โรงเพาะฟักเชิงพาณิชย์สมัยใหม่ที่ใช้สำหรับส่งลูกปลาแซลมอนไปยังกระชังเลี้ยงสัตว์น้ำได้เปลี่ยนมาใช้ระบบการเลี้ยงสัตว์น้ำแบบหมุนเวียน (RAS) ซึ่งเป็นระบบที่น้ำถูกนำกลับมาใช้ใหม่ภายในโรงเพาะฟัก ระบบนี้ช่วยให้สามารถตั้งโรงเพาะฟักได้โดยไม่ต้องพึ่งพาแหล่งน้ำจืดขนาดใหญ่ และช่วยให้สามารถควบคุมอุณหภูมิได้อย่างประหยัด เพื่อเร่งหรือชะลออัตราการเจริญเติบโตให้ตรงกับความต้องการของกระชังเลี้ยง

ระบบเพาะเลี้ยงปลาแซลมอนแบบดั้งเดิมทำงานแบบไหลผ่าน โดยใช้น้ำพุหรือแหล่งน้ำอื่นๆ ไหลเข้าสู่โรงเพาะเลี้ยง จากนั้นไข่จะถูกฟักในถาด และลูกปลาแซลมอนจะถูกผลิตในรางน้ำ ส่วนของเสียจากลูกปลาแซลมอนที่กำลังเติบโตและอาหารมักจะถูกปล่อยลงสู่แม่น้ำในท้องถิ่น โรงเพาะเลี้ยงแบบไหลผ่านแบบดั้งเดิม เช่น โรงเพาะเลี้ยงเพื่อเพิ่มจำนวนประชากรปลาแซลมอนส่วนใหญ่ในอลาสก้า ใช้ปริมาณน้ำมากกว่า100 ตัน (16,000 สโตน)ในการผลิตลูกปลาแซลมอน 1 กิโลกรัม 

อีกวิธีหนึ่งนอกเหนือจากการฟักไข่ในบ่อเลี้ยงน้ำจืดคือการใช้ช่องวางไข่ ช่องวางไข่เหล่านี้เป็นลำธารเทียม โดยปกติจะสร้างขนานกับลำธารที่มีอยู่เดิม มีผนังเป็นคอนกรีตหรือหิน และพื้นเป็นกรวด น้ำจากลำธารข้างเคียงจะถูกส่งเข้ามาทางด้านบนของช่องวางไข่ บางครั้งอาจผ่านบ่อพักน้ำเพื่อตกตะกอน อัตราการวางไข่ในช่องวางไข่มักจะดีกว่าในลำธารข้างเคียง เนื่องจากสามารถควบคุมน้ำท่วมได้ ซึ่งในบางปีอาจพัดพาแหล่งวางไข่ ตามธรรมชาติ ไป เนื่องจากไม่มีน้ำท่วม ช่องวางไข่จึงต้องได้รับการทำความสะอาดเพื่อกำจัดตะกอนที่สะสมอยู่ น้ำท่วมที่ทำลายแหล่งวางไข่ตามธรรมชาติก็ช่วยทำความสะอาดช่องวางไข่ด้วยเช่นกัน ช่องวางไข่ช่วยรักษาการคัดเลือกตามธรรมชาติของลำธารธรรมชาติ เนื่องจากไม่มีแรงจูงใจที่จะใช้สารเคมีป้องกันโรคเหมือนในโรงเพาะฟัก อย่างไรก็ตาม การที่ปลาสัมผัสกับปรสิตและเชื้อโรคจากธรรมชาติโดยใช้น้ำที่ไม่สามารถควบคุมได้ ประกอบกับต้นทุนที่สูงของช่องวางไข่ ทำให้เทคโนโลยีนี้ไม่เหมาะสมสำหรับธุรกิจเพาะเลี้ยงปลาแซลมอน เทคโนโลยีประเภทนี้มีประโยชน์เฉพาะสำหรับโครงการเพิ่มจำนวนประชากรปลาเท่านั้น

กระชังปลาในทะเล หรือที่เรียกว่ากระชังเลี้ยงปลาแบบกรงหรือกระชังตาข่าย มักทำจากตาข่ายที่เสริมด้วยเหล็กหรือพลาสติก อาจมีรูปทรงสี่เหลี่ยมจัตุรัสหรือวงกลม มี เส้นผ่านศูนย์กลาง 10 ถึง 32 เมตร (33 ถึง 105 ฟุต)และลึก 10 เมตร (33 ^ฟุต) มี ปริมาตรระหว่าง 1,000 ถึง 10,000 ลูกบาศก์เมตร(35,000 ถึง 353,000 ลูกบาศก์ฟุต)กระชังปลาขนาดใหญ่สามารถบรรจุปลาได้มากถึง 90,000 ตัว      

โดยทั่วไปจะวางเรียงกันเพื่อสร้างระบบที่เรียกว่าฟาร์มทะเลหรือแหล่งเพาะเลี้ยงในทะเล โดยมีท่าเทียบเรือลอยน้ำและทางเดินตามแนวขอบตาข่าย นอกจากนี้ยังสามารถวางตาข่ายเพิ่มเติมล้อมรอบฟาร์มทะเลเพื่อป้องกันสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมในทะเลที่เป็นนักล่า ความหนาแน่นของการปล่อยปลาอยู่ระหว่าง8 ถึง 18 กิโลกรัม (18 ถึง 40 ปอนด์) /m³ ^{สำหรับ}ปลาแซลมอนแอตแลนติก และ5 ถึง 10 กิโลกรัม (11 ถึง 22 ปอนด์) /m³ ^{สำหรับ}ปลาแซลมอนชินุก^{[ 9 ] [ 15 ]}   

เมื่อเปรียบเทียบกับระบบปิดหรือระบบหมุนเวียน กรงตาข่ายแบบเปิดในการเลี้ยงปลาแซลมอนช่วยลดต้นทุนการผลิต แต่ไม่มีสิ่งกีดขวางที่มีประสิทธิภาพในการปล่อยของเสีย ปรสิต และโรคต่างๆ ลงสู่แหล่งน้ำชายฝั่งโดย รอบ ^{[ 14 ]}ปลาแซลมอนที่เลี้ยงในกรงตาข่ายแบบเปิดสามารถหลุดออกไปสู่แหล่งที่อยู่อาศัยตามธรรมชาติได้ เช่น ในช่วงพายุ

กระแสใหม่ในการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำคือการนำวิธีการทำฟาร์มแบบเดียวกันกับที่ใช้กับปลาแซลมอนมาใช้กับปลากินเนื้อชนิดอื่นๆ เช่น ปลาค็อด ปลาทูน่าครีบน้ำเงิน ปลาฮาลิบัต และปลากะพง อย่างไรก็ตาม วิธีนี้มีแนวโน้มที่จะส่งผลเสียต่อสิ่งแวดล้อมเช่นเดียวกับการเพาะเลี้ยงปลาแซลมอน^{[ 14 ] [ 16 ]}

คลื่นลูกที่สองที่กำลังเกิดขึ้นในอุตสาหกรรมเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำคือการพัฒนาโลหะผสมทองแดง มาใช้เป็นวัสดุสำหรับทำตาข่าย โลหะ ผสม ทองแดงมีความสำคัญในฐานะวัสดุสำหรับทำตาข่ายเนื่องจากมีคุณสมบัติในการต้านจุลชีพ (กล่าวคือ ทำลาย แบคทีเรียไวรัสเชื้อราสาหร่ายและจุลินทรีย์อื่นๆ) จึงช่วยป้องกัน การเกาะติดของ สิ่งมีชีวิต (กล่าวคือ การสะสม การยึดเกาะ และการเจริญเติบโตที่ไม่พึงประสงค์ของจุลินทรีย์ พืช สาหร่าย หนอนท่อ เพรียง หอย และสิ่งมีชีวิตอื่นๆ) การยับยั้งการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์ทำให้กรงเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำที่ทำจากโลหะผสมทองแดงไม่ต้องเสียค่าใช้จ่ายในการเปลี่ยนตาข่ายบ่อยๆ ซึ่งจำเป็นสำหรับวัสดุอื่นๆ ความต้านทานต่อการเจริญเติบโตของสิ่งมีชีวิตบนตาข่ายโลหะผสมทองแดงยังช่วยสร้างสภาพแวดล้อมที่สะอาดและดีต่อสุขภาพสำหรับปลาที่เลี้ยงให้เจริญเติบโตอีกด้วย

เนื่องจากปริมาณการผลิตปลาป่นทั่วโลกมีปริมาณคงที่เกือบตลอด 30 ปีที่ผ่านมาและอยู่ในระดับผลผลิตที่ยั่งยืนสูงสุดตลาดปลาป่นส่วนใหญ่จึงเปลี่ยนจากอาหารไก่และหมูไปเป็นอาหารปลาและกุ้ง เนื่องจากอุตสาหกรรมการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำเติบโตขึ้นในช่วงเวลานี้^{[ 17 ]}

งานวิจัยยังคงดำเนินต่อไปเพื่อพัฒนาอาหารปลาแซลมอนที่ทำจากโปรตีนพืชเข้มข้น^{[ 18 ]}ณ ปี 2014 สามารถใช้กระบวนการทางเอนไซม์เพื่อลดปริมาณคาร์โบไฮเดรตในข้าวบาร์เลย์ทำให้ข้าวบาร์เลย์เป็นอาหารปลาที่มีโปรตีนสูงเหมาะสำหรับปลาแซลมอน^{[ 19 ]}มีสารทดแทนปลาป่นอื่นๆ อีกมากมาย และเป็นไปได้ที่จะมีอาหารที่ไม่มีปลาป่นเลย ตัวอย่างเช่น ฟาร์มปลาแซลมอนแบบปิดที่วางแผนไว้ในสกอตแลนด์ใช้หนอนทะเลสาหร่าย และกรดอะมิโนเป็นอาหาร^{[ 20 ]}กรดไขมันโอเมกา-3บางส่วน เช่นกรดไอโคซาเพนตาอีโน อิก (EPA) และกรดโดโคซาเฮกซาอีโนอิก (DHA) อาจถูกแทนที่ด้วย น้ำมันสาหร่ายจากบนบก (ไม่ใช่จากทะเล) ซึ่งจะช่วยลดการจับปลาป่ามาเป็นปลาป่น^{[ 21 ]}

อย่างไรก็ตาม อาหารสัตว์เศรษฐกิจเชิงพาณิชย์ถูกกำหนดโดย แบบจำลอง การเขียนโปรแกรมเชิงเส้น ต้นทุนต่ำสุด ซึ่งแข่งขันกับแบบจำลองที่คล้ายกันสำหรับอาหารไก่และสุกรสำหรับส่วนผสมอาหารเดียวกัน และแบบจำลองเหล่านี้แสดงให้เห็นว่าปลาป่นมีประโยชน์มากกว่าในอาหารสัตว์น้ำมากกว่าในอาหารไก่ ซึ่งอาจทำให้ไก่มีรสชาติเหมือนปลา^{[ 22 ]}น่าเสียดายที่การทดแทนนี้อาจส่งผลให้ระดับของโอเมก้า 3ที่มีคุณค่าสูงในผลิตภัณฑ์ทางการเกษตรลดลง อย่างไรก็ตาม เมื่อใช้น้ำมันพืชในอาหารที่กำลังเจริญเติบโตเป็นแหล่งพลังงาน และใช้อาหารสุดท้ายที่แตกต่างกันซึ่งมีกรดไขมันโอเมก้า 3 ในปริมาณสูงจากน้ำมันปลา น้ำมันสาหร่าย หรือน้ำมันพืชบางชนิดในช่วงไม่กี่เดือนก่อนการเก็บเกี่ยว ปัญหานี้ก็จะหมดไป^{[ 23 ]}

เมื่อพิจารณาจากน้ำหนักแห้ง ต้องใช้ปลาที่จับได้จากธรรมชาติ 2–4 กิโลกรัมในการผลิต ปลาแซลมอน 1 กิโลกรัม^{[ 24 ]}อัตราส่วนนี้อาจลดลงได้หากมีการเพิ่มแหล่งอาหารที่ไม่ใช่ปลา^{[ 21 ]}ปลาแซลมอนในธรรมชาติต้องการ ปลาเหยื่อประมาณ 10 กิโลกรัมในการผลิตปลา แซลมอน 1 กิโลกรัม ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของ การถ่ายโอนพลังงาน ในระดับโภชนาการ ปกติ ความแตกต่างระหว่างตัวเลขทั้งสองเกี่ยวข้องกับอาหารปลาแซลมอนที่เลี้ยงในฟาร์มซึ่งมีส่วนผสมอื่นนอกเหนือจากปลาป่น และเนื่องจากปลาที่เลี้ยงในฟาร์มไม่ได้ใช้พลังงานในการล่าเหยื่อ

ในปี 2017 มีรายงานว่าบริษัทCargill ของอเมริกา ได้ทำการวิจัยและพัฒนาอาหารทางเลือกโดยใช้EWOSผ่านโปรแกรม COMPASS ภายในของบริษัทในนอร์เวย์ ส่งผลให้ได้สูตรอาหารปลา RAPID ที่เป็นกรรมสิทธิ์ วิธีการเหล่านี้ศึกษาโปรไฟล์สารอาหารหลักของอาหารปลาโดยพิจารณาจากภูมิศาสตร์และฤดูกาล การใช้สูตรอาหารปลา RAPID ทำให้ฟาร์มปลาแซลมอนลดระยะเวลาการเจริญเติบโตของปลาแซลมอนเหลือประมาณ 15 เดือน ซึ่งเร็วกว่าปกติถึงหนึ่งในห้า^{[ 25 ] [ 26 ]}

วิธีการเก็บเกี่ยวสมัยใหม่กำลังเปลี่ยนไปสู่การใช้เรือขนส่งปลาแซลมอนสดไปยังโรงงานแปรรูป ซึ่งช่วยให้สามารถฆ่าปลา รีดเลือด และแล่เนื้อได้ก่อนที่ปลาจะเกิดภาวะแข็งตัว ส่งผลให้ได้ผลิตภัณฑ์ที่มีคุณภาพสูงกว่าสำหรับลูกค้า พร้อมทั้งกระบวนการแปรรูปที่เป็นมิตรต่อสัตว์มากขึ้น เพื่อให้ได้คุณภาพสูงสุด จำเป็นต้องลดระดับความเครียดของปลาแซลมอนสดให้น้อยที่สุด จนกว่าจะถูกฆ่าด้วยไฟฟ้าและกระแทก และกรีดเหงือกเพื่อรีดเลือด^{[ 30 ]}การปรับปรุงเวลาในการแปรรูปและความสดใหม่สำหรับลูกค้าขั้นสุดท้ายนี้มีความสำคัญในเชิงพาณิชย์ และบังคับให้การประมงปลาป่าเชิงพาณิชย์ต้องปรับปรุงกระบวนการแปรรูปเพื่อประโยชน์ของผู้บริโภคอาหารทะเลทั้งหมด

วิธีการเก็บเกี่ยวแบบเก่าคือการใช้อวนกวาด ซึ่งทำงานคล้ายกับ อวน ล้อม อวนกวาดเป็นอวนขนาดใหญ่ที่มีตุ้มน้ำหนักอยู่ตามขอบด้านล่าง มันถูกขึงข้ามคอกโดยให้ขอบด้านล่างยื่นลงไปถึงก้นคอก เชือกที่ผูกติดกับมุมด้านล่างจะถูกยกขึ้นเพื่อต้อนปลาบางส่วนเข้าไปในอวนล้อม จากนั้นจึงจับปลาได้ ก่อนที่จะฆ่า ปลาจะถูกทำให้หมดสติในน้ำที่อิ่มตัวด้วยคาร์บอนไดออกไซด์ แม้ว่าวิธีการนี้กำลังถูกยกเลิกในบางประเทศเนื่องจากความกังวลด้านจริยธรรมและคุณภาพของผลิตภัณฑ์ ระบบที่ทันสมัยกว่าจะใช้ระบบการเก็บเกี่ยวแบบทำให้สลบด้วยการกระแทก ซึ่งจะฆ่าปลาทันทีและมีมนุษยธรรมด้วยการกระแทกที่หัวจากลูกสูบแบบนิวแมติก จากนั้นจึงทำการรีดเลือดโดยการตัดซี่เหงือกและแช่ในน้ำเย็นจัดทันที วิธีการเก็บเกี่ยวและการฆ่าได้รับการออกแบบมาเพื่อลดการสูญเสียเกล็ดและหลีกเลี่ยงไม่ให้ปลาปล่อยฮอร์โมนความเครียด ซึ่งส่งผลเสียต่อคุณภาพของเนื้อปลา^{[ 15 ]}

ในปี พ.ศ. 2515 Gyrodactylusซึ่งเป็น ปรสิต โมโนจีนีนถูกนำเข้ามาพร้อมกับปลาเทราต์และปลาแซลมอนที่มีชีวิตจากสวีเดน (ประชากรปลาในทะเลบอลติกมีความต้านทานต่อปรสิตชนิดนี้) ในโรงเพาะฟักที่ดำเนินการโดยรัฐบาลในนอร์เวย์ จากโรงเพาะฟัก ไข่ ลูกปลาวัยอ่อน และลูกปลาที่ติดเชื้อถูกนำไปปล่อยในแม่น้ำหลายสายโดยมีเป้าหมายเพื่อเสริมสร้างประชากรปลาแซลมอนป่า แต่กลับก่อให้เกิดความเสียหายอย่างร้ายแรงต่อประชากรปลาแซลมอนป่าบางส่วนที่ได้รับผลกระทบ^{[ 41 ]}

ในปี 1984 โรคโลหิตจางติดเชื้อในปลาแซลมอน (ISAv) ถูกค้นพบในนอร์เวย์ในโรงเพาะฟักปลาแซลมอนแอตแลนติก ปลาที่ติดเชื้อตายไปถึงร้อยละ 80 ISAv ซึ่งเป็นโรคไวรัส ปัจจุบันเป็นภัยคุกคามที่สำคัญต่อความอยู่รอดของการเลี้ยงปลาแซลมอนแอตแลนติก ปัจจุบันเป็นโรคแรกที่ถูกจัดอยู่ในรายชื่อโรคลำดับที่หนึ่งของ ระเบียบการดูแลสุขภาพปลาของ คณะกรรมาธิการยุโรป มาตรการต่างๆ รวมถึงการกำจัด ปลาทั้งหมดหากมีการยืนยันการระบาดของโรคในฟาร์มใดๆ ISAv ส่งผลกระทบอย่างร้ายแรงต่อฟาร์มปลาแซลมอนในชิลีนอร์เวย์สก็อตแลนด์และแคนาดาทำให้ฟาร์มที่ติดเชื้อประสบกับความสูญเสียทางเศรษฐกิจอย่างมาก^{[ 42 ]}ดังที่ชื่อบ่งบอก โรคนี้ทำให้ปลาที่ติดเชื้อเป็นโรคโลหิตจาง อย่างรุนแรง ต่างจากสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม เซลล์เม็ดเลือดแดงของปลามีไรโบโซม และสามารถติดเชื้อไวรัสได้ ปลาจะมีเหงือก ซีด และอาจว่ายน้ำใกล้ผิวน้ำ หายใจหอบ อย่างไรก็ตาม โรคนี้สามารถพัฒนาได้โดยที่ปลาไม่แสดงอาการป่วยภายนอกใดๆ ปลายังคงมี食欲ปกติ แล้วก็ตายอย่างกะทันหัน โรคนี้สามารถแพร่กระจายอย่างช้าๆ ทั่วฟาร์มที่ติดเชื้อ และในกรณีที่ร้ายแรงที่สุด อัตราการตายอาจสูงถึง 100% นอกจากนี้ยังเป็นภัยคุกคามต่อประชากรปลาแซลมอนป่าที่ลดน้อยลง กลยุทธ์การจัดการรวมถึงการพัฒนาวัคซีนและการปรับปรุงความต้านทานทางพันธุกรรมต่อโรค^{[ 43 ]}

ในธรรมชาติ โรคและปรสิตมักอยู่ในระดับต่ำ และถูกควบคุมโดยการล่าตามธรรมชาติของปลาที่อ่อนแอ ในบ่อเลี้ยงที่แออัด โรคและปรสิตเหล่านี้อาจแพร่ระบาดได้ โรคและปรสิตยังถ่ายทอดจากปลาแซลมอนที่เลี้ยงในฟาร์มไปยังปลาแซลมอนในธรรมชาติได้อีกด้วย การศึกษาล่าสุดในบริติชโคลัมเบียเชื่อมโยงการแพร่กระจายของเหา ปรสิต จากฟาร์มปลาแซลมอนในแม่น้ำไปยังปลาแซลมอนสีชมพูในธรรมชาติในแม่น้ำเดียวกัน^{[ 14 ]}คณะกรรมาธิการยุโรป (2002) สรุปว่า "การลดลงของจำนวนปลาแซลมอนในธรรมชาติยังเชื่อมโยงกับปัจจัยอื่นๆ แต่มีหลักฐานทางวิทยาศาสตร์มากขึ้นเรื่อยๆ ที่สร้างความเชื่อมโยงโดยตรงระหว่างจำนวนปลาในธรรมชาติที่ติดเหาและการมีอยู่ของกรงในปากแม่น้ำเดียวกัน" ^{[ 44 ]}มีรายงานว่าปลาแซลมอนในธรรมชาติทางชายฝั่งตะวันตกของแคนาดากำลังถูกผลักดันให้สูญพันธุ์โดยเหาทะเลจากฟาร์มปลาแซลมอนที่อยู่ใกล้เคียง^{[ 45 ]}การคาดการณ์เหล่านี้ถูกโต้แย้งโดยนักวิทยาศาสตร์คนอื่นๆ^{[ 46 ]}และการเก็บเกี่ยวล่าสุดบ่งชี้ว่าการคาดการณ์นั้นผิดพลาด ในปี 2554 การเลี้ยงปลาแซลมอนในสกอตแลนด์ได้นำปลา บาลลันแวรสที่เลี้ยงไว้มาใช้เพื่อทำความสะอาดปรสิตภายนอกของปลาแซลมอนที่เลี้ยงไว้^{[ 47 ] [ 48 ]}

ทั่วโลก การผลิตปลาแซลมอนลดลงประมาณ 9% ในปี 2558 ส่วนใหญ่เป็นผลมาจากการระบาดของเหาในทะเลอย่างรุนแรงในสกอตแลนด์และนอร์เวย์^{[ 49 ] [ 50 ] [ 51 ]}มีการใช้เลเซอร์เพื่อลดการติดเชื้อเหา^{[ 52 ]}

ในช่วงกลางทศวรรษ 1980 ถึงทศวรรษ 1990 โรคไตจากแบคทีเรีย (BKD) ที่เกิดจากRenibacterium salmoninarumส่งผลกระทบอย่างหนักต่อโรงเพาะฟักปลาแซลมอนชินุกในไอดาโฮ^{[ 53 ]}โรคนี้ทำให้ เกิดการอักเสบ แบบแกรนูโลมาซึ่งอาจนำไปสู่ฝีในตับ ม้าม และไต^{[ 54 ]}

โดยทั่วไปแล้วฟาร์มเลี้ยงปลาแซลมอนและปลาวงศ์เดียวกันจะตั้งอยู่ในระบบนิเวศทางทะเลที่มีคุณภาพน้ำดี อัตราการแลกเปลี่ยนน้ำสูง ความเร็วของกระแสน้ำเร็วพอที่จะป้องกันมลพิษที่พื้นทะเล แต่ช้าพอที่จะป้องกันความเสียหายของกระชัง มีการป้องกันจากพายุใหญ่ มีความลึกของน้ำที่เหมาะสม และอยู่ห่างจากโครงสร้างพื้นฐานที่สำคัญ เช่น ท่าเรือ โรงงานแปรรูป และสิ่งอำนวยความสะดวกด้านโลจิสติกส์ เช่น สนามบิน ในระยะที่เหมาะสม การพิจารณาด้านโลจิสติกส์มีความสำคัญอย่างยิ่ง และต้องมีการขนส่งอาหารและแรงงานบำรุงรักษาไปยังโรงงานและส่งผลิตภัณฑ์กลับมา การตัดสินใจเลือกสถานที่ตั้งมีความซับซ้อนมากขึ้นเนื่องจากปัญหาการขออนุญาตที่ซับซ้อนและมีแรงจูงใจทางการเมืองในหลายประเทศ ซึ่งทำให้ไม่สามารถเลือกสถานที่ที่เหมาะสมที่สุดสำหรับฟาร์มได้

ในบริเวณที่ไม่มีกระแสน้ำเพียงพอโลหะหนักสามารถสะสมบนพื้นทะเลใกล้กับฟาร์มปลาแซลมอน โดยเฉพาะทองแดงและสังกะสี^{[ 15 ]}

สารปนเปื้อนมักพบได้ในเนื้อปลาแซลมอนที่เลี้ยงและปลาแซลมอนป่า^{[ 55 ]} ในปี 2545 Health Canada ได้เผยแพร่การวัดค่า PCBs , ไดออกซิน , ฟิวแรนและPDBEsในปลาหลายชนิด พบว่าประชากรปลาแซลมอนที่เลี้ยงมีระดับ PCBs สูงกว่าประชากรปลาป่าเกือบ 3 เท่า มีระดับ PDBEs สูงกว่า 3 เท่า และมีระดับไดออกซินและฟิวแรนสูงกว่าประชากรปลาป่าเกือบสองเท่า^{[ 56 ]}ในทางกลับกัน "การอัปเดตการตรวจสอบระดับไดออกซินและ PCBs ในอาหารและอาหารสัตว์" ซึ่งเป็นการศึกษาในปี 2555 จากEuropean Food Safety Authorityระบุว่าปลาแซลมอนและปลาเทราต์ที่เลี้ยงมีสัดส่วนของไดออกซินและ PCBs โดยเฉลี่ยน้อยกว่าปลาแซลมอนและปลาเทราต์ที่จับได้จากธรรมชาติหลายเท่า^{[ 57 ]}

การศึกษาในปี 2004 ที่ตีพิมพ์ในวารสาร Scienceได้วิเคราะห์ สารปนเปื้อน ออร์กาโนคลอรีน ในปลาแซลมอนที่เลี้ยงและปลาแซลมอนป่า พบว่าสารปนเปื้อนมีปริมาณสูงกว่าในปลาแซลมอนที่เลี้ยง โดยปลาแซลมอนจากยุโรป (โดยเฉพาะสกอตแลนด์) มีปริมาณสูงสุด และปลาแซลมอนจากชิลีมีปริมาณต่ำที่สุด^{[ 58 ]}องค์การอาหารและยา (FDA) และกระทรวงสาธารณสุขแคนาดาได้กำหนดค่าความคลาดเคลื่อน/ขีดจำกัดสำหรับ PCB ในปลาเชิงพาณิชย์ไว้ที่ 2000 ppb ^{[ 59 ]}การศึกษาติดตามผลยืนยันเรื่องนี้ และพบว่าระดับของไดออกซิน สารกำจัดศัตรู พืชที่มีคลอรีน PCBและสารปนเปื้อนอื่นๆ สูงกว่าในปลาแซลมอนที่เลี้ยงถึงสิบเท่าเมื่อเทียบกับปลาแซลมอนแปซิฟิกป่า^{[ 60 ]}ในด้านที่ดี การวิจัยเพิ่มเติมโดยใช้ตัวอย่างปลาชนิดเดียวกันกับที่ใช้ในการศึกษาครั้งก่อน แสดงให้เห็นว่าปลาแซลมอนที่เลี้ยงมีระดับกรดไขมันที่มีประโยชน์สูงกว่าปลาแซลมอนป่าถึงสองถึงสามเท่า^{[ 61 ]}การวิเคราะห์ผลประโยชน์และความเสี่ยงในการบริโภคปลาแซลมอนในภายหลังได้ปรับสมดุลความเสี่ยงต่อมะเร็งกับข้อดีของกรดไขมัน (n–3) จากการบริโภคปลาแซลมอน ด้วยเหตุนี้ วิธีการวิเคราะห์ประเภทนี้ในปัจจุบันจึงคำนึงถึงปริมาณไขมันในตัวอย่างที่เกี่ยวข้อง PCBs โดยเฉพาะอย่างยิ่งเป็นลิโปฟิลิก ดังนั้นจึงพบในความเข้มข้นที่สูงกว่าในปลาที่มีไขมันมากกว่าโดยทั่วไป^{[ 62 ]}ดังนั้นระดับ PCB ที่สูงขึ้นในปลาเลี้ยงจึงสัมพันธ์กับปริมาณไขมัน n–3 และ n–6 ที่มีประโยชน์ที่สูงกว่า พวกเขาพบว่าระดับการบริโภคกรดไขมัน (n-3) ที่แนะนำสามารถทำได้โดยการรับประทานปลาแซลมอนเลี้ยงโดยมีความเสี่ยงต่อการเกิดมะเร็งที่ยอมรับได้ แต่ระดับการบริโภค (n-3) EPA + DHA ที่แนะนำ ไม่สามารถทำได้จากปลาแซลมอนเลี้ยง (หรือปลาแซลมอนป่า) เพียงอย่างเดียวโดยปราศจากความเสี่ยงต่อการเกิดมะเร็งที่ยอมรับไม่ได้^{[ 63 ]}ข้อสรุปของเอกสารนี้จากปี 2005 คือ

"...ผู้บริโภคไม่ควรรับประทานปลาเลี้ยงจากสกอตแลนด์ นอร์เวย์ และแคนาดาตะวันออกเกินสามครั้งต่อปี ปลาเลี้ยงจากรัฐเมน แคนาดาตะวันตก และรัฐวอชิงตันไม่เกินสามถึงหกครั้งต่อปี และปลาเลี้ยงจากชิลีไม่เกินประมาณหกครั้งต่อปี ปลาแซลมอนชัมป่าสามารถรับประทานได้อย่างปลอดภัยบ่อยถึงสัปดาห์ละครั้ง ปลาแซลมอนสีชมพู ปลาแซลมอนซ็อกอาย และปลาแซลมอนโคโฮประมาณสองครั้งต่อเดือน และปลาแซลมอนชินุกไม่ถึงหนึ่งครั้งต่อเดือน" ^{[ 55 ]}

ในปี พ.ศ. 2548 รัสเซียสั่งห้ามนำเข้าปลาแช่เย็นจากนอร์เวย์ หลังจากตัวอย่างปลาที่เลี้ยงในฟาร์มของนอร์เวย์พบโลหะหนักในปริมาณสูง ตามคำกล่าวของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงเกษตรของรัสเซีย อเล็กเซย์ กอร์เดเยฟ ระดับตะกั่วในปลาสูงกว่ามาตรฐานความปลอดภัยของรัสเซียถึง 10 ถึง 18 เท่า และระดับแคดเมียมสูงกว่าเกือบ 4 เท่า^{[ 64 ]}

ในปี พ.ศ. 2549 ผู้ผลิตปลาแซลมอนชาวนอร์เวย์ 8 รายถูกจับได้ว่าใช้ไนไตรต์ในปลาแซลมอนรมควันและปลาแซลมอนหมักโดยไม่ได้รับอนุญาตและไม่ได้ติดฉลาก นอร์เวย์ปฏิบัติตามกฎระเบียบของสหภาพยุโรปเกี่ยวกับสารเติมแต่งอาหาร ซึ่งอนุญาตให้ใช้ไนไตรต์เป็นสารเติมแต่งอาหารในเนื้อสัตว์บางประเภท แต่ไม่อนุญาตให้ใช้ในปลา ปลาแซลมอนสดไม่ได้รับผลกระทบ^{[ 65 ]}

เคิร์ต ออดเดคาลฟ์ผู้นำของกลุ่มนักรบสีเขียวแห่งนอร์เวย์โต้แย้งว่าการเลี้ยงปลาในนอร์เวย์นั้นไม่ยั่งยืน ปริมาณอาหารที่เหลือและมูลปลาจำนวนมหาศาลก่อให้เกิดมลพิษแก่พื้นทะเล ในขณะที่สารเคมีที่ออกแบบมาเพื่อกำจัดเหาปลากลับเข้าสู่ห่วงโซ่อาหาร เขากล่าวว่า "ถ้าคนรู้เรื่องนี้ พวกเขาคงไม่กินปลาแซลมอน" โดยอธิบายว่าปลาที่เลี้ยงในฟาร์มเป็น "อาหารที่เป็นพิษที่สุดในโลก" ^{[ 66 ]}ดอน สแตนนิฟอร์ดอดีตนักวิทยาศาสตร์ที่ผันตัวมาเป็นนักเคลื่อนไหว/นักวิจัย และหัวหน้าของกลุ่มพันธมิตรระดับโลกขนาดเล็กที่ต่อต้านการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำเชิงอุตสาหกรรมเห็นด้วย โดยกล่าวว่าการใช้สารเคมีบางชนิดเพิ่มขึ้นถึง 10 เท่าในช่วงปี 2016-2017 การใช้ยาพิษอีมาเมกตินเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็ว ระดับของสารเคมีที่ใช้ฆ่าเหาปลาได้เกินขีดจำกัดความปลอดภัยด้านสิ่งแวดล้อมมากกว่า 100 ครั้งในช่วง 10 ปีที่ผ่านมา^{[ 67 ]}

ปลาแซลมอนที่เลี้ยงในฟาร์มสามารถและมักจะหลุดออกจากกรงในทะเลได้ หากปลาแซลมอนที่เลี้ยงในฟาร์มไม่ใช่สายพันธุ์พื้นเมือง มันสามารถแข่งขันกับสายพันธุ์ป่าพื้นเมืองเพื่อแย่งอาหารและที่อยู่อาศัยได้^{[ 68 ] [ 69 ]}หากปลาแซลมอนที่เลี้ยงในฟาร์มเป็นสายพันธุ์พื้นเมือง มันสามารถผสมพันธุ์กับปลาแซลมอนพื้นเมืองในป่าได้ การผสมพันธุ์เช่นนี้สามารถลดความหลากหลายทางพันธุกรรม ความต้านทานต่อโรค และความสามารถในการปรับตัวได้^{[ 70 ]}ในปี 2547 ปลาแซลมอนและปลาเทราต์ประมาณ 500,000 ตัวหลุดออกจากกรงตาข่ายในมหาสมุทรนอกชายฝั่งนอร์เวย์ รอบๆ สก็อตแลนด์ ปลาแซลมอน 600,000 ตัวถูกปล่อยออกมาในช่วงพายุ^{[ 14 ]}ชาวประมงเชิงพาณิชย์ที่จับปลาแซลมอนป่ามักจะจับปลาแซลมอนที่หลุดจากฟาร์มได้ ในช่วงหนึ่งในหมู่เกาะแฟโรร้อยละ 20 ถึง 40 ของปลาทั้งหมดที่จับได้เป็นปลาแซลมอนที่หลุดจากฟาร์ม^{[ 71 ]}ในปี 2560 ปลาแซลมอนแอตแลนติกที่ไม่ใช่สายพันธุ์พื้นเมืองที่เลี้ยงในฟาร์มประมาณ 263,000 ตัวหลุดออกจากอวนใน น่านน้ำ วอชิงตันในเหตุการณ์บ่อเลี้ยงปลาแซลมอนแอตแลนติกที่เกาะไซเพรสใน ปี 2560 ^{[ 72 ]}

เหาทะเล โดยเฉพาะLepeophtheirus salmonisและCaligusชนิดต่างๆ รวมถึงC. clemensiและC. rogercresseyiสามารถทำให้เกิดการระบาดที่ร้ายแรงถึงตายได้ทั้งในปลาแซลมอนที่เลี้ยงในฟาร์มและปลาแซลมอนป่า^{[ 73 ] [ 74 ]}เหาทะเลเป็นปรสิตภายนอก ที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติและมีจำนวนมาก ซึ่งกินเมือก เลือด และผิวหนัง และจะอพยพและเกาะติดกับผิวหนังของปลาแซลมอนในช่วงระยะตัวอ่อนแพลงก์ตอนและโคพีโพดิด ซึ่งสามารถคงอยู่ได้หลายวัน^{[ 75 ] [ 76 ] [ 77 ]}ฟาร์มปลาแซลมอนแบบเปิดที่มีประชากรหนาแน่นจำนวนมากสามารถสร้างความเข้มข้นของเหาทะเลได้มากเป็นพิเศษ เมื่อสัมผัสกับปากแม่น้ำที่มีฟาร์มแบบเปิดจำนวนมาก ปลาแซลมอนป่าอายุน้อยจำนวนมากจะติดเชื้อและไม่รอดชีวิต^{[ 78 ] [ 79 ]}ปลาแซลมอนโตเต็มวัยอาจรอดชีวิตจากเหาทะเลจำนวนมากได้ แต่ปลาแซลมอนวัยอ่อนตัวเล็กที่มีผิวหนังบางที่อพยพลงสู่ทะเลมีความเสี่ยงสูง ในปี 2550 การศึกษาทางคณิตศาสตร์จากข้อมูลที่มีอยู่จากชายฝั่งแปซิฟิกของแคนาดาระบุว่าอัตราการตายของปลาแซลมอนสีชมพูที่เกิดจากเหาในบางภูมิภาคสูงกว่า 80% ^{[ 45 ]} ต่อมาในปีเดียวกันนั้น เพื่อตอบสนองต่อการศึกษาทางคณิตศาสตร์ในปี 2550 ที่กล่าวถึงข้างต้น นักวิทยาศาสตร์ด้านการประมงของรัฐบาลกลางแคนาดา Kenneth Brooks และ Simon Jones ได้ตีพิมพ์บทวิจารณ์เรื่อง "มุมมองเกี่ยวกับปลาแซลมอนสีชมพูและเหาทะเล: หลักฐานทางวิทยาศาสตร์ไม่สนับสนุนสมมติฐานการสูญพันธุ์" ^{[ 80 ]} ช่วงเวลานับตั้งแต่การศึกษาเหล่านี้แสดงให้เห็นถึงการเพิ่มขึ้นโดยทั่วไปของจำนวนปลาแซลมอนสีชมพูในหมู่เกาะ Broughton ความคิดเห็นอีกประการหนึ่งในวรรณกรรมทางวิทยาศาสตร์โดยนักวิทยาศาสตร์ด้านการประมงของรัฐบาลแคนาดา Brian Riddell และ Richard Beamish และคณะ ได้ข้อสรุปว่าไม่มีความสัมพันธ์ระหว่างจำนวนเหาปลาแซลมอนที่เลี้ยงไว้กับการกลับมาของปลาแซลมอนสีชมพูในหมู่เกาะบรอห์ตัน และในส่วนที่เกี่ยวข้องกับทฤษฎีการสูญพันธุ์ของ Krkosek ในปี 2007: "ข้อมูลถูกนำมาใช้แบบเลือกสรร และข้อสรุปไม่ตรงกับการสังเกตการณ์ล่าสุดของปลาแซลมอนที่กลับมา" ^{[ 46 ]}

การวิเคราะห์ข้อมูลที่มีอยู่ในปี 2008 แสดงให้เห็นว่าการเลี้ยงปลาแซลมอนลดอัตราการรอดชีวิตของประชากรปลาแซลมอนป่าที่เกี่ยวข้อง ความสัมพันธ์นี้ได้รับการพิสูจน์แล้วว่าใช้ได้กับปลาแซลมอนแอตแลนติก สตีลเฮด พิงค์ ชัม และโคโฮ การลดลงของอัตราการรอดชีวิตหรือความอุดมสมบูรณ์มักเกิน 50% ^{[ 81 ]} อย่างไรก็ตาม การศึกษาเหล่านี้เป็นการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ และความสัมพันธ์ไม่ได้หมายถึงสาเหตุ โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อการลดลงของปลาแซลมอนที่คล้ายกันเกิดขึ้นในโอเรกอนและแคลิฟอร์เนีย ซึ่งไม่มีการเพาะเลี้ยงปลาแซลมอนหรือกระชังในทะเล โดยไม่คำนึงถึงการคาดการณ์ถึงความล้มเหลวของการอพยพของปลาแซลมอนในแคนาดาที่ระบุโดยการศึกษาเหล่านี้ การอพยพของปลาแซลมอนป่าในปี 2010 เป็นการเก็บเกี่ยวที่ทำลายสถิติ^{[ 82 ]}

การศึกษาในปี 2010 ซึ่งใช้ข้อมูลจำนวนเหาทะเลและผลผลิตปลาจากฟาร์มปลาแซลมอนทั้งหมดในหมู่เกาะบรอห์ตันเป็นครั้งแรก พบว่าไม่มีความสัมพันธ์ระหว่างจำนวนเหาในฟาร์มกับอัตราการรอดชีวิตของปลาแซลมอนป่า ผู้เขียนสรุปว่าการล่มสลายของประชากรปลาในปี 2002 ไม่ได้เกิดจากประชากรเหาทะเลในฟาร์ม แม้ว่าประชากรเหาทะเลในฟาร์มในช่วงการอพยพออกของปลาแซลมอนสีชมพูวัยอ่อนจะมากกว่าในปี 2000 เมื่อเทียบกับปี 2001 แต่ก็มีปลาแซลมอนกลับมาวางไข่เป็นจำนวนมากเป็นประวัติการณ์ในปี 2001 (จากลูกปลาวัยอ่อนในปี 2000) เมื่อเทียบกับการล่มสลายถึง 97% ในปี 2002 (จากลูกปลาวัยอ่อนในปี 2001) ผู้เขียนยังตั้งข้อสังเกตอีกว่าการศึกษาเบื้องต้นไม่ได้ตรวจสอบสาเหตุจากแบคทีเรียและไวรัสสำหรับเหตุการณ์นี้ แม้จะมีรายงานเกี่ยวกับการมีเลือดออกที่โคนครีบ ซึ่งเป็นอาการที่มักเกี่ยวข้องกับการติดเชื้อ แต่ไม่เกี่ยวข้องกับการสัมผัสกับเหาทะเลภายใต้สภาวะในห้องปฏิบัติการ ^{[ 83 ]}

ปลาแซลมอนป่าเป็นปลาอพยพพวกมันวางไข่ในน้ำจืดในแผ่นดิน และเมื่อยังเป็นลูกปลาจะอพยพไปยังมหาสมุทรเพื่อเจริญเติบโต ปลาแซลมอนส่วนใหญ่จะกลับไปยังแม่น้ำที่พวกมันเกิด แม้ว่าบางตัวจะหลงไปแม่น้ำอื่นก็ตาม มีความกังวลเกี่ยวกับบทบาทของความหลากหลายทางพันธุกรรมภายในฝูงปลาแซลมอน ความสามารถในการฟื้นตัวของประชากรขึ้นอยู่กับว่าปลาบางตัวสามารถเอาชีวิตรอดจากภาวะช็อกทางสิ่งแวดล้อมได้หรือไม่ เช่น อุณหภูมิที่สูงผิดปกติ ผลกระทบของการผลิตในโรงเพาะฟักต่อความหลากหลายทางพันธุกรรมของปลาแซลมอนก็ยังไม่ชัดเจน^{[ 7 ]}

ปลาแซลมอนได้รับการดัดแปลงพันธุกรรมในห้องปฏิบัติการเพื่อให้สามารถเติบโตได้เร็วขึ้น บริษัทAquaBounty Technologiesได้พัฒนาปลาแซลมอนแอตแลนติกที่ได้รับการดัดแปลงพันธุกรรมซึ่งเติบโตเร็วขึ้นเกือบสองเท่า (ได้ปลาที่โตเต็มที่ใน 16-18 เดือน แทนที่จะเป็น 30 เดือน) และมีความต้านทานต่อโรคและทนต่อความเย็นได้ดีขึ้น นอกจากนี้ยังต้องการอาหารน้อยลง 10% ความสำเร็จนี้เกิดขึ้นจากการใช้ลำดับยีนของปลาแซลมอนชินุกที่มีผลต่อฮอร์โมนการเจริญเติบโต และลำดับโปรโมเตอร์จากปลาโอเชียนพาวท์ที่มีผลต่อการผลิตสารป้องกันการแข็งตัว^{[ 84 ]}โดยปกติแล้ว ปลาแซลมอนจะผลิตฮอร์โมนการเจริญเติบโตเฉพาะเมื่อมีแสงเท่านั้น ปลาแซลมอนที่ได้รับการดัดแปลงพันธุกรรมนี้ไม่ได้ปิดการผลิตฮอร์โมนการเจริญเติบโต บริษัทได้ยื่นขออนุมัติจาก FDA ครั้งแรกในปี 1996 ^{[ 85 ]}ในปี 2015 FDA ได้อนุมัติปลาแซลมอน AquAdvantageสำหรับการผลิตเชิงพาณิชย์^{[ 86 ]}ข้อกังวลเกี่ยวกับ ปลาแซลมอน ดัดแปลงพันธุกรรมคือสิ่งที่อาจเกิดขึ้นหากพวกมันหลุดออกไปสู่ธรรมชาติ การศึกษาหนึ่งในห้องปฏิบัติการพบว่าปลาแซลมอนที่ได้รับการดัดแปลงพันธุกรรมที่ผสมกับปลาแซลมอนป่ามีการแข่งขันกันอย่างดุเดือด แต่ในที่สุดก็ล้มเหลว^{[ 87 ]}

กรงเลี้ยงปลาในทะเลสามารถดึงดูดสัตว์นักล่าป่าหลากหลายชนิด ซึ่งบางครั้งอาจติดอยู่ในตาข่าย ทำให้ได้รับบาดเจ็บหรือเสียชีวิตได้ ในแทสเมเนียกรงเลี้ยงปลาแซลมอนของออสเตรเลียได้ทำให้เหยี่ยวทะเลท้องขาว ติดอยู่ ในนั้น ส่งผลให้บริษัท Huon Aquaculture สนับสนุนศูนย์ฟื้นฟูนกและลองใช้ตาข่ายที่แข็งแรงกว่าเดิม^{[ 88 ]}

ลูกปลาแซลมอนชินุกที่เลี้ยงในฟาร์มมีอัตราการถูกล่าสูงกว่าลูกปลาแซลมอนชินุกในธรรมชาติเมื่อปล่อยลงสู่สภาพแวดล้อมทางทะเล เนื่องจากขนาดที่ใหญ่กว่า ขนาดของพวกมันสัมพันธ์กับขนาดเหยื่อที่ผู้ล่า เช่น นก แมวน้ำ และปลา ชอบกิน ซึ่งอาจมีผลกระทบทางนิเวศวิทยาเนื่องจากมีผลต่อการหาอาหาร^{[ 89 ]}

การใช้ปลาเหยื่อในการผลิตปลาป่นนั้นแทบจะคงที่มาตลอด 30 ปีที่ผ่านมาและที่ผลผลิตที่ยั่งยืน สูงสุด ในขณะที่ตลาดปลาป่นได้เปลี่ยนจากอาหารไก่ หมู และสัตว์เลี้ยงไปเป็นอาหารสัตว์น้ำ^{[ 17 ]}การเปลี่ยนแปลงของตลาดนี้ที่การผลิตคงที่ดูเหมือนจะเป็นการตัดสินใจทางเศรษฐกิจที่บ่งชี้ว่าการพัฒนาการเพาะเลี้ยงปลาแซลมอนไม่มีผลกระทบต่ออัตราการเก็บเกี่ยวปลาเหยื่อ

ปลาไม่ได้ผลิตกรดไขมันโอเมก้า-3 เอง แต่จะสะสมกรดไขมันเหล่านี้จากการกินสาหร่ายขนาด เล็ก ที่ผลิตกรดไขมันเหล่านี้ เช่นเดียวกับปลาเหยื่ออย่างปลาเฮริงและ ปลา ซาร์ดีนหรือจากการกินปลาเหยื่อ เช่นเดียวกับปลาล่าเหยื่อที่ มีไขมันสูง อย่างปลาแซลมอน เพื่อตอบสนองความต้องการนี้ น้ำมันปลาที่ผลิตได้ทั่วโลกกว่า 50% จึงถูกนำไปเลี้ยงปลาแซลมอนที่เลี้ยงในฟาร์ม^{[ 27 ]}

นอกจากนี้ ปลาแซลมอนยังต้องการโปรตีนในปริมาณที่เพียงพอต่อความต้องการทางโภชนาการ ซึ่งมักจะได้รับในรูปของปลาป่นเนื่องจากเป็นทางเลือกที่มีต้นทุนต่ำที่สุด ดังนั้น ปลาแซลมอนที่เลี้ยงในฟาร์มจึงบริโภคปลามากกว่าปริมาณปลาที่ผลิตได้เป็นผลิตภัณฑ์สุดท้าย แม้ว่าจะได้รับความนิยมในฐานะอาหารมากกว่าก็ตาม

ในปี 2547 องค์การกองทุนสัตว์ป่าโลก (WWF)-สหรัฐอเมริกา ได้ริเริ่มการสนทนาเกี่ยวกับการเพาะเลี้ยงปลาแซลมอน ซึ่งเป็นหนึ่งในการสนทนาเกี่ยวกับการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำหลายครั้ง^{[ 90 ]}จุดมุ่งหมายของการสนทนาคือการสร้างมาตรฐานด้านสิ่งแวดล้อมและสังคมสำหรับปลาแซลมอนที่เลี้ยงและสายพันธุ์อื่นๆ (ปัจจุบันมี 12 สายพันธุ์ ณ ปี 2561) ตั้งแต่ปี 2555 มาตรฐานที่จัดทำขึ้นโดยการสนทนาของผู้มีส่วนได้ส่วนเสียหลายฝ่ายได้ถูกส่งต่อไปยังสภาการจัดการการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ (ASC)ซึ่งก่อตั้งขึ้นในปี 2553 เพื่อบริหารจัดการและพัฒนามาตรฐานเหล่านั้นต่อไป มาตรฐานแรกคือมาตรฐานปลาแซลมอน ASC ^{[ 91 ]} (มิถุนายน 2555 และแก้ไขในปี 2560 หลังจากการปรึกษาหารือกับสาธารณะอย่างครอบคลุม) เดิมที WWF ได้ระบุสิ่งที่พวกเขาเรียกว่า "ผลกระทบด้านสิ่งแวดล้อมและสังคมที่สำคัญเจ็ดประการ" ซึ่งมีลักษณะดังนี้:

1. ผลกระทบต่อสิ่งมีชีวิตในพื้นทะเลและการเลือกสถานที่ตั้ง : สารเคมีและสารอาหารส่วนเกินจากอาหารและอุจจาระที่เกี่ยวข้องกับฟาร์มปลาแซลมอนสามารถรบกวนพืชและสัตว์ในพื้นทะเล (สิ่งมีชีวิตในพื้นทะเล) ได้^{[ 92 ]}
2. การป้อนสารเคมี : การใช้สารเคมีมากเกินไป เช่น ยาปฏิชีวนะ สารป้องกันการเกาะติดของสิ่งมีชีวิตในทะเล และยาฆ่าแมลง หรือการใช้สารเคมีที่ถูกห้าม อาจส่งผลเสียต่อสิ่งมีชีวิตในทะเลและสุขภาพของมนุษย์ได้^{[ 93 ]}
3. โรค/ปรสิต : ไวรัสและปรสิตสามารถแพร่กระจายระหว่างปลาที่เลี้ยงและปลาในธรรมชาติ รวมถึงระหว่างฟาร์มต่างๆ ได้ด้วย^{[ 94 ] [ 95 ]}
4. การหลุดรอด : ปลาแซลมอนที่เลี้ยงไว้ซึ่งหลุดรอดออกไปสามารถแข่งขันกับปลาป่าและผสมพันธุ์กับปลาป่าในท้องถิ่นที่มีประชากรเดียวกัน ทำให้ความหลากหลายทางพันธุกรรมโดยรวมเปลี่ยนแปลงไป^{[ 96 ]}
5. อาหาร : ธุรกิจเพาะเลี้ยงปลาแซลมอนที่กำลังเติบโตต้องควบคุมและลดการพึ่งพาปลาป่นและน้ำมันปลา ซึ่งเป็นส่วนประกอบหลักในอาหารปลาแซลมอน เพื่อไม่ให้สร้างแรงกดดันเพิ่มเติมต่ออุตสาหกรรมประมงของโลก ปัจจุบันปลาที่จับเพื่อทำปลาป่นและน้ำมันปลาคิดเป็นหนึ่งในสามของปริมาณการจับปลาทั่วโลก^{[ 97 ]}
6. ปริมาณสารอาหารและความสามารถในการรองรับ : เศษอาหารและของเสียจากปลาในน้ำมีศักยภาพที่จะเพิ่มระดับสารอาหารในน้ำ ซึ่งอาจทำให้เกิดการเจริญเติบโตของสาหร่าย ซึ่งจะบริโภคออกซิเจนที่ควรเป็นของพืชและสัตว์ชนิดอื่น^{[ 98 ]}
7. ประเด็นทางสังคม : การเลี้ยงปลาแซลมอนมักจ้างแรงงานจำนวนมากในฟาร์มและโรงงานแปรรูป ซึ่งอาจทำให้แนวปฏิบัติด้านแรงงานและสิทธิของคนงานตกอยู่ภายใต้การตรวจสอบของสาธารณชน นอกจากนี้ ยังอาจเกิดความขัดแย้งระหว่างผู้ใช้สิ่งแวดล้อมชายฝั่งร่วมกันได้

— กองทุนสัตว์ป่าโลก^{[ 90 ]}

โรคนิ่วในไตเป็นปัญหาที่เกิดขึ้นใหม่ในการเพาะเลี้ยงปลาแซลมอนเนื่องจากการใช้ระบบเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำแบบหมุนเวียน เพิ่มมากขึ้น ปัจจัยสำคัญประการหนึ่งที่ทำให้เกิดโรคนิ่วในไตคือการสัมผัสกับระดับ CO2 น้ำเลี้ยงที่ สูง ^{[ 104 ]}

ในลำธารที่เป็นถิ่นกำเนิดของพวกมันปลาแซลมอนแอตแลนติกถือเป็นปลาที่นักตกปลา ชื่นชอบและนิยมตก ในช่วงฤดูวางไข่ประจำปี ครั้งหนึ่งสายพันธุ์นี้เคยเป็นแหล่งประมงเชิงพาณิชย์ที่สำคัญและเป็นแหล่งอาหารเสริม อย่างไรก็ตาม การประมงปลาแซลมอนแอตแลนติกในธรรมชาติได้ตายไปแล้วในเชิงพาณิชย์ หลังจากการทำลายแหล่งที่อยู่อาศัยอย่างกว้างขวางและการจับปลา มากเกินไป ปลาในธรรมชาติมีสัดส่วนเพียง 0.5% ของปลาแซลมอนแอตแลนติกที่มีอยู่ในตลาดปลาทั่วโลก ส่วนที่เหลือเป็นปลาที่เลี้ยงในฟาร์ม โดยส่วนใหญ่มาจากการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำในชิลี แคนาดา นอร์เวย์ รัสเซีย สหราชอาณาจักร และแทสเมเนีย^{[ 105 ]}

ปลาแซลมอนแอตแลนติกเป็นสายพันธุ์ที่ถูกเลือกสำหรับการเพาะเลี้ยงมากที่สุด จัดการง่าย เติบโตได้ดีในกระชังในทะเล มีมูลค่าทางการตลาดสูง และปรับตัวได้ดีเมื่อถูกเพาะเลี้ยงห่างจากถิ่นที่อยู่ตามธรรมชาติ^{[ 7 ]}

ปลาตัวผู้และตัวเมียที่โตเต็มวัยจะถูกทำให้สลบ ไข่และอสุจิจะถูก "รีด" ออกมาหลังจากทำความสะอาดปลาและเช็ดให้แห้งด้วยผ้า อสุจิและไข่จะถูกผสม ล้าง และใส่ลงในน้ำจืด ปลาที่โตเต็มวัยจะฟื้นตัวในน้ำ สะอาดที่มีการไหลเวียนและ มีอากาศถ่ายเท ดี ^{[ 106 ]}นักวิจัยบางคนได้ศึกษาการแช่แข็งไข่^{[ 107 ]}

โดยทั่วไปลูกปลาจะถูกเลี้ยงในถังน้ำจืดขนาดใหญ่เป็นเวลา 12 ถึง 20 เดือน เมื่อปลาโตเต็มวัยแล้ว พวกมันจะถูกนำออกไปทะเล ซึ่งพวกมันจะถูกเลี้ยงไว้เป็นเวลาสูงสุดสองปี ในช่วงเวลานี้ ปลาจะเติบโตและเจริญพันธุ์ในกรงขนาดใหญ่นอกชายฝั่งของแคนาดา สหรัฐอเมริกา หรือบางส่วนของยุโรป^{[ 105 ]}โดยทั่วไป กรงจะทำจากตาข่ายสองชั้น ตาข่ายชั้นในซึ่งห่อหุ้มกรงไว้จะกักปลาแซลมอนไว้ ในขณะที่ตาข่ายชั้นนอกซึ่งยึดด้วยทุ่นจะป้องกันสัตว์นักล่า^{[ 106 ]}

ปลาแซลมอนแอตแลนติกจำนวนมากหลุดออกจากกรงกลางทะเล ปลาแซลมอนเหล่านั้นที่แพร่พันธุ์ต่อไปมักจะลด ความหลากหลาย ทางพันธุกรรมของสายพันธุ์ ส่งผลให้อัตราการรอดชีวิตและอัตราการจับลดลง บนชายฝั่งตะวันตกของทวีปอเมริกาเหนือ ปลาแซลมอนที่ไม่ใช่สายพันธุ์พื้นเมืองอาจเป็นภัยคุกคามที่รุกราน โดยเฉพาะในอลาสก้าและบางส่วนของแคนาดา ซึ่งอาจทำให้พวกมันแข่งขันกับปลาแซลมอนพื้นเมืองเพื่อแย่งชิงทรัพยากร มีความพยายามอย่างกว้างขวางในการป้องกันการหลุดรอดและการแพร่กระจายของปลาแซลมอนแอตแลนติกในมหาสมุทรแปซิฟิกและที่อื่นๆ^{[ 108 ]} ความเสี่ยงที่ปลาแซลมอนแอตแลนติกจะกลายเป็นภัยคุกคามที่รุกรานอย่างแท้จริงบนชายฝั่งแปซิฟิกของทวีปอเมริกาเหนือเป็นเรื่องที่น่าสงสัย เนื่องจากทั้งรัฐบาลแคนาดาและสหรัฐอเมริกาจงใจนำสายพันธุ์นี้เข้ามาหลายล้านตัวในช่วง 100 ปี เริ่มตั้งแต่ปี 1900 แม้จะมีความพยายามอย่างจงใจที่จะสร้างสายพันธุ์นี้บนชายฝั่งแปซิฟิก แต่ก็ไม่มีรายงานประชากรที่ตั้งรกรากได้^{[ 109 ] [ 110 ]}

ในปี 2550 มีการจับปลาแซลมอนแอตแลนติกทั่วโลกได้ 1,433,708 ตัน คิดเป็นมูลค่า 7.58 พันล้านดอลลาร์สหรัฐ^{[ 111 ]}สิบปีต่อมา ในปี 2560 มีการจับปลาแซลมอนแอตแลนติกที่เลี้ยงในฟาร์มได้มากกว่า 2 ล้านตัน^{[ 112 ]}

ในปี 1989 ปลา สตีลเฮดถูกจัดจำแนกใหม่เป็นปลา เท ราต์แปซิฟิกใน ชื่อวิทยาศาสตร์ Oncorhynchus mykissจากชื่อวิทยาศาสตร์เดิมคือSalmo gairdneri ( ปลาเทราต์แถบแดงแม่น้ำโคลัมเบีย ) และS. irideus ( ปลาเทราต์สายรุ้งชายฝั่ง ) ปลาสตีลเฮดเป็นปลาเทราต์สายรุ้งชนิดหนึ่งที่อพยพย้ายถิ่นระหว่างทะเลสาบและแม่น้ำกับมหาสมุทร และเรียกอีกชื่อหนึ่งว่าปลาแซลมอนสตีลเฮดหรือปลาเทราต์มหาสมุทร

ปลาสตีลเฮดถูกเลี้ยงในหลายประเทศทั่วโลก นับตั้งแต่ทศวรรษ 1950 การผลิตได้เติบโตอย่างรวดเร็ว โดยเฉพาะในยุโรปและล่าสุดในชิลี ทั่วโลกในปี 2007 มีการเก็บเกี่ยวปลาสตีลเฮดที่เลี้ยงได้ 604,695 ตัน คิดเป็นมูลค่า 2.59 พันล้านดอลลาร์สหรัฐ^{[ 113 ]}ผู้ผลิตรายใหญ่ที่สุดคือชิลี ในชิลีและนอร์เวย์ การผลิตปลาสตีลเฮดในกรงกลางทะเลได้ขยายตัวเพื่อส่งออกไปยังตลาดต่างประเทศ การผลิตปลาเรนโบว์เทราต์ในแหล่งน้ำจืดเพื่อจำหน่ายในตลาดภายในประเทศเพิ่มขึ้นอย่างมากในประเทศต่างๆ เช่น อิตาลี ฝรั่งเศส เยอรมนี เดนมาร์ก และสเปน ประเทศผู้ผลิตรายสำคัญอื่นๆ ได้แก่ สหรัฐอเมริกาอิหร่านเยอรมนี และสหราชอาณาจักร^{[ 113 ]}ปลาเรนโบว์เทราต์ รวมถึงปลาสตีลเฮดวัยอ่อนในน้ำจืด มักจะกินตัวอ่อนดักแด้และตัวเต็มวัยของแมลงน้ำ (โดยทั่วไปคือแมลงคัดดิส แมลงสโตนฟลาย แมลงเมย์ฟลายและแมลงดิปเทอรานา ในน้ำ ) พวกมันยังกินไข่ปลาและแมลงบกตัวเต็มวัย (โดยทั่วไปคือมด ด้วง ตั๊กแตน และจิ้งหรีด) ที่ตกลงไปในน้ำ เหยื่ออื่นๆ ได้แก่ ปลาขนาดเล็กที่มีขนาดไม่เกินหนึ่งในสามของความยาวลำตัว กุ้งเครย์ฟิชกุ้ง และสัตว์ จำพวกครัสเตเชียนอื่นๆ เมื่อปลาเทราต์สายรุ้งโตขึ้น สัดส่วนของปลาที่กินก็จะเพิ่มขึ้นในประชากรส่วนใหญ่ ปลาเทราต์สายรุ้งที่อาศัยอยู่ในทะเลสาบบางตัวอาจกินแพลงก์ตอนเป็นอาหาร ในแม่น้ำและลำธารที่มีปลาแซลมอนชนิดอื่นๆ อาศัยอยู่ ปลาเทราต์สายรุ้งจะกินไข่ปลาหลากหลายชนิด รวมถึงไข่ปลาแซลมอน ปลาเทราต์สีน้ำตาล และปลา เทราต์คัตโทรท ปลาไวท์ฟิชภูเขาและไข่ของปลาเทราต์สายรุ้งตัวอื่นๆ ปลาเทราต์สายรุ้งยังกินเนื้อที่เน่าเปื่อยจากซากปลาชนิดอื่นๆ ด้วย ปลาสตีลเฮดตัวเต็มวัยในมหาสมุทรจะกินปลาชนิดอื่นๆหมึกและแอมฟิพอดเป็น หลัก ^{[ 114 ]}ปลาสตีลเฮดที่เลี้ยงในฟาร์มจะได้รับอาหารสูตรที่คล้ายคลึงกันกับอาหารตามธรรมชาติของพวกมัน ซึ่งประกอบด้วยปลาป่น น้ำมันปลา วิตามินและแร่ธาตุ และแคโรทีนอยด์แอสแทกแซนทินเพื่อสร้างเม็ดสี

ปลาสตีลเฮดมีความอ่อนไหวต่อโรคปากแดงในลำไส้ เป็นพิเศษ มีการวิจัยเกี่ยวกับโรคปากแดงเป็นจำนวนมาก เนื่องจากผลกระทบต่อเกษตรกรผู้เลี้ยงปลาสตีลเฮดมีความสำคัญ โรคนี้ไม่ส่งผลกระทบต่อมนุษย์^{[ 115 ]}

ปลาแซลมอนโคโฮ^{[ 15 ]}เป็นสัตว์ประจำรัฐของชิบะประเทศญี่ปุ่น

ปลาแซลมอนโคโฮจะเจริญเติบโตเต็มที่หลังจากอยู่ในทะเลเพียงหนึ่งปี ดังนั้นจึงจำเป็นต้องมีพ่อแม่พันธุ์ (ปลาวางไข่) สองชุดแยกกัน โดยสลับกันในแต่ละปี พ่อแม่พันธุ์จะถูกคัดเลือกจากปลาแซลมอนในแหล่งน้ำและย้ายไปยังถังน้ำจืดเพื่อการเจริญเติบโตและวางไข่^{[ 15 ]}

ในปี 2550 ทั่วโลกมีการเก็บเกี่ยวปลาแซลมอนโคโฮที่เลี้ยงในฟาร์มได้ 115,376 ตัน คิดเป็นมูลค่า 456 ล้านดอลลาร์สหรัฐ^{[ 116 ]}ประเทศชิลีเป็นผู้ผลิตหลัก โดยคิดเป็นประมาณร้อยละ 90 ของผลผลิตทั่วโลก รองลงมาคือญี่ปุ่นและแคนาดา^{[ 15 ]}

ปลาแซลมอนชินุกเป็นปลาประจำรัฐโอเรกอน และเป็นที่รู้จักกันในชื่อ "ปลาแซลมอนราชา" เนื่องจากมีขนาดใหญ่และเนื้อมีรสชาติ ปลาแซลมอนชินุกจากแม่น้ำคอปเปอร์ในอลาสก้าเป็นที่รู้จักกันดีในเรื่องสีสัน รสชาติเข้มข้น เนื้อแน่น และมีปริมาณน้ำมันโอเมก้า 3 สูง^{[ 117 ]}อลาสก้ามีข้อห้ามการเพาะเลี้ยงปลามายาวนาน ซึ่งประกาศใช้ในปี 1989 (กฎหมายอลาสก้า มาตรา 16.40.210 ^{[ 118 ]} )

ในปี 2550 ทั่วโลก มีการจับปลาแซลมอนชินุกที่เลี้ยงในฟาร์มได้ 11,542 ตัน (1,817,600 สโตน)คิดเป็นมูลค่า 83 ล้านดอลลาร์ สหรัฐ ^{[ 119 ]}นิวซีแลนด์เป็นผู้ผลิตปลาแซลมอนคิงที่เลี้ยงในฟาร์มรายใหญ่ที่สุด โดยมีสัดส่วนมากกว่าครึ่งหนึ่งของการผลิตทั่วโลก (7,400 ตันในปี 2548) ^{[ 120 ]}ปลาแซลมอนส่วนใหญ่ถูกเลี้ยงในทะเล (การเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำในทะเล) โดยใช้วิธีการที่บางครั้งเรียกว่าการเลี้ยงในกรงทะเล ซึ่งเกิดขึ้นในกรงตาข่ายลอยน้ำขนาดใหญ่ กว้างประมาณ 25 เมตร และลึก 15 เมตร ยึดติดกับพื้นทะเลในน่านน้ำชายฝั่งที่สะอาดและไหลเร็ว ลูกปลา (ปลาวัยอ่อน) จากโรงเพาะฟักน้ำจืดจะถูกย้ายไปยังกรงที่มีปลาแซลมอนหลายพันตัว และจะอยู่ในนั้นไปตลอดชีวิต พวกมันได้รับอาหาร เม็ด ปลาป่นที่มีโปรตีนและน้ำมันสูง^{[ 120 ]} 

ปลาแซลมอนชินุกยังถูกเลี้ยงในกรงตาข่ายที่วางไว้ในแม่น้ำน้ำจืดหรือรางน้ำโดยใช้วิธีการที่คล้ายคลึงกับที่ใช้ในการเลี้ยงปลาแซลมอนในทะเล รูปแบบการเลี้ยงปลาแซลมอนน้ำจืดที่เป็นเอกลักษณ์เกิดขึ้นในคลองไฟฟ้าพลังน้ำบางแห่งในนิวซีแลนด์ สถานที่แห่งหนึ่งในเทคาโปซึ่งได้รับน้ำเย็นและไหลเร็วจากเทือกเขาแอลป์ตอนใต้เป็นฟาร์มปลาแซลมอนที่สูงที่สุดในโลก สูง677 เมตร (2,221 ฟุต)เหนือระดับน้ำทะเล^{[ 121 ]}  

ก่อนที่จะถูกฆ่า บางครั้งปลาแซลมอนในกรงจะถูกทำให้สลบด้วยสารสกัดจากสมุนไพร จากนั้นจึงแทงที่สมองหัวใจจะยังคงเต้นอยู่ชั่วขณะขณะที่เลือดถูกรีดออกจากเหงือกที่ถูกตัด วิธีการนี้ทำให้ปลาแซลมอนผ่อนคลายเมื่อถูกฆ่า ทำให้ได้เนื้อที่แน่นและเก็บรักษาได้นาน^{[ 120 ]}การที่ไม่มีโรคในประชากรปลาในธรรมชาติและความหนาแน่นในการเลี้ยงที่ต่ำในกรง หมายความว่าเกษตรกรผู้เลี้ยงปลาแซลมอนในนิวซีแลนด์ไม่จำเป็นต้องใช้ยาปฏิชีวนะและสารเคมีที่มักจำเป็นต้องใช้ในที่อื่นๆ^{[ 122 ]}