ในช่วงต้นศตวรรษที่ 20 มีข้อพิพาทระหว่างรัฐนิวเจอร์ซีย์และนิวยอร์กเกี่ยวกับการขนส่งสินค้าทางรถไฟและเขตแดน ในขณะนั้น เส้นทางรถไฟสิ้นสุดลงที่ฝั่งนิวเจอร์ซีย์ของท่าเรือ ในขณะที่การขนส่งทางทะเลมีศูนย์กลางอยู่ที่แมนฮัตตันและบรูคลิน การขนส่งสินค้าต้องข้ามแม่น้ำฮัดสันโดยใช้เรือบรรทุกสินค้า^{[ 6 ]}ในปี 1916 นิวเจอร์ซีย์ได้ฟ้องร้องนิวยอร์กเกี่ยวกับปัญหาการขนส่งสินค้าทางรถไฟ โดยคณะกรรมการการค้าข้ามรัฐ (ICC) ได้ออกคำสั่งให้ทั้งสองรัฐทำงานร่วมกัน โดยให้ความสำคัญกับผลประโยชน์สาธารณะมากกว่าผลประโยชน์ของตนเอง^{[ 7 ]}คณะกรรมการพัฒนาท่าเรือ ซึ่งเป็นคณะกรรมการที่ปรึกษาร่วมที่จัดตั้งขึ้นในปี 1917 ได้แนะนำให้จัดตั้งหน่วยงานร่วมระหว่างรัฐเพื่อกำกับดูแลการพัฒนาเศรษฐกิจที่มีประสิทธิภาพของเขตท่าเรือ^{[ 8 ]}หน่วยงานท่าเรือนิวยอร์กก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 30 เมษายน 1921 ^{[ 9 ]}ผ่านข้อตกลงระหว่างรัฐระหว่างรัฐนิวเจอร์ซีย์และนิวยอร์กนี่เป็นหน่วยงานแรกในสหรัฐอเมริกาที่จัดตั้งขึ้นภายใต้บทบัญญัติในรัฐธรรมนูญของสหรัฐอเมริกาที่อนุญาตให้มีข้อตกลงระหว่างรัฐ^{[ 1 ] [ 10 ]}แนวคิดเรื่องหน่วยงานท่าเรือเกิดขึ้นในช่วงยุคปฏิรูป ซึ่งมุ่งเป้าไปที่การลดการทุจริตทางการเมืองและเพิ่มประสิทธิภาพของรัฐบาล ด้วย การที่หน่วยงานท่าเรืออยู่ห่างไกลจากแรงกดดันทางการเมืองจึงสามารถดำเนินโครงการโครงสร้างพื้นฐานระยะยาวได้โดยไม่คำนึงถึงวงจรการเลือกตั้งและมีประสิทธิภาพมากขึ้น^{[ 11 ]}หน่วยงานท่าเรือนิวยอร์กได้รับการเปลี่ยนชื่ออย่างเป็นทางการเป็นหน่วยงานท่าเรือนิวยอร์กและนิวเจอร์ซีย์ เพื่อสะท้อนสถานะความเป็นหุ้นส่วนระหว่างสองรัฐได้ดียิ่งขึ้น โดยมีผลบังคับใช้ในวันที่ 1 กรกฎาคม พ.ศ. 2515 ^{[ 9 ]}

ตลอดประวัติศาสตร์ มีข้อกังวลเกี่ยวกับความรับผิดชอบ ตามระบอบประชาธิปไตย หรือการขาดความรับผิดชอบดังกล่าวในหน่วยงานท่าเรือ^{[ 11 ]}เขตท่าเรือมีรูปร่างไม่สม่ำเสมอ แต่ประกอบด้วย พื้นที่ 1,500 ตารางไมล์ (3,900 ^{ตาราง}กิโลเมตร)ซึ่งอยู่ภายในรัศมีประมาณ25 ไมล์ (40 กิโลเมตร)จากอนุสาวรีย์เทพีเสรีภาพ  

ในช่วงต้นศตวรรษที่ 20 ยังไม่มีสะพานถนนหรืออุโมงค์ข้ามระหว่างสองรัฐ อุโมงค์ข้ามแม่น้ำแห่งแรกสร้างเสร็จโดยเอกชนโดยบริษัทรถไฟฮัดสันและแมนฮัตตันในปี 1908 และ 1909 ("อุโมงค์ฮัดสัน") ตามมาด้วยบริษัทรถไฟเพนซิลเวเนียในปี 1910 (" อุโมงค์แม่น้ำเหนือ ") ภายใต้หน่วยงานอิสระอุโมงค์ฮอลแลนด์เปิดให้บริการในปี 1927 โดยมีการวางแผนและก่อสร้างบางส่วนก่อนการก่อตั้งหน่วยงานท่าเรือ ด้วยปริมาณ การจราจร ทางรถยนต์ ที่เพิ่มขึ้น ทำให้ มีความต้องการ ข้าม แม่น้ำฮัดสัน มากขึ้น หน่วยงานท่าเรือ ใช้ความสามารถในการออกพันธบัตรและเก็บรายได้เพื่อสร้างและบริหารจัดการโครงการโครงสร้างพื้นฐานขนาดใหญ่ โครงการในช่วงแรกๆ ได้แก่ สะพานข้าม แม่น้ำ อาร์เธอร์ คิล ล์ ซึ่งแยกเกาะสแตเทน ออก จากรัฐนิวเจอร์ซีย์^{[ 9 ]}สะพานโกเอธัลส์ซึ่งตั้งชื่อตามหัวหน้าวิศวกรของคณะกรรมการคลองปานามานายพลจอร์จ วอชิงตัน โกเอธัลส์เชื่อมต่อเมืองเอลิซาเบธ รัฐนิวเจอร์ซีย์และเมืองฮาวแลนด์ ฮุก เกาะสแตเทน ที่ปลายด้านใต้ของ Arthur Kill ได้มีการสร้างสะพานOuterbridge Crossingและตั้งชื่อตามEugenius Harvey Outerbridgeประธาน คนแรกของ Port Authority ^{[ 12 ]}การก่อสร้างสะพานทั้งสองแห่งเสร็จสมบูรณ์ในปี 1928 สะพาน Bayonne Bridgeซึ่งเปิดในปี 1931 ถูกสร้างขึ้นข้ามKill van Kullเชื่อมเกาะStaten IslandกับBayonne รัฐนิวเจอร์ซีย์^{[ 13 ]}

การก่อสร้างสะพานจอร์จ วอชิงตัน เริ่มขึ้นในปี พ.ศ. 2460 โดยเชื่อมต่อส่วนเหนือของแมนฮัตตันกับฟอร์ตลี รัฐนิวเจอร์ซีย์ โดยมี โอธมาร์ อัมมันน์หัวหน้าวิศวกรของหน่วยงานท่าเรือเป็นผู้ดูแลโครงการ^{[ 9 ]}สะพานสร้างเสร็จในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2474 ก่อนกำหนดและต่ำกว่างบประมาณที่ประเมินไว้มาก ประสิทธิภาพที่หน่วยงานท่าเรือแสดงให้เห็นนี้สร้างความประทับใจให้กับประธานาธิบดีแฟรงคลิน ดี. รูสเวลต์ซึ่งได้นำมาใช้เป็นแบบอย่างในการสร้างหน่วยงานเทนเนสซีแวลลีย์และหน่วยงานอื่นๆ ที่คล้ายกัน^{[ 11 ]}

ในปี พ.ศ. 2473 อุโมงค์ฮอลแลนด์อยู่ภายใต้การควบคุมของหน่วยงานท่าเรือ ซึ่งสร้างรายได้ค่าผ่านทาง จำนวนมาก ^{[ 13 ]}หน่วยงานท่าเรือยังควบคุมอุโมงค์ลินคอล์นซึ่งเชื่อมต่อรัฐนิวเจอร์ซีย์และมิดทาวน์แมนฮัตตันอุโมงค์ลินคอล์นเปิดให้บริการในปี พ.ศ. 2480 ในฐานะอุโมงค์แบบท่อเดียว^{[ 14 ]}ท่อที่สองเปิดให้บริการในปี พ.ศ. 2488 ^{[ 15 ]}และท่อที่สามเปิดให้บริการในปี พ.ศ. 2490 ^{[ 16 ]}

ในปี พ.ศ. 2505 องค์การบริหารท่าเรือได้เข้าซื้อกิจการรถไฟฮัดสันแอนด์แมนฮัตตันที่ล้มละลายและจัดตั้งใหม่เป็นองค์การบริหารท่าเรือทรานส์-ฮัดสัน (PATH) [ ^{17 ] ใน}ส่วนหนึ่งของข้อตกลง องค์การบริหารท่าเรือได้รับสิทธิ์ในการสร้างเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์แห่งแรกบนพื้นที่ของสถานีฮัดสันเทอร์ มินัลเก่า ซึ่งเป็นหนึ่งในสองสถานีในแมนฮัตตันสำหรับ H&M/PATH ^{[ 18 ]}

การโจมตีของผู้ก่อการร้ายเมื่อวันที่ 11 กันยายน 2544และการถล่มของอาคารเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ ในเวลาต่อมา ส่งผลกระทบต่อการท่าเรือ เนื่องจากสำนักงานใหญ่ของการท่าเรือตั้งอยู่ที่1 เวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ทำให้การท่าเรือขาดฐานปฏิบัติการและได้รับความสูญเสียเป็นจำนวนมาก มีพนักงานของการท่าเรือประมาณ 1,400 คนทำงานอยู่ในเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์^{[ 27 ]}พนักงาน 84 คน รวมถึงเจ้าหน้าที่ตำรวจของการท่าเรือ 37 นาย ผู้อำนวยการบริหารนีล ดี. เลวินและผู้กำกับการตำรวจ เฟรด วี. มอร์โรน เสียชีวิต^{[ 28 ]}ในความพยายามช่วยเหลือหลังจากการถล่ม เจ้าหน้าที่ตำรวจของการท่าเรือสองนายจอห์น แมคลัฟลินและวิล จิเมโนถูกดึงออกมาอย่างมีชีวิตหลังจากติดอยู่ใต้ซากปรักหักพังลึก30 ฟุต (9.1 เมตร) เกือบ 24 ชั่วโมง ^{[ 29 ] [ 30 ]}การช่วยเหลือของพวกเขาได้รับการถ่ายทอดในภาพยนตร์เรื่องWorld Trade Center ของโอลิเวอร์ สโตน ในปี 2549 คริสโตเฟอร์ โอ. วอร์ดผู้อำนวยการบริหารในอนาคตอยู่ที่เวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ในวันที่ 11 กันยายน และเป็นผู้รอดชีวิตจากการโจมตี^{[ 31 ]} ในขณะนั้น วอร์ดดำรงตำแหน่งหัวหน้าฝ่ายกิจการภายนอกและผู้อำนวยการฝ่ายพัฒนาท่าเรือภายใต้การนำของนีล เลวินในฐานะผู้อำนวยการบริหารตั้งแต่ปี 2008 ถึง 2011 เขาได้รับการยกย่องว่าพลิกฟื้นการก่อสร้างบริเวณกราวด์ซีโร่และทำให้อนุสรณ์สถานพร้อมสำหรับวันครบรอบ 10 ปี^{[ 32 ] [ 33 ]}อดีตทนายความของ PANYNJ ที่ทำงานเกี่ยวกับประเด็นที่เกี่ยวข้องกับเหตุการณ์ 11 กันยายน ปัจจุบันดำรงตำแหน่งผู้พิพากษาของรัฐบาลกลาง คือ แองเจล เคลลีย์^{[ 34 ]} 

เรื่อง อื้อฉาวเกี่ยว กับการปิดช่องทางจราจรในฟอร์ตลีเป็นเรื่องอื้อฉาวทางการเมือง ของสหรัฐฯ ที่เกี่ยวข้องกับ เจ้าหน้าที่ของ คริส คริสตี้ ผู้ว่าการรัฐ นิวเจอร์ซี ย์ และผู้ได้รับการแต่งตั้งทางการเมืองจากเขาในหน่วยงานการท่าเรือ ที่สมคบกันสร้างปัญหาการจราจรติดขัดในฟอร์ตลี รัฐนิวเจอร์ซีย์เพื่อเป็นการแก้แค้นทางการเมือง และความพยายามของพวกเขาในการปกปิดการกระทำเหล่านี้และระงับการเปิดเผยข้อมูลทั้งภายในและภายนอกองค์กร ช่องทางจราจรเก็บค่าผ่านทางสำหรับทางเข้าหนึ่งของฟอร์ตลี (ที่ใช้โดยรถยนต์ในท้องถิ่นจากฟอร์ตลีและชุมชนโดยรอบ) ไปยังชั้นบนของสะพานจอร์จ วอชิงตันซึ่งเชื่อมต่อกับแมนฮัตตันถูกลดจากสามช่องทางเหลือหนึ่งช่องทาง ระหว่างวันที่ 9-13 กันยายน 2556 การปิดช่องทางจราจรเก็บค่าผ่านทางทำให้เกิดการจราจรติดขัดอย่างหนักในฟอร์ตลี ซึ่งส่งผลกระทบต่อความปลอดภัยสาธารณะเนื่องจากความล่าช้าอย่างมากของตำรวจและหน่วยบริการฉุกเฉิน และรบกวนการเรียนการสอนเนื่องจากการมาถึงของนักเรียนและครูล่าช้า เจ้าหน้าที่การท่าเรือสองคน (ซึ่งได้รับการแต่งตั้งโดยคริสตี้และต่อมาได้ลาออก) อ้างว่าการจัดสรรช่องทางเก็บค่าผ่านทางสองช่องทางใหม่จากทางเข้าฟอร์ตลีในท้องถิ่นไปยังทางหลวงสายหลักเป็นผลมาจากการศึกษาการจราจรที่ประเมิน "รูปแบบความปลอดภัยด้านการจราจร" ที่สะพาน แต่ผู้อำนวยการบริหารของการท่าเรือไม่ทราบเกี่ยวกับการศึกษาการจราจร^{[ 35 ] [ 36 ] [ 37 ]}

ข้อมูล ณ เดือนมีนาคมพ.ศ. 2557 ผลกระทบและข้อโต้แย้งที่เกี่ยวข้องกับการกระทำเหล่านี้ยังคงอยู่ภายใต้การสอบสวนของหน่วยงานท่าเรือ อัยการของรัฐบาลกลาง และคณะกรรมการสภานิติบัญญัติแห่งรัฐนิวเจอร์ซีย์เดวิด แซมสัน ประธานหน่วยงานท่าเรือ ซึ่งได้รับการแต่งตั้งโดยผู้ว่าการคริสตี้ ได้ลาออกเมื่อวันที่ 28 มีนาคม 2014 ท่ามกลางข้อกล่าวหาว่าเขามีส่วนเกี่ยวข้องกับเรื่องอื้อฉาวและข้อโต้แย้งอื่นๆ^{[ 38 ]}

ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2561 Caren Turnerลาออกจากคณะกรรมการบริหารหลังจากที่การสอบสวนด้านจริยธรรมเปิดเผยว่าความพยายามของเธอที่จะเข้าไปแทรกแซงการตรวจค้นรถยนต์ของลูกสาวของเธอนั้นรวมถึงพฤติกรรมที่การท่าเรืออธิบายว่าเป็น "พฤติกรรมที่น่าตกใจอย่างยิ่ง" ตำรวจรัฐนิวเจอร์ซีย์ได้เผยแพร่วิดีโอที่แสดงให้เห็นว่าเธอพยายามใช้ตำแหน่งของเธอที่การท่าเรือเพื่อข่มขู่เจ้าหน้าที่ตำรวจ^{[ 39 ] [ 40 ]}หลังจากการตรวจค้นรถยนต์ตามปกติซึ่งลูกสาววัยผู้ใหญ่ของเธอเป็นผู้โดยสาร^{[ 41 ] [ 42 ]}กรณีของเธอถูกส่งต่อไปยังคณะกรรมการจริยธรรมของรัฐนิวเจอร์ซีย์^{[ 43 ]}

ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2567 หน่วยงานได้โอนกรรมสิทธิ์ท่าเรือ Brooklyn Marine Terminal และท่าเรือ Red Hook Container Terminalให้แก่เมืองนิวยอร์กเพื่อแลกกับกรรมสิทธิ์ในท่าเรือHowland Hook Marine Terminalบนเกาะสเตเทน^{[ 44 ] [ 45 ] [ 46 ]}

การประชุมของคณะกรรมการเป็นการประชุมสาธารณะ ประชาชนทั่วไปสามารถกล่าวต่อคณะกรรมการในการประชุมเหล่านี้ได้ โดยต้องลงทะเบียนล่วงหน้าผ่านทางอีเมล^{[ 56 ]}สามารถขอเอกสารสาธารณะของหน่วยงานท่าเรือได้ผ่านทางสำนักงานเลขานุการตามนโยบายเสรีภาพในการเข้าถึงข้อมูลภายใน ซึ่งมีจุดประสงค์เพื่อให้สอดคล้องและคล้ายคลึงกับนโยบายเสรีภาพในการเข้าถึงข้อมูลของรัฐนิวยอร์กและนิวเจอร์ซีย์^{[ 57 ]}

โดยทั่วไปแล้ว สมาชิกของคณะกรรมการมักเป็นบุคคลสำคัญทางธุรกิจและผู้มีอำนาจทางการเมืองที่รักษาความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับผู้ว่าการรัฐของตน ในวันที่ 3 กุมภาพันธ์ 2554 อดีตอัยการสูงสุดของรัฐนิวเจอร์ซีย์ เดวิด แซมสันได้รับการแต่งตั้งให้เป็นประธานคนใหม่ของหน่วยงานท่าเรือโดยผู้ว่าการรัฐนิวเจอร์ซีย์ คริส คริสตี้^{[ 58 ]}ผู้ว่าการรัฐคริสตี้ประกาศการลาออกของแซมสันในเดือนมีนาคม 2559 ซึ่งเป็นผลมาจากการสอบสวนคดีอื้อฉาว " บริดจ์เกต " ^{[ 59 ]}บาซิล แพเตอร์สันบิดาของอดีตผู้ว่าการรัฐเดวิด แพเตอร์สันดำรงตำแหน่งในคณะกรรมการตั้งแต่ปี 1989 ถึง 1995 และอีกครั้งตั้งแต่ปี 2556 ถึง 2557 ^{[ 60 ]}

รายชื่อคณะกรรมการปัจจุบันมีดังนี้:

• Eugenius Harvey Outerbridge , 1921–1924 ^{[ 70 ]}
• จูเลียน เกรกอรี, 1924–1926
• จอร์จ เซบาสเตียน ซิลเซอร์ , 1926–1928
• จอห์น เอฟ. กัลวิน, 1928–1933
• แฟรงค์ ซี. เฟอร์กูสัน, 1934–1945
• โฮเวิร์ด เอส. คัลล์แมน , 1945–1955
• โดนัลด์ วี. โลว์, 1955–1959
• เอส. สโลน โคลท์ , 1959–1968
• เจมส์ ซี. เคลล็อกก์ ที่ 3 , 1968–1974
• วิลเลียม โรแนน , 1974–1977
• อลัน แซกเนอร์ , 1977–1985
• ฟิลิป ดี. คัลเทนบาเชอร์ , 1985–1990
• ริชาร์ด ลีโอน , 1990–1994
• แคธลีน โดโนแวน , 1994–1995
• ลูอิส ไอเซนเบิร์ก , 1995–2001 ^{[ 71 ]}
• แจ็ค ซินากรา , 2001–2003
• แอนโทนี อาร์. คอสเซีย, 2003–2011
• เดวิด แซมสัน , 2011–2014
• จอห์น เจ. เดกแนน , 2014–2017
• เควิน เจ. โอทูล , 2017–ปัจจุบัน

ท่าเรือนิวยอร์กและนิวเจอร์ซีย์เป็นท่าเรือที่ใหญ่ที่สุดบนชายฝั่งตะวันออกของทวีปอเมริกาเหนือ ในปี 2021 ท่าเรือของหน่วยงานท่าเรือจัดการการขนส่งทางทะเลมากเป็นอันดับสี่ในบรรดาท่าเรือของสหรัฐฯ เมื่อวัดจากปริมาณรวม^{[ 74 ] [ 72 ]}ณ เดือนสิงหาคม 2022 หน่วยงานท่าเรือเป็นผู้นำของประเทศเมื่อพิจารณาเฉพาะตู้คอนเทนเนอร์เท่านั้น ไม่รวมวัสดุเทกอง เช่น ปิโตรเลียมและธัญพืช^{[ 75 ]}

หน่วยงานท่าเรือดำเนินการท่าเรือ ต่อไปนี้ : ^{[ 73 ]}

• ท่าเรือ Port Jersey Marine Terminalในเมือง BayonneและJersey City
• ท่าเรือฮาวแลนด์ฮุคบนเกาะสเตเทน
• ท่าเรือ Port Newark-Elizabeth Marine Terminalใน Newark และElizabethเป็นแห่งแรกในประเทศที่ใช้ตู้คอนเทนเนอร์^{[ 76 ]}

หน่วยงานท่าเรือดำเนิน การบริการรถไฟ ExpressRailภายในพื้นที่ท่าเรือ รวมถึงรางรถไฟริมท่าเทียบเรือและลานรถไฟสำหรับการขนถ่ายสินค้าโดยเชื่อมต่อกับConrail Shared Assets Operations (CRCX) บนChemical Coast Secondary, Norfolk Southern (NS), CSX Transportation (CSX) และCanadian Pacific (CP) ^{[ 77 ] [ 78 ]}ตั้งแต่เดือนมกราคมถึงตุลาคม 2014 ระบบนี้จัดการการขนส่งทางรถไฟ 391,596 ครั้ง ^{[ 79 ]}ณ ปี 2014 มีระบบ ExpressRail สามระบบ (Elizabeth, Newark, Staten Island) ที่เปิดใช้งานอยู่ และกำลังก่อสร้างระบบที่สี่ที่ Port Jersey

องค์การบริหารท่าเรือได้ดำเนินการเดินรถไฟนิวยอร์ก-นิวเจอร์ซีย์ เรล แอลแอลซี (NYNJ) มาตั้งแต่เข้าซื้อกิจการในปี 1962 โดยทำหน้าที่เป็นทางรถไฟสำหรับสับเปลี่ยนและขนถ่ายสินค้าโดยให้บริการ ขนส่ง ตู้รถไฟข้ามอ่าวนิวยอร์กตอนบนระหว่างสถานีรถไฟกรีนวิลล์ในเจอร์ซีย์ซิตีและบรูคลิน

หน่วยงานท่าเรือดำเนินการสนามบินต่อไปนี้: ^{[ 73 ]}

• สนามบินนานาชาติจอห์น เอฟ. เคนเนดี ( ควีนส์ นิวยอร์ก)
• สนามบินลาการ์เดีย (ควีนส์ นิวยอร์ก)
• สนามบินนานาชาติเนวาร์กลิเบอร์ตี้ ( เนวาร์กและเอลิซาเบธรัฐนิวเจอร์ซีย์)
• สนามบินนานาชาติสจ๊วต ( นิวเบิร์ก รัฐนิวยอร์ก )
• สนามบินเทเทอร์โบโร ( เทเทอร์โบโรรัฐนิวเจอร์ซีย์)

สนามบินเคนเนดีและลาการ์เดียเป็นกรรมสิทธิ์ของเมืองนิวยอร์กและให้การท่าเรือเช่าเพื่อดำเนินการ สนามบินนิวอาร์กลิเบอร์ตี้เป็นกรรมสิทธิ์ของเมืองเอลิซาเบธและเมืองนิวอาร์ก และให้เช่าแก่การท่าเรือเช่นกัน ในปี 2550 สนามบินนานาชาติสจ๊วตซึ่งเป็นกรรมสิทธิ์ของรัฐนิวยอร์กได้ถูกให้เช่าแก่การท่าเรือ

สนามบิน JFK, LaGuardia และ Newark Liberty รวมกันเป็นระบบสนามบินที่ใหญ่ที่สุดในสหรัฐอเมริกา เป็นอันดับสองของโลกในแง่ของจำนวนผู้โดยสารและอันดับหนึ่งของโลกในแง่ของจำนวนเที่ยวบินทั้งหมด โดย JFK เป็นสนามบินที่มีผู้ใช้บริการมากที่สุดเป็นอันดับที่ 19 ของโลก และอันดับที่ 6 ในสหรัฐอเมริกา

หน่วยงานดำเนินการลานจอดเฮลิคอปเตอร์ดาวน์ทาวน์แมนฮัตตัน ( แมนฮัตตันนิวยอร์ก) จนกระทั่งสัญญาเช่าหมดอายุในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2550 ^{[ 80 ]}แต่ยังคงดำเนินการต่อไปจนกว่าผู้เช่ารายต่อไปจะเข้ามารับช่วงต่อ หน่วยงานได้ดำเนินการลานจอดเฮลิคอปเตอร์อื่นๆ ในแมนฮัตตัน แต่ได้ยกเลิกสัญญาเช่าทั้งหมดในช่วงหลายปีที่ผ่านมา

หน่วยงานท่าเรือจัดการทางข้ามทุกแห่งระหว่างนครนิวยอร์กและรัฐนิวเจอร์ซีย์ ซึ่งรวมถึงสะพานจอร์จ วอชิงตันอุโมงค์ลินคอล์นและอุโมงค์ฮอลแลนด์ซึ่งเชื่อมต่อแมนฮัตตันและนิวเจอร์ซีย์ตอนเหนือ รวมถึงสะพานโกเอธัลส์สะพานเบย์โอนน์และสะพานเอาเตอร์บริดจ์ครอสซิ่งซึ่งเชื่อมต่อเกาะสแตเทนและรัฐนิวเจอร์ซีย์พวกเขายังดูแลทางเข้าออกหลายแห่งไปยังทางข้ามเหล่านี้ เช่นจัตุรัส GWBและอุโมงค์ลินคอล์นเฮลิกซ์^{[ 73 ]}

หน่วยงานท่าเรือดำเนินการ ระบบขนส่งด่วน PATHที่เชื่อมต่อแมนฮัตตันตอนล่างและตอนกลางกับนิวเจอร์ซีย์ระบบAirTrain Newark ที่เชื่อมต่อ สนามบินนานาชาตินิวอาร์กกับNJ TransitและAmtrakผ่านสถานีบน เส้นทางรถไฟ Northeast Corridorและ ระบบ AirTrain JFKที่เชื่อมต่อ JFK กับสถานีรถไฟใต้ดิน Howard Beach และ สถานีรถไฟใต้ดิน Jamaica และ สถานีรถไฟ Long Island Rail Road ^{[ 73 ]}

สถานีขนส่งรถประจำทางหลัก ได้แก่สถานีขนส่งรถประจำทาง Port Authorityที่ถนน 42nd Streetสถานีขนส่งรถประจำทางสะพาน George Washingtonและศูนย์การขนส่ง Journal Squareในเมือง Jersey City ^{[ 73 ]}

PANYNJ เป็นผู้มีส่วนได้ส่วนเสียหลักในโครงการ Gateway [ ^{81 ]}โครงการนี้จะปรับปรุงNortheast Corridorโดยการสร้างอุโมงค์ใหม่ 2 แห่งใต้^{แม่น้ำ}ฮัดสันขนานกับอุโมงค์ North River ที่มีอยู่เดิม รวมถึงโครงสร้างพื้นฐานที่เชื่อมต่อกัน^{[ 82 ]}

นอกจากนี้ หน่วยงานท่าเรือยังเป็นเจ้าของและดำเนินการเครือข่ายรถรับส่งในพื้นที่สนามบินของตนด้วย ณ ปี 2017 หน่วยงานดังกล่าวให้บริการ รถบัส Orion จำนวน 23 คัน ที่สนามบินนิวอาร์ก 7 คันที่สนามบินลาการ์เดีย และ 40 คันที่สนามบินเจเอฟเค ซึ่งทั้งหมดซื้อในปี 2007 และ 2009 ^{[ 83 ]}

หน่วยงานท่าเรือยังมีส่วนร่วมในโครงการพัฒนาร่วมกันทั่วภูมิภาค รวมถึงนิคมอุตสาหกรรมเทเลพอร์ต บน เกาะส เตเทน นิคมอุตสาหกรรมบาธเกตในบรองซ์ นิคมอุตสาหกรรมที่เอลิซาเบธศูนย์รีไซเคิลทรัพยากรเทศมณฑลเอสเซ็กซ์ ศูนย์กฎหมายนิวอาร์ก ควีน ส์เวสต์ในลองไอส์แลนด์ซิตี้และเซาท์วอเตอร์ฟรอนท์ในโฮโบเคน [ ^{73 ] อย่างไรก็ตาม}ในเดือนเมษายน 2558 หน่วยงานกำลังพิจารณาที่จะขายทรัพย์สินของตนเพื่อเพิ่มรายได้และกลับไปสู่ภารกิจหลักในการสนับสนุนโครงสร้างพื้นฐานด้านการขนส่ง^{[ 84 ]}

หน่วยงานท่าเรือเป็นเจ้าของที่ดินเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ขนาด 16 เอเคอร์มาโดยตลอด ทั้งเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์เก่าและเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ใหม่อย่างไรก็ตาม พื้นที่สำนักงานบางส่วนในอาคารเก่าและอาคารใหม่ได้ถูกเช่า บริหารจัดการ หรือสร้างโดยSilverstein Propertiesโดยเฉพาะ อาคาร 3 World Trade Center (2018) ^{[ 85 ]}และ 7 World Trade Center ( 1987และ2006ตามลำดับ)