หน่วยโทโกะถูกจัดตั้งขึ้นที่ป้อมจงหม่าซึ่งเป็นค่ายกักขังและค่ายทดลองในหมู่บ้านเป่ยหยินเหอ ห่างจากเมืองฮาร์บินไปทางใต้100 กิโลเมตร (62 ไมล์)บนทางรถไฟแมนจูเรียใต้นักโทษที่ถูกนำตัวไปยังจงหม่า ได้แก่อาชญากร ทั่วไป โจรที่ถูกจับ และพรรคพวกต่อต้านญี่ปุ่น รวมถึงนักโทษทางการเมืองและผู้ที่ถูกจับกุมด้วยข้อกล่าวหาเท็จโดยหน่วยตำรวจลับเคมเปไตนักโทษโดยทั่วไปได้รับอาหารอย่างดี เช่นข้าวหรือข้าวสาลีเนื้อสัตว์ปลาและบางครั้งอาจได้รับแอลกอฮอล์เพื่อให้มีสุขภาพแข็งแรงในตอนเริ่มต้นการทดลอง จากนั้น ในช่วงหลายวัน นักโทษจะถูกดูดเลือดและถูกตัดขาดจากสารอาหารและน้ำ สุขภาพที่ทรุดโทรมของพวกเขาถูกบันทึกไว้ บางคนถูกผ่าตัด ขณะยังมีชีวิตอยู่ บางคนถูกจงใจทำให้ติดเชื้อแบคทีเรียกาฬโรคและจุลินทรีย์ อื่น ๆ การแหกคุกในฤดูใบไม้ร่วงปี 1934 ซึ่งทำให้ความลับของสถานที่ตกอยู่ในอันตราย และการระเบิดในปี 1935 ซึ่งเชื่อว่าเป็นการก่อวินาศกรรม ทำให้ Ishii ต้องปิดป้อมปราการ Zhongma จากนั้นเขาได้รับอนุญาตให้ย้ายไปที่ Pingfang ซึ่งอยู่ห่างจาก Harbin ไปทางใต้ประมาณ24 กิโลเมตร (15 ไมล์)เพื่อจัดตั้งสถานที่ใหม่ที่ใหญ่กว่ามาก^{[ 23 ]}  

In addition to the establishment of Unit 731, the decree also called for the creation of an additional biological warfare development unit, called the Kwantung Army Military Horse Epidemic Prevention Workshop (later referred to as Manchuria Unit 100), and a chemical warfare development unit called the Kwantung Army Technical Testing Department (later referred to as Manchuria Unit 516). After the Japanese invasion of China in 1937, sister chemical and biological warfare units were founded in major Chinese cities and were referred to as Epidemic Prevention and Water Supply Units. Detachments included Unit 1855 in Beijing, Unit Ei 1644 in Nanjing, Unit 8604 in Guangzhou, and later, Unit 9420 in Singapore, Malaya (present-day Malaysia), Indonesia, the Philippines, Papua New Guinea, Thailand, and Burma. All of these units comprised Ishii's network, which, at its height in 1939, oversaw over 10,000 personnel.^[24] Medical doctors and professors from Japan were enticed to join Unit 731 both by the rare opportunity to conduct human experimentation and the Army's strong financial backing.^[25]

ชาย หญิง เด็ก และทารกหลายพันคนที่ถูกกักขังในค่ายเชลยศึกถูกผ่าตัดทดลองซึ่งมักทำโดยไม่ใช้ยาชาและมักทำให้เสียชีวิต^{[ 1 ] [ 34 ]}ในการสัมภาษณ์ทางวิดีโอ โอคาวะ ฟุกุมัตสึ อดีตสมาชิกหน่วย 731 ยอมรับว่าเคยผ่าตัดทดลองหญิงตั้งครรภ์^{[ 35 ]}การผ่าตัดทดลองกระทำกับนักโทษหลังจากติดเชื้อโรคต่างๆ นักวิจัยทำการผ่าตัดแบบรุกรานกับนักโทษ โดยนำอวัยวะออกเพื่อศึกษาผลกระทบของโรคต่อร่างกายมนุษย์^{[ 36 ]}

นักโทษถูกตัด แขนขา เพื่อศึกษาการสูญเสียเลือดบางครั้งแขนขาที่ถูกตัดออกก็ถูกนำไปต่อเข้ากับด้านตรงข้ามของร่างกายเหยื่อ นักโทษบางคนถูกผ่าตัดเอากระเพาะอาหารออกและหลอดอาหารถูกต่อเข้ากับลำไส้อวัยวะบางส่วน เช่น สมอง ปอด และตับ ถูกนำออกจากนักโทษคนอื่นๆ^{[ 34 ]}ศัลยแพทย์กองทัพจักรวรรดิญี่ปุ่นเคน ยูอาสะกล่าวว่า การผ่าตัดในมนุษย์เป็นเรื่องที่แพร่หลายแม้กระทั่งนอกหน่วย 731 ^{[ 1 ]}โดยประมาณว่ามีบุคลากรชาวญี่ปุ่นอย่างน้อย 1,000 คนที่เกี่ยวข้องกับการปฏิบัติเช่นนี้ในจีนแผ่นดินใหญ่^{[ 37 ]}ยูอาสะกล่าวว่า เมื่อเขาทำการผ่าตัดในเชลยศึก พวกเขา "ทำเพื่อการฝึกฝนมากกว่าเพื่อการวิจัย" และการปฏิบัติเช่นนี้เป็น "กิจวัตร" ในหมู่แพทย์ชาวญี่ปุ่นที่ประจำการในจีนในช่วงสงคราม^{[ 1 ]}

หนังสือพิมพ์นิวยอร์กไทมส์ได้สัมภาษณ์อดีตสมาชิกของหน่วย 731 ซึ่งขอไม่เปิดเผยชื่อ อดีตผู้ช่วยแพทย์ชาวญี่ปุ่นเล่าถึงประสบการณ์ครั้งแรกของเขาในการผ่าตัดมนุษย์ที่ยังมีชีวิตอยู่ ซึ่งถูกทำให้ติดเชื้อกาฬโรคโดยเจตนาเพื่อพัฒนา "ระเบิดกาฬโรค" สำหรับใช้ในสงคราม

“ชายคนนั้นรู้ว่าทุกอย่างจบสิ้นแล้วสำหรับเขา ดังนั้นเขาจึงไม่ดิ้นรนเมื่อพวกเขาพาเขาเข้าไปในห้องและมัดเขาไว้ แต่เมื่อฉันหยิบมีดผ่าตัดขึ้นมา นั่นแหละที่เขาเริ่มกรีดร้อง ฉันผ่าเขาจากหน้าอกถึงท้อง และเขากรีดร้องอย่างน่ากลัว ใบหน้าของเขาบิดเบี้ยวด้วยความเจ็บปวด เขาเปล่งเสียงที่ไม่อาจจินตนาการได้ เขากรีดร้องอย่างน่าสยดสยอง แต่ในที่สุดเขาก็หยุด นี่เป็นเพียงงานประจำวันของศัลยแพทย์ แต่สำหรับฉันแล้วมันสร้างความประทับใจอย่างมากเพราะมันเป็นครั้งแรกของฉัน” ^{[ 1 ]}

แหล่งข้อมูลอื่นให้ข้อมูลเกี่ยวกับการปฏิบัติปกติในหน่วยสำหรับศัลยแพทย์ที่จะยัดผ้าขี้ริ้ว (หรือผ้าก๊อซทางการแพทย์) เข้าไปในปากของนักโทษก่อนเริ่มการผ่าตัดเพื่อระงับเสียงกรีดร้อง^{[ 38 ]}

หน่วย 731 และหน่วยในเครือ ( หน่วย 1644และหน่วย 100เป็นต้น) มีส่วนร่วมในการวิจัย พัฒนา และทดลองใช้อาวุธชีวภาพ ที่ก่อให้เกิดโรคระบาด ในการโจมตีประชาชนชาวจีน (ทั้งทหารและพลเรือน) ตลอดช่วงสงครามโลก ครั้งที่สอง^{[ 7 ]}

ใน ปีค.ศ. 1939 อิชิอิได้สรุปการค้นพบในห้องปฏิบัติการของเขาเหลือเพียงเชื้อโรค อันตราย 6 ชนิด ได้แก่แอนแทรกซ์ไทฟอยด์พาราไทฟอยด์แกลนเดอร์สโรคบิดและหมัดมนุษย์ที่ติดเชื้อกาฬโรคเชื้อโรคเหล่านี้มีความแข็งแกร่งมากพอที่จะก่อให้เกิดการระบาดในวงกว้างและทนทานต่อการแพร่กระจายทางอากาศ นี่เป็นการเริ่มต้นของแผนการอันซับซ้อนของอิชิอิในระยะหลัง นั่นคือการทดลองภาคสนามผ่านการเดินทางทางทหารไปยังพลเรือนที่ไม่รู้เรื่อง เพื่อคิดค้นวิธีการแพร่กระจายที่สามารถกระจายเชื้อโรคได้อย่างมีประสิทธิภาพในความเข้มข้นที่เหมาะสมเพื่อสร้างความเสียหายสูงสุด การทดลองของเขารวมถึงการพัฒนาลูกระเบิดที่ย่อยสลายได้ทางชีวภาพซึ่งบรรจุหนูและหมัดที่ติดเชื้อโรค ออกแบบให้ระเบิดกลางอากาศ เพื่อให้สิ่งมีชีวิตที่ติดเชื้อตกลงสู่พื้นอย่างปลอดภัย นอกจากนี้ เขายังใช้ฝูงนกและขนนกที่ปนเปื้อนแอนแทรกซ์จากเครื่องบินที่บินต่ำอีกด้วย^{[ 7 ]}หนูถูกเพาะพันธุ์ในสถานที่ โดยมีการแจกจ่ายหนูจำนวน 300 ตัวจากหน่วยในแต่ละเดือน^{[ 39 ]}

หมัดที่ติดเชื้อกาฬโรค ซึ่งเพาะเลี้ยงในห้องปฏิบัติการของหน่วย 731 และหน่วย 1644 ถูกแพร่กระจายโดยเครื่องบินที่บินต่ำเหนือเมืองต่างๆ ของจีน รวมถึงเมืองชายฝั่งหนิงโปและฉางเต๋อมณฑลหูหนานในปี พ.ศ. 2483 และ พ.ศ. 2484 ^{[ 6 ]}ปฏิบัติการเหล่านี้คร่าชีวิตผู้คนหลายหมื่นคนด้วย โรค ระบาดกาฬโรคการสำรวจที่หนานจิงเกี่ยวข้องกับการแพร่กระจายเชื้อไข้ไทฟอยด์และไข้พาราไทฟอยด์ลงในบ่อน้ำหนองน้ำและบ้านเรือนของเมือง รวมถึงการผสมเชื้อเหล่านี้ลงในอาหารว่างที่แจกจ่ายให้กับคนในท้องถิ่นโรคระบาดเกิดขึ้นไม่นานหลังจากนั้น สร้างความยินดีให้กับนักวิจัยหลายคน ซึ่งสรุปว่าไข้พาราไทฟอยด์เป็นเชื้อโรคที่ "มีประสิทธิภาพมากที่สุด" ^{[ 40 ] [ 41 ] : xii, 173}

หอสมุดรัฐสภามีเอกสารลับสามฉบับจากหน่วย 731 แต่ละฉบับมีความยาวมากกว่า 100 หน้า แปลจากภาษาญี่ปุ่นเป็นภาษาอังกฤษ เอกสารเหล่านี้ให้บันทึกทางคลินิกที่ครอบคลุมเกี่ยวกับความคืบหน้าในแต่ละวันของเชื้อโรคต่างๆ ภายในร่างกายของนักโทษที่ไร้ทางสู้ซึ่งถูกทดลองโดยแพทย์ชาวญี่ปุ่น^{[ 42 ]}

ทหารญี่ปุ่นให้การเป็นพยานที่บ่งชี้ว่าโครงการวิจัยมีความสามารถในการผลิตสารชีวภาพจำนวนมากในแต่ละเดือน ได้แก่ เชื้อกาฬโรค 300 กิโลกรัม เชื้อแอนแทรกซ์ 500–700  กิโลกรัม เชื้อไทฟอยด์ 800–900  กิโลกรัม และเชื้ออหิวาต์  1,000 กิโลกรัมแม้จะมีปริมาณการผลิตมาก แต่แม้แบคทีเรียเหล่านี้เพียงเล็กน้อยก็อาจก่อให้เกิดอันตรายร้ายแรงหรือถึงแก่ชีวิตได้^{[ 43 ]}

อิชิอิสรุปว่าหมัดเป็นพาหะนำโรคกาฬโรคที่มีประสิทธิภาพ ทำให้หน่วย 731 มุ่งเน้นไปที่การเพาะเลี้ยงหมัดจำนวนมาก เพื่อให้บรรลุเป้าหมายนี้ หน่วย 731 มีตู้ฟักหมัดประมาณ 4500 ตู้ แต่ละตู้สามารถผลิต หมัดได้อย่างน้อย 45 กิโลกรัมต่อรอบ ปริมาณแบคทีเรียกาฬโรคและหมัดจำนวนมากที่ผลิตได้ ประกอบกับอัตราการเจ็บป่วยและการเสียชีวิตที่รุนแรงที่เกี่ยวข้องกับการติดเชื้อกาฬโรค แสดงให้เห็นถึงศักยภาพในการผลิตอาวุธชีวภาพที่น่าเกรงขามของญี่ปุ่น นักวิจัยชาวญี่ปุ่นมีวัสดุที่จำเป็นในการนำวิธีการทางวิทยาศาสตร์ มาใช้ ในการทดลองที่เกี่ยวข้องกับการฉีดวัคซีนและการสร้างระเบิดแบคทีเรียในอากาศ^{[ 43 ]}

อาหารกลายเป็นกลไกการส่งถ่ายที่นิยมสำหรับการแพร่เชื้อแบคทีเรีย หน่วยดังกล่าวเก็บรักษาสต็อกผลไม้ที่ไม่ปนเปื้อนไว้ ในการทดลองเฉพาะที่ดำเนินการโดยหน่วย 731 เชื้อไทฟอยด์ถูกนำไปใส่ในแตงและแคนตาลูป หลังจากกระบวนการปนเปื้อนแล้ว ความหนาแน่นของแบคทีเรียจะถูกวัด เมื่อความหนาแน่นถึงระดับหนึ่ง ผลไม้ที่ติดเชื้อจะถูกแจกจ่ายให้กับนักโทษกลุ่มเล็กๆ โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อแพร่เชื้อไทฟอยด์ไปทั่วทั้งกลุ่ม^{[ 43 ]}

หน่วย 731 ดำเนินการทดลองภาคสนามสงครามชีวภาพโดยโจมตีประชากรพลเรือนชาวจีนจำนวนมาก ในช่วงปี พ.ศ. 2483 ถึง พ.ศ. 2486 นักวิทยาศาสตร์ชาวญี่ปุ่นพบว่าการใช้ระเบิดแบคทีเรียเพื่อการแพร่กระจายนั้นไม่ได้ผล แต่พวกเขาประสบความสำเร็จในการใช้เครื่องบินพ่นจุลินทรีย์เป็นวิธีการส่งอาวุธชีวภาพ หน่วย 100 ยังได้นำวิธีการพ่นทางอากาศมาใช้ในลักษณะเดียวกับที่หน่วย 731 ได้ทำการศึกษา^{[ 43 ]}

มีการทดลองอาวุธชีวภาพขนาดใหญ่อย่างน้อย 12 ครั้ง และมีการโจมตีเมืองของจีนอย่างน้อย 11 เมืองด้วยสารชีวภาพ มีรายงานว่าการโจมตีฉางเต๋อในปี 1941 ส่งผลให้มีผู้บาดเจ็บจากอาวุธชีวภาพประมาณ 10,000 คน และเสียชีวิต 1,700 คนในหมู่ทหารญี่ปุ่นที่เตรียมตัวไม่พร้อม ซึ่งส่วนใหญ่เกิดจากอหิวาตกโรค^{[ 44 ]}นักวิจัยชาวญี่ปุ่นทำการทดสอบกับนักโทษด้วยโรคกาฬโรคอหิวาตกโรคฝีดาษ โบ ทู ลิซึมและโรคอื่นๆ^{[ 45 ]}การวิจัยนี้ทำให้เกิดการพัฒนาของระเบิดแบคทีเรียทำลายใบไม้และระเบิดหมัดที่ใช้ในการแพร่กระจายกาฬโรค^{[ 46 ]}ระเบิดบางชนิดได้รับการออกแบบด้วย เปลือก เซรามิกซึ่งเป็นแนวคิดที่เสนอโดยอิชิอิในปี 1938

ระเบิดเหล่านี้ทำให้ทหารญี่ปุ่นสามารถโจมตีทางชีวภาพได้ โดยแพร่เชื้อไปยังพื้นที่เกษตรกรรมอ่างเก็บน้ำบ่อน้ำ และพื้นที่อื่นๆ ด้วยหมัดที่เป็น พาหะ ของโรคแอนแทรกซ์และกาฬโรคไข้ไทฟอยด์อหิวาตกโรค หรือเชื้อโรคอันตรายอื่นๆ ในระหว่างการทดลองระเบิดชีวภาพ นักวิจัยที่สวมชุดป้องกันจะตรวจสอบเหยื่อที่กำลังจะตาย เสบียงอาหารและเสื้อผ้าที่ติดเชื้อถูกทิ้งลงมาจากเครื่องบินในพื้นที่ของจีนที่ไม่ได้ถูกยึดครองโดยกองกำลังญี่ปุ่น นอกจากนี้ อาหารและลูกอมที่ปนเปื้อนยาพิษยังถูกแจกจ่ายให้กับเหยื่อที่ไม่รู้เรื่อง หมัดที่เป็น พาหะ ของกาฬโรคเสื้อผ้าที่ติดเชื้อ และเสบียงที่ติดเชื้อซึ่งบรรจุอยู่ในระเบิดถูกทิ้งลงบนเป้าหมายต่างๆ คาดว่า โรค อหิวาตกโรค แอนแทรกซ์และกาฬโรคที่เกิดขึ้นได้คร่าชีวิตพลเรือนชาวจีนไปอย่างน้อย 400,000 คน^{[ 47 ]}โรคทูลาเรเมียก็ถูกทดสอบกับพลเรือนชาวจีนเช่นกัน^{[ 48 ]}

เนื่องจากแรงกดดันจากรายงานจำนวนมากเกี่ยวกับการโจมตีด้วยอาวุธชีวภาพเจียงไคเช็กจึงส่งคณะผู้แทนทหารและบุคลากรทางการแพทย์ต่างชาติในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2484 เพื่อบันทึกหลักฐานและรักษาผู้ที่ได้รับผลกระทบ รายงานเกี่ยวกับการที่ญี่ปุ่นใช้หมัดที่ติดเชื้อกาฬโรคในฉางเต๋อได้รับการเผยแพร่อย่างกว้างขวางในปีถัดมา แต่ฝ่ายสัมพันธมิตรไม่ได้ดำเนินการใดๆ จนกระทั่งแฟรงคลิน ดี. รูสเวลต์ออกคำเตือนต่อสาธารณะในปี พ.ศ. 2486 เพื่อประณามการโจมตีดังกล่าว^{[ 49 ] [ 50 ]}

ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2487 กองทัพเรือญี่ปุ่นได้สำรวจความเป็นไปได้ในการโจมตีเมืองต่างๆ ในแคลิฟอร์เนียด้วยอาวุธชีวภาพ ซึ่งรู้จักกันในชื่อปฏิบัติการ PXหรือปฏิบัติการดอกซากุระบานยามค่ำคืน แผนการโจมตีนี้เกี่ยวข้องกับ การปล่อยเครื่องบิน เซรันจากเรือดำน้ำบรรทุกเครื่องบิน เซ็นโตคุ ไปยังชายฝั่งตะวันตกของสหรัฐอเมริกา โดยเฉพาะเมืองซานดิเอโก ลอสแอนเจลิส และซานฟรานซิสโก เครื่องบินเหล่านี้จะแพร่เชื้อกาฬโรค อหิวาตกโรคไข้ไทฟัส ไข้เลือดออกและเชื้อโรคอื่นๆ ในรูปแบบการโจมตีแบบก่อการร้ายทางชีวภาพต่อประชากร ลูกเรือเรือดำน้ำจะติดเชื้อและวิ่งขึ้นฝั่งในภารกิจฆ่าตัวตาย[ ^{51 ] [ 52 ] [ 53 ] [ 1 ] การ}วางแผนปฏิบัติการ PX เสร็จสิ้นในวันที่ 26 มีนาคม พ.ศ. 2488 แต่ถูกระงับในเวลาต่อมาไม่นานเนื่องจากการต่อต้านอย่างรุนแรงของเสนาธิการใหญ่โยชิจิโร่ อุเมะซุ ต่อมาอุเมะซุได้อธิบายการตัดสินใจของเขาดังนี้: "หากมีการทำสงครามแบคทีเรีย มันจะขยายจากมิติของสงครามระหว่างญี่ปุ่นและอเมริกาไปสู่การต่อสู้ที่ไม่มีวันสิ้นสุดระหว่างมนุษยชาติกับแบคทีเรีย ญี่ปุ่นจะได้รับความเยาะเย้ยจากทั่วโลก" ^{[ 54 ]}

มีการใช้เป้าหมายที่เป็นมนุษย์เพื่อทดสอบระเบิดมือในระยะและตำแหน่งต่างๆเครื่องพ่นไฟก็ถูกทดสอบกับคนเช่นกัน^{[ 55 ]}เหยื่อยังถูกมัดไว้กับเสาและใช้เป็นเป้าหมายเพื่อทดสอบระเบิดที่ปล่อยเชื้อโรคอาวุธเคมีระเบิดสะเก็ดระเบิดที่มีเศษชิ้นส่วนในปริมาณต่างๆ และระเบิดแบบระเบิดได้ รวมถึงดาบปลายปืนและมีดด้วย

เพื่อหาแนวทางการรักษาที่ดีที่สุดสำหรับบาดแผลจากสะเก็ดระเบิดที่มีระดับความรุนแรงแตกต่างกัน ซึ่งทหารญี่ปุ่นได้รับในสนามรบ นักโทษชาวจีนจึงถูกนำไปเผชิญกับแรงระเบิดโดยตรง พวกเขาถูกมัดติดกับแผ่นไม้ที่ปักลงบนพื้นโดยไม่มีอะไรป้องกัน ในระยะห่างที่เพิ่มขึ้นเรื่อยๆ รอบๆ ระเบิด จากนั้นจึงจุดระเบิดขึ้น ส่วนใหญ่ได้รับการผ่าตัด ส่วนที่เหลือต้องชันสูตรพลิกศพ

วิศวกรกองทัพบก ฮิซาโตะ โยชิมูระได้ทำการทดลองโดยนำเชลยออกไปข้างนอก จุ่มอวัยวะต่างๆ ลงในน้ำที่มีอุณหภูมิต่างกัน และปล่อยให้อวัยวะ นั้น แข็งตัว^{[ 58 ]}เมื่อแข็งตัวแล้ว โยชิมูระจะใช้ไม้สั้นๆ ตีอวัยวะที่ได้รับผลกระทบ “ทำให้เกิดเสียงคล้ายกับเสียงที่ไม้กระดานกระทบ” ^{[ 1 ]}จากนั้นก็ค่อยๆ แกะน้ำแข็งออก และนำบริเวณที่ได้รับผลกระทบไปทำการรักษาต่างๆ เจ้าหน้าที่ทหารของหน่วยเรียกโยชิมูระว่า “ปีศาจวิทยาศาสตร์” และ “สัตว์เลือดเย็น” เนื่องจากความเข้มงวดและการมีส่วนร่วมในการฆ่าหมู่และการทดลองทางวิทยาศาสตร์ที่ไร้มนุษยธรรม ซึ่งรวมถึงการแช่นิ้วของเด็กอายุสามวันในน้ำที่มีน้ำแข็งและเกลือ^{[ 59 ]}

นาโอจิ อุเอโซโนะ สมาชิกของหน่วย 731 บรรยายฉากอันน่าสยดสยองในการสัมภาษณ์ช่วงทศวรรษ 1980 โดยโยชิมูระได้ "นำชายเปลือยกายสองคนไปไว้ในบริเวณที่มีอุณหภูมิ 40-50 องศาเซลเซียสต่ำกว่าศูนย์ และนักวิจัยได้ถ่ายทำกระบวนการทั้งหมดจนกระทั่ง [ผู้ถูกทดลอง] เสียชีวิต [ผู้ถูกทดลอง] ทนทุกข์ทรมานอย่างแสนสาหัสจนต้องใช้เล็บจิกเนื้อกันเอง" ^{[ 60 ]}การที่โยชิมูระไม่รู้สึกสำนึกผิดนั้นเห็นได้ชัดจากบทความที่เขาเขียนให้กับวารสารสรีรวิทยาของญี่ปุ่นในปี 1950 ซึ่งเขายอมรับว่าได้ใช้เด็ก 20 คนและทารกอายุ 3 วันในการทดลองที่ให้พวกเขาสัมผัสกับน้ำแข็งและน้ำเกลือที่อุณหภูมิศูนย์องศาเซลเซียส^{[ 61 ]}แม้ว่าบทความนี้จะถูกวิพากษ์วิจารณ์ แต่โยชิมูระก็ปฏิเสธความผิดใดๆ เมื่อถูกนักข่าวจากหนังสือพิมพ์ไมนิจิชิมบุน ติดต่อมา ^{[ 62 ]}

โยชิมูระได้พัฒนา "ดัชนีความต้านทานต่อภาวะเนื้อเยื่อถูกทำลายจากความเย็นจัด" โดยพิจารณาจากอุณหภูมิเฉลี่ยในช่วง 5 ถึง 30  นาทีหลังจากการแช่ในน้ำเย็นจัด อุณหภูมิที่สูงขึ้นครั้งแรกหลังจากการแช่ และระยะเวลาจนกว่าอุณหภูมิจะสูงขึ้นครั้งแรกหลังจากการแช่ ในการทดลองแยกกันหลายครั้ง ได้มีการกำหนดว่าพารามิเตอร์เหล่านี้ขึ้นอยู่กับเวลาในแต่ละวันที่ส่วนของร่างกายของเหยื่อถูกแช่ในน้ำเย็นจัด อุณหภูมิและความชื้นโดยรอบระหว่างการแช่ วิธีการรักษาเหยื่อก่อนการแช่ (“หลังจากอดอาหารมาทั้งคืน”, “หลังจากอดอาหารมา 24 ชั่วโมง”, “หลังจากอดอาหารมา 48 ชั่วโมง”, “ทันทีหลังจากรับประทานอาหารมื้อหนัก”, “ทันทีหลังจากรับประทานอาหารมื้อร้อน”, “ทันทีหลังจากออกกำลังกายกล้ามเนื้อ”, “ทันทีหลังจากอาบน้ำเย็น”, “ทันทีหลังจากอาบน้ำร้อน”), ประเภทของอาหารที่เหยื่อได้รับในช่วงห้าวันก่อนการแช่ โดยพิจารณาจากปริมาณสารอาหารที่ได้รับ (“โปรตีนสูง (จากสัตว์)”, “โปรตีนสูง (จากพืช)”, “ปริมาณโปรตีนต่ำ” และ “อาหารมาตรฐาน”) และปริมาณเกลือที่ได้รับ (45  กรัม NaCl ต่อวัน, 15  กรัม NaCl ต่อวัน, ไม่รับประทานเกลือ) ^{[ 63 ]}ข้อมูลดั้งเดิมนี้สามารถดูได้ในรูปที่แนบมา

สมาชิกของหน่วยได้จัดฉากการมีเพศสัมพันธ์โดยบังคับระหว่างนักโทษที่ติดเชื้อและไม่ติดเชื้อเพื่อแพร่เชื้อโรค ดังที่คำให้การของผู้คุมเรือนจำเกี่ยวกับการคิดค้นวิธีการแพร่เชื้อซิฟิลิสระหว่างเหยื่อแสดงให้เห็น:

การติดเชื้อโรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์โดยการฉีดถูกยกเลิก และนักวิจัยเริ่มบังคับให้นักโทษมีเพศสัมพันธ์กันเอง สมาชิกหน่วยสี่หรือห้าคน สวมชุดห้องปฏิบัติการสีขาวที่ปกคลุมร่างกายมิดชิด เหลือเพียงดวงตาและปากที่มองเห็นได้ ส่วนที่เหลือถูกปกปิด ทำหน้าที่จัดการการทดสอบ ชายและหญิงคนหนึ่งที่ติดเชื้อซิฟิลิสจะถูกนำมารวมกันในห้องขังและถูกบังคับให้มีเพศสัมพันธ์กัน มีการแจ้งให้ทราบอย่างชัดเจนว่าใครก็ตามที่ขัดขืนจะถูกยิง^{[ 64 ]}

หลังจากเหยื่อติดเชื้อแล้ว พวกเขาจะถูกผ่าตัดในระยะต่างๆ ของการติดเชื้อ เพื่อให้สามารถสังเกตอวัยวะภายในและภายนอกขณะที่โรคดำเนินไป คำให้การจากผู้คุมหลายคนกล่าวโทษเหยื่อที่เป็นผู้หญิงว่าเป็นพาหะของโรค แม้ว่าพวกเธอจะถูกบังคับให้ติดเชื้อก็ตาม อวัยวะเพศของนักโทษหญิงที่ติดเชื้อซิฟิลิสถูกผู้คุมเรียกว่า "ขนมปังไส้แยม" ^{[ 64 ]}

เด็กบางคนเติบโตขึ้นภายในกำแพงของหน่วย 731 โดยติดเชื้อซิฟิลิส สมาชิกหน่วยเยาวชนที่ถูกส่งไปฝึกที่หน่วย 731 เล่าว่าได้เห็นกลุ่มตัวอย่างที่จะเข้ารับการทดสอบซิฟิลิสว่า "คนหนึ่งเป็นหญิงชาวจีนอุ้มทารก คนหนึ่งเป็น หญิง ชาวรัสเซียผิวขาวกับลูกสาวอายุสี่หรือห้าขวบ และคนสุดท้ายเป็นหญิงชาวรัสเซียผิวขาวกับเด็กชายอายุประมาณหกหรือเจ็ดขวบ" ^{[ 64 ]}เด็กๆ ของผู้หญิงเหล่านี้ได้รับการทดสอบในลักษณะเดียวกับพ่อแม่ โดยเน้นเป็นพิเศษในการพิจารณาว่าระยะเวลาการติดเชื้อที่ยาวนานขึ้นส่งผลต่อประสิทธิภาพของการรักษาอย่างไร

นักโทษหญิงถูกบังคับให้ตั้งครรภ์เพื่อใช้ในการทดลอง ความเป็นไปได้ที่คาดการณ์ไว้ของการถ่ายทอดโรคจากแม่สู่ลูก โดยเฉพาะโรคซิฟิลิส เป็นเหตุผลที่ระบุไว้สำหรับการทรมาน การรอดชีวิตของทารกในครรภ์และความเสียหายต่ออวัยวะสืบพันธุ์ของมารดาเป็นสิ่งที่น่าสนใจ แม้ว่า "มีทารกจำนวนมากเกิดในที่คุมขัง" แต่ก็ไม่มีรายงานผู้รอดชีวิตจากหน่วย 731 รวมถึงเด็กด้วย เป็นที่สงสัยว่าเด็กของนักโทษหญิงถูกฆ่าหลังคลอดหรือทำแท้ง^{[ 64 ]}

ในขณะที่นักโทษชายมักถูกใช้ในการศึกษาแบบเดี่ยว เพื่อไม่ให้ผลการทดลองถูกบิดเบือนจากตัวแปรอื่น ๆ แต่บางครั้งนักโทษหญิงก็ถูกใช้ในการทดลองทางแบคทีเรียวิทยาหรือสรีรวิทยา การทดลองทางเพศ และเป็นเหยื่อของอาชญากรรมทางเพศคำให้การของสมาชิกหน่วยที่ทำหน้าที่เป็นยามได้แสดงให้เห็นถึงความเป็นจริงนี้อย่างชัดเจน:

นักวิจัยคนหนึ่งที่ผมติดต่อได้เล่าให้ฟังว่า วันหนึ่งเขามีการทดลองกับมนุษย์ตามกำหนด แต่ยังมีเวลาเหลืออยู่ เขาและสมาชิกหน่วยอีกคนจึงหยิบกุญแจห้องขังและเปิดห้องขังที่มีหญิงชาวจีนอยู่คนหนึ่ง สมาชิกหน่วยคนหนึ่งข่มขืนเธอ ส่วนสมาชิกอีกคนหยิบกุญแจและเปิดห้องขังอีกห้องหนึ่ง ในห้องนั้นมีหญิงชาวจีนอีกคนหนึ่งที่ถูกใช้ในการทดลองเกี่ยวกับภาวะน้ำแข็งกัด เธอมีนิ้วหายไปหลายนิ้วและกระดูกเป็นสีดำ มีเนื้อตายเน่าเขากำลังจะข่มขืนเธออยู่แล้ว แต่แล้วเขาก็เห็นว่าอวัยวะเพศของเธอกำลังเน่าเปื่อย มีหนองไหลออกมา เขาจึงล้มเลิกความคิดนั้น ออกไปและล็อกประตู จากนั้นจึงไปทำงานทดลองต่อ^{[ 64 ]}

หน่วย 731 ดำเนินการทดลองหลากหลายรูปแบบนอกเหนือจากสงครามชีวภาพ โดยหลายอย่างเกี่ยวข้องกับการทรมาน การใช้สารเคมี และการเปลี่ยนแปลงทางสรีรวิทยา ต่อไปนี้เป็นการสรุปประเภทของการทดลองที่ดำเนินการ

แม้ว่าเรือนจำแห่งนี้จะเป็นอาคารที่มีระบบรักษาความปลอดภัยสูง แต่ก็ยังมีความพยายามหลบหนีที่ไม่สำเร็จอย่างน้อยสองครั้ง

ความพยายามครั้งแรกเกิดขึ้นระหว่างเดือนพฤษภาคมถึงมิถุนายน พ.ศ. 2486 โดยนักโทษคนหนึ่งได้ทำร้ายยามที่ประมาทและขโมยกุญแจของเขา จากนั้นนักโทษก็เปิดประตูห้องขัง ปล่อยนักโทษอย่างน้อย 100 คนออกมา อย่างไรก็ตาม นักโทษยังคงถูกกักขังอยู่ในลานภายในของอาคารเรือนจำ ซึ่งพวกเขาไม่สามารถหลบหนีได้ เนื่องจากนักวิจัยไม่ต้องการฆ่านักโทษที่พวกเขากำลังทำการทดลองด้วยความกลัวว่าจะสูญเสียข้อมูลการวิจัยที่มีค่า พวกเขาจึงตัดสินใจฉีดสารกำจัดศัตรูพืชคลอโรพิค รินเข้าไปในบริเวณนั้น ซึ่งพวกเขาเชื่อว่าเป็นแก๊สน้ำตาที่ไม่เป็นอันตราย อย่างไรก็ตาม คลอโรพิครินพิสูจน์แล้วว่าเป็นอันตรายถึงชีวิตต่อนักโทษในลาน ซึ่งทั้งหมดเสียชีวิตจากการขาดอากาศหายใจ^{[ 90 ]}

ความพยายามครั้งที่สองเกิดขึ้นในฤดูร้อนปี 1945 สิบโทคิคุจิ โนริมิตสึ ให้การว่าเขาได้รับแจ้งจากสมาชิกหน่วยอื่นว่านักโทษคนหนึ่ง "แสดงความรุนแรงและตีผู้ทำการทดลองด้วยลูกบิดประตู" จากนั้น "กระโดดออกจากห้องขังและวิ่งไปตามทางเดิน คว้ากุญแจและเปิดประตูเหล็กและห้องขังบางห้อง นักโทษบางคนสามารถกระโดดออกมาได้ แต่มีเพียงพวกที่กล้าหาญเท่านั้น พวกที่กล้าหาญเหล่านี้ถูกยิง" ^{[ 4 ] : 373–374}

เซอิจิ โมริมูระในหนังสือของเขาเรื่อง"งานเลี้ยงของปีศาจ"ได้อธิบายรายละเอียดเพิ่มเติมเกี่ยวกับการพยายามหลบหนีครั้งที่สอง นักโทษชายชาวรัสเซียสองคนถูกขังอยู่ในห้องขังโดยใส่กุญแจมือ คนหนึ่งนอนราบกับพื้นแสร้งทำเป็นป่วย ซึ่งทำให้เจ้าหน้าที่สังเกตเห็นและเห็นว่าเป็นอาการผิดปกติ เจ้าหน้าที่จึงตัดสินใจเข้าไปในห้องขัง นักโทษชาวรัสเซียที่นอนอยู่บนพื้นก็ลุกขึ้นมาทันทีและผลักเจ้าหน้าที่ล้มลง นักโทษชาวรัสเซียทั้งสองปลดกุญแจมือ หยิบกุญแจ และเปิดห้องขังอื่นๆ พร้อมกับตะโกนเสียงดัง นักโทษบางส่วน รวมทั้งชาวรัสเซียและชาวจีน ต่างพากันวิ่งวุ่นไปตามทางเดินและตะโกนเสียงดัง หนึ่งในนักโทษชาวรัสเซียตะโกนบอกสมาชิกของหน่วย 731 ว่าขอให้ถูกยิงเสียดีกว่าถูกใช้เป็นวัตถุทดลอง นักโทษชาวรัสเซียคนนั้นถูกยิงเสียชีวิต พนักงานคนหนึ่งซึ่งเป็นพยานเห็นเหตุการณ์การพยายามหลบหนีครั้งนี้ เล่าว่า “ในทางจิตวิญญาณ พวกเราทุกคนต่างหลงทางเมื่ออยู่ต่อหน้า ‘มารุตะ’ ผู้ซึ่งไม่มีอิสรภาพและไม่มีอาวุธ ในเวลานั้น พวกเราเข้าใจในใจว่าความยุติธรรมไม่ได้อยู่ข้างพวกเรา” ^{[ 91 ]}

น่าเสียดายสำหรับนักโทษของหน่วย 731 การหลบหนีเป็นไปไม่ได้ แม้ว่าพวกเขาจะสามารถหลบหนีออกจากลานสี่เหลี่ยม (ซึ่งเป็นอาคารที่มีการป้องกันอย่างแน่นหนาและเต็มไปด้วยเจ้าหน้าที่) พวกเขาจะต้องปีนข้าม กำแพงอิฐ สูงสามเมตร (9.8 ฟุต)ที่ล้อมรอบบริเวณนั้น แล้วข้ามคูน้ำแห้งที่เต็มไปด้วยลวดไฟฟ้าที่วิ่งรอบบริเวณนั้น^{[ 92 ]} 

สมาชิกของหน่วย 731 ก็ไม่พ้นจากการตกเป็นเหยื่อของการทดลอง โยชิโอะ ทามูระ ผู้ช่วยในทีมพิเศษ เล่าว่า โยชิโอะ ซูโด พนักงานแผนกแรกของหน่วย 731 ติดเชื้อกาฬโรคอันเป็นผลมาจากการผลิตเชื้อดังกล่าว จากนั้นทีมพิเศษได้รับคำสั่งให้ผ่าตัดซูโดทั้งเป็น ทามูระเล่าว่า:

เมื่อไม่กี่วันก่อน ซูโดะยังสนใจพูดคุยเรื่องผู้หญิงอยู่เลย แต่ตอนนี้เขากลับผอมแห้งเหมือนไม้กวาด มีรอยช้ำสีม่วงทั่วตัว รอยขีดข่วนขนาดใหญ่บนหน้าอกของเขามีเลือดไหลออกมา เขาคร่ำครวญด้วยความเจ็บปวดและหายใจลำบาก ฉันทำความสะอาดร่างกายของเขาด้วยน้ำยาฆ่าเชื้อ ทุกครั้งที่เขาขยับตัว เชือกที่พันรอบคอของเขาก็จะรัดแน่นขึ้น หลังจากที่ศัลยแพทย์ตรวจสอบร่างกายของซูโดะอย่างละเอียดแล้ว ฉันก็ส่งมีดผ่าตัดให้ศัลยแพทย์ ซึ่งจับมีดผ่าตัดแบบกลับด้านแล้วแตะลงบนผิวหนังบริเวณท้องของซูโดะ จากนั้นก็กรีดลงไป ซูโดะตะโกนว่า "ไอ้สารเลว!" แล้วก็เสียชีวิตด้วยคำพูดสุดท้ายนี้

นอกจากนี้ โยชิโอะ ชิโนซึกะ สมาชิกหน่วยเยาวชน 731 ยังให้การว่าเพื่อนของเขา มิตสึโอะ ฮิราคาวะ ผู้ช่วยรุ่นน้อง ถูกผ่าตัดเนื่องจากติดเชื้อกาฬโรคโดยบังเอิญ^{[ 93 ]}

สมาชิกคนสำคัญของหน่วย 731 ได้แก่:

• พลโทชิโร อิชิอิ – ผู้บัญชาการโดยรวม
• พลตรีมาซาจิ คิตาโนะ – ผู้บัญชาการ (พ.ศ. 2485–2488)
• พันโท เรียวอิจิ ไนโตะ – ผู้ก่อตั้งกรีนครอส
• เจ้าชายซึเนโยชิ ทาเคดะ
• เจ้าชายนารูฮิโกะ ฮิกาชิคูนิ
• โยชิโอะ ชิโนะซึกะ – ให้การเป็นพยานในเวลาต่อมา
• ยาซูจิ คาเนโกะ – ให้การเป็นพยานในภายหลัง
• ชิเกรุ ฟูจิตะ
• เคน ยัวซ่า
• พนักงานและนักศึกษาพลเรือน ได้แก่ ชิเงโอะ โอเซกิ, คิโอยาชิ มิเนโออิ, มาซาเทรุ ไซโต และโยชิโอะ ฟุรุอิจิ^{[ 4 ] : 243}

อดีตสมาชิก 12 คนของหน่วย 731 และหน่วยที่เกี่ยวข้องถูกนำตัวขึ้นศาลโดยสหภาพโซเวียตในปี 1949 ในการพิจารณาคดีอาชญากรรมสงครามที่เมืองคาบารอฟสค์ ตารางด้านล่างแสดงยศ ตำแหน่ง และโทษที่ได้รับ:

ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2561 หอจดหมายเหตุแห่งชาติของญี่ปุ่นได้เผยแพร่รายชื่อบุคลากรเกือบครบจำนวน 3,607 คนที่เกี่ยวข้องกับหน่วย 731 ให้กับ Katsuo Nishiyama ศาสตราจารย์จากมหาวิทยาลัยวิทยาศาสตร์การแพทย์ชิกะ Nishiyama ประกาศความตั้งใจที่จะเผยแพร่รายชื่อดังกล่าวทางออนไลน์เพื่อส่งเสริมการวิจัยเพิ่มเติม^{[ 95 ]} ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2566 Seiya Matsuno จาก มหาวิทยาลัย Meiji Gakuinได้ค้นพบรายชื่อบุคลากรที่มีรายละเอียดมากขึ้นในหอจดหมายเหตุแห่งชาติ^{[ 96 ]}

หน่วย 731 มีสาขาในหลินโข่ว (สาขา 162), หมู่ตันเจียง , ไห่หลิน (สาขา 643), ซุนหวู่ (สาขา 673) และไห่ลา (สาขา 543) ^{[ 4 ] : 60, 84, 124, 310}

โรงเรียนแพทย์และศูนย์วิจัยของหน่วย 731 ดำเนินการอยู่ใน เขต ชินจูกุของโตเกียวในช่วงสงครามโลก ครั้งที่สอง ในปี 2549 โทโย อิชิอิ พยาบาลที่ทำงานในโรงเรียนในช่วงสงคราม เปิดเผยว่าเธอได้ช่วยฝังศพและชิ้นส่วนของศพในบริเวณโรงเรียนไม่นานหลังจากที่ญี่ปุ่นยอมจำนนในปี 2488 ด้วยเหตุนี้ ในเดือนกุมภาพันธ์ 2554 กระทรวงสาธารณสุขจึงเริ่มขุดค้นพื้นที่ดัง กล่าว ^{[ 99 ]}

แม้ว่าศาลโตเกียวจะยอมรับในปี 2545 ว่าหน่วย 731 มีส่วนเกี่ยวข้องกับการวิจัยอาวุธชีวภาพ แต่ข้อมูลณ ปี 2554 ยังไม่ชัดเจนรัฐบาลญี่ปุ่นไม่ได้ยอมรับอย่างเป็นทางการถึงความโหดร้ายที่กระทำต่อผู้ถูกทดลอง และปฏิเสธคำขอของรัฐบาลจีนในการขอตัวอย่าง DNAเพื่อระบุซากมนุษย์ (รวมถึงกะโหลกและกระดูก) ที่พบใกล้โรงเรียนแพทย์ทหาร^{[ 100 ]}

เมื่อสงครามโลกครั้งที่สองใกล้จะสิ้นสุดลง นักโทษทั้งหมดภายในค่ายถูกสังหารเพื่อปกปิดหลักฐาน และไม่มีผู้รอดชีวิตที่ได้รับการบันทึกไว้^{[ 101 ]} เมื่อ กองทัพแดงเข้ามาในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2488หน่วยนี้ต้องละทิ้งงานอย่างเร่งรีบ กระทรวงต่างๆ ในโตเกียวสั่งให้ทำลายหลักฐานทั้งหมด รวมถึงหลักฐานในผิงฟางพยานที่อาจเป็นไปได้ เช่น นักโทษที่เหลืออีก 300 คน ถูกรมแก๊สหรือป้อนยาพิษ ในขณะที่แรงงานชาวจีนและแมนจูเรีย 600 คนถูกยิง อิชิอิสั่งให้สมาชิกทุกคนในกลุ่มหายตัวไปและ "เก็บความลับไว้จนตาย" ^{[ 102 ]}มีการแจกขวดโพแทสเซียมไซยาไนด์ไว้ใช้ในกรณีที่บุคลากรที่เหลือถูกจับกุม ทหารญี่ปุ่นของอิชิอิจำนวนน้อยได้ระเบิดค่ายในช่วงวันสุดท้ายของสงครามเพื่อทำลายหลักฐานกิจกรรมของพวกเขา แต่หลายแห่งมีความแข็งแรงพอที่จะยังคงสภาพเดิมอยู่บ้าง

ฮิเดโอะ ชิมิซุ อดีตสมาชิกหน่วย 731 กล่าวว่าระหว่างการรุกรานแมนจูเรียของโซเวียตเขาได้รับคำสั่งให้กำจัดหลักฐานโดยการเผาเหยื่อในลานบ้าน รวบรวมกระดูกที่เหลือจากบริเวณนั้น แล้วทำลายซากด้วยระเบิด^{[ 33 ] [ 103 ]}ขณะขึ้นรถไฟที่กำลังจะออกเดินทาง เขาได้รับสารประกอบไซยาไนด์และได้รับคำสั่งให้ฆ่าตัวตายแทนที่จะถูกจับกุม^{[ 33 ]}

ในบรรดาบุคคลในญี่ปุ่นหลังการยอมจำนนในปี 1945 มีพันโทเมอร์เรย์ แซนเดอร์สซึ่งเดินทางมาถึงโยโกฮามาโดยเรือสเติร์เจส ของอเมริกา ในเดือนกันยายน ปี 1945 แซนเดอร์สเป็น นักจุลชีววิทยาที่ ได้รับการยกย่องอย่างสูงและเป็นสมาชิกของศูนย์อาวุธชีวภาพทางทหารของอเมริกา หน้าที่ของแซนเดอร์สคือการสืบสวนกิจกรรมสงครามชีวภาพของญี่ปุ่น ในขณะที่เขาเดินทางมาถึงญี่ปุ่น เขาไม่ทราบว่าหน่วย731 คือ อะไร ^{[ 64 ]}จนกระทั่งแซนเดอร์สขู่ญี่ปุ่นว่าจะนำโซเวียตเข้ามาเกี่ยวข้อง ข้อมูลเกี่ยวกับสงครามชีวภาพจึงถูกแบ่งปันกับชาวอเมริกันน้อยมาก ญี่ปุ่นต้องการหลีกเลี่ยงการดำเนินคดีภายใต้ระบบกฎหมายของโซเวียตดังนั้นในเช้าวันหลังจากที่เขาขู่ แซนเดอร์สได้รับเอกสารที่อธิบายถึงการมีส่วนร่วมของญี่ปุ่นในสงครามชีวภาพ 

แซนเดอร์สได้นำข้อมูลนี้ไปแจ้งแก่พลเอกดักลาส แมคอาเธอร์ซึ่งเป็นผู้บัญชาการสูงสุดของฝ่ายสัมพันธมิตรและรับผิดชอบในการฟื้นฟูญี่ปุ่นในช่วงที่ฝ่ายสัมพันธมิตรเข้ายึดครอง แมคอาเธอร์ได้ทำข้อตกลงกับผู้ให้ข้อมูล ชาวญี่ปุ่น : ^{[ 104 ]}เขาให้ความคุ้มครองแก่แพทย์ของหน่วย 731 อย่างลับๆ รวมถึงผู้นำของพวกเขาด้วย เพื่อแลกกับการให้ชาวอเมริกันเข้าถึงงานวิจัยเกี่ยวกับสงครามชีวภาพและข้อมูลจากการทดลองกับมนุษย์แต่เพียงผู้เดียว^{[ 8 ]}เจ้าหน้าที่ฝ่ายยึดครองของอเมริกาได้เฝ้าติดตามกิจกรรมของอดีตสมาชิกหน่วย รวมถึงการอ่านและตรวจสอบจดหมายของพวกเขา^{[ 105 ]}ชาวอเมริกันเชื่อว่าข้อมูลการวิจัยนั้นมีค่าและไม่ต้องการให้ประเทศอื่น โดยเฉพาะสหภาพโซเวียต ได้รับข้อมูลเกี่ยวกับอาวุธชีวภาพ^{[ 106 ]}

ศาลอาชญากรรมสงครามโตเกียวรับฟังการอ้างอิงเพียงครั้งเดียวเกี่ยวกับการทดลองของญี่ปุ่นกับ "เซรั่มพิษ" ในพลเรือนชาวจีน เหตุการณ์นี้เกิดขึ้นในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2489 และริเริ่มโดยโจเซฟ อาร์ แมสซี ผู้ช่วยอัยการจีน ทนายฝ่ายจำเลยของญี่ปุ่นโต้แย้งว่าข้อกล่าวหานั้นคลุมเครือและไม่มีหลักฐานสนับสนุน และประธานศาล เซอร์วิลเลียม เวบบ์ ได้ยกฟ้อง เนื่องจากขาดหลักฐาน แมสซีไม่ได้ติดตามเรื่องนี้ต่อ ซึ่งอาจไม่ทราบถึง กิจกรรมของหน่วย 731 การอ้างถึงเรื่องนี้ในการพิจารณาคดีเชื่อว่าเป็นเรื่องบังเอิญ ต่อมาในปี พ.ศ. 2524 ผู้พิพากษาโรลิง หนึ่งในสมาชิกที่ยังมีชีวิตอยู่คนสุดท้ายของศาลโตเกียว ได้แสดงความขมขื่นที่ไม่ได้รับแจ้งเกี่ยวกับการปกปิดหลักฐานของหน่วย 731 และเขียนว่า "เป็นประสบการณ์ที่ขมขื่นสำหรับผมที่ได้รับแจ้งในตอนนี้ว่าอาชญากรรมสงครามของญี่ปุ่นที่สั่งการจากส่วนกลางซึ่งน่ารังเกียจที่สุดถูกรัฐบาลสหรัฐฯ เก็บเป็นความลับจากศาล" ^{[ 107 ]}

การสืบสวนของอเมริกาเกี่ยวกับอาชญากรรมสงครามของญี่ปุ่นยุติลงเมื่อนักวิทยาศาสตร์ชาวญี่ปุ่นเริ่มเปิดเผยข้อมูลเกี่ยวกับสงครามชีวภาพ ข้อมูลที่ญี่ปุ่นจัดหาให้นั้นมีมูลค่ามหาศาลสำหรับชาวอเมริกัน ซึ่งรวมถึงกลุ่มตัวอย่างการวิจัยมนุษย์ ทฤษฎีระบบการส่งมอบ และการทดลองภาคสนามที่ประสบความสำเร็จ อย่างไรก็ตาม นักประวัติศาสตร์ Sheldon H. Harris สรุปว่าข้อมูลของญี่ปุ่นไม่ตรงตามมาตรฐานของอเมริกา โดยเสนอแนะว่าผลการค้นพบจากหน่วยนี้มีความสำคัญเพียงเล็กน้อยเท่านั้น Harris อธิบายผลการวิจัยจากค่ายของญี่ปุ่นว่าน่าผิดหวัง สอดคล้องกับการประเมินของ Murray Sanders ที่อธิบายการทดลองว่า "หยาบ" และ "ไม่มีประสิทธิภาพ" ^{[ 43 ]}โครงการอาวุธชีวภาพของสหรัฐฯ น่าจะก้าวข้ามขีดความสามารถของหน่วย 731 ไปแล้วในปี 1944 การปกปิดยังได้รับแรงจูงใจจากความปรารถนาของสหรัฐฯ ที่จะป้องกันไม่ให้สหภาพโซเวียตได้เปรียบในการวิจัยอาวุธชีวภาพ^{[ 10 ]}

ในขณะที่แพทย์ชาวเยอรมันถูกนำตัวขึ้นศาลและอาชญากรรมของพวกเขาถูกเปิดเผยต่อสาธารณะ สหรัฐอเมริกากลับปกปิดข้อมูลเกี่ยวกับการทดลองสงครามชีวภาพของญี่ปุ่นและให้ความคุ้มครองแก่ผู้กระทำความผิด มีการโต้แย้งว่าการเหยียดเชื้อชาตินำไปสู่มาตรฐานสองแบบในการตอบสนองของอเมริกาหลังสงครามต่อการทดลองที่ดำเนินการกับชนชาติต่างๆ^{[ 108 ]}ในขณะที่ผู้กระทำความผิดของหน่วย 731 ได้รับการยกเว้นจากการดำเนินคดี สหรัฐอเมริกาได้จัดตั้งศาลขึ้นที่โยโกฮามาในปี 1948 ซึ่งได้ฟ้องร้องศาสตราจารย์แพทย์และนักศึกษาแพทย์ชาวญี่ปุ่น 9 คนในข้อหาทำการผ่าตัดนักบินชาวอเมริกันที่ถูกจับ ศาสตราจารย์สองคนถูกตัดสินประหารชีวิตและคนอื่นๆ ถูกจำคุก 15-20 ปี^{[ 108 ]}

แม้ว่าในการพิจารณาคดีที่โตเกียว สหภาพโซเวียตจะนิ่งเงียบในประเด็นนี้ แต่ก็ยังคงดำเนินคดีและฟ้องร้องผู้นำทางทหารและนักวิทยาศาสตร์ระดับสูง 12 คนจากหน่วย 731 และเรือนจำสงครามชีวภาพที่เกี่ยวข้อง ได้แก่หน่วย 1644ในหนานจิงและหน่วย 100ในฉางชุนในการพิจารณาคดีอาชญากรรมสงครามที่คาบารอ ฟสค์ หนึ่งในผู้ที่ถูกกล่าวหาว่าก่ออาชญากรรมสงครามรวมถึงสงครามเชื้อโรค คือ พลเอกโอโตโซ ยามาดะผู้บัญชาการทหารสูงสุด ของ กองทัพควันตงที่ มีกำลังพล นับล้านนายซึ่งยึดครองแมนจูเรีย

การพิจารณาคดีผู้กระทำความผิดชาวญี่ปุ่นจัดขึ้นที่เมืองคาบารอฟสก์ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2492 มีการตีพิมพ์บันทึกการพิจารณาคดีบางส่วนที่ยาวเหยียดในหลายภาษาในปีถัดมาโดยสำนักพิมพ์ภาษาต่างประเทศของมอสโก รวมถึงฉบับภาษาอังกฤษด้วย ^{[ 109 ]}อัยการสูงสุดในการพิจารณาคดีที่คาบารอฟสก์คือเลฟ สเมียร์นอฟซึ่งเป็นหนึ่งในอัยการสูงสุดของโซเวียตในการพิจารณาคดีนูเรมเบิร์กแพทย์และผู้บัญชาการกองทัพชาวญี่ปุ่นที่ทำการทดลองหน่วย 731 ได้รับโทษจากศาลคาบารอฟสก์ตั้งแต่ 2 ถึง 25  ปีในค่ายแรงงานไซบีเรีย สหรัฐอเมริกาปฏิเสธที่จะยอมรับการพิจารณาคดี โดยตราหน้าว่าเป็นโฆษณาชวนเชื่อของคอมมิวนิสต์^{[ 110 ]}โทษที่มอบให้แก่ผู้กระทำความผิดชาวญี่ปุ่นนั้นเบาผิดปกติเมื่อเทียบกับมาตรฐานของโซเวียต และจำเลยทั้งหมดได้กลับไปยังญี่ปุ่นภายในปี พ.ศ. 2499 ^{[ 11 ]}

นอกเหนือจากข้อกล่าวหาเรื่องการโฆษณาชวนเชื่อแล้ว สหรัฐฯ ยังอ้างว่าการพิจารณาคดีเป็นการเบี่ยงเบนความสนใจจากการปฏิบัติต่อเชลยศึกชาวญี่ปุ่นหลายแสนคนของสหภาพโซเวียต ในขณะเดียวกัน สหภาพโซเวียตอ้างว่าสหรัฐฯ ได้ให้ความผ่อนปรนทางการทูตแก่ญี่ปุ่นเพื่อแลกกับข้อมูลเกี่ยวกับการทดลองกับมนุษย์ อย่างไรก็ตาม เป็นไปได้ว่าอดีตสมาชิกหน่วย 731 ก็ได้ส่งข้อมูลเกี่ยวกับการทดลองทางชีวภาพของตนให้กับรัฐบาลโซเวียตเพื่อแลกกับความผ่อนปรนทางกฎหมายเช่นกัน^{[ 11 ]}สหภาพโซเวียตได้สร้างโรงงานผลิตอาวุธชีวภาพในสเวิร์ดลอฟสค์โดยใช้เอกสารที่ยึดได้จากหน่วย 731 ในแมนจูเรีย^{[ 12 ]}

ดังที่กล่าวมาข้างต้น ในช่วงที่สหรัฐอเมริกาเข้ายึดครองญี่ปุ่น สมาชิกของหน่วย 731 และสมาชิกของหน่วยทดลองอื่นๆ ได้รับอนุญาตให้เป็นอิสระ เมื่อวันที่ 6  พฤษภาคม พ.ศ. 2490 ดักลาส แมคอาเธอร์ผู้บัญชาการสูงสุดของกองกำลังพันธมิตรได้เขียนจดหมายถึงวอชิงตันเพื่อแจ้งให้ทราบว่า "ข้อมูลเพิ่มเติม ซึ่งอาจเป็นคำให้การบางส่วนจากอิชิอิ น่าจะสามารถได้รับโดยการแจ้งให้ชาวญี่ปุ่นที่เกี่ยวข้องทราบว่าข้อมูลจะถูกเก็บไว้ในช่องทางข่าวกรองและจะไม่ถูกนำมาใช้เป็นหลักฐานอาชญากรรมสงคราม" ^{[ 8 ]}

จากการตรวจสอบของThe Observerพบว่า หลังสงครามสิ้นสุดลง อดีตสมาชิกของหน่วย 731 ได้ทำการทดลองกับนักโทษชาวญี่ปุ่น ทารก และผู้ป่วยทางจิต โดยอ้างว่าเป็นการพัฒนาวัคซีน บทความของ The Observer อ้างว่าได้รับเงินทุนจากรัฐบาลสหรัฐฯ แต่ไม่ได้ให้หลักฐานใดๆ สำหรับข้ออ้างนี้^{[ 111 ]} มาซามิ คิตาโอกะ ผู้สำเร็จการศึกษาจากหน่วย 1644ยังคงทำการทดลองกับชาวญี่ปุ่นที่ไม่เต็มใจตั้งแต่ปี 1947 ถึง 1956 เขาทำการทดลองขณะที่ทำงานให้กับสถาบันวิทยาศาสตร์สุขภาพแห่งชาติของญี่ปุ่น เขาทำให้เชลยติดเชื้อริกเก็ตเซียและทำให้ผู้ป่วยทางจิตติดเชื้อไข้ไทฟัส [ ^{112 ] ใน}ฐานะหัวหน้าหน่วยชิโร อิชิอิได้รับการยกเว้นจากการดำเนินคดีในข้อหาอาชญากรรมสงครามโดยทางการอเมริกันที่เข้ายึดครอง เนื่องจากเขาได้จัดหาวัสดุวิจัยการทดลองกับมนุษย์ให้กับพวกเขา ตั้งแต่ปีพ.ศ. 2491 ถึง พ.ศ. 2491 มีเอกสารเพียงไม่ถึงร้อยละ 5 เท่านั้นที่ถูกถ่ายโอนไปยังไมโครฟิล์มและเก็บไว้ในหอจดหมายเหตุแห่งชาติของสหรัฐอเมริกาก่อนที่จะถูกส่งกลับไปยังประเทศญี่ปุ่น^{[ 113 ]}

การอภิปรายของญี่ปุ่นเกี่ยวกับกิจกรรมของหน่วย 731 เริ่มขึ้นในช่วงทศวรรษ 1950 หลังจากการสิ้นสุดการยึดครองญี่ปุ่นของอเมริกาในปี 1952 เด็กหญิงทารกคนหนึ่งที่โรงพยาบาลเด็กเมืองนาโกย่า เสียชีวิตหลังจากติดเชื้อ แบคทีเรีย อีโคไลเหตุการณ์ดังกล่าวถูกเชื่อมโยงกับนักวิทยาศาสตร์ของหน่วย 731 ใน อดีต ^{[ 114 ]}ต่อมาในทศวรรษนั้น นักข่าวสงสัยว่าการฆาตกรรมที่รัฐบาลกล่าวหาว่าซาดามิจิ ฮิราซาวะ เป็นผู้ก่อเหตุนั้น แท้จริงแล้วเป็นการกระทำของสมาชิกของหน่วย731 ในปี 1957 ชูซากุ เอ็นโด นักเขียนชาวญี่ปุ่น ได้ตีพิมพ์หนังสือเรื่อง ทะเลและพิษเกี่ยวกับการทดลองกับมนุษย์ในฟุกุโอกะซึ่งเชื่อกันว่ามีพื้นฐานมาจากเหตุการณ์จริง 

ในปี พ.ศ. 2493 อดีตสมาชิกของหน่วย 731 รวมถึง Masaji Kitano ได้ก่อตั้งธนาคารเลือดและบริษัทยาGreen Crossซึ่ง Murray Sanders ก็ทำหน้าที่เป็นที่ปรึกษาด้วย บริษัทนี้ตกเป็นเป้าหมายของเรื่องอื้อฉาวในช่วงทศวรรษ 2523 หลังจากชาวญี่ปุ่นมากถึง 3,000 คนติดเชื้อHIVจากการแจกจ่ายและใช้ผลิตภัณฑ์เลือดของบริษัท ซึ่งสำนักงานยาและอุปกรณ์ทางการแพทย์ได้พิจารณาว่าไม่ปลอดภัย^{[ 115 ] [ 116 ]}

ผู้เขียนSeiichi Morimuraได้ตีพิมพ์หนังสือThe Devil's Gluttony (悪魔の飽食) ในปี 1981 ตามด้วยThe Devil's Gluttony: A Sequelในปี 1983 หนังสือเหล่านี้อ้างว่าเปิดเผยการปฏิบัติงาน "ที่แท้จริง" ของหน่วย 731 แต่กลับอ้างอิงภาพถ่ายที่ไม่เกี่ยวข้องกับหน่วยดังกล่าวอย่างผิดๆ ซึ่งทำให้เกิดคำถามเกี่ยวกับความถูกต้อง^{[ 117 ] [ 118 ]} นอกจากนี้ ในปี 1981 ยัง มีการให้ การเป็นพยานโดยตรงครั้งแรกเกี่ยวกับ การทดลองผ่าตัดมนุษย์ ในประเทศจีนโดย Ken Yuasaตั้งแต่นั้นมา ก็มีคำให้การที่ลึกซึ้งยิ่งขึ้นในญี่ปุ่น สารคดีJapanese Devils ในปี 2001 ส่วนใหญ่ประกอบด้วยการสัมภาษณ์ เจ้าหน้าที่หน่วย 731 จำนวน 14 คนที่ถูกจีนจับกุมและได้รับการปล่อยตัวในภายหลัง^{[ 119 ]}เจ้าชายมิคาสะพระอนุชาของฮิโรฮิโตะ ได้เสด็จเยือนกองบัญชาการหน่วย 731 ในประเทศจีน และทรงเขียนบันทึกความทรงจำว่า พระองค์ได้ทอดพระเนตรภาพยนตร์ที่แสดงให้เห็นว่านักโทษชาวจีนถูก "บังคับให้เดินขบวนบนที่ราบแมนจูเรียเพื่อทดลองแก๊สพิษกับมนุษย์" ^{[ 1 ]}ฮิเดกิ โทโจผู้ซึ่งต่อมาได้เป็นนายกรัฐมนตรีในปี พ.ศ. 2484 ก็ได้ทอดพระเนตรภาพยนตร์เกี่ยวกับการทดลองดังกล่าวเช่นกัน ซึ่งเขาบรรยายว่า "ไม่น่าพึงพอใจ" ^{[ 120 ]}

ฮิเดโอะ ชิมิซุ สมาชิกหน่วยเยาวชน 731 ได้ออกมาพูดต่อสาธารณะเกี่ยวกับการมีส่วนร่วมของเขาในหน่วย หลังจากไปเยี่ยมชมนิทรรศการในพิพิธภัณฑ์ที่มีภาพถ่ายในช่วงสงครามของกองบัญชาการหน่วย 731 ชิมิซุได้บรรยายและให้สัมภาษณ์เกี่ยวกับหน่วย 731 โดยมีผู้ใช้อินเทอร์เน็ตชาวญี่ปุ่นบางส่วนปฏิเสธคำกล่าวของเขาและปฏิเสธการกระทำโหดร้ายในช่วงสงครามที่ญี่ปุ่นก่อขึ้น^{[ 121 ]}ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2568 ชิมิซุได้เดินทางไปประเทศจีนและเยี่ยมชมหอแสดงหลักฐานอาชญากรรมที่กระทำโดยหน่วย 731 ในเมืองฮาร์บิน ซึ่งเขาได้กล่าวขอโทษสำหรับการกระทำของเขา^{[ 121 ] [ 122 ]}

แม้จะทำการทดลองทางวิทยาศาสตร์ หน่วย 731 ก็ถูกตรวจสอบเกี่ยวกับประโยชน์ของข้อมูลที่ได้จากการทดลองเหล่านี้^{[ 43 ]}ปฏิบัติการสงครามชีวภาพของญี่ปุ่น นั้นใหญ่ที่สุดในช่วงสงครามโลกครั้ง ที่2 และ "อาจมีคนและทรัพยากรมากกว่าประเทศผู้ผลิต [อาวุธชีวภาพ] อย่างฝรั่งเศสฮังการีอิตาลีโปแลนด์และสหภาพโซเวียตรวมกัน ระหว่างสงครามโลก^{[ 123 ]} แม้จะประสบความสำเร็จอย่างเห็น ได้ชัด หน่วย 731 ก็ขาดพื้นฐานทางวิทยาศาสตร์และวิศวกรรมที่เพียงพอที่จะเพิ่มประสิทธิภาพให้สูงสุด^{[ 124 ] [ 125 ]}แฮร์ริสสรุปว่านักวิทยาศาสตร์ของสหรัฐฯ โดยทั่วไปต้องการที่จะได้มาซึ่งสิ่งนี้เนื่องจากแนวคิดเรื่องผลไม้ต้องห้ามโดยเชื่อว่าข้อห้ามทางกฎหมายและจริยธรรมอาจส่งผลต่อผลลัพธ์ของการวิจัยของพวกเขา^{[ 126 ]}

นักประวัติศาสตร์Till Winfried Bärnighausenวิพากษ์วิจารณ์การขาดความเข้มงวดทางวิทยาศาสตร์โดยรวมในการทดลองหลายอย่างของหน่วย 731 แต่เขาก็สังเกตเห็นข้อยกเว้นบางประการ เขาชี้ให้เห็นถึงการทดลองก๊าซมัสตาร์ด การแช่แข็ง และวัณโรคว่ามีกระบวนการเก็บรวบรวมข้อมูลที่น่าเชื่อถือและถูกต้อง ซึ่งแสดงให้เห็นว่าการทดลองเหล่านี้ดำเนินการด้วยความเข้มงวดมากกว่า^{[ 43 ]}

ในปี พ.ศ. 2512 อิเคดะ นาเอโอะ แพทย์ที่เกี่ยวข้องกับหน่วย 731 ได้ตีพิมพ์งานวิจัยของตนเองเกี่ยวกับไข้เลือดออกระบาด (EHF) เอกสารของเขาได้บันทึกการทดลองที่ดำเนินการในโรงพยาบาลทหารบริเวณชายแดนจีน-โซเวียตในเดือนมกราคม พ.ศ. 2485 การทดลองเหล่านี้เกี่ยวข้องกับการติดเชื้อในมนุษย์ และยืนยันการแพร่เชื้อ EHF โดยเหาและหมัดไปยังประชากรในท้องถิ่น ส่งผลให้ผู้ติดเชื้อเสียชีวิต แม้จะมีการยอมรับอย่างชัดเจนว่าได้ทำการทดลองกับมนุษย์โดยการฉีดเชื้อโรคที่เป็นอันตรายถึงชีวิต แต่รายงานของอิเคดะก็ผ่านการตรวจสอบโดยผู้ทรงคุณวุฒิและได้รับการตีพิมพ์ในวารสารวิชาการของญี่ปุ่น การยอมรับงานวิจัยนี้ของอิเคดะเน้นย้ำถึงการยอมรับอย่างกว้างขวางในวงการแพทย์ของญี่ปุ่นเกี่ยวกับการทดลองในมนุษย์ที่ดำเนินการที่หน่วย 731 ^{[ 127 ]}

ในช่วงสงคราม โยชิมูระ ฮิซาโตะ ได้ทำการวิจัยที่หน่วย 731 ในประเทศจีน โดยมุ่งเน้นที่สรีรวิทยาในอุณหภูมิต่ำ โดยเฉพาะอย่างยิ่งการศึกษาถึงกลไกที่เกี่ยวข้องกับอาการหนาวสั่น หลังสงคราม เขาได้ก่อตั้งสมาคมชีวอุตุนิยมวิทยาแห่งญี่ปุ่น การวิจัยของเขาในประเทศจีนถือเป็นจุดเริ่มต้นของการสำรวจความสัมพันธ์ระหว่างสรีรวิทยาและความเครียดจากสิ่งแวดล้อม^{[ 127 ]}

นักวิจัยส่วนใหญ่ที่หน่วย 731 ไม่ได้พยายามปกปิดการทดลองที่พวกเขามีส่วนร่วม แม้ว่าพวกเขาจะงดเว้นจากการยอมรับความผิดของตนต่อสาธารณะ แต่พวกเขาก็ได้แบ่งปันรายละเอียดต่างๆ ภายในแวดวงการแพทย์ของพวกเขา ด้วยเหตุนี้ โดยเฉพาะอย่างยิ่งเกี่ยวกับการวิจัยเกี่ยวกับ EHF และภาวะเนื้อเยื่อถูกทำลายจากความเย็นจัด จึงค่อนข้างง่ายที่จะตรวจสอบว่าใครทำการทดลองกับมนุษย์ประเภทใด เนื่องจากสมาชิกเกือบทั้งหมดของวงการแพทย์ญี่ปุ่นทราบเกี่ยวกับการทดลองกับมนุษย์ที่ดำเนินการที่หน่วย 731 นักวิจัยจากหน่วยจึงสามารถตีพิมพ์ผลงานของพวกเขาในวารสารทางการแพทย์ได้ในภายหลัง แม้หลังสงคราม รายงานต่างๆ ก็ยังถูกเผยแพร่โดยระบุรายละเอียดผลการทดลองกับมนุษย์อย่างชัดเจน และมีการบันทึกเรื่องราวของหน่วยไว้ในวารสารทางการแพทย์ สิ่งนี้บ่งชี้ถึงการรับรู้ในวงกว้างภายในวงการแพทย์ญี่ปุ่นเกี่ยวกับการทดลองที่ดำเนินการที่หน่วย 731 ^{[ 127 ]}

ในช่วงการระบาดของ COVID-19นักวิทยาศาสตร์บางคนเรียกร้องให้มีการเผยแพร่ข้อมูลการทดลองจากหน่วย 731 สู่สาธารณะแก่ชุมชนทางการแพทย์ระหว่างประเทศ เนื่องจากข้อมูลที่มีอยู่เกี่ยวกับปฏิสัมพันธ์ระหว่างมนุษย์กับเชื้อโรคอาจช่วยนักระบาดวิทยาในการควบคุมการระบาดได้^{[ 128 ]}ทั้งรัฐบาลสหรัฐฯ และรัฐบาลญี่ปุ่นต่างปกปิดข้อมูลดังกล่าว

ในปี พ.ศ. 2526 กระทรวงศึกษาธิการของญี่ปุ่นได้ขอให้นักประวัติศาสตร์ชาวญี่ปุ่นซาบุโร่ อิเอนางะลบข้อความที่ระบุว่าหน่วย 731 ได้ทำการทดลองกับชาวจีนหลายพันคนออกจากตำราเรียนเล่มหนึ่งของเขา กระทรวงอ้างว่าไม่มีงานวิจัยทางวิชาการใดสนับสนุนข้อกล่าวอ้างดังกล่าว ในปี พ.ศ. 2527 นักประวัติศาสตร์ชาวญี่ปุ่น สึเนอิชิ เคอิจิ ได้แปลและตีพิมพ์เอกสารของสหรัฐอเมริกาเกี่ยวกับสงครามชีวภาพของญี่ปุ่นกว่า 4,000 หน้า กระทรวงยอมถอยหลังจากมีการตีพิมพ์งานวิจัยใหม่ในญี่ปุ่นและมีหลักฐานสำคัญปรากฏขึ้นในสหรัฐอเมริกา^{[ 129 ]}

ตำราเรียนประวัติศาสตร์ญี่ปุ่นมักมีการอ้างอิงถึงหน่วย 731 แต่ตำราเรียนไม่ได้ให้รายละเอียดเฉพาะเจาะจงเกี่ยวกับกิจกรรมที่ดำเนินการในสถานที่ดังกล่าว^{[ 130 ] [ 131 ]}ประวัติศาสตร์ญี่ปุ่นฉบับใหม่ของซาบุโร อิเอนางะมีคำอธิบายโดยละเอียดโดยอิงจากคำให้การของเจ้าหน้าที่ กระทรวงศึกษาธิการพยายามที่จะลบข้อความนี้ออกจากตำราเรียนของเขาก่อนที่จะนำไปสอนในโรงเรียนของรัฐ โดยอ้างว่าคำให้การนั้นไม่เพียงพอศาลฎีกาของญี่ปุ่นได้ตัดสินในปี 1997 ว่าคำให้การนั้นเพียงพอแล้ว และการบังคับให้ลบออกนั้นเป็นการละเมิดเสรีภาพในการพูดอย่าง ผิดกฎหมาย ^{[ 132 ]}

ในปี 1997 ทนายความระหว่างประเทศโคเน็น สึจิยะ ได้ยื่นฟ้องรัฐบาลญี่ปุ่น ใน คดีกลุ่ม โดยเรียกร้อง ค่าชดเชยสำหรับการกระทำของหน่วย 731 โดยใช้หลักฐานที่ศาสตราจารย์มาโกโตะ อุเอดะ แห่งมหาวิทยาลัยริกเคียว ยื่น ฟ้อง ศาลญี่ปุ่นทุกระดับพบว่าคดีนี้ไม่มีมูลความจริง ไม่มีการพิสูจน์ข้อเท็จจริงเกี่ยวกับการทดลองกับมนุษย์ ในเดือนสิงหาคม ปี 2002 ศาลแขวงโตเกียวได้ตัดสินเป็นครั้งแรกว่าญี่ปุ่นมีส่วนร่วมในสงครามชีวภาพ ผู้พิพากษาโคจิ อิวาตะ ตัดสินว่าหน่วย 731 ตามคำสั่งของกองบัญชาการกองทัพจักรวรรดิญี่ปุ่น ได้ใช้อาวุธชีวภาพกับพลเรือนชาวจีนระหว่างปี 1940 ถึง 1942 แพร่กระจายโรคต่างๆ รวมถึงกาฬโรคและไข้ไทฟอยด์ในเมืองฉูโจวหนิงโปและฉางเต๋อเขาปฏิเสธคำร้องขอค่าชดเชยของเหยื่อโดยอ้างว่าได้มีการตกลงกันไว้แล้วโดยสนธิสัญญาสันติภาพระหว่างประเทศ^{[ 133 ]}

ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2546 สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรของญี่ปุ่นได้ยื่นคำร้องนายกรัฐมนตรีจุนอิจิโร โคอิซูมิตอบว่ารัฐบาลญี่ปุ่นในขณะนั้นไม่มีบันทึกใดๆ ที่เกี่ยวข้องกับหน่วย 731 แต่ตระหนักถึงความร้ายแรงของเรื่องนี้และจะเปิดเผยบันทึกใดๆ ที่พบในอนาคต^{[ 134 ]}ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2561 หอจดหมายเหตุแห่งชาติของญี่ปุ่นได้เปิดเผยรายชื่อ สมาชิก 3,607 คนของหน่วย 731 เพื่อตอบสนองต่อคำขอของศาสตราจารย์คัตสึโอะ นิชิยามะ แห่ง มหาวิทยาลัยวิทยาศาสตร์การแพทย์ ชิกะ^{[ 135 ] [ 136 ]}

หลังสงครามโลกครั้ง ที่สองสำนักงานสืบสวนพิเศษได้จัดทำรายชื่อผู้ต้องสงสัยว่าร่วมมือกับฝ่ายอักษะและกดขี่ข่มเหงผู้อื่น ซึ่งถูกห้ามไม่ให้เข้าสหรัฐอเมริกา แม้ว่า จะมีการเพิ่มชื่อลงในรายชื่อมากกว่า 60,000 ชื่อ แต่มีชาวญี่ปุ่นที่เกี่ยวข้องเพียงไม่ถึง 100 คน ในจดหมายโต้ตอบระหว่างกระทรวงยุติธรรมและรับบี อับราฮัม คูเปอร์ ในปี 1998 อีไล โรเซนบอม ผู้อำนวยการ OSI ระบุว่าสาเหตุมาจากสองปัจจัย:

1. ในขณะที่เอกสารส่วนใหญ่ที่สหรัฐฯ ยึดได้ในยุโรปถูกถ่ายเป็นไมโครฟิล์มก่อนส่งคืนให้กับรัฐบาลของประเทศนั้นๆ แต่กระทรวงกลาโหมสหรัฐฯกลับตัดสินใจไม่ถ่ายไมโครฟิล์มเอกสารจำนวนมหาศาลของตนก่อนส่งคืนให้กับรัฐบาลญี่ปุ่น
2. The Japanese government has also failed to grant the OSI meaningful access to these and related records after the war, while European countries, on the other hand, were largely cooperative.^[137] The cumulative effect was that information needed to identify these individuals became, in effect, impossible to recover.

• Crisis in the Ashes (1999), novel by William W. Johnstone. Features the grandson of a Unit 731 scientist using plague as a weapon.
• The Man Who Ended History: A Documentary (2011), novella by Ken Liu. The inventor of a method of time travel uses the invention to draw attention to the atrocities of Unit 731.
• My Hero Academia (2014–2024), manga by Kōhei Horikoshi. A character originally named "Shiga Maruta" sparked backlash for referencing Unit 731's human test subjects.^[138] The name was later changed.^[139]
• The Solomon Curse (2015), novel by Clive Cussler and Russell Blake. Includes a subplot about secret human experimentation linked to Unit 731.
• Tricky Twenty-Two (2015), novel by Janet Evanovich. Features a villainous biology professor attempting to recreate Unit 731's plague dispersals.
• The Collector – Unit 731 (2021), comic miniseries by Dark Horse Comics, written by Rod Monteiro and illustrated by Will Conrad. Follows a POW captured and experimented on by Unit 731.

• Unit 731 – Did the Emperor Know? (1985), documentary by Television South. Investigates Imperial Japan's knowledge of Unit 731.^[140]
• 731 (Chinese:七三一) (2015), five-part CCTV documentary. Chronicles Unit 731's crimes and postwar legacy.
• The Truth of Unit 731: Elite Medical Students and Human Experiments (2017), NHK documentary. Features interviews and recovered documentation from Unit 731 personnel.