การก่อตั้งมหาวิทยาลัยในยุคกลางในกรุงปรากได้รับแรงบันดาลใจจาก จักรพรรดิ ชาร์ลส์ที่ 4 แห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์^{[ 6 ]} พระองค์ทรงขอให้ พระสันตะปาปาเคลเมนต์ที่ 6พระมิตรและพันธมิตรของพระองค์ทรงสร้างมหาวิทยาลัยขึ้น ในวันที่ 26 มกราคม ค.ศ. 1347 พระสันตะปาปาได้ออกพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งมหาวิทยาลัยในกรุงปราก โดยจำลองแบบมาจากมหาวิทยาลัยปารีส พร้อมด้วย คณะวิชาทั้งสี่ คณะ รวมถึงเทววิทยา ในวันที่ 7 เมษายน ค.ศ. 1348 ชาร์ลส์ กษัตริย์แห่งโบฮีเมีย ได้พระราชทานสิทธิพิเศษและเอกสิทธิ์จากอำนาจทางโลกแก่มหาวิทยาลัยที่จัดตั้งขึ้นในพระราชกฤษฎีกาทองคำ^{[ 7 ]}และในวันที่ 14 มกราคม ค.ศ. 1349 พระองค์ทรงพระราชทานซ้ำอีกครั้งในฐานะกษัตริย์แห่งโรมัน แหล่งข้อมูลของ เช็กส่วนใหญ่ตั้งแต่ศตวรรษที่ 19—สารานุกรม ประวัติศาสตร์ทั่วไป เอกสารของมหาวิทยาลัยเอง—นิยมระบุปี ค.ศ. 1348 เป็นปีที่ก่อตั้งมหาวิทยาลัย มากกว่าปี ค.ศ. 1347 หรือ 1349 ซึ่งเป็นผลมาจาก การเปลี่ยนแปลง ต่อต้านศาสนจักรในศตวรรษที่ 19 ซึ่งเกิดขึ้นร่วมกันทั้งในหมู่ชาวเช็กและชาวเยอรมัน

มหาวิทยาลัยเปิดทำการในปี ค.ศ. 1349 มหาวิทยาลัยถูกแบ่งออกเป็นส่วนๆ เรียกว่าชาติได้แก่ ชาติ โบฮีเมียชาติ บาวาเรี ยชาติโปแลนด์ และชาติแซกซอนชาติโบฮีเมียประกอบด้วยชาวโบฮีเมีย ชาวโมราเวีย ชาวสลาฟใต้ และชาวฮังการี ชาติบาวาเรียประกอบด้วยชาวออสเตรียชาวสวาเบียชาวพื้นเมืองของฟรังโกเนียและจังหวัดไรน์ ชาติโปแลนด์ประกอบด้วยชาวไซลี เซี ยชาวโปแลนด์และชาวรูเธเนีย ชาติแซกซอนประกอบด้วยผู้อยู่อาศัยของมาร์กราฟแห่งไมส์เซินทูริงเกีย แซกโซนีตอนบนและตอนล่าง เดนมาร์ก และสวีเดน^{[ 8 ]}นักศึกษาเชื้อสายเช็กคิดเป็น 16–20% ของนักศึกษาทั้งหมด^{[ 9 ]}อาร์คบิชอปอาร์โนชต์แห่งปาร์ดูบิเซมีส่วนร่วมอย่างแข็งขันในการก่อตั้งโดยบังคับให้คณะสงฆ์มีส่วนร่วมและกลายเป็นอธิการบดีของมหาวิทยาลัย (เช่น ผู้อำนวยการหรือผู้จัดการ)

บัณฑิตคนแรกได้รับการเลื่อนขั้นในปี 1359 การบรรยายจัดขึ้นในวิทยาลัย ซึ่งวิทยาลัยที่เก่าแก่ที่สุดตั้งชื่อตามกษัตริย์ว่าCarolinumซึ่งก่อตั้งขึ้นในปี 1366 ในปี 1372 คณะนิติศาสตร์ได้กลายเป็นมหาวิทยาลัยอิสระ^{[ 10 ]}

ในปี ค.ศ. 1402 เจโรมแห่งปรากได้คัดลอกหนังสือDialogusและTrialogusของจอห์น วิคลิ ฟฟ์ ที่ มหาวิทยาลัยออกซ์ฟอร์ ด ยาน ฮัสคณบดีคณะปรัชญาได้แปลTrialogusเป็นภาษาเช็กในปี ค.ศ. 1403 มหาวิทยาลัยได้ห้ามสมาชิกปฏิบัติตามคำสอนของวิคลิฟฟ์ แต่หลักคำสอนของเขาก็ยังคงได้รับความนิยมเพิ่มขึ้นเรื่อยๆ

ในความแตกแยกทางตะวันตกชาติโบฮีเมียเข้าข้างกษัตริย์เวนเซสเลาส์และสนับสนุนสภาปิซา (1409) ชาติ อื่นๆ ในมหาวิทยาลัยประกาศสนับสนุนฝ่ายสมเด็จพระสันตะปาปาเกรกอรีที่ 12ดังนั้นผลการลงคะแนนจึงเป็น 1 ต่อ 3 ที่ไม่เห็นด้วยกับโบฮีเมีย อย่างไรก็ตาม ฮัสและชาวโบฮีเมียคนอื่นๆ ได้ฉวยโอกาสจากความไม่เห็นด้วยของเวนเซสเลาส์ต่อเกรกอรี โดยพระราชกฤษฎีกาแห่งคุทนาโฮรา ( ภาษา เยอรมัน: คุทเทนเบิร์ก ) เมื่อวันที่ 18 มกราคม 1409 กษัตริย์ได้ล้มล้างรัฐธรรมนูญของมหาวิทยาลัยโดยให้สิทธิ์ออกเสียงแก่ปรมาจารย์ชาวโบฮีเมีย 3 เสียง เหลือเพียงเสียงเดียวสำหรับอีก 3 ชาติ รวมกัน จากเดิมที่ แต่ละ ชาติมีสิทธิ์ออกเสียง 1 เสียงผลจากการรัฐประหาร ครั้งนี้ คือการอพยพของอาจารย์และนักศึกษาต่างชาติ (ส่วนใหญ่เป็นชาวเยอรมัน) ซึ่งก่อตั้งมหาวิทยาลัยไลป์ซิก ขึ้น ในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1409 ก่อนหน้านั้น ในปี ค.ศ. 1408 มหาวิทยาลัยมีแพทย์และปริญญาโทประมาณ 200 คน ปริญญาตรี 500 คน และนักศึกษา 30,000 คนแต่มหาวิทยาลัยได้สูญเสียบุคคลากรจำนวนมากไป โดยรายงานการสูญเสียมีตั้งแต่ 5,000 ถึง 20,000 คนรวมทั้งอาจารย์ 46 คน^{[ 8 ]}

ในฤดูใบไม้ร่วงปี 1409 ฮุสได้รับเลือกเป็นอธิการบดีของมหาวิทยาลัยที่เหลืออยู่ซึ่งปัจจุบันอยู่ภายใต้การปกครองของชาวเช็ก มหาวิทยาลัยแห่งนี้กลายเป็นฐานที่มั่นของขบวนการฮุสไซต์และส่วนใหญ่เป็นสถาบันระดับภูมิภาค^{[ 11 ]}ในไม่ช้าในปี 1419 คณะศาสนศาสตร์และนิติศาสตร์ก็หายไป เหลือเพียงคณะศิลปศาสตร์ เท่านั้น ที่ยังคงอยู่

คณะศิลปศาสตร์กลายเป็นศูนย์กลางของ ขบวนการ ฮุสไซต์และเป็นแหล่งอำนาจหลักทางหลักคำสอนของกลุ่มอุตราควิสต์ไม่มีการมอบปริญญาในช่วงปี 1417–1430 บางครั้งมีอาจารย์เพียงแปดหรือเก้าคนเท่านั้น^{[ 8 ]}จักรพรรดิซิกิสมุนด์ พระโอรสของชาร์ลส์ที่ 4 ทรงรับสิ่งที่เหลืออยู่เป็นทรัพย์สินส่วนพระองค์ และมีความก้าวหน้าเกิดขึ้นบ้าง จักรพรรดิเฟอร์ดินานด์ที่ 1ทรงเรียก คณะ เยสุอิตมายังปราก และในปี 1562 พวกเขาได้เปิดสถาบันการศึกษาขึ้น คือเคลเมนตินุมตั้งแต่ปี 1541 ถึง 1558 นักมนุษยนิยมชาวเช็ก มัทธิวส์ คอลลินัส (1516–1566) เป็นอาจารย์สอนภาษากรีก^{[ 12 ]}มีความก้าวหน้าเกิดขึ้นอีกครั้งเมื่อจักรพรรดิรูดอล์ฟที่ 2เสด็จมาประทับที่ปราก ในปี 1609 การถือพรหมจรรย์ของอาจารย์ถูกยกเลิก^{[ 13 ]}ในปี 1616 สถาบันการศึกษาของคณะเยสุอิตได้กลายเป็นมหาวิทยาลัย (สามารถมอบปริญญาทางวิชาการได้) ^{[ 13 ]}

คณะเยสุอิตถูกขับไล่ออกไปในช่วงปี 1618–1621 ในช่วงเริ่มต้นของสงครามสามสิบปีซึ่งเริ่มขึ้นในกรุงปรากโดยชาวโบฮีเมียที่ต่อต้านคาทอลิกและต่อต้านจักรวรรดิ แต่ในปี 1622 คณะเยสุอิตก็มีอิทธิพลเหนือจักรพรรดิอย่างมาก พระราชกฤษฎีกาของจักรพรรดิเมื่อวันที่ 19 กันยายน 1622 มอบอำนาจสูงสุดให้คณะเยสุอิตควบคุมระบบการศึกษาทั้งหมดในโบฮีเมียโมราเวียและไซลีเซียอาจารย์สี่คนสุดท้ายที่วิทยาลัยคารอลินุมลาออก และวิทยาลัยคารอลินุมทั้งหมดรวมถึงวิทยาลัยอีกเก้าแห่งก็ตกเป็นของคณะเยสุอิต สิทธิ์ในการมอบปริญญา การดำรงตำแหน่งอธิการบดี และการแต่งตั้งอาจารย์ฆราวาสก็มอบให้แก่คณะเยสุอิตเช่นกัน

พระคาร์ดินัลเอิร์นสต์ อดัลเบิร์ตแห่งฮาร์ราคคัดค้านการรวมมหาวิทยาลัยกับสถาบันอื่น การเพิกถอนสิทธิ์ของอาร์คบิชอปในการดำรงตำแหน่งอธิการบดี และขัดขวางการร่างพระราชกฤษฎีกาเพื่อยืนยันการมอบอำนาจให้แก่คณะเยสุอิต พระคาร์ดินัลเอิร์นสต์ให้ทุนสนับสนุนวิทยาลัยอดัลเบิร์ตติ นัม และในปี ค.ศ. 1638 จักรพรรดิเฟอร์ดินานด์ที่ 3ได้จำกัดการผูกขาดการสอนของคณะเยสุอิต โดยทรงริบสิทธิ์ ทรัพย์สิน และเอกสารสำคัญของวิทยาลัยคาโรลินัม ทำให้มหาวิทยาลัยกลับมาเป็นอิสระอีกครั้งภายใต้ผู้คุ้มครองของจักรพรรดิ ในช่วงปีสุดท้ายของสงครามสามสิบปีสะพานชาร์ลส์ในกรุงปรากได้รับการปกป้องอย่างกล้าหาญโดยนักศึกษาของวิทยาลัยคาโรลินัมและวิทยาลัยเคลเมนตินัมตั้งแต่ปี ค.ศ. 1650 ผู้ที่ได้รับปริญญาใด ๆ ก็ตามจะต้องสาบานตนว่าจะรักษาการปฏิสนธิอันบริสุทธิ์ของพระแม่มารีซึ่งได้รับการต่ออายุทุกปี

เมื่อวันที่ 23 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1654 จักรพรรดิเฟอร์ดินานด์ที่ 3 ได้รวม CarolinumและClementinumเข้าด้วยกันและก่อตั้งมหาวิทยาลัยแห่งเดียวที่มี 4 คณะ ได้แก่มหาวิทยาลัยชาร์ลส์-เฟอร์ดินานด์ ( ภาษาละติน: Universitatis Carolinae Ferdinandeae ) ^{[ 14 ]} ในขณะนั้นCarolinum มีเพียง คณะศิลปศาสตร์ เท่านั้น ซึ่งเป็นคณะเดียวที่รอดพ้นจากช่วงสงครามฮุสไซต์ Carolinum ที่ทรุดโทรมได้รับการสร้างใหม่ในปี ค.ศ. 1718 โดยรัฐเป็นผู้รับผิดชอบค่าใช้จ่าย

การบูรณะและการปฏิรูปการบริหารราชการของมหาวิทยาลัยในราชวงศ์ฮับส์บูร์กในปี 1752 และ 1754 ทำให้มหาวิทยาลัยสูญเสียสิทธิพิเศษหลายอย่างไป ในปี 1757 มีการแต่งตั้งนักบวชโดมินิกันและนักบวชออกัสตินให้สอนวิชาศาสนศาสตร์ อย่างไรก็ตาม มีการนำการปฏิรูปที่ทันสมัยมาใช้ทีละน้อย และกระบวนการนี้สิ้นสุดลงในช่วงปลายศตวรรษเมื่อแม้แต่ผู้ที่ไม่ใช่คาทอลิกก็ได้รับสิทธิ์ในการศึกษา ในวันที่ 29 กรกฎาคม 1784 ภาษาเยอรมันเข้ามาแทนที่ภาษาละตินเป็นภาษาในการเรียนการสอน^{[ 15 ]}เป็นครั้งแรกที่ชาวโปรเตสแตนต์ได้รับอนุญาต และหลังจากนั้นไม่นานชาวยิวก็ได้รับอนุญาต มหาวิทยาลัยตระหนักถึงความจำเป็นในการมีตำแหน่งศาสตราจารย์ด้านภาษาและวรรณคดี เช็ ก จักรพรรดิเลโอโปลด์ที่ 2ได้ทรงจัดตั้งขึ้นโดยพระราชกฤษฎีกาเมื่อวันที่ 28 ตุลาคม 1791 ในวันที่ 15 พฤษภาคม 1792 นักวิชาการและนักประวัติศาสตร์Franz Martin Pelzel ^{[ 16 ]}ได้รับการแต่งตั้งเป็นศาสตราจารย์ประจำตำแหน่ง เขาเริ่มบรรยายเมื่อวันที่ 13 มีนาคม พ.ศ. 2336 ^{[ 17 ]}

ในการปฏิวัติปี 1848 นักศึกษาชาวเยอรมันและเช็กได้ต่อสู้เพื่อเรียกร้องให้มีการเพิ่มภาษาเช็กเป็นภาษาในการบรรยายที่มหาวิทยาลัยชาร์ลส์-เฟอร์ดินานด์ เนื่องจากการเปลี่ยนแปลงทางประชากรในศตวรรษที่ 19 ทำให้กรุงปรากไม่ได้มีประชากรส่วนใหญ่ที่ใช้ภาษาเยอรมันอีกต่อไปราวปี 1860 ภายในปี 1863 มีการบรรยายวิชาภาษาเช็ก 22 วิชา ส่วนที่เหลือ (จากทั้งหมด 187 วิชา) สอนเป็นภาษาเยอรมัน ในปี 1864 ชาวเยอรมันเสนอให้จัดตั้งมหาวิทยาลัยเช็กแยกต่างหาก แต่ศาสตราจารย์ชาวเช็กปฏิเสธเพราะพวกเขาไม่ต้องการสูญเสียความต่อเนื่องของประเพณีมหาวิทยาลัย

ในไม่ช้าก็เป็นที่ชัดเจนว่าทั้งชาวโบฮีเมียที่พูดภาษาเยอรมันและชาวเช็กต่างไม่พอใจกับการจัดการแบบสองภาษาที่มหาวิทยาลัยได้จัดตั้งขึ้นหลังการปฏิวัติในปี 1848 ชาวเช็กยังปฏิเสธที่จะสนับสนุนแนวคิดเรื่องการฟื้นฟูกลุ่มนักศึกษา 1349 กลุ่มโดยประกาศสนับสนุนแนวคิดที่จะรักษามหาวิทยาลัยไว้ด้วยกัน แต่แบ่งออกเป็นวิทยาลัย แยกกัน คือวิทยาลัย เยอรมันและวิทยาลัยเช็ก วิธีนี้จะช่วยให้ทั้งชาวเยอรมันและชาวเช็กสามารถรักษาประเพณีร่วมกันของมหาวิทยาลัยไว้ได้ อย่างไรก็ตาม ผู้พูดภาษาเยอรมันได้คัดค้านข้อเสนอนี้อย่างรวดเร็ว โดยต้องการมหาวิทยาลัยที่เป็นภาษาเยอรมันล้วนๆ พวกเขาเสนอให้แบ่งมหาวิทยาลัยชาร์ลส์-เฟอร์ดินานด์ออกเป็นสองสถาบันแยกกัน

หลังจากการเจรจาอันยาวนาน มหาวิทยาลัยชาร์ลส์-เฟอร์ดินานด์ถูกแบ่งออกเป็นมหาวิทยาลัยชาร์ลส์-เฟอร์ดินานด์เยอรมัน ( ภาษาเยอรมัน: Deutsche Karl-Ferdinands-Universität ) และมหาวิทยาลัยชาร์ลส์-เฟอร์ดินานด์เช็ก ( ภาษาเช็ก: Česká universita Karlo-Ferdinandova ) โดยพระราชบัญญัติของสภาจักรวรรดิซิสไลทาเนียซึ่งจักรพรรดิฟรานซ์ โจเซฟทรงอนุมัติเมื่อวันที่ 28 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1882 ^{[ 18 ]}แต่ละส่วนเป็นอิสระจากกันโดยสิ้นเชิงและมีสถานะเท่าเทียมกัน มหาวิทยาลัยทั้งสองแห่งใช้สถาบันการแพทย์และวิทยาศาสตร์ร่วมกัน รวมถึงตราสัญลักษณ์เก่า ห้องประชุม ห้องสมุด และสวนพฤกษศาสตร์ แต่สิ่งอำนวยความสะดวกส่วนกลางนั้นบริหารจัดการโดยมหาวิทยาลัยเยอรมัน อธิการบดีคนแรกของมหาวิทยาลัยเช็กคือวาคลาฟ วลาดิโวย์ โทเมก

ในปี ค.ศ. 1890 มหาวิทยาลัยชาร์ลส์-เฟอร์ดินานด์แห่งเช็กและจักรวรรดิ มีอาจารย์ 112 คน และนักศึกษา 2,191 คน ส่วนมหาวิทยาลัยชาร์ลส์-เฟอร์ดินานด์แห่งเยอรมันและจักรวรรดิ มีอาจารย์ 146 คน และนักศึกษา 1,483 คน ทั้งสองมหาวิทยาลัยมี 3 คณะ โดยคณะศาสนศาสตร์ยังคงเป็นคณะร่วมจนถึงปี ค.ศ. 1891 จึงถูกแบ่งออกเป็นสองคณะ ในภาคเรียนฤดูหนาวปี ค.ศ. 1909–1910 มหาวิทยาลัยชาร์ลส์-เฟอร์ดินานด์แห่งเยอรมันมีนักศึกษา 1,778 คน โดยแบ่งเป็น นักศึกษาศาสนศาสตร์ 58 คน (ทั้งเพื่อเตรียมตัวเป็นนักบวชฆราวาสและนักบวชในนิกายต่างๆ) นักศึกษากฎหมาย 755 คน นักศึกษาแพทย์ 376 คน และนักศึกษาปรัชญา 589 คน ในจำนวนนี้มีนักศึกษาหญิงประมาณ 80 คน อาจารย์แบ่งเป็นดังนี้ คณะศาสนศาสตร์ มีอาจารย์ประจำ 7 คน อาจารย์ผู้ช่วย 1 คน และอาจารย์พิเศษ 1 คน คณะกฎหมาย มีอาจารย์ประจำ 12 คน อาจารย์ผู้ช่วย 2 คน และอาจารย์พิเศษ 4 คน ในภาคเรียนฤดูหนาวปี 1909–10 มหาวิทยาลัยชาร์ลส์-เฟอร์ดินานด์แห่งเช็กมีนักศึกษาทั้งหมด 4,319 คน โดยในจำนวนนี้เป็นนักศึกษาศาสนศาสตร์ 131 คน ซึ่งเป็นทั้งฆราวาสและนักบวช นักศึกษากฎหมาย 1,962 คน นักศึกษาแพทย์ 687 คน นักศึกษาปรัชญา 1,539 คน และนักศึกษาหญิง 256 คน อาจารย์แบ่งออกเป็นดังนี้: คณะศาสนศาสตร์ อาจารย์ประจำ 8 คน อาจารย์พิเศษ 2 คน คณะนิติศาสตร์ อาจารย์ประจำ 12 คน อาจารย์ผู้ช่วย 7 คน อาจารย์พิเศษ 12 คน คณะแพทยศาสตร์ อาจารย์ประจำ 16 คน อาจารย์ผู้ช่วย 22 คน อาจารย์พิเศษ 24 คน คณะปรัชญา อาจารย์ประจำ 29 คน อาจารย์ผู้ช่วย 16 คน อาจารย์พิเศษ 35 คน และอาจารย์ 11 คน^{[ 8 ]}

จุดสูงสุดของมหาวิทยาลัยเยอรมันคือยุคก่อนสงครามโลกครั้งที่หนึ่ง ซึ่งเป็นที่ตั้งของนักวิทยาศาสตร์ที่มีชื่อเสียงระดับโลก เช่น นักฟิสิกส์และนักปรัชญาErnst Mach , Moritz WinternitzและAlbert Einsteinนอกจากนี้ นักศึกษาที่เรียนภาษาเยอรมันยังรวมถึงบุคคลสำคัญ เช่น นักเขียนในอนาคตอย่างMax Brod , Franz KafkaและJohannes Urzidil ​​[ ^{19 ] "} Lese- und Redehalle der deutschen Studenten in Prag" ("ห้องอ่านหนังสือและห้องบรรยายของนักศึกษาเยอรมันในปราก") ซึ่งก่อตั้งขึ้นในปี 1848 เป็นศูนย์กลางทางสังคมและวิทยาศาสตร์ที่สำคัญ ห้องสมุดของพวกเขามีหนังสือมากกว่า 23,519 เล่มในปี 1885 และมีวารสารทางวิทยาศาสตร์ 248 ฉบับ หนังสือพิมพ์รายวัน 19 ฉบับ วารสาร 49 ฉบับ และหนังสือพิมพ์บันเทิง 34 ฉบับ มีการจัดบรรยายเป็นประจำในหัวข้อทางวิทยาศาสตร์และการเมือง

แม้ก่อนที่จักรวรรดิออสเตรีย-ฮังการีจะถูกยุบในช่วงปลายปี 1918 และถูกแทนที่ด้วยเชโกสโลวาเกียนักการเมืองเช็กก็เรียกร้องให้มหาวิทยาลัยเช็กเก็บรักษาตราสัญลักษณ์ของปี 1348 ไว้แต่เพียงผู้เดียวพระราชบัญญัติฉบับที่ 197/1919 Sb. z. a n.ได้จัดตั้งคณะเทววิทยาโปรเตสแตนต์ขึ้น แต่ไม่ได้เป็นส่วนหนึ่งของมหาวิทยาลัยชาร์ลส์^{[ 20 ]} (ซึ่งเปลี่ยนแปลงไปในวันที่ 10 พฤษภาคม 1990 เมื่อในที่สุดก็กลายเป็นคณะหนึ่งของมหาวิทยาลัย^{[ 21 ]} )

ในปี พ.ศ. 2463 ได้มีการออกกฎหมายที่เรียกว่าLex Mareš (เลขที่ 135/1920 Sb. z. a n.) ซึ่งตั้งชื่อตามผู้ริเริ่มคือศาสตราจารย์ด้านสรีรวิทยาFrantišek Marešโดยกฎหมายฉบับนี้กำหนดให้มหาวิทยาลัยเช็กเป็นผู้สืบทอดต่อจากมหาวิทยาลัยเดิม^{[ 22 ]}โดยตัดชื่อราชวงศ์ฮับส์บูร์กFerdinandออกไป และตั้งชื่อตัวเองว่ามหาวิทยาลัยชาร์ลส์ในขณะที่มหาวิทยาลัยเยอรมันไม่ได้ถูกกล่าวถึงในเอกสาร และต่อมาได้เปลี่ยนชื่ออย่างเป็นทางการเป็นมหาวิทยาลัยเยอรมันในปราก ( ภาษาเยอรมัน: Deutsche Universität Prag ) ^{[ 23 ] [ 24 ]}

ในปี พ.ศ. 2464 ชาวโบฮีเมียที่พูดภาษาเยอรมันพิจารณาที่จะย้าย^{[ 25 ]}มหาวิทยาลัยของพวกเขาไปยังลิเบเรค ( ภาษาเยอรมัน: ไรเชนเบิร์ก ) ในโบฮีเมียตอนเหนือ ในปี พ.ศ. 2473 ประชากรในปรากประมาณ 42,000 คนพูดภาษาเยอรมันเป็นภาษาแม่ ในขณะที่อีกหลายล้านคนอาศัยอยู่ในโบฮีเมียตอนเหนือ ตอนใต้ และตะวันตก ในไซลีเซียของเช็กและบางส่วนของโมราเวียใกล้ชายแดนออสเตรียและเยอรมนี

ในเดือนตุลาคม ค.ศ. 1932 หลังจากการเสียชีวิตของนาเอเกิล ชาวเช็กได้เริ่มข้อขัดแย้งเรื่องตราสัญลักษณ์ขึ้นอีกครั้ง ความตึงเครียดทางเชื้อชาติทวีความรุนแรงขึ้น แม้ว่าศาสตราจารย์บางคนของมหาวิทยาลัยเยอรมันจะเป็นสมาชิกของรัฐบาลเชโกสโลวาเกียก็ตาม ข้อตกลงใดๆ ที่จะใช้ตราสัญลักษณ์เดียวกันสำหรับทั้งสองมหาวิทยาลัยถูกปฏิเสธในวันที่ 21 พฤศจิกายน ค.ศ. 1934 มหาวิทยาลัยเยอรมันต้องส่งมอบตราสัญลักษณ์ให้กับชาวเช็ก สภาของมหาวิทยาลัยเยอรมันได้ส่งคณะผู้แทนไปพบกับรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ เคอร์ชมาร์ เพื่อประท้วงคำสั่งดังกล่าว ในเวลาเที่ยงของวันที่ 24 พฤศจิกายน ค.ศ. 1934 นักศึกษาหลายพันคนของมหาวิทยาลัยเช็กได้ประท้วงอยู่หน้าอาคารมหาวิทยาลัยเยอรมัน อธิการบดีชาวเช็กคาเรล โดมินได้กล่าวสุนทรพจน์กระตุ้นให้ฝูงชนโจมตี ในขณะที่นักศึกษาชาวเยอรมันซึ่งมีจำนวนน้อยกว่าพยายามต่อต้าน ภายใต้การข่มขู่ด้วยความรุนแรง ในวันที่ 25 พฤศจิกายน ค.ศ. 1934 อธิการบดีออตโต กรอสเซอร์ (1873–1951) ได้ส่งมอบตราสัญลักษณ์ให้ ปัญหาต่างๆ ในปี 1934 ส่งผลกระทบต่อความสัมพันธ์ระหว่างมหาวิทยาลัยทั้งสองแห่งและสองเชื้อชาติ

สถานการณ์พลิกผันในปี 1938 เมื่อกองทัพเยอรมันเข้าสู่พื้นที่ชายแดนของเชโกสโลวาเกีย (ที่เรียกว่าซูเดเทนแลนด์ ) ตาม ข้อตกลงมิวนิกเช่นเดียวกับกองทัพโปแลนด์และฮังการีในพื้นที่อื่นๆ เมื่อวันที่ 15 มีนาคม 1939 กองทัพเยอรมันบังคับให้เชโกสโลวาเกียแยกตัวออกจากกัน และดินแดนเช็กถูกนาซียึดครองในฐานะรัฐอารักขาโบฮีเมียและโมราเวีย ไรช์โปรเทคเตอร์คอนสแตนติน ฟอน นอยราธ ได้มอบ ตราสัญลักษณ์ทางประวัติศาสตร์ให้กับมหาวิทยาลัยเยอรมัน ซึ่งได้รับการเปลี่ยนชื่ออย่างเป็นทางการเป็น มหาวิทยาลัยเยอรมัน แห่งปราก (Deutsche Karls-Universität in Prag ) เมื่อวันที่ 1 กันยายน 1939 มหาวิทยาลัยเยอรมันอยู่ภายใต้กระทรวงศึกษาธิการแห่งไรช์ในเบอร์ลิน และเมื่อวันที่ 4 พฤศจิกายน 1939 ได้รับการประกาศให้เป็นมหาวิทยาลัยไรช์ (Reichsuniversität ) ^{[ 26 ]}

เมื่อวันที่ 28 ตุลาคม พ.ศ. 2482 ระหว่างการประท้วงยาน โอเปลทาลถูกยิงเสียชีวิต พิธีฝังศพของเขาในวันที่ 15 พฤศจิกายน พ.ศ. 2482 กลายเป็นการประท้วงอีกครั้ง^{[ 27 ]}เมื่อวันที่ 17 พฤศจิกายน พ.ศ. 2482 (ปัจจุบันถือเป็นวันนักศึกษาสากล ) มหาวิทยาลัยเช็กและสถาบันการศึกษาชั้นสูงอื่นๆ ของเช็กทั้งหมดถูกปิด และยังคงปิดอยู่จนกระทั่งสิ้นสุดสงคราม ผู้นำนักศึกษา 9 คนถูกประหารชีวิต และนักศึกษาชาวเช็กประมาณ 1,200 คนถูกกักขังในซัคเซินเฮาเซนและไม่ได้รับการปล่อยตัวจนกระทั่งปี พ.ศ. 2486 นักศึกษาที่ถูกกักขังประมาณ 20 คน^{[ 28 ]}หรือ 35 คน^{[ 29 ]}เสียชีวิตในค่าย เมื่อวันที่ 8 พฤษภาคม พ.ศ. 2483 มหาวิทยาลัยเช็กได้รับการเปลี่ยนชื่ออย่างเป็นทางการเป็นมหาวิทยาลัยชาร์ลส์เช็ก ( ภาษาเช็ก: Česká universita Karlova ) ตามระเบียบของรัฐบาล 188/1940 Coll.

สงครามโลกครั้งที่สองถือเป็นจุดสิ้นสุดของการอยู่ร่วมกันของมหาวิทยาลัยทั้งสองแห่งในปราก เมื่อชาวเยอรมันถูกขับไล่ออกจากเชโกสโลวาเกียเมื่อสิ้นสุดสงคราม มหาวิทยาลัยชาร์ลส์-เฟอร์ดินานด์ที่ใช้ภาษาเยอรมันก็ถูกยุบ และสมาชิกจำนวนมากถูกขับไล่ออกไป ในปี พ.ศ. 2499 พวกเขาได้รับอนุญาตให้ก่อตั้งCollegium Carolinum แห่งใหม่ ในมิวนิก^{[ 30 ] [ 31 ]}

ในปี ค.ศ. 1945 เครื่องหมายประจำมหาวิทยาลัย (สร้อยคอของอธิการบดี คทาประจำคณะต่างๆ ตราประทับของมหาวิทยาลัย รวมถึงเอกสารก่อตั้งและเอกสารทางประวัติศาสตร์อื่นๆ) ได้หายไป ไม่มีวัตถุทางประวัติศาสตร์เหล่านี้ถูกค้นพบจนถึงทุกวันนี้

แม้ว่ามหาวิทยาลัยจะเริ่มฟื้นตัวอย่างรวดเร็วหลังปี 1945 แต่ก็ไม่ได้มีเสรีภาพทางวิชาการเป็นเวลานาน หลังจากรัฐประหารโดยพรรคคอมมิวนิสต์ในปี 1948 ระบอบใหม่ได้เริ่มดำเนินการกวาดล้างและปราบปรามความไม่เห็นด้วยทุกรูปแบบกับอุดมการณ์อย่างเป็นทางการ และดำเนินการเช่นนั้นต่อไปอีกสี่ทศวรรษ โดยมีการกวาดล้างระลอกที่สองในช่วงการฟื้นฟูประเทศในช่วงต้นทศวรรษ 1970 ^{[ 32 ]}

สถานการณ์เริ่มดีขึ้นในช่วงปลายทศวรรษ 1980 เท่านั้น นักศึกษาได้จัดกิจกรรมต่างๆ และจัดการเดินขบวนประท้วงอย่างสันติหลายครั้งภายหลังการปฏิวัติปี 1989ในต่างประเทศ^{[ 33 ]}ซึ่งนำไปสู่การปฏิวัติกำมะหยี่ในปี 1989 โดยที่ทั้งนักศึกษาและคณาจารย์ของมหาวิทยาลัยมีบทบาทสำคัญวาคลาฟ ฮาเวลนักเขียน นักละคร และนักปรัชญา ได้รับการคัดเลือกจากชุมชนวิชาการอิสระและได้รับการแต่งตั้งเป็นประธานาธิบดีของสาธารณรัฐในเดือนธันวาคม 1989

ตั้งแต่วันที่ 26 มกราคม 2022 Prof. Milena Králíčkováเป็นอธิการบดีหญิงคนแรกของ Charles University ^{[ 34 ]}

เมื่อวันที่ 21 ธันวาคม พ.ศ. 2566 เกิด เหตุกราดยิงครั้งใหญ่ที่มหาวิทยาลัย มีผู้เสียชีวิต 14 ราย และบาดเจ็บอีก 25 ราย^{[ 35 ] [ 36 ] [ 37 ] [ 38 ]} จากนั้น ผู้ก่อเหตุซึ่งมีอายุ 24 ปีได้ฆ่าตัวตาย^{[ 39 ] [ 40 ]}ก่อนเกิดเหตุกราดยิงที่มหาวิทยาลัย ผู้ก่อเหตุได้ฆ่าพ่อของเขาที่บ้านในHostouň [ ^{41 ] เขา}ยังถูกระบุว่าเป็นผู้รับผิดชอบต่อการฆาตกรรมชายคนหนึ่งและลูกสาววัยสองเดือนของเขาในป่า Klánovice เมื่อหกวันก่อนหน้านั้น คือวันที่ 15 ธันวาคม^{[ 42 ]}

ในบรรดาคณะวิชาดั้งเดิมทั้งสี่ของมหาวิทยาลัยชาร์ลส์ ได้แก่ คณะนิติศาสตร์ แพทยศาสตร์ ศิลปศาสตร์ (ปรัชญา) และศาสนศาสตร์ (ปัจจุบันคือศาสนศาสตร์คาทอลิก) ปัจจุบัน มหาวิทยาลัยชาร์ลส์ประกอบด้วย 17 คณะวิชา โดยส่วนใหญ่ตั้งอยู่ในกรุงปรากมีวิทยาเขตสองแห่งในเมืองฮราเดช คราโลเวและอีกหนึ่งแห่งในเมืองพลเซน

• คณะศาสนศาสตร์คาทอลิก^{[ 43 ]}
• คณะศาสนศาสตร์โปรเตสแตนต์^{[ 44 ]}
• คณะศาสนศาสตร์ฮัสไซต์^{[ 45 ]}
• คณะนิติศาสตร์^{[ 46 ]}
• คณะแพทยศาสตร์แห่งแรก^{[ 47 ]}
• คณะแพทยศาสตร์ที่สอง^{[ 48 ]}
• คณะแพทยศาสตร์ที่สาม^{[ 49 ]}
• คณะแพทยศาสตร์ในเมืองพลเซน^{[ 50 ]}
• คณะแพทยศาสตร์ในHradec Králové ^{[ 51 ]}
• คณะเภสัชศาสตร์ในHradec Králové ^{[ 52 ]}
• คณะศิลปศาสตร์^{[ 53 ]}
• คณะวิทยาศาสตร์^{[ 54 ]}
• คณะคณิตศาสตร์และฟิสิกส์^{[ 55 ]}
• คณะศึกษาศาสตร์^{[ 56 ]}
• คณะสังคมศาสตร์^{[ 57 ]}
• คณะพลศึกษาและกีฬา
• คณะมนุษยศาสตร์^{[ 58 ]}

• สถาบันประวัติศาสตร์มหาวิทยาลัยชาร์ลส์ และหอจดหมายเหตุแห่งมหาวิทยาลัยชาร์ลส์
• ศูนย์การศึกษาเชิงทฤษฎี
• ศูนย์วิจัยเศรษฐกิจและการศึกษาบัณฑิตศึกษา ( CERGE-EI ) ร่วมกับสถาบันวิทยาศาสตร์แห่งสาธารณรัฐเช็ก
• ศูนย์สิ่งแวดล้อม

• ศูนย์วิทยาศาสตร์คอมพิวเตอร์
• ศูนย์ถ่ายทอดความรู้และเทคโนโลยี
• สถาบันภาษาและการเตรียมความพร้อม
• หอสมุดกลางของมหาวิทยาลัยชาร์ลส์
• หน่วยงานของสภาสถาบันอุดมศึกษา

• ไบโอซีวี
• ศูนย์ศึกษาพระคัมภีร์
• ศูนย์การศึกษาสมัยกลาง
• ศูนย์การศึกษาเชิงทฤษฎี

• ศูนย์นวัตกรรม มหาวิทยาลัยชาร์ลส์ ปราก (สำนักงานถ่ายทอดเทคโนโลยี)
• บริษัท Charles Games (พัฒนาและจัดจำหน่ายวิดีโอเกม)
• LAM-X (การพัฒนาวัสดุนาโน)
• GeneSpector (บริษัทพัฒนาและจัดจำหน่ายชุดตรวจวินิจฉัยโรคโควิด-19 และเชื้อไวรัสอื่นๆ)
• FlexiCare (การนำระบบการฟื้นฟูสมรรถภาพทางไกลมาใช้)
• GeneSpector Innovations (บริษัทพัฒนาและจัดจำหน่ายเทคโนโลยีเพื่อการวินิจฉัยทางการแพทย์)

จากการจัดอันดับวิชา QSมหาวิทยาลัยชาร์ลส์อยู่ในกลุ่มมหาวิทยาลัยที่ดีที่สุด 150 อันดับแรกของโลกในสาขาภูมิศาสตร์และภาษาศาสตร์^{[ 76 ]}

หัวข้อ QS [ 70 ]	2011	2018	2020	2023	2025
วิทยาศาสตร์ธรรมชาติ	174	197	228	161	198 [ 77 ]
วิศวกรรมและเทคโนโลยี	325	401–450	401–450	401–450	451–500 [ 78 ]
ศิลปศาสตร์และมนุษยศาสตร์	184	193	189	143	129 [ 79 ]
สังคมศาสตร์และการจัดการ	229	302	286	258	326 [ 80 ]
วิทยาศาสตร์ชีวภาพและการแพทย์	250	219	224	177	201 [ 81 ]
ยา				151–200 [ 82 ]	185 [ 83 ]

สาขาวิชาเซี่ยงไฮ้[ 84 ]	2012	2018
คณิตศาสตร์	151–200	151–200
ฟิสิกส์	151–200	76–100