การปรากฏตัวของคริสเตียนชาวเอเชียจำนวนมากในเมืองลียงและการติดต่อสื่อสารกับโลกตะวันออกอาจกระตุ้นความอ่อนไหวของชาวแกลโล-โรมัน จึงเกิดการเบียดเบียนขึ้นในสมัยของ จักรพรรดิ มาร์คัส ออเรลิอุสเหยื่อของการเบียดเบียนในเมืองลียงมีจำนวน 48 คน ครึ่งหนึ่งเป็น ชาว กรีกอีกครึ่งหนึ่งเป็นชาวแกลโล-โรมัน หนึ่งในนั้นคือนักบุญแบลนดินาและนักบุญโพธินัส บิชอปองค์แรกของลียง ซึ่งถูกส่งไปยังแคว้นกอลโดย นักบุญ โพลิคาร์ปราวกลางศตวรรษที่ 2 ตำนานที่กล่าวว่าโพธินัสถูกส่งมาโดยสมเด็จพระสันตะปาปาเคลเมนต์ที่ 1 นั้นมีมาตั้งแต่ศตวรรษที่ 12 และไม่มีมูลความจริง

“ดีคอนแห่งเวียนน์” ที่กล่าวถึงในจดหมายของผู้ศรัทธาแห่งเวียนน์^{[ 3 ]}และลียงถึงคริสเตียนแห่งเอเชียและฟรีเจีย ผู้ซึ่งถูกสังหารที่ลียงระหว่างการเบียดเบียนในปี 177 ^{[ 4 ]}น่าจะเป็นดีคอนที่ได้รับการแต่งตั้งที่เวียนน์โดยอำนาจทางศาสนาของลียง^{[ 5 ]}ตามธรรมเนียมแล้วโบสถ์ Ainayถูกสร้างขึ้น ณ สถานที่ที่พวกเขาถูกสังหาร สุสานของนักบุญโพธินัส ใต้บริเวณร้องเพลงของโบสถ์นักบุญนิซิเยร์ ถูกทำลายในปี 1884 แต่ยังคงมีห้องขังที่เชื่อกันว่าเป็นของโพธินัสอยู่ที่ลียง ซึ่งแอนน์แห่งออสเตรียหลุยส์ที่ 14และปิอุสที่ 7เคยมาอธิษฐาน และสุสานของนักบุญอิเรเนอุสที่สร้างขึ้นในปลายศตวรรษที่ 5 โดยอาร์คบิชอปปาเตียน ซึ่งบรรจุพระศพของท่านไว้

อิเรเนอุสส่งมิชชันนารีออกไปทั่วแคว้นกอล ดังที่ตำนานท้องถิ่นของเบซองซงและเมืองอื่นๆ อีกหลายเมืองระบุไว้^{[ 6 ]}มีจารึกงานศพของศาสนาคริสต์ยุคแรกจำนวนมากในลียง จารึกที่เก่าแก่ที่สุดมีอายุตั้งแต่ปี 334 ฟอสทินัส บิชอปในช่วงครึ่งหลังของศตวรรษที่ 3 ได้เขียนถึงไซเปรียนแห่งคาร์เธจซึ่งกล่าวถึงเขาในจดหมายถึงสมเด็จพระสันตะปาปาสตีเฟนที่ 1ในปี 254 เกี่ยวกับ แนวโน้ม โนวาเทียนของมาร์เซียนบิชอปแห่งอาร์ล^{[ 7 ]}

แต่เมื่อองค์กรปกครองส่วนภูมิภาคใหม่ของไดโอเคลเชียน ( เตตราคี ) ได้แย่งตำแหน่งเมืองหลวงของแคว้นกอลทั้งสามจากลียง เกียรติยศของลียงก็ลดลง^{[ 8 ]}

ประมาณปี 470 เมืองลียงตกอยู่ภายใต้การปกครองของชาวเบอร์กันดี และประมาณปี 479 เมืองลังเกรสก็ตกอยู่ภายใต้การปกครองเช่นกัน^{[ 9 ]}

จากนักบุญยูเชริอุส ( ประมาณ ค.ศ. 433–50 ) พระภิกษุแห่งเลรินส์และผู้ประพันธ์บทเทศน์ ไม่ต้องสงสัยเลยว่ามีการก่อตั้ง "สำนักฤๅษี" ที่ลียง บิชอปปาเตียน (ค.ศ. 456-98) ประสบความสำเร็จในการต่อสู้กับความอดอยากและลัทธิอาริอุส และซิโดเนียส อะพอลลินาริสได้ยกย่องเขาในบทกวี^{[ 10 ]}บิชอปสเตฟานัส (เสียชีวิตก่อน ค.ศ. 515) ร่วมกับบิชอปอาวิตัสแห่งเวียนน์เรียกประชุมสภาที่ลียงเพื่อเปลี่ยนใจพวกอาริอุส บิชอปวิเวนโตลิอุส (ค.ศ. 515-523) ในปี ค.ศ. 517 เป็นประธานร่วมกับบิชอปอาวิตัสในการประชุมสภาเอปาโอเน

เมื่ออำนาจของเบอร์กันดีล่มสลายลงจากการโจมตีซ้ำแล้วซ้ำเล่าของชาวแฟรงก์ในปี 534 ดินแดนของพวกเขาก็ถูกแบ่งออก และ ชิล เดเบิร์ตที่ 1 บุตรชายคนที่สามของโคลวิสแห่งราชวงศ์เมโรวิงเกียน ได้รับเมืองลียง^{[ 9 ]}

ลูปัส พระภิกษุ ต่อมาเป็นบิชอป (535-42) น่าจะเป็นคนแรกที่ถูกเรียกว่าอัครสังฆราชมหานคร ในปี 538 สภาออร์เลอ็องใช้ชื่อตำแหน่ง "เมโทรโพลิแทนัส" ^{[ 11 ]}ซาเซอร์ดอส (549-542) เป็นประธานในสภาออร์เลอ็องในปี 549 และได้รับจากกษัตริย์ชิลเดเบิร์ตให้จัดตั้งโรงพยาบาลทั่วไป นักบุญนิเซติอุส (552-73) ได้รับตำแหน่งพระสังฆราชจากพระสันตะปาปา และสุสานของท่านได้รับการยกย่องด้วยปาฏิหาริย์ เกียรติยศของนักบุญนิเซติอุสคงอยู่ยาวนาน ผู้สืบทอดตำแหน่งของท่าน นักบุญพริเซอุส (573-588) ดำรงตำแหน่งพระสังฆราชและนำสภาในปี 585 ไปสู่การตัดสินใจว่าควรมีการประชุมสภาแห่งชาติทุกสามปีตามคำสั่งของพระสังฆราชและกษัตริย์ Ætherius (588-603) ซึ่งเป็นผู้ติดต่อกับสมเด็จพระสันตะปาปาเกรกอรีที่ 1และอาจเป็นผู้ประกอบพิธีอภิเษกนักบุญออกัสติน อัครทูตแห่งอังกฤษ; นักบุญแอนเนมุนดัสหรือชามองด์ (ประมาณ 650) เพื่อนของนักบุญวิลฟรีด พ่อทูนหัวของโคลแตร์ที่ 3ผู้ถูกประหารชีวิตโดยเอโบรินพร้อมกับพี่ชายของเขา และเป็นนักบุญอุปถัมภ์ของเมืองแซงต์-ชามองด์ ลัวร์ ; นักบุญเจเนเซียสหรือเจเนส (660-679 หรือ 680) เจ้าอาวาสเบเนดิกตินแห่งฟอนเต เนลล์ ผู้ดูแลการกุศลใหญ่และรัฐมนตรีของพระราชินีบาธิลด์ ; นักบุญแลมเบอร์ตัส (ประมาณ 680-690) เจ้าอาวาสแห่งฟอนเตเนลล์เช่นกัน^{[ 8 ]}

ในช่วงปลายศตวรรษที่ 5 ลียงเป็นเมืองหลวงของราชอาณาจักรเบอร์กันดีแต่หลังจากปี 534 ก็ตกอยู่ภายใต้การปกครองของกษัตริย์แฟรงก์^{[ 8 ]}

เมืองนี้ถูกทำลายล้างโดยชาวซาราเซนในปี 725 แต่ได้รับการบูรณะขึ้นใหม่ด้วยความเอื้อเฟื้อเผื่อแผ่ของชาร์เลมาญซึ่งทรงสร้างห้องสมุดอันอุดมสมบูรณ์ขึ้นในอารามแห่งอีล บาร์เบ ในแม่น้ำซาโอเน ทางเหนือของลุกดูนุม จดหมายของไลดราดัสถึงชาร์เลมาญ (807) ^{[ 12 ]}แสดงให้เห็นถึงความเอาใจใส่ของจักรพรรดิในการฟื้นฟูการเรียนรู้ในลียง^{[ 13 ]}ด้วยความช่วยเหลือของฟลอรัส ดีคอนพระองค์ทรงทำให้โรงเรียนเจริญรุ่งเรืองมาก จนกระทั่งในศตวรรษที่ 10 ชาวอังกฤษได้เดินทางไปศึกษาที่นั่น^{[ 8 ]}

ภายใต้การปกครองของชาร์เลมาญและผู้สืบทอดตำแหน่งต่อจากเขา บรรดาบิชอปแห่งลียง ซึ่งความยิ่งใหญ่ของพวกเขาได้รับการยืนยันจากจำนวนสภาที่พวกเขาได้รับเชิญให้เป็นประธาน มีบทบาททางศาสนศาสตร์ที่สำคัญ ลัทธิ การรับบุตรบุญธรรม (Adoptionism ) ไม่มีศัตรูที่แข็งกร้าวมากไปกว่าไลดราดัส (798-814) และอาโกบาร์ด (814-840) เมื่อเฟลิกซ์แห่งอูร์เกลยังคงต่อต้านคำประณามที่ประกาศต่อต้านลัทธิการรับบุตรบุญธรรมระหว่างปี 791-799 โดยสภาแห่งซิวดาด ฟริอูลี ราติสบอน แฟรงก์เฟิร์ต และโรม ชาร์เลมาญจึงส่งนิมฟรีดิอุสแห่งนาร์บอนน์เบ เนดิก ต์แห่งอานิอาเน และอาร์คบิชอปไลดราดัส ซึ่งเป็นชาวนูเรมเบิร์กและบรรณารักษ์ของชาร์เลมาญ ไปยังอูร์เกล พวกเขาเทศนาต่อต้านลัทธิการรับบุตรบุญธรรมในสเปน และนำเฟลิกซ์ไปยัง สภาแห่งอาเคินในปี 799 ซึ่งดูเหมือนว่าเขาจะยอมจำนนต่อข้อโต้แย้งของอัลคูอิน จากนั้นเขาก็ถูกนำตัวกลับไปยังเขตปกครองของเขา แต่การยอมจำนนของเฟลิกซ์ยังไม่สมบูรณ์ อะโกบาร์ด "โคเรปิสโคปัส" แห่งลียง ได้ตัดสินลงโทษเขาอีกครั้งในข้อหาลัทธิรับบุตรบุญธรรมในการประชุมลับ และเมื่อเฟลิกซ์เสียชีวิตในปี 815 ก็พบเอกสารชิ้นหนึ่งในกองเอกสารของเขาซึ่งเขาประกาศลัทธิรับบุตรบุญธรรม จากนั้นอะโกบาร์ดซึ่งได้เป็นอาร์คบิชอปแห่งลียงในปี 814 หลังจากที่ไลดราดัสเกษียณไปอยู่ที่อารามเซนต์เมดาร์ด โซซงส์ได้เขียนบทความขนาดยาวเพื่อต่อต้านลัทธินอกรีตนั้น^{[ 8 ]}

ตั้งแต่ปี 879-1032 ลียงเป็นส่วนหนึ่งของราชอาณาจักรโปรวองซ์และต่อมาเป็นส่วนหนึ่งของราชอาณาจักรเบอร์กันดีที่สอง [ ^{8 ] ใน}ปี 1032 รูดอล์ฟที่ 3 แห่งเบอร์กันดีสิ้นพระชนม์ และราชอาณาจักรเบอร์กันดีก็ตกเป็นของคอนราดที่ 2 ในที่สุด ส่วนของลียงที่ตั้งอยู่บนฝั่งซ้าย (ตะวันออก) ของแม่น้ำซาโอเนก็กลายเป็นเมืองจักรวรรดิอย่างน้อยก็ในนาม ในที่สุด อาร์คบิชอปบูร์ชาร์ดที่ 2 น้องชายของรูดอล์ฟ^{[ 8 ]}อ้างสิทธิ์ในอำนาจอธิปไตยเหนือลียงโดยสืบทอดมาจากมารดาของเขา มาทิลดา ธิดาของหลุยส์ที่ 4 แห่งฝรั่งเศสด้วยวิธีนี้ การปกครองของลียง แทนที่จะถูกควบคุมโดยจักรพรรดิที่อยู่ห่างไกล กลับกลายเป็นเรื่องของข้อพิพาทระหว่างเคานต์ที่อ้างสิทธิ์ในมรดกและอาร์คบิชอปที่สืบทอดต่อมา^{[ 8 ]}

ในปี ค.ศ. 1025 อาร์คบิชอป Burchard คนที่สองได้จัดการประชุมสภาที่ Anse บนแม่น้ำ Saône ซึ่ง อยู่ห่างจากเมืองลียงไปทางเหนือประมาณ 28 กิโลเมตร โดยมีอาร์คบิชอปแห่ง Vienne และ Tarentaise และบิชอปอีกเก้าองค์เข้าร่วม (Autunm Mâcon, Chalon-sur-Saône, Auxerre, Valence, Grenoble Uzès, Aosta และ Maurienne) ในการประชุมสภา บิชอปแห่ง Mâcon ได้ร้องเรียนว่าอาร์คบิชอป Burchard แห่ง Vienne ได้บวชพระจากอาราม Cluny ซึ่งอยู่ในเขตปกครองและอำนาจของเขา เจ้าอาวาส Odilon ได้ให้การเป็นพยานให้กับอาร์คบิชอปแห่ง Vienne แต่สภาตัดสินว่าการกระทำของเขานั้นไม่เป็นไปตามหลักศาสนจักร และอาร์คบิชอปแห่ง Vienne ถูกบังคับให้ขอโทษและชดใช้^{[ 24 ]}อย่างไรก็ตาม ในปีต่อมา พระภิกษุแห่ง Cluny ได้รับสิทธิพิเศษจากสมเด็จพระสันตะปาปาจอห์นที่ 19ซึ่งอนุญาตให้พวกเขากระทำการดังกล่าวได้^{[ 25 ]}

สมเด็จพระสันตะปาปาวิกเตอร์ที่ 2 (เกบฮาร์ด) ได้รับการแต่งตั้งที่ไมนซ์ในเดือนกันยายน ค.ศ. 1054 โดยจักรพรรดิเฮนรีที่ 3ซึ่งได้พบกับตัวแทนจากโรมที่นั่น รวมถึงซับดีคอนฮิลเดบรันด์ หลังจากการสวรรคตของสมเด็จพระสันตะปาปาเลโอที่ 9วิกเตอร์เป็นที่รู้จักในฐานะผู้ส่งเสริมการปฏิรูปศาสนจักร^{[ 26 ]}พระองค์ทรงแต่งตั้งผู้แทนพระสันตะปาปาสองคนสำหรับฝรั่งเศสทันที คือ อาร์คบิชอปไรมโบด์แห่งอาร์ลส์และอาร์คบิชอปปอนติอุสแห่งเอ็กซ์ซับดีคอนฮิลเดบรันด์ถูกส่งไปยังลียง ซึ่งเขาได้จัดการประชุมสภาที่นั่นในปี ค.ศ. 1055 เพื่อจัดการกับบิชอปที่ซื้อขายตำแหน่งทางศาสนา^{[ 27 ]}ในปี ค.ศ. 1076 ในฐานะเกรกอรีที่ 7 พระองค์ทรงปลดอาร์คบิชอปฮัมเบิร์ต (ค.ศ. 1063–76) ออกจากตำแหน่งเนื่องจาก ซื้อขายตำแหน่ง ทางศาสนา^{[ 8 ]}

อาร์คบิชอปเกบูอิน (จูบินัส) ผู้สืบทอดตำแหน่งต่อจากฮัมเบิร์ต เป็นคนสนิทของเกรกอรีที่ 7 และมีส่วนร่วมในการปฏิรูปศาสนจักร ผู้แทนพระสันตะปาปา ฮิวส์ เดอ ดี เป็นประธานในสภาลียงสองครั้งในปี 1080 และ 1082 ซึ่ง มานาสเซสแห่ง แร็งส์ ฟุลก์แห่งอองฌู และพระภิกษุแห่งมาร์มูติเยร์ถูกขับออกจากศาสนจักร อาร์คบิชอปอาชาร์ดแห่งอาร์ลส์ถูกปลดออกจากตำแหน่ง^{[ 28 ] [ 8 ]}

ในสมัยที่เกบูแองดำรงตำแหน่งบิชอป และตามคำขอของเขาสมเด็จพระสันตะปาปาเกรกอรีที่ 7ได้ออกพระราชกฤษฎีกา "Antiquorum Sanctorum Patrum" เมื่อวันที่ 20 เมษายน ค.ศ. 1079 ^{[ 29 ]}ยืนยัน^{[ 30 ]}อำนาจสูงสุดของคริสตจักรแห่งลียงเหนือจังหวัดรูออง ตูร์ และเซนส์^{[ 31 ]}

ในปี ค.ศ. 1112 อาร์คบิชอป Jauceran (ค.ศ. 1107–1118) ได้ตัดสินใจจัดการประชุมสภาที่ Anse และได้ส่งหมายเรียกไปยังบรรดาบิชอปในเขตปกครองทางศาสนาของ Sens, Rouen และ Tours รวมทั้งอาร์คบิชอปแห่ง Sens และบิชอปผู้ใต้บังคับบัญชาทั้งหมดของเขา รวมทั้งIvo แห่ง Chartresด้วย^{[ 32 ]}อาร์คบิชอป Daimbertus แห่ง Sens ได้จัดการประชุมสังคายนาประจำจังหวัดขึ้นทันที และบรรดาบิชอปได้ร่วมกันส่งจดหมายสังคายนาที่ยาวและรุนแรงไปยังอาร์คบิชอป Jauceran เพื่อประท้วงน้ำเสียงและเนื้อหาของจดหมายเรียกตัวของเขา และการนำเอกสารที่เกี่ยวข้องมาใช้^{[ 33 ]}พวกเขากล่าวว่าพวกเขายินดีที่จะรับคำเชิญ ของเขา แต่ไม่ใช่ในเงื่อนไขที่ระบุไว้ การที่บิชอปถูกเรียกตัวไปยังนอกเขตปกครองของตนเองนั้นเป็นเรื่องที่ไม่เคยเกิดขึ้นมาก่อน เว้นแต่จะได้รับคำสั่งจากพระสันตะปาปา^{[ 34 ]}อาร์คบิชอป Jauceran ตอบกลับในจดหมายที่ส่งถึงอาร์คบิชอป Daimbertus โดยอาศัยวาทศิลป์ที่ก่อให้เกิดข้อโต้แย้งและเหตุผลที่ผิดพลาด^{[ 35 ]}เขายังได้รับพระราชกฤษฎีกาจากสมเด็จพระสันตะปาปา Paschal IIเรื่อง "Caritatis bonum est" ลงวันที่ 14 มีนาคม ค.ศ. 1116 ซึ่งยืนยันสิทธิพิเศษของอาร์คบิชอปแห่งลียง รวมถึงอำนาจปกครองเหนือเขตปกครองทางศาสนาของรูออง ตูร์ และเซนส์^{[ 36 ]}

ศักดิ์ศรีได้รับการยืนยันโดยCallistus IIแม้จะมีจดหมายที่เขียนถึงเขาในปี 1126 โดยLouis VIเพื่อสนับสนุนคริสตจักรแห่งSensก็ตาม ในส่วนที่เกี่ยวข้องกับจังหวัดRouenจดหมายฉบับนี้ถูกระงับในภายหลังโดยพระราชกฤษฎีกาของสภากษัตริย์ในปี 1702 ตามคำขอของJacques-Nicolas Colbertอาร์คบิชอปแห่ง Rouen ^{[ 37 ]}

เดิมทีมหาวิหารของสังฆมณฑลลียงอุทิศให้กับนักบุญสตีเฟน แต่ต่อมาได้เพิ่มการอุทิศให้กับนักบุญยอห์นผู้ให้บัพติศมา^{[ 40 ]}มหาวิหารได้รับการบริหารจัดการโดยองค์กรที่เรียกว่า Chapter ซึ่งประกอบด้วยตำแหน่งเกียรติยศแปดตำแหน่งและนักบวชสามสิบสองคน ตำแหน่งเกียรติยศ ได้แก่ คณบดี อาร์คดีคอน พรีเซนเตอร์ แคนเตอร์ แชมเบอร์เลน เอดิตูส โปรโวสต์ และหัวหน้าคณะนักร้องประสานเสียง^{[ 41 ]}ผู้สมัครแต่ละคนสำหรับตำแหน่งนักบวชต้องแสดงให้เห็นถึงความเป็นขุนนางจากทั้งสองฝั่งของครอบครัวอย่างน้อยสี่ชั่วอายุคน^{[ 42 ]}

ฮิวจ์แห่งดี (ค.ศ. 1081–1106) ^{[ 43 ]}ผู้สืบทอดตำแหน่งของนักบุญเกบูแอง เพื่อนของนักบุญอันเซลม์และเคยเป็นผู้แทนของเกรกอรีที่ 7 ในฝรั่งเศสและเบอร์กันดีชั่วระยะหนึ่ง ต่อมามีข้อขัดแย้งกับวิกเตอร์ที่ 3ซึ่งได้ขับไล่เขาออกจากศาสนาชั่วระยะหนึ่งสมเด็จพระสันตะปาปาปัสคาที่ 2เสด็จมายังลียง และในวันที่ 29 มกราคม ค.ศ. 1107 (ค.ศ. 1106 ตามปฏิทินโรมัน) ทรงประกอบพิธีอภิเษกโบสถ์ของอารามไอเนย์ [ ^{44 ] และ}ทรงอุทิศแท่นบูชาแห่งหนึ่งเพื่อเป็นเกียรติแก่พระแม่มารีผู้ บริสุทธิ์ เทศกาลพระแม่มารีผู้ บริสุทธิ์ได้รับการจัดขึ้นที่ลียงราวปี ค.ศ. 1128 อาจตามคำแนะนำของนักบุญอันเซลม์แห่งแคนเทอร์เบอรีและนักบุญเบอร์นาร์ดได้เขียนจดหมายถึงคณะสงฆ์แห่งลียงเพื่อบ่นว่าพวกเขาไม่ควรจัดเทศกาลโดยไม่ปรึกษาพระสันตะปาปา^{[ 8 ]}

เมืองลียงในศตวรรษที่ 12 มีชื่อเสียงโด่งดังในประวัติศาสตร์ของพิธีกรรม ทางศาสนา คาทอลิก และแม้แต่หลักคำสอนแต่ศตวรรษที่ 12 ก็เป็นช่วงเวลาแห่งการนอกรีตของปีเตอร์ วอลโด^{[ 45 ]}และพวกวอลเดนเซสหรือคนยากจนแห่งลียง ซึ่งถูกต่อต้านโดยอาร์ชบิชอปจอห์นแห่งแคนเทอร์เบอรี (ฌอง เดส์ เบลล์-แม็งส์) (ค.ศ. 1181–1193) ^{[ 46 ]}

ในปี ค.ศ. 1157 จักรพรรดิเฟรเดอริก บาร์บารอสซาทรงยืนยันอำนาจอธิปไตยของอาร์คบิชอปเหนือเมืองลียง และสิทธิในการปกครองเหนืออาณาเขตสังฆมณฑลทางฝั่งซ้ายของแม่น้ำซาโอเน พวกเขายังได้รับอำนาจศาลทั่วไปเหนือดินแดนของจักรวรรดิ ไม่ว่าจะอยู่ภายในสังฆมณฑลลียงหรือภายนอกก็ตาม อาร์คบิชอปยังได้รับการแต่งตั้งเป็นเอกอัครราชทูตแห่งพระราชวังในเบอร์กันดีและผู้มีตำแหน่งสูงสุดในสภาจักรวรรดิ^{[ 47 ]}นับจากนั้นเป็นต้นมาก็มีการแข่งขันกันอย่างดุเดือดระหว่างพวกเขากับเหล่าเคานต์ การไกล่เกลี่ยที่ดำเนินการโดยพระสันตะปาปาในปี ค.ศ. 1167 ไม่ได้ผล แต่ตามสนธิสัญญาในปี ค.ศ. 1173 กายเคานต์แห่งโฟเรซได้ยกตำแหน่งเคานต์แห่งลียงและอำนาจทางโลกของเขาให้กับคณะสงฆ์แห่งคริสตจักรหลักของเซนต์จอห์น^{[ 8 ]}

จากนั้นก็เกิดการเติบโตของคอมมูน ซึ่งในลียงนั้นเกิดขึ้นช้ากว่าเมืองอื่นๆ หลายแห่ง แต่ในปี ค.ศ. 1193 อาร์คบิชอปก็ต้องยอมประนีประนอมกับประชาชนบ้าง ศตวรรษที่ 13 เป็นช่วงเวลาแห่งความขัดแย้ง เกิดความวุ่นวายร้ายแรงขึ้นสามครั้ง ในปี ค.ศ. 1207, 1269 และ 1290 ระหว่างผู้สนับสนุนอาร์คบิชอปที่อาศัยอยู่ในปราสาทปิแอร์ แซซ ผู้สนับสนุนเคานต์-แคนนอนที่อาศัยอยู่ในย่านแยกต่างหากใกล้กับมหาวิหาร และผู้สนับสนุนชาวเมืองเกรกอรีที่ 10พยายามที่จะฟื้นฟูสันติภาพโดยไม่ประสบความสำเร็จด้วยพระราชกฤษฎีกา 2 ฉบับ ในวันที่ 2 เมษายน ค.ศ. 1273 และ 11 พฤศจิกายน ค.ศ. 1274 กษัตริย์แห่งฝรั่งเศสมักจะเข้าข้างคอมมูนเสมอ หลังจากการปิดล้อมเมืองลียงโดยพระเจ้าหลุยส์ที่ 10 (ค.ศ. 1310) สนธิสัญญาเมื่อวันที่ 10 เมษายน ค.ศ. 1312 ได้ผนวกเมืองลียงเข้ากับราชอาณาจักรฝรั่งเศสอย่างถาวร แต่จนกระทั่งต้นศตวรรษที่ 15 โบสถ์แห่งลียงได้รับอนุญาตให้ผลิตเหรียญกษาปณ์ของตนเอง^{[ 8 ]}

หากศตวรรษที่ 13 เป็นภัยคุกคามต่ออำนาจอธิปไตยทางการเมืองของเหล่าอาร์คบิชอป ในทางกลับกัน มันก็ทำให้เมืองลียงกลายเป็นที่ลี้ภัยจากกรุงโรมที่ไม่เป็นมิตรสำหรับราชสำนักของพระสันตะปาปา สมเด็จพระสันตะปาปาอินโนเซนต์ ที่ 5 ในอนาคต ทรงดำรงตำแหน่งอาร์คบิชอปแห่งลียงตั้งแต่ปี 1272 ถึง 1273 สมเด็จ พระสันตะปาปาอิน โนเซนต์ที่ 4และสมเด็จพระสันตะปาปาเกรกอรีที่ 10 อดีตพระสงฆ์แห่งลียง ได้ลี้ภัยมายังลียงเพื่อ หลบหนีจากราชวงศ์ โฮเฮนสเตาเฟนและทรงจัดการประชุมสภาใหญ่แห่งลียง ขึ้นที่นั่นสอง ครั้ง ตามประเพณีท้องถิ่นเล่าว่า เมื่อเหล่าข้าราชบริพารของสมเด็จพระสันตะปาปาอินโนเซนต์ที่ 4 เห็นหมวกสีแดงของพระสงฆ์แห่งลียง พวกเขาจึงคิดที่จะขอให้สภาลียงออกพระราชกฤษฎีกาว่านับจากนี้เป็นต้นไป พระคาร์ดินัลควรสวมหมวกสีแดง การพำนักของสมเด็จพระสันตะปาปาอินโนเซนต์ที่ 4 ที่ลียงนั้นเต็มไปด้วยงานสาธารณประโยชน์มากมาย ซึ่งพระสันตะปาปาทรงให้การสนับสนุนอย่างแข็งขัน พระองค์ทรงประทานการอภัยโทษแก่ผู้ศรัทธาที่ช่วยเหลือในการก่อสร้างสะพานข้ามแม่น้ำโรน เพื่อทดแทนสะพานที่ถูกทำลายเมื่อราวปี ค.ศ. 1190 จากการผ่านของกองทัพของริชาร์ดที่ 1 แห่งริชาร์ดที่ 1ระหว่างทางไปทำสงครามครูเสด การก่อสร้างโบสถ์เซนต์จอห์นและเซนต์ยุสตัสก็ดำเนินไปอย่างรวดเร็ว พระองค์ทรงส่งผู้แทนไปยังประเทศอังกฤษเพื่อขอรับบริจาคเพื่อจุดประสงค์นี้ และทรงประกอบพิธีอภิเษกแท่นบูชาหลักในโบสถ์ทั้งสองแห่ง^{[ 8 ]}

ที่เมืองลียงมีการสวมมงกุฎให้กับเคลเมนต์ที่ 5 (1305) และสมเด็จพระสันตะปาปาจอห์นที่ 22 (1310) ที่เมืองลียงในปี 1449 สมเด็จพระสันตะปาปาปลอมเฟลิกซ์ที่ 5 ได้สละมงกุฎ และที่นั่นยังมีการประชุมครั้งสุดท้ายของสภาปิซา ที่แยกตัว ออกจากจูเลียสที่ 2ใน ปี 1512 โดยไม่มีข้อสรุปที่แน่ชัด ^{[ 8 ]}

ในปี ค.ศ. 1516 หลังจากการพ่ายแพ้ของพระสันตะปาปาในยุทธการมาริญญาโนสมเด็จพระสันตะปาปาเลโอที่ 10ได้ลงนามในสนธิสัญญากับพระเจ้าฟรานซิสที่ 1 แห่งฝรั่งเศสโดยยกเลิกสิทธิ์ของหน่วยงานฝรั่งเศสทั้งหมดที่มีสิทธิ์ในการเลือกตั้งตำแหน่งทางศาสนา รวมถึงตำแหน่งบิชอป ตำแหน่งนักบวช และอาราม และมอบสิทธิ์ให้กษัตริย์แห่งฝรั่งเศสในการเสนอชื่อผู้สมัครสำหรับตำแหน่งทางศาสนาเหล่านี้ทั้งหมด โดยมีเงื่อนไขว่าผู้สมัครต้องเป็นบุคคลที่เหมาะสม และต้องได้รับการยืนยันการเสนอชื่อจากพระสันตะปาปา การกระทำนี้เป็นการยกเลิกสิทธิ์ของคณะสงฆ์ประจำมหาวิหารในการเลือกตั้งบิชอปของตน หรือแม้แต่การขอให้พระสันตะปาปาแต่งตั้งบิชอปสนธิสัญญาโบโลญญาได้รับการประท้วงอย่างรุนแรงจากมหาวิทยาลัยปารีสและรัฐสภาปารีส^{[ 48 ]}

ฌอง ชาร์ลิเยร์ เดอ แกร์ซอนอดีตอธิการบดีมหาวิทยาลัยปารีสและนักเทววิทยาชั้นนำของสภาคอนสแตนซ์ผู้ซึ่งใช้ชีวิตช่วงบั้นปลายอยู่ที่ลียงในอารามเซนต์ปอล ที่ซึ่งเขาสอนเด็กยากจน ได้เสียชีวิตที่นั่นในปี ค.ศ. 1429 ^{[ 49 ]}

M. Guigue ได้จัดทำบัญชีรายชื่อ " สำนักฤๅษี " จำนวน 11 แห่ง (8 แห่งสำหรับผู้ชายและ 3 แห่งสำหรับผู้หญิง) ซึ่งเป็นเอกลักษณ์ของชีวิตนักพรตในลียงยุคคริสเตียนในยุคกลาง สำนักฤๅษีเหล่านี้เป็นห้องเล็กๆ ที่ผู้คนจะขังตัวเองไว้ตลอดชีวิตหลังจากผ่านการทดสอบ 4 ปี ระบบสำนักฤๅษีตามแบบที่GrimalaiusและOlbredus อธิบายไว้ ในศตวรรษที่ 9 เฟื่องฟูโดยเฉพาะอย่างยิ่งตั้งแต่ศตวรรษที่ 11 ถึง 13 และหายไปอย่างสิ้นเชิงในศตวรรษที่ 16 สำนักฤๅษีเหล่านี้เป็นทรัพย์สินส่วนตัวของโบสถ์หรืออารามใกล้เคียง ซึ่งจะแต่งตั้งฤๅษีชายหรือหญิงให้มาอาศัยอยู่ในนั้นตลอดชีวิต โรงพยาบาลการกุศลทั่วไปของลียงก่อตั้งขึ้นในปี 1532 หลังจากเกิดภาวะอดอยากครั้งใหญ่ในปี 1531 โดยอยู่ภายใต้การดูแลของผู้บริหาร 8 คนที่ได้รับการคัดเลือกจากบรรดาพลเมืองที่สำคัญ^{[ 8 ]}

เมื่อวันที่ 12 เมษายน ค.ศ. 1549 สมเด็จพระสันตะปาปาปอลที่ 3ทรงเปลี่ยนอารามแห่งลีลบาร์เบให้เป็นโบสถ์วิทยาลัย โดยมีคณะสงฆ์นำโดยคณบดีซึ่งดำรงตำแหน่งอธิการ มีเจ้าอาวาส (อดีตเจ้าอาวาส) และอัครสังฆราช (อดีตผู้ดูแลโบสถ์) ^{[ 50 ]}

ในปี ค.ศ. 1560 พวกคาลวินิสต์เข้ายึดเมืองลียงโดยไม่ทันตั้งตัว แต่ถูกขับไล่ออกไปโดยอองตวน ดอลบงเจ้าอาวาสแห่งซาวิญีและต่อมาเป็นอาร์คบิชอปแห่งลียง [ ^{51 ] พวก}โปรเตสแตนต์เข้ายึดเมืองลียงอีกครั้งในปี ค.ศ. 1562 แต่ถูกขับไล่ออกไปโดยจอมพลเดอ วีอูวิลล์ภายใต้คำสั่งของบารอนเดส์อาเดรต์พวกเขาก่อเหตุรุนแรงมากมายในภูมิภาคมงต์บริซง ที่เมืองลียงนี่เองที่พระเจ้าเฮนรีที่ 4 แห่งฝรั่งเศสกษัตริย์ผู้เปลี่ยนมานับถือลัทธิคาลวินิสต์ ได้อภิเษกสมรสกับมารี เดอ เมดิชี (9 ธันวาคม ค.ศ. 1600) ^{[ 8 ]}

นักบุญ ฟรานซิส เดอ ซาเลสเสียชีวิตที่ลียงเมื่อวันที่ 28 ธันวาคม ค.ศ. 1622 นักบุญโคลอมเบต์ เดอ แซงต์ อามูร์ ได้รับการยกย่องที่แซงต์ เอเตียนในศตวรรษที่ 17 สำหรับความใจกว้างที่ท่านได้ก่อตั้ง Hôtel-Dieu (โรงพยาบาลการกุศล) และโรงเรียนฟรี และยังได้ให้อาหารแก่คนงานในช่วงที่เกิดภาวะอดอยากในปี ค.ศ. 1693 อีกด้วย^{[ 8 ]}

“ในบรรดาคริสตจักรของฝรั่งเศส” นักบุญเบอร์นาร์ดเขียนถึงคณะสงฆ์แห่งลียงว่า “คริสตจักรแห่งลียงได้ครองความเป็นเลิศเหนือคริสตจักรอื่นๆ ทั้งหมดมาจนถึงปัจจุบัน ทั้งในด้านศักดิ์ศรีของตำแหน่งประมุขและสถาบันอันน่ายกย่อง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในพิธีสวดภาวนาประจำวัน คริสตจักรอันชาญฉลาดนี้ไม่เคยยอมรับสิ่งใหม่ๆ ที่ไม่คาดคิดและฉับพลันโดยง่าย และไม่เคยยอมให้เสื่อมเสียชื่อเสียงด้วยนวัตกรรมที่เหมาะสมกับคนหนุ่มสาวเท่านั้น” ^{[ 8 ]}

ในศตวรรษที่ 18 อาร์คบิชอปอองตวน เดอ มงตาเซต์ (1758–1788) ได้เปลี่ยนแปลงข้อความในหนังสือบทสวดและหนังสือมิสซาล ซึ่งขัดต่อพระราชกฤษฎีกาของสมเด็จพระสันตะปาปา ปิอุสที่ 5 ว่าด้วย หนังสือบทสวดทำให้เกิดความขัดแย้งในศาสนจักรแห่งลียงเป็นเวลาหนึ่งศตวรรษ^{[ 52 ]}ความพยายามของสมเด็จพระสันตะปาปาปิอุสที่ 9และพระคาร์ดินัลโบนาลด์ในการปราบปรามการเปลี่ยนแปลงของมงตาเซต์ได้ก่อให้เกิดการต่อต้านจากบรรดาคณะสงฆ์ ซึ่งเกรงว่าจะเป็นความพยายามที่จะทำลายพิธีกรรมดั้งเดิมของลียง เหตุการณ์นี้ถึงจุดสูงสุดในปี 1861 ด้วยการประท้วงจากทั้งคณะสงฆ์และฆราวาส ทั้งต่ออำนาจทางพลเรือนและวาติกัน ในที่สุด เมื่อวันที่ 4 กุมภาพันธ์ 1864 ในงานเลี้ยงรับรองของบรรดาบาทหลวงประจำเขตของลียง สมเด็จพระสันตะปาปาปิอุสที่ 9 ได้แสดงความไม่พอพระทัยต่อความวุ่นวายนี้ และทรงรับรองกับพวกเขาว่าไม่ควรมีการเปลี่ยนแปลงใดๆ ในพิธีกรรมโบราณของลียง ตามคำสั่งลงวันที่ 17 มีนาคม พ.ศ. 2407 พระองค์ทรงสั่งให้ทยอยนำหนังสือสวดมนต์และหนังสือมิสซาของโรมันมาใช้ในสังฆมณฑล โบสถ์หลักของลียงได้นำมาใช้สำหรับพิธีสาธารณะในวันที่ 8 ธันวาคม พ.ศ. 2402 หนึ่งในพิธีกรรมของพิธีกรรมแบบกัลลิกันโบราณที่โบสถ์ลียงยังคงรักษาไว้คือการอวยพรประชาชนโดยบิชอปในขณะที่รับศีลมหาสนิท^{[ 8 ]}

หนึ่งในมาตรการแรก ๆ ของการปฏิวัติฝรั่งเศสคือการยกเลิกระบบศักดินาและสถาบันต่าง ๆ รวมถึงที่ดิน จังหวัด ดัชชี เบยี และองค์กรปกครองที่ล้าสมัยอื่น ๆสภารัฐธรรมนูญแห่งชาติได้สั่งให้แทนที่ด้วยหน่วยการปกครองย่อยทางการเมืองที่เรียกว่า"จังหวัด"ซึ่งมีลักษณะเฉพาะคือมีเมืองบริหารเพียงแห่งเดียวอยู่ใจกลางพื้นที่ขนาดกะทัดรัด พระราชกฤษฎีกานี้ผ่านเมื่อวันที่ 22 ธันวาคม 1789 กำหนดขอบเขตเมื่อวันที่ 26 กุมภาพันธ์ 1790 และมีผลบังคับใช้ในวันที่ 4 มีนาคม 1790 ^{[ 53 ]}มีการจัดตั้งเขตมหานครที่เรียกว่า "Metropole du Sud-est" ซึ่งประกอบด้วย 9 จังหวัด^{[ 54 ]}ลียงได้รับการแต่งตั้งให้เป็นเมืองหลวงของจังหวัดโรนและลัวร์ จากนั้นเมื่อวันที่ 6 กุมภาพันธ์ 1790 สภารัฐธรรมนูญแห่งชาติได้สั่งให้คณะกรรมการศาสนาเตรียมแผนสำหรับการจัดระเบียบคณะสงฆ์ใหม่ ในช่วงปลายเดือนพฤษภาคม งานของคณะสงฆ์ได้ถูกนำเสนอเป็นร่างรัฐธรรมนูญพลเรือนของคณะสงฆ์ซึ่งหลังจากมีการถกเถียงกันอย่างเข้มข้น ก็ได้รับการอนุมัติเมื่อวันที่ 12 กรกฎาคม ค.ศ. 1790 โดยกำหนดให้มีสังฆมณฑลหนึ่งแห่งในแต่ละแผนก^{[ 55 ]}ซึ่งจำเป็นต้องยุบสังฆมณฑลประมาณห้าสิบแห่ง^{[ 56 ]}โดยเฉพาะอย่างยิ่งตามแนวแม่น้ำโรน^{[ 57 ]}ทั้งการจัดตั้งและการยุบสังฆมณฑลเป็นเรื่องทางศาสนจักร และสงวนไว้สำหรับพระสันตะปาปา ไม่ใช่สำหรับสภารัฐธรรมนูญแห่งชาติ

ข้อตกลงในปี ค.ศ. 1801ซึ่งตกลงกันระหว่างสมเด็จพระสันตะปาปาปิอุสที่ 7และกงสุลคนแรกนโปเลียน โบนาปาร์ตได้กำหนดเขตแดนของอัครสังฆมณฑลลียงไว้ในเขตโรนและลัวร์และเขตแอ น และเขตสังฆมณฑลเมนเด เกรโนเบิล และชอมเบรี เป็นสังฆมณฑลย่อย อัครสังฆมณฑลลียงได้รับอนุญาตจากพระราชกฤษฎีกาลงวันที่ 29 พฤศจิกายน ค.ศ. 1801 ให้รวมชื่อของสังฆมณฑลที่ถูกยุบไปแล้วของเวียนน์และเอมบรุนเข้าไว้ด้วย กัน ^{[ 8 ]}นอกจากนี้ สังฆมณฑลเบลเลย์และมาคอนก็ถูกยุบในวันที่ 29 พฤศจิกายน ค.ศ. 1801 โดยดินแดนทั้งหมดของเบลเลย์และบางส่วนของมาคอนถูกผนวกเข้ากับอัครสังฆมณฑลลียง เขตปกครองของเบลเลย์ได้รับการฟื้นฟูเมื่อวันที่ 6 ตุลาคม พ.ศ. 2365 ในขณะที่ชื่อของอัครสังฆมณฑลลียงได้เปลี่ยนเป็นลียง-เวียนน์^{[ 38 ]}โดยตำแหน่งเอมบรุนตกเป็นของอัครสังฆราชแห่งเอ็กซ์ และในปี พ.ศ. 2551 จากเอ็กซ์ไปยังบิชอปแห่งแกป

สังฆมณฑลแห่งใหม่ของแซงต์-เอเตียนได้รับการสถาปนาขึ้นเมื่อวันที่ 26 ธันวาคม พ.ศ. 2513 บนดินแดนทางฝั่งซ้าย (ตะวันตก) ของแม่น้ำโรน ซึ่งแยกมาจากดินแดนของอัครสังฆมณฑล^{[ 58 ]} ชื่อของอัครสังฆมณฑลได้รับการย่อให้เหลือเพียง "ลียง" เมื่อวันที่ 15 ธันวาคม พ.ศ. 2549 ^{[ 38 ]}ส่วนชื่อเวียนน์นั้นถูกมอบให้กับสังฆมณฑลย่อยของลียง คือ สังฆมณฑลเกรโนเบิล

• (พระคาร์ดินัล) โจเซฟ เฟสช์ (29 กรกฎาคม พ.ศ. 2345 – 13 พฤษภาคม พ.ศ. 2382) ^{[ 143 ]}

(พระคาร์ดินัล) Joachim-Jean d'Isoard (1839) ^{[ 144 ]}

• (พระคาร์ดินัล) หลุยส์-ฌาค-มอริซ เดอ โบนัลด์ (1839 –1870) ^{[ 145 ]}
• Jacques-Marie Ginoulhiac (1870–1875) ^{[ 146 ]}
• (พระคาร์ดินัล) หลุยส์-มารี คาเวโรต์ (20 เมษายน พ.ศ. 2419 – 23 มกราคม พ.ศ. 2430)
• (พระคาร์ดินัล) โจเซฟ-อัลเฟรด ฟูลอน (23 มีนาคม พ.ศ. 2430 – 23 มกราคม พ.ศ. 2436)
• (พระคาร์ดินัล) ปิแอร์-เฮคเตอร์ คูลลี (14 มิถุนายน 1893 – 11 กันยายน 1912)
• (พระคาร์ดินัล) เฮคเตอร์ เซวิน (2 ธันวาคม 1912 – 4 พฤษภาคม 1916)
• (พระคาร์ดินัล) หลุยส์-โจเซฟ เมาแรง (1 ธันวาคม พ.ศ. 2459 – 16 พฤศจิกายน พ.ศ. 2479)
• (พระคาร์ดินัล) ปิแอร์-มารี แฌร์ลิเยร์ (30 กรกฎาคม 1937 – 17 มกราคม 1965)
• (พระคาร์ดินัล) ฌ็อง-มารี วีโยต์ (17 มกราคม พ.ศ. 2508 – 7 เมษายน พ.ศ. 2510)
• (พระคาร์ดินัล) อเล็กซานเดอร์ เรนาร์ด (28 พฤษภาคม 1967 – 29 ตุลาคม 1981)
• (พระคาร์ดินัล) อัลเบิร์ต เดอคอร์เทรย์ (29 ตุลาคม 1981 – 16 กันยายน 1994)
• (พระคาร์ดินัล) ฌอง มารี บัลลองด์ (27 พฤษภาคม 1995 – 1 มีนาคม 1998)
• (พระคาร์ดินัล) หลุยส์-มารี บิลเล (10 กรกฎาคม 1998 – 12 มีนาคม 2002)
• (พระคาร์ดินัล) ฟิลิปป์ บาร์บาริน (16 กรกฎาคม 2545 – 6 มีนาคม 2563) ^{[ 147 ]}
• โอลิวิเยร์ เดอ แฌร์เมย์ (20 ธันวาคม 2563 – ปัจจุบัน)