ ว่าเซาเทิร์น ดิวิชั่น [ ^{17 ] มี}ผลตั้งแต่วันอาทิตย์ที่ 25 มิถุนายน 1876 รถไฟโดยสารของเซาเทิร์น ดิวิชั่นทั้งหมดถูกเปลี่ยนเส้นทางไปใช้เส้นทางหลักของ LIRR จากเบอร์ลินจังก์ชั่น (ทางตะวันตกของจาเมกา) ไปยังร็อกอะเวย์จังก์ชั่นและสาขาร็อกอะเวย์ ของ LIRR ไปยังสปริงฟิลด์จังก์ชั่นซึ่งเป็นจุดที่ตัดกับเซาเทิร์น การเปลี่ยนแปลงนี้ส่งผลให้สถานีเบอร์ลินบีเวอร์สตรีท (จาเมกา) โลคัสต์อเวนิวและสปริงฟิลด์ ของเซาเทิร์นปิดตัวลง ^{[ 18 ]}เส้นทางเก่าระหว่างจาเมกาและสปริงฟิลด์ ซึ่งกลายเป็นเส้นทางขนส่งสินค้าเท่านั้น ได้รับการเปลี่ยนชื่อเป็นOld Southern Road [ ^{19 ] Southern}ได้รับการจัดระเบียบใหม่เป็นBrooklyn and Montauk Railroadในปี 1879 ^{[ 20 ]}และในวันที่ 14 มีนาคม 1880 ชื่อได้เปลี่ยนจาก Southern Division เป็นMontauk Division ^{[ 21 ]}ดังนั้น เส้นทางรถไฟ South Side Railroad เก่า ยกเว้นระหว่างจาเมกาและ Springfield Junction จึงกลายเป็น Montauk Division

LIRR เปิดให้บริการสาย Sag Harbor Branchซึ่งรวมถึงสาย Montauk Branch ในปัจจุบันจากEastportไปยังBridgehamptonเมื่อวันที่ 8 มิถุนายน พ.ศ. 2413 ^{[ 22 ]}เมื่อวันที่ 27 กรกฎาคม พ.ศ. 2424 หลังจากที่ South Side กลายเป็นส่วนหนึ่งของ LIRR เส้นทางของสายนี้ – ซึ่งในขณะนั้นคือ Montauk Division – ได้ขยายไปทางตะวันออกไปยังสาย Sag Harbor Branch ที่ Eastport ^{[ 23 ]}สาย Sag Harbor Branch ทางตะวันออกของ Eastport กลายเป็นส่วนหนึ่งของ Montauk Division ^{[ 24 ]}และเส้นทางเก่าจากManor (Manorville) ไปยัง Eastport กลายเป็นสายManor Branch ^{[ 25 ]}ส่วนขยายไปยังMontaukซึ่งแยกออกจากสาย Sag Harbor Branch เก่าที่ Bridgehampton เปิดให้บริการไปยังAmagansettเมื่อวันที่ 1 มิถุนายน พ.ศ. 2438 ^{[ 26 ]}และไปยัง Montauk ภายในเดือนกันยายน^{[ 27 ]}และเส้นทางระหว่าง Bridgehampton และ Sag Harbor กลับมาใช้ชื่อ Sag Harbor Branch เดิม^{[ 28 ]}

การติดตั้งระบบไฟฟ้าให้กับสายมอนทอกจากจาเมกาถึงบาบิลอนเสร็จสมบูรณ์ในวันที่ 20 พฤษภาคม พ.ศ. 2468 ^{[ 10 ]}และเริ่มดำเนินการตามปกติในวันถัดไป^{[ 29 ]}ส่วนต่อขยายกลางระหว่างเบธเพจและบาบิลอนเปิดให้บริการอีกครั้งสำหรับรถไฟขนส่งสินค้าที่เคยวิ่งผ่านสายมอนทอก^{[ 20 ]}

เดิมทีสถานีมอนทอกตั้งอยู่ใกล้ใจกลางหมู่บ้านชาวประมงเล็กๆ ที่เงียบสงบทางตอนเหนือของฟอร์ตพอนด์ (ซึ่งออสติน คอร์บินได้สร้างท่าเทียบเรือขึ้นในความพยายามที่ไม่ประสบความสำเร็จในการให้เรือข้ามมหาสมุทรแอตแลนติกมาจอดเทียบท่า) พายุเฮอริเคนครั้งใหญ่ในปี 1938ได้สร้างความเสียหายอย่างหนักแก่พื้นที่สถานีปลายทางและทำลายทางรถไฟหลายส่วน ส่งผลให้ศูนย์กลางประชากรย้ายไป ทางใต้ 2 ไมล์ (3 กิโลเมตร) ห่างจากสถานีไป

ในปี พ.ศ. 2496 ท่ามกลางภาวะล้มละลาย LIRR พยายามที่จะยกเลิกเส้นทางรถไฟสายมอนทอกทางตะวันออกของแพทโชก และให้บริการรถโดยสารแทน โดยอ้างถึงจำนวนผู้โดยสารที่ต่ำ ส่วนใหญ่เป็นผู้โดยสารที่ไม่ใช่ผู้โดยสารประจำ และความใกล้เคียงกับเส้นทางหลัก รวมถึงศักยภาพในการประหยัดค่าใช้จ่ายได้ถึง 450,000 ดอลลาร์ต่อปี ซึ่งเทียบเท่ากับ5,415,112 ดอลลาร์ ในปัจจุบัน^{[ 30 ]}เมืองอีสต์แฮมป์ตันได้คัดค้านการปิดเส้นทางดังกล่าว โดยเน้นย้ำถึงศักยภาพในการเพิ่มปริมาณการจราจรของยานพาหนะเนื่องจากขาดทางเลือกในการเดินทางอื่น^{[ 30 ]}และในที่สุดเส้นทางนี้ก็ยังคงเปิดให้บริการต่อไป

ในปี 1998 สถานีที่ใช้งานน้อย 3 แห่งถูกปิด ได้แก่Center Moriches , QuogueและSouthampton College [ ^{4 ] Bellport}ก็มีกำหนดจะปิดในเวลาเดียวกัน แต่ยังคงเปิดให้บริการและได้รับการปรับปรุงหลังจากมีการคัดค้านจากชุมชน^{[ 31 ]} Southampton College ได้รับการเปิดใช้งานชั่วคราวสำหรับ การแข่งขัน U.S. Open ปี 2004และ2018 ที่Shinnecock Hills Golf Club ที่อยู่ใกล้เคียง พร้อมกับทางเดินเหล็กข้ามถนน Montauk Highwayเมื่อการแข่งขันสิ้นสุดลง ทางเดินก็ถูกรื้อถอนและชานชาลาชั่วคราวก็ถูกนำออกไป

เมื่อวันที่ 16 เมษายน 2562 สมาชิกสภาแห่งรัฐนิวยอร์กFred Thieleได้ประกาศว่าเงินทุนสำหรับการออกแบบปรับปรุงเส้นทาง Montauk Branch น่าจะรวมอยู่ในงบประมาณของรัฐประจำปี 2562–2563 เงินทุนดังกล่าวจะถูกใช้โดย LIRR เพื่อออกแบบทางหลีก 3 แห่งที่จะติดตั้งบนเส้นทางในพื้นที่รางเดี่ยวระหว่าง Speonk และ Montauk การติดตั้งทางหลีกจะช่วยให้สามารถให้บริการเพิ่มขึ้นบนเส้นทาง South Fork Commuter Connection ประธานและซีอีโอของ MTA Pat Foyeกล่าวว่าการปรับปรุงเส้นทาง Montauk Branch ได้รับการระบุไว้ในคำขอของ LIRR สำหรับการประเมินความต้องการระยะ 20 ปีของ MTA ^{[ 32 ]}

สำหรับฤดูร้อนปี 2026 เนื่องจากการกลับมาจัดการแข่งขัน US Open ที่ Shinnecock Hills ทาง LIRR ได้ประกาศว่าจะสร้างชานชาลาที่สองชั่วคราวที่Hampton Baysเปิดวิทยาลัย Southampton อีกครั้งในช่วงการแข่งขัน และขยายรางรถไฟที่สถานี Southampton ออกไปอีก 80 ฟุต^{[ 33 ]}