หลักฐานทางโบราณคดีที่มีอยู่ทำให้เราสามารถยืนยันได้ว่าเขตเทศบาลเมืองโมดุญโญมีผู้คนอาศัยอยู่มาตั้งแต่สมัยก่อนประวัติศาสตร์ [ ^{3 ] อัน}ที่จริง การวิจัยทางโบราณคดีที่ย้อนกลับไปในช่วงทศวรรษ 1980 ได้ขุดค้นพบ หมู่บ้าน ยุคหินใหม่ ที่มีอายุ ย้อนไปถึงสหัสวรรษที่ 6-5 ก่อนคริสต์ศักราช ตั้งอยู่บนเนินเขาที่มองเห็นลามะลามะสินาตา ในบริเวณใกล้เคียงกับหมู่บ้านบัลซิญาโน ทางตะวันออกเฉียงใต้ของเขตเทศบาล ในทิศทางของบิทริตโต [ ^{4 ] แหล่ง}โบราณคดีนี้มีอายุย้อนไปถึงสหัสวรรษที่ 7 ถึง 5 ก่อนคริสต์ศักราช มีลักษณะเด่นคือโครงสร้างที่อยู่อาศัยขนาดใหญ่สองหลัง ห่างกันประมาณ 20 เมตร พร้อมด้วยพื้นที่สำหรับกิจกรรมต่างๆ ที่มีอุตสาหกรรมทั่วไปของชุมชนยุคหินใหม่ ซึ่งอุทิศให้กับการปลูกธัญพืช โครงสร้างที่สามซึ่งล้อมรอบด้วยรั้วหิน ตั้งอยู่ทางต้นน้ำขึ้นไป และมีอายุย้อนไปถึงปลายสหัสวรรษที่ 5 ก่อนคริสต์ศักราช นอกจากนี้ยังมีหลุมฝังศพสามหลุมที่มีซากมนุษย์แต่ไม่มีสิ่งของฝังศพ^{[ 5 ] [ 6 ]}

ในทางกลับกัน ซากสุสานของชาวเปอูเซเตียนที่มีอายุย้อนไปถึงศตวรรษที่ 7-6 ก่อนคริสต์ศักราช^{[ 7 ]}ที่พบในส่วนตะวันออกของเขตเทศบาล ใน Contrada Cappuccini ^{[ 8 ]}และใน Via Carducci ^{[ 9 ]}ในทิศทางของ เขต Carbonara di Bariมีอายุย้อนไปถึงยุคโลหะ

ในศตวรรษที่ 3 ก่อนคริสต์ศักราช การทำให้ดินแดนตอนกลางของอาปูเลียกลายเป็นของโรมันส่งผลให้ศูนย์กลางของชาวเพอเซเชียนที่มีอยู่เดิมเสื่อมถอยลง^{[ 10 ]}ดินแดนโมดูเนเซถูกแบ่งออกเป็นที่ดินที่จัดระเบียบตามระบบเซนทูเรียเนชั่น^{[ 11 ]}ยังคงสามารถพบร่องรอยของเสาหินโกรมาติกซึ่งใช้ในการกำหนดขอบเขตระหว่างที่ดินต่างๆ ได้แก่เสาหิน ที่เรียกว่าเมนฮีร์ ซึ่งเดิมมีจำนวนเก้าต้น โดยต้นที่รู้จักกันดีที่สุดเรียกว่า "พระภิกษุ" ^{[ 12 ]}

เมืองโมดุญโญในปัจจุบันตั้งอยู่บนพรมแดนระหว่างแม่น้ำบูตุนตินัสและแม่น้ำวารินัส [ ^{13 ] ข้อเท็จจริง}นี้น่าจะเป็นที่มาของชื่อเมืองโมดุญโญ: ในความเป็นจริง ตามสมมติฐานที่น่าเชื่อถือที่สุด ชื่อโมดุญโญน่าจะมาจากคำว่า " เมดูเนียม " หรือ "ตรงกลาง" ซึ่งอยู่กึ่งกลางระหว่างบิโตนโตและบารี^{[ 14 ] [ 15 ]}

ในสมัยโรมัน การเสื่อมถอยของชุมชนเมืองในอาปูเลียตอนกลางเกิดขึ้นพร้อมกับการพัฒนาเครือข่ายถนน ดินแดนของโมดูญโญซึ่งตั้งอยู่ในอาเกอร์ วารินัส ถูกตัดผ่านในสมัยโรมันโดยถนนวิอา มินูเซีย^{[ 16 ]}และคาดว่าน่าจะตัดผ่านโดยถนนวิอา เกลเลีย (ซึ่งเส้นทางที่แน่นอนยังไม่เป็นที่แน่ชัด) เช่นเดียวกับในสมัยจักรวรรดิและยุคโบราณตอนปลายโดยถนนวิอา ทราเอียน [ ^{17 ] นอกจาก}ระบบถนนสายหลักแล้ว ยังมีหลักฐานการมีอยู่ของถนนสายรองที่น่าจะสืบย้อนเส้นทางของถนนในยุคก่อนหน้าที่มีต้นกำเนิดจากเปอูเซเตียน ถนนบางสายเชื่อมต่อพื้นที่ภายในของมูร์เกียกับบูตุนทุมและบาริอุมโดยตัดผ่านดินแดนของโตริตโตและปาโล เดล คอลเล ใน ปัจจุบัน^{[ 18 ]}

ซากโบราณสถานของชุมชนชนบท โบสถ์ขนาดเล็ก และสุสาน ซึ่งมีอายุย้อนไปถึงช่วงปลายสมัยโรมันและต้นยุคกลาง พบในเขตเทศบาลเมืองโมดุญโญ ตามแนวถนนลามา มิสเซียโน ไม่ไกลจากเส้นทางของถนนเวีย ทราเอียน่า (พื้นที่ทางโบราณคดีตั้งอยู่ในพื้นที่ซึ่งปัจจุบันใช้สำหรับกิจกรรมทางอุตสาหกรรม) ^{[ 19 ] [ 20 ]}

เมื่อจักรวรรดิโรมันตะวันตกล่มสลาย แคว้นอาปูเลียก็ถูกทำลายล้างด้วยสงครามหลายครั้งที่เกี่ยวข้องกับชาวไบแซนไทน์ชาวออสโตรกอธชาวลอมบาร์ดและชาวซาราเซนส่งผลให้ประชากรในเมืองลดลงและหันไปตั้งถิ่นฐานในชนบทขนาดเล็ก ซึ่งมีสองรูปแบบที่แตกต่างกันแต่ก็อยู่ร่วมกันได้ คือ การตั้งถิ่นฐานบนหินและการตั้งถิ่นฐานที่มีป้อมปราการ ในโมดูญโญมีตัวอย่างที่โดดเด่นของการตั้งถิ่นฐานในชนบทสมัยต้นยุคกลางทั้งสองประเภท^{[ 21 ]}

ในบรรดาแหล่งที่อยู่อาศัยบนโขดหินที่โดดเด่นในดินแดนอาปูเลียและบาซิลิกาตาในช่วงต้นยุคกลาง^{[ 22 ]}นอกเมืองโมดูญโญ ตามแนวแม่น้ำลามะลามะสินาตา มีแหล่งที่อยู่อาศัยบนถ้ำซานตามาเรียเดลลากรอตตา^{[ 23 ]}และถ้ำใต้ดินของมาสเซเรียมาเดียไดอานา (ในเขตอุตสาหกรรมในอดีตพื้นที่อัลโก) ^{[ 24 ] [ 25 ] [ 26 ]}โดยเฉพาะอย่างยิ่ง อารามแม่พระแห่งถ้ำได้ให้ที่พักพิงแก่นักบุญคอนราดแห่งบาวาเรียตั้งแต่ปี 1139 จนกระทั่งท่านเสียชีวิตในปี 1155 นักบุญผู้นี้เติบโตในอารามแคลร์โวซ์เดินทางไปยังปาเลสไตน์ในช่วงสงครามครูเสดครั้งแรกและเมื่อกลับมายังอาปูเลีย ท่านตัดสินใจอาศัยอยู่ในถ้ำ ดำเนินชีวิตแบบสันโดษ^{[ 27 ]}

สำหรับหมู่บ้านที่มีป้อมปราการในยุคกลางตอนต้น ตัวอย่างที่โดดเด่นคือศูนย์กลางป้อมปราการของ Balsignano ซึ่งตั้งอยู่ห่างจากเมือง Modugno ในปัจจุบันประมาณ 3 กิโลเมตร Balsignano ถูกกล่าวถึงครั้งแรกในเอกสารจากศตวรรษที่ 10 ^{[ 28 ]} (เมื่อถูกปล้นโดยชาวซาราเซนที่พิชิตดินแดนของ Bari) ^{[ 29 ] [ 30 ]}และถูกทิ้งร้างในศตวรรษที่ 16 ^{[ 31 ]}ยังคงรักษาโครงสร้างที่สร้างจากหินแห้งอาคารสองชั้นที่มีหอคอยสองแห่งฐานเป็นรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า ลานภายในที่มีโบสถ์ Santa Maria di Costantinopoli และด้านนอกมีโบสถ์ San Felice in Balsignano ซึ่งเป็นตัวอย่างที่ดีของโบสถ์แบบมีทางเดินเดียวที่มีโดมกลางอยู่ในแนวแกนของประเพณีไบแซนไทน์ (ศตวรรษที่ 10) ^{[ 32 ] [ 33 ]}

เป็นที่เชื่อกันโดยทั่วไปว่าศูนย์กลางแรกของเมืองโบราณโมดูญโญเกิดขึ้นรอบโบสถ์ซานตามาเรีย ดิ โมดูญโญ ซึ่งอุทิศให้กับพระแม่มารีแห่งการเสด็จขึ้นสวรรค์ การยืนยันสมมติฐานนี้มาจากการค้นพบเหรียญไบแซนไทน์บางส่วนระหว่างการขุดค้นในพื้นที่ในปี 1968 หมู่บ้านโบราณนี้อาจถูกทำลายระหว่างการโจมตีของชาวซาราเซนในช่วงศตวรรษที่ 9 แม้ว่าจะไม่มีเอกสารใดมายืนยันสมมติฐานนี้ก็ตาม ชาวบ้านหนีรอดจากการสังหารหมู่และการถูกจับกุมโดยชาวซาราเซนและลี้ภัยไปยังปราสาทมอตตา ซึ่งมีทหารไบแซนไทน์หรือลอมบาร์ดประจำการอยู่^{[ 40 ] [ 41 ]}สมมติฐานที่ได้รับการยอมรับน้อยกว่าเกี่ยวกับที่มาทางนิรุกติศาสตร์ของชื่อเมืองโมดูญโญนั้นเกี่ยวข้องกับปราสาทมอตตา ในกรณีนี้ “ เมตู-เจนัส ” หรือ “ มอตตู-เจนัส ” จะหมายถึง “ผุดขึ้นบนเนินเขา” ^{[ 42 ]}

ชุมชนที่เกิดขึ้นรอบปราสาทแห่งนี้เรียกว่า " มิดูนิอุม " และมีขนาดเล็ก อย่างน้อยก็จนถึงช่วงครึ่งแรกของศตวรรษที่ 14: ^{[ 31 ]}อันที่จริง เอกสารจากช่วงเวลานี้ระบุถึงโมดูญโญด้วยชื่อต่างๆ เช่น " เมดูนิโอ คาสเตลลัม " ^{[ 34 ]} " คาสโตร เมดูนิโอ " ^{[ 43 ]} " เมดูนิโอ คาซาลิส " ^{[ 44 ]}หรือ " โลคัส เมดูเนียม " ^{[ 45 ]}

ประมาณปี ค.ศ. 1000 มีการตัดสินใจว่าโบสถ์เซนต์แมรีแห่งโมดูญโญที่อยู่ห่างไกลนั้นไม่เหมาะสมกับความต้องการของชุมชนอีกต่อไป ดังนั้นจึงมีการสร้างโบสถ์ใหม่ที่อุทิศให้กับพระแม่มารี ซึ่งก็คือโบสถ์แม่ในปัจจุบัน โบสถ์แห่งนี้ได้รับการบูรณะในปี ค.ศ. 1347 โดยอาร์คบิชอปบาร์โตโลเมโอ คาราฟา และในช่วงทศวรรษแรกของศตวรรษที่ 16 โดยคณะสงฆ์โมดูญโญและด้วยการสนับสนุนจากพระราชินีโบนา สฟอร์ซา [ ^{46 ] ใน}ศตวรรษที่ 17 โบสถ์ได้รับการขยายโดยการรวมอาคารเก่าเข้าไปด้วย ซึ่งส่วนของแท่นบูชาและส่วนต้นของทางเดินกลางโบสถ์นั้นเกือบจะแน่นอนว่าเป็นส่วนหนึ่งของโครงสร้างเก่า^{[ 47 ]}

ในช่วงต้นศตวรรษที่ 11 แคว้นอาปูเลียถูกพิชิตโดยชาวนอร์มัน ซึ่งได้ก่อตั้งระบบศักดินา^{[ 48 ]}ซึ่งยังคงดำรงอยู่ในอิตาลีตอนใต้จนถึงปี 1806 โมดูญโญเป็นหนึ่งในไม่กี่เมืองที่ปลดปล่อยตนเองจากระบบศักดินาและได้รับอิสรภาพจากราชบัลลังก์สเปนในปี 1582 ^{[ 49 ]}

นับตั้งแต่สมัยที่ชาวนอร์มันพิชิตเมืองนี้ เมืองนี้ก็เป็นดินแดนศักดินาของตระกูลลอฟเฟรดี^{[ 50 ]}ตามแหล่งข้อมูลบางแหล่งระบุว่ายังคงเป็นเช่นนั้นจนกระทั่งวิลเลียมผู้ชั่วร้ายสิ้นพระชนม์ในปี 1166 (เอกสารบางฉบับกล่าวถึงฟรานเชสโก ลอฟเฟรดี เจ้าเมือง มาร์ติ นาและโมดูญโญ ในสมัยพระเจ้าโรเบิร์ต ) ^{[ 51 ]} อย่างไรก็ตาม ตามแหล่งข้อมูลอื่น^{[ 52 ]}โมดูญโญถูกมอบเป็นดินแดนศักดินาให้แก่อูร์โซเน (หรือออร์โซ) บิชอปแห่งราโปลลาโดยโรเบิร์ต กุยสการ์ด^{[ 37 ]}ในปี 1078 เมื่อเขาถูกย้ายจากราโปลลาไปยังบารี หลังจากโรเบิร์ต กุยสการ์ดสิ้นพระชนม์ แคว้นอาปูเลียก็ถูกแบ่งระหว่างบุตรชายสองคนของเขาคือโบเฮมอนด์และโรเจอร์ (โมดูญโญกลายเป็นดินแดนศักดินาของบุตรชายคนเล็กของเขา)

จากการแต่งงานของเฮนรีที่ 6 กับ คอนสแตนซ์ที่ 1 แห่งซิซิลีทายาทคนสุดท้ายของราชอาณาจักรนอร์มันราชวงศ์นอร์มันจึงสิ้นสุดลงที่ราชวงศ์โฮเฮนสเตาเฟนแห่งสวาเบีย เฮนรีที่ 6 และเฟรเดอริกที่ 2 โอรสของคอนสแตนซ์ ได้พระราชทานโมดูญโญเป็นที่ดินศักดินา^{[ 53 ]}ให้แก่เบราร์ดแห่งคาสตาญญา ที่ปรึกษาของพระองค์ ในปี 1212 ซึ่งได้รับเลือกเป็นอาร์คบิชอปแห่งบารีในปี 1207 ^{[ 54 ]}ในปี 1214 ตามคำขอของเฟรเดอริกที่ 2 เบราร์ดแห่งคาสตาญญาถูกย้ายโดยสมเด็จพระสันตะปาปาอินโนเซนต์ที่ 3ไป ยังปา แลร์โม [ ^{55 ] และอันเดรียที่ 3 เทสตา ได้รับเลือกเป็นอาร์ ค}บิชอปแห่งบารี ซึ่งต่อมาในปี 1223 ได้เข้าครอบครองที่ดินศักดินา

ต่อมาเฟรเดอริคที่ 2 ได้พระราชทานดินแดนบารีให้แก่โรเบิร์ต ชูร์เลีย^{[ 56 ]}ในช่วงการต่อสู้แย่งชิงราชบัลลังก์แห่งซิซิลีระหว่างราชวงศ์โฮเฮนสเตาเฟนและราชวงศ์อังฌู ซึ่งสมเด็จพระสันตะปาปาเออร์บันที่ 4 ทรงเรียกประชุม ตามพงศาวดารทางประวัติศาสตร์ของนิโคลา เทรนทาดู จูเนียร์^{[ 42 ]}โมดูญโญเป็นหนึ่งในเมืองอาปูเลียที่อยู่ฝ่ายเดียวกับคอนราดินแห่งสวาเบียแต่ความเป็นไปได้นี้ดูเหมือนจะถูกตัดออกไป เพราะในเวลานั้นโมดูญโญเป็นดินแดนศักดินาของตระกูลชูร์เลีย ซึ่งอยู่ฝ่ายเดียวกับราชวงศ์อังฌู

ในช่วงกลางศตวรรษที่ 14 แคว้นอาปูเลียกลายเป็นสมรภูมิรบในการแย่งชิงราชอาณาจักรเนเปิลส์ (หลังจากการกบฏของ “ ซิซิลีเวสเปอร์ ” ชาวฝรั่งเศสถูกขับไล่ออกจากเกาะ ซึ่งถูกผนวกเข้ากับราชอาณาจักรอารากอน ของสเปน ) ^{[ 59 ]}ระหว่างหลุยส์ที่ 1 แห่งฮังการีและโจอันนาที่ 1 แห่งเนเปิลส์

ในเวลานั้น อาร์คบิชอปแห่งบารี บาร์โตโลเมโอ คาราฟาเป็นเจ้าของเมืองโมดูญโญ ซึ่งเกรงการโจมตีของชาวฮังการี จึงได้สร้างป้อมปราการในเมืองโมดูญโญ^{[ 60 ]}หลังจากที่ชาวฮังการีทำลายเมืองออริการ์โร พยายามปิดล้อมปาโล เดล คอลเล แต่ไม่สำเร็จ และปล้นสะดมกรุโม โทริตโต และบิเนตโต พวกเขาก็มุ่งหน้าไปยังโมดูญโญ แต่ชาวเมืองเลือกที่จะลี้ภัยไปยังบารี แม้จะมีกำแพงเมืองใหม่ที่สร้างโดยอาร์คบิชอปบาร์โตโลเมโอ คาราฟา ก็ตาม เป็นไปได้ว่าชาวฮังการีได้ทำการปล้นสะดมและตั้งค่ายในเมือง ชาวเมืองบัลซิญองที่อยู่ใกล้เคียงได้เตือนชาวฮังการีถึงการมาถึงของกองทัพของโจอันนา ชาวฮังการีโจมตีพวกเขาอย่างไม่ทันตั้งตัวและขับไล่การรุกคืบของศัตรู ซึ่งได้ไปหลบภัยในปราสาทโลเซโต ชาวฮังการีกลับไปยังโมดูญโญ จากนั้นในช่วงปลายเดือนสิงหาคม พวกเขาได้เริ่มล้อมเมืองบารีโดยมีพลเมืองจากเชกลีเดลแคมโป เข้าร่วมด้วย พวกเขาไม่ประสบความสำเร็จและมุ่งหน้าไปยังเมืองอื่น ชาวบารีฉวยโอกาสในช่วงที่ชาวฮังการีไม่อยู่ โต้กลับ พวกเขาทำลายเชกลีและโจมตีบัลซิญาโนโดยจับกุมผู้นำและแต่งตั้งผู้ว่าการคนใหม่ที่นั่น^{[ 61 ]}สถานการณ์วุ่นวายนี้สิ้นสุดลงในปี 1352 ด้วยการคืนดีกันระหว่างหลุยส์ที่ 1 แห่งฮังการีและโจอันนาที่ 1 แห่งเนเปิลส์ ซึ่งได้ยืนยันบัลลังก์อีกครั้ง

หลังจากรัชสมัยของโจอันนา โมดูญโญก็ไม่ได้เป็นศักดินาของอาร์คบิชอปแห่งบารีอีกต่อไป ไม่เป็นที่ทราบแน่ชัดว่ากษัตริย์องค์ใดทรงรับศักดินานี้ไปจากพวกเขา และใครคืออาร์คบิชอปองค์สุดท้ายที่เป็นเจ้าของ แม้ว่าจะเชื่อกันว่าเป็นบาร์โตโลเมโอ คาราฟา ผู้ซึ่งในปี 1347 ได้บูรณะโบสถ์หลักของโมดูญโญที่อุทิศให้กับพระแม่มารีแห่งการเสด็จขึ้นสวรรค์^{[ 62 ]}อาจเป็นเพราะการได้รับอิสรภาพจากการเป็นศักดินาภายใต้การปกครองของบิชอปแห่งบารี โมดูญโญจึงถูกลงโทษด้วยการห้าม ประกอบพิธีกรรมทางศาสนา ในปี 1383 ตามคำตัดสินของสมเด็จพระสันตะปาปาเออร์บันที่ 6ซึ่งเคยเป็นอาร์คบิชอปแห่งบารีมาก่อน^{[ 63 ]}

ตั้งแต่ครึ่งหลังของศตวรรษที่ 14 โมดูญโญประสบกับการพัฒนาทางสังคม เศรษฐกิจ และประชากร ซึ่งอาจเป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์ การพัฒนานี้เป็นผลมาจากนโยบายของราชวงศ์อังฌูและความคิดริเริ่มของพ่อค้าบางคนจากทางเหนือของอิตาลีที่มาตั้งถิ่นฐานในจังหวัดแคว้นบารี โดยใช้เป็นฐานการค้าเพื่อผลิตสินค้าเกษตรและส่งออกไปยังสาธารณรัฐเวนิสผ่านทางท่าเรือบารีนอกจากนี้ ในช่วงเวลาเดียวกัน หมู่บ้านบัลซิญาโนก็เสื่อมถอยลงอย่างมาก ทำให้ชาวบ้านจำนวนมากย้ายมาอยู่ที่โมดูญโญ ส่งผลให้ประชากรเพิ่มขึ้น^{[ 31 ]}

ในช่วงต้นศตวรรษที่ 15 โมดูญโญขึ้นอยู่กับผู้ว่าการเมืองบารี และเป็นเช่นนั้นจนถึงปี 1440 เมื่อตกเป็นของโจ วันนี อันโตนิโอ ออร์ซินี เดล บัลโซเจ้าชายแห่งทารันโตในช่วงครึ่งแรกของศตวรรษที่ 15 ชาวอารากอนได้เริ่มพิชิตราชอาณาจักรเนเปิลส์โดยเริ่มจากซิซิลี ในอาปูเลีย การต่อสู้เกิดขึ้นระหว่างเจ้าชายแห่งทารันโต โจวันนี อันโตนิโอ ออร์ซินี เดล บัลโซ กับฝ่ายอารากอน และแม่ทัพจาโคโม คัลโดราซึ่งได้รับการแต่งตั้งจากราชวงศ์อังฌูให้เป็นเจ้าศักดินาแห่งบารีและบิโตนโต^{[ 64 ]}จาโคโม คัลโดรา ได้ล้อมโมดูญโญในช่วงปลายเดือนสิงหาคม ปี 1436 พร้อมกับลูกเขยของเขา เคานต์แห่งอาเวลลิโน โทรยาโน คาราชิโอโล แต่ไม่ประสบความสำเร็จและพอใจกับการปล้นสะดมสวนมะกอกและอัลมอนด์ในสมรภูมิโดยรอบ^{[ 65 ] [ 66 ]}การปะทะและการแก้แค้นระหว่างเมืองต่างๆ ที่อยู่ฝ่ายกับทั้งสองฝ่ายสิ้นสุดลงก็ต่อเมื่ออัลฟอนโซแห่งอารากอนประสบความสำเร็จในการยึดบัลลังก์แห่งเนเปิลส์ในปี 1442 ด้วยความช่วยเหลือของฟิลิปโป มาเรีย วิสคอนติอัลฟอนโซแห่งอารากอนได้ยืนยันกับเจ้าชายผู้ภักดีแห่งทารันโตถึงทรัพย์สินทั้งหมดที่เขาได้รับจากการต่อสู้ที่เพิ่งสิ้นสุดลง: โมดูญโญเป็นดินแดนศักดินาของจาน อันโตนิโอ ออร์ซินี และยังคงเป็นเช่นนั้นเป็นเวลาสิบสามปี โดยถูกประชาชนเกลียดชังเนื่องจากการกระทำที่โหดร้ายของเขา

ออร์ซินีและดยุคแห่งมิลานฟรานเชสโก สฟอร์ซายังสนับสนุนกษัตริย์อารากอนในช่วงการสมคบคิดของเหล่าขุนนางที่ต้องการให้ราชวงศ์อังฌูกลับคืนมา^{[ 67 ]}พระเจ้าเฟอร์ดินานด์ที่ 1 ทรงตอบแทนออร์ซินีด้วยการยืนยันสิทธิ์ในทรัพย์สินทั้งหมดของเขาอีกครั้งในปี พ.ศ. 2405 รวมถึงที่ดินศักดินาโมดูญโญ และทรงเสริมสร้างพันธมิตรกับดยุคแห่งมิลาน โดยริเริ่มนโยบายการแต่งงาน^{[ 68 ]}

เมื่อเจ้าชายแห่งทารันโต จิอัน อันโตนิโอ ออร์ซินี สิ้นพระชนม์เมื่อวันที่ 13 พฤศจิกายน ค.ศ. 1463 ที่อัลตามูราทรัพย์สินของพระองค์ รวมทั้งโมดูญโญ ได้กลับคืนสู่ทรัพย์สินของรัฐ นั่นคือ ของกษัตริย์แห่งเนเปิลส์ อิสรภาพจากแอกศักดินานี้ แม้จะเป็นเพียงช่วงสั้นๆ แต่ก็จะมีบทบาทสำคัญในการเรียกร้องอิสรภาพที่ชาวโมดูญโญจะกระทำในศตวรรษต่อมา เฟอร์ดินานด์ที่ 1 ได้พบกับทูตของโมดูญโญที่อัลตามูราไม่กี่วันหลังจากที่ออร์ซินีสิ้นพระชนม์^{[ 69 ]}และทรงอนุญาตให้โมดูญโญได้รับการยกเว้นภาษีนำเข้าน้ำมันและตลาดวันอาทิตย์^{[ 70 ]}

เมื่อวันที่ 19 มิถุนายน ค.ศ. 1464 พระเจ้าเฟอร์ดินานด์ที่ 1 แห่งเนเปิลส์ทรงเสนอตำแหน่งดัชชีแห่งบารีและเมืองโมดูญโญและปาโลเดลคอลเล ให้แก่ฟรานเชสโก สฟอร์ซา เพื่อเป็นการตอบแทนการสนับสนุนในการปราบปรามการสมคบคิดของเหล่าขุนนาง^{[ 71 ]}เมื่อวันที่ 9 กันยายน ค.ศ. 1464 พระเจ้าเฟอร์ดินานด์ที่ 1 ได้ออกพระราชกฤษฎีกามอบทรัพย์สิน โดยทรงระบุว่าพระองค์ทรงถือว่า “สฟอร์ซา มาเรีย สฟอร์ซา เป็นหนึ่งในประชาชนที่รักยิ่งของพระองค์ และทรงรักและถือว่าเขาเป็นเหมือนบุตรชายคนหนึ่งเทียบเท่ากับเอเลโอโนรา ผู้ซึ่งทรงหมั้นหมายกับเขา ทั้งเพราะสายสัมพันธ์ทางเครือญาติและเพราะอุปนิสัยอันโดดเด่นของเขา รวมถึงผลประโยชน์มากมายที่ได้รับจากพระบิดาของเขา ฟรานเชสโก [... ] ดังนั้น พระองค์จึงทรงมอบเมืองบารีและดินแดนปาโลและโมดูญโญ พร้อมด้วยปราสาท หมู่บ้าน ผู้คน ข้าราชบริพาร รายได้ของข้าราชบริพาร ที่ดินศักดินา ขุนนางศักดินา ขุนนางศักดินาย่อย ภาษีศุลกากร สิทธิในภาษีศุลกากร และสิทธิอื่นใดที่เกิดขึ้นจากการปกครองที่เป็นประโยชน์ พร้อมด้วยบ้านเรือน ที่ดิน สวนมะกอก ไร่องุ่น สวน ฯลฯ พร้อมด้วยศาลยุติธรรมเพื่อการรับรองทางแพ่ง กรณีต่างๆ และสิทธิอื่นๆ เขตอำนาจศาล บัญชี ฯลฯ ที่เกี่ยวข้องตามประเพณีและกฎหมายหรืออื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับดินแดนดังกล่าว และด้วยตำแหน่งดยุค... ตกลงว่า สฟอร์ซา มาเรีย สฟอร์ซา และผู้สืบทอดของเขาจะใช้ตำแหน่งดยุคแห่งบารีในเอกสารและงานเขียนทั้งหมด และจะได้รับความโปรดปราน เสรีภาพ และเกียรติยศของบารอนและดยุค” ^{[ 72 ]}

ก่อนที่จะเข้าครอบครองดัชชี ตระกูลสฟอร์ซาได้ขอให้อันโตนิโอ ดา เตรซโซ ตัวแทนของพวกเขาในราชอาณาจักรเนเปิลส์^{[ 73 ]}จัดทำรายงานเกี่ยวกับสถานการณ์ทางเศรษฐกิจและรายได้ภาษีของดินแดนศักดินาใหม่ของบารี โมดูญโญ และปาโล เดล คอลเล ในจดหมายลงวันที่ 14 มกราคม ค.ศ. 1465 อันโตนิโอ ดา เตรซโซ บรรยายถึงโมดูญโญให้ตระกูลสฟอร์ซาฟังว่า "เป็นดินแดนขนาดใหญ่และสำคัญ แต่แทบไม่มีรายได้" ^{[ 74 ]}นั่นคือมีรายได้ภาษีน้อยมากสำหรับดยุค แม้ว่าจะมีการตั้งสมมติฐานหลายประการ แต่ก็ไม่มีเหตุผลที่บันทึกไว้ว่าทำไมเมืองอย่างโมดูญโญจึงจ่ายภาษีให้ดยุคน้อย ในความเป็นจริง บารีมีรายได้ภาษีจากการผลิตน้ำมันประมาณ 6,000–7,000 ดูแคตในขณะที่ปาโลเดลคอลเลมีประมาณ 1,200 ดูแคต แต่ในเวลานั้นโมดูญโญมีประชากรมากกว่าปาโลเดลคอลเลมาก และประมาณครึ่งหนึ่งของบารี (โมดูญโญมีประชากร 248 ครอบครัว ในขณะที่บารีมี 582 ครอบครัว) รวมทั้งมีสวนมะกอกขนาดใหญ่^{[ 75 ]}

หลังจากที่ตระกูลสฟอร์ซาตกลงที่จะรับดัชชีแห่งบารี พิธีมอบดัชชีแห่งบารีและดินแดนโมดูญโญและปาโลให้กับสฟอร์ซา มาเรีย สฟอร์ซา ซึ่งมีอัซโซ วิสคอนติเป็นตัวแทน ได้จัดขึ้นในวันที่ 12 ตุลาคม พ.ศ. 2408 ณ มหาวิหารเซนต์นิโคลัสเมือง บารี ^{[ 76 ]}

อัซโซ วิสคอนติ เป็นที่รักของประชาชน และการปกครองของเขามีความยุติธรรมและสมดุล: เมื่อเขามอบหมายให้โดเมนิโก เด อัฟฟลาฟตี จากบารี ดำรงตำแหน่งกัปตันแห่งโมดูญโญ (กัปตันเป็นตัวแทนของหน่วยงานท้องถิ่นและมักจะเป็นชาวต่างชาติ) ประชาชนได้ร้องเรียนต่ออัซโซเกี่ยวกับข้อพิพาทเรื่องการเก็บภาษี^{[ 77 ]}ซึ่งเกิดขึ้นระหว่างบารีและโมดูญโญ วิสคอนติได้อนุมัติคำขอของชาวโมดูญโญและปลดโดเมนิโก เด อัฟฟลาฟตี ออกจากตำแหน่ง ดยุกสฟอร์ซา มาเรีย สฟอร์ซา ยกย่องความซื่อสัตย์และความจงรักภักดีของเขาต่อราชวงศ์สฟอร์ซาและแต่งตั้งเขากลับมาดำรงตำแหน่งอีกครั้งในปี 1467 เมื่ออัซโซออกจากตำแหน่งในอีกสองปีต่อมา สฟอร์ซาได้แต่งตั้งกัสปาเร วิสคอนติ บุตรชายของเขา เป็นผู้ว่าการ^{[ 78 ]}

ระหว่างศตวรรษที่ 15 และ 16 โมดูญโญประสบกับช่วงเวลาของการเติบโตทางประชากรและเศรษฐกิจที่โดดเด่น โดยเปลี่ยนจากหมู่บ้านเล็กๆ ที่มีป้อมปราการไปเป็นหมู่บ้านที่มีประชากรมากกว่าทรานีหรือโปลิญญาโน อา มาเร [ ^{79 ] การ}เติบโตนี้ ซึ่งไม่เพียงแต่เกิดขึ้นกับโมดูญโญเท่านั้น แต่ยังเกิดขึ้นกับหมู่บ้านอื่นๆ ในแผ่นดินด้วย เกิดจากหลายปัจจัย การโจมตีบ่อยครั้งของโจรสลัดดัลมาเชียและตุรกีบนชายฝั่งอาปูเลียทำให้ประชากรต้องหาที่หลบภัยในพื้นที่ตอนในและในเมืองที่มีการป้องกันที่ดีกว่า นอกจากนี้ ช่วงเวลาแห่งสันติภาพที่เกิดขึ้นในอาปูเลียหลังจากการสิ้นสุดของการต่อสู้เพื่อสืบทอดบัลลังก์แห่งเนเปิลส์และการขึ้นมามีอำนาจของชาวอารากอนเอื้ออำนวยต่อการกลับมาดำเนินกิจกรรมทางการค้าในเมืองบารีและบิโตนโตที่อยู่ใกล้เคียง ซึ่งงานแสดงสินค้าของเมืองเหล่านี้มีพ่อค้าชาวฟลอเรนซ์ เวนิส ลอมบาร์เดีย และเจนัวมาเยี่ยมเยียนเป็นประจำ โดยส่วนใหญ่จะนำเข้าผ้าและเครื่องประดับ และส่งออกน้ำมัน อัลมอนด์ และข้าวสาลี^{[ 80 ]} หลักฐานทางอ้อมของความสัมพันธ์ทางการค้าของโมดูญโญกับพ่อค้าชาวเวนิสคือ แท่นบูชาที่วาดโดยบาร์ โตโลเมโอ วิวารินี จิตรกรชาวเวนิส ซึ่งตั้งอยู่ในโบสถ์มาเรีย ซานติสซิมา อันนุนซิอาตา[ ^{81 ] ความ}ต้องการธัญพืชและน้ำมันเพื่อการส่งออกที่เพิ่มขึ้นส่งผลให้ราคาสูงขึ้น ซึ่งเป็นประโยชน์ต่อเจ้าของที่ดินที่ลงทุนในการปลูกต้นมะกอกใหม่^{[ 82 ]}และความต้องการแรงงานในฟาร์มที่เพิ่มขึ้น ส่งผลให้หลายครอบครัวย้ายมาอยู่ที่โมดูญโญเพื่อประกอบอาชีพปลูกมะกอก ในช่วงเวลาเดียวกัน ครอบครัวขุนนางต่างชาติก็ย้ายมาอยู่ที่โมดูญโญ และร่ำรวยขึ้นอย่างรวดเร็วจากการค้า การเป็นเจ้าของที่ดิน หรือการให้บริการแก่สฟอร์ซาและอารากอน และเริ่มมีบทบาทสำคัญในการบริหารเมือง^{[ 83 ]}

การเติบโตทางประชากรและเศรษฐกิจนี้มาพร้อมกับการเติบโตของเมือง: ก่อนศตวรรษที่ 16 มีการสร้างย่านใหม่ขึ้นรอบโบสถ์เซนต์จอห์นแบปติสต์ บนเส้นทางจากบารีไปยังบิโตนโต ในช่วงต้นศตวรรษที่ 16 ภายใต้การปกครองของดัชชีอิซาเบลลาแห่งอารากอน สฟอร์ซา และโบนา ลูกสาวของเธอ ได้มีการสร้าง “ชานเมืองใหม่” ขึ้น^{[ 84 ]}ครอบครัวผู้มั่งคั่งที่เพิ่งย้ายมาอยู่ที่โมดูญโญนิยมสร้างวังของครอบครัวในสถานที่แยกต่างหาก ในบริเวณที่อยู่ตรงข้ามประตูหลักของเมือง “ปอร์ตา ดิ บารี” ในช่วงเวลานี้ ในบริเวณที่อยู่ตรงข้ามปอร์ตา ดิ บารี ได้มีการสร้างหอประชุมของขุนนาง วังอันคาราโน และโบสถ์ซานตามาเรียเดลซัฟฟราจิโอ ซึ่งเป็นที่ตั้งของสมาคมขุนนางตั้งแต่ปี 1651 ในถนนเซนต์ออกัสตินที่อยู่ใกล้เคียง (ปัจจุบันคือถนนเคานต์ร็อคโคสเตลลา) ได้มีการสร้างวังของกาปิตาเนโอ มาฟเฟอี สเตลลา และสการ์ลา ขึ้น ในขณะเดียวกัน จัตุรัสเมืองเก่า (ปัจจุบันคือ Piazza del Popolo) ก็ถูกครอบครองโดยอาคารใหม่^{[ 85 ]}

ในปี ค.ศ. 1465 สฟอร์ซา มาเรียบุตร ชายคนที่สามของ ฟรานเชสโก สฟอ ร์ ซา ได้รับมอบตำแหน่งดยุคเนื่องจากการแต่งงานกับเอเลโอโนราแห่งอารากอนพระธิดาของกษัตริย์ และด้วยความยินยอมของฟรานเชสโกผู้เป็นบิดา ซึ่งได้สละสิทธิ์ในที่ดินศักดินาที่มอบให้แก่บุตรชาย รวมถึงโมดูญโญ สฟอร์ซา มาเรีย เป็นสมาชิกตระกูลสฟอร์ซาเพียงคนเดียวที่เดินทางไปยังดินแดนในนามของตนเองในระหว่างการเนรเทศที่บารีในปี ค.ศ. 1477–1478 ^{[ 86 ]}

สฟอร์ซา มาเรีย เสียชีวิตในปี 1479 โดยไม่มีทายาท ดังนั้นด้วยพระราชกฤษฎีกา ดัชชีจึงตกเป็นของลูโดวิโก อิล โมโร ผู้เป็นน้องชาย ซึ่งได้มอบหมายให้ผู้ว่าการหลายคนดูแล รวมถึง อิ ปโปลิตา มาเรีย สฟอร์ซา ผู้เป็นน้องสาวของเขา ด้วย และในปีถัดมา ดัชชีก็ได้รับการตั้งชื่อตามเบียทริซ ดาเอสเต คู่หมั้นของเขา ซึ่ง เป็นหลานสาวและบุตรบุญธรรมของพระเจ้าเฟอร์รันเตตามพินัยกรรมของบรรพบุรุษที่มอบให้แก่เขาในพิธีสมรส เมื่อเบียทริซเสียชีวิตในปี 1497 ลูโดวิโก (ซึ่งในขณะนั้นเป็นดยุคแห่งมิลาน) ได้ยกดัชชีบารีทั้งหมดให้แก่สฟอร์ซา ฟรานเชสโก บุตรชายคนที่สองของพวกเขา แต่ฟรานเชสโกไม่ได้รับผลประโยชน์จากดัชชีนี้จนกระทั่งปี 1499 เนื่องจากฝรั่งเศสกำลังจะบุกดัชชีมิลาน และการวางแผนทางการเมืองที่ไม่ประสบความสำเร็จของลูโดวิโกผู้เป็นบิดา ทำให้โมดูญโญพร้อมกับดัชชีบารีทั้งหมดตกอยู่ภายใต้การครอบครองของอิซาเบลลาแห่งอารากอนแม้ว่าฟรานเชสโกจะยังคงเป็นเจ้าของอยู่ก็ตาม^{[ 87 ]}

เธอสืบทอดตำแหน่งดัชชีแห่งบารีและบริหารจัดการชะตากรรมของดัชชีนั้นด้วยความเอาใจใส่และความชาญฉลาดอย่างกลมกลืน ทิ้งไว้ซึ่งความทรงจำอันล้ำค่าที่สุดอย่างหนึ่ง อันที่จริง เธอทำให้การค้า อุตสาหกรรม และศิลปะเจริญรุ่งเรืองที่นั่น กล่าวโดยสรุป ดัชชีของเธอเชื่อมโยงกับช่วงเวลาแห่งการฟื้นฟูอันสั้นที่บารีประสบในยุคสมัยใหม่

ในปี ค.ศ. 1500 อิซาเบลลาแห่งอารากอนได้รับดัชชีบารี โมดูญโญ และปาโลเดลคอลเลจากลูโดวิโก อิล โมโรและครอบครัวชาวลอมบาร์ดหลายครอบครัวที่ภักดีต่อดัชเชสได้ติดตามเธอไปยังอาปูเลีย ครอบครัวต่างชาติอื่นๆ ได้เข้ามาตั้งถิ่นฐานในสามเมืองของดัชชีในสมัยรัฐบาลสฟอร์ซาก่อนหน้านี้แล้ว ไม่ว่าจะเพื่อประกอบการค้าหรือเพื่อดำรงตำแหน่งอำนาจ ในบรรดาครอบครัวที่ตั้งถิ่นฐานในโมดูญโญในช่วงเวลานี้ ได้แก่ ครอบครัวคอร์นาเล เซเซนา กาปิตาเนโอ และสการ์ลี อิซาเบลลาสนับสนุนการบูรณาการของครอบครัวใหม่เหล่านี้กับประชากรท้องถิ่นโดยการดำเนินนโยบายส่งเสริมการแต่งงาน^{[ 88 ]}

อิซาเบลลาแห่งอารากอนได้นำจิตวิญญาณแห่งการฟื้นฟูและความสามารถในการลงทุนในโครงการสาธารณะ ซึ่งเป็นเอกลักษณ์ของดัชชีแห่งมิลาน มาสู่ดัชชีเล็กๆ ของพระองค์

เธอชอบที่จะอยู่ท่ามกลางศิลปินและนักเขียน เธอเรียกนักเขียนชาวโมดูเกเนชื่ออาเมเดโอ คอร์นาเลมาที่ราชสำนัก หนังสือเล่มแรกที่พิมพ์ในบารีมีอายุตั้งแต่ช่วงเวลานี้ (ผลงานของนิโคลา อันโตนิโอ คาร์มิญญาโน^{[ 89 ]}จากปี 1535 ซึ่งปัจจุบันเก็บรักษาไว้ในพิพิธภัณฑ์เทศบาลเมืองบารี) ^{[ 90 ]}

ในสมัยที่อิซาเบลลาเป็นดัชชี เมื่อวันที่ 24 เมษายน ค.ศ. 1502 นายพลกอนซาโล เด กอร์โดบา แห่งสเปน ได้ยืนยันการจัดงานมรณสักขีนักบุญปีเตอร์ในดินแดนโมดูญโญ^{[ 91 ]}

รัฐบาลที่ชาญฉลาดของอิซาเบลลามาพร้อมกับนโยบายการคลังที่เข้มงวด ซึ่งได้รับการส่งเสริมโดยรัฐมนตรีของเธอ จิโอซูเอ เดอ รุจเจโร^{[ 92 ]}ความเข้มงวดทางการคลังเพิ่มมากขึ้นเนื่องในโอกาสที่พระธิดาของเธอ โบนา สฟอร์ซา อภิเษกสมรสกับกษัตริย์ซิกิสมุนด์ที่ 1 ผู้เฒ่าซึ่งจัดขึ้นอย่างยิ่งใหญ่ในเนเปิลส์เมื่อวันที่ 6 ธันวาคม ค.ศ. 1517 และงานเฉลิมฉลองกินเวลาสิบวัน^{[ 93 ]}สำหรับสินสอดและค่าใช้จ่ายในการจัดงานแต่งงานอันหรูหรา คณะสงฆ์แห่งโมดูญโญได้บริจาคเงินจำนวน 300 ดูแคต^{[ 94 ] [ 95 ]}

พลเมืองของโมดูญโญยังบ่นเกี่ยวกับการละเมิดอำนาจของอาร์คบิชอป จิอัน อันโตนิโอ เด รุจเจโร (ได้รับเลือกเป็นอาร์คบิชอปผ่านการขอร้องของพี่ชายผู้ทรงอำนาจของเขา จิโอซูเอ) ผู้ซึ่งใช้ตำแหน่งของตนเพื่อหาประโยชน์ส่วนตัว การกดขี่ข่มเหงยังคงดำเนินต่อไปแม้กระทั่งเมื่อจิอัน อันโตนิโอ เด รุจเจโร ได้เป็นบิชอปแห่งออสตูนีในปี 1517 (ในปี 1507 อิซาเบลลาแห่งอารากอนได้เข้าครอบครองดินแดนศักดินาของเมืองนั้นแทนเมืองสองแห่งในคาลาเบรียคือบูเรลโลและโรซาร์โน ) และยังคงได้รับผลประโยชน์จากโบสถ์โมดูญโญ^{[ 96 ]}ประชาชนที่ทนไม่ไหวจึงเขียนจดหมายในปี 1527 ถึงดัชเชสโบนา ผู้สืบทอดตำแหน่งต่อจากอิซาเบลลาผู้เป็นมารดา ประณามสถานการณ์ด้วยถ้อยคำที่รุนแรงมาก^{[ 97 ]}และต่อมาพวกเขาก็เรียกร้องไม่ให้มีการเลือกตั้งอาร์คพรีสต์คนอื่นที่ไม่ใช่มาจากโมดูญโญ ไม่มีการบันทึกพระอัครสังฆราชชาวต่างชาติคนอื่นๆ จนกระทั่งปี 1826 เมื่อนิโคลา อัฟฟาตานีแห่งจอยา เดล กอลเลได้รับเลือก

โบนา สฟอร์ซาสืบทอดตำแหน่งผู้นำดัชชีแห่งบารีต่อจากอิซาเบลลาผู้เป็นมารดา เมื่อวันที่ 24 พฤษภาคม ค.ศ. 1524 เธอได้แต่งตั้งลูโดวิโก อลิฟิโอ จากบารีเป็นผู้ว่าการ ซึ่งต้องรับมือกับการก่อจลาจลของประชาชนที่ขับไล่รัฐมนตรีเดอ รุจเจโร ออกจากเมือง^{[ 98 ]}

ในบริบทของสงครามระหว่างเฟรเดอริกที่ 1 แห่งเนเปิลส์ของ ฝรั่งเศส และชาร์ลส์ที่ 5 ของสเปน การต่อสู้ระหว่างสองฝ่ายและการทำลายล้างอย่างกว้างขวางเกิดขึ้นในดินแดนอาปูเลีย: ในช่วงเวลานี้เมืองบัลซิญาโนถูกทำลาย^{[ 99 ]}โบนา สฟอร์ซา แม้จะมีการรุกคืบของฝรั่งเศสก็ประกาศความภักดีต่อสเปน กองทหารของลอเทร็กโจมตีหอคอยซานต์อันเดรีย ซึ่งตั้งอยู่ตามถนนระหว่างโมดูญโญและบารี แต่ถูกทหารรักษาการณ์ของหอคอยขับไล่

โบนาปกครองดัชชีของเธอจากโปแลนด์จนถึงปี 1556 การปกครองของเธอนั้นเข้มงวดและเผด็จการ แต่ก็ใจกว้างและเมตตาต่อประชาชนของเธอ จากโปแลนด์ เธอได้สั่งการแทรกแซงหลายอย่างในดัชชีของเธอโดยการบริจาคเพื่อประโยชน์ของโมดูญโญ ในปี 1518 (เมื่อเธอยังเป็นดัชเชสอิซาเบลลา) เธอได้มอบเงิน 425 ลีราให้แก่คณะสงฆ์แห่งโมดูญโญเพื่อบูรณะโบสถ์มาเรีย ซานติสซิมา อันนุนซิอาตา อนุญาตให้สร้างตลาดแปดวันเพื่อประโยชน์ของโบสถ์ซานต์เอลิจิโอ (ปัจจุบันคือโบสถ์ซานจูเซปเป เดลเล โมนาเชลเล) และสร้างโรงพยาบาลสำหรับคนยากจนใกล้กับโบสถ์เดียวกัน^{[ 100 ]}

โบนาพยายามบรรเทาความทุกข์ยากของประชากรในดัชชี ซึ่งมักประสบภัยแล้ง โดยการสร้างบ่อน้ำหลายแห่ง ในโมดูญโญ เธอได้สร้างบ่อน้ำลึก 60 เมตรตามแนวถนนที่มุ่งหน้าไปยังคาร์โบนารา [ ^{101 ] ซึ่งยังคงมองเห็นได้จนถึงปี 1960 นอกจากนี้ เธอยังได้สร้างคลองตามแนวกำแพงของโมดูญโญเพื่อป้องกันไม่ ให้}น้ำเสียขังอยู่ตามถนนและก่อให้เกิดโรค^{[ 102 ]}

พระราชินีโบนาทรงนำ บุรุษผู้มีความรู้และวัฒนธรรมหลายคนมายังราชสำนักของซิกิสมุนด์ที่ 1 และ ทรงแต่งตั้งพวกเขาเป็นเสนาบดี ซึ่งรวมถึงโมดูเกเนเซ สคิปิโอเน สโคลาโร จิโรลาโม คอร์นาเล (น้องชายของอาเมเดโอ) และวิโต ปาสคาเล ซึ่งได้รับการยกย่องอย่างสูงในราชสำนัก จนกระทั่งเมื่อวิโตขอเดินทางกลับบ้าน ซิกิสมุนด์ที่ 2 ออกัสตัส หนุ่ม จึงทรงขอให้เขาอยู่ต่อโดยแต่งตั้งเขาเป็นเสนาบดี^{[ 102 ]}

เป็นไปได้ แต่ไม่มีข้อมูลที่แน่ชัดว่าพระราชินีทรงเป็นเจ้าของพระราชวังของพระองค์เองในโมดูญโญ ซึ่งพระองค์เสด็จไปเมื่อเสด็จเยือนเมืองนั้น พระราชวังดังกล่าวตั้งอยู่ในอาคารที่ยังคงตั้งอยู่ใกล้โบสถ์คาร์มีนในปัจจุบัน และเป็นที่แน่นอนว่าโบนาเป็นเจ้าของคอกม้าในโมดูญโญใกล้กับโบสถ์หลัก^{[ 102 ]}

โบนาพยายามขยายอาณาเขตของเธอเช่นกัน: ในปี 1536 เธอซื้อเมืองคาปูร์โซและในปี 1542 เธอยังซื้อเขตปกครองโนเอียและทริกจิอาโน อีกด้วย เพื่อให้ได้เงินจำนวนที่ต้องการซื้อเขตปกครอง (68,000 ดูแคต) เธอจึงเรียกเก็บภาษีใหม่จากดินแดนศักดินาของเธอ และในโอกาสนี้ มหาวิทยาลัยบารี (ฝ่ายบริหารเทศบาล) ได้ร้องเรียนต่อพระราชินีว่าโมดูญโญ “ได้รับการยกย่องและเป็นที่รักมากกว่าเมืองนี้ (บารี) โดยพระองค์” ^{[ 103 ]}

หลังจากสามีของเธอเสียชีวิต โบนา สฟอร์ซาตัดสินใจย้ายจากโปแลนด์ไปยังอาปูเลีย โดยมีที่ปรึกษาของเธอจากโมดูญโญ ได้แก่ สคิปิโอเน สโคลาโร และวิโต ปาสคาเล ตามมาด้วย โดยวิโต ปาสคาเล ขณะที่ยังอยู่ในโปแลนด์ ได้รับของขวัญจากมหาวิทยาลัยโมดูญโญเมื่อวันที่ 5 ธันวาคม ค.ศ. 1550 เป็นที่ดินที่มองเห็นจัตุรัสหลักซึ่งเป็นที่ตั้งของพระราชวังปาสคาเล-สการ์ลี^{[ 104 ]}

ในเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. 1557 พระราชินีโบนา สฟอร์ซา สิ้นพระชนม์ ทำให้ดัชชีตกเป็นของราชบัลลังก์แห่งราชอาณาจักรเนเปิลส์^{[ 104 ]}

ลักษณะเด่นประการหนึ่งของการปกครองของสเปนคือภาระภาษีที่เพิ่มขึ้นซึ่งมุ่งเน้นไปที่คนยากจนมากขึ้น เนื่องจากขุนนางศักดินาและนักบวชรายใหญ่ได้รับการยกเว้น จากทะเบียนที่มีชื่อว่า “หนังสือบททั้งหมดของภาษีและค่าธรรมเนียมของมหาวิทยาลัย อัน ยิ่งใหญ่แห่งโมดูญโญ” ปรากฏว่ามีการเก็บภาษีจากกิจกรรมทางการค้าและสินค้าทุกประเภท: มีภาษีสำหรับแป้ง (ห้ามบดข้าวสาลีนอกเขตเทศบาล) สำหรับขนมปัง สำหรับการบดมะกอก สำหรับน้ำองุ่น สำหรับไวน์ (ภาษีคิดเป็นหนึ่งในสี่ของราคาขายไวน์) สำหรับองุ่น สำหรับอัลมอนด์ สำหรับผลิตภัณฑ์นม สำหรับปลาสดและปลาเค็ม สำหรับการครอบครองสัตว์และการฆ่าสัตว์ สำหรับการนำสินค้าเข้าเมือง สำหรับการครอบครองที่ดินสาธารณะ เป็นต้น^{[ 107 ]}

แคว้นอาปูเลียยังคงอยู่ภายใต้ภัยคุกคามจากการโจมตีของโจรสลัดตุรกี ในปี ค.ศ. 1647 ผู้ว่าการจอร์โจ สเกร์รา เด โรซาส ถูกส่งไปยังบารีเพื่อรับมือกับการยกพลขึ้นบกของชาวตุรกีที่อาจเกิดขึ้น และกองทหารสเปนบางส่วนก็พักอยู่ในโมดูญโญ เมืองต่างๆ ที่มีกองทหารประจำการจะต้องจัดหาเสบียงอาหารให้แก่กองทหารด้วยค่าใช้จ่ายจำนวนมากจากคลังของเทศบาล การที่ไม่มีกองทหารสเปนประจำการถือเป็นสิทธิพิเศษ ซึ่งเป็นสิทธิพิเศษที่ต้องจ่ายเงินเพื่อแลกกับสิ่งนั้น ในปี ค.ศ. 1619 เมืองนี้ได้กู้ยืมเงิน 2,500 ดูแคตเพื่อจัดหาค่าใช้จ่ายในการดูแลกองทหารบางส่วน^{[ 108 ]}

ดังที่กล่าวไว้ เมื่อ โบนา สฟอร์ซาเสียชีวิตดินแดนบารี โมดูโญ และปาโล เดล คอลเล ก็กลับคืนสู่ราชบัลลังก์สเปน ในปีต่อมา โมดูโญและปาโลถูกมอบเป็นที่ดินศักดินาให้แก่ดอน การ์เซีย โตเลโด โดยมีข้อห้ามไม่ให้ขายที่ดินศักดินานั้นต่อ ด้วยวิธีนี้ เมื่ออุปราชแห่งซิซิลีเสียชีวิต ดินแดนเหล่านั้นก็กลับคืนสู่ทรัพย์สินของรัฐ ตามจดหมายลงวันที่ 3 กรกฎาคมและ 26 สิงหาคม ค.ศ. 1581 พระเจ้าฟิลิปที่ 2ทรงขายโมดูโญอีกครั้งในราคา 40,000 ดูแคตให้แก่อันซัลโด กริมัลดี ชาวเจนัว^{[ 109 ]}ที่ปรึกษาของพระองค์ ส่วนปาโลนั้นขายในราคา 50,000 ดูแคตให้แก่บริจิดา เด มารี แม่ยายของกริมัลดี การขายเหล่านี้ไม่มีเงื่อนไขใดๆ

ในช่วงเวลานี้ มีชาวเจนัวจำนวนมากที่มีผลประโยชน์ในอาปูเลีย ซึ่งรวมถึงสมาชิกบางคนของตระกูลเดอ มารี โดยที่ จี. บาติสตา เดอ มารี ในปี ค.ศ. 1589 ได้ซื้อภาษี น้ำมัน และภาษีแป้งของโมดูญโญ^{[ 110 ]}

Ansaldo Grimaldi เข้าครอบครองที่ดินศักดินาของเขาเมื่อวันที่ 12 พฤศจิกายน ค.ศ. 1581 โดยได้รับตำแหน่ง "มาร์ควิสแห่งโมดูญโญ" ^{[ 111 ] [ 112 ]}แต่ในปีต่อมา เมืองโมดูญโญสามารถระดมทุนได้ 40,000 ดูแคต (6,000 ดูแคตมาจากคณะสงฆ์แห่งโมดูญโญ และส่วนที่เหลือมาจากมหาวิทยาลัย ) ที่จำเป็นในการชำระหนี้ให้กับ Grimaldi และได้รับอิสรภาพจากแอกศักดินาโดยการขายรายได้ให้กับ Battista Giustiniani, Minetta Doria และ Enrico Salvago ชาวเจนัว^{[ 113 ]}กษัตริย์ทรงยินยอมให้มีการทำธุรกรรมโดยพระราชกฤษฎีกาเมื่อวันที่ 22 มีนาคม พ.ศ. 2528 ปาโลประสบความสำเร็จในการไถ่ถอนตัวเอง แต่ถูกขายคืนให้กับดอน ปิเอโตร แห่งโตเลโด บุตรชายของดอน การ์เซีย ซึ่งได้ชดใช้ เงิน 50,000 ดูแคตให้กับ มหาวิทยาลัยปาโลเพื่อใช้ในการไถ่ถอน และในปี พ.ศ. 2525 ได้ขายที่ดินศักดินาคืนให้กับดอน ลุยจิ แห่งโตเลโด ผู้เป็นลุงของเขาในราคา 54,000 ดูแคต ปาโลไม่เคยได้รับอิสรภาพอีกเลย และนับจากนั้นเป็นต้นมา “ช่วงเวลาอันน่าเศร้าและเจ็บปวดครั้งแรกในประวัติศาสตร์ของปาโล ซึ่งการละเมิดทุกอย่างเป็นสิ่งที่ถูกต้อง การกดขี่ทุกอย่างได้รับอนุญาต และการแย่งชิงทุกอย่างก็ได้รับอนุญาต” ^{[ 114 ]}

การได้รับและรักษาอิสรภาพของรัฐถือเป็นสิทธิพิเศษที่น่าทึ่ง: จากเมืองและดินแดนมากกว่า 1,400 แห่งในราชอาณาจักรเนเปิลส์ มีเพียง 58 แห่งเท่านั้นที่เป็นอิสระจากพันธะศักดินา โดย 18 แห่งอยู่ในแคว้นอาปูเลียได้แก่บารีเลชเชบาร์เลตตา ทรานีฟอกเจีย ตารันโตเวียสเต กัลลิโปลี บิสเชกลีโมดูญโญ โอตรันโตซิสเตร์นิโนอาริอาโนบิโตนโตและโมโนโปลี โมดูญโญยังได้รับ “พระคุณแห่งความเป็นรัฐตลอดกาล” ^{[ 115 ]}นั่นคือการรักษาอิสรภาพที่ได้รับมาตลอดกาล ตราประจำเมืองที่เป็นรูปดอกธิสเซิลป่าจึงไม่น่าแปลกใจที่ถูกเลือกให้เป็นสัญลักษณ์แห่งความภาคภูมิใจและความเป็นอิสระ^{[ 116 ]}

เพื่อไม่ให้รัฐบาลสเปนสูญเสียบรรณาการที่เจ้าผู้ครองศักดินาต้องจ่ายให้แก่กษัตริย์ ( adoaซึ่งเป็นภาษีที่ทดแทนภาระผูกพันในการให้ความช่วยเหลือทางทหารแก่พระมหากษัตริย์ และrilevioซึ่งเป็นภาษีสืบทอดตำแหน่งที่จ่ายเพื่อให้ทายาทสามารถครอบครองศักดินาได้) จึงกำหนดให้โมดูญโญแต่งตั้งบารอนปลอมเพื่อให้ได้รับการยอมรับว่าเป็นเจ้าของค่าเช่าของเมือง บารอนปลอมผู้นี้จะส่งค่าเช่าไปยังมหาวิทยาลัยธรรมเนียมนี้ยังคงมีผลบังคับใช้จนถึงต้นศตวรรษที่ 19 แม้ว่าในปี 1781 มหาวิทยาลัยโมดูญโญจะพยายามขอให้ราชสำนักยกเลิกระบบนี้ ซึ่งเกี่ยวข้องกับวงจรรายได้ของเมืองที่เลวร้าย (จากประชาชนไปยังบารอนปลอม จากบารอนปลอมไปยังมหาวิทยาลัยและสุดท้ายไปยังอุปราช) ^{[ 117 ]}

บารอนปลอมคนแรกคือ Andrea Novo มหาวิทยาลัย Modugno ให้ความสำคัญกับศักดิ์ศรีของบารอนปลอมและมอบเงินบำนาญตลอดชีพให้แก่ครอบครัวของเขา บารอนปลอมคนสุดท้ายคือ Pietro Martire Ruccia เมื่อเขาเสียชีวิต เขาจะได้รับการสืบทอดตำแหน่งโดยบุตรชายคนโตของเขาซึ่งยังเป็นผู้เยาว์^{[ 118 ]}ในปี 1803 ในขณะที่รอให้บารอนปลอมคนใหม่บรรลุนิติภาวะ ราชสำนักได้ล็อบบี้โดยขู่ว่าจะเพิ่มภาษีเป็นสองเท่าหากต้องรอจนกว่าบารอนปลอมคนใหม่จะบรรลุนิติภาวะ ดังนั้นจึงมีการเร่งรีบในการเก็บภาษีที่ค้างชำระผ่านภาษีพิเศษ ซึ่งรายได้จะถูกเก็บไว้ในตู้นิรภัยในอาราม Poor Clare แห่ง Santa Maria della Purità (Monacelle) อย่างไรก็ตาม ในวันที่ 2 สิงหาคม 1806 โจเซฟ โบนาปาร์ตประกาศยกเลิกระบบศักดินา และบุตรชายของ Pietro Ruccia ก็ไม่ทันเวลาที่จะได้รับการเลือกตั้งเป็นบารอนคนใหม่^{[ 118 ]}

แม้จะมีนโยบายที่ไม่เอื้ออำนวยจากการปกครองของสเปน แต่ในศตวรรษที่ 16 และ 17 โมดูญโญก็สามารถมีบทบาทสำคัญในเศรษฐกิจของจังหวัดได้ โดยใช้ประโยชน์จากที่ตั้งทางภูมิศาสตร์ที่อยู่ชานเมืองบารี โมดูญโญกลายเป็นจุดรวบรวมผลิตภัณฑ์ทางการเกษตรจากพื้นที่ภายในที่ไหลไปยังตลาดบารีผ่านโมดูญโญ ในช่วงเวลาเดียวกันนั้น ประชากรก็เพิ่มขึ้นอย่างมาก ซึ่งแสดงให้เห็นได้จากการพัฒนาพื้นที่นอกกำแพงเมืองเดิมของย่านชนชั้นแรงงานที่รู้จักกันในชื่อ ซูบูร์บิโอ โบสถ์และอารามใหม่ๆ และวังของตระกูลที่สำคัญที่สุด^{[ 63 ]}

การเพิ่มขึ้นของประชากรนี้มาพร้อมกับความหลากหลายทางสังคมที่ไม่เคยมีมาก่อนในเมืองอื่นๆ ของรัฐบารี^{[ 70 ]}

เมื่อมหาวิทยาลัยไม่สามารถปฏิบัติตามข้อเรียกร้องของรัฐบาลได้ มหาวิทยาลัยจึงต้องกู้ยืมเงินจากพ่อค้าหรือเจ้าของที่ดินผู้มั่งคั่ง ซึ่งเรียกร้องอัตราดอกเบี้ยประมาณ 8 เปอร์เซ็นต์ เพื่อชำระหนี้ มหาวิทยาลัยจะต้องทำสัญญากับเจ้าหนี้เพื่อเก็บภาษี ด้วยวิธีนี้ เจ้าหนี้จึงได้สิทธิ์ในการเก็บภาษีในราคาถูกและได้รับผลกำไรจากการเก็บภาษี ในขณะเดียวกันมหาวิทยาลัยก็สูญเสียรายได้โดยเข้าสู่วัฏจักรที่นำไปสู่การหมดไปอย่างรวดเร็วของทรัพยากรทั้งหมด ณ จุดนั้นมหาวิทยาลัยถูกบังคับให้ประกาศล้มละลายและถูก "หักเป็นทรัพย์สิน" (ราชสำนักแห่ง Sommaria มอบหมายการบริหารการเงินของเทศบาลให้แก่ข้าราชการและยึดรายได้ของเมือง) ^{[ 119 ]}

แม้ว่าพลเมืองจะมีการพัฒนาทางสังคมและเศรษฐกิจ แต่Universitas of Modugno ก็ประสบกับวิกฤตการณ์ทางการเงินหลายครั้ง ปัญหาเศรษฐกิจของคลังสาธารณะได้รับการบันทึกไว้ตั้งแต่ศตวรรษที่สิบหก เมื่อเอกสารฉบับหนึ่งประณามภาระหนี้สินจำนวนมากที่เมืองแบกรับไว้ว่า “... Universitas แห่งนี้ ตกอยู่ในความยากจนอย่างสุดขีดจนไม่มีเงินแม้แต่เพนนีเดียว...” ^{[ 119 ]}ในปี 1537 ทางมหาวิทยาลัยขอให้สภาเมืองจำนำเครื่องเงิน ในปี 1619 ทางมหาวิทยาลัยต้องกู้ยืมเงินเพื่อบำรุงรักษากองทหารสเปน ในปี 1642 มีการเก็บภาษีแป้งเพิ่มเติม โดยมอบสิทธิ์ในการจัดเก็บให้กับ Donato Olimpo อดีตนายกเทศมนตรี และ Marquis Flaminio Carafa การกดขี่ข่มเหงของเจ้าหน้าที่เก็บภาษีกลายเป็นสิ่งที่ทนไม่ได้จนพลเมืองจำนวนมากละทิ้งเมืองไป

ในปี ค.ศ. 1666 มหาวิทยาลัยโมดูญโญประกาศล้มละลาย ส่งผลให้ “ถูกหักออกจากทรัพย์สิน” ^{[ 120 ]}คำร้องที่ยื่นโดยเจ้าหนี้ที่ต้องการได้รับการชดเชยในช่วงเวลานี้มีอยู่มากมายในหอจดหมายเหตุของเมือง สถานะล้มละลายของมหาวิทยาลัยยังคงดำเนินต่อไปตลอดศตวรรษถัดมา แม้กระทั่งภายใต้การปกครองของชาวออสเตรียและราชวงศ์บูร์บง ดังนั้นในปี ค.ศ. 1776 นายกเทศมนตรีนิโคโล โล เบียนโก จึงไม่สามารถสั่งให้ซ่อมแซมกำแพงเมืองอย่างเร่งด่วนได้ เนื่องจากเมือง “ถูกหักออกจากทรัพย์สิน” และเหตุการณ์เดียวกันนี้ก็เกิดขึ้นอีกครั้งในปี ค.ศ. 1799 ในการโจมตีที่กำลังจะเกิดขึ้นของกลุ่มซานเฟดิสต์

ในปี ค.ศ. 1783 โมดูญโญได้ขอให้รัฐบาลปล่อยทรัพย์สินของเมืองจากการถูกหักลดในราชสำนักแห่งซอมมาเรีย เนื่องจากสถานะทางการเงินของเมืองดีขึ้น อย่างไรก็ตาม คำขอถูกปฏิเสธ และเมืองยังคงถูกหักลดทรัพย์สินต่อไปจนถึงต้นศตวรรษที่ 19 เมื่อโจเซฟ โบนาปาร์ตประกาศให้หนี้สินของมหาวิทยาลัยที่เกี่ยวข้องกับยุคศักดินาเป็นโมฆะ^{[ 119 ]}

พระเจ้าเฟอร์ดินานด์ทรงสานต่องานที่พระบิดาทรงริเริ่มไว้ในการฟื้นฟูราชอาณาจักรเนเปิลส์ โดยได้รับแรงบันดาลใจจากหลักการแห่งยุคเรืองปัญญา ด้วยความช่วยเหลือของรัฐมนตรีจอห์น แอคตันอย่างไรก็ตาม เมื่อการปฏิวัติฝรั่งเศสปะทุขึ้น พระองค์ทรงประทับใจอย่างมากกับความโกรธแค้นของมวลชน และทรงเริ่มประณามความคิดริเริ่มในการปฏิรูป^{[ 130 ]}

หลังเหตุการณ์สงครามในอิตาลีอันเนื่องมาจากการรณรงค์ครั้งแรกในอิตาลี (1796–1797)ของ กองทัพ สาธารณรัฐฝรั่งเศสพระเจ้าเฟอร์ดินานด์ทรงลี้ภัยจากเนเปิลส์ไปยังปาแลร์โม ทำให้ราชอาณาจักรตกอยู่ในภาวะอนาธิปไตย นายพลแชมเปียนเนต์ ของฝรั่งเศส เข้ายึดครองเนเปิลส์เมื่อวันที่ 23 มกราคม 1799 และด้วยความช่วยเหลือของนักปฏิวัติท้องถิ่น ได้ก่อตั้งสาธารณรัฐปาร์เธโนเปียน ขึ้น ในไม่ช้า ขบวนการ ซานเฟดิสต์ ฝ่ายอนุรักษ์นิยม ก็พัฒนาขึ้นในราชอาณาจักรเนเปิลส์ ซึ่งส่วนใหญ่ประกอบด้วยสามัญชนที่เริ่มการต่อสู้ด้วยอาวุธโดยมีเจตนาที่จะปกป้องพระมหากษัตริย์และระเบียบทางการเมืองและสังคมก่อนการมาถึงของฝรั่งเศส โดยได้ก่อตั้งกองทัพแห่งศรัทธาอันศักดิ์สิทธิ์ภายใต้การนำของพระคาร์ดินัลรูฟโฟ^{[ 130 ]}

เมืองโมดูญโญเข้าร่วมกับสาธารณรัฐภายใต้แรงกดดันจากคณะกรรมการบารี ด้วยเหตุนี้ จึงเป็นหนึ่งในเมืองแรกๆ ในแคว้นอาปูเลียที่ถูกโจมตีโดยกองกำลังประชาชนซานเฟดิสต์เมื่อวันที่ 10 พฤษภาคม ค.ศ. 1799 กองกำลังซานเฟดิสต์ประกอบด้วยผู้คน 14,000 คน รวมทั้งผู้หญิงและเด็กหนุ่ม มีผู้เข้าร่วมการต่อสู้จริงประมาณ 4,000 คน โดยมีเพียง 500 คนเท่านั้นที่ติดอาวุธปืนไรเฟิล การป้องกันของเมืองโมดูญโญ ซึ่งมีกำลังพลเพียง 120 คนที่ประจำการอยู่บนระเบียงบ้าน กินเวลาตั้งแต่หกโมงเช้าจนถึงสิบหกโมงเช้า เมื่อกองกำลังซานเฟดิสต์ยอมแพ้โดยไม่สามารถสร้างความเสียหายใดๆ ได้^{[ 131 ]}ในวันที่เกิดการต่อต้าน ซึ่งถือเป็นเหตุการณ์พิเศษอยู่แล้ว ยังมีเหตุการณ์พิเศษอีกอย่างหนึ่งที่ถูกจดจำไว้ คือ ชาวซานเฟดิสต์เห็นหญิงคนหนึ่งถือผ้าเช็ดหน้าอยู่บนหลังคาบ้าน ซึ่งได้รับการระบุว่าเป็นพระแม่แห่งความโศกเศร้าผู้ปรากฏตัวเพื่อสนับสนุนผู้ปกป้อง และด้วยเหตุนี้ พวกเขาจึงเคลื่อนทัพออกไป^{[ 132 ] [ 42 ]}

การปกครองของโจเซฟ โบนาปาร์ตในเนเปิลส์มีอายุเพียงสองปี หลังจากการพิชิตสเปนของฝรั่งเศส เขาได้รับการแต่งตั้งให้เป็นกษัตริย์ ตำแหน่งของเขาถูกแทนที่โดยโยอาคิม มูรัต น้องเขยของนโปเลียน มู รัตเดินทางมาถึงเนเปิลส์ในวันที่ 10 มิถุนายน ค.ศ. 1808 เขาสานต่อนโยบายการปฏิรูปที่เริ่มต้นโดยผู้ปกครองคนก่อน และในเวลาเพียงเจ็ดปีก็ประสบความสำเร็จในการเปลี่ยนราชอาณาจักรเนเปิลส์ให้เป็นรัฐสมัยใหม่^{[ 135 ] [ 136 ]}

เขาเปลี่ยนแปลงระบบกฎหมายโดยการนำประมวลกฎหมายนโปเลียน มาใช้ และส่งเสริมการสื่อสารและการค้าอย่างมากโดยการสร้างถนนใหม่และฟื้นฟูตลาดและงานแสดงสินค้าที่ถูกยกเลิกไปในช่วงการยึดครองครั้งก่อนๆ โมดูญโญขอให้ฟื้นฟูตลาดวันอาทิตย์ งานแสดงสินค้าไม้กางเขน และงานแสดงสินค้าที่อุทิศให้กับนักบุญปีเตอร์ผู้พลีชีพนอกจากนี้เขายังเสนอให้สร้างงานแสดงสินค้าใหม่สามงานที่จะจัดขึ้นในวันที่ 10 มีนาคม และงานฉลองของนักบุญนิโคลัสแห่งโตเลนติโนและนักบุญรอช มูรัตอนุมัติคำขอทั้งหมด^{[ 137 ]}

นโยบายภายในประเทศของเขาขัดแย้งกับความต้องการของนโปเลียน ความไม่พอใจเริ่มแพร่กระจายเนื่องจากภาระภาษีที่หนักหน่วงซึ่งจำเป็นสำหรับค่าใช้จ่ายในการทำสงครามและการเกณฑ์ทหาร หลังจากความพ่ายแพ้ในการรบที่รัสเซียกองโจรและโจรที่สนับสนุนราชวงศ์บูร์บงก็แข็งแกร่งขึ้นและเริ่มก่อการกบฏต่อต้านกษัตริย์ มูรัตจัดการกับสถานการณ์โดยการปราบปรามการกบฏและเอาใจประชาชนด้วยการเดินทางไปยังภูมิภาคต่างๆ ของอาณาจักร เขามาถึงบารีในวันที่ 24 เมษายน ค.ศ. 1813 และอยู่ที่นั่นในวันถัดไปเมื่อเขาเริ่มการก่อสร้างย่านใหม่นอกกำแพงเมืองเก่า ในวันที่ 25 เมษายน มูรัตลงนามในพระราชกฤษฎีกาย้ายโรงพยาบาลโมดูญโญจากโบสถ์ซานวีโตไปยังสถานที่ของอารามออกัสตินที่ถูกยุบ^{[ 138 ]}

เมื่อนโปเลียนล่มสลายในที่สุด หลังจากพยายามเจรจากับออสเตรีย หลังจาก “ คำประกาศริมินี ” ^{[ 139 ]}และหลังจากการรัฐประหารครั้งสุดท้ายในคาลาเบรีย มูราต์ถูกจับกุมและถูกตัดสินประหารชีวิต ในวันที่ 9 มิถุนายน พ.ศ. 2358 เฟอร์ดินานด์แห่งบูร์บงได้กลับคืนสู่บัลลังก์แห่งเนเปิลส์^{[ 140 ]}

ในช่วงต้นศตวรรษที่ 19 โมดูญโญเป็นศูนย์กลางสำคัญสำหรับการรวบรวม แปรรูป และการตลาดผลิตภัณฑ์ทางการเกษตร พื้นที่โมดูญโญมีลักษณะเด่นคือมีอาคารอุตสาหกรรมจำนวนมาก (โรงสีน้ำมัน โรงสี คลังเก็บน้ำมัน รวมถึงอัลมอนด์และผลิตภัณฑ์ทางการเกษตรอื่นๆ) หลักฐานนี้แสดงให้เห็นได้จากข้อเท็จจริงที่ว่าในปี ค.ศ. 1806 รายได้ที่ต้องเสียภาษีจากอาคารอุตสาหกรรมในโมดูญโญอยู่ที่ 1,097.28 ดูแคต ในขณะที่ในบารีอยู่ที่ 1,180 ดูแคต ดังนั้น ในแง่ของอุตสาหกรรมและการค้า โมดูญโญจึงมีความสำคัญใกล้เคียงกับบารีและสูงกว่าเมืองใกล้เคียง เช่นบิเตตโต (ซึ่งมีรายได้ที่ต้องเสียภาษีน้อยกว่าหนึ่งในสาม) บิตริ ตโต (70 ดูแคต) โทริตโต (202 ดูแคต) จิโอ วินาซโซ (54 ดูแคต) และกรุโม อัปปูลา (662 ดูแคต) ^{[ 141 ]}

การปรากฏตัวของอาคารอุตสาหกรรมและกิจกรรมอุตสาหกรรมที่เพิ่มมากขึ้นนี้มีมาตั้งแต่สมัยโบราณและได้รับการยืนยันใน Catasto Onciario เมื่อปี ค.ศ. 1752 โมดูญโญเป็นศูนย์กลางสำคัญของการแปรรูปและการตลาดผลิตภัณฑ์ทางการเกษตรและหัตถกรรมที่มาจากเมืองใกล้เคียง (โดยเฉพาะบิเตตโต บิทริตโต กรูโม และโตริตโต) และส่งต่อไปยังตลาดบารีและท่าเรือที่อยู่ใกล้เคียง โมดูญโญแข่งขันกับเมืองที่มีผลผลิตทางการเกษตรที่อุดมสมบูรณ์กว่ามาก เช่น บิโตนโตและปาโลเดลคอลเล^{[ 142 ]}

ในช่วงต้นศตวรรษที่ 19 ผู้ประกอบการชาวโปรวองซ์ ปิแอร์ ราวานาส ได้นำเทคนิคการเก็บเกี่ยวและแปรรูปมะกอกแบบใหม่มาใช้ในอาปูเลีย โดยใช้เครื่องจักรใหม่ คือ เครื่องบดหินคู่และเครื่องอัดไฮดรอลิก [ ^{143 ] [ 144 ] ใน}ปี 1840 เขาได้เปิดโรงสีมะกอกแห่งหนึ่งในเมืองโมดูญโญ บนพื้นที่ของอดีตอารามโดมินิกัน โรงสีแห่งนี้เป็นโรงสีที่ใหญ่ที่สุดในบรรดาโรงสีที่ปิแอร์ ราวานาส ดำเนินการ โดยมีปล่องควัน 10 ปล่อง เครื่องอัดไม้ 10 เครื่อง และเครื่องอัดไฮดรอลิก 3 เครื่อง โรงงานแห่งนี้มีผลผลิตน้ำมันประมาณ 1,200 ลิตรในปี 1842 ^{[ 145 ]}นอกจากนี้ยังมีโรงงานซ่อมบำรุงที่โรงงานแห่งนี้ ซึ่งทำให้สามารถสร้างถังและเครื่องอัดได้เองเป็นครั้งแรกโดยไม่ต้องนำเข้าจากฝรั่งเศส นวัตกรรมอีกอย่างหนึ่งที่ปิแอร์ ราวานาส นำมาใช้ได้รับการบันทึกไว้ที่นี่เป็นครั้งแรก คือ การใช้สำลีในการกรองน้ำมันที่ออกมาจากเครื่องอัด การนำนวัตกรรมนี้มาใช้เกิดขึ้นจากความจำเป็นในการตอบสนองต่อคำสั่งซื้อจำนวนมากที่ได้รับ ซึ่งไม่สามารถรอการกำจัดสิ่งเจือปนโดยการเทแยกได้^{[ 146 ]}

แนวคิดปฏิวัติที่นโปเลียนนำมาสู่อิตาลีได้ก่อให้เกิดการเรียกร้องเสรีภาพตามรัฐธรรมนูญและความเป็นเอกภาพของชาติ แนวคิดเหล่านี้ปรากฏเป็นรูปธรรมในสมาคมลับคาร์โบนาลีซึ่งแพร่กระจายไปยังราชอาณาจักรเนเปิลส์ โดยมีสมาชิกจากชนชั้นกลาง นักบวช และขุนนางเข้าร่วม คาร์โบนาลีในรูปแบบแรกเริ่มมีอยู่แล้วในสมัยของโยอาคิม มูรัตซึ่งในตอนแรกทรงผ่อนปรน แต่ต่อมาทรงสั่งห้าม เฟอร์ดินานด์แห่งบูร์บง ผู้ซึ่งลี้ภัยและได้ใช้สิทธิยับยั้งเพื่อแสวงหาความเห็นใจจากผู้รักชาติ ได้ขยายการปราบปรามเมื่อเสด็จกลับครองราชย์ โดยผ่านทางตำรวจ ซึ่งมีหน้าที่รวบรวมรายชื่อของสมาชิกคาร์โบนาลี จากรายชื่อเหล่านี้ ทำให้ทราบชื่อชาวโมดูเนเซ 92 คนที่เป็นสมาชิกของคาร์โบนาลี และผู้นำของกลุ่มโมดูเนเซ (รู้จักกันในชื่อกลุ่มซานโต สปิริโต) คือ ปีเอโตร กาปิตาเนโอ^{[ 153 ]}คาร์โบนาลีควบคุมการบริหารเทศบาลของโมดูเนเซ โดยมีนายกเทศมนตรีและเดคูเรียนหลายคนเป็นสมาชิกของคาร์โบนาลี

ระหว่างการลุกฮือในปี ค.ศ. 1820ที่ริเริ่มโดยมิเคเล โมเรลลีและจูเซปเป ซิลวาติ ได้มีการจัดการประชุมลับขึ้นที่โมดูญโญในบ้านของลอเรนโซ มินิเอลลี เมื่อมีการประกาศใช้รัฐธรรมนูญอันเป็นผลมาจากการลุกฮือเหล่านั้น ในงานเฉลิมฉลองที่นิโคลา รุสโซและกาเอตาโน เซเซนาแสดงตนโดดเด่นด้วยการโบกธงสามสีของคาร์โบเนเรีย บาทหลวงนิโคลา พริโอเรสวมผ้าคาดเอวสามสีที่หน้าอก และบาทหลวงลุยจิ โลยาโคโนตะโกนว่า “รัฐธรรมนูญจงเจริญ” พร้อมกับโบกไม้กางเขน เจ้าของที่ดินปีเอโตร มารันตาและบาทหลวงคาปูชินลุยจิ ดา ปาโลได้กล่าวสุนทรพจน์^{[ 154 ]}นอกจากนี้ยังมีการจัดงานเฉลิมฉลอง “ด้วยความโอ่อ่าที่สุดสำหรับเหตุการณ์อันน่ายินดีเช่นนี้” ด้วย “ดนตรี เครื่องประดับ และสิ่งอื่นๆ” ซึ่งมีค่าใช้จ่าย “เจ็ดสิบเจ็ดดุคัตครึ่ง” ^{[ 155 ]}

เมื่อมีการตัดสินใจในการประชุมใหญ่ที่ไลบัคให้เข้าแทรกแซงทางตอนใต้ของอิตาลีเพื่อปราบปรามการก่อจลาจล ชาวคาร์โบนารีจำนวนมากได้สมัครเป็นอาสาสมัครเพื่อขับไล่กองทัพออสเตรียภายใต้การบัญชาการของนายพลกูเกลโม ​​เปเป้กองทหารสองกองพันได้ออกจากบารี โดยมีชาวคาร์โบนารีอาสาสมัคร 22 คนจากโมดูญโญเข้าร่วม (ซึ่ง 17 คนออกจากกองพัน) โดยมี 1 คนมียศเป็นร้อยเอก 1 คนมียศเป็นจ่าสิบเอก 6 คนมียศเป็นจ่า และที่เหลือเป็นพลทหารธรรมดา^{[ 156 ]}อย่างไรก็ตาม หลังจากข่าวความพ่ายแพ้ครั้งแรกของนายพลเปเป้ ความกระตือรือร้นเริ่มต้นของกองทหารบารีซึ่งบัญชาการโดยพันเอกคาร์โล นิโคไล ก็ลดลงอย่างรวดเร็วและมีการหนีทัพเกิดขึ้น ทำให้กองทหารไม่ได้เข้าร่วมการต่อสู้ทั่วไปในอาบรุซโซ ในวันที่ 24 มีนาคม พ.ศ. 2364 ชาวออสเตรียได้เข้าสู่เนเปิลส์ ทำให้สถานการณ์กลับไปสู่จุดเริ่มต้นและเริ่มการปราบปรามอย่างรุนแรง

หนึ่งในมาตรการแรกๆ ของเฟอร์ดินานด์ที่ 1 คือการจัดทำรายชื่อในแต่ละเทศบาลของกลุ่มคาร์โบนาลีและผู้ที่มีส่วนร่วมในการก่อจลาจลในเนเปิลส์ เขาได้กำหนดมาตรการลงโทษหลายประการต่อผู้ที่ปรากฏในรายชื่อเหล่านี้ ได้แก่ การเฝ้าระวังของตำรวจ การห้ามดำรงตำแหน่งราชการและการจ้างงานในภาครัฐ และการจำคุก การบังคับใช้มาตรการลงโทษเหล่านี้ โดยเฉพาะในจังหวัดต่างๆ ส่งผลกระทบเฉพาะผู้ที่อ่อนแอทางสังคมและเศรษฐกิจเท่านั้น ตัวอย่างเช่น ในโมดูญโญ สมาชิกกลุ่มคาร์โบนาลีหลายคน เช่น จูเซปเป กาปิตาเนโอ และปิเอโตร มารันตา ยังคงดำรงตำแหน่งราชการที่สำคัญ^{[ 157 ]}และแพทย์นิโคลา ลองโก ได้รับการคืนสถานะในแวดวงขุนนางถึงขนาดที่เฟอร์ดินานด์ที่ 2 แห่งบูร์บง ได้พระราชทานบรรดาศักดิ์อัศวินแห่งเครื่องราชอิสริยาภรณ์เซนต์จอร์จแห่งเรอูนียงให้แก่เขา^[ 158 ] ^{เนื่องจากให้}การดูแลทางการแพทย์แก่พระมหากษัตริย์^{[ 159 ]}

ในปี ค.ศ. 1848 เกิดการลุกฮือปฏิวัติขึ้นทั่วยุโรปเพื่อตอบสนองต่อการลุกฮือที่เกิดขึ้นในซิซิลีและราชอาณาจักรเนเปิลส์ในเดือนมกราคมและกุมภาพันธ์ ค.ศ. 1848 พระเจ้าเฟอร์ดินานด์ที่ 2 จึงทรงพระราชทานรัฐธรรมนูญเมื่อวันที่ 11 กุมภาพันธ์^{[ 160 ]}การเลือกตั้งเพื่อเลือกผู้แทนของรัฐสภาที่จัดตั้งขึ้นใหม่จัดขึ้นที่โมดูญโญในโบสถ์ปูร์กาโทรี^{[ 161 ]}

ในปีเดียวกันนั้นสงครามประกาศอิสรภาพครั้งแรกได้ปะทุขึ้น โดยเฟอร์ดินานด์ที่ 2 ได้ส่งกองทัพจำนวน 16,000 นาย นำโดยนายพลกูเกลโม ​​เปเป้ เข้ามาช่วย เดคูริโอเนตแห่งโมดูญโญได้จัดสรรเงิน 40 ดูแคตให้กับครอบครัวของทหารที่ขาดแคลน^{[ 162 ]}

ความยากจนอย่างมากของประชากรและการเปลี่ยนแปลงใหม่ ๆ ที่เอื้อประโยชน์เฉพาะชนชั้นนายทุนทำให้เกิดความไม่พอใจซึ่งแสดงออกมาในรูปแบบของการประท้วงและการจลาจลที่เกิดขึ้นในเมืองโมดูญโญเมื่อวันที่ 30 เมษายน พ.ศ. 2391 และยุติลงได้ก็ต่อเมื่อมีการเข้าแทรกแซงของเจ้าหน้าที่รัฐ^{[ 163 ]}

ในขณะเดียวกัน เฟอร์ดินานด์ที่ 2 ผู้ซึ่งยอมให้รัฐธรรมนูญอย่างไม่เต็มใจและมีส่วนร่วมในสงครามประกาศอิสรภาพ เริ่มจำกัดเสรีภาพที่ได้รับมอบให้ ต่อการประท้วงของผู้รักชาติชาวเนเปิลส์ พระองค์ตอบโต้ด้วยกำลังโดยการยุบสภาและจัดการเลือกตั้งใหม่ ในวันที่ 15 มิถุนายน ชาวเมืองโมดูญโญได้ประท้วงโดยการใส่บัตรลงคะแนนในกล่องลงคะแนนซึ่งมีข้อความว่า: "ข้าพเจ้าปฏิเสธการเลือกตั้งประธานเลขาธิการและผู้แทนราษฎร โดยพิจารณาว่าการเป็นตัวแทนของเรามีอยู่ตามกฎหมายและมีอำนาจเต็มที่ ไม่สามารถกล่าวได้ว่าถูกยุบตามกฎหมาย" ^{[ 164 ]}

ในวันที่ 2 กรกฎาคม การประชุมสภาบารีจัดขึ้นในเมืองหลวงเพื่อตัดสินใจว่าควรทำอย่างไร และจูเซปเป กาปิตาเนโอเป็นตัวแทนจากโมดูญโญ อย่างไรก็ตาม การประชุมสภาไม่ประสบความสำเร็จตามวัตถุประสงค์ เนื่องจากความพ่ายแพ้ในสงครามประกาศอิสรภาพครั้งแรกมาพร้อมกับการปราบปรามอย่างรุนแรง ผู้ที่เข้าร่วมการประชุมสภาบารีทั้งหมดถูกนำตัวขึ้นศาล แต่คำให้การของอาร์คพรีสต์ นายกเทศมนตรี และพลเมืองคนอื่นๆ ช่วยชีวิตจูเซปเป กาปิตาเนโอไว้ได้^{[ 165 ]}

เฟอร์ดินานด์ที่ 2 ต้องการผสมผสานการปราบปรามกับการเดินทางไปยังดินแดนในราชอาณาจักรของพระองค์เพื่อสร้างความโปรดปรานแก่ประชาชน ในเดือนมกราคม ค.ศ. 1859 ที่อาปูเลีย พระองค์ได้รับการต้อนรับด้วยเสียงปรบมืออย่างกึกก้องจากประชาชน ในการเดินทางครั้งนี้ เฟอร์ดินานด์ที่ 2 รู้สึกถึงอาการแรกของโรคที่นำไปสู่การสิ้นพระชนม์ เมื่อพระองค์ประทับอยู่ที่บารี แพทย์ที่ดีที่สุดในจังหวัดถูกเรียกตัวมา รวมถึงนิโคลา ลองโก แห่งโมดูญโญ^{[ 152 ]}ในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1859 เฟอร์ดินานด์ที่ 2 สิ้นพระชนม์ที่เนเปิลส์ และพระโอรสของพระองค์ฟรานซิสที่ 2ขึ้นครองราชย์ต่อ กวีชาวโมดูญโญ มาร์เชลโล มาฟเฟอี ได้รับเชิญไปยังเมืองหลวงเพื่อรำลึกถึงผู้ปกครองผู้ล่วงลับ ในรัชสมัยของเฟอร์ดินานด์ที่ 2 จูเซปเป มาริโอ อาร์ปิโน ชาวโมดูญโญ ได้สร้างชื่อเสียงโดดเด่นด้วยการดำรงตำแหน่งทูตประจำลอนดอน หัวหน้ากระทรวงการคลัง และหัวหน้าแผนกในปาแลร์โม^{[ 166 ]}

เมื่อสงครามประกาศอิสรภาพครั้งที่สอง เริ่มต้นขึ้น ความรู้สึกรักชาติก็ปะทุขึ้นอีกครั้งในอิตาลีตอนใต้ และมีการจัดตั้ง “คณะกรรมการก่อการจลาจลระดับจังหวัด” ขึ้น โดยโมดุญโญเป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มที่สามร่วมกับบารี วาเลนซาโน ทริกเกียโนและซานนิกันโดร ดิ บารีเมื่อกองทหารพันคนขึ้น ฝั่ง ที่มาร์ซาลาคณะกรรมการของอาปูเลียและลูคาเนียต้องการก่อการจลาจล แต่คณะกรรมการกลางในเนเปิลส์ได้ขอร้องไม่ให้มีการนองเลือดโดยไม่จำเป็น ในโมดุญโญ เช่นเดียวกับเมืองอื่นๆ ได้มีการจัดตั้งสภาการก่อการจลาจลขึ้น ซึ่งนิโคลา ลองโก เป็นหนึ่งในสมาชิก และได้ให้บ้านของเขาเป็นที่ตั้งกองบัญชาการของผู้สมรู้ร่วมคิด^{[ 152 ]}

ในเดือนกันยายน พันเอกลิโบรีโอ โรมาโนซึ่งถูกส่งมาโดยการ์ริบัลดีด้วยความตั้งใจที่จะก่อการจลาจลในอาปูเลีย ได้เดินทางมาถึงเมืองบารี เขาออกจากอัลตามูราในวันที่ 3 กันยายน โดยนำทหารอาสาสมัครอาปูเลีย 2 กองพัน จำนวน 1,200 นาย ซึ่งจัดตั้งเป็น "กองพลเปอูเซเตียน" และได้รับการต้อนรับด้วยความยินดีของประชาชนในทุกเมืองที่เขาผ่านไป ยกเว้นเพียงเมืองบิเตตโต ซึ่งมีการประท้วงต่อต้านรัฐบาลที่ถูกพันเอกการ์ริบัลดีปราบปราม^{[ 167 ]}ต่อมา เขาเดินทางมาถึงโมดูญโญในวันที่ 5 กันยายน พ.ศ. 2403 และที่นั่นเขาได้รับการคารวะจากนายกเทศมนตรีเมืองบารี^{[ 168 ]}ในวันถัดมา พันเอกลิโบรีโอ โรมาโน พร้อมด้วยนายกเทศมนตรีและเจ้าหน้าที่ ได้เข้าเมืองบารีผ่านทางปอร์ตา นาโปลี ประตูเมืองที่ตั้งอยู่ใกล้กับปราสาทนอร์มัน-สวาเบียน การเสด็จเข้าเมืองของพระองค์ นำทัพสองกองพัน ขี่ม้าและสวมเสื้อสีแดง ได้รับการต้อนรับอย่างครึกครื้นจากประชาชน^{[ 169 ] [ 170 ]}

ผลจากวีรกรรมของกาลิบัลดีทำให้เมื่อวันที่ 13 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1861 พระเจ้าฟรานซิสที่ 2 สละราชบัลลังก์แห่งราชอาณาจักรเนเปิลส์ ซึ่งกลายเป็นส่วนหนึ่งของราชอาณาจักรอิตาลี

ในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 1บารีประสบกับการทิ้งระเบิดหลายครั้ง หนึ่งในเหตุการณ์ที่ร้ายแรงที่สุดเกิดขึ้นเมื่อวันที่ 11 สิงหาคม พ.ศ. 2461 เพื่อเป็นการตอบโต้หลังจาก การบินโฆษณาชวนเชื่อของ กาเบรียล ดันนันซิโอเหนือกรุงเวียนนา โมดูญโญไม่ได้ประสบกับการทิ้งระเบิดโดยตรง แต่เสบียงถูกจำกัด และอดีตอารามโดมินิกันถูกใช้เป็นที่พักพิงของหน่วยทหารบางหน่วย หลังจากความพ่ายแพ้ในยุทธการที่คาโปเร็ตโตพลเมืองของโมดูญโญได้ให้ที่พักพิงแก่ครอบครัวผู้ลี้ภัยหลายครอบครัว^{[ 181 ]}

ชาว โมดูเนเซจำนวนมากถูกเกณฑ์เข้าประจำการในกรมทหารราบที่ 9 "บารี" (ได้รับเหรียญทองแห่งความกล้าหาญจากนายพลลุยจิ คาดอร์นา ) และ "กองพลบารี" ทหารโมดูเนเซ 130 นายเสียชีวิตในความขัดแย้ง ซิกิสมอนโด ปันตาเลโอ เสียชีวิตจากการก่อวินาศกรรมเรือเบเนเดตโต บรินแผ่นจารึกบนด้านหน้าของซาลา เดล เซดิเลระลึกถึงการเสียสละของเขา จูเซปเป โลยาโคโน ได้รับการเลื่อนยศจากจ่าเป็นร้อยโท และได้รับเหรียญเงินสองเหรียญ เหรียญทองแดงหนึ่งเหรียญ และเครื่องราชอิสริยาภรณ์อัศวินแห่งมงกุฎอิตาลี ชาวโมดูเนเซอีกหลายคนแสดงความกล้าหาญและคุณความดีที่โดดเด่น^{[ 181 ]}

ในปี ค.ศ. 1918 โรค ไข้หวัดสเปนได้แพร่ระบาดมาถึงเมืองโมดูญโญ ทำให้มีผู้เสียชีวิตถึงหนึ่งร้อยคน

เมื่อวันที่ 28 ตุลาคม พ.ศ. 2465 บาทหลวง Pietro Stea แห่ง Modugno ก็ได้เข้าร่วมการเดินขบวนสู่กรุงโรม ด้วยเช่นกัน ซึ่งต่อมาเขาไม่ได้เข้าร่วมในกิจกรรมใดๆ ของลัทธิฟาสซิสต์อีกเลย ระหว่างปี พ.ศ. 2467 ถึง พ.ศ. 2469 ก็มีเหตุการณ์ความรุนแรงร้ายแรงเกิดขึ้นในเมือง Modugno ด้วยเช่นกัน^{[ 182 ]}

มีการแต่งตั้งเลขานุการทางการเมืองในเทศบาลต่างๆ และ Pietro Capitaneo เป็นคนแรกที่ดำรงตำแหน่งนี้ใน Modugno ในSala del Sedileได้มีการจัดตั้ง Comando del Fascio ขึ้น ในปี 1927 ได้มีการสร้างตำแหน่งPodestàขึ้นมาเพื่อทำหน้าที่แทนนายกเทศมนตรี Podestà คนแรกของ Modugno คือ Alfredo Umberto Crispo บุตรชายของนายพล Alberto Crispo Cappai ^{[ 183 ]}ในปี 1931 ได้เริ่มก่อสร้างโรงงานอุตสาหกรรมแห่งแรกๆ ในเขต Modugno นั่นคือโรงงานปูนซีเมนต์ของบริษัท Cementerie delle Puglie ซึ่งต่อมาคือItalcementiซึ่งยังคงดำเนินงานอย่างเต็มรูปแบบจนถึงปี 1975 ^{[ 182 ]}

หลังจากอิตาลีเข้าร่วมสงครามโลกครั้งที่สองและการรุกรานกรีซ แคว้นอาปูเลียก็ตกอยู่ภายใต้การโจมตีทางอากาศของฝ่ายสัมพันธมิตร หลายครอบครัวย้ายจากบารีไปยังโมดูญโญ ในปี 1941 เมื่อเริ่มแนวรบด้านตะวันออกชาวเมืองโมดูญโญ 10 คนเสียชีวิต อาคารเรียนใหม่ (ปัจจุบันอุทิศให้กับเดอ อามิชิส) ​​ถูกใช้เป็นโรงพยาบาลกาชาด^{[ 184 ]}ประชาชนต้องบริจาคทองสัมฤทธิ์ของอาคารสาธารณะ (รวมถึงระฆังโบสถ์และระฆังหอนาฬิกา) หลังจากที่ต้องใช้ทองคำเพื่อชำระค่าปรับหลัง สงครามเอธิโอเปีย^{[ 185 ]}เมื่อสหรัฐอเมริกาเข้าร่วมสงคราม การทิ้งระเบิดก็ทวีความรุนแรงขึ้น และเมืองนี้ถูกเครื่องบินทิ้งระเบิดของศัตรูบินผ่านบ่อยครั้ง โดยทิ้งระเบิดในวันที่ 16 กรกฎาคมและ 23 สิงหาคม 1943 ทำให้มีผู้เสียชีวิต 2 ราย

เมื่อวันที่ 24 กรกฎาคม พ.ศ. 2486 สภาใหญ่แห่งลัทธิฟาสซิสต์ได้ปลดเบนิโต มุสโซลินี ออก จากตำแหน่ง และมอบอำนาจให้แก่พลเอกปิเอโตร บาโดกลิโอสัญลักษณ์ฟาสซิสต์ทั้งหมดถูกถอดออกจากอาคารสาธารณะ และชื่อถนนเก่าที่เคยเปลี่ยนไปในสมัยฟาสซิสต์ก็ได้รับการคืนกลับมา เช่น จัตุรัสเซดิเล (Piazza Sedile) ถูกเปลี่ยนชื่อเป็นจัตุรัสอิมเปโร (Piazza Impero) ^{[ 186 ]}ในช่วงเวลาที่ฝ่ายสัมพันธมิตรยกพลขึ้นบกในซิซิลีหน่วยทหารเยอรมันที่กำลังถอยทัพบางหน่วยได้หยุดพักที่โมดูญโญ (Modugno) และจอดรถถังไว้ในวิลลา โคมูนาเล (Villa Comunale) สร้างความวิตกกังวลอย่างมากให้แก่ประชาชนที่เกรงว่าพวกเขาต้องการตั้งรกรากในโมดูญโญเพื่อป้องกันเมืองบารี (Bari) แต่ทหารเยอรมันได้จากไปในวันที่ 6 กันยายน และเมืองนี้ก็รอดพ้นจากการแก้แค้นอันเป็นผลมาจากสนธิสัญญาหยุดยิงแห่งคาสซิบิเล (Cassilbile)ในอีกสองวันต่อมา ยิ่งไปกว่านั้น เนื่องมาจากสนธิสัญญาหยุดยิงดังกล่าว ประชาชนหลายคนเสียชีวิตจากการยิงของเยอรมันในกรีซ^{[ 187 ]}

เหตุการณ์ทางประวัติศาสตร์ที่สำคัญเหตุการณ์หนึ่งซึ่งเกิดขึ้นในปลายเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2486 เกิดขึ้นที่วิลลา Longo de Bellis ของ Nicola Longo ซึ่งสร้างขึ้นในศตวรรษที่ 19 ตั้งอยู่ริมน้ำระหว่าง Palese และ Santo Spirito ในวิลลาแห่งนี้ ซึ่งกองกำลังแองโกล-อเมริกันยึดมาจากศาสตราจารย์ Carlo Longo แห่ง Modugno พลเอกHarold Alexander ของอังกฤษ พลเอก Dwight D. Eisenhower ของ สหรัฐอเมริกาและ จอมพล Pietro Badoglio ของอิตาลี ได้พบปะกันเพื่อหารือเกี่ยวกับการหยุดยิง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการประชุม จอมพล Badoglio ได้ขอให้พลเอก Alexander จัดหาอาวุธให้เขาเพื่อช่วยขับไล่ชาวเยอรมันออกจากอิตาลี พลเอก Alexander ลังเล และพลเอก Eisenhower วางตัวเป็นกลาง การประชุมจึงไร้ผล^{[ 188 ]}

ไม่กี่วันหลังจากที่เยอรมันถอนตัวออกไป ฝ่ายสัมพันธมิตรก็มาถึง ทหารบางส่วนเข้ายึดครองBoschettoทำให้เกิดความเสียหายอย่างร้ายแรง ทหารคนอื่นๆ เข้ายึดครองชั้นล่างของศาลาว่าการ เจ้าหน้าที่อังกฤษเข้าตั้งรกรากใน Palazzo Crispo และ Palazzo Russo และอพยพประชาชนออกไป ในระหว่างการโจมตีทางอากาศของเยอรมันที่ท่าเรือบารีเมื่อวันที่ 2 ธันวาคม พ.ศ. 2486 เรือ 20 ลำถูกทำลายและมีผู้เสียชีวิตจำนวนมาก การระเบิดของเรือทำให้เกิดการเคลื่อนที่ของอากาศจนทำให้กระจกสีของโบสถ์แม่แห่งโมดูญโญแตก เหตุการณ์ที่มีความรุนแรงคล้ายกันนี้เกิดขึ้นซ้ำอีกครั้งในวันที่ 19 เมษายน พ.ศ. 2488 ในสงครามโลกครั้งที่สอง ทหารโมดูญโญ 92 นายเสียชีวิต^{[ 189 ]}

ในขณะที่สาธารณรัฐซาโลก่อตั้งขึ้นในภาคเหนือของอิตาลี พรรคการเมืองอิสระพรรคแรก ๆ ก่อตั้งขึ้นในภาคใต้ ได้แก่ พรรค ประชาธิปไตยคริสเตียนพรรคสังคมนิยมอิตาลีพรรคคอมมิวนิสต์อิตาลีพรรคเสรีนิยมอิตาลีและคณะกรรมการปลดปล่อยแห่งชาติ ในท้องถิ่น ก่อตั้งขึ้นในเมืองโมดูญโญ ซึ่งหลีกเลี่ยงการตอบโต้ต่ออดีตผู้นำฟาสซิสต์^{[ 189 ]}

ประวัติศาสตร์ของโมดูญโญ ตั้งแต่ครึ่งหลังของศตวรรษที่ 20 มีความเชื่อมโยงอย่างแยกไม่ออกกับเขตอุตสาหกรรมบารี ซึ่งครอบคลุมพื้นที่ส่วนใหญ่ของเขตเทศบาลโมดูญโญ เขตอุตสาหกรรมเริ่มพัฒนาในปี 1960 ด้วยการก่อตั้งกลุ่มพันธมิตรเขตพัฒนาอุตสาหกรรม กลุ่มแรกเกิดขึ้นได้ด้วยการสนับสนุนจากCassa del Mezzogiornoและแรงจูงใจที่นายกรัฐมนตรีอัลโด โมโร มอบให้ สำหรับการย้ายสถานประกอบการหัตถกรรมเก่าแก่ที่ตั้งอยู่ในเมืองบารีไปยังศูนย์กลางแห่งใหม่^{[ 193 ]}

ระหว่างปี 1961 ถึง 1964 มีการเติบโตอย่างแข็งแกร่งอันเป็นผลมาจากการก่อตั้งบริษัทขนาดใหญ่ทั้งภาครัฐและเอกชน เช่น Breda Fucine Meridionali, Manifattura Tabacchi , Sobib Coca-Cola และ Pignone Sud (ปัจจุบันคือ Nuovo Pignone) ในช่วงปีต่อมา ตั้งแต่ปี 1965 ถึง 1975 บริษัทขนาดใหญ่เพิ่มเติม รวมถึงบริษัทข้ามชาติ ได้เข้ามาตั้งรกรากที่นี่ ได้แก่Philips , Fiat , OSRAM , Alco-Palmera, Bosch , RIV-SKFและ Firestone-Brema (ปัจจุบันคือBridgestone Firestone ) ในช่วงระหว่างปี 1975 ถึง 1995 เขตอุตสาหกรรมเติบโตขึ้นด้วยการเข้ามาของบริษัทขนาดเล็กและขนาดกลางใหม่ๆ ตั้งแต่ปี 1996 เป็นต้นมา ด้วย โรงงาน Getrag แห่งใหม่ ทำให้เขตอุตสาหกรรมบารีเติบโตขึ้นอีก^{[ 194 ]}วิกฤตการณ์ทางการเงินในปี 2008ส่งผลกระทบต่อเขตอุตสาหกรรมนี้เช่นกัน แต่บริษัทส่วนใหญ่ยังคงดำเนินกิจกรรมต่อไป^{[ 195 ]}

การพัฒนาเขตอุตสาหกรรมควบคู่ไปกับการพัฒนาด้านประชากรศาสตร์ที่คล้ายคลึงกัน กล่าวคือ ประชากรของโมดูญโญเพิ่มขึ้นอย่างมีนัยสำคัญ โดยเพิ่มขึ้นเป็นสามเท่าตั้งแต่ช่วงทศวรรษ 1960 ถึงทศวรรษ 1990 การเติบโตของประชากรอย่างรวดเร็วนี้ทำให้โมดูญโญเป็นเทศบาลที่มีประชากรมากเป็นอันดับที่ 21 จากเทศบาลมากกว่า 250 แห่งในแคว้นอาปูเลีย^{[ 196 ]}และเป็นเทศบาลที่มีประชากรมากเป็นอันดับที่ 3 ในแคว้นอาปูเลียในแง่ของความหนาแน่นของประชากร^{[ 197 ]}โดยพิจารณาว่าพื้นที่ผิวของเทศบาลยังคงเท่าเดิม ผลที่ตามมาที่แปลกประหลาดของการพัฒนาเมืองที่เกี่ยวข้องกับการขยายตัวของเขตอุตสาหกรรมซึ่งเป็นลักษณะเฉพาะของโมดูญโญคือการสร้างกลุ่มเมืองที่รู้จักกันในชื่อเขตเซซิเลียในปี 1969 ซึ่งพัฒนาขึ้นใกล้กับเขตอุตสาหกรรมและติดกับเขตซานเปาโลของเมืองบารี และปัจจุบันเป็นที่อยู่อาศัยของประชากรประมาณ 5,000 คน^{[ 198 ]}

การเติบโตทางเศรษฐกิจและการก่อสร้างดึงดูดความสนใจของมาเฟียซึ่งเคลื่อนไหวอยู่ในเขตเทศบาลในช่วงทศวรรษ 1990 และเป็นสาเหตุให้สภาเทศบาลเมืองถูกยุบเนื่องจากการแทรกซึมของมาเฟียในปี 1993 ^{[ 199 ]}และ 1994 ^{[ 200 ]}