กลุ่มอัล-เคดามีเครือข่ายพันธมิตรโดยตรงดังต่อไปนี้:

ปัจจุบันเชื่อกันว่ากลุ่มต่อไปนี้เป็นพันธมิตรกับอัล-เคดา:

กลุ่มที่เคยเป็นพันธมิตรหรือกลุ่มร่วมมือของอัล-เคดา ได้แก่ กลุ่มต่อไปนี้:

ผู้นำระดับสูงและผู้อำนวยการฝ่ายปฏิบัติการส่วนใหญ่ของอัล-เคดาเป็นทหารผ่านศึกที่ต่อสู้กับการรุกรานอัฟกานิสถานของโซเวียตในช่วงทศวรรษ 1980 บิน ลาเดนและอัล-ซาวาฮิรีเป็นผู้นำที่ถือว่าเป็นผู้บัญชาการปฏิบัติการขององค์กร^{[ 124 ]}อย่างไรก็ตาม อัล-เคดาไม่ได้ ถูก บริหารจัดการโดยอัล-ซาวาฮิรี มีกลุ่มปฏิบัติการหลายกลุ่มที่ปรึกษากับผู้นำในสถานการณ์ที่มีการเตรียมการโจมตี^{[ 88 ]} "...  อัล-ซาวาฮิรีไม่ได้อ้างว่ามีการควบคุมลำดับชั้นโดยตรงเหนือโครงสร้างเครือข่ายขนาดใหญ่ของอัล-เคดา ผู้นำหลักของอัล-เคดาพยายามที่จะรวมศูนย์การสื่อสารและกลยุทธ์ขององค์กรมากกว่าที่จะจัดการการดำเนินงานประจำวันของสาขาต่างๆ แต่ผู้ร่วมงานอย่างเป็นทางการจะต้องปรึกษากับผู้นำหลักของอัล-เคดาก่อนที่จะดำเนินการโจมตีขนาดใหญ่" ศูนย์กลางอัล-เคดา (AQC) เป็นกลุ่มของคณะกรรมการผู้เชี่ยวชาญ ซึ่งแต่ละคณะทำหน้าที่กำกับดูแลภารกิจและวัตถุประสงค์ที่แตกต่างกัน สมาชิกส่วนใหญ่ประกอบด้วย ผู้นำ อิสลามชาวอียิปต์ที่เข้าร่วมใน ญิฮาด ต่อต้านคอมมิวนิสต์ในอัฟกานิสถานโดยมีผู้ปฏิบัติงานภาคสนามและผู้บัญชาการชาวอิสลามหลายร้อยคนประจำอยู่ในภูมิภาคต่างๆ ของโลกอิสลามคอยให้ความช่วยเหลือ ผู้นำส่วนกลางควบคุมแนวทางหลักคำสอนและการรณรงค์โฆษณาชวนเชื่อโดยรวม ในขณะที่ผู้บัญชาการระดับภูมิภาคได้รับอำนาจอิสระในการวางแผนยุทธศาสตร์ทางทหารและการดำเนินงานทางการเมือง โครงสร้างลำดับชั้นแบบใหม่นี้ทำให้องค์กรสามารถเปิดฉากการโจมตีในวงกว้างได้^{[ 125 ]}

นัสเซอร์ อัล-บาห์รี ผู้ซึ่งเป็นบอดี้การ์ดของบิน ลาเดน เป็นเวลาสี่ปีในช่วงก่อนเหตุการณ์ 9/11 ได้เขียนคำอธิบายโดยละเอียดเกี่ยวกับวิธีการทำงานของกลุ่มในเวลานั้นไว้ในบันทึกความทรงจำของเขา อัล-บาห์รีได้อธิบายโครงสร้างการบริหารที่เป็นทางการและคลังอาวุธขนาดใหญ่ของอัล-เคดา^{[ 126 ]} อย่างไรก็ตาม อดัม เคอร์ติสผู้เขียนได้โต้แย้งว่าแนวคิดเรื่องอัล-เคดาในฐานะองค์กรที่เป็นทางการนั้นส่วนใหญ่เป็นสิ่งประดิษฐ์ของอเมริกา เคอร์ติสอ้างว่าชื่อ "อัล-เคดา" ได้รับการนำเสนอต่อสาธารณชนเป็นครั้งแรกในการพิจารณาคดีของบิน ลาเดนและชายสี่คนที่ถูกกล่าวหาว่าวางระเบิดสถานทูตสหรัฐฯในแอฟริกาตะวันออกในปี 1998 ในปี 2001 เคอร์ติสเขียนว่า:

ความเป็นจริงคือ บิน ลาเดน และ ไอย์มาน อัล-ซาวาฮิรี กลายเป็นจุดสนใจของกลุ่มนักรบอิสลามิสต์ที่ผิดหวังซึ่งถูกดึงดูดด้วยกลยุทธ์ใหม่ แต่ไม่มีองค์กร พวกเขาเป็นนักรบที่วางแผนปฏิบัติการของตนเองเป็นส่วนใหญ่ และมองหาเงินทุนและความช่วยเหลือจากบิน ลาเดน เขาไม่ได้เป็นผู้บัญชาการของพวกเขา นอกจากนี้ยังไม่มีหลักฐานว่าบิน ลาเดน ใช้คำว่า "อัล-เคดา" เพื่ออ้างถึงชื่อกลุ่มจนกระทั่งหลังเหตุการณ์โจมตี 11 กันยายน เมื่อเขารู้ว่านี่เป็นคำที่ชาวอเมริกันตั้งให้^{[ 127 ]}

ระหว่างการพิจารณาคดีในปี 2544 กระทรวงยุติธรรมของสหรัฐฯจำเป็นต้องแสดงให้เห็นว่าบิน ลาเดนเป็นผู้นำขององค์กรอาชญากรรมเพื่อที่จะตั้งข้อหาเขาในขณะที่เขาไม่อยู่ในศาลภายใต้พระราชบัญญัติองค์กรอาชญากรรมที่มีอิทธิพลและทุจริตชื่อขององค์กรและรายละเอียดของโครงสร้างได้รับการระบุไว้ในคำให้การของจามาล อัล-ฟัดล์ซึ่งกล่าวว่าเขาเป็นสมาชิกผู้ก่อตั้งกลุ่มและอดีตลูกจ้างของบิน ลาเดน^{[ 128 ]}แหล่งข้อมูลหลายแห่งตั้งคำถามเกี่ยวกับความน่าเชื่อถือของคำให้การของอัล-ฟัดล์ เนื่องจากประวัติการไม่ซื่อสัตย์ของเขา และเนื่องจากเขาให้การดังกล่าวเป็นส่วนหนึ่งของ ข้อ ตกลงต่อรองหลังจากถูกตัดสินว่ามีความผิดฐานสมคบคิดโจมตีฐานทัพทหารสหรัฐฯ^{[ 129 ] [ 130 ]}แซม ชมิดต์ ทนายความฝ่ายจำเลยที่ปกป้องอัล-ฟัดล์ กล่าวว่า:

มีบางส่วนของคำให้การของอัล-ฟัดล์ที่ผมเชื่อว่าเป็นเท็จ เพื่อช่วยสนับสนุนภาพที่ว่าเขาช่วยให้ชาวอเมริกันรวมตัวกัน ผมคิดว่าเขาโกหกในคำให้การเฉพาะเจาะจงหลายส่วนเกี่ยวกับภาพลักษณ์ที่เป็นหนึ่งเดียวขององค์กรนี้ ทำให้อัล-เคดากลายเป็นมาเฟียใหม่หรือคอมมิวนิสต์ใหม่ ทำให้พวกเขาสามารถระบุตัวตนได้ว่าเป็นกลุ่ม และด้วยเหตุนี้จึงทำให้ง่ายต่อการดำเนินคดีกับบุคคลใดก็ตามที่เกี่ยวข้องกับอัล-เคดาสำหรับการกระทำหรือคำพูดใดๆ ที่บิน ลาเดนได้กล่าวไว้^{[ 127 ]}

จำนวนบุคคลในกลุ่มที่ได้รับการฝึกฝนทางทหารอย่างเหมาะสมและมีความสามารถในการบัญชาการกองกำลังกบฏนั้นยังไม่เป็นที่ทราบแน่ชัด เอกสารที่ยึดได้จากการบุกโจมตีที่พักของบิน ลาเดนในปี 2011 แสดงให้เห็นว่าสมาชิกหลักของอัล-เคดาในปี 2002 มีจำนวน 170 คน^{[ 131 ]}ในปี 2006 มีการประมาณการว่าอัล-เคดามีผู้บัญชาการหลายพันคนกระจายอยู่ใน 40 ประเทศ^{[ 132 ]}ณ ปี 2009เชื่อกันว่ามีสมาชิกไม่เกิน 200-300 คนที่ยังคงดำรงตำแหน่งผู้บัญชาการอยู่^{[ 133 ]}

ตามสารคดีเรื่องThe Power of Nightmares ปี 2004 อัล-เคดามีความเชื่อมโยงกันอย่างอ่อนแอมาก โดยประกอบด้วยบิน ลาเดนและกลุ่มผู้ร่วมงานที่ใกล้ชิดเพียงไม่กี่คนเท่านั้น การที่ไม่มีสมาชิกอัล-เคดาจำนวนมากที่ถูกตัดสินว่ามีความผิด แม้ว่าจะมีการจับกุมผู้ต้องหาในข้อหาก่อการร้ายจำนวนมาก ก็เป็นเหตุผลที่ทำให้สงสัยว่ามีองค์กรขนาดใหญ่ที่ตรงกับคำอธิบายของอัล-เคดาอยู่จริงหรือไม่^{[ 134 ]}ผู้บัญชาการของอัล-เคดา รวมถึงสายลับที่แฝงตัวอยู่ ยังคงซ่อนตัวอยู่ในส่วนต่างๆ ของโลกจนถึงทุกวันนี้ พวกเขาถูกหน่วยข่าวกรองลับของอเมริกาและอิสราเอลตามล่าเป็นหลัก

ในปี 2549 อัล-เคดามีกองกำลังแยกกันสองกลุ่มที่ประจำการร่วมกับกลุ่มกบฏในอิรักและปากีสถาน กลุ่มแรกมีจำนวนหลายหมื่นคน "ได้รับการจัดตั้ง ฝึกฝน และจัดหาอุปกรณ์ให้เป็นกองกำลังต่อสู้ของกลุ่มกบฏ" ในสงครามโซเวียต-อัฟกานิสถาน^{[ 132 ]}กองกำลังนี้ประกอบด้วยนักรบมูจาฮิดีน ต่างชาติ จากซาอุดีอาระเบียและเยเมนเป็นหลัก นักรบเหล่านี้จำนวนมากได้ไปต่อสู้ในบอสเนียและโซมาเลียเพื่อญิฮาด ทั่วโลก อีกกลุ่มหนึ่งซึ่งมีจำนวน 10,000 คนในปี 2549 อาศัยอยู่ในประเทศตะวันตกและได้รับการฝึกฝนการต่อสู้ขั้นพื้นฐาน^{[ 132 ]}

นักวิเคราะห์คนอื่นๆ อธิบายว่า สมาชิกระดับรากหญ้าของอัล-เคดาในช่วงปีแรกๆ นั้น "ส่วนใหญ่เป็นชาวอาหรับ" แต่ตั้งแต่ปี 2007 เป็นต้นมา องค์กรนี้ได้รวมถึง "ชนชาติอื่นๆ" ด้วย[ ^{135 ]}มีการประมาณการว่าสมาชิกอัล-เคดาร้อยละ 62 มีการศึกษาระดับมหาวิทยาลัย^{[ 136 ] ในปี 2011 และปีถัดมา ชาวอเมริกันได้จัดการบัญชีกับบิน ลาเดน อันวาร์ อัล-อัฟลาคี หัวหน้านักโฆษณาชวนเชื่อขององค์กร และอาบู ยาห์ยา อัล-ลิบี รองผู้บัญชาการ ได้}สำเร็จ เสียงแห่งความหวังเริ่มดังขึ้นว่าอัล-เคดาจบสิ้นแล้ว อย่างไรก็ตาม ในช่วงเวลานี้เองที่อาหรับสปริงได้เกิดขึ้นในภูมิภาค ความวุ่นวายที่เกิดขึ้นส่งผลกระทบอย่างมากต่อกองกำลังอัล-เคดาในภูมิภาค เจ็ดปีต่อมา อัล-ซาวาฮิรีกลายเป็นผู้นำอันดับหนึ่งขององค์กรอย่างไม่ต้องสงสัย โดยดำเนินกลยุทธ์ของเขาอย่างสม่ำเสมอและเป็นระบบ สมาชิกที่ภักดีต่ออัล-เคดาและองค์กรที่เกี่ยวข้องหลายหมื่นคนสามารถท้าทายเสถียรภาพในระดับท้องถิ่นและภูมิภาค และโจมตีศัตรูอย่างโหดเหี้ยมในตะวันออกกลาง แอฟริกา เอเชียใต้ เอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ยุโรป และรัสเซีย ในความเป็นจริง ตั้งแต่แอฟริกาตะวันตกเฉียงเหนือไปจนถึงเอเชียใต้ อัล-เคดามีพันธมิตรแบบ "แฟรนไชส์" มากกว่าสองโหล จำนวนนักรบอัล-เคดามีประมาณ 20,000 คนในซีเรียเพียงประเทศเดียว และพวกเขามีสมาชิก 4,000 คนในเยเมน และประมาณ 7,000 คนในโซมาเลีย สงครามยังไม่จบสิ้น^{[ 55 ]}

ในปี 2544 อัล-เคดามีเซลล์ปฏิบัติการประมาณ 20 เซลล์และผู้ก่อการร้าย 70,000 คนกระจายอยู่ทั่ว 60 ประเทศ^{[ 137 ]}ตามการประมาณการล่าสุด จำนวนทหารประจำการภายใต้การบังคับบัญชาและกองกำลังพันธมิตรได้เพิ่มขึ้นเป็นประมาณ 250,000 นายภายในปี 2561 ^{[ 138 ]}

โดยปกติแล้วอัล-เคดาจะไม่จ่ายเงินสำหรับการโจมตี และแทบจะไม่โอนเงินเลย^{[ 139 ]}ในช่วงทศวรรษ 1990 เงินทุนส่วนหนึ่งมาจากความมั่งคั่งส่วนตัวของบิน ลาเดน^{[ 140 ]}แหล่งรายได้อื่นๆ ได้แก่การค้าเฮโรอีนและการบริจาคจากผู้สนับสนุนในคูเวต ซาอุดีอาระเบีย และรัฐอื่นๆ ในอ่าวเปอร์เซีย [ ^{140 ] เอกสาร}ทางการทูตที่รั่วไหลในปี 2009 ระบุว่า "เงินทุนก่อการร้ายที่มาจากซาอุดีอาระเบียยังคงเป็นเรื่องที่น่ากังวลอย่างยิ่ง" ^{[ 141 ]}

หลักฐานชิ้นแรกๆ เกี่ยวกับการสนับสนุนอัล-เคดาของซาอุดีอาระเบียคือ " ห่วงโซ่ทองคำ " ซึ่งเป็นรายชื่อผู้ให้ทุนสนับสนุนอัล-เคดาในช่วงแรกๆ ที่เขียนด้วยลายมือ ซึ่งถูกยึดได้ระหว่างการบุกค้นในซาราเยโวโดยตำรวจบอสเนียในปี 2545 ^{[ 142 ]}รายชื่อดังกล่าวได้รับการยืนยันโดยจามาล อัล-ฟาดล์ ผู้แปรพักตร์จากอัล-เคดา และรวมถึงชื่อของทั้งผู้บริจาคและผู้รับผลประโยชน์^{[ 142 ] [ 143 ]}ชื่อของบิน ลาเดน ปรากฏเจ็ดครั้งในรายชื่อผู้รับผลประโยชน์ ในขณะที่นักธุรกิจและนักการเมืองชาวซาอุดีอาระเบียและประเทศในอ่าวเปอร์เซีย 20 คน มีรายชื่ออยู่ในกลุ่มผู้บริจาค^{[ 142 ]}ผู้บริจาคที่มีชื่อเสียง ได้แก่ อาเดล บัตเตอร์จี และวาเอล ฮัมซา จูไลดานบัตเตอร์จีถูกกำหนดให้เป็นผู้ให้ทุนสนับสนุนการก่อการร้ายโดยกระทรวงการคลังของสหรัฐฯ ในปี 2547 และจูไลดานได้รับการยอมรับว่าเป็นหนึ่งในผู้ก่อตั้งอัล-เคดา^{[ 142 ]}

เอกสารที่ยึดได้ระหว่างการบุกโจมตีบอสเนียในปี 2545 แสดงให้เห็นว่าอัล-เคดาใช้ประโยชน์จากองค์กรการกุศลอย่างกว้างขวางเพื่อส่งผ่านการสนับสนุนทางการเงินและวัสดุให้กับผู้ปฏิบัติงานทั่วโลก^{[ 144 ]}ที่น่าสังเกตคือ กิจกรรมนี้ใช้ประโยชน์จากองค์การบรรเทาทุกข์อิสลามระหว่างประเทศ (IIRO) และสันนิบาตโลกมุสลิม (MWL) IIRO มีความสัมพันธ์กับผู้ร่วมงานของอัล-เคดาทั่วโลก รวมถึงอัล-ซาวาฮิรี พี่ชายของอัล-ซาวาฮิรีทำงานให้กับ IIRO ในแอลเบเนียและได้ทำการสรรหาผู้คนให้กับอัล-เคดาอย่างแข็งขัน^{[ 145 ]}ผู้นำของอัล-เคดาระบุอย่างเปิดเผยว่า MWL เป็นหนึ่งในสามองค์กรการกุศลที่อัล-เคดาพึ่งพาเป็นหลักสำหรับแหล่งเงินทุน^{[ 145 ]}

การญิฮาดของชาวอัฟกันต่อต้านรัฐบาลที่สนับสนุนโซเวียตได้พัฒนา ขบวนการ ญิฮาดซาลา ฟิสต์ ซึ่งเป็นแรงบันดาลใจให้กับอัล-เคดา^{[ 174 ]} ในช่วงเวลานี้ อัล-เคดาได้ยึดมั่นในอุดมการณ์ของ ซัยยิด อะห์มัด บาเรลวี (เสียชีวิต ค.ศ. 1831) นักฟื้นฟูชาวมุสลิมอินเดีย ผู้ซึ่งนำ ขบวนการญิฮาดต่อต้านบริติชอินเดียจากชายแดนอัฟกานิสถานและไคเบอร์-ปัคตุนควาในช่วงต้นศตวรรษที่ 19 อัล-เคดาได้นำหลักคำสอนของซัยยิด อะห์มัด มาใช้อย่างง่ายดาย เช่น การกลับคืนสู่ความบริสุทธิ์ของคนรุ่นก่อน ( ซาลาฟ อัส-ซาลิห์ ) ความเกลียดชังต่ออิทธิพลตะวันตกและการฟื้นฟูอำนาจทางการเมืองของอิสลาม^{[ 175 ] [ 176 ]} ตามที่นักข่าวชาวปากีสถาน ฮุเซน ฮักกานีกล่าวไว้ว่า:

การฟื้นฟูอุดมการณ์ญิฮาดของซัยยิด อาห์เหม็ด กลายเป็นต้นแบบของขบวนการติดอาวุธอิสลามในเอเชียใต้และเอเชียกลางในเวลาต่อมา และยังเป็นอิทธิพลหลักต่อเครือข่ายญิฮาดของอัลกออิดะห์และกลุ่มที่เกี่ยวข้องในภูมิภาคนี้ด้วย^{[ 175 ] [ 176 ]}

เป้าหมายระยะยาวของอัล-เคดาคือการรวมโลกมุสลิมให้เป็นหนึ่งเดียวภายใต้รัฐอิสลาม เหนือชาติ ที่เรียกว่าคิลาฟะห์ (กาลิฟา) ซึ่งนำโดยกาลิฟที่มาจากการเลือกตั้งสืบเชื้อสายมาจากอะฮ์ลุลบัยต์ (ครอบครัวของมูฮัมหมัด) เป้าหมายระยะสั้น ได้แก่ การขับไล่กองทัพอเมริกันออกจากคาบสมุทรอาหรับ การทำสงครามญิฮาด ด้วยอาวุธ เพื่อโค่นล้มรัฐบาลพันธมิตรของสหรัฐฯ ในภูมิภาค เป็นต้น^{[ 177 ] [ 178 ]}

ต่อไปนี้คือเป้าหมายและนโยบายทั่วไปบางส่วนที่ระบุไว้ในกฎบัตรการก่อตั้งของอัล-เคดา " โครงสร้างและข้อบังคับของอัล-เคดา " ซึ่งออกในการประชุมที่เปชาวาร์ในปี 1988: ^{[ 179 ] [ 177 ]}

เป้าหมายทั่วไป

i. เพื่อส่งเสริม ความตระหนักรู้เกี่ยว กับญิฮาดในโลกอิสลาม ii. เพื่อเตรียมความพร้อมและเสริมสร้างศักยภาพของบุคลากรสำหรับโลกอิสลามผ่านการฝึกอบรมและการเข้าร่วมในการสู้รบจริง iii. เพื่อสนับสนุนและให้การสนับสนุนขบวนการญิฮาดให้มากที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้ iv. เพื่อประสานงานขบวนการญิฮาดทั่วโลกเพื่อสร้างขบวนการญิฮาดสากลที่เป็นหนึ่งเดียว

นโยบายทั่วไป 1. ยึดมั่นอย่างเต็มที่ต่อกฎเกณฑ์และข้อบังคับของชะรีอะฮ์ในความเชื่อและการกระทำทั้งหมด โดยอ้างอิงจากคัมภีร์ [ อัลกุรอาน ] และซุนนะห์รวมถึงการตีความของบรรดานักวิชาการ ของประเทศ ที่ปฏิบัติหน้าที่ในสาขานี้ 2. ยึดมั่นในญิฮาดในฐานะการต่อสู้เพื่อพระเจ้าและในฐานะเป้าหมายของการเปลี่ยนแปลง และเตรียมพร้อมและปฏิบัติญิฮาดทุกครั้งที่มีโอกาส 4. จุดยืนของเราต่อผู้กดขี่ในโลก ไม่ว่าจะเป็นพรรคการเมืองทางโลกหรือพรรคการเมืองชาตินิยมคือการไม่คบค้าสมาคมกับพวกเขา การไม่ประณามพวกเขา และการเป็นศัตรูกับพวกเขาอย่างต่อเนื่องจนกว่าพวกเขาจะศรัทธาในพระเจ้าแต่เพียงผู้เดียว 4. เราจะไม่เห็นด้วยกับทางออกครึ่งๆ กลางๆ กับพวกเขา และไม่มีทางที่จะเจรจาหรือประนีประนอมกับพวกเขาได้ 5. ความสัมพันธ์ของเรากับขบวนการและกลุ่มญิฮาดอิสลามที่จริงใจคือการร่วมมือกันภายใต้ร่มเงาของศรัทธาและความเชื่อ และเราจะพยายามรวมตัวและบูรณาการกับพวกเขาเสมอ 6. เราจะรักษาความสัมพันธ์ด้วยความรักและความเอื้อเฟื้อกับขบวนการอิสลามที่ไม่เกี่ยวข้องกับญิฮาด 7. เราจะรักษาความสัมพันธ์ด้วยความเคารพและความรักกับนักวิชาการที่กระตือรือร้น 9. เราจะปฏิเสธพวกคลั่งศาสนาในภูมิภาค และจะดำเนินญิฮาดในประเทศอิสลามตามความจำเป็นและเมื่อเป็นไปได้ 10. เราจะใส่ใจในบทบาทของชาวมุสลิมในญิฮาด และเราจะพยายามรับสมัครพวกเขา 11. เราจะรักษาความเป็นอิสระทางเศรษฐกิจของเรา และจะไม่พึ่งพาผู้อื่นในการจัดหาทรัพยากรของเรา 12. ความลับเป็นส่วนประกอบหลักของงานของเรา ยกเว้นสิ่งที่จำเป็นต้องเปิดเผยตามความจำเป็น

13. นโยบายของเราเกี่ยวกับการญิฮาดในอัฟกานิสถานคือ การสนับสนุน ให้คำแนะนำ และประสานงานกับองค์กรอิสลามในเวทีญิฮาดในลักษณะที่สอดคล้องกับนโยบายของเรา"

อัล-เคดาตั้งเป้าหมายที่จะสถาปนารัฐอิสลามในโลกมุสลิมโดยจำลองแบบมาจากรัฐกาลิฟาต์ราชีดุน ด้วยการริเริ่มญิฮาดทั่วโลกต่อต้าน "พันธมิตรชาวยิว-ครูเซดนานาชาติ" ที่นำโดยสหรัฐอเมริกา ซึ่งอัล-เคดาเห็นว่าเป็น "ศัตรูภายนอก" และต่อต้านรัฐบาลฆราวาสในประเทศมุสลิมซึ่งถูกอธิบายว่าเป็น "ศัตรูภายในประเทศที่ละทิ้งศาสนา" ^{[ 180 ]}เมื่ออิทธิพลจากต่างชาติและอำนาจปกครองฆราวาสถูกกำจัดออกจากประเทศมุสลิมผ่านญิฮาด แล้ว อัล-เคดาจะสนับสนุนการเลือกตั้งเพื่อเลือกผู้ปกครองรัฐอิสลามที่เสนอ โดยจะดำเนินการผ่านตัวแทนของสภาผู้นำ ( ชูรา ) ที่จะรับประกันการบังคับใช้กฎหมายชารีอะห์อย่างไรก็ตาม อัล-เคดาคัดค้านการเลือกตั้งที่จัดตั้งรัฐสภาซึ่งให้อำนาจแก่ผู้ร่างกฎหมายมุสลิมและไม่ใช่มุสลิมในการร่วมมือกันออกกฎหมายตามที่ตนเลือก^{[ 180 ]}ในหนังสือKnights Under the Banner of the Prophet ฉบับพิมพ์ครั้งที่สอง Ayman al-Zawahiriเขียนว่า:

เราเรียกร้อง... รัฐบาลแห่งรัฐเคาะลีฟะฮ์ผู้ทรงชี้นำอย่างถูกต้อง ซึ่งตั้งมั่นอยู่บนพื้นฐานของอำนาจอธิปไตยของชะรีอะฮ์ไม่ใช่ตามอำเภอใจของคนส่วนใหญ่ ประชาชาติอิสลามจะเลือกผู้ปกครอง... หากพวกเขาเบี่ยงเบน ประชาชาติอิสลามจะนำพวกเขามาสอบสวนและปลดพวกเขา ออก ประชาชาติ อิสลามมีส่วนร่วมในการกำหนดการตัดสินใจของรัฐบาลนั้นและกำหนดทิศทางของรัฐบาลนั้น... [รัฐเคาะลีฟะฮ์] สั่งสอนสิ่งที่ถูกต้องและห้ามปรามสิ่งที่ผิด และเข้าร่วมในญิฮาดเพื่อปลดปล่อยดินแดนของชาวมุสลิมและปลดปล่อยมนุษยชาติทั้งหมดจากการกดขี่และความโง่เขลา^{[ 180 ]}

แนวคิดที่เกิดขึ้นซ้ำๆ ในอุดมการณ์ของอัล-เคดาคือความไม่พอใจอย่างต่อเนื่องต่อการปราบปรามผู้เห็นต่างชาวมุสลิมอย่างรุนแรงโดยระบอบเผด็จการฆราวาสนิยมที่เป็นพันธมิตรกับตะวันตก อัล-เคดาประณาม รัฐบาล หลังยุคอาณานิคม เหล่านี้ ว่าเป็นระบบที่นำโดย ชนชั้นนำที่ได้รับอิทธิพล จากตะวันตกซึ่งออกแบบมาเพื่อส่งเสริมลัทธิอาณานิคมใหม่และรักษาอำนาจเหนือกว่าของตะวันตกเหนือโลกมุสลิม ประเด็นความไม่พอใจที่โดดเด่นที่สุดคือนโยบายต่างประเทศของอเมริกาในโลกอาหรับโดยเฉพาะอย่างยิ่งการสนับสนุนทางเศรษฐกิจและการทหารอย่างแข็งแกร่งต่ออิสราเอล ความกังวลอื่นๆ ที่ก่อให้เกิดความไม่พอใจ ได้แก่ การมีอยู่ของ กองกำลัง นาโตเพื่อสนับสนุนระบอบพันธมิตร ความอยุติธรรมที่กระทำต่อชาวมุสลิมในแคชเมียร์เชชเนียซินเจียง ซีเรียอัฟกานิสถาน อิรัก และภูมิภาคอื่นๆ^{[ 181 ]}

ภายใต้การนำของบิน ลาเดนและอัล-ซาวาฮิรี องค์กรอัล-เคดาได้ใช้กลยุทธ์ในการโจมตีพลเรือนที่ไม่ใช่ผู้ต่อสู้ ของรัฐศัตรูที่โจมตีชาวมุสลิมอย่างไม่เลือกหน้า หลังจาก การโจมตีเมื่อวันที่ 11 กันยายนอัล-เคดาได้ให้เหตุผลสำหรับการสังหารพลเรือนที่ไม่ใช่ผู้ต่อสู้ โดยมีชื่อว่า "แถลงการณ์จากอัล-เคดาเกี่ยวกับภารกิจของวีรบุรุษและความชอบด้วยกฎหมายของการปฏิบัติการในนิวยอร์กและวอชิงตัน" ตามที่นักวิจารณ์ Quintan Wiktorowicz และ John Kaltner กล่าวไว้ แถลงการณ์นี้ให้ "เหตุผลทางศาสนศาสตร์ที่เพียงพอสำหรับการสังหารพลเรือนในแทบทุกสถานการณ์ที่จินตนาการได้" ^{[ 184 ]}

หนึ่งในเหตุผลที่ยกมาอ้างคือ อเมริกาเป็นผู้นำตะวันตกในการทำสงครามกับอิสลามดังนั้นการโจมตีอเมริกาจึงเป็นการป้องกันอิสลาม และสนธิสัญญาและข้อตกลงใดๆ ระหว่างรัฐที่มีประชากรส่วนใหญ่เป็นมุสลิมกับประเทศตะวันตกที่อาจถูกละเมิดจากการโจมตีนั้นถือเป็นโมฆะ ตามเอกสารดังกล่าว มีเงื่อนไขหลายประการที่อนุญาตให้สังหารพลเรือนได้ ได้แก่:

• เป็นการตอบโต้สงครามของอเมริกาต่อศาสนาอิสลาม ซึ่งกลุ่มอัล-เคดาอ้างว่าได้มุ่งเป้าไปที่ "สตรีมุสลิม เด็ก และผู้สูงอายุ"
• เมื่อเป็นการยากเกินไปที่จะแยกแยะระหว่างพลเรือนและนักรบเมื่อโจมตี "ฐานที่มั่น" ( hist ) ของศัตรู หรือพลเรือนยังคงอยู่ในดินแดนของศัตรู การสังหารพวกเขาถือเป็นสิ่งที่อนุญาต
• ผู้ที่ให้ความช่วยเหลือศัตรู "ทั้งทางการกระทำ คำพูด หรือความคิด" มีสิทธิ์ถูกสังหาร และนี่รวมถึงประชาชนทั่วไปในประเทศประชาธิปไตยด้วย เพราะพลเรือนสามารถลงคะแนนเสียงในการเลือกตั้งที่นำศัตรูของอิสลามขึ้นสู่อำนาจได้
• ความจำเป็นในการฆ่าในสงครามเพื่อปกป้องศาสนาอิสลามและชาวมุสลิม;
• เมื่อถูกถามว่านักรบมุสลิมสามารถใช้เครื่องยิงหินโจมตีหมู่บ้านตาอิฟได้หรือไม่ มูฮัมหมัดตอบว่าได้ แม้ว่านักรบฝ่ายศัตรูจะปะปนอยู่กับพลเรือนก็ตาม
• หากสตรี เด็ก และกลุ่มบุคคลที่ได้รับการคุ้มครองอื่นๆ ถูกใช้เป็นโล่ห์มนุษย์ให้แก่ศัตรู
• หากศัตรูละเมิดสนธิสัญญา การสังหารพลเรือนก็เป็นสิ่งที่อนุญาตได้^{[ 184 ]}

ภายใต้การนำของไซฟ์ อัล-อาเดลกลยุทธ์ของอัล-เคดาได้เปลี่ยนแปลงไป และองค์กรได้ประกาศอย่างเป็นทางการว่าจะไม่โจมตีเป้าหมายพลเรือนของศัตรูอีกต่อไป ในหนังสือของเขาชื่อ " การอ่านอย่างอิสระของ 33 กลยุทธ์แห่งสงคราม"ซึ่งตีพิมพ์ในปี 2023 ไซฟ์ อัล-อาเดลได้แนะนำ นักรบ อิสลามให้ให้ความสำคัญกับการโจมตีตำรวจ ทหาร ทรัพย์สินของรัฐบาลศัตรู ฯลฯ ซึ่งเขาอธิบายว่าเป็นเป้าหมายที่ยอมรับได้ในการปฏิบัติการทางทหาร โดยยืนยันว่าการโจมตีผู้หญิงและเด็กของศัตรูนั้นขัดต่อค่านิยมอิสลาม ไซฟ์ อัล-อาเดลถามว่า "ถ้าเราโจมตีประชาชนทั่วไป เราจะคาดหวังให้ประชาชนของพวกเขาตอบรับการเรียกร้องให้เข้ารับอิสลามของเราได้อย่างไร" ^{[ 185 ]}

เพื่อป้องกันไม่ให้อดีตกษัตริย์อัฟกัน โมฮัมเหม็ด ซาฮีร์ ชาห์กลับจากการลี้ภัยและอาจขึ้นเป็นหัวหน้าของรัฐบาลใหม่ บิน ลาเดน จึงสั่งให้เปาโล โฮเซ เด อัลเมดา ซานโตส ชาวโปรตุเกสที่เปลี่ยนมานับถือศาสนาอิสลาม ลอบสังหารซาฮีร์ ชาห์ในวันที่ 4 พฤศจิกายน 1991 ซานโตสได้เข้าไปในวิลลาของกษัตริย์ในกรุงโรมโดยปลอมตัวเป็นนักข่าวและพยายามแทงพระองค์ด้วยมีดสั้น กระป๋องซิการ์ในกระเป๋าเสื้อของกษัตริย์ช่วยเบี่ยงเบนคมมีดและช่วยชีวิตซาฮีร์ ชาห์ ไว้ได้ แม้ว่ากษัตริย์จะถูกแทงที่คอหลายครั้งและถูกนำตัวส่งโรงพยาบาล ก่อนจะฟื้นตัวจากการโจมตี ซานโตสถูกจับกุมโดยพลเอก อับดุล วาลี อดีตผู้บัญชาการกองทัพหลวงอัฟกันและถูกจำคุกเป็นเวลา 10 ปีในอิตาลี^{[ 186 ] [ 187 ]}

เมื่อวันที่ 29 ธันวาคม พ.ศ. 2535 อัล-เคดาได้ก่อเหตุระเบิดโรงแรมในเยเมน พ.ศ. 2535โดยมีการจุดระเบิด 2 ลูกในเมืองเอเดนประเทศเยเมน เป้าหมายแรกคือโรงแรมโมเวนพิค และเป้าหมายที่สองคือลานจอดรถของโรงแรมโกลด์โมฮูร์^{[ 188 ]}

การวางระเบิดเป็นการพยายามกำจัดทหารอเมริกันที่กำลังเดินทางไปโซมาเลียเพื่อเข้าร่วมในปฏิบัติการบรรเทาความอดอยากระหว่างประเทศOperation Restore Hopeภายในกลุ่มอัล-เคดาถือว่าการวางระเบิดครั้งนี้เป็นชัยชนะที่ทำให้ชาวอเมริกันหวาดกลัวและถอยหนีไป แต่ในสหรัฐอเมริกา การโจมตีครั้งนี้แทบไม่มีใครสังเกตเห็น ไม่มีทหารอเมริกันเสียชีวิตเพราะไม่มีทหารพักอยู่ในโรงแรมขณะที่ถูกวางระเบิด อย่างไรก็ตาม นักท่องเที่ยวชาวออสเตรเลียและพนักงานโรงแรมชาวเยเมนเสียชีวิตจากการวางระเบิด และอีกเจ็ดคนซึ่งส่วนใหญ่เป็นชาวเยเมนได้รับบาดเจ็บสาหัส^{[ 188 ]}มีรายงานว่าสมาชิกของอัล-เคดาMamdouh Mahmud Salim ได้ออกฟัตวา 2 ฉบับ เพื่ออ้างความชอบธรรมในการสังหารตามกฎหมายอิสลาม Salim อ้างถึงฟัตวาที่มีชื่อเสียงซึ่งออกโดยIbn Taymiyyahนักวิชาการในศตวรรษที่ 13 ที่ได้รับการยกย่องจากกลุ่มวะฮาบี ซึ่งอนุญาตให้ต่อต้านด้วยวิธีการใดๆ ก็ได้ในช่วงการรุกรานของมองโกล^{[ 189 ]}

ในปี พ.ศ. 2539 บิน ลาเดนวางแผนลอบสังหารประธานาธิบดีบิล คลินตัน ของสหรัฐฯ ด้วยตนเอง ขณะที่ประธานาธิบดีอยู่ในกรุงมะนิลาเพื่อเข้าร่วมการประชุมความร่วมมือทางเศรษฐกิจเอเชียแปซิฟิกอย่างไรก็ตาม เจ้าหน้าที่หน่วยข่าวกรองได้ดักฟังข้อความก่อนที่ขบวนรถจะออกเดินทาง และแจ้งเตือนหน่วยสืบราชการลับของสหรัฐฯต่อมาเจ้าหน้าที่ได้ค้นพบระเบิดที่วางไว้ใต้สะพาน^{[ 190 ]}

เมื่อวันที่ 7 สิงหาคม 1998 กลุ่มอัล-เคดาได้วางระเบิดสถานทูตสหรัฐฯ ในแอฟริกาตะวันออกทำให้มีผู้เสียชีวิต 224 คน รวมถึงชาวอเมริกัน 12 คน เพื่อเป็นการตอบโต้สหรัฐฯ ได้ยิงขีปนาวุธร่อน ถล่มฐานทัพของอัล-เคดาใน เมืองโคสต์ประเทศอัฟกานิสถาน แต่ศักยภาพของเครือข่ายยังคงไม่เสียหาย ในช่วงปลายปี 1999 และปี 2000 อัล-เคดาได้วางแผนโจมตีให้สอดคล้องกับปีสหัสวรรษ โดยมี อาบู ซูบายดาห์เป็นผู้บงการและมีอาบู กาตาดา เข้าร่วมด้วย ซึ่งรวมถึงการวางระเบิดสถานที่ศักดิ์สิทธิ์ของชาวคริสต์ในจอร์แดน การวางระเบิดสนามบินนานาชาติลอสแอนเจลิสโดยอาห์เหม็ด เรสซัมและการวางระเบิดเรือรบยูเอสเอสเดอะ ซัลลิแวนส์ (DDG-68   )

เมื่อวันที่ 12 ตุลาคม 2000 กลุ่มติดอาวุธอัล-เคดาในเยเมนได้ทิ้งระเบิดใส่เรือพิฆาตขีปนาวุธยูเอสเอส โคลในการโจมตีแบบพลีชีพ ทำให้ลูกเรือเสียชีวิต 17 นาย และเรือได้รับความเสียหายขณะจอดอยู่กลางทะเล ด้วยความสำเร็จจากการโจมตีที่อุกอาจเช่นนี้ แกนนำของอัล-เคดาจึงเริ่มเตรียมการโจมตีสหรัฐอเมริกา

การโจมตีของอัล-เคดาเมื่อวันที่ 11 กันยายน (9/11) ในสหรัฐอเมริกา คร่าชีวิตผู้คนไป 2,996 คน ประกอบด้วย พลเรือน 2,507คน นักดับเพลิง 343 คน เจ้าหน้าที่บังคับใช้กฎหมาย 72 คน เจ้าหน้าที่ทหาร 55 คน และผู้ก่อการร้ายอัล-เคดา 19 คนที่ก่อเหตุฆาตกรรมและฆ่าตัวตาย เครื่องบินโดยสารสองลำถูกพุ่งชนตึกแฝดเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์โดยเจตนา ลำที่สามพุ่งชนเพนตากอน และลำที่สี่ซึ่งเดิมทีตั้งใจจะโจมตีอาคารรัฐสภาสหรัฐฯหรือทำเนียบขาวได้ตกในทุ่งนาในเมืองสโตนีย์ครีก ใกล้กับแชงค์สวิลล์ รัฐเพนซิลเวเนียหลังจากผู้โดยสารก่อการจลาจล เหตุการณ์นี้เป็นการโจมตีจากต่างชาติที่ร้ายแรงที่สุดในแผ่นดินอเมริกา นับตั้งแต่การโจมตีเพิร์ลฮาร์เบอร์ของญี่ปุ่นเมื่อวันที่ 7 ธันวาคม 1941 และจนถึงทุกวันนี้ก็ยังคงเป็นการโจมตีของผู้ก่อการร้ายที่ร้ายแรงที่สุดในประวัติศาสตร์มนุษยชาติ 

การโจมตีเหล่านี้ดำเนินการโดยอัล-เคดา โดยดำเนินการตามฟัตวาปี 1998ที่ออกต่อต้านสหรัฐฯ และพันธมิตรโดยบุคคลภายใต้การบังคับบัญชาของบิน ลาเดน อัล-ซาวาฮิรี และคนอื่นๆ^{[ 29 ]}หลักฐานชี้ไปที่หน่วยพลีชีพที่นำโดยโมฮาเหม็ด อัตตา ผู้บัญชาการทหารของอัล-เคดา เป็นผู้ก่อเหตุโจมตี โดยมีบิน ลาเดน อัยมาน อัล-ซาวาฮิรี คาลิดเชค โมฮัมเหม็ดและฮัมบาลีเป็นผู้วางแผนหลักและเป็นส่วนหนึ่งของการบังคับบัญชาทางการเมืองและการทหาร

ข้อความที่บิน ลาเดนเผยแพร่หลังเหตุการณ์ 9/11 อธิบายถึงแรงจูงใจของอัล-เคดา โดยส่วนใหญ่เขากล่าวว่าเหตุการณ์ 9/11 เกิดจากนโยบายต่างประเทศของสหรัฐฯ ที่กดขี่ชาวมุสลิม^{[ 191 ]}ใน " จดหมายถึงชาวอเมริกัน " ที่ตีพิมพ์ในปี 2545 บิน ลาเดนระบุว่า:

ทำไมเราจึงต่อสู้และต่อต้านคุณ? คำตอบนั้นง่ายมาก: ... เพราะคุณโจมตีเราและยังคงโจมตีเราต่อไป ... รัฐบาลและสื่ออเมริกันยังคงปฏิเสธที่จะตอบคำถาม: ทำไมพวกเขาถึงโจมตีเราในนิวยอร์กและวอชิงตัน? ถ้าชารอนเป็นคนรักสันติในสายตาของบุชแล้ว เราก็เป็นคนรักสันติเช่นกัน!!! อเมริกาไม่เข้าใจภาษาของมารยาทและหลักการ ดังนั้นเราจึงพูดกับพวกเขาโดยใช้ภาษาที่พวกเขาเข้าใจ^{[ 31 ] [ 192 ]}

บิน ลาเดน อ้างว่าอเมริกากำลังสังหารหมู่ชาวมุสลิมใน " ปาเลสไตน์เชชเนียแคชเมียร์และอิรัก" และชาวมุสลิมควร "มีสิทธิที่จะโจมตีตอบโต้" เขายังอ้างว่าการโจมตี 9/11 ไม่ได้มุ่งเป้าไปที่ผู้คน แต่เป็น "สัญลักษณ์แห่งอำนาจทางทหารและเศรษฐกิจของอเมริกา" แม้ว่าเขาจะวางแผนโจมตีในตอนเช้าซึ่งเป็นช่วงเวลาที่คนส่วนใหญ่ในพื้นที่เป้าหมายอยู่ และจะทำให้มีผู้เสียชีวิตมากที่สุด^{[ 193 ]}

ต่อมามีหลักฐานปรากฏว่าเป้าหมายเดิมของการโจมตีอาจเป็นโรงไฟฟ้านิวเคลียร์บนชายฝั่งตะวันออกของสหรัฐฯ ต่อมากลุ่มอัล-เคดาได้เปลี่ยนเป้าหมาย เนื่องจากเกรงว่าการโจมตีดังกล่าว "อาจควบคุมไม่ได้" ^{[ 194 ] [ 195 ]}

หลังเหตุการณ์โจมตี 9/11 ไม่นาน รัฐบาลสหรัฐฯได้ตอบสนองและเริ่มเตรียมกองกำลังติดอาวุธเพื่อโค่นล้มกลุ่มตาลีบัน ซึ่งสหรัฐฯ เชื่อว่าให้ที่พักพิงแก่อัล-เคดา สหรัฐฯ เสนอ โอกาสให้ มุลลาห์ โอมาร์ ผู้นำตาลีบัน ยอม มอบตัวบิน ลาเดนและผู้ร่วมงานระดับสูงของเขา กองกำลังชุดแรกที่ถูกส่งเข้าไปในอัฟกานิสถานคือเจ้าหน้าที่กึ่งทหารจากหน่วยปฏิบัติการพิเศษ (SAD) ซึ่งเป็นหน่วยชั้นยอดของซีไอเอ

กลุ่มตาลีบันเสนอที่จะส่งตัวบิน ลาเดนให้กับประเทศที่เป็นกลางเพื่อดำเนินคดี หากสหรัฐฯ จะให้หลักฐานว่าบิน ลาเดนมีส่วนเกี่ยวข้องกับการโจมตี ประธานาธิบดีจอร์จ ดับเบิลยู. บุช ของสหรัฐฯ ตอบกลับว่า "เรารู้ว่าเขามีความผิด ส่งตัวเขามา" ^{[ 196 ]}และนายกรัฐมนตรีโทนี่ แบลร์ ของอังกฤษ เตือนกลุ่มตาลีบันว่า "ส่งตัวบิน ลาเดนมา หรือไม่ก็ยอมเสียอำนาจ" ^{[ 197 ]}

หลังจากนั้นไม่นาน สหรัฐฯ และพันธมิตรได้บุกอัฟกานิสถาน และร่วมกับพันธมิตรทางเหนือของอัฟกานิสถานโค่นล้มรัฐบาลตาลีบันในฐานะส่วนหนึ่งของสงครามในอัฟกานิสถานผลจาก การสนับสนุนของ หน่วยรบพิเศษและ กองกำลัง ทางอากาศ ของสหรัฐฯ ต่อกองกำลังภาคพื้นดินของพันธมิตรทางเหนือ ทำให้ ค่ายฝึก ของ ตาลีบันและอัล-เคดาจำนวนหนึ่งถูกทำลาย และเชื่อกันว่าโครงสร้างการปฏิบัติงานส่วนใหญ่ของอัล-เคดาถูกทำลายลง หลังจากถูกขับไล่ออกจากตำแหน่งสำคัญใน พื้นที่ โทราโบราของอัฟกานิสถาน นักรบอัล-เคดาจำนวนมากพยายามรวมกลุ่มกันใหม่ในภูมิประเทศที่ทุรกันดารของภูมิภาคการ์เดซ

ในช่วงต้นปี 2002 กลุ่มอัล-เคดาได้รับความเสียหายอย่างหนักต่อศักยภาพในการปฏิบัติการ และการรุกรานอัฟกานิสถานดูเหมือนจะประสบความสำเร็จ อย่างไรก็ตามการก่อความไม่สงบของกลุ่มตาลีบันยังคงมีอยู่มากในอัฟกานิสถาน

การถกเถียงยังคงดำเนินต่อไปเกี่ยวกับลักษณะบทบาทของอัล-เคดาในการโจมตี 9/11 กระทรวงการต่างประเทศสหรัฐฯเผยแพร่วิดีโอเทปที่แสดงให้เห็นบิน ลาเดนพูดคุยกับกลุ่มผู้ร่วมงานกลุ่มเล็กๆ ในอัฟกานิสถานไม่นานก่อนที่กลุ่มตาลีบันจะถูกขับออกจากอำนาจ^{[ 198 ]}แม้ว่าจะมีคนตั้งคำถามถึงความถูกต้องของเทปนี้อยู่บ้าง^{[ 199 ]} แต่ เทปนี้ก็บ่งชี้อย่างชัดเจนว่าบิน ลาเดนและอัล-เคดามีส่วนเกี่ยวข้องในเหตุการณ์ 9/11 เทปนี้ถูกออกอากาศทางช่องโทรทัศน์ หลายช่อง พร้อมกับคำแปลภาษาอังกฤษที่จัดทำโดยกระทรวงกลาโหมสหรัฐฯ^{[ 200 ]}

ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2547 คณะกรรมการ 9/11ได้สรุปอย่างเป็นทางการว่าการโจมตีดังกล่าวถูกวางแผนและดำเนินการโดยผู้ปฏิบัติงานของอัล-เคดา^{[ 201 ]}ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2547 บิน ลาเดน ปรากฏตัวเพื่ออ้างความรับผิดชอบต่อการโจมตีในวิดีโอที่เผยแพร่ผ่านอัลจาซีรา โดยกล่าวว่าเขาได้รับแรงบันดาลใจจากการโจมตีตึกสูงของอิสราเอลในการรุกรานเลบานอน ในปี พ.ศ. 2525 : "ขณะที่ผมมองดูตึกสูงที่ถูกทำลายในเลบานอน ผมก็คิดขึ้นมาว่าเราควรลงโทษผู้กดขี่ด้วยวิธีการเดียวกัน และเราควรทำลายตึกสูงในอเมริกาเพื่อให้พวกเขาได้ลิ้มรสสิ่งที่เราได้ลิ้มรส และเพื่อเป็นการยับยั้งไม่ให้พวกเขาฆ่าผู้หญิงและเด็กของเรา" ^{[ 202 ]}

ภายในสิ้นปี 2004 รัฐบาลสหรัฐฯ ประกาศว่าสองในสามของบุคคลสำคัญที่สุดของอัล-เคดาตั้งแต่ปี 2001 ถูกจับกุมและสอบสวนโดยซีไอเอ ได้แก่อบู ซูบายดาห์รามซี บิน อัล-ชิบห์และอับดุล ราฮิม อัล-นาชีรีในปี 2002 ^{[ 203 ]}คาลิด เชค โมฮัม เหม็ด ในปี 2003 ^{[ 204 ]}และไซฟ์ อัล อิสลาม เอล มาสรีในปี 2004 ^{[ 205 ]}โมฮัมเหม็ด อาเตฟและคนอื่นๆ อีกหลายคนถูกสังหารฝ่ายตะวันตกถูกวิพากษ์วิจารณ์ว่าไม่สามารถจัดการกับอัล-เคดาได้แม้จะผ่านสงครามมานานกว่าทศวรรษแล้ว^{[ 206 ]}

การมีส่วนร่วมของอัล-เคดาในแอฟริกาได้แก่ การโจมตีด้วยระเบิดหลายครั้งในแอฟริกาเหนือ ขณะเดียวกันก็ให้การสนับสนุนฝ่ายต่างๆ ในสงครามกลางเมืองในเอริเทรียและโซมาเลีย ตั้งแต่ปี 1991 ถึง 1996 บิน ลาเดนและผู้นำอัล-เคดาคนอื่นๆ อาศัยอยู่ในซูดาน

กลุ่มกบฏอิสลามในทะเลทรายซาฮาราที่เรียกตัวเองว่าอัล-เคดาในอิสลามิกมาเกร็บได้เพิ่มความรุนแรงขึ้นในช่วงหลายปีก่อนปี 2009 ^{[ 207 ]}เจ้าหน้าที่ฝรั่งเศสกล่าวว่ากลุ่มกบฏไม่มีความเชื่อมโยงที่แท้จริงกับผู้นำของอัล-เคดา แต่เรื่องนี้เป็นที่ถกเถียงกัน ดูเหมือนว่าบิน ลาเดนจะอนุมัติชื่อกลุ่มในช่วงปลายปี 2006 และกลุ่มกบฏ "รับเอาชื่อแฟรนไชส์ของอัล-เคดามาใช้" เกือบหนึ่งปีก่อนที่ความรุนแรงจะเริ่มทวีความรุนแรงขึ้น^{[ 208 ]}

องค์กรอิสลามิสต์โซมาเลีย อัล-ชาบาบ เคยให้ที่พักพิงแก่ผู้นำอัล-เคดาในโซมาเลียเป็นครั้งคราว เพื่อแลกกับความช่วยเหลือทางเทคนิค^{[ 209 ] [ 210 ]}ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2552 ในวิดีโอชื่อ "รับใช้ท่าน โอซามา" สมาชิกอัล-ชาบาบประกาศความจงรักภักดีต่อบิน ลาเดนอย่างเปิดเผย แต่สิ่งนี้สะท้อนถึง "การเกี้ยวพาราสีที่ไม่สมหวัง" ซึ่งอัล-เคดาเพิกเฉยเป็นส่วนใหญ่^{[ 211 ]}

ในมาลี มีรายงานว่ากลุ่ม อันซาร์ดีนเป็นพันธมิตรกับอัล-เคดาในปี 2013 ^{[ 212 ] [ 213 ]}

ในปี 2011 กลุ่มอัล-เคดาในแอฟริกาเหนือประณามมูอัมมาร์ กัดดาฟี ผู้นำลิเบีย และประกาศสนับสนุนกลุ่มกบฏต่อต้านกัดดาฟี^{[ 214 ] [ 215 ]}

หลังสงครามกลางเมืองลิเบียการโค่นล้มกัดดาฟี และช่วงเวลาแห่งความรุนแรงหลังสงครามกลางเมืองในลิเบียกลุ่มติดอาวุธอิสลามิสต์ต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับอัล-เคดาสามารถขยายปฏิบัติการในภูมิภาคได้^{[ 216 ]}การโจมตีเบงกาซีใน ปี 2012 ซึ่งส่งผลให้เอกอัครราชทูตสหรัฐฯเจ. คริสโตเฟอร์ สตีเวนส์และชาวอเมริกันอีก 3 คนเสียชีวิต ถูกสงสัยว่าเป็นการกระทำของ เครือข่าย ญิฮาด ต่างๆ เช่น AQIM, Ansar Al-Shariaและกลุ่มอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับอัล-เคดา^{[ 217 ] [ 218 ]}การจับกุมนาซีห์ อับดุล-ฮาเหม็ด อัล-รุไกผู้ปฏิบัติการอาวุโสของอัล-เคดาที่สหรัฐฯ ต้องการตัวเนื่องจากมีส่วนเกี่ยวข้องกับการวางระเบิดสถานทูตสหรัฐฯ ในปี 1998 เมื่อวันที่ 5 ตุลาคม 2013 โดยหน่วยซีลของกองทัพเรือสหรัฐฯเจ้าหน้าที่FBIและ CIA แสดงให้เห็นถึงความสำคัญที่สหรัฐฯ และพันธมิตรตะวันตกอื่นๆ ให้ความสำคัญกับแอฟริกาเหนือ^{[ 219 ]}

ก่อนเหตุการณ์ 9/11 และการรุกรานอัฟกานิสถานของสหรัฐฯ ชาวตะวันตกที่ได้รับการคัดเลือกเข้าค่ายฝึกอบรมของอัล-เคดาเป็นที่ต้องการตัวของฝ่ายทหารของอัล-เคดา โดยทั่วไปแล้ว ผู้ที่ได้รับการคัดเลือกจากยุโรปมักมีทักษะด้านภาษาและความรู้เกี่ยวกับวัฒนธรรมตะวันตก เช่นเดียวกับโมฮาเหม็ด อัตตา ชาวอียิปต์ที่กำลังศึกษาอยู่ในเยอรมนีในขณะที่ได้รับการฝึกอบรม และสมาชิกคนอื่นๆ ของกลุ่มฮัมบูร์ก ต่อมา โอซามา บิน ลาเดน และโมฮัมเหม็ด อาเตฟได้ระบุว่าอัตตาเป็นหัวหน้ากลุ่มผู้ก่อการร้ายที่ก่อเหตุ 9/11หลังจากการโจมตี หน่วยข่าวกรองตะวันตกได้สรุปว่ากลุ่มอัล-เคดาที่ปฏิบัติการในยุโรปได้ให้ความช่วยเหลือผู้ก่อการร้ายด้านการเงินและการสื่อสารกับผู้นำส่วนกลางที่อยู่ในอัฟกานิสถาน^{[ 151 ] [ 220 ]}

ในปี พ.ศ. 2546 กลุ่มอิสลามิสต์ได้ก่อเหตุระเบิดหลายครั้งในอิสตันบูลทำให้มีผู้เสียชีวิต 57 คน และบาดเจ็บ 700 คน ทางการตุรกีได้ตั้งข้อหาแก่บุคคล 74 คน บางคนเคยพบกับบิน ลาเดนมาก่อน และถึงแม้พวกเขาจะปฏิเสธที่จะให้คำสัตย์ปฏิญาณต่ออัล-เคดา แต่พวกเขาก็ขอพรและความช่วยเหลือจากอัล-เคดา^{[ 221 ] [ 222 ]}

ในปี 2009 ชาวลอนดอนสามคน ได้แก่ Tanvir Hussain, Assad Sarwar และ Ahmed Abdullah Ali ถูกตัดสินว่ามีความผิดฐานสมคบคิดจุดระเบิดที่ปลอมเป็นเครื่องดื่มบนเครื่องบินเจ็ดลำที่มุ่งหน้าไปยังแคนาดาและสหรัฐอเมริกา การสืบสวน ของMI5เกี่ยวกับแผนการดังกล่าวใช้เวลามากกว่าหนึ่งปีในการเฝ้าระวังโดยเจ้าหน้าที่กว่าสองร้อยนาย^{[ 223 ] [ 224 ] [ 225 ]}เจ้าหน้าที่อังกฤษและสหรัฐอเมริกากล่าวว่าแผนการดังกล่าว–ซึ่งแตกต่างจากแผนการก่อการร้ายอิสลามในประเทศของยุโรปที่คล้ายคลึงกันหลายแผน–มีความเชื่อมโยงโดยตรงกับอัล-เคดาและได้รับการชี้นำโดยสมาชิกอาวุโสของอัล-เคดาในปากีสถาน^{[ 226 ] [ 227 ]}  

ในปี 2555 หน่วยข่าวกรองรัสเซียระบุว่าอัล-เคดาได้เรียกร้องให้มี "ญิฮาดป่า" และได้จุดไฟป่าครั้งใหญ่เป็นส่วนหนึ่งของกลยุทธ์ "การตัดพันครั้ง" ^{[ 228 ]}

หลังจากการรวมชาติเยเมนในปี 1990 เครือข่ายวะฮาบีเริ่มส่งมิชชันนารีเข้ามาในประเทศ แม้ว่าจะเป็นไปได้ยากที่บิน ลาเดนหรืออัล-เคดาซาอุดีอาระเบียจะมีส่วนเกี่ยวข้องโดยตรง แต่ความสัมพันธ์ส่วนตัวที่พวกเขาสร้างขึ้นจะถูกเปิดเผยในช่วงทศวรรษถัดมาและถูกนำมาใช้ใน^การวางระเบิดเรือUSS Cole [ ^{229 ]}ความกังวลเกี่ยวกับกลุ่มอัล-เคดาในเยเมนเพิ่มมากขึ้น^{[ 230 ]}

ในอิรัก กองกำลังอัล-เคดาซึ่งมีความเกี่ยวข้องอย่างหลวมๆ กับผู้นำได้แทรกซึมอยู่ใน กลุ่ม Jama'at Al-Tawhid wal-Jihadที่นำโดยAbu Musab al-Zarqawiโดยมีความเชี่ยวชาญในการปฏิบัติการพลีชีพ พวกเขาเป็น "ตัวขับเคลื่อนหลัก" ของ การก่อความไม่สงบ ของชาวซุนนี^{[ 231 ]}แม้ว่าพวกเขาจะมีบทบาทเล็กน้อยในการก่อความไม่สงบโดยรวม แต่ระหว่าง 30% ถึง 42% ของการโจมตีพลีชีพทั้งหมดที่เกิดขึ้นในช่วงปีแรกๆ นั้น กลุ่มของ al-Zarqawi อ้างว่าเป็นผู้ลงมือ^{[ 232 ] [ 233 ]}รายงานระบุว่า การละเลย เช่น ความล้มเหลวในการควบคุมการเข้าถึงโรงงานผลิตกระสุน Qa'qaa ในYusufiyahทำให้กระสุนจำนวนมากตกไปอยู่ในมือของอัล-เคดา^{[ 234 ]}ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2553 กลุ่มติดอาวุธรัฐอิสลามแห่งอิรักซึ่งเชื่อมโยงกับอัล-เคดาในอิรัก ได้ขู่ว่าจะ "กำจัดคริสเตียนอิรัก ทั้งหมด " ^{[ 235 ] [ 236 ]}

อัล-เคดาไม่ได้เริ่มฝึกชาวปาเลสไตน์จนกระทั่งช่วงปลายทศวรรษ 1990 ^{[ 237 ]}กลุ่มใหญ่ๆ เช่นฮามาสและญิฮาดอิสลามปาเลสไตน์ได้ปฏิเสธการเป็นพันธมิตรกับอัล-เคดา โดยเกรงว่าอัล-เคดาจะเข้าควบคุมกลุ่มของพวกเขา สถานการณ์นี้อาจเปลี่ยนแปลงไปเมื่อเร็วๆ นี้ หน่วยงานความมั่นคงและหน่วยข่าวกรองของอิสราเอลเชื่อว่าอัล-เคดาสามารถแทรกซึมผู้ปฏิบัติงานจากดินแดนที่ถูกยึดครองเข้าไปในอิสราเอลได้ และกำลังรอโอกาสที่จะโจมตี^{[ 237 ]}

ข้อมูล ณ ปี 2015ซาอุดีอาระเบีย กาตาร์ และตุรกีให้การสนับสนุนกองทัพแห่งการพิชิต อย่างเปิดเผย [ ^{238 ] [ 239 ] ซึ่ง เป็น}กลุ่มกบฏที่ต่อสู้ในสงครามกลางเมืองซีเรียต่อต้านรัฐบาลซีเรีย โดยมีรายงานว่ากลุ่มอัล- นูสราฟรอนต์ที่เชื่อมโยงกับอัล- เคดา และ กลุ่มพันธมิตร ซาลาฟี อีกกลุ่มหนึ่ง ที่รู้จักกันในชื่ออัห์ราร์ อัล-ชาม^{[ 240 ]}

บิน ลาเดนและอัล-ซาวาฮิรีถือว่าอินเดียเป็นส่วนหนึ่งของการสมคบคิดระหว่างพวกครูเซเดอร์-ไซออนิสต์-ฮินดูที่กล่าวหาว่าต่อต้านโลกอิสลาม^{[ 241 ]}บิน ลาเดนมีส่วนร่วมในการฝึกอบรมนักรบเพื่อญิฮาดในแคชเมียร์ขณะที่อาศัยอยู่ในซูดานในช่วงต้นทศวรรษ 1990 ภายในปี 2001 กลุ่มติดอาวุธแคชเมียร์Harkat-ul-Mujahideenได้กลายเป็นส่วนหนึ่งของพันธมิตรอัล-เคดา^{[ 242 ]}ตามรายงานของข้าหลวงใหญ่แห่งสหประชาชาติว่าด้วยผู้ลี้ภัย (UNHCR) เชื่อกันว่าอัล-เคดาได้จัดตั้งฐานที่มั่นในแคชเมียร์ที่อยู่ภายใต้การปกครองของปากีสถาน (ในอาซาดแคชเมียร์และในระดับหนึ่งในกิลกิต-บัลติสถาน ) ในช่วงสงครามคาร์กิล ปี 1999 และยังคงดำเนินการอยู่ที่นั่นโดยได้รับความเห็นชอบโดยปริยายจากหน่วยข่าวกรองของปากีสถาน^{[ 243 ]}

นักรบหลายคนที่เคลื่อนไหวในแคชเมียร์ได้รับการฝึกฝนในโรงเรียนสอนศาสนา เดียวกัน กับกลุ่มตาลีบันและอัล-เคดาฟาซลูร์ เรห์มาน คาลิลจากกลุ่มนักรบแคชเมียร์ฮาร์กัต-อุล-มูจาฮิดีน เป็นผู้ลงนามในคำประกาศ ญิฮาดของอัล-เคดาในปี 1998 ต่อต้านอเมริกาและพันธมิตร^{[ 244 ]} ใน จดหมายถึงชาวอเมริกันในปี 2002 บิน ลาเดน เขียนว่าหนึ่งในเหตุผลที่เขาต่อสู้กับอเมริกาคือเพราะอเมริกาสนับสนุนอินเดียในประเด็นแคชเมียร์^{[ 31 ]}ในเดือนพฤศจิกายน 2001 สนามบิน กาฐมาณฑุอยู่ในภาวะเฝ้าระวังขั้นสูงหลังจากมีภัยคุกคามว่าบิน ลาเดน วางแผนที่จะจี้เครื่องบินและพุ่งชนเป้าหมายในนิวเดลี^{[ 245 ]} ในปี 2002 โดนัลด์ รัมส์เฟลด์รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมสหรัฐฯในระหว่างการเดินทางไปเดลี ได้เสนอแนะว่าอัล-เคดาเคลื่อนไหวอยู่ในแคชเมียร์ แม้ว่าเขาจะไม่มีหลักฐานใดๆ ก็ตาม^{[ 246 ] [ 247 ]}รัมส์เฟลด์เสนอให้ติดตั้งเซนเซอร์ภาคพื้นดินไฮเทคตามแนวเส้นควบคุมเพื่อป้องกันไม่ให้กลุ่มติดอาวุธแทรกซึมเข้าไปในแคชเมียร์ที่อยู่ภายใต้การปกครองของอินเดีย^{[ 247 ]} การสืบสวนในปี 2545 พบหลักฐานว่าอัล-เคดาและกลุ่มพันธมิตรเจริญรุ่งเรืองในแคชเมียร์ที่อยู่ภายใต้การปกครองของปากีสถานโดยได้รับการอนุมัติโดยปริยายจากหน่วยข่าวกรองระหว่างกองทัพของ ปากีสถาน ^{[ 248 ]}ในปี 2545 หน่วยปฏิบัติการพิเศษของสหรัฐฯ และอังกฤษถูกส่งเข้าไปในแคชเมียร์ที่อยู่ภายใต้การปกครองของอินเดียเพื่อตามล่าบิน ลาเดน หลังจากได้รับรายงานว่าเขาได้รับการคุ้มครองโดยกลุ่มติดอาวุธชาวแคชเมียร์ฮาร์กัต-อุล-มูจาฮิ ดีน ซึ่งเป็นผู้รับผิดชอบในการลักพาตัวนักท่องเที่ยวชาวตะวันตกในแคชเมียร์ในปี 2538 ^{[ 249 ]} Rangzieb Ahmedผู้ปฏิบัติการระดับสูงของอัล-เคดาในสหราชอาณาจักรเคยต่อสู้ในแคชเมียร์กับกลุ่มHarkat-ul-Mujahideenและใช้เวลาอยู่ในเรือนจำอินเดียหลังจากถูกจับกุมในแคชเมียร์^{[ 250 ]}

เจ้าหน้าที่สหรัฐฯ เชื่อว่าอัล-เคดากำลังช่วยวางแผนโจมตีในแคชเมียร์เพื่อก่อให้เกิดความขัดแย้งระหว่างอินเดียและปากีสถาน^{[ 251 ]}กลยุทธ์ของพวกเขาคือการบังคับให้ปากีสถานเคลื่อนกำลังทหารไปยังชายแดนติดกับอินเดีย เพื่อลดแรงกดดันต่อกลุ่มอัล-เคดาที่ซ่อนตัวอยู่ในปากีสถานตะวันตกเฉียงเหนือ^{[ 252 ]}ในปี 2549 อัล-เคดาอ้างว่าได้จัดตั้งสาขาในแคชเมียร์^{[ 244 ] [ 253 ]} อย่างไรก็ตาม พลเอก HS Panagแห่งกองทัพอินเดียแย้งว่ากองทัพได้ตัดความเป็นไปได้ที่อัล-เคดาจะอยู่ในจัมมูและแคชเมียร์ ที่อยู่ภายใต้การปกครองของอินเดียออกไปแล้ว Panag ยังกล่าวอีกว่าอัล-เคดามีความสัมพันธ์ที่แน่นแฟ้นกับกลุ่มติดอาวุธแคชเมียร์Lashkar-e-TaibaและJaish-e-Mohammedซึ่งตั้งอยู่ในปากีสถาน^{[ 254 ]}เป็นที่ทราบกันดีว่าวาซิริสถานได้กลายเป็นสนามรบสำหรับนักรบชาวแคชเมียร์ที่ต่อสู้กับนาโตเพื่อสนับสนุนอัล-เคดาและตาลีบัน^{[ 255 ] [ 256 ] [ 257 ]}ดีเรน บารอตผู้เขียนหนังสือArmy of Madinah in Kashmir ^{[ 258 ]}และเป็นสมาชิกอัล-เคดาที่ถูกตัดสินว่ามีความผิดฐานเกี่ยวข้องกับแผนการปล้นอาคารทางการเงินในปี 2547ได้รับการฝึกฝนด้านอาวุธและวัตถุระเบิดที่ค่ายฝึกนักรบในแคชเมียร์^{[ 259 ]}

เชื่อกันว่าเมาลานา มาซูด อัซฮาร์ผู้ก่อตั้งกลุ่มจาอิช-อี-โมฮัมหมัด ในแคชเมียร์ ได้พบกับบิน ลาเดนหลายครั้งและได้รับเงินทุนจากเขา ^{[ 244 ]}ในปี 2545 จาอิช-อี-โมฮัมหมัดได้วางแผนลักพาตัวและฆาตกรรมแดเนียล เพิร์ลในปฏิบัติการที่ดำเนินการร่วมกับอัล-เคดาและได้รับเงินทุนจากบิน ลาเดน^{[ 260 ]}ตามที่บรูซ รีดเดลผู้เชี่ยวชาญด้านการต่อต้านการก่อการร้าย ของอเมริกากล่าว อัล-เคดาและตาลีบันมีส่วนเกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดในการจี้เครื่องบินโดยสารอินเดียแอร์ไลน์เที่ยวบินที่ 814ไปยังกันดาฮาร์ ในปี 2542 ซึ่งนำไปสู่การปล่อยตัวเมาลานา มาซูด อัซฮาร์และอาห์เหม็ด โอมาร์ ซาอีด เชค จากเรือนจำอินเดีย รีดเดลกล่าวว่า การจี้ครั้งนี้ได้รับการอธิบายอย่างถูกต้องโดย จัสวันต์ ซิงห์รัฐมนตรีต่างประเทศอินเดียในขณะนั้นว่าเป็น 'การซ้อมใหญ่' สำหรับการโจมตี 11 กันยายน^{[ 261 ]}บิน ลาเดน ต้อนรับอัซฮาร์ด้วยตนเองและจัดงานเลี้ยงอย่างหรูหราเพื่อเป็นเกียรติแก่เขาหลังจากการปล่อยตัว^{[ 262 ] [ 263 ]}อาห์เหม็ด โอมาร์ ซาอีด เชค ผู้ซึ่งถูกจำคุกเนื่องจากมีส่วน เกี่ยวข้องกับ การลักพาตัวนักท่องเที่ยวชาวตะวันตกในอินเดียเมื่อปี 1994ได้ลงมือฆ่าแดเนียล เพิร์ลและถูกตัดสินประหารชีวิตในปากีสถานราชีด ราอุฟ ผู้ปฏิบัติการของอัล-เคดา ซึ่งเป็นหนึ่งในผู้ต้องหาในแผนการลักพาตัวเครื่องบินข้ามมหาสมุทรแอตแลนติกในปี 2006มีความสัมพันธ์ทางสายเลือดกับเมาลานา มาซูด อัซฮาร์ โดยการแต่งงาน^{[ 264 ]}

กลุ่ม Lashkar-e-Taiba ซึ่งเชื่อกันว่าเป็นผู้อยู่เบื้องหลังการโจมตีเมืองมุมไบในปี 2008ยังเป็นที่รู้จักกันดีว่ามีความสัมพันธ์ที่แน่นแฟ้นกับผู้นำระดับสูงของอัล-เคดาที่อาศัยอยู่ในปากีสถาน^{[ 265 ]} ในช่วงปลายปี 2002 Abu Zubaydahผู้ปฏิบัติการระดับสูงของอัล-เคดาถูกจับกุมในขณะที่ได้รับการคุ้มครองโดย Lashkar-e-Taiba ในบ้านพักปลอดภัยในเมืองไฟซาลาบาด [ ^{266 ] FBI}เคยระบุว่าอัล-เคดาและ Lashkar มีความเกี่ยวพันกันมานานแล้ว ในขณะที่ CIA กล่าวว่าอัล-เคดาให้เงินสนับสนุน Lashkar-e-Taiba ^{[ 266 ]} Jean-Louis Bruguièreกล่าวในปี 2009 ว่า "Lashkar-e-Taiba ไม่ใช่ขบวนการของปากีสถานที่มีวาระทางการเมืองหรือการทหารเกี่ยวกับแคชเมียร์เพียงอย่างเดียวอีกต่อไป Lashkar-e-Taiba เป็นสมาชิกของอัล-เคดา" ^{[ 267 ] [ 268 ]}

ในวิดีโอที่เผยแพร่ในปี 2551 Adam Yahiye Gadahn ผู้ปฏิบัติการของอัล-เคดา กล่าวว่า "ชัยชนะในแคชเมียร์ล่าช้ามาหลายปีแล้ว การปลดปล่อยญิฮาดจากการแทรกแซงนี้ หากพระเจ้าทรงประสงค์ จะเป็นก้าวแรกสู่ชัยชนะเหนือผู้ยึดครองชาวฮินดูในดินแดนอิสลามนั้น" ^{[ 269 ]}

ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2552 มีรายงานว่า การโจมตีด้วยโดรน ของสหรัฐฯ สังหารอิลิยาส คัชมีรี หัวหน้า กลุ่ม ฮาร์กัต-อุล-ญิฮาด อัล-อิสลามีกลุ่มติดอาวุธชาวแคชเมียร์ที่เกี่ยวข้องกับอัล-เคดา^{[ 270 ]}รีเดลอธิบายว่าคัชมีรีเป็นสมาชิกคนสำคัญของอัล-เคดา^{[ 271 ]}ในขณะที่คนอื่นๆ อธิบายว่าเขาเป็นหัวหน้าฝ่ายปฏิบัติการทางทหารของอัล-เคดา^{[ 272 ] [ 273 ]}สหรัฐฯ ยังตั้งข้อหาคัชมีรีในแผนการต่อต้าน หนังสือพิมพ์ จิลลันด์ส-โพสเตนหนังสือพิมพ์เดนมาร์กซึ่งเป็นศูนย์กลางของข้อโต้แย้งเรื่องการ์ตูนมูฮัมหมัด ในปี พ.ศ. 2548 ^{[ 274 ]}เจ้าหน้าที่สหรัฐฯ ยังเชื่อว่าคัชมีรีมีส่วนเกี่ยวข้องกับการโจมตีค่ายแชปแมนต่อซีไอเอ^{[ 275 ]}ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2553 ทางการอินเดียได้แจ้งให้สหราชอาณาจักรทราบถึงแผนการของอัล-เคดาที่จะจี้เครื่องบินของสายการบินอินเดียแอร์ไลน์หรือแอร์อินเดีย และนำไปชนในเมืองของอังกฤษ ข้อมูลนี้ได้มาจากการสอบสวนอัมจาด ควาจา ผู้ปฏิบัติงานของฮาร์กัต-อุล-ญิฮาด อัล-อิสลามีซึ่งถูกจับกุมในอินเดีย^{[ 276 ]}

ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2553 โรเบิร์ต เกตส์รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมสหรัฐฯในระหว่างการเยือนปากีสถาน กล่าวว่าอัล-เคดากำลังพยายามทำให้ภูมิภาคนี้ไม่มั่นคงและวางแผนที่จะก่อให้เกิดสงครามนิวเคลียร์ระหว่างอินเดียและปากีสถาน^{[ 277 ]}

อัล-เคดาและผู้สืบทอดได้ย้ายไปใช้ช่องทางออนไลน์เพื่อหลีกเลี่ยงการตรวจจับในบรรยากาศของการเฝ้าระวังระหว่างประเทศที่เพิ่มมากขึ้น การใช้อินเทอร์เน็ตของกลุ่มมีความซับซ้อนมากขึ้น โดยมีกิจกรรมออนไลน์ที่รวมถึงการระดมทุน การสรรหา การสร้างเครือข่าย การระดมพล การประชาสัมพันธ์ และการเผยแพร่ การรวบรวม และการแบ่งปันข้อมูล^{[ 278 ]}

กลุ่มอัล-เคดาในอิรักของอบู อัยยูบ อัล-มาสรี เผยแพร่คลิปวิดีโอสั้นๆ เป็นประจำเพื่อเชิดชูการกระทำของมือระเบิดฆ่าตัวตายญิฮาด นอกจากนี้ ทั้งก่อนและหลังการเสียชีวิตของอัล-ซาร์กาวี องค์กรหลักที่อัล-เคดาในอิรักสังกัดอยู่ คือ สภาชูรามูจาฮิดีนก็มีกิจกรรมบนเว็บไซต์ อย่างสม่ำเสมอ

เนื้อหามัลติมีเดียที่หลากหลายประกอบด้วยคลิปการฝึกกองโจร ภาพนิ่งของเหยื่อที่กำลังจะถูกสังหาร คำให้การของมือระเบิดฆ่าตัวตาย และวิดีโอที่แสดงการเข้าร่วมญิฮาดผ่านภาพเหมือนของมัสยิดและดนตรีประกอบ เว็บไซต์ที่เกี่ยวข้องกับอัล-เคดาได้โพสต์วิดีโอของนิค เบิร์ก นักธุรกิจชาวอเมริกัน ที่ถูกจับกุมและถูกตัดศีรษะในอิรัก วิดีโอและภาพการตัดศีรษะอื่นๆ รวมถึงของพอล จอห์นสันคิม ซุน-อิล (โพสต์บนเว็บไซต์) ^{[ 279 ]}และแดเนียล เพิร์ลที่ได้รับจากผู้สืบสวน ก็ได้เกิดขึ้นเช่นกัน^{[ 280 ]}

ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2547 มีการโพสต์ข้อความเสียงที่อ้างว่าเป็นของบิน ลาเดน ไปยังเว็บไซต์โดยตรง แทนที่จะส่งสำเนาไปให้อัลจาซีราเหมือนที่เคยทำในอดีต อัล-เคดาหันมาใช้อินเทอร์เน็ตในการเผยแพร่วิดีโอของตน เพื่อให้แน่ใจว่าวิดีโอเหล่านั้นจะพร้อมใช้งานโดยไม่ถูกตัดต่อ แทนที่จะเสี่ยงต่อการที่อัลจาซีราจะตัดส่วนใดๆ ที่วิพากษ์วิจารณ์ราชวงศ์ซาอุดีอาระเบียออก ไป ^{[ 281 ]}

รัฐบาลสหรัฐฯ ได้ตั้งข้อหาบาบาร์ อาห์ หมัด ผู้เชี่ยวชาญ ด้าน เทคโนโลยีสารสนเทศชาวอังกฤษ ในข้อหาก่อการร้ายที่เกี่ยวข้องกับการดำเนินงานเครือข่ายเว็บไซต์อัล-เคดาภาษาอังกฤษ เช่น Azzam.com เขาถูกตัดสินว่ามีความผิดและถูกลง^{โทษจำ}คุก12 ปีครึ่ง^{[ 282 ] [} 283 ^{] [ 284 ]}

ตามข้อมูลของสหรัฐอเมริกา ณ ปี 2010 อัล-เคดาได้ดำเนินการเครือข่ายการบินลับซึ่งรวมถึง " เครื่องบินโบอิ้ง 727 หลายลำ" เครื่องบิน ใบพัดและเครื่องบินเจ็ตส่วนตัวในเวลานั้น อัล-เคดาอาจใช้เครื่องบินในการขนส่งยาเสพติดและอาวุธจากอเมริกาใต้ไปยังประเทศต่างๆ ที่ไม่มั่นคงในแอฟริกาตะวันตก เครื่องบินโบอิ้ง 727 สามารถบรรทุกสินค้าได้มากถึง 10 ตัน ยาเสพติดจะถูกลักลอบนำไปยังยุโรปเพื่อจำหน่าย และอาวุธจะถูกนำไปใช้ในความขัดแย้งในแอฟริกาและอาจรวมถึงที่อื่นๆ ด้วย กลุ่มติดอาวุธที่มีความเชื่อมโยงกับอัล-เคดาได้ลักพาตัวชาวยุโรปเพื่อเรียกค่าไถ่เพิ่มมากขึ้น กำไรจากการขายยาเสพติดและอาวุธ รวมถึงการลักพาตัว สามารถนำไปสนับสนุนกิจกรรมทางทหารได้มากขึ้น^{[ 286 ]}