ผู้ปกครองรัฐเจ้าชายไม่ได้กระตือรือร้นที่จะรวมอาณาเขตของตนเข้ากับอินเดียที่เป็นอิสระอย่างเป็นเอกภาพรัฐจัมขันดีเป็นรัฐแรกที่รวมเข้ากับอินเดียที่เป็นอิสระ บางรัฐ เช่น ผู้ปกครองบิคาเนอร์และจาวฮาร์มีแรงจูงใจที่จะเข้าร่วมอินเดียด้วยเหตุผลทางอุดมการณ์และความรักชาติ^{[ 35 ]}แต่บางรัฐยืนยันว่าพวกเขามีสิทธิ์ที่จะเข้าร่วมกับอินเดียหรือปากีสถาน เป็นอิสระ หรือจัดตั้งสหภาพของตนเอง^{[ 36 ]}โภปาล ทราวันคอร์และไฮเดอราบัดประกาศว่าพวกเขาไม่มีเจตนาที่จะเข้าร่วมกับอาณาจักรใดอาณาจักรหนึ่ง^{[ 37 ]}ไฮเดอราบัดถึงกับแต่งตั้งตัวแทนการค้าในประเทศยุโรปและเริ่มการเจรจากับโปรตุเกสเพื่อเช่าหรือซื้อกัวเพื่อให้สามารถเข้าถึงทะเลได้^{[ 38 ]}และทราวันคอร์ชี้ให้เห็นถึงความสำคัญเชิงยุทธศาสตร์ของแหล่งแร่ทอเรียมสำรองของตนต่อประเทศตะวันตกในขณะที่ขอการยอมรับ^{[ 39 ]} บางรัฐเสนอให้ จัดตั้งสมาพันธ์ รัฐเจ้าชาย ทั่วทั้งอนุทวีป เพื่อเป็นหน่วยงานที่สาม นอกเหนือจากอินเดียและปากีสถาน^{[ 40 ]}โภปาลพยายามสร้างพันธมิตรระหว่างรัฐเจ้าชายและสันนิบาตมุสลิมเพื่อต่อต้านแรงกดดันที่พรรคคองเกรสกระทำต่อผู้ปกครอง^{[ 41 ]}

ปัจจัยหลายประการมีส่วนทำให้การต่อต้านครั้งแรกนี้ล่มสลาย และทำให้รัฐเจ้าชายส่วนใหญ่ที่ไม่ใช่ชาวมุสลิมเกือบทั้งหมดตกลงที่จะเข้าร่วมกับอินเดีย ปัจจัยสำคัญประการหนึ่งคือการขาดความสามัคคีในหมู่เจ้าชาย รัฐเล็กๆ ไม่ไว้วางใจรัฐใหญ่ๆ ในการปกป้องผลประโยชน์ของตน และ ผู้ปกครอง ชาวฮินดู หลายคน ไม่ไว้วางใจ เจ้าชาย มุสลิมโดยเฉพาะอย่างยิ่งฮามิดุลลาห์ ข่านนาวับแห่งโภปาลและผู้สนับสนุนเอกราชคนสำคัญ ซึ่งพวกเขาเห็นว่าเป็นตัวแทนของปากีสถาน^{[ 42 ]}คนอื่นๆ เชื่อว่าการรวมชาติเป็นสิ่งที่หลีกเลี่ยงไม่ได้ จึงพยายามสร้างความสัมพันธ์กับพรรคคองเกรส โดยหวังว่าจะได้มีส่วนร่วมในการกำหนดข้อตกลงขั้นสุดท้าย ผลที่ตามมาคือความไม่สามารถที่จะแสดงจุดยืนที่เป็นเอกภาพหรือตกลงในจุดยืนร่วมกัน ทำให้พลังอำนาจต่อรองของพวกเขาในการเจรจากับพรรคคองเกรสลดลงอย่างมาก^{[ 43 ]}การตัดสินใจของสันนิบาตมุสลิมที่จะไม่เข้าร่วมสภาร่างรัฐธรรมนูญยังส่งผลร้ายแรงต่อแผนการของเจ้าชายในการสร้างพันธมิตรกับสภาร่างรัฐธรรมนูญเพื่อต่อต้านพรรคคองเกรส^{[ 44 ]}และความพยายามที่จะคว่ำบาตรสภาร่างรัฐธรรมนูญทั้งหมดก็ล้มเหลวในวันที่ 28 เมษายน พ.ศ. 2490 เมื่อรัฐบารอดาบิคาเนอร์โค ชิน กวาลิออ ร์ ชัยปุระโจธปุระปาติอาลาและเรวาเข้าร่วมการประชุมสภา^{[ 45 ]}

เจ้าชายหลายพระองค์ยังถูกกดดันจากกระแสความนิยมที่สนับสนุนการรวมเข้ากับอินเดีย ซึ่งหมายความว่าแผนการประกาศเอกราชของพระองค์ได้รับการสนับสนุนจากประชาชนน้อยมาก^{[ 46 ]}ตัวอย่างเช่น มหาราชาแห่งทราวันคอร์ได้ละทิ้งแผนการประกาศเอกราชอย่างเด็ดขาดหลังจากความพยายามลอบสังหารเสนาบดีของพระองค์ เซอร์ซีพี รามาสวามี ไอเยอร์ [ ^{47 ] ใน}บางรัฐ หัวหน้าคณะรัฐมนตรีหรือเสนาบดีมีบทบาทสำคัญในการโน้มน้าวให้เจ้าชายเข้าร่วมกับอินเดีย^{[ 48 ]}อย่างไรก็ตาม ปัจจัยสำคัญที่ทำให้รัฐต่างๆ ยอมรับการรวมเข้ากับอินเดียคือความพยายามของลอร์ดเมาท์แบตเทนสาร์ดาร์ วัลลาบห์ไบ ปาเตลและวีพี เมนอนสองคนหลังเป็นหัวหน้าฝ่ายการเมืองและฝ่ายบริหารของกรมรัฐซึ่งรับผิดชอบความสัมพันธ์กับรัฐเจ้าชาย

เมาท์แบตเทนเชื่อว่าการทำให้รัฐต่างๆ เข้าร่วมกับอินเดียเป็นสิ่งสำคัญในการบรรลุข้อตกลงเจรจากับสภาคองเกรสเพื่อการถ่ายโอนอำนาจ^{[ 49 ]}ในฐานะญาติของพระเจ้าจอร์จที่ 6 เขาได้รับความไว้วางใจจากเจ้าชายส่วนใหญ่และเป็นเพื่อนส่วนตัวของหลายคน โดยเฉพาะอย่างยิ่งนาวาบแห่งโภปาลฮามิดุลลาห์ ข่านเจ้าชายยังเชื่อว่าเขาจะสามารถรับประกันได้ว่าอินเดียที่เป็นอิสระจะปฏิบัติตามเงื่อนไขใดๆ ที่อาจตกลงกันได้ เนื่องจากนายกรัฐมนตรีจาวาฮาร์ลัล เนห์รูและปาเตลได้ขอให้เขาเป็นผู้ว่าการทั่วไปคนแรกของโดมิเนียนแห่งอินเดีย^{[ 50 ]}

เมาท์แบตเทนใช้อิทธิพลของเขากับเจ้าชายเพื่อผลักดันให้พวกเขาเข้าร่วม เขาประกาศว่ารัฐบาลอังกฤษจะไม่ให้สถานะโดมิเนียนแก่รัฐเจ้าชายใดๆ และจะไม่ยอมรับพวกเขาเข้าสู่เครือจักรภพบริติชซึ่งหมายความว่าราชบัลลังก์อังกฤษจะตัดความสัมพันธ์ทั้งหมดกับรัฐเหล่านั้น เว้นแต่พวกเขาจะเข้าร่วมกับอินเดียหรือปากีสถาน^{[ 51 ]}เขาชี้ให้เห็นว่าอนุทวีปอินเดียเป็นหน่วยเศรษฐกิจเดียวกัน และรัฐต่างๆ จะได้รับผลกระทบมากที่สุดหากความเชื่อมโยงถูกตัดขาด^{[ 52 ] เขายังชี้ให้เห็นถึงความยากลำบากที่เจ้าชายจะต้องเผชิญในการรักษา ความ}สงบเรียบร้อยเมื่อเผชิญกับภัยคุกคามต่างๆ เช่น การเพิ่มขึ้นของความรุนแรงทางศาสนาและการเคลื่อนไหวของคอมมิวนิสต์ [ ^{47 ]}

เมาท์แบตเทนเน้นย้ำว่าเขาจะทำหน้าที่เป็นผู้ดูแลความมุ่งมั่นของเจ้าชาย เนื่องจากเขาจะดำรงตำแหน่งประมุขแห่งรัฐของอินเดียไปจนถึงปี 1948 เขาได้เจรจาส่วนตัวกับเจ้าชายที่ไม่เต็มใจ เช่น นาวับแห่งโภปาล ซึ่งเขาขอให้ลงนามในเอกสารการผนวกดินแดนให้โภปาลเป็นส่วนหนึ่งของอินเดียผ่านจดหมายลับ ซึ่งเมาท์แบตเทนจะเก็บไว้ในตู้นิรภัยของเขา และจะส่งมอบให้แก่กระทรวงการต่างประเทศในวันที่ 15 สิงหาคมก็ต่อเมื่อนาวับไม่เปลี่ยนใจก่อนหน้านั้น ซึ่งเขาสามารถทำได้ นาวับตกลงและไม่ผิดสัญญา^{[ 53 ]}

ในขณะนั้น เจ้าชายหลายพระองค์บ่นว่าถูกอังกฤษทรยศ ซึ่งพวกเขามองว่าอังกฤษเป็นพันธมิตร^{[ 54 ]}และเซอร์คอนราด คอร์ฟิลด์ได้ลาออกจากตำแหน่งหัวหน้าแผนกการเมืองเพื่อประท้วงนโยบายของเมาท์แบตเทน^{[ 47 ]}นโยบายของเมาท์แบตเทนยังถูกวิพากษ์วิจารณ์โดยพรรคอนุรักษ์นิยมฝ่ายค้าน อีกด้วย ^{[ 55 ]}วินสตัน เชอร์ชิลล์เปรียบเทียบภาษาที่รัฐบาลอินเดียใช้กับภาษาที่อดอล์ฟ ฮิตเลอร์ ใช้ ก่อนการรุกรานออสเตรีย [ ^{56 ] อย่างไรก็ตาม นักประวัติศาสตร์สมัยใหม่ เช่น อีดับบลิว อาร์ ลัมบี และ อา}ร์เจ มัวร์ มีมุมมองว่าเมาท์แบตเทนมีบทบาทสำคัญในการทำให้รัฐเจ้าชายตกลงที่จะเข้าร่วมกับอินเดีย^{[ 57 ]}

ปัจจัยสำคัญที่สุดที่นำไปสู่การตัดสินใจของเจ้าชายในการเข้าร่วมกับอินเดียคือนโยบายของพรรคคองเกรส โดยเฉพาะอย่างยิ่งนโยบายของปาเตลและเมนอนจุดยืนของพรรคคองเกรสคือรัฐเจ้าชายไม่ใช่รัฐอธิปไตย และด้วยเหตุนี้จึงไม่สามารถเลือกที่จะเป็นอิสระได้แม้จะสิ้นสุดอำนาจสูงสุดแล้วก็ตาม ดังนั้นรัฐเจ้าชายจึงต้องเข้าร่วมกับอินเดียหรือปากีสถาน^{[ 58 ]}ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2489 เนห์รูได้กล่าวอย่างชัดเจนว่าไม่มีรัฐเจ้าชายใดสามารถเอาชนะกองทัพของอินเดียที่เป็นอิสระได้ทางการทหาร^{[ 47 ]}ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2490 เขากล่าวว่าอินเดียที่เป็นอิสระจะไม่ยอมรับสิทธิอันศักดิ์สิทธิ์ของกษัตริย์ [ ^{59 ] และในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2490 เขาประกาศว่ารัฐเจ้าชายใดก็ตามที่ปฏิเสธที่จะเข้า ร่วม}สภาร่างรัฐธรรมนูญจะถูกปฏิบัติเสมือนเป็นรัฐศัตรู^{[ 47 ]}ผู้นำพรรคคองเกรสคนอื่นๆ เช่นC. Rajagopalachariโต้แย้งว่าเนื่องจากอำนาจสูงสุด "เกิดขึ้นจริง ไม่ใช่โดยข้อตกลง" จึงจำเป็นต้องตกเป็นของรัฐบาลอินเดียที่เป็นอิสระ ในฐานะผู้สืบทอดอำนาจจากอังกฤษ^{[ 60 ]}

ปาเตลและเมนอน ซึ่งได้รับมอบหมายให้ทำหน้าที่เจรจากับเจ้าชาย ได้ใช้วิธีการที่ประนีประนอมมากกว่าเนห์รู^{[ 61 ]}แถลงการณ์นโยบายอย่างเป็นทางการของรัฐบาลอินเดียที่ปาเตลประกาศเมื่อวันที่ 5 กรกฎาคม พ.ศ. 2490 ไม่ได้แสดงการข่มขู่ใดๆ แต่เน้นย้ำถึงความเป็นเอกภาพของอินเดียและผลประโยชน์ร่วมกันของเจ้าชายและอินเดียที่เป็นอิสระ ให้ความมั่นใจแก่พวกเขาเกี่ยวกับเจตนารมณ์ของพรรคคองเกรส และเชิญชวนให้พวกเขาร่วมกับอินเดียที่เป็นอิสระ "เพื่อออกกฎหมายร่วมกันในฐานะมิตร มากกว่าที่จะทำสนธิสัญญาในฐานะคนต่างด้าว" ^{[ 62 ]}เขาย้ำว่ากระทรวงการต่างประเทศจะไม่พยายามสร้างความสัมพันธ์แบบครอบงำเหนือรัฐเจ้าชาย ต่างจากกระทรวงการเมืองของรัฐบาลอังกฤษ กระทรวงการต่างประเทศจะไม่เป็นเครื่องมือที่มีอำนาจสูงสุด แต่จะเป็นสื่อกลางในการดำเนินธุรกิจระหว่างรัฐต่างๆ และอินเดียในฐานะผู้เท่าเทียมกัน^{[ 63 ]}

ปาเตลและเมนอนสนับสนุนความพยายามทางการทูตของพวกเขาโดยการจัดทำสนธิสัญญาที่ออกแบบมาเพื่อดึงดูดผู้ปกครองรัฐเจ้าชาย เอกสารสำคัญสองฉบับถูกจัดทำขึ้น ฉบับแรกคือข้อตกลงการหยุดนิ่งซึ่งยืนยันการต่อเนื่องของข้อตกลงและแนวปฏิบัติการบริหารที่มีอยู่ก่อนแล้ว ฉบับที่สองคือตราสารการเข้าร่วมซึ่งผู้ปกครองรัฐเจ้าชายที่เกี่ยวข้องตกลงที่จะเข้าร่วมอาณาจักรของตนกับอินเดียที่เป็นอิสระ โดยมอบอำนาจการควบคุมเรื่องต่างๆ ที่ระบุไว้ให้กับอินเดีย^{[ 36 ]}ลักษณะของเรื่องต่างๆ แตกต่างกันไปตามรัฐที่เข้าร่วม รัฐที่มีเอกราชภายในภายใต้การปกครองของอังกฤษได้ลงนามในตราสารการเข้าร่วมซึ่งมอบอำนาจเพียงสามเรื่องให้กับรัฐบาลอินเดีย ได้แก่ การป้องกันประเทศ การต่างประเทศและการสื่อสาร ซึ่งแต่ละเรื่องกำหนดไว้ตามรายการที่ 1 ของตารางที่ 7 ของพระราชบัญญัติรัฐบาลอินเดีย ค.ศ. 1935 ผู้ปกครองรัฐซึ่งในทางปฏิบัติเป็นรัฐหรือตำบลซึ่งอำนาจการบริหารส่วนใหญ่อยู่ในอำนาจของพระมหากษัตริย์ ได้ลงนามในเอกสารการเข้าร่วมที่แตกต่างออกไป ซึ่งมอบอำนาจและเขตอำนาจศาลที่เหลือทั้งหมดให้กับรัฐบาลอินเดีย ผู้ปกครองรัฐที่มีสถานะระดับกลางได้ลงนามในเอกสารประเภทที่สาม ซึ่งรักษาอำนาจในระดับที่พวกเขามีภายใต้การปกครองของอังกฤษ^{[ 64 ]}

เอกสารการเข้าร่วมได้นำมาตรการคุ้มครองอื่นๆ มาใช้หลายประการ มาตรา 7 ระบุว่าเจ้าชายจะไม่ผูกพันกับรัฐธรรมนูญของอินเดียเมื่อมีการร่างขึ้น มาตรา 8 รับประกันเอกราชของพวกเขาในทุกพื้นที่ที่ไม่ได้ยกให้แก่รัฐบาลอินเดีย^{[ 65 ]}นอกจากนี้ยังมีคำมั่นสัญญาอีกหลายประการ ผู้ปกครองที่ตกลงเข้าร่วมจะได้รับการรับประกันว่า สิทธิ พิเศษนอกอาณาเขต ของพวกเขา เช่นภูมิคุ้มกันจากการดำเนินคดีในศาลอินเดียและการยกเว้นภาษีศุลกากร จะได้รับการคุ้มครอง พวกเขาจะได้รับอนุญาตให้ค่อยๆ พัฒนาประชาธิปไตย รัฐหลักทั้ง 18 รัฐจะไม่ถูกบังคับให้รวมกัน และพวกเขายังคงมีสิทธิ์ได้รับเกียรติยศและเครื่องราชอิสริยาภรณ์ของอังกฤษ^{[ 66 ]} ในการอภิปราย ลอร์ดเมาท์แบตเท นได้เสริมคำกล่าวของปาเตลและเมนอนโดยเน้นว่าเอกสารดังกล่าวให้ "เอกราชในทางปฏิบัติ" ที่เจ้าชายต้องการทั้งหมด^{[ 67 ]} Mountbatten, Patel และ Menon ยังพยายามทำให้เจ้าชายเกิดความรู้สึกว่า หากพวกเขาไม่ยอมรับเงื่อนไขที่เสนอให้ในขณะนั้น พวกเขาอาจต้องเข้าร่วมในภายหลังด้วยเงื่อนไขที่ไม่เอื้ออำนวยอย่างมาก^{[ 68 ]}ข้อตกลง Standstill Agreement ยังถูกใช้เป็นเครื่องมือในการเจรจาต่อรอง เนื่องจากกระทรวงการต่างประเทศได้ปฏิเสธอย่างเด็ดขาดที่จะลงนามในข้อตกลง Standstill Agreement กับรัฐเจ้าชายที่ไม่ได้ลงนามในเอกสารการเข้าร่วม^{[ 69 ]}

ผู้ปกครองเมืองจอดห์ปูร์ฮันวันต์ ซิงห์ ไม่ชอบพรรคคองเกรส และมองไม่เห็นอนาคตที่ดีในอินเดียสำหรับตนเองหรือวิถีชีวิตที่เขาปรารถนา เขาร่วมกับผู้ปกครองเมืองไจซัลเมอร์เข้าสู่การเจรจากับมูฮัมหมัด อาลี จินนาห์ซึ่งเป็นประมุขแห่งรัฐที่ได้รับการแต่งตั้งของปากีสถานจินนาห์กระตือรือร้นที่จะดึงดูดรัฐชายแดนขนาดใหญ่บางแห่ง โดยหวังว่าจะดึงดูด รัฐ ราชปุต อื่นๆ เข้าสู่ปากีสถานและชดเชยการสูญเสียครึ่งหนึ่งของเบงกอลและปัญจาบเขาเสนอให้จอดห์ปูร์และไจซัลเมอร์เข้าร่วมปากีสถานได้ตามเงื่อนไขใดๆ ก็ตามที่พวกเขาเลือก โดยให้กระดาษเปล่าแก่ผู้ปกครองและขอให้พวกเขาเขียนเงื่อนไขลงไป ซึ่งเขาจะลงนาม^{[ 73 ]}ไจซัลเมอร์ปฏิเสธ โดยให้เหตุผลว่าจะเป็นเรื่องยากสำหรับเขาที่จะเข้าข้างชาวมุสลิมต่อต้านชาวฮินดูในกรณีที่เกิดปัญหาความขัดแย้งทางศาสนา ฮันวันต์ ซิงห์เกือบจะลงนาม อย่างไรก็ตาม บรรยากาศในจอดห์ปูร์โดยทั่วไปเป็นปฏิปักษ์ต่อการเข้าร่วมปากีสถาน เมาท์แบตเทนยังชี้ให้เห็นว่าการผนวกรัฐที่มีประชากรส่วนใหญ่เป็นชาวฮินดูเข้ากับปากีสถานจะขัดกับหลักการของทฤษฎีสองชาติซึ่งเป็นพื้นฐานของปากีสถาน และมีแนวโน้มที่จะก่อให้เกิดความรุนแรงทางศาสนาในรัฐนั้น ฮันวันต์ ซิงห์ถูกโน้มน้าวด้วยข้อโต้แย้งเหล่านี้ และยอมเข้าร่วมกับอินเดียอย่างไม่เต็มใจนัก^{[ 74 ]}

ในภาคตะวันออกเฉียงเหนือของอินเดีย รัฐชายแดนมณีปุระและตริปุระได้เข้าร่วมกับอินเดียเมื่อวันที่ 11 สิงหาคมและ 13 สิงหาคมตามลำดับ^{[ 75 ] [ 76 ]}

แม้ว่าในทางทฤษฎีแล้วรัฐต่างๆ จะมีอิสระที่จะเลือกได้ว่าจะเข้าร่วมกับอินเดียหรือปากีสถาน แต่เมาท์แบตเทนได้ชี้ให้เห็นว่า "ข้อจำกัดทางภูมิศาสตร์" หมายความว่ารัฐส่วนใหญ่ต้องเลือกอินเดีย ในทางปฏิบัติแล้ว เขาถือว่ามีเพียงรัฐที่มีพรมแดนติดกับปากีสถานเท่านั้นที่สามารถเลือกเข้าร่วมกับปากีสถานได้^{[ 71 ]}

นาวับแห่งจูนาการ์ด ซึ่งเป็นรัฐเจ้าชายที่ตั้งอยู่ทางตะวันตกเฉียงใต้ของรัฐคุชราตและไม่มีพรมแดนติดกับปากีสถาน เลือกที่จะเข้าร่วมกับปากีสถานโดยไม่สนใจความคิดเห็นของเมาท์แบตเทน โดยอ้างว่าสามารถเดินทางมาจากปากีสถานทางทะเลได้ ผู้ปกครองของสองรัฐที่อยู่ภายใต้อำนาจของจูนาการ์ด ได้แก่มังโกรลและบาบาริอาวัด ตอบโต้ด้วยการประกาศเอกราชจากจูนาการ์ดและเข้าร่วมกับอินเดีย ในการตอบสนอง นาวับแห่งจูนาการ์ดได้เข้ายึดครองรัฐเหล่านั้นด้วยกำลังทหาร ผู้ปกครองของรัฐใกล้เคียงตอบโต้ด้วยความโกรธ โดยส่งกองทหารไปยังชายแดนจูนาการ์ดและขอความช่วยเหลือจากรัฐบาลอินเดีย กลุ่มคนจูนาการ์ด นำโดยซามัลดาส กานธีได้จัดตั้งรัฐบาลพลัดถิ่นขึ้น คืออาร์ซี ฮูคูมัต (“รัฐบาลชั่วคราว”) ^{[ 77 ]}

อินเดียเชื่อว่าหากอนุญาตให้จูนาการ์ดไปอยู่กับปากีสถาน ความตึงเครียดทางศาสนาที่กำลังคุกรุ่นอยู่ในรัฐคุชราตจะยิ่งทวีความรุนแรงขึ้น และปฏิเสธที่จะยอมรับการผนวกดินแดน รัฐบาลชี้ให้เห็นว่ารัฐนี้มีประชากรฮินดูถึง 80% และเรียกร้องให้มีการลงประชามติเพื่อตัดสินปัญหาการผนวกดินแดน ในขณะเดียวกัน พวกเขาก็ตัดการส่งเชื้อเพลิงและถ่านหินไปยังจูนาการ์ด ตัดการเชื่อมต่อทางอากาศและไปรษณีย์ ส่งกองกำลังไปยังชายแดน และเข้ายึดครองอาณาจักรมังโกรลและบาบาริอาวัดที่เคยผนวกดินแดนกับอินเดีย^{[ 78 ]}ปากีสถานตกลงที่จะหารือ เกี่ยวกับการลง ประชามติโดยมีเงื่อนไขว่าอินเดียต้องถอนทหารออกไป ซึ่งเป็นเงื่อนไขที่อินเดียปฏิเสธ ในวันที่ 26 ตุลาคม นาวับและครอบครัวของเขาหนีไปยังปากีสถานหลังจากการปะทะกับทหารอินเดีย ในวันที่ 7 พฤศจิกายน ศาลของจูนาการ์ดซึ่งกำลังจะล่มสลาย ได้เชิญรัฐบาลอินเดียให้เข้ามารับช่วงการบริหารรัฐ รัฐบาลอินเดียตกลง^{[ 79 ]}มีการจัดทำประชามติในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2491 ซึ่งผลการลงคะแนนเกือบเป็นเอกฉันท์เห็นชอบให้ผนวกเข้ากับอินเดีย^{[ 80 ]}

จนถึงทุกวันนี้ ปากีสถานยังคงอ้างสิทธิ์อธิปไตยเหนือรัฐจูนาการ์ด

ในขณะที่มีการถ่ายโอนอำนาจ รัฐชัมมูและแคชเมียร์ (เรียกกันอย่างกว้างขวางว่า "แคชเมียร์") อยู่ภายใต้การปกครองของมหาราชาฮารี ซิงห์ซึ่งเป็นชาวฮินดู แม้ว่ารัฐนั้นจะมีประชากรส่วนใหญ่เป็นชาวมุสลิมก็ตาม ฮารี ซิงห์ ลังเลที่จะเข้าร่วมกับทั้งอินเดียหรือปากีสถาน เพราะทั้งสองประเทศจะก่อให้เกิดปฏิกิริยาที่ไม่พึงประสงค์ในบางส่วนของอาณาจักรของเขา^{[ 81 ]}เขาได้ลงนามในข้อตกลงหยุดนิ่งกับปากีสถานและเสนอข้อตกลงกับอินเดียด้วย^{[ 82 ]}แต่ประกาศว่าแคชเมียร์ตั้งใจที่จะคงความเป็นอิสระ^{[ 71 ]}อย่างไรก็ตาม การปกครองของเขาถูกต่อต้านโดยเชค อับดุลลาห์ผู้นำยอดนิยมของพรรคการเมืองที่ใหญ่ที่สุดในแคชเมียร์ คือ พรรคการประชุมแห่งชาติซึ่งเรียกร้องให้เขาสละราชสมบัติ^{[ 82 ]}

ปากีสถานพยายามผลักดันประเด็นการผนวกแคชเมียร์เข้ากับอินเดีย โดยตัดเส้นทางการขนส่งและเสบียง เส้นทางการขนส่งระหว่างปากีสถานกับอินเดียนั้นไม่มั่นคงและถูกน้ำท่วมในช่วงฤดูฝน ดังนั้นแคชเมียร์จึงมีเพียงเส้นทางการขนส่งทางอากาศเท่านั้น ข่าวลือเกี่ยวกับการกระทำโหดร้ายต่อชาวมุสลิมในปูนช์โดยกองกำลังของมหาราชาแพร่กระจายในปากีสถาน ไม่นานหลังจากนั้น ชนเผ่า ปาทานจากจังหวัดชายแดนตะวันตกเฉียงเหนือของปากีสถานก็ข้ามพรมแดนเข้าสู่แคชเมียร์^{[ 83 ]}ผู้รุกรานรุกคืบอย่างรวดเร็วไปยังศรีนาการ์ มหาราชาแห่งแคชเมียร์เขียนจดหมายถึงอินเดียเพื่อขอความช่วยเหลือทางทหาร อินเดียต้องการให้มีการลงนามในเอกสารการผนวกและจัดตั้งรัฐบาลชั่วคราวโดยมีเชค อับดุลลาห์เป็นหัวหน้าเพื่อแลกเปลี่ยน^{[ 84 ]}มหาราชาปฏิบัติตาม แต่เนห์รูประกาศว่าจะต้องได้รับการยืนยันโดยการลงประชามติ แม้ว่าจะไม่มีข้อกำหนดทางกฎหมายที่จะต้องขอการยืนยันดังกล่าวก็ตาม^{[ 85 ]}

กองทัพอินเดียเข้ายึดครองจัมมูศรีนาการ์ และหุบเขาแคชเมียร์ในช่วงสงครามแคชเมียร์ครั้งแรกแต่การสู้รบอย่างดุเดือดเริ่มอ่อนกำลังลงเมื่อเข้าสู่ฤดูหนาว ซึ่งทำให้พื้นที่ส่วนใหญ่ของรัฐไม่สามารถสัญจรได้ นายกรัฐมนตรีเนห์รูตระหนักถึงความสนใจจากนานาชาติที่มีต่อข้อพิพาทนี้ จึงขอให้สหประชาชาติเข้ามาไกล่เกลี่ย โดยให้เหตุผลว่ามิเช่นนั้นอินเดียจะต้องบุกปากีสถานเอง เนื่องจากปากีสถานไม่สามารถหยุดยั้งการรุกรานของชนเผ่าได้^{[ 86 ]}เมื่อวันที่ 13 สิงหาคม พ.ศ. 2491 สหประชาชาติได้มีมติสามส่วนและเรียกร้องให้มีการหยุดยิง เมื่อวันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2492 อินเดียตกลงที่จะหยุดยิง^{[ 87 ]}การลงประชามติไม่เคยเกิดขึ้น และเมื่อวันที่ 26 มกราคม พ.ศ. 2493 รัฐธรรมนูญของอินเดียมีผลบังคับใช้ในแคชเมียร์ แต่มีบทบัญญัติพิเศษสำหรับรัฐนี้^{[ 88 ]}อย่างไรก็ตาม อินเดียไม่ได้ยึดครองจัมมูและแคชเมียร์ทั้งหมด พื้นที่ทางตอนเหนือและตะวันตกของแคชเมียร์ตกอยู่ภายใต้การควบคุมของปากีสถานในปี 1947 ระหว่างการกบฏปูนช์ปี 1947และการกบฏกิลกิตปี 1947และต่อมาได้ชื่อว่าแคชเมียร์ภายใต้การปกครองของปากีสถาน

ไฮเดอราบัดเป็นรัฐที่ไม่มีทางออกสู่ทะเล ครอบคลุมพื้นที่กว่า 82,000 ตารางไมล์ (กว่า 212,000 ตารางกิโลเมตร) ในภาคตะวันออกเฉียงใต้ของอินเดีย แม้ว่า 87% ของประชากร 17 ล้านคนจะเป็นชาวฮินดู แต่ผู้ปกครองคือนิซามออสมาน อาลี ข่านเป็นชาวมุสลิม และการเมืองของรัฐก็ถูกครอบงำโดยชนชั้นนำมุสลิม^{[ 89 ]}ขุนนางมุสลิมและ พรรคอิ ตเตฮัด-อุล-มุสลิมีนซึ่งเป็นพรรคมุสลิมที่ทรงอิทธิพลและสนับสนุนนิซาม ยืนยันว่าไฮเดอราบัดต้องคงความเป็นอิสระและมีสถานะเท่าเทียมกับอินเดียและปากีสถาน ดังนั้น ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2490 นิซามจึงออกพระราชกฤษฎีกาประกาศว่าเมื่อมีการถ่ายโอนอำนาจ รัฐของเขาจะกลับมาเป็นอิสระอีกครั้ง^{[ 90 ]}รัฐบาลอินเดียปฏิเสธพระราชกฤษฎีกาดังกล่าว โดยเรียกมันว่า "การอ้างสิทธิ์ทางกฎหมายที่มีความน่าเชื่อถือน่าสงสัย" มีการโต้แย้งว่าทำเลที่ตั้งเชิงยุทธศาสตร์ของไฮเดอราบัด ซึ่งตั้งอยู่บนเส้นทางคมนาคมหลักระหว่างอินเดียตอนเหนือและตอนใต้ หมายความว่า "ผลประโยชน์ของต่างชาติ" สามารถใช้ประโยชน์จากเมืองนี้เพื่อคุกคามอินเดียได้อย่างง่ายดาย และด้วยเหตุนี้ ประเด็นดังกล่าวจึงเกี่ยวข้องกับความกังวลด้านความมั่นคงของชาติ นอกจากนี้ยังชี้ให้เห็นว่าประชาชน ประวัติศาสตร์ และที่ตั้งของรัฐนี้ ทำให้รัฐนี้เป็นส่วนหนึ่งของอินเดียอย่างไม่ต้องสงสัย และ "ผลประโยชน์ร่วมกัน" ของรัฐนี้จึงกำหนดให้ต้องผนวกรวมเข้ากับอินเดีย^{[ 91 ]}

นิซามเตรียมที่จะทำสนธิสัญญากับอินเดียแบบจำกัด ซึ่งให้การคุ้มครองไฮเดอราบัดที่ไม่ได้ระบุไว้ในเอกสารมาตรฐานของการเข้าร่วม เช่น ข้อกำหนดที่รับประกันความเป็นกลางของไฮเดอราบัดในกรณีที่เกิดความขัดแย้งระหว่างอินเดียและปากีสถาน อินเดียปฏิเสธข้อเสนอนี้ โดยอ้างว่ารัฐอื่นๆ จะเรียกร้องสัมปทานที่คล้ายกัน ข้อตกลงหยุดชั่วคราวถูกลงนามเป็นมาตรการชั่วคราว แม้ว่าไฮเดอราบัดจะยังไม่ตกลงที่จะเข้าร่วมกับอินเดียก็ตาม^{[ 92 ]}อย่างไรก็ตาม ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2490 อินเดียกล่าวหาไฮเดอราบัดว่าละเมิดข้อตกลงซ้ำแล้วซ้ำเล่า ในขณะที่นิซามกล่าวหาว่าอินเดียปิดล้อมรัฐของเขา ซึ่งเป็นข้อกล่าวหาที่อินเดียปฏิเสธ^{[ 93 ]}

นอกจากนี้ นิซามยังเผชิญกับการกบฏเทลังกานาที่นำโดยคอมมิวนิสต์ ซึ่งเริ่มต้นในปี 1946 ในฐานะการก่อจลาจลของชาวนาต่อต้านชนชั้นศักดินา และนิซามก็ไม่สามารถปราบปรามได้^{[ 94 ] [ 95 ]}สถานการณ์เลวร้ายลงไปอีกในปี 1948 กลุ่มราซาการ์ ("อาสาสมัคร") ซึ่งเป็นกองกำลังติดอาวุธที่สังกัดอิตเตฮัด-อุล-มุสลิมีน และก่อตั้งขึ้นภายใต้อิทธิพลของมุสลิมหัวรุนแรงกาซิม ราซวีได้เข้ามามีบทบาทในการสนับสนุนชนชั้นปกครองมุสลิมต่อต้านการลุกฮือของประชาชนชาวฮินดู และเริ่มเพิ่มกิจกรรมและถูกกล่าวหาว่าพยายามข่มขู่หมู่บ้าน พรรคคองเกรสแห่งรัฐไฮเดอราบัด ซึ่งเป็นพันธมิตรกับพรรคคองเกรสแห่งชาติอินเดีย ได้เริ่มการเคลื่อนไหวทางการเมือง^{[ 96 ]}สถานการณ์เลวร้ายลงไปอีกเนื่องจากกลุ่มคอมมิวนิสต์ ซึ่งเดิมทีสนับสนุนพรรคคองเกรส แต่ตอนนี้เปลี่ยนข้างและเริ่มโจมตีกลุ่มคองเกรส^{[ 96 ]}ความพยายามของเมาท์แบตเทนในการหาทางออกโดยการเจรจาล้มเหลว และในเดือนสิงหาคม นิซามอ้างว่าเขากลัวการรุกรานที่ใกล้เข้ามา จึงพยายามเข้าหาคณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติและศาลยุติธรรมระหว่างประเทศ [ ^{97 ] ปา}เตลยืนยันว่าหากปล่อยให้ไฮเดอราบัดดำรงความเป็นอิสระต่อไป เกียรติภูมิของรัฐบาลจะเสื่อมเสีย และทั้งชาวฮินดูและชาวมุสลิมก็จะไม่รู้สึกปลอดภัยในอาณาจักรของตน^{[ 98 ]}ในวันที่ 7 กันยายน จาวาฮาร์ลัล เนห์รู ยื่นคำขาดต่อนิซาม เรียกร้องให้ห้ามกลุ่มราซาการ์และส่งกองทหารอินเดียกลับไปยังเซคันเดอราบัด^{[ 99 ]}

เมื่อวันที่ 13 กันยายน พ.ศ. 2491 สองวันหลังจากการเสียชีวิตของจินนาห์กองทัพอินเดียถูกส่งเข้าไปในไฮเดอราบัดภายใต้ปฏิบัติการโปโลโดยอ้างว่าสถานการณ์ด้านกฎหมายและความสงบเรียบร้อยที่นั่นคุกคามสันติภาพของอินเดียใต้ [ ^{100 ] [ 101 ] กอง}ทหารพบกับการต่อต้านเพียงเล็กน้อยจากพวกราซาการ์ และระหว่างวันที่ 13 ถึง 18 กันยายน ก็เข้าควบคุมรัฐได้อย่างสมบูรณ์ ปฏิบัติการนี้นำไปสู่ความรุนแรงทางศาสนาครั้งใหญ่ โดยมีการประมาณการจำนวนผู้เสียชีวิตตั้งแต่ทางการที่ 27,000–40,000 คน ไปจนถึงนักวิชาการที่ 200,000 คนขึ้นไป^{[ 102 ] [ 103 ]}นิซามยังคงดำรงตำแหน่งประมุขแห่งรัฐในลักษณะเดียวกับเจ้าชายองค์อื่นๆ ที่เข้าร่วมกับอินเดีย^{[ 104 ]}จากนั้นเขาจึงปฏิเสธข้อร้องเรียนที่ส่งไปยังสหประชาชาติ และแม้จะมีการประท้วงอย่างรุนแรงจากปากีสถานและการวิพากษ์วิจารณ์อย่างหนักจากประเทศอื่นๆ คณะมนตรีความมั่นคงก็ไม่ได้ดำเนินการใดๆ เพิ่มเติมเกี่ยวกับเรื่องนี้ และไฮเดอราบัดก็ถูกผนวกเข้ากับอินเดีย^{[ 105 ]}

ขั้นตอนแรกในกระบวนการนี้ ซึ่งดำเนินการระหว่างปี 1947 ถึง 1950 คือการรวมรัฐขนาดเล็กที่ไม่ได้รับการพิจารณาจากรัฐบาลอินเดียว่าเป็นหน่วยบริหารที่มีศักยภาพเข้ากับจังหวัดใกล้เคียง หรือรวมกับรัฐเจ้าชายอื่นๆ เพื่อสร้าง "สหภาพเจ้าชาย" ^{[ 110 ]}นโยบายนี้เป็นที่ถกเถียงกัน เนื่องจากเกี่ยวข้องกับการยุบรัฐต่างๆ ที่อินเดียเพิ่งรับรองการดำรงอยู่โดยเมาท์แบตเทนและผู้นำอินเดียเมื่อไม่นานมานี้^{[ 111 ]}ปาเตลและเมนอนเน้นย้ำว่าหากไม่มีการบูรณาการ เศรษฐกิจของรัฐต่างๆ จะล่มสลาย และความวุ่นวายจะเกิดขึ้นหากเจ้าชายไม่สามารถให้ประชาธิปไตยและปกครองได้อย่างเหมาะสม พวกเขาชี้ให้เห็นว่ารัฐขนาดเล็กหลายแห่งมีขนาดเล็กมากและขาดทรัพยากรที่จะรักษาเศรษฐกิจและสนับสนุนประชากรที่เพิ่มขึ้น นอกจากนี้หลายแห่งยังกำหนดกฎภาษีและข้อจำกัดอื่นๆ ที่ขัดขวางการค้าเสรีกับจังหวัดต่างๆ ซึ่งจะต้องถูกยกเลิกในอินเดียที่เป็นเอกภาพ^{[ 112 ]}

เนื่องจากการรวมรัฐเกี่ยวข้องกับการละเมิดการรับประกันที่ Mountbatten ให้ไว้เป็นการส่วนตัว ในตอนแรก Patel และ Nehru ตั้งใจจะรอจนกว่าวาระการ ดำรงตำแหน่ง ผู้ว่าการทั่วไป ของเขา จะสิ้นสุดลงอย่างไรก็ตาม การลุกฮือของชน เผ่าพื้นเมืองในโอริสสา ในช่วงปลายปี 1947 บีบให้พวกเขาต้องดำเนินการ ^{[ 110 ]}ในเดือนธันวาคม 1947 เจ้าชายจากหน่วยงานอินเดียตะวันออกและหน่วยงานฉัตติสการ์ถูกเรียกตัวไปประชุมกับ Menon ตลอดทั้งคืน ซึ่งพวกเขาถูกโน้มน้าวให้ลงนามในข้อตกลงการรวมรัฐเพื่อผนวกรัฐของพวกเขาเข้ากับโอริสสาจังหวัดกลางและพิหารโดยมีผลตั้งแต่วันที่ 1 มกราคม 1948 ^{[ 113 ]}ต่อมาในปีนั้น รัฐ 66 รัฐในคุชราตและเดคคานถูกผนวกเข้ากับบอมเบย์รวมถึงรัฐขนาดใหญ่อย่างโกลฮาปูร์และบารอดารัฐเล็กๆ อื่นๆ ถูกผนวกเข้ากับมัทราส ปัญจาบตะวันออกเบงกอลตะวันตกจังหวัดสหรัฐและอัสสัม [ ^{114 ] อย่างไรก็ตาม}ไม่ใช่ทุกรัฐที่ลงนามในข้อตกลงการรวมรัฐจะถูกผนวกเข้ากับจังหวัด สามสิบรัฐของอดีตหน่วยงานรัฐปัญจาบฮิลล์ซึ่งอยู่ใกล้ชายแดนระหว่างประเทศและได้ลงนามในข้อตกลงการควบรวมกิจการถูกรวมเข้ากับรัฐหิมาจัลประเทศซึ่งเป็นหน่วยงานที่แยกต่างหากและได้รับการบริหารโดยตรงจากส่วนกลางในฐานะจังหวัดของหัวหน้าผู้ตรวจการด้วยเหตุผลด้านความปลอดภัย^{[ 115 ]}

ข้อตกลง 'การควบรวม' ประเภทที่สองถูกเรียกร้องจากรัฐต่างๆ ตามแนวชายแดนที่อ่อนไหว ได้แก่คุชในอินเดียตะวันตก และตริปุระและมณีปุระในอินเดียตะวันออกเฉียงเหนือพวกเขาไม่ได้ถูกควบรวมเข้ากับหน่วยงานอื่น แต่ยังคงสถานะเป็นจังหวัดของหัวหน้าผู้ตรวจการภายใต้การควบคุมของรัฐบาลกลางโภปาลซึ่งผู้ปกครองภาคภูมิใจในประสิทธิภาพของการบริหารงานและเกรงว่าตนเองจะสูญเสียเอกลักษณ์หากถูกควบรวมกับ รัฐ มาราฐา ที่อยู่ใกล้เคียง ก็กลายเป็นจังหวัดของหัวหน้าผู้ตรวจการ เช่นเดียวกับบิลาสปูร์ซึ่งพื้นที่ส่วนใหญ่มีแนวโน้มที่จะถูกน้ำท่วมเมื่อสร้างเขื่อนภักรา เสร็จสมบูรณ์ ^{[ 115 ]}

ข้อตกลงการควบรวมกำหนดให้ผู้ปกครองต้องสละ "เขตอำนาจและอำนาจการปกครองอย่างเต็มที่และแต่เพียงผู้เดียว" ของรัฐของตนให้กับโดมิเนียนแห่งอินเดียเพื่อแลกกับการที่เจ้าชายตกลงที่จะสละรัฐของตนทั้งหมด ข้อตกลงดังกล่าวได้ให้การรับประกันหลายประการแก่เจ้าชาย เจ้าชายจะได้รับเงินรายปีจากรัฐบาลอินเดียในรูปแบบของเงินส่วนพระองค์เพื่อชดเชยการสละอำนาจและการยุบรัฐของตน ในขณะที่ทรัพย์สินของรัฐจะถูกยึดไปทรัพย์สินส่วนตัว ของพวกเขา จะได้รับการคุ้มครอง เช่นเดียวกับสิทธิพิเศษ ศักดิ์ศรี และตำแหน่งส่วนบุคคลทั้งหมด การสืบทอดตำแหน่งก็ได้รับการรับประกันตามประเพณี นอกจากนี้ ฝ่ายบริหารส่วนภูมิภาคมีหน้าที่ต้องรับพนักงานของรัฐเจ้าชายเข้าทำงานโดยมีการรับประกันค่าจ้างและการปฏิบัติที่เท่าเทียมกัน^{[ 116 ]}

แม้ว่าการรวมรัฐเจ้าชายเข้ากับอินเดียอย่างค่อยเป็นค่อยไปจะเป็นไปอย่างสันติเป็นส่วนใหญ่ แต่เจ้าชายหลายพระองค์ก็ไม่ได้พอใจกับผลลัพธ์ดังกล่าว หลายพระองค์คาดหวังว่าเอกสารการเข้าร่วมจะเป็นไปอย่างถาวร และไม่พอใจที่สูญเสียความเป็นอิสระและการดำรงอยู่ต่อไปของรัฐที่ตนคาดหวังว่าจะได้รับ บางพระองค์รู้สึกไม่สบายใจกับการหายไปของรัฐที่ตระกูลของตนควบคุมมาหลายชั่วอายุคน ในขณะที่บางพระองค์ไม่พอใจกับการหายไปของโครงสร้างการบริหารที่ตนได้ทุ่มเทแรงกายแรงใจสร้างขึ้นและเชื่อว่ามีประสิทธิภาพ^{[ 130 ]}อย่างไรก็ตาม เจ้าชายส่วนใหญ่ แม้จะเผชิญกับ “ความตึงเครียด” ในการปรับตัวให้เข้ากับชีวิตในฐานะพลเมืองธรรมดา^{[ 130 ]}ก็พอใจที่จะเกษียณอายุด้วยเงินบำนาญจำนวนมากที่ได้รับจากเงินส่วนพระองค์^{[ 133 ]}หลายพระองค์ใช้ประโยชน์จากสิทธิในการดำรงตำแหน่งราชการภายใต้รัฐบาลกลางตัวอย่างเช่นมหาราชาแห่งภาวนคร พันเอกกฤษณะ กุมารสิงห์ ภวสิงห์ โกฮิล ได้ดำรงตำแหน่งผู้ว่าราชการแห่ง รัฐมัทราส [ ^{134 ]}และบุคคลอื่นๆ อีกหลายคนได้รับการแต่งตั้งให้ดำรง^{ตำแหน่ง}ทางการทูตในต่างประเทศ^{[ 130 ]}

การรวมตัวของรัฐเจ้าชายทำให้เกิดคำถามเกี่ยวกับอนาคตของดินแดน อาณานิคม ที่ เหลืออยู่ ในอนุทวีปอินเดีย เมื่อได้รับเอกราช ภูมิภาคปอนดิเชรี การาอิกัล ยานัมมาเฮและจันเดอร์นาโกร์ยังคงเป็นอาณานิคมของฝรั่งเศส และดามันและดิวดาดราและนาการ์ฮาเวลี และกัวยังคงเป็นอาณานิคมของโปรตุเกส^{[ 135 ]}ข้อตกลงระหว่างฝรั่งเศสและอินเดียในปี 1948 กำหนดให้มีการเลือกตั้งในดินแดนที่เหลืออยู่ของฝรั่งเศสในเอเชียใต้เพื่อเลือกอนาคตทางการเมือง การลงประชามติที่จัดขึ้นในจันเดอร์นาโกร์เมื่อวันที่ 19 มิถุนายน 1949 ส่งผลให้มีการลงคะแนนเสียง 7,463 ต่อ 114 เสียงเห็นชอบให้รวมเข้ากับอินเดีย ดินแดนนี้ถูกยกให้แก่อินเดียโดยพฤตินัยเมื่อวันที่ 14 สิงหาคม พ.ศ. 2492 และโดยนิตินัยเมื่อวันที่ 2 พฤษภาคม พ.ศ. 2493 ^{[ 136 ]}อย่างไรก็ตาม ในดินแดนส่วนอื่นๆ ฝ่ายที่สนับสนุนฝรั่งเศส นำโดยEdouard Goubertได้ใช้กลไกการบริหารเพื่อปราบปรามกลุ่มที่สนับสนุนการควบรวมกิจการ ความไม่พอใจของประชาชนเพิ่มสูงขึ้น และในปี พ.ศ. 2497 การประท้วงใน YanamและMaheส่งผลให้กลุ่มที่สนับสนุนการควบรวมกิจการขึ้นครองอำนาจ การลงประชามติในPondicherryและKaraikalในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2497 ส่งผลให้มีการลงคะแนนเสียงเห็นชอบการควบรวมกิจการ และในวันที่ 1 พฤศจิกายน พ.ศ. 2497 การควบคุมโดยพฤตินัยเหนือดินแดนส่วนต่างๆ ทั้งสี่แห่งได้ถูกโอนไปยังสาธารณรัฐอินเดีย สนธิสัญญาการยกดินแดนได้รับการลงนามในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2499 และหลังจากการให้สัตยาบันโดยสมัชชาแห่งชาติฝรั่งเศสในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2505 การควบคุม โดยนิตินัยของดินแดนส่วนต่างๆ ก็ได้ถูกโอนไปด้วย^{[ 137 ]}

ในทางตรงกันข้าม โปรตุเกสต่อต้านการแก้ปัญหาทางการทูต โดยมองว่าการครอบครองดินแดนส่วนแยกในอนุทวีปอินเดียอย่างต่อเนื่องเป็นเรื่องของความภาคภูมิใจของชาติ^{[ 138 ]}และในปี 1951 โปรตุเกสได้แก้ไขรัฐธรรมนูญเพื่อเปลี่ยนดินแดนส่วนแยกในอินเดียให้เป็นจังหวัดของโปรตุเกส^{[ 139 ]}ในเดือนกรกฎาคม 1954 การลุกฮือในดาดราและนาการ์ฮาเวลีได้โค่นล้มการปกครองของโปรตุเกส^{[ 138 ]}โปรตุเกสพยายามส่งกองกำลังจากดามันไปยึดครองดินแดนส่วนแยกอีกครั้ง แต่ถูกกองทหารอินเดียขัดขวาง โปรตุเกสได้เริ่มดำเนินการต่อหน้าศาลยุติธรรมระหว่างประเทศเพื่อบังคับให้อินเดียอนุญาตให้กองทหารของตนเข้าถึงดินแดนส่วนแยก แต่ศาลได้ปฏิเสธคำร้องในปี 1960 โดยถือว่าอินเดียมีสิทธิที่จะปฏิเสธการเข้าถึงทางทหารของโปรตุเกส^{[ 140 ]}ในปี 1961 รัฐธรรมนูญของอินเดียได้รับการแก้ไขเพื่อผนวกดาดราและนาการ์ฮาเวลีเข้ากับอินเดียในฐานะดินแดนสหภาพ^{[ 141 ]}

กัว ดามัน และดิว ยังคงเป็นประเด็นสำคัญ ในวันที่ 15 สิงหาคม พ.ศ. 2498 ผู้ประท้วงอย่างสันติจำนวน 5,000 คนเดินขบวนต่อต้านชาวโปรตุเกสที่ชายแดน และถูกยิงตอบโต้ ทำให้มีผู้เสียชีวิต 22 ราย^{[ 139 ]}ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2503 สมัชชาใหญ่แห่งสหประชาชาติปฏิเสธข้ออ้างของโปรตุเกสที่ว่าดินแดนโพ้นทะเลของตนเป็นจังหวัด และได้ขึ้นทะเบียนอย่างเป็นทางการว่าเป็น "ดินแดนที่ยังไม่ได้รับการปกครองตนเอง" ^{[ 142 ]}แม้ว่าเนห์รูจะยังคงสนับสนุนการเจรจา แต่การปราบปรามการก่อจลาจลในแองโกลา ของโปรตุเกส ในปี พ.ศ. 2504 ทำให้ความคิดเห็นของประชาชนชาวอินเดียรุนแรงขึ้น และเพิ่มแรงกดดันต่อรัฐบาลอินเดียให้ใช้ปฏิบัติการทางทหาร ผู้นำแอฟริกาก็กดดันเนห์รูให้ดำเนินการในกัวเช่นกัน โดยพวกเขาอ้างว่าการกระทำดังกล่าวจะช่วยแอฟริกาให้รอดพ้นจากความโหดร้ายต่อไป^{[ 143 ]}เมื่อวันที่ 18 ธันวาคม พ.ศ. 2504 หลังจากการล้มเหลวของความพยายามของอเมริกาในการหาทางออกโดยการเจรจา^{[ 144 ]}กองทัพอินเดียได้เข้าสู่อินเดียของโปรตุเกสและเอาชนะกองกำลังโปรตุเกสที่นั่น โปรตุเกสนำเรื่องนี้ขึ้นสู่คณะมนตรีความมั่นคงแต่ญัตติที่เรียกร้องให้อินเดียถอนทหารออกไปทันทีถูกสหภาพโซเวียตคัดค้าน [ ^{145 ] โปรตุเกส} ยอม จำนนในวันที่ 19 ธันวาคม^{[ 142 ]}การยึดครองครั้งนี้เป็นการสิ้นสุดอาณานิคมสุดท้ายของยุโรปในอนุทวีปอินเดียกัวถูกผนวกเข้ากับอินเดียในฐานะดินแดนสหภาพที่บริหารโดยส่วนกลาง และในปี พ.ศ. 2530 ก็กลายเป็นรัฐ^{[ 146 ]}

แม้ว่ารัฐเจ้าชายส่วนใหญ่ที่ถูกผนวกเข้ากับอินเดียจะได้รับการบูรณาการอย่างสมบูรณ์แล้ว แต่ก็ยังมีประเด็นสำคัญบางประการที่ยังคงค้างอยู่ ประเด็นที่โดดเด่นที่สุดคือเรื่องที่เกี่ยวข้องกับจัมมูและแคชเมียร์ ซึ่งมีการก่อกบฏแบ่งแยกดินแดน มาตั้งแต่ปี 1989 ^{[ 154 ]}

นักวิชาการบางคนเสนอว่าการก่อความไม่สงบนั้นเป็นผลมาจากการผนวกเข้ากับอินเดียอย่างน้อยบางส่วน แคชเมียร์เป็นรัฐเจ้าผู้ครองนครที่แตกต่างออกไป ไม่จำเป็นต้องลงนามในข้อตกลงการผนวกหรือเอกสารการเข้าเป็นส่วนหนึ่งของอินเดียฉบับแก้ไข ซึ่งจะทำให้อินเดียมีอำนาจควบคุมประเด็นต่างๆ มากกว่าสามประเด็นที่กำหนดไว้แต่เดิม แต่กลับกัน อำนาจในการออกกฎหมายเกี่ยวกับแคชเมียร์นั้นได้รับมอบให้แก่รัฐบาลอินเดียโดยมาตรา 5 ของรัฐธรรมนูญแห่งรัฐชัมมูและแคชเมียร์และภายใต้มาตรา 370 ของรัฐธรรมนูญแห่งอินเดียอำนาจดังกล่าวค่อนข้างจำกัดกว่ารัฐอื่นๆ วิดมัลม์กล่าวว่าในช่วงทศวรรษ 1980 เยาวชนชาวแคชเมียร์จำนวนหนึ่งเริ่มรู้สึกว่ารัฐบาลอินเดียเข้ามาแทรกแซงการเมืองของรัฐชัมมูและแคชเมียร์มาก ขึ้นเรื่อยๆ ^{[ 155 ]}การเลือกตั้งในปี 1987 ทำให้พวกเขาหมดศรัทธาในกระบวนการทางการเมืองและเริ่มการก่อความไม่สงบอย่างรุนแรงซึ่งยังคงดำเนินอยู่จนถึงปัจจุบัน^{[ 155 ]}ในทำนองเดียวกัน กังกุลีเสนอว่านโยบายของรัฐบาลอินเดียที่มีต่อแคชเมียร์หมายความว่ารัฐนี้ ซึ่งแตกต่างจากส่วนอื่นๆ ของอินเดีย ไม่เคยพัฒนาสถาบันทางการเมืองที่มั่นคงซึ่งเกี่ยวข้องกับประชาธิปไตยแบบหลายชาติพันธุ์สมัยใหม่^{[ 156 ]}ผลที่ตามมาคือ ความไม่พอใจที่เพิ่มขึ้นต่อสถานะที่เป็นอยู่ซึ่งรู้สึกโดยเยาวชนที่ตื่นตัวทางการเมืองมากขึ้น ได้แสดงออกผ่านช่องทางที่ไม่ใช่ทางการเมือง^{[ 157 ]}ซึ่งปากีสถานซึ่งพยายามบั่นทอนอำนาจของอินเดียเหนือแคชเมียร์ ได้เปลี่ยนให้เป็นการก่อความไม่สงบอย่างแข็งขัน^{[ 158 ]}

ขบวนการแบ่งแยกดินแดนยังคงมีอยู่ในอดีตรัฐเจ้าชายอีกสองแห่งที่ตั้งอยู่ในภาคตะวันออกเฉียงเหนือของอินเดีย ได้แก่ ตริปุระและมณีปุระแม้ว่าการก่อความไม่สงบในตริปุระจะถูกปราบปรามไปแล้ว แต่การก่อความไม่สงบในมณีปุระยังคงดำเนินต่อไปอย่างไรก็ตาม นักวิชาการโดยทั่วไปถือว่าขบวนการแบ่งแยกดินแดนเหล่านี้เป็นส่วนหนึ่งของปัญหาการก่อความไม่สงบในวงกว้างในภาคตะวันออกเฉียงเหนือของอินเดียมากกว่าที่จะเป็นผลมาจากปัญหาเฉพาะในการผนวกรัฐเจ้าชายเข้ากับอินเดีย เช่นเดียวกับปัญหาแคชเมียร์ และโดยเฉพาะอย่างยิ่ง สะท้อนให้เห็นถึงความล้มเหลวของรัฐบาลอินเดียในการแก้ไขปัญหาความปรารถนาของกลุ่มชนเผ่าในภาคตะวันออกเฉียงเหนืออย่างเพียงพอ หรือในการจัดการกับความตึงเครียดที่เกิดจากการอพยพของผู้คนจากส่วนอื่นๆ ของอินเดียไปยังพื้นที่ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ^{[ 159 ]}

การรวมอดีตรัฐเจ้าผู้ครองนครเข้ากับจังหวัดอื่นๆ เพื่อจัดตั้งรัฐใหม่ได้ก่อให้เกิดปัญหาบางประการเช่นกัน ภูมิภาค เตลังกานาซึ่งประกอบด้วย เขตที่พูดภาษา เตลูกูของอดีตรัฐไฮเดอราบัดนั้น มีความแตกต่างในหลายๆ ด้านจากพื้นที่ที่พูดภาษาเตลูกูในบริติชอินเดียซึ่งถูกรวมเข้าด้วยกัน ด้วยเหตุนี้คณะกรรมการจัดระเบียบรัฐจึงแนะนำให้จัดตั้งเตลังกานาเป็นรัฐแยกต่างหาก แทนที่จะเป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มที่พูดภาษาเตลูกู แต่รัฐบาลอินเดียปฏิเสธข้อแนะนำนี้ และเตลังกานาจึงถูกรวมเข้ากับรัฐอานธรประเทศผลที่ตามมาคือ ในช่วงทศวรรษ 1960 ได้เกิดการเคลื่อนไหวเรียกร้องให้จัดตั้งรัฐเตลังกานาแยกต่างหาก^{[ 160 ]}ข้อเรียกร้องดังกล่าวได้รับการยอมรับจากรัฐบาลกลาง ส่งผลให้มีการก่อตั้งรัฐเตลังกานาเป็นรัฐที่ 29 ของอินเดียในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2557 การเคลื่อนไหวที่คล้ายคลึงกันนี้ แม้ว่าจะอ่อนแอกว่า ก็มีอยู่ใน ภูมิภาค วิทาร์บฮาของ รัฐ มหาราษฏระซึ่งประกอบด้วยอดีตรัฐนาคปุระและ ภูมิภาค เบราร์ของอดีตรัฐไฮเดอราบัด^{[ 161 ]}