แม้ว่าผู้คนในภูมิภาคปัตตานี จะมีสายสัมพันธ์ทางชาติพันธุ์ กับเพื่อนบ้านชาวมาเลย์ทางใต้ แต่อาณาจักรปัตตานี โบราณนั้น ปกครองโดยสุลต่านซึ่งในอดีตนิยมถวายบรรณาการแก่กษัตริย์สยามที่อยู่ห่างไกลในกรุงเทพฯ เป็นเวลาหลายศตวรรษที่กษัตริย์สยามทรงจำกัดพระองค์เองไว้เพียงการเรียกเก็บบรรณาการเป็นระยะในรูปแบบของบังก้ามาสซึ่งเป็นต้นไม้พิธีกรรมที่มีใบและดอกไม้สีทองซึ่งเป็นสัญลักษณ์ของการยอมรับอำนาจ สูงสุดของสยาม ทำให้ผู้ปกครองปัตตานีส่วนใหญ่ยังคงปกครองโดยลำพัง^{[ 54 ]}

การปกครองของไทยเหนือภูมิภาคปัตตานีในอดีตได้รับการยืนยันโดยสนธิสัญญาอังกฤษ-สยามในปี พ.ศ. 2452จนกระทั่งถึงช่วงกลางศตวรรษที่ 20 รัฐบาลในกรุงเทพฯ แทบไม่ได้เข้าไปแทรกแซงในระดับท้องถิ่น โดยอาศัยเจ้าหน้าที่ท้องถิ่นในการดำเนินนโยบายภายในภูมิภาคปัตตานี ซึ่งรวมถึงการยกเว้นในการบังคับใช้กฎหมายแพ่งของไทย ซึ่งอนุญาตให้ชาวมุสลิมยังคงปฏิบัติตามกฎหมายอิสลาม ท้องถิ่น เกี่ยวกับเรื่องมรดกและครอบครัวต่อไป อย่างไรก็ตาม ในปี พ.ศ. 2477 จอมพลปลีก พิบูลสงครามได้เริ่มกระบวนการทำให้เป็นไทยซึ่งมีวัตถุประสงค์เพื่อการกลืนกลายทางวัฒนธรรมของชาวปัตตานี รวมถึงกลุ่มชาติพันธุ์อื่นๆ ในประเทศไทย^{[ 55 ]}

พระราชบัญญัติวัฒนธรรมแห่งชาติถูกบังคับใช้เป็นผลมาจากกระบวนการไทยนิยม โดยส่งเสริมแนวคิดเรื่อง "ความเป็นไทย" และเป้าหมายแบบรวมศูนย์อำนาจ "อาณัติที่ 3" ของพระราชบัญญัตินี้มุ่งเป้าไปที่ชาวปัตตานีโดยตรง^{[ 56 ]}ภายในปี 1944 กฎหมายแพ่งไทยถูกบังคับใช้ทั่วประเทศรวมถึงภูมิภาคปัตตานี โดยลบล้างการผ่อนปรนก่อนหน้านี้ต่อการปฏิบัติทางการปกครองตามหลักศาสนาอิสลามในท้องถิ่น^{[ 57 ]}หลักสูตรการเรียนการสอนในโรงเรียนถูกปรับปรุงให้เน้นภาษาไทย โดยทุกบทเรียนใช้ภาษาไทยซึ่งส่งผลเสียต่ออักษรยาวี ในท้องถิ่น ศาลมุสลิมแบบดั้งเดิมที่เคยพิจารณาคดีแพ่งถูกยกเลิกและแทนที่ด้วยศาลแพ่งที่ดำเนินการและได้รับการอนุมัติจากรัฐบาลกลางในกรุงเทพฯ กระบวนการกลืนชาติโดยบังคับนี้และการรับรู้ถึงการบังคับใช้วัฒนธรรมไทย-พุทธต่อสังคมของพวกเขาเป็นสิ่งที่สร้างความไม่พอใจให้กับชาวปัตตานีเชื้อสายมาเลย์^{[ 58 ]}

ในปี พ.ศ. 2490 ฮาจี สุลองผู้ก่อตั้งขบวนการประชาชนปัตตานีได้เริ่มการรณรงค์ยื่นคำร้องเรียกร้องเอกราช สิทธิทางภาษาและวัฒนธรรม และการบังคับใช้กฎหมายอิสลาม^{[ 59 ]}ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2491 สุลองถูกจับกุมในข้อหากบฏพร้อมกับผู้นำท้องถิ่นคนอื่นๆ ที่ถูกตราหน้าว่าเป็น "ผู้แบ่งแยกดินแดน" ไม่นานหลังจากที่สุลองถูกจับกุมสมาคมชาวมาเลย์ปัตตานีใหญ่ ( ภาษามาเลย์: Gabungan Melayu Patani Raya ) ก็ถูกก่อตั้งขึ้นโดยเต็งกู มาห์มูด มาห์ยิดีนเพื่อเรียกร้องให้ปล่อยตัวเขา สุลองได้รับการปล่อยตัวจากคุกในปี พ.ศ. 2495 จากนั้นก็หายตัวไปอย่างลึกลับในปี พ.ศ. 2497 ^{[ 59 ]}

เนื่องจากไม่ได้รับการยอมรับว่าเป็นชนกลุ่มน้อยที่มีวัฒนธรรมแยกต่างหาก ผู้นำปัตตานีจึงตอบโต้ต่อนโยบายของรัฐบาลไทยที่มีต่อพวกเขา โดยได้รับแรงบันดาลใจจากอุดมการณ์ต่างๆ เช่นลัทธินัสเซอร์ในช่วงทศวรรษ 1950 ขบวนการ ชาตินิยม ปัตตานี เริ่มเติบโตขึ้น นำไปสู่การก่อกบฏในภาคใต้ของประเทศไทย ในปี 1959 เต็งกู จาลาล นาซีร์ได้ก่อตั้งแนวร่วมปลดปล่อยปัตตานี (BNPP) ซึ่งเป็นกลุ่มกบฏชาวมาเลย์กลุ่มแรก^{[ 59 ]}ในช่วงเวลาที่ก่อตั้ง เป้าหมายของขบวนการชาตินิยม เช่นองค์การปลดปล่อยปัตตานี (PULO) ที่ก่อตั้งขึ้นในปี 1968 ^{[ 60 ]}คือการแยกตัวโดยเน้นการต่อสู้ด้วยอาวุธเพื่อรัฐอิสระที่ชาวปัตตานีสามารถดำรงชีวิตอย่างมีศักดิ์ศรีโดยไม่ต้องถูกบังคับใช้ค่านิยมทางวัฒนธรรมจากต่างชาติ^{[ 61 ]}

ช่วงปลายศตวรรษที่ 20 ได้เห็นการเกิดขึ้นของกลุ่มกบฏต่างๆ ในภาคใต้ แม้จะมีความแตกต่างกันบ้างในด้านอุดมการณ์ แต่พวกเขาก็มีเป้าหมายแบ่งแยกดินแดนโดยทั่วไปเหมือนกัน และต่างก็ให้เหตุผลในการใช้ความรุนแรงเพื่อให้บรรลุเป้าหมาย โดยกำหนดรูปแบบการโจมตีสถานีตำรวจและทหาร รวมถึงโรงเรียนและสำนักงานรัฐบาลไทย อย่างไรก็ตาม ประสิทธิภาพของกลุ่มเหล่านี้ถูกบั่นทอนลงด้วยการทะเลาะวิวาทภายในและการขาดความสามัคคีในหมู่พวกเขา^{[ 62 ]}

การปะทุของความรุนแรงโดยกลุ่มกองโจรปัตตานีเริ่มขึ้นหลังปี 2544 ในขณะที่กลุ่มกบฏแบ่งแยกดินแดนดั้งเดิมของภูมิภาคมีธง มีผู้นำ อ้างความรับผิดชอบต่อการโจมตี และออกแถลงการณ์ กลุ่มใหม่เหล่านี้กลับโจมตีอย่างโหดเหี้ยมยิ่งกว่าและเงียบงัน การพัฒนาใหม่นี้ทำให้ทางการไทยสับสนและงุนงง เนื่องจากยังคงไม่รู้ตัวตนของกลุ่มกบฏใหม่ในความขัดแย้งนี้ ประเทศไทยจัดการเลือกตั้งอย่างค่อนข้างเสรีในเดือนกุมภาพันธ์ 2548 แต่ไม่มีผู้สมัครแบ่งแยกดินแดนคัดค้านผลการเลือกตั้งในภาคใต้ ในเดือนกรกฎาคมปีเดียวกัน ประธานคณะกรรมการอิสลามนราธิวาสยอมรับว่า "การโจมตีดูเหมือนจะมีการวางแผนมาเป็นอย่างดี แต่เราไม่รู้ว่ากลุ่มคนใดอยู่เบื้องหลัง" แม้จะปกปิดตัวตนและไม่มีข้อเรียกร้องที่ชัดเจน แต่กลุ่มที่ฟื้นคืนชีพขึ้นมา เช่นGMIPและโดยเฉพาะอย่างยิ่งBRN-Coordinateและกลุ่มติดอาวุธที่ถูกกล่าวหาว่าRunda Kumpulan Kecil (RKK) ได้รับการระบุว่าเป็นผู้นำการก่อกบฏครั้งใหม่^{[ 63 ]}

ในขณะที่การโจมตีในช่วงแรกๆ มักเป็นการยิงจากรถที่ขับผ่านไปโดยที่ตำรวจที่กำลังลาดตระเวนถูกยิงโดยมือปืนที่ขี่มอเตอร์ไซค์ผ่านไป แต่หลังจากปี 2544 การโจมตีได้ทวีความรุนแรงขึ้นเป็นการโจมตีสถานีตำรวจอย่างเป็นระบบ โดยกลุ่มติดอาวุธจะซุ่มโจมตีสถานีตำรวจและจุดตรวจต่างๆ แล้วหลบหนีไปพร้อมกับอาวุธและกระสุนที่ขโมยมา กลยุทธ์อื่นๆ ที่ใช้เพื่อสร้างความตกใจและหวาดกลัวให้กับสาธารณชน ได้แก่ การฟันพระสงฆ์จนตาย การวางระเบิดวัด การตัดศีรษะ การข่มขู่พ่อค้าขายหมูและลูกค้า รวมถึงการวางเพลิงโรงเรียน ฆ่าครู ซึ่งส่วนใหญ่เป็นผู้หญิง และเผาร่างของพวกเขา^{[ 64 ]}ในบางกรณี กลุ่มกองโจรปัตตานียังได้ข่มขู่ชาวคริสต์ไทยอีกด้วย^{[ 65 ]}

กลุ่มกบฏในปัจจุบันประกาศตนเป็นนักรบญิฮาดและไม่ได้มุ่งแบ่งแยกดินแดนอีกต่อไป ส่วนใหญ่นำโดย กลุ่มหัวรุนแรง ซาลาฟีพวกเขามี เป้าหมายทางศาสนา ที่รุนแรงและข้ามชาติ เช่นการสถาปนารัฐ อิสลาม ซึ่งส่งผลเสียต่อเอกลักษณ์ ทางวัฒนธรรมหรือชาตินิยมของ ปัตตานี กลุ่ม นักรบญิฮาดซาลาฟีเป็นปฏิปักษ์ต่อมรดกทางวัฒนธรรมและประเพณีของชาวมุสลิมมาเลย์ดั้งเดิม โดยกล่าวหาว่าพวกเขาไม่เป็นไปตามหลักศาสนาอิสลาม^{[ 62 ]}พวกเขาไม่ได้สนใจเรื่องประเทศเอกราชแยกต่างหาก แต่เป้าหมายเร่งด่วนของพวกเขาคือการทำให้ภูมิภาคปัตตานีไม่สามารถปกครองได้^{[ 52 ]}

การตอบสนองของไทยต่อการก่อความไม่สงบนั้นถูกขัดขวางด้วยวิธีการที่ไร้ประสิทธิภาพ การขาดการฝึกอบรมด้านการปราบปรามการก่อความไม่สงบ การขาดความเข้าใจในวัฒนธรรมท้องถิ่น และความขัดแย้งระหว่างตำรวจและทหาร มีรายงานว่าตำรวจท้องถิ่นจำนวนมากมีส่วนเกี่ยวข้องกับการค้ายาเสพติดและกิจกรรมทางอาชญากรรมอื่นๆ ในท้องถิ่น และผู้บัญชาการทหารจากกรุงเทพฯ ก็ดูหมิ่นเหยียดหยามพวกเขา บ่อยครั้งที่กองทัพตอบโต้การโจมตีด้วยการบุกค้นหมู่บ้านมุสลิมอย่างรุนแรง ซึ่งส่งผลให้เกิดการแก้แค้นเท่านั้น ผู้ก่อความไม่สงบมักจะยั่วยุรัฐบาลไทยที่ขาดประสบการณ์ให้ตอบโต้เกินกว่าเหตุ ทำให้เกิดความเห็นใจในหมู่ประชาชนชาวมุสลิม

การโจมตีหลังปี 2544 มุ่งเน้นไปที่สถานที่ทำการของตำรวจและทหาร โรงเรียนและสัญลักษณ์อื่นๆ ของอำนาจของไทยในภูมิภาคนี้ตกเป็นเป้าหมายของการวางเพลิงและระเบิดเช่นกันเจ้าหน้าที่ตำรวจ ท้องถิ่น ทุกระดับชั้นและเจ้าหน้าที่รัฐบาลเป็นเป้าหมายหลักของการลอบสังหารแบบสุ่ม โดยมีตำรวจเสียชีวิต 19 นาย และมีเหตุการณ์ที่เกี่ยวข้องกับการก่อความไม่สงบ 50 ครั้งในสามจังหวัด ได้แก่ ปัตตานี ยะลา และนราธิวาส ภายในสิ้นปี 2544 ^{[ 66 ]}ครูเป็นเป้าหมายหลัก กลุ่ม BRN-C ผ่านทาง กองกำลังกึ่งทหาร Pejuang Kemerdekaan Pataniเป็นกลุ่มหลักที่อยู่เบื้องหลังการฆาตกรรมครู 157 คนในจังหวัดชายแดนภาคใต้ระหว่างปี 2547 ถึง 2556 ^{[ 67 ] [ 68 ]}

ในปี พ.ศ. 2549 NBC เขียนว่า: "การรักษาความปลอดภัยอย่างมหาศาลในภูมิภาคนี้ล้มเหลวในการยับยั้งความรุนแรงที่เกิดขึ้นเกือบทุกวัน ซึ่งมักเกี่ยวข้องกับการยิงจากรถยนต์หรือการวางระเบิดขนาดเล็ก เมื่อกลุ่มกบฏแสดงแสนยานุภาพ—โดยทั่วไปอย่างน้อยทุกๆ สองสามเดือน—พวกเขาหลีกเลี่ยงการโจมตีขนาดใหญ่ โดยเลือกที่จะโจมตีแบบจุดๆ ที่มีการประสานงานกันอย่างดีในหลายๆ จุด ในขณะที่หลีกเลี่ยงการปะทะโดยตรงกับกองกำลังรักษาความปลอดภัย" ^{[ 69 ]}

เมื่อวันที่ 9 พฤษภาคม 2560 ในช่วงเวลาเร่งด่วนเกิดเหตุระเบิดสองครั้งติดต่อกันที่ห้างสรรพสินค้าบิ๊กซีอำเภอเมืองปัตตานี มีผู้บาดเจ็บ 56 คน รวมทั้งเด็กเล็ก ^{[ 70 ]}ในปีเดียวกันนั้น กลุ่มที่เรียกว่า "นักรบปัตตานี" ได้ประกาศสวามิภักดิ์ต่อรัฐอิสลามอย่างเป็นทางการ^{[ 53 ]}

ในปี 2022 กลุ่มรัฐอิสลามได้เข้ามามีบทบาทอย่างเต็มรูปแบบในภาคใต้ของประเทศไทย ซึ่งถือเป็นการยกระดับที่อันตรายจากกลุ่มญิฮาดที่จำกัดอยู่ในพื้นที่ไปสู่กลุ่มญิฮาดระดับโลก โดยมีสื่อชื่อ Al-Nibras News เผยแพร่โฆษณาชวนเชื่อของกลุ่มรัฐอิสลาม ในปี 2025 กลุ่มติดอาวุธที่ได้รับแรงบันดาลใจจากกลุ่มรัฐอิสลามได้โจมตีขบวนรถตำรวจครั้งใหญ่ ทำให้ตำรวจเสียชีวิต 1 นาย^{[ 53 ]}

ในตอนแรก รัฐบาลกล่าวโทษว่าการโจมตีเหล่านั้นเป็นฝีมือของ "โจร" และผู้สังเกตการณ์ภายนอกหลายคนเชื่อว่าความขัดแย้งระหว่างกลุ่มชนในท้องถิ่น การค้า หรือกลุ่มอาชญากรมีส่วนทำให้เกิดความรุนแรงดังกล่าว

ในปี 2545 ทักษิณกล่าวว่า "ไม่มีการแบ่งแยกดินแดน ไม่มีผู้ก่อการร้ายที่มีอุดมการณ์ มีแต่โจรธรรมดา" อย่างไรก็ตาม ในปี 2547 เขากลับเปลี่ยนท่าทีและมองว่าการก่อความไม่สงบเป็นแนวรบในท้องถิ่นของสงครามต่อต้านการก่อการร้ายระดับโลกมีการ ประกาศใช้ กฎอัยการศึกในปัตตานี ยะลา และนราธิวาสในเดือนมกราคม พ.ศ. 2547 ^{[ 71 ]}

นับตั้งแต่รัฐประหารในปี 2549 รัฐบาลไทยได้ใช้แนวทางประนีประนอมมากขึ้นต่อการก่อความไม่สงบ โดยหลีกเลี่ยงการใช้กำลังเกินกว่าเหตุซึ่งเป็นลักษณะเฉพาะของสมัยที่ทักษิณดำรงตำแหน่ง และได้เปิดการเจรจากับกลุ่มแบ่งแยกดินแดนที่เป็นที่รู้จัก อย่างไรก็ตาม ความรุนแรงกลับทวีความรุนแรงขึ้น ซึ่งน่าจะสนับสนุนข้อกล่าวอ้างที่ว่ามีหลายกลุ่มที่เกี่ยวข้องกับความรุนแรง และมีเพียงไม่กี่กลุ่มเท่านั้นที่สงบลงได้ด้วยกลยุทธ์ที่เปลี่ยนแปลงไปของรัฐบาล^{[ 72 ]}

เมื่อวันที่ 3 มิถุนายน 2554 พลเอกประยุทธ์ จันทร์โอชา ผู้บัญชาการทหารบก ได้กล่าวว่าการก่อความไม่สงบนั้นถูกวางแผนจากต่างประเทศและได้รับเงินทุนจากการลักลอบค้ายาเสพติดและน้ำมัน^{[ 73 ]}

แม้ว่าความรุนแรงในภาคใต้ของประเทศไทยส่วนใหญ่จะมีพื้นฐานมาจากชาติพันธุ์ แต่ใบปลิวที่ไม่ระบุชื่อที่เผยแพร่โดยกลุ่มติดอาวุธมักมีเนื้อหาเกี่ยวกับลัทธิญิฮาด นักรบหนุ่มจำนวนมากได้รับการฝึกฝนและปลูกฝังความคิดจากครูสอนศาสนาอิสลาม ซึ่งบางส่วนเกิดขึ้นภายในสถาบันการศึกษาศาสนาอิสลาม หลายคนมองว่าความรุนแรงในภาคใต้ของไทยเป็นรูปแบบหนึ่งของการก่อการร้ายอิสลามและการแบ่งแยกดินแดนตามหลักศาสนาอิสลาม ซึ่งแสดงให้เห็นถึงความแข็งแกร่งของความเชื่อของชาวมุสลิมเชื้อสายมาเลย์และความมุ่งมั่นของคนในท้องถิ่นที่จะต่อต้านรัฐไทย (พุทธศาสนา) ด้วยเหตุผลทางศาสนา^{[ 74 ]}

เมื่อไม่นานมานี้ ปัจจัยทางศาสนาได้ถูกนำมาพูดคุยกันเนื่องจากการเพิ่มขึ้นของขบวนการอิสลาม โดยเฉพาะขบวนการซาลาฟีซึ่งมีเป้าหมายที่จะปลดปล่อยภูมิภาคมาเลย์ที่มุสลิมเป็นใหญ่จากประเทศไทย^{[ 75 ]}ตั้งแต่ปี 2022 กลุ่มที่มีความเชื่อมโยงกับรัฐอิสลามได้เริ่มปฏิบัติการในพื้นที่ดังกล่าว และได้แสดงการสนับสนุนการโจมตีแบบญิฮาดต่างๆ ซึ่งเผยให้เห็นแนวโน้มที่เร่งตัวขึ้นใหม่ของการก่อความไม่สงบในท้องถิ่นที่กลายเป็นการญิฮาดข้ามชาติมากขึ้นเรื่อยๆ^{[ 53 ]}

ทางการไทยอ้างว่าการก่อความไม่สงบไม่ได้เกิดจากการขาดการเป็นตัวแทนทางการเมืองของประชากรมุสลิม ในช่วงปลายทศวรรษ 1990 มุสลิมได้ดำรงตำแหน่งสำคัญในทางการเมืองของไทยอย่างที่ไม่เคยมีมาก่อน ตัวอย่างเช่นวัน มูฮัมหมัด นูร์ มาธาชาวมุสลิมเชื้อสายมาเลย์จากยะลา ดำรงตำแหน่งประธานรัฐสภาตั้งแต่ปี 1996 ถึง 2001 ในสมัยพรรคประชาธิปัตย์ และต่อมาดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทยในสมัยรัฐบาลทักษิณชุดแรก รัฐบาลทักษิณชุดแรก (2001-2005) ยังมีสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร (ส.ส.) มุสลิม 14 คน และวุฒิสมาชิกมุสลิมอีกหลายคน มุสลิมครองเสียงข้างมากในสภานิติบัญญัติประจำจังหวัดชายแดน และเทศบาลหลายแห่งในภาคใต้มีนายกเทศมนตรีเป็นมุสลิม มุสลิมสามารถแสดงความไม่พอใจทางการเมืองได้อย่างเปิดเผยและมีเสรีภาพทางศาสนามากขึ้น

อย่างไรก็ตาม รัฐบาลทักษิณเริ่มรื้อถอนองค์กรบริหารภาคใต้ และแทนที่ด้วยกองกำลังตำรวจที่ทุจริตอย่างร้ายกาจ ซึ่งเริ่มปราบปรามอย่างกว้างขวางในทันที การปรึกษาหารือกับผู้นำชุมชนท้องถิ่นก็ถูกยกเลิกเช่นกัน ความไม่พอใจต่อการละเมิดนำไปสู่ความรุนแรงที่เพิ่มขึ้นในช่วงปี 2547 และ 2548 นักการเมืองและผู้นำมุสลิมต่างนิ่งเงียบด้วยความกลัวการปราบปราม ส่งผลให้ความชอบธรรมทางการเมืองและการสนับสนุนของพวกเขาลดลง ซึ่งส่งผลเสียต่อพวกเขาอย่างมาก ในการเลือกตั้งทั่วไปปี 2548 สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรมุสลิมที่ดำรงตำแหน่งอยู่ 11 คน มีเพียงคนเดียวเท่านั้นที่ไม่ได้รับเลือกให้ดำรงตำแหน่ง^{[ 76 ]}

ความยากจนและปัญหาเศรษฐกิจเป็นปัจจัยสำคัญที่อยู่เบื้องหลังการก่อความไม่สงบ^{[ 77 ] [ 78 ]}

แม้ว่าเศรษฐกิจของประเทศไทยจะเติบโตอย่างมากในช่วงหลายทศวรรษที่ผ่านมา แต่ผลกำไรในจังหวัดทางภาคเหนือและภาคใต้ค่อนข้างจำกัด^{[ 79 ]}ความแตกต่างของรายได้ระหว่างครัวเรือนชาวพุทธและชาวมุสลิมนั้นเด่นชัดเป็นพิเศษในพื้นที่ชายแดน^{[ 80 ]}

เปอร์เซ็นต์ของประชากรที่อาศัยอยู่ต่ำกว่าเส้นความยากจนก็ลดลงเช่นกัน จากร้อยละ 40, 36 และ 33 ในปี 2543 เหลือร้อยละ 18, 10 และ 23 ในปี 2547 สำหรับจังหวัดปัตตานี นราธิวาส และยะลา ตามลำดับ ในปี 2547 จังหวัดทั้งสามมีประชากรที่อาศัยอยู่ต่ำกว่าเส้นความยากจน 310,000 คน เทียบกับ 610,000 คนในปี 2543 อย่างไรก็ตาม ร้อยละ 45 ของคนยากจนในภาคใต้ทั้งหมดอาศัยอยู่ในจังหวัดชายแดนทั้งสาม^{[ 81 ] [ 82 ]}

โดยทั่วไปแล้ว ชาวมุสลิมในจังหวัดชายแดนมีระดับการศึกษาต่ำกว่าเมื่อเทียบกับเพื่อนบ้านที่เป็นชาวพุทธ ร้อยละ 69.80 ของประชากรมุสลิมในจังหวัดชายแดนจบการศึกษาเพียงระดับประถมศึกษา ในขณะที่ร้อยละ 49.6 ของชาวพุทธในจังหวัดเดียวกันจบการศึกษาระดับนี้ มีเพียงร้อยละ 9.20 ของชาวมุสลิมที่สำเร็จการศึกษาระดับมัธยมศึกษา (รวมถึงผู้ที่จบการศึกษาจากโรงเรียนอิสลามเอกชน) ในขณะที่ร้อยละ 13.20 ของชาวพุทธจบการศึกษาระดับนี้ มีเพียงร้อยละ 1.70 ของประชากรมุสลิมที่มีปริญญาตรี ในขณะที่ร้อยละ 9.70 ของชาวพุทธมีปริญญาตรี โรงเรียนของรัฐโดยทั่วไปบังคับใช้หลักสูตรภาษาไทยโดยไม่รวมภาษาปัตตานี-มาเลย์ของภูมิภาค ซึ่งเป็นนโยบายที่ทำให้อัตราการรู้หนังสือต่ำและมีส่วนทำให้โรงเรียนของรัฐถูกมองว่าเป็นปฏิปักษ์ต่อวัฒนธรรมมาเลย์^{[ 83 ] [ 84 ]}ระบบการศึกษาแบบฆราวาสกำลังถูกบ่อนทำลายโดยการทำลายโรงเรียนและการฆาตกรรมครูโดยกลุ่มผู้ก่อความไม่สงบ^{[ 85 ]}

ชาวมุสลิมที่มีการศึกษาน้อยกว่ามีโอกาสในการจ้างงานลดลงเมื่อเทียบกับเพื่อนบ้านที่เป็นชาวพุทธ มีเพียง 2.4% ของชาวมุสลิมที่ทำงานในต่างจังหวัดเท่านั้นที่ดำรงตำแหน่งในหน่วยงานราชการ ในขณะที่ชาวพุทธที่ทำงานมีถึง 19.2% การหางานในภาคราชการของไทยเป็นเรื่องยากสำหรับชาวมุสลิมที่ไม่เคยยอมรับภาษาไทยหรือระบบการศึกษาของไทยอย่างเต็มที่ การโจมตีเป้าหมายทางเศรษฐกิจของกลุ่มก่อความไม่สงบยิ่งลดโอกาสในการจ้างงานสำหรับทั้งชาวมุสลิมและชาวพุทธในต่างจังหวัดลงไปอีก

กลุ่มบาริซัน เรโวลูซี นาซิออนัล-คูร์ดินาซี (BRN-C) ปัจจุบันเป็นกลุ่มที่สำคัญที่สุด นำการก่อความไม่สงบในภาคใต้ของประเทศไทย กลุ่มนี้ได้รับการฟื้นฟูขึ้นมาใหม่หลังปี 2544 และผู้นำส่วนใหญ่เป็น ครูสอนศาสนา ซาลาฟีที่ปฏิเสธ อุดมการณ์ สังคมนิยมแบบรวมชาติอาหรับของ BRN ในยุคแรก โดยมีส่วนร่วมในการเคลื่อนไหวทางการเมืองด้วยการรับสมัครผู้ติดตามในมัสยิดและปลูกฝังอุดมการณ์ในโรงเรียนอิสลามกลุ่มนี้มีวิสัยทัศน์ที่จะกลายเป็นขบวนการมวลชน โดยมุ่งเป้าไปที่การมีสมาชิก 400,000 คนในพื้นที่ปฏิบัติการ BRN-C ไม่มีเป้าหมายทางวัฒนธรรมหรือชาตินิยมที่สร้างสรรค์ แต่เป้าหมายเร่งด่วนคือการทำให้ภาคใต้ของประเทศไทยไม่สามารถปกครองได้ กลุ่มนี้ประสบความสำเร็จอย่างมากในการเผยแพร่และรักษาบรรยากาศแห่งความหวาดกลัวและความไม่แน่นอนผ่านหน่วยรบลับที่ได้รับการฝึกฝนมาเป็นอย่างดี ซึ่งมีส่วนร่วมในการลอบสังหาร การวางระเบิด การทำลายล้างอย่างเป็นระบบ และสงครามกองโจร^{[ 52 ] [ 61 ]}

กลุ่มรุนดาคุมปูลันเกจิล (RKK) ซึ่งถูกกล่าวหาว่าเป็นหนึ่งในปีกติดอาวุธของ BRN-C ^{[ 61 ]}เป็นหนึ่งในกลุ่มที่โหดร้ายและไร้ความปราณีที่สุดในการก่อความไม่สงบในภาคใต้ของประเทศไทยในช่วงไม่กี่ปีที่ผ่านมา ประกอบด้วยนักรบหนุ่มสาว ส่วนใหญ่เป็นซาลาฟี ที่มักจะหลบหนีไปยังมาเลเซียหลังจากก่อเหตุโจมตีรุนแรง รวมถึง การ วางเพลิงการวางระเบิด การจับกุมหรือสังหารบุคลากรทางการศึกษาที่อาจเป็นภัยคุกคามต่อการเผยแพร่แนวคิดของกลุ่ม การทำสงครามกองโจร การฆาตกรรมในจังหวัดยะลาปัตตานีหรือนราธิวาสและการปล้นและขโมยอาวุธหรือโจมตีฐานปฏิบัติการของทหารและตำรวจ^{[ 62 ]}แม้ว่าสมาชิก RKK หลายคนจะถูกจับกุมหรือสังหารโดยทหารหรือตำรวจไทยในช่วงทศวรรษที่ผ่านมา แต่เป็นเรื่องยากสำหรับผู้ที่เกี่ยวข้องกับการปราบปรามการก่อความไม่สงบที่จะแทรกซึมเข้าไปในโครงสร้างของกลุ่มเนื่องจากความลับและความคล่องตัวของกลุ่ม^{[ 86 ]}

เช่นเดียวกับ BRN-C กลุ่มGerakan Mujahidin Islam Patani (GMIP) เป็นกลุ่มที่ฟื้นคืนชีพขึ้นมาอีกครั้งหลังปี 2544 และปัจจุบันมี เป้าหมายทางการเมือง แบบอิสลามที่แข็งกร้าว มากขึ้น ซึ่งส่งผลเสียต่ออุดมการณ์ชาตินิยม เดิมของกลุ่ม ^{[ 87 ]}ปัจจุบันเชื่อกันว่าสมาชิกของกลุ่มนี้มีความเห็นอกเห็นใจกับอัลกออิดะห์และกับการก่อตั้งรัฐอิสลามข้ามชาติ^{[ 62 ]}

กลุ่มBarisan Bersatu Mujahidin Patani (BBMP) ก่อตั้งขึ้นในปี 1985 โดยแยกตัวออกมาจากกลุ่มNational Front for the Liberation of Pattani (BNPP) อย่างชัดเจน ซึ่งแตกต่างจากกลุ่มหลังตรงที่มีอุดมการณ์อิสลามนิยมอย่างเปิดเผย^{[ 62 ]}

องค์การปลดปล่อยปัตตานี (PULO) เป็นขบวนการที่ก่อตั้งขึ้นบนค่านิยมชาตินิยมและฆราวาสนิยมของการสร้างชาติ ปัตตานี โดยมีเป้าหมายหลักคือการปลดปล่อยปัตตานีจากการปกครองของไทยด้วยทุกวิถีทาง รวมถึงการต่อสู้ด้วยอาวุธ^{[ 61 ]}

อย่างไรก็ตาม นับตั้งแต่ปี 2544 ภาคประชาสังคมในสามจังหวัดทางภาคใต้ของไทยได้ประสบกับการบังคับใช้ บรรทัดฐาน ซาลาฟี แบบเคร่งครัดทางกฎหมายอย่างแพร่หลาย และความเป็นจริงในปัจจุบันแตกต่างจากในอดีตของภาคใต้ของไทยอย่างมาก ลัทธิซาลาฟีได้กัดกร่อนเอกลักษณ์ทางวัฒนธรรมของปัตตานีอย่างหนัก และกลุ่มกบฏในปัจจุบันมีเป้าหมายทางศาสนาสุดโต่ง เช่น การสถาปนารัฐอิสลามซึ่งส่งผลเสียต่อชาตินิยมของปัตตานี แม้ว่ากลุ่มกบฏในปัจจุบันบางส่วนอาจเป็นอดีตสมาชิกของ PULO แต่ก็ยังไม่ชัดเจนว่าพวกเขาต่อสู้เพื่ออุดมการณ์ของ PULO หรือไม่ และเป็นไปได้ว่าหลายคนอาจกลายเป็นส่วนหนึ่งขององค์กรที่กระตือรือร้นและเคร่งศาสนามากกว่าที่เข้ามาแทนที่ PULO ^{[ 61 ]}ในช่วงไม่กี่ปีที่ผ่านมา ผู้นำของ PULO ได้สูญเสียการควบคุมกลุ่มกบฏไปมาก และมีอิทธิพลโดยรวมต่อการก่อความไม่สงบในภาคใต้ของไทยในระดับที่จำกัดมาก^{[ 52 ]}

เมื่อวันที่ 26 กรกฎาคม พ.ศ. 2552 Abu Yasir Fikriประธานของ PULO และ Me Kuteh "เอมีร์" ของกลุ่มมูจาฮิดีนอิสลามปาทานี (GMIP) ได้ตกลงที่จะผนึกกำลังกัน Abu Yasir Fikri ได้รับอนุญาตให้พูดในนามของ GMIP ในประเด็นทางการเมืองทั้งหมด ข้อตกลงนี้รวมถึงส่วนหนึ่งที่พวกเขาตกลงที่จะจัดตั้งกองกำลังทหารที่เป็นหนึ่งเดียว คือ กองทัพปลดปล่อยปาทานี (PLA) โดย PLA จะอยู่ภายใต้การบังคับบัญชาของรองผู้บัญชาการทหารคนแรกขององค์การปลดปล่อยรวมปาทานี (PULO) ^{[ 88 ]}

เมื่อวันที่ 18 เมษายน พ.ศ. 2552 PULO ได้สรุปแนวทางแก้ไขความขัดแย้งในการ ประชุมกลุ่มผู้เชี่ยวชาญระหว่างรัฐบาลครั้งที่ 12 ของ OICเพื่อพิจารณาสภาพของชุมชนมุสลิมและชนกลุ่มน้อยในเจดดาห์^{[ 89 ]}

กลุ่มรัฐอิสลาม (IS) เป็นกลุ่มก่อความไม่สงบหน้าใหม่ในภาคใต้ของประเทศไทย แม้ว่าสัญญาณแรกของการปรากฏตัวจะเริ่มขึ้นตั้งแต่ปี 2018 ^{[ 90 ]}แตกต่างจากกลุ่มติดอาวุธอื่นๆ IS มีข้อความที่ชัดเจนเกี่ยวกับลัทธิญิฮาดซาลาฟีโดยเรียกร้องให้ภูมิภาคนี้แยกตัวออกจากภาคใต้ของประเทศไทยและจัดตั้งเป็นจังหวัดหนึ่งในเครือข่ายอิทธิพลระดับโลกของกลุ่ม สื่อชื่อ Al-Nibras News เผยแพร่โฆษณาชวนเชื่อของ IS ในปี 2025 กลุ่มติดอาวุธที่ได้รับแรงบันดาลใจจาก IS ได้โจมตีขบวนรถตำรวจครั้งใหญ่ ทำให้เจ้าหน้าที่ตำรวจเสียชีวิต 1 นาย^{[ 53 ]}กลุ่มนี้ดูเหมือนจะแข็งแกร่งขึ้น เนื่องจากอำนาจของ PULO ลดลงและความแตกแยกของกลุ่มก่อความไม่สงบอื่นๆ เกี่ยวกับแนวทางที่ควรดำเนินการ แม้ว่าจะไม่ทราบว่ากลุ่มนี้สามารถบ่อนทำลายรัฐได้มากน้อยเพียงใด^{[ 61 ] [ 52 ]}

ในช่วงทศวรรษที่ผ่านมาของการก่อความไม่สงบในภาคใต้ของประเทศไทย ธง มาตรฐานสีดำได้เข้ามาแทนที่ ธง แบ่งแยกดินแดน หลากสีสัน ที่กลุ่มต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับการก่อกบฏต่อรัฐบาลไทยเคยใช้^{[ 91 ] [ 92 ]}

• 
  ธงดั้งเดิมของกลุ่ม PULOซึ่งยังคงใช้ในปัจจุบันโดยกลุ่ม PULO ดั้งเดิมที่นำโดย Abu Yasir Fikri
• 
  ธงชาติGabungan Melayu Patani Raya (GEMPAR)
• 
  ธงชาติเนการาปาตานีรายอ (รัฐปาตานี)
• 
  ธงชาติกลุ่มBarisan Revolusi Nasional Melayu Patani (BRN)
• 
  ธงชาติBRN-คูร์ดินาซี (BRN-C)
• 
  ธงของ BRN-Ulama
• 
  ธงที่ใช้โดย "กริช ปูโล" (พ.ศ. 2532–2548)
• 
  ธงชาติสหรัฐ (ห้าดาว) (ค.ศ. 2548–ปัจจุบัน)
• 
  ตราประจำตระกูลดั้งเดิมของ PULO และ GMIP
• 
  ธงอัลรายาแห่งญิฮาด
• 
  ธงรัฐอิสลาม (IS)

เมื่อวันที่ 28 เมษายน พ.ศ. 2547 กลุ่มติดอาวุธมากกว่า 100 คนได้ก่อเหตุโจมตีสถานีตำรวจ 10 แห่งในจังหวัดปัตตานี ยะลา และสงขลาทางภาคใต้ของประเทศไทย^{[ 93 ]}มือปืน 32 คนได้หลบหนีไปยังมัสยิดครูเส ซึ่งสร้าง ขึ้นในศตวรรษที่ 16 และถือเป็นมัสยิด ที่ศักดิ์สิทธิ์ที่สุด ในปัตตานี สำหรับชาวมุสลิม

พลเอกปัลลพ ปินมานีผู้บัญชาการ "ศูนย์ส่งเสริมสันติภาพภาคใต้" และรองผู้อำนวยการกองบัญชาการปฏิบัติการรักษาความมั่นคงภายในเป็นนายทหารอาวุโสที่สุดในที่เกิดเหตุ หลังจากเผชิญหน้ากันอย่างตึงเครียดนานเจ็ดชั่วโมง ปัลลพได้สั่งให้บุกโจมตีมัสยิดอย่างเต็มกำลัง มือปืนทั้งหมดถูกสังหาร ต่อมาเขายืนยันว่า "ผมไม่มีทางเลือก ผมกลัวว่าเมื่อเวลาผ่านไป ฝูงชนจะเห็นใจผู้ก่อการร้าย จนถึงขั้นพยายามช่วยเหลือพวกเขา" ^{[ 94 ]}

ต่อมามีการเปิดเผยว่าคำสั่งของปัลลพให้บุกมัสยิดนั้นขัดต่อคำสั่งโดยตรงของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมชวลิต ยงชัยยุทธที่ให้หาทางยุติความขัดแย้งอย่างสันติไม่ว่าจะใช้เวลานานแค่ไหนก็ตาม^{[ 95 ]}ปัลลพได้รับคำสั่งให้ออกจากพื้นที่ทันที และต่อมาได้ยื่นใบลาออกจากตำแหน่งผู้บัญชาการศูนย์ส่งเสริมสันติภาพภาคใต้ กองบัญชาการปฏิบัติการรักษาความมั่นคงภายใน (ISOC) ซึ่งปัลลพเป็นหัวหน้า ก็ถูกยุบเช่นกัน คณะกรรมการสอบสวนของรัฐบาลพบว่ากองกำลังรักษาความปลอดภัยได้ตอบโต้เกินกว่าเหตุศูนย์สิทธิมนุษยชนแห่งเอเชียตั้งคำถามถึงความเป็นอิสระและความเป็นกลางของคณะกรรมการสอบสวน เมื่อวันที่ 3 พฤษภาคม 2547 ในระหว่างการพิจารณาของวุฒิสภา วุฒิสมาชิกไกรศักดิ์ ชุนหาวัน ตั้งข้อสังเกตว่าผู้เสียชีวิตส่วนใหญ่ที่มัสยิดครูเซถูกยิงที่ศีรษะ และมีร่องรอยว่ามีเชือกมัดข้อมือ ซึ่งบ่งชี้ว่าพวกเขาถูกประหารชีวิตหลังจากถูกจับกุม

เหตุการณ์ดังกล่าวส่งผลให้เกิดความขัดแย้งส่วนตัวระหว่างปัลลอปและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมชาวลิทซึ่งดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการ ISOC ด้วย^{[ 96 ]}ต่อมาปัลลอปเรียกร้องให้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมยุติการมีส่วนร่วมในการจัดการการก่อความไม่สงบทางตอนใต้^{[ 97 ]}

ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2547 เมืองตากใบจังหวัดนราธิวาสเกิดเหตุการณ์กบฏที่ได้รับความสนใจจากสาธารณชนมากที่สุด ชายท้องถิ่น 6 คนถูกจับกุมในข้อหาจัดหาอาวุธให้แก่กลุ่มกบฏ มีการจัดการชุมนุมประท้วงเพื่อเรียกร้องให้ปล่อยตัวพวกเขา และตำรวจได้เรียกกำลังเสริมจากกองทัพ กองทัพใช้แก๊สน้ำตาและปืนฉีดน้ำใส่ฝูงชน และเกิดการยิงปะทะกัน ทำให้มีผู้เสียชีวิต 7 คน^{[ 98 ] [ 99 ]}

ชาวบ้านหลายร้อยคน ส่วนใหญ่เป็นชายหนุ่ม ถูกจับกุม พวกเขาถูกบังคับให้ถอดเสื้อและนอนลงกับพื้น มือของพวกเขาถูกมัดไว้ด้านหลัง ต่อมาในบ่ายวันนั้น ทหารได้โยนพวกเขาขึ้นรถบรรทุกเพื่อนำตัวไปยังค่ายทหารอิงกายยุทธโภริหารในจังหวัดปัตตานี ที่อยู่ใกล้เคียง นักโทษถูกอัดซ้อนกันห้าหรือหกชั้นในรถบรรทุก และเมื่อรถบรรทุกไปถึงจุดหมายปลายทางในอีกห้าชั่วโมงต่อมา ท่ามกลางอากาศร้อนจัด ชาย 78 คนเสียชีวิตจากการขาดอากาศหายใจ^{[ 98 ] [ 100 ]}

เหตุการณ์นี้ก่อให้เกิดการประท้วงอย่างกว้างขวางทั่วภาคใต้และทั่วประเทศไทยแม้แต่คนไทยที่ไม่ใช่มุสลิมก็ยังตกใจกับพฤติกรรมของกองทัพ อย่างไรก็ตาม ทักษิณกลับให้การสนับสนุนกองทัพอย่างเต็มที่ ผู้ที่รับผิดชอบต่อการปฏิบัติอย่างไม่เหมาะสมและการเสียชีวิตของผู้ถูกคุมขังได้รับโทษที่เบาที่สุดซึ่งไม่ใช่การจำคุก การตอบสนองเบื้องต้นของทักษิณคือการปกป้องการกระทำของกองทัพ โดยกล่าวว่าชาย 78 คนเสียชีวิต "เพราะพวกเขาอ่อนแออยู่แล้วจากการถือศีลอดในช่วงเดือนรอมฎอน " ^{[ 101 ]}

มีการยื่นฟ้องผู้ต้องสงสัย 58 รายที่ถูกกล่าวหาว่ามีส่วนร่วมในการประท้วง อย่างไรก็ตาม คดีถูกยกเลิกในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2549 เนื่องจากจะไม่เป็นผลดีต่อสาธารณชนและ "อาจส่งผลกระทบต่อความมั่นคงของชาติ" ^{[ 102 ]}

เมื่อวันที่ 2 พฤศจิกายน พ.ศ. 2549 นายกรัฐมนตรีสุรยุทธ จุฬานนท์ได้กล่าวขอโทษอย่างเป็นทางการต่อเหตุการณ์ดังกล่าว^{[ 103 ]}ซึ่งส่งผลให้เหตุการณ์ความรุนแรงเพิ่มขึ้นอย่างมากในวันถัดมา^{[ 104 ]}

การเผชิญหน้ากันระหว่างกลุ่มกบฏและตำรวจและทหารไทยเกิดขึ้นที่ยะลาประเทศไทย เมื่อวันที่ 27 มิถุนายน 2552 เวลา 7:55 น. ตามเวลาท้องถิ่น^{[ 105 ]}กำลังพลผสม 200 นาย ประกอบด้วยตำรวจและทหารจากหน่วยเฉพาะกิจที่ 15 ได้ปิดล้อมบ้านหลังหนึ่งในอำเภอบ้านนางสะตะจังหวัดยะลา หลังจากที่ชาวบ้านแจ้งเบาะแสเกี่ยวกับการมีอยู่ของกลุ่มติดอาวุธแบ่งแยกดินแดน

ขณะที่ตำรวจและทหารบุกเข้าไปในอาคาร กลุ่มติดอาวุธที่ซ่อนตัวอยู่ภายในได้เปิดฉากยิง ทำให้จ่าสิบเอกพงษ์ษาธร นิรไพ จากสถานีตำรวจบ้านนางสะตะ และจ่าสิบตรีสังสันต์กาลง อายุ 39 ปี ซึ่งเป็นทหาร เสียชีวิต ^{[ 106 ]}โซเปปัน บัวแน อายุ 26 ปี ผู้ต้องสงสัยว่าเป็นกลุ่มติดอาวุธ ถูกสังหารขณะพยายามหลบหนี^{[ 105 ]}อย่างน้อยสองคนในกลุ่มกบฏสามารถหลบหนีไปได้แม้จะถูกล้อมไว้เกือบ 5 ชั่วโมง^{[ 107 ]}

ในช่วงหลายสัปดาห์ก่อนหน้านี้ การโจมตีโดยกลุ่มแบ่งแยกดินแดนเพิ่มมากขึ้น มีผู้เสียชีวิต 41 คนและบาดเจ็บ 60 คนในเดือนมิถุนายนเพียงเดือนเดียว^{[ 107 ]}ก่อนหน้านี้ในเดือนมิถุนายน มือปืนสวมหน้ากากได้สังหารผู้ละหมาด 11 คนในมัสยิดใน จังหวัด นราธิวาสเหตุการณ์ดังกล่าวซึ่งทำให้มีผู้บาดเจ็บอีก 12 คน ถือเป็นหนึ่งในการโจมตีที่เลวร้ายที่สุดในรอบ 5 ปี^{[ 108 ]}มีการประกาศรางวัล 5,900 ดอลลาร์สหรัฐสำหรับเบาะแสเกี่ยวกับการโจมตีครั้งนี้

ความพยายามในการเจรจากับกลุ่มกบฏประสบอุปสรรคเนื่องจากผู้นำกลุ่มกบฏไม่เปิดเผยตัวตน

ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2547 วาน กาดีร์ เช มานผู้นำพรรคเบอร์ซาตู ที่ลี้ภัย และเป็นหนึ่งในบุคคลสำคัญเชิงสัญลักษณ์ของขบวนการกองโจรมานานหลายปี ได้กล่าวว่าเขาเต็มใจที่จะเจรจากับรัฐบาลเพื่อยุติความรุนแรงในภาคใต้ เขายังบอกเป็นนัยว่าพรรคเบอร์ซาตูยินดีที่จะผ่อนปรนข้อเรียกร้องก่อนหน้านี้เกี่ยวกับการจัดตั้งรัฐอิสระ^{[ 109 ] [ 110 ]}

ในตอนแรก รัฐบาลยินดีรับคำขอเจรจา อย่างไรก็ตาม การตอบสนองของรัฐบาลถูกวิพากษ์วิจารณ์อย่างรุนแรงว่าเป็น "ปฏิกิริยาฉับพลัน" และ "เพียงเพื่อหวังผลทางการเมืองราคาถูก" ^{[ 110 ]}แต่เมื่อปรากฏชัดว่า แม้ข้อเรียกร้องเรื่องเอกราชที่จำกัดของวาน กาดีร์ เช มาน จะอ่อนลง แต่เขา ก็ไม่มีอิทธิพลเหนือความรุนแรง การเจรจาจึงถูกยกเลิก^{[ 110 ]}จากนั้นรัฐบาลจึงเริ่มดำเนินนโยบายที่ไม่พยายามเจรจากับกลุ่มกบฏอย่างเป็นทางการ^{[ 111 ]}

หลังจากได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้บัญชาการทหารบกในปี พ.ศ. 2548 พลเอกสันติบุญยรัตน์ลินแสดงความมั่นใจว่าเขาจะสามารถแก้ไขปัญหาการก่อความไม่สงบได้ เขาอ้างว่าเขาจะใช้แนวทางที่ "ใหม่และมีประสิทธิภาพ" ในการแก้ไขวิกฤต และ "กองทัพได้รับแจ้ง [ว่าใครคือผู้ก่อความไม่สงบ] และจะปฏิบัติหน้าที่ของตน" ^{[ 112 ]}

เมื่อวันที่ 1 กันยายน พ.ศ. 2549 หนึ่งวันหลังจากธนาคารพาณิชย์ 22 แห่งถูกวางระเบิดพร้อมกันในจังหวัดยะลาสนธิประกาศว่าเขาจะละทิ้งนโยบายไม่เจรจาของรัฐบาล อย่างไรก็ตาม เขากล่าวว่า "เรายังไม่รู้ว่าใครคือหัวหน้าที่แท้จริงของกลุ่มติดอาวุธที่เรากำลังต่อสู้ด้วย" ^{[ 113 ]}ในการแถลงข่าวในวันรุ่งขึ้น เขาโจมตีรัฐบาลที่วิพากษ์วิจารณ์เขาที่พยายามเจรจากับกลุ่มกบฏนิรนาม และเรียกร้องให้รัฐบาล "ปล่อยกองทัพและปล่อยให้พวกเขาทำงาน" ^{[ 114 ]}การเผชิญหน้ากับรัฐบาลทำให้การเรียกร้องให้เจรจาของเขาได้รับความนิยมอย่างมากจากสื่อ^{[ 111 ]}หลังจากนั้น กลุ่มกบฏได้วางระเบิดห้างสรรพสินค้า 6 แห่งใน เมือง หาดใหญ่ซึ่งก่อนหน้านั้นไม่มีกิจกรรมของกลุ่มกบฏ กลุ่มกบฏไม่ได้ถูกเปิดเผยตัวตน สนธิได้รับอำนาจบริหารเพิ่มขึ้นอย่างมากเพื่อปราบปรามความไม่สงบในภาคใต้^{[ 115 ]}ภายในวันที่ 19 กันยายน พ.ศ. 2549 (หลังจากที่สนธิโค่นล้มรัฐบาลไทย) กองทัพยอมรับว่ายังไม่แน่ใจว่าจะเจรจากับใคร^{[ 116 ]}

ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2548 อดีตนายกรัฐมนตรีผู้เป็นที่เคารพอย่างนายอนันต์ ปัญยารชุนได้รับการแต่งตั้งเป็นประธานคณะกรรมการปรองดองแห่งชาติ ซึ่งมีหน้าที่ดูแลการฟื้นฟูสันติภาพในภาคใต้ นายอนันต์เป็นผู้ที่วิพากษ์วิจารณ์รัฐบาลทักษิณ อย่างรุนแรง และวิพากษ์วิจารณ์การจัดการความไม่สงบในภาคใต้ โดยเฉพาะอย่างยิ่งพระราชกฤษฎีกาสถานการณ์ฉุกเฉิน เขาเคยกล่าวไว้ว่า “เจ้าหน้าที่ทำงานอย่างไม่มีประสิทธิภาพ พวกเขาจับกุมผู้บริสุทธิ์แทนที่จะจับกุมผู้กระทำผิดตัวจริง ทำให้เกิดความไม่ไว้วางใจในหมู่ประชาชน ดังนั้น การมอบอำนาจที่กว้างขวางขึ้นอาจนำไปสู่ความรุนแรงที่เพิ่มขึ้นและในที่สุดก็อาจเกิดวิกฤตการณ์ที่แท้จริง” ^{[ 117 ]}

อนันด์ได้ส่งคำแนะนำของ NRC เมื่อวันที่ 5 มิถุนายน พ.ศ. 2549 ^{[ 118 ]}ในจำนวนนั้นมี

• แนะนำกฎหมายอิสลาม (ชะรีอะฮ์)
• ทำให้กลุ่มชาติพันธุ์ปัตตานี-มลายู (ยาวี)เป็นภาษาทำงานในภูมิภาค
• การจัดตั้งกองกำลังรักษาสันติภาพที่ไม่ติดอาวุธ
• การจัดตั้งศูนย์บริหารเชิงยุทธศาสตร์ที่สันติสำหรับจังหวัดชายแดนทางใต้

รัฐบาลทักษิณให้คำมั่นว่าจะดำเนินการตามข้อเสนอแนะ อย่างไรก็ตาม ข้อเสนอแนะดังกล่าวถูกคัดค้านอย่างรุนแรงโดยเปรม ตินสุลานนท์ประธานคณะองคมนตรีของพระบาทสมเด็จพระภูมิพลอดุลยเดชซึ่งกล่าวว่า "เราไม่สามารถยอมรับ [ข้อเสนอ] นั้นได้ เพราะเราเป็นคนไทย ประเทศนี้เป็นภาษาไทยและภาษาก็คือภาษาไทย... เราต้องภาคภูมิใจที่เป็นคนไทยและมีภาษาไทยเป็นภาษาประจำชาติเพียงภาษาเดียว" ^{[ 119 ]}

ในช่วงกลางปี ​​2021 BRN ได้ส่งเอกสารไปยังรัฐบาลซึ่งประกอบด้วยข้อเรียกร้อง 3 ประการ ได้แก่ การแก้ปัญหาทางการเมืองที่เหมาะสมกับชาวมาเลย์ไทยในภาคใต้ การลดการควบคุมทางทหาร และการมีส่วนร่วม ข้อเรียกร้องทั้งสามประการนี้ถือเป็นพื้นฐานของการเจรจาในกรุงกัวลาลัมเปอร์ระหว่าง วานลพ รุกษณาโอห์ หัวหน้าผู้เจรจาจากรัฐบาล และอนัส อับดุลราห์มาน ตัวแทนของ BRN ^{[ 36 ]}

คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งเอเชียกล่าวหาว่ากองทัพทำร้ายและทรมานผู้ต้องสงสัยว่าเป็นกบฏด้วยการเผาอวัยวะเพศด้วยบุหรี่ ทุบขวดเบียร์บนเข่า และล่ามโซ่พวกเขากับสุนัข การละเมิดดังกล่าวถูกกล่าวหาว่าเกิดขึ้นในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2549 หลังจากที่กองทัพยึดอำนาจ^{[ 142 ]}

ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2549 กลุ่มชาวมุสลิม 20 คน ชาย 9 คน และหญิง 11 คน อายุระหว่าง 2 ถึง 55 ปี ได้ขอลี้ภัยทางการเมืองในมาเลเซีย พวกเขาอ้างว่าระบอบการปกครองหลังรัฐประหารมีความก้าวร้าวต่อพลเรือนมากขึ้น และพวกเขาถูกกองทัพคุกคามอย่างต่อเนื่อง^{[ 143 ]}

กลุ่มมุสลิมจากนราธิวาสที่ลี้ภัยไปยังมาเลเซียในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2550 อ้างว่าพวกเขากำลังหนีจากการข่มขู่และการกระทำโหดร้ายของทหาร กลุ่มดังกล่าวร้องเรียนว่าพวกเขาถูกทำร้ายร่างกาย และลูกชายของพวกเขาหายตัวไปหรือถูกควบคุมตัวตั้งแต่ปี พ.ศ. 2548 นอกจากนี้ยังอ้างว่าเยาวชนบางคนเสียชีวิตหลังจากถูกวางยาพิษระหว่างถูกควบคุมตัว^{[ 144 ]}

ในช่วงปลายเดือนมกราคม พ.ศ. 2555 กลุ่มกบฏจำนวนหนึ่งได้ซุ่มโจมตี ฐานทัพ ทหารราบก่อนที่จะล่าถอยไป หน่วยเรนเจอร์ไล่ตามกลุ่มกบฏและถูกยิงจากรถกระบะ หน่วยเรนเจอร์จึงยิงตอบโต้เพื่อป้องกันตัว ส่งผลให้พลเรือนในรถเสียชีวิต 4 ราย และมีผู้บาดเจ็บอีกหลายคน หน่วยเรนเจอร์พบปืนไรเฟิลจู่โจม AK-47 แต่ก็อ้างว่าพลเรือนที่เสียชีวิตทั้ง 4 รายไม่ได้เกี่ยวข้องกับกลุ่มกบฏแต่อย่างใด ทหารจากกรมทหารราบที่ 4 กำลังทำการสอบสวน เหตุการณ์สังหารหมู่นี้ทำให้ชาวมุสลิมไทยจำนวนมากโกรธแค้น เนื่องจากผู้เสียชีวิตทั้ง 4 รายเป็นผู้นำมัสยิด (อิหม่าม มุลาณา คอติบ และบิไล) ^{[ 145 ]}

ในช่วงต้นเดือนกุมภาพันธ์กระทรวงมหาดไทยเสนอเงินชดเชยจำนวน 7.5 ล้านบาทให้กับผู้เสียหายทั้งหมดจากเหตุการณ์ความไม่สงบ รวมถึงผู้เสียหายจากเหตุการณ์สังหารหมู่ที่ตากใบและเหตุการณ์มัสยิดครูเส^{[ 146 ] [ 147 ]}

การฆ่าตัวตายของขณากรณ์ เปียนชนะก่อให้เกิดเสียงวิพากษ์วิจารณ์อย่างกว้างขวางต่อระบบยุติธรรมในภาคใต้ของประเทศไทย ขณากรณ์ ผู้พิพากษาชาวไทย พยายามฆ่าตัวตายในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2562 และเสียชีวิตหลังจากการพยายามครั้งที่สองในปี พ.ศ. 2563 เพื่อประท้วงการแทรกแซงจากผู้มีอำนาจทางตุลาการระดับสูง^{[ 148 ]} ในขณะที่พยายามฆ่าตัวตายครั้งแรก เขาดำรงตำแหน่งผู้พิพากษาอาวุโสที่ศาลจังหวัดยะลาทาง ภาคใต้ ของประเทศไทย^{[ 149 ]}การกระทำของเขาทำให้เกิดความสนใจถึงความจำเป็นในการปฏิรูปในระบบยุติธรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่งในชุมชนมุสลิม ผู้พิพากษาขณากรณ์บอกกับจำเลย— ชาวมุสลิม 5 คน —และครอบครัวของพวกเขาว่าเขาต้องการยกฟ้องเนื่องจากหลักฐานไม่เพียงพอ แต่ถูกกดดันจากผู้มีอำนาจระดับสูงให้ตัดสินว่ามีความผิด^{[ 150 ]}

พระราชกฤษฎีกาฉุกเฉินได้รับการขยายเวลาเป็นครั้งที่ 68 ในปี 2022 นับตั้งแต่ประกาศใช้ครั้งแรกในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2548 ^{[ 151 ] [ 152 ]}นักวิชาการ ผู้เชี่ยวชาญด้านกฎหมาย และนักเคลื่อนไหวเพื่อสิทธิมนุษยชนเรียกร้องให้รัฐบาลยกเลิกกฎหมายดังกล่าว ท่ามกลางการละเมิดสิทธิมนุษยชนและกิจกรรมที่ผิดกฎหมายของเจ้าหน้าที่รัฐ^{[ 153 ]}