ในปี 1996 โอซามา บิน ลาเดน อดีตพลเมืองซาอุดีอาระเบียที่นำองค์กรญิฮาดอัล-เคดาได้ออกฟัตวา ฉบับแรกของเขา ซึ่งประกาศญิฮาดต่อสหรัฐอเมริกาและเรียกร้องให้ขับไล่ทหารอเมริกันทั้งหมดที่ประจำการอยู่ในอาระเบีย [ ^{18 ] ใน}ฐานะผู้ยึดมั่นในศาสนาอิสลามบิน ลาเดน ตีความคำสอนของมูฮัมหมัดว่า ห้าม ผู้ที่ไม่ใช่มุสลิมเข้ามาในอาระเบีย^{[ 19 ]}ดังนั้นเขาจึงถือว่าการมีอยู่ของทหารสหรัฐฯ เป็นการยั่วยุต่อชาวมุสลิมทุกคน^{[ 20 ]}เกี่ยวกับสงครามศักดิ์สิทธิ์ของเขา บิน ลาเดน กล่าวว่า "เราไม่แยกแยะระหว่างผู้ที่สวมเครื่องแบบทหารกับพลเรือน พวกเขาทั้งหมดเป็นเป้าหมายของฟัตวานี้" ^{[ 18 ]}

บิน ลาเดนอาศัยอยู่ในซูดานก่อนปี 1996 เมื่อรัฐบาลซูดานเนรเทศเขาออกไปหลังจากแรงกดดันจากซาอุดีอาระเบียและสหรัฐอเมริกา^{[ 21 ]}บิน ลาเดนกลับไปยังอัฟกานิสถาน ซึ่งปกครองโดยกลุ่มตาลีบันพวกเขาอนุญาตให้อัล-เคดาใช้ประเทศนี้เป็นฐานปฏิบัติการ^{[ 21 ] [ 22 ]}จากนั้นเขาก็วางแผนโจมตีสหรัฐอเมริกาในเหตุการณ์ 9/11 ในปี 2001 เขาสั่งการผู้ร่วมปฏิบัติการใต้บังคับบัญชาของเขาโดยตรงให้โจมตีเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ในนครนิวยอร์กและเพนตากอนในอาร์ลิงตัน รัฐเวอร์จิเนียด้วยเครื่องบินที่ถูกจี้^{[ 23 ] [ 24 ]}ในตอนแรกเขาปฏิเสธบทบาทของเขาในการโจมตี แต่ต่อมาได้เปลี่ยนคำปฏิเสธ^{[ 25 ]}

อัลจาซีราได้ออกอากาศแถลงการณ์ของบิน ลาเดนเมื่อวันที่ 16 กันยายน พ.ศ. 2544 ว่า "ผมขอย้ำว่าผมไม่ได้ลงมือกระทำการนี้ ซึ่งดูเหมือนว่าจะเป็นการกระทำของบุคคลที่มีแรงจูงใจของตนเอง" ^{[ 26 ]}กองกำลังสหรัฐฯ ได้กู้คืนเทปวิดีโอที่บิน ลาเดนพูดคุยกับคาเลด อัล-ฮาร์บีและยอมรับว่ารู้เห็นเหตุการณ์โจมตีล่วงหน้า^{[ 27 ]}ในวิดีโอปี พ.ศ. 2547เขาได้ยืนยันว่าเขาเป็นผู้จัดเหตุการณ์ 9/11 ^{[ 28 ] [ 29 ]}วิดีโอของอัลจาซีราในปี พ.ศ. 2549 แสดงให้เห็นบิน ลาเดนอยู่กับหนึ่งในผู้วางแผนหลักของการโจมตีรามซี บิน อัล-ชิบห์รวมถึงผู้ก่อการร้ายฮัมซา อัล-กัมดีและไวล์ อัล-เชห์รีท่ามกลางการเตรียมการโจมตี^{[ 30 ]}

แรงจูงใจ

คำฟัตวาของบิน ลาเดนในปี 1996 รวมถึงคำกล่าวที่คล้ายกันซึ่งเรียกร้องให้สังหารชาวอเมริกัน ถือเป็นหลักฐานที่แสดงถึงแรงจูงใจในการโจมตีของเขาโดยผู้สืบสวน^{[ 31 ] [ 32 ] [ 33 ]}ในฟัตวาฉบับที่สองในปี 1998 เขาได้ระบุถึงข้อคัดค้านเพิ่มเติมเกี่ยวกับนโยบายต่างประเทศของอเมริกาเช่นการสนับสนุนอิสราเอลของอเมริกา^{[ 32 ]}และการคว่ำบาตรของสหรัฐฯ และประเทศอื่นๆต่ออิรักโดยประณาม "การปิดล้อมที่ยืดเยื้อ" ซึ่งเขากล่าวว่าเป็นการประกาศสงครามต่อ "อัลลอฮ์ศาสนทูตของพระองค์และชาวมุสลิม" ^{[ 34 ]}เขาอ้างว่าสหรัฐฯ ถูกชี้นำโดยแผนการสมคบคิดของชาวยิวระหว่างประเทศให้สังหารชาวมุสลิมให้ได้มากที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้^{[ 35 ] [ 36 ]}และชาวมุสลิมทุกคนต้องทำสงครามป้องกันตนเองต่อสหรัฐฯ เพื่อต่อสู้กับการรุกรานต่อพวกเขา^{[ 37 ]}จะต้องทำเช่นนี้ต่อไปจนกว่าการรุกรานจะยุติลง^{[ 32 ] [ 38 ]}บิน ลาเดนยังเชื่ออีกว่ามันจะส่งข้อความไปยังชาวอเมริกัน บังคับให้สหรัฐฯ ประเมินนโยบายของตนใหม่^{[ 39 ]}ในการสัมภาษณ์กับจอห์น มิลเลอร์ นักข่าวชาวอเมริกันในปี 1998 เขาได้กล่าวไว้ว่า: ^{[ 40 ]}

ประวัติศาสตร์อเมริกันไม่ได้แยกแยะระหว่างพลเรือนและทหาร แม้กระทั่งผู้หญิงและเด็ก พวกเขาเป็นผู้ที่ใช้ [ ระเบิดนิวเคลียร์ ] โจมตีเมืองนางาซากิระเบิดเหล่านี้จะแยกแยะระหว่างเด็กทารกและทหารได้หรือไม่? อเมริกาไม่มีศาสนาใดที่จะป้องกันไม่ให้ทำลายล้างผู้คนทั้งหมด ดังนั้นเราจึงบอกชาวอเมริกันในฐานะประชาชน และเราบอกบรรดาแม่ของทหารและแม่ชาวอเมริกันโดยทั่วไปว่า หากพวกเขายังเห็นคุณค่าในชีวิตของตนเองและชีวิตของลูก ๆ ก็จงหา รัฐบาล ชาตินิยมที่จะดูแลผลประโยชน์ของพวกเขา ไม่ใช่ผลประโยชน์ของชาวยิว

หลังเหตุการณ์ 9/11 บิน ลาเดนยืนยันว่าผู้หญิงและเด็กไม่ได้ตกเป็นเป้าหมายของการโจมตี แต่เป็นสัญลักษณ์ของ "อำนาจทางเศรษฐกิจและการทหาร" ของอเมริกา^{[ 41 ] [ 42 ]}ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2544 มีการเผยแพร่วิดีโอของบิน ลาเดน ซึ่งเขาไม่ได้ยอมรับความรับผิดชอบต่อเหตุการณ์ 9/11 แต่กลับกล่าวว่า: ^{[ 43 ] [ 44 ]}

เป็นที่ชัดเจนแล้วว่าโดยทั่วไปแล้วชาติตะวันตกและโดยเฉพาะอย่างยิ่งอเมริกามีความเกลียดชังต่อศาสนาอิสลามอย่างเหลือทน [...] มันคือความเกลียดชังของพวกนักรบครูเสดการก่อการร้ายต่ออเมริกาสมควรได้รับการยกย่อง เพราะเป็นการตอบโต้ความอยุติธรรม โดยมีเป้าหมายเพื่อบังคับให้อเมริกาหยุดให้การสนับสนุนอิสราเอล ซึ่งสังหารประชาชนของเรา [...] เรากล่าวว่าจุดจบของสหรัฐอเมริกาใกล้เข้ามาแล้ว ไม่ว่าบิน ลาเดนหรือผู้ติดตามของเขาจะยังมีชีวิตอยู่หรือตายไปแล้วก็ตาม เพราะการตื่นตัวของประชาชาติมุสลิมได้เกิดขึ้นแล้ว [...] สิ่งสำคัญคือต้องโจมตีเศรษฐกิจ [ของสหรัฐฯ] ซึ่งเป็นฐานอำนาจทางทหารของพวกเขา... หากเศรษฐกิจถูกโจมตี พวกเขาก็จะกลับมายึดครองอีกครั้ง

ในแถลงการณ์ปี 2545เขาได้ระบุปัจจัยหลายประการที่บ่งชี้ว่าเป็นแรงจูงใจให้เกิดเหตุการณ์ 9/11 ซึ่งรวมถึงการสนับสนุนของสหรัฐฯ ต่ออิสราเอลในการต่อต้านเลบานอนระหว่างการยึดครองเลบานอนตอนใต้และต่อชาวปาเลสไตน์ในช่วงอินติฟาดาครั้งที่สองการสนับสนุนฟิลิปปินส์ในการต่อต้านกลุ่มติดอาวุธมุสลิม การสนับสนุนรัสเซียในการต่อต้าน กลุ่มติดอาวุธมุสลิมและการสนับสนุนอินเดียในการต่อต้านพลเรือนมุสลิมในแคชเมียร์เขายังระบุถึงการแทรกแซงที่นำโดยสหรัฐฯ ใน อดีต เพื่อต่อต้านกลุ่มติดอาวุธมุสลิมในโซมาเลียมลพิษที่เกิดจากสหรัฐฯและการที่สหรัฐฯปฏิเสธที่จะให้สัตยาบันพิธีสารเกียวโต [ ^{45 ] ใน} วิดีโอปี 2547 เขาบอกว่าเขาได้รับแรงบันดาลใจให้ทำลาย ตึกแฝดเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์หลังจากได้เห็นการทำลายตึกในเลบานอนโดยอิสราเอลในช่วงสงครามเลบานอนปี 2525 ^{[ 28 ] [ 46 ]}

“พระเจ้าทรงทราบดีว่าเราไม่ได้คิดที่จะโจมตีหอคอยเหล่านั้น แต่หลังจาก [ได้เห็น] [...] หอคอยที่ถูกทำลายในเลบานอน ข้าพเจ้าจึงคิดที่จะลงโทษผู้กระทำความผิดด้วยวิธีเดียวกัน คือทำลายหอคอยในอเมริกา เพื่อให้พวกเขาได้ลิ้มรสสิ่งที่เรากำลังลิ้มรสอยู่บ้าง และเพื่อหยุดการฆ่าเด็กและผู้หญิงของเรา” ^{[ 47 ]}

นอกจากแรงจูงใจที่เขาและสมาชิกอัล-เคดาคนอื่นๆ กล่าวไว้แล้ว ยังมีแรงจูงใจอื่นๆ ที่ถูกเสนอแนะอีกด้วย ผู้เขียนบางคนเสนอแนะถึง "ความอัปยศอดสู" ที่เกิดจากการที่โลกอิสลามล้าหลังโลกตะวันตก ซึ่งความแตกต่างนี้ปรากฏชัดเจนยิ่งขึ้นจากโลกาภิวัตน์^{[ 48 ] [ 49 ]}รวมถึงความปรารถนาที่จะยั่วยุให้สหรัฐฯ เข้าสู่สงครามที่กว้างขึ้นกับโลกอิสลาม โดยหวังว่าจะกระตุ้นให้พันธมิตรสนับสนุนอัล-เคดามากขึ้น ในทำนองเดียวกัน บางคนก็โต้แย้งว่าการโจมตี 9/11 เป็นการเคลื่อนไหวเชิงกลยุทธ์เพื่อยั่วยุให้อเมริกาเข้าสู่สงครามที่จะก่อให้เกิดการปฏิวัติอิสลามทั่วโลก^{[ 50 ] [ 51 ]}

ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2545 โยสรี ฟูดาจากอัลจาซีรา ได้พบกับคาลิด เชค โมฮัมเหม็ดและรามซี บิน อัล-ชิบห์ สมาชิกอัล-เคดา ซึ่งกำลังหลบซ่อนตัวอยู่ และพวกเขายอมรับกับเขาว่ามีส่วนเกี่ยวข้องกับการโจมตี^{[ 52 ] [ 53 ] [ 54 ]}ก่อนเหตุการณ์ 9/11 โมฮัมเหม็ดเป็นผู้จัดและผู้ให้ทุนสนับสนุนการวางระเบิดเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ของอัล-เคดาในปี 1993 และเขาเป็นลุงของรามซี ยูเซฟหัวหน้าผู้ก่อเหตุระเบิดในการโจมตีครั้งนั้น^{[ 55 ] [ 56 ]}ในแผนการโบจิงกาโมฮัมเหม็ดและยูเซฟได้วางแผนการโจมตีของผู้ก่อการร้ายครั้งใหม่ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2538 แม้ว่าแผนการจะล้มเหลว รวมถึงการที่ยูเซฟถูกสหรัฐฯ จำคุกในภายหลัง แต่แผนการนี้ก็มีอิทธิพลต่อการโจมตี 9/11 ในเวลาต่อมา^{[ 57 ]}รายงานของคณะกรรมการ 9/11ปี 2004 ระบุว่า ความเป็นปรปักษ์ที่โมฮัมหมัด ผู้วางแผนหลักของเหตุการณ์ 9/11 รู้สึกต่อสหรัฐอเมริกา เกิดจาก "ความไม่เห็นด้วยอย่างรุนแรงกับนโยบายต่างประเทศของสหรัฐฯ ที่เอื้อประโยชน์ต่ออิสราเอล" ^{[ 58 ]}

เอกสารที่ยึดได้ระหว่างปฏิบัติการในปี 2011 ที่สังหารบิน ลาเดนนั้นรวมถึงบันทึกที่บิน ลาเดนเขียนด้วยลายมือในเดือนกันยายน 2002 โดยมีหัวข้อว่า "การกำเนิดของแนวคิด 11 กันยายน" เขาอธิบายว่าเขาได้รับแรงบันดาลใจจากการตกของเครื่องบิน EgyptAir เที่ยวบิน 990ในเดือนตุลาคม 1999 ซึ่งถูกนักบินผู้ช่วยGameel Al-Batouti จงใจทำให้ตก ทำให้ผู้โดยสารเสียชีวิตมากกว่า 200 คน "นี่คือวิธีที่แนวคิด 9/11 ถูกคิดและพัฒนาขึ้นในหัวของผม และนั่นคือตอนที่เราเริ่มวางแผน" บิน ลาเดนกล่าวต่อ โดยเสริมว่าไม่มีใครนอกจากโมฮัมเหม็ด อาเตฟ และอาบู อัล-ไคร ที่รู้เรื่องนี้ในเวลานั้นรายงานของคณะกรรมการ 9/11ระบุว่า Khalid Sheikh Mohammed เป็นผู้วางแผน 9/11 แต่เขาไม่ได้ถูกกล่าวถึงในบันทึกของบิน ลาเดน^{[ 59 ]}

ระหว่างการพิจารณาคดีของซาคาริอัส มูซาวี ผู้ต้องสงสัยว่าเป็นผู้สมรู้ร่วมคิดในเหตุการณ์ 9/11 รัฐบาลสหรัฐฯ ได้ระบุบุคคล 5 คนที่ทราบรายละเอียดของการปฏิบัติการอย่างครบถ้วน ได้แก่ โอซามา บิน ลาเดน, คาลิด เชค โมฮัมเหม็ด, โมฮัมเหม็ด อาเตฟ, อาบู ตูราบ อัล-อูร์ดูนีและรามซี บิน อัล-ชิบห์ [ ^{60 ] แผนการ}โจมตีนี้คิดค้นโดยคาลิด เชค โมฮัมเหม็ด ซึ่งนำเสนอต่อบิน ลาเดนเป็นครั้งแรกในปี 1996 ^{[ 61 ]}มีการระบุเป้าหมายหลายแห่งที่ผู้ก่อการร้ายอัล-เคดาสามารถจี้เครื่องบินได้ รวมถึงอาคารห้องสมุด (ปัจจุบันคืออาคารธนาคารสหรัฐฯ) ในลอสแอนเจลิส^{[ 62 ] [ 63 ]}บิน ลาเดนปฏิเสธแผนนี้เพราะซับซ้อนเกินไป^{[ 64 ] [ 65 ]}การโจมตีครั้งแรกของอัล-เคดาต่อสหรัฐอเมริกาหลังจากฟัตวาของบิน ลาเดนในปี 1998 คือการวางระเบิดสถานทูตในแอฟริกาในปี 1998 [ ^{66 ] ใน}ช่วงปลายปี 1998 หรือต้นปี 1999 บิน ลาเดนอนุมัติให้โมฮัมหมัดดำเนินการตามแผนฉบับใหม่ของปี 1996 ^{[ 67 ] [ 21 ]}

บิน ลาเดน ให้การสนับสนุนด้านความเป็นผู้นำและการเงิน และมีส่วนร่วมในการคัดเลือกผู้เข้าร่วม^{[ 68 ]}อาเตฟ ให้การสนับสนุนด้านปฏิบัติการ รวมถึงการคัดเลือกเป้าหมายและช่วยจัดการการเดินทางให้กับผู้ก่อการร้าย^{[ 69 ]}ในตอนแรก เขาเลือกนาวาฟ อัล-ฮัซมีและคาลิด อัล-มิห์ดาร์ซึ่งทั้งคู่เป็นนักรบญิฮาดที่มีประสบการณ์และเคยต่อสู้ในสงครามบอสเนียทั้งสองเดินทางมาถึงสหรัฐอเมริกาในช่วงกลางเดือนมกราคม พ.ศ. 2543 ในช่วงต้นปี พ.ศ. 2543 พวกเขาเรียนการบินในซานดิเอโก รัฐแคลิฟอร์เนีย ทั้งคู่พูดภาษาอังกฤษได้น้อย พวกเขาทำผลงานได้ไม่ดีในการเรียนการบิน ดังนั้นในที่สุดพวกเขาจึงทำหน้าที่เป็นผู้ก่อการร้าย "กำลัง" รอง^{[ 70 ] [ 71 ]}

กลุ่มฮัมบูร์กในเยอรมนีประกอบด้วยกลุ่มอิสลามิสต์ที่เป็นผู้ปฏิบัติการหลักในการโจมตี 9/11 ^{[ 72 ]}ในช่วงปลายปี 1999 สมาชิกกลุ่ม ได้แก่ บิน อัล-ชิบห์โมฮาเหม็ด อัตตา มาร์วาน อัล-เชห์ฮีและซียาด จาร์ราห์เดินทางมาพบกับอัล-เคดาในอัฟกานิสถาน^{[ 73 ] [ 74 ]}บิน ลาเดน เลือกคนเหล่านี้เพราะพวกเขามีการศึกษา พูดภาษาอังกฤษได้ และมีประสบการณ์การใช้ชีวิตในโลกตะวันตก^{[ 75 ]}ผู้รับสมัครใหม่มักได้รับการคัดกรองทักษะพิเศษ และผู้นำอัล-เคดาจึงค้นพบว่าฮานี ฮันจูร์มีใบอนุญาตนักบินพาณิชย์อยู่แล้ว^{[ 76 ]}

ฮันจูร์เดินทางมาถึงซานดิเอโกเมื่อวันที่ 8 ธันวาคม พ.ศ. 2543 และเข้าร่วมกับอัล-ฮัซมี^{[ 77 ] : 6–7}ไม่นานพวกเขาก็เดินทางไปยังแอริโซนา ซึ่งฮันจูร์ได้รับการฝึกอบรมเพิ่มเติม^{[ 77 ] : 7}มาร์วาน อัล-เชห์ฮี เดินทางมาถึงในปลายเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2543 ขณะที่อัตตาเดินทางมาถึงเมื่อวันที่ 3 มิถุนายน พ.ศ. 2543 และจาร์ราห์เดินทางมาถึงเมื่อวันที่ 27 มิถุนายน พ.ศ. 2543 ^{[ 77 ] : 6}บิน อัล-ชิบห์ ยื่นขอวีซ่าเข้าสหรัฐอเมริกาหลายครั้ง แต่เนื่องจากเป็นชาวเยเมน เขาจึงถูกปฏิเสธเพราะกังวลว่าเขาจะอยู่เกินกำหนดวีซ่า^{[ 77 ] : 4, 14}บิน อัล-ชิบห์ พักอยู่ในฮัมบูร์ก ทำหน้าที่ประสานงานระหว่างอัตตาและโมฮัมเหม็ด^{[ 77 ] : 16} สมาชิกทั้งสามคนของกลุ่มฮัมบูร์กเข้ารับการฝึกอบรมการบินที่ ฮัฟฟ์แมน เอวิเอ ชั่ นในเซาท์ฟลอริดา^{[ 77 ] : 6}

ในฤดูใบไม้ผลิปี 2001 ผู้ก่อการร้ายกลุ่มที่สองเริ่มเดินทางมาถึงสหรัฐอเมริกา^{[ 78 ]}ในเดือนกรกฎาคม 2001 อัตตาได้พบกับบิน อัล-ชิบห์ในสเปน ซึ่งพวกเขาได้ประสานงานรายละเอียดของแผนการ รวมถึงการเลือกเป้าหมายสุดท้าย บิน อัล-ชิบห์ได้ส่งต่อความปรารถนาของบิน ลาเดนที่ต้องการให้การโจมตีเกิดขึ้นโดยเร็วที่สุด^{[ 79 ]}ผู้ก่อการร้ายบางคนได้รับหนังสือเดินทางจากเจ้าหน้าที่ซาอุดีอาระเบียที่ทุจริตซึ่งเป็นสมาชิกในครอบครัว หรือใช้หนังสือเดินทางปลอมเพื่อเข้าประเทศ^{[ 80 ]}

ในช่วงปลายปี 1999 วาลิด บิน อัตตาช (“คัลลาด”) ผู้ร่วมงานของอัล-เคดา ได้ติดต่ออัล-มิห์ดาร์และบอกให้เขาไปพบกันที่กัวลาลัมเปอร์ประเทศมาเลเซีย โดยอัล-ฮัซมีและอาบู บารา อัล เยเมนีก็จะเข้าร่วมด้วย หน่วยงานความมั่นคงแห่งชาติ ( NSA)ได้ดักฟังการสนทนาทางโทรศัพท์ที่กล่าวถึงการประชุม อัล-มิห์ดาร์ และชื่อ “นาวาฟ” (อัล-ฮัซมี) แม้ว่าหน่วยงานจะเกรงว่า “อาจมีบางสิ่งที่ชั่วร้ายเกิดขึ้น” แต่ก็ไม่ได้ดำเนินการใดๆ เพิ่มเติม^{[ 81 ]}

หน่วยข่าวกรองของซาอุดีอาระเบียได้แจ้งเตือนซีไอเอแล้วว่าอัล-มิห์ดาร์และอัล-ฮัซมีเป็นสมาชิกของอัล-เคดา ทีมซีไอเอได้บุกเข้าไปในห้องพักโรงแรมของอัล-มิห์ดาร์ในดูไบและพบว่ามิห์ดาร์มีวีซ่าสหรัฐฯ ในขณะที่สถานีอเล็กซ์ได้แจ้งเตือนหน่วยงานข่าวกรองทั่วโลก แต่ไม่ได้แบ่งปันข้อมูลนี้กับเอฟบีไอหน่วยงานพิเศษของมาเลเซียได้สังเกตการณ์การประชุมของสมาชิกอัล-เคดาทั้งสองคนเมื่อวันที่ 5 มกราคม พ.ศ. 2543 และแจ้งให้ซีไอเอทราบว่าอัล-มิห์ดาร์ อัล-ฮัซมี และคัลลาดกำลังเดินทางไปกรุงเทพฯแต่ซีไอเอไม่เคยแจ้งหน่วยงานอื่นเกี่ยวกับเรื่องนี้ และไม่ได้ขอให้กระทรวงการต่างประเทศขึ้นชื่ออัล-มิห์ดาร์ไว้ในรายชื่อผู้ต้องสงสัย เจ้าหน้าที่ประสานงานของเอฟบีไอขออนุญาตแจ้งเอฟบีไอเกี่ยวกับการประชุม แต่ได้รับคำตอบว่า "นี่ไม่ใช่เรื่องของเอฟบีไอ" ^{[ 82 ]}

ในช่วงปลายเดือนมิถุนายน เจ้าหน้าที่อาวุโสฝ่ายต่อต้านการก่อการร้าย ริชาร์ด คลาร์กและผู้อำนวยการซีไอเอจอร์จ เทเน็ตต่าง "มั่นใจว่าการโจมตีครั้งใหญ่กำลังจะเกิดขึ้น" แม้ว่าซีไอเอจะเชื่อว่าการโจมตีน่าจะเกิดขึ้นในซาอุดีอาระเบียหรืออิสราเอลก็ตาม^{[ 83 ]}ในช่วงต้นเดือนกรกฎาคม คลาร์กได้สั่งให้หน่วยงานภายในประเทศ "เตรียมพร้อมเต็มที่" โดยบอกพวกเขาว่า "บางสิ่งที่น่าตื่นเต้นกำลังจะเกิดขึ้นที่นี่ และมันจะเกิดขึ้นในไม่ช้า" เขาขอให้เอฟบีไอและกระทรวงการต่างประเทศแจ้งเตือนสถานทูตและหน่วยงานตำรวจ และกระทรวงกลาโหมให้ดำเนินการ "ภาวะภัยคุกคามเดลต้า" ^{[ 84 ] [ 85 ]}ต่อมาคลาร์กเขียนว่า:

มีข้อมูลบางอย่างในซีไอเอที่ระบุว่าผู้ก่อการร้ายอัล-เคดาสองคนที่รู้จักกันดีได้เข้ามาในสหรัฐอเมริกา มีข้อมูลบางอย่างในเอฟบีไอที่ระบุว่าเกิดเหตุการณ์แปลกประหลาดขึ้นที่โรงเรียนการบินในสหรัฐอเมริกา [...] พวกเขามีข้อมูลเฉพาะเกี่ยวกับผู้ก่อการร้ายแต่ละคน ซึ่งสามารถอนุมานได้ว่าอะไรกำลังจะเกิดขึ้น ข้อมูลเหล่านั้นไม่ได้มาถึงฉันหรือทำเนียบขาวเลย^{[ 86 ]}

เมื่อวันที่ 13 กรกฎาคม ทอม วิลเชียร์ เจ้าหน้าที่ซีไอเอที่ได้รับมอบหมายให้ประจำแผนกต่อต้านการก่อการร้ายระหว่างประเทศของเอฟบีไอ ได้ส่งอีเมลถึงผู้บังคับบัญชาของเขาที่ศูนย์ต่อต้านการก่อการร้าย (CTC) ของซีไอเอ เพื่อขออนุญาตแจ้งให้เอฟบีไอทราบว่าฮัซมีอยู่ในประเทศ และมิห์ดาร์มีวีซ่าสหรัฐฯ ซีไอเอไม่เคยตอบกลับ^{[ 88 ]}

ในวันเดียวกันนั้น มาร์กาเร็ตต์ กิลเลสปี นักวิเคราะห์ของ FBI ที่ทำงานในCTCได้รับคำสั่งให้ตรวจสอบเอกสารเกี่ยวกับการประชุมที่มาเลเซีย เธอไม่ได้รับแจ้งเกี่ยวกับการปรากฏตัวของผู้เข้าร่วมในสหรัฐอเมริกา CIA มอบภาพถ่ายการเฝ้าระวังของมิห์ดาร์และฮัซมีจากการประชุมให้กิลเลสปีเพื่อแสดงให้หน่วยต่อต้านการก่อการร้ายของ FBI แต่ไม่ได้บอกความสำคัญของภาพเหล่านั้นให้เธอทราบ ฐานข้อมูล Intelink แจ้งให้เธอทราบว่าไม่ควรแบ่งปันข้อมูลข่าวกรองกับผู้สืบสวนคดีอาญา เมื่อแสดงภาพถ่ายให้ FBI ดู พวกเขาปฏิเสธที่จะให้รายละเอียดเพิ่มเติมเกี่ยวกับความสำคัญของภาพ และพวกเขาไม่ได้รับวันเกิดหรือหมายเลขหนังสือเดินทางของมิห์ดาร์^{[ 89 ]}ในช่วงปลายเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2544 กิลเลสปีได้แจ้งให้INSกระทรวงการต่างประเทศกรมศุลกากรและ FBI ใส่ชื่อฮัซมีและมิห์ดาร์ไว้ในรายชื่อผู้ต้องสงสัย แต่ FBI ถูกห้ามไม่ให้ใช้เจ้าหน้าที่อาชญากรในการค้นหาทั้งคู่ ซึ่งเป็นอุปสรรคต่อความพยายามของพวกเขา^{[ 90 ]}

ในเดือนกรกฎาคมเช่นกัน เจ้าหน้าที่ FBI ที่ประจำอยู่ที่ ฟีนิกซ์ได้ส่งข้อความไปยังสำนักงานใหญ่ FBI สถานีอเล็ก และเจ้าหน้าที่ FBI ในนิวยอร์ก เพื่อแจ้งเตือนพวกเขาถึง "ความเป็นไปได้ของความพยายามที่ประสานงานกันโดยโอซามา บิน ลาเดน ในการส่งนักเรียนไปยังสหรัฐอเมริกาเพื่อเข้าเรียนในมหาวิทยาลัยและวิทยาลัยการบินพลเรือน" เจ้าหน้าที่เคนเนธ วิลเลียมส์ แนะนำว่าจำเป็นต้องสัมภาษณ์ผู้จัดการโรงเรียนการบินและระบุตัวนักเรียนชาวอาหรับทั้งหมดที่ต้องการเข้ารับการฝึกอบรมการบิน^{[ 91 ]}ในเดือนกรกฎาคม จอร์แดนแจ้งเตือนสหรัฐฯ ว่าอัล-เคดากำลังวางแผนโจมตีสหรัฐฯ "หลายเดือนต่อมา" จอร์แดนแจ้งสหรัฐฯ ว่ารหัสของการโจมตีคือ "งานแต่งงานครั้งใหญ่" และเกี่ยวข้องกับเครื่องบิน^{[ 92 ]}

เมื่อวันที่ 6 สิงหาคม พ.ศ. 2544 รายงานสรุปประจำวันของ CIA สำหรับประธานาธิบดี ซึ่งกำหนดไว้ว่า "สำหรับประธานาธิบดีเท่านั้น" มีชื่อว่าบิน ลาเดน มุ่งมั่นที่จะโจมตีในสหรัฐอเมริกาบันทึกดังกล่าวระบุว่าข้อมูลของ FBI "บ่งชี้ถึงรูปแบบกิจกรรมที่น่าสงสัยในประเทศนี้ ซึ่งสอดคล้องกับการเตรียมการสำหรับการจี้เครื่องบินหรือการโจมตีประเภทอื่น ๆ" ^{[ 93 ]}

ในช่วงกลางเดือนสิงหาคม โรงเรียนการบินแห่งหนึ่งในมินนิโซตาได้แจ้งเตือน FBI เกี่ยวกับZacarias Moussaouiซึ่งได้ถาม "คำถามที่น่าสงสัย" FBI พบว่า Moussaoui เป็นพวกหัวรุนแรงที่เคยเดินทางไปปากีสถาน และ INS ได้จับกุมเขาเนื่องจากอยู่เกินกำหนดวีซ่าฝรั่งเศส คำขอค้นแล็ปท็อปของเขาถูกปฏิเสธโดยสำนักงานใหญ่ FBI เนื่องจากขาด หลักฐานที่ น่าเชื่อถือ^{[ 94 ]}

ความล้มเหลวในการแบ่งปันข้อมูลข่าวกรองเกิดจาก นโยบาย ของกระทรวงยุติธรรม ในปี 1995 ที่จำกัดการแบ่งปันข้อมูลข่าวกรอง ประกอบกับความไม่เต็มใจของ CIA และ NSA ที่จะเปิดเผย "แหล่งข้อมูลและวิธีการที่ละเอียดอ่อน" เช่น โทรศัพท์ที่ถูกดักฟัง^{[ 95 ]}ในการให้การต่อหน้าคณะกรรมการ 9/11ในเดือนเมษายน 2004 อัยการสูงสุด ในขณะนั้น จอห์น แอชครอฟต์ได้ระลึกว่า "สาเหตุเชิงโครงสร้างที่สำคัญที่สุดเพียงอย่างเดียวสำหรับปัญหา 11 กันยายน คือกำแพงที่แยกหรือแบ่งแยกนักสืบอาชญากรรมและเจ้าหน้าที่ข่าวกรอง" ^{[ 96 ]}คลาร์กยังเขียนอีกว่า "[มี]  ...ความล้มเหลวในการส่งข้อมูลไปยังสถานที่ที่ถูกต้องในเวลาที่เหมาะสม" ^{[ 97 ]}

อาคารนอร์ททาวเวอร์ (ขวา) ไม่นานหลังจากถูกเครื่องบินโดยสารของสายการบินอเมริกันแอร์ไลน์ เที่ยวบินที่ 11 พุ่งชน (เหตุการณ์โจมตีครั้งแรกของวันนั้น)

อาคารเซาท์ทาวเวอร์ (ซ้าย) ไม่นานหลังจากถูกเครื่องบินโดยสารยูไนเต็ดแอร์ไลน์ เที่ยวบิน 175 พุ่งชน (เหตุการณ์โจมตีครั้งที่สองของวันนั้น)

ภาพจากกล้องวงจรปิดแสดงให้เห็นเครื่องบิน American Airlines เที่ยวบินที่ 77พุ่งชนอาคารเพนตากอน (การโจมตีครั้งที่สาม) ^{[ 100 ]}เครื่องบินชนอาคารเพนตากอนประมาณ 86 วินาทีหลังจากเริ่มบันทึก

ภาพถ่ายแสดงจุดเกิดเหตุเครื่องบินโดยสารยูไนเต็ดแอร์ไลน์ เที่ยวบินที่ 93ตก ใกล้กับเมืองสโตนีย์ครีกหลังเกิดเหตุไม่นาน (การโจมตีครั้งสุดท้าย)

เวลา 7:59  น. เที่ยวบินที่ 11 ของสายการบินอเมริกันแอร์ไลน์ได้ออกเดินทางจากสนามบินนานาชาติโลแกนในบอสตัน^[ 101 ^]ประมาณสิบห้านาทีหลังจากเครื่องบินขึ้น ผู้ก่อการร้าย 5 คนติดอาวุธด้วยมีดคัตเตอร์ ได้เข้ายึดเครื่องบิน ทำให้มีผู้ ^{บาดเจ็บ}อย่างน้อย 3 คน (และอาจเสียชีวิต1 คน ) ^{[ 102 ] [ 103 ] [ 104 ]}ก่อนที่จะบุกเข้าไปในห้องนักบิน ผู้ก่อการร้ายยังได้แสดงวัตถุระเบิดที่เห็นได้ชัดและฉีดสเปรย์พริกไทยเข้าไปในห้องโดยสาร เพื่อทำให้ตัวประกันหวาดกลัวและยอมจำนน และขัดขวางการต่อต้านต่อไป^{[ 105 ]}ที่สนามบินโลแกน เที่ยวบินที่ 175 ของสายการบินยูไนเต็ดแอร์ไลน์ได้ออกเดินทางเวลา 8:14  น. ^{[ 106 ]}หลายร้อยไมล์ทางตะวันตกเฉียงใต้ ที่สนาม บิน นานาชาติดัลเลสเที่ยวบินที่ 77 ของสายการบินอเมริกันแอร์ไลน์ได้ออกจากรันเวย์เวลา 8:20  น. ^{[ 106 ]}เที่ยวบินที่ 175 ดำเนินไปตามปกติเป็นเวลา 28 นาที จนกระทั่งเวลา 8:42  น. เมื่อกลุ่มคนร้าย 5 คนจี้เครื่องบิน สังหารนักบินทั้งสองคนและแทงลูกเรือหลายคนก่อนที่จะเข้าควบคุมเครื่องบิน ผู้ก่อการร้ายเหล่านี้ยังใช้การขู่ว่าจะวางระเบิดเพื่อสร้างความหวาดกลัวให้กับผู้โดยสารและลูกเรือ^{[ 107 ]}และยังฉีด "แก๊สน้ำตา สเปรย์พริกไทย หรือสารระคายเคืองอื่นๆ" ในห้องโดยสารเพื่อบังคับให้ผู้โดยสารและพนักงานต้อนรับบนเครื่องบินไปอยู่ด้านหลังของห้องโดยสาร^{[ 108 ]}ในเวลาเดียวกันเที่ยวบินที่ 93 ของสายการบินยูไนเต็ดแอร์ไลน์ได้ออกเดินทางจากสนามบินนานาชาติเนวาร์กในรัฐนิวเจอร์ซีย์^{[ 106 ]}  เดิมที เครื่องบินมีกำหนดออกเดินทางจากประตูทางออกเวลา 8:00 น. แต่ล่าช้าไป 42 นาที ^{[ 109 ]} เวลา 8:46  น. เที่ยวบินที่ 11 ถูกชนเข้ากับด้านทิศเหนือของตึกเหนือของเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์โดยเจตนา ระหว่างชั้นที่ 93 ถึง 99 ^{[ 110 ]}ในตอนแรกหลายคนสันนิษฐานว่าเป็นอุบัติเหตุ^{[ 111 ]} เวลา 8:51  น. เที่ยวบินที่ 77 ของสายการบินอเมริกันแอร์ไลน์ก็ถูกผู้ก่อการร้าย 5 คนยึดครองเช่นกัน โดยพวกเขาบุกเข้าไปในห้องนักบิน 31 นาทีหลังจากเครื่องบินขึ้น^{[ 112 ]}แม้ว่าพวกเขาจะมีมีดติดตัวมาด้วยก็ตาม^{[ 113 ]}ไม่มีรายงานว่ามีใครบนเครื่องถูกแทง และบุคคลทั้งสองที่โทรศัพท์ก็ไม่ได้กล่าวถึงการใช้สเปรย์พริกไทยหรือการขู่ว่าจะวางระเบิด เที่ยวบิน 175 พุ่งชนด้านหน้าอาคารใต้ของตึกเซาท์ทาวเวอร์ (2  WTC) ระหว่างชั้นที่ 77 ถึง 85 ^{[ 114 ]}เวลา 9:03  น. ^{[ h ]}ซึ่งแสดงให้เห็นว่าการชนครั้งแรกเป็นการก่อการร้ายโดยเจตนา^{[ 115 ] [ 116 ]}

ชายสี่คนบนเที่ยวบิน 93 โจมตีอย่างกะทันหัน สังหารผู้โดยสารอย่างน้อยหนึ่งคน หลังจากรอ 46 นาที ซึ่งการปล้นครั้งนี้พิสูจน์แล้วว่าเป็นหายนะสำหรับผู้ก่อการร้ายเมื่อรวมกับการขึ้นบินที่ล่าช้า^{[ 117 ]}พวกเขาบุกเข้าไปในห้องนักบินและยึดเครื่องบินได้ในเวลา 9:28  น. และหันเครื่องบินไปทางทิศตะวันออกมุ่งหน้าไปยังวอชิงตัน ดี.ซี. ^{[ 118 ]}เช่นเดียวกับกลุ่มผู้ก่อการร้ายในสองเที่ยวบินแรก กลุ่มที่สี่ใช้การขู่ว่าจะวางระเบิดและฉีดสเปรย์พริกไทยไปทั่วห้องโดยสาร^{[ 119 ]}

เก้านาทีหลังจากเที่ยวบิน 93 ถูกจี้ เที่ยวบิน 77 ก็พุ่งชนด้านตะวันตกของเพนตากอนเวลา 9:37  น. ^{[ 120 ]}เนื่องจากความล่าช้าสองครั้ง^{[ 121 ]}ผู้โดยสารและลูกเรือของเที่ยวบิน 93 จึงมีเวลาทราบถึงการโจมตีก่อนหน้านี้ผ่านการโทรศัพท์ไปยังภาคพื้นดิน และเป็นผลให้มีการจัดตั้งการก่อจลาจลอย่างเร่งด่วนเพื่อยึดเครื่องบินคืนเวลา 9:57  น. ^{[ 122 ]}ผู้โดยสารและลูกเรือเริ่มการโจมตีตอบโต้เพื่อยึดเครื่องบินคืน เมื่อการจลาจลไปถึงประตูห้องนักบิน นักบินผู้จี้ก็เริ่มเอียงและหมุนเครื่องบินอย่างรุนแรงเพื่อขัดขวางการโจมตี การต่อสู้ยังคงดำเนินต่อไปจนถึงเวลา 10:03:11  น. เมื่อเครื่องบินตกในทุ่งนาในเมืองสโตนีย์ ครีก ใกล้กับแชงค์สวิลล์ รัฐเพนซิลเวเนีย หลังจากพลิกคว่ำครั้งสุดท้าย ไม่สามารถไปถึงเป้าหมายที่ผู้ก่อการร้ายตั้งใจไว้ในวอชิงตัน ดี.ซี. ได้^{[ 123 ] [ 124 ]}เครื่องบินอยู่ห่างจากดี.ซี. ประมาณ 20 นาทีในขณะที่เกิดอุบัติเหตุ และเชื่อกันว่าเป้าหมายของเครื่องบินคืออาคารรัฐสภาหรือทำเนียบขาว^{[ 99 ] [ 122 ]}

ผู้โดยสารและลูกเรือบางคนที่โทรจากเครื่องบินโดยใช้บริการโทรศัพท์บนเครื่องบินและโทรศัพท์มือถือให้รายละเอียดว่า มีผู้ก่อการร้ายหลายคนอยู่บนเครื่องบินแต่ละลำ พวกเขาใช้สเปรย์พริกไทย แก๊สน้ำตา หรือสเปรย์พริกไทยเพื่อควบคุมพนักงานต้อนรับบนเครื่องบิน และมีบางคนบนเครื่องบินถูกแทง^{[ 125 ]}รายงานระบุว่าผู้ก่อการร้ายแทงและฆ่านักบิน พนักงานต้อนรับบนเครื่องบิน และผู้โดยสารอย่างน้อยหนึ่งคน^{[ 98 ] [ 126 ]}ตามรายงานฉบับสุดท้ายของคณะกรรมการ 9/11 ผู้ก่อการร้ายเพิ่งซื้อเครื่องมืออเนกประสงค์และ มีดอเนกประสงค์แบบ Leathermanที่มีใบมีดล็อคได้ (ซึ่งไม่ได้ห้ามผู้โดยสารในขณะนั้น) แต่สิ่งเหล่านี้ไม่พบในทรัพย์สินที่ผู้ก่อการร้ายทิ้งไว้^{[ 127 ] [ 128 ]}พนักงานต้อนรับบนเครื่องบินเที่ยวบินที่ 11 ผู้โดยสารบนเที่ยวบินที่ 175 และผู้โดยสารบนเที่ยวบินที่ 93 กล่าวว่าผู้ก่อการร้ายมีระเบิด แต่ผู้โดยสารคนหนึ่งกล่าวว่าเขาคิดว่าระเบิดเป็นของปลอม FBI ไม่พบร่องรอยของวัตถุระเบิดในที่เกิดเหตุ และคณะกรรมการ 9/11 สรุปว่าระเบิดน่าจะเป็นของปลอม^{[ 98 ]}ในเที่ยวบินที่ถูกจี้อย่างน้อยสองเที่ยวบิน ได้แก่ American 11 และ United 93 ผู้ก่อการร้ายอ้างผ่านระบบประกาศสาธารณะว่าพวกเขากำลังจับตัวประกันและกำลังกลับไปยังสนามบินเพื่อเรียกค่าไถ่ ซึ่งเป็นความพยายามอย่างชัดเจนที่จะป้องกันไม่ให้ผู้โดยสารต่อสู้กลับ อย่างไรก็ตาม ความพยายามทั้งสองครั้งล้มเหลว เนื่องจากนักบินผู้ก่อการร้ายทั้งสองในกรณีเหล่านี้ (โมฮาเหม็ด อัตตา^{[ 129 ]}และ ซิอาด จาร์ราห์^{[ 130 ]}ตามลำดับ) ส่งข้อความผิดพลาดไปยัง ATC แทนที่จะส่งไปยังผู้โดยสารบนเครื่องบินตามที่ตั้งใจไว้ ทำให้เจ้าหน้าที่ควบคุมการบินรู้ว่าเครื่องบินถูกจี้

อาคารสามหลังในเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์พังถล่มเนื่องจากโครงสร้างเสียหายจากไฟไหม้ แม้ว่าอาคารใต้จะถูกชนประมาณสิบเจ็ดนาทีหลังจากอาคารเหนือ แต่บริเวณที่เครื่องบินชนนั้นต่ำกว่ามาก ด้วยความเร็วที่เร็วกว่ามาก และชนเข้าที่มุม ทำให้มีน้ำหนักโครงสร้างเพิ่มเติมที่ไม่สมดุล ส่งผลให้อาคารใต้พังถล่มก่อนในเวลา 9:59  น. ^{[ 131 ] : 80 [ 132 ] : 322}โดยไหม้เป็นเวลา 56 นาที^{[ o ]}ในกองไฟที่เกิดจากการตกของเครื่องบินยูไนเต็ดแอร์ไลน์เที่ยวบินที่ 175 และการระเบิดของเชื้อเพลิง อาคารเหนือยังคงอยู่ได้อีก 29 นาที 24 วินาทีก่อนที่จะพังถล่มในเวลา 10:28  น. ^{[ p ]}หนึ่งชั่วโมง สี่สิบเอ็ดนาที และห้าสิบสามวินาที^{[ i ]}หลังจากถูกเครื่องบินอเมริกันแอร์ไลน์เที่ยวบินที่ 11 ชน เมื่ออาคารเหนือพังถล่ม เศษซากก็ตกลงบน อาคาร เวิลด์เทรดเซ็นเตอร์7  (7  WTC) ที่อยู่ใกล้เคียง ทำให้ตัวอาคารเสียหายและเกิดไฟไหม้ ไฟเหล่านี้ลุกไหม้นานเกือบเจ็ดชั่วโมง ทำให้โครงสร้างของอาคารเสียหาย และอาคาร 7  WTC ก็พังถล่มลงมาเวลา 17:21  น. ^{[ 135 ] [ 136 ]}ด้านตะวันตกของเพนตากอนได้รับความเสียหายอย่างมาก^{[ 137 ]} เวลา 9:42  น. สำนักงานบริหารการบินแห่งสหรัฐอเมริกา (FAA) สั่งระงับการบินของเครื่องบินพลเรือนทั้งหมดภายในแผ่นดินใหญ่ของสหรัฐอเมริกา และเครื่องบินพลเรือนที่กำลังบินอยู่ได้รับคำสั่งให้ลงจอดทันที^{[ 138 ]}เครื่องบินพลเรือนระหว่างประเทศทั้งหมดถูกส่งกลับหรือเปลี่ยนเส้นทางไปยังสนามบินในแคนาดาหรือเม็กซิโก และถูกห้ามไม่ให้ลงจอดในดินแดนของสหรัฐอเมริกาเป็นเวลาสามวัน^{[ 139 ]}การโจมตีดังกล่าวทำให้เกิดความสับสนอย่างกว้างขวางในหมู่สำนักข่าวและเจ้าหน้าที่ควบคุมการจราจรทางอากาศ ท่ามกลางรายงานข่าวที่ไม่ได้รับการยืนยันและมักขัดแย้งกันซึ่งออกอากาศตลอดทั้งวัน หนึ่งในรายงานที่แพร่หลายที่สุดอ้างว่ามีการวางระเบิดรถยนต์ที่สำนักงานใหญ่กระทรวงการต่างประเทศสหรัฐฯ ในกรุงวอชิงตัน ดี.ซี. ^{[ 140 ]}เครื่องบินอีกลำหนึ่ง ( เที่ยวบินเดลต้าแอร์ไลน์ 1989 ) ถูกสงสัยว่าถูกจี้ แต่เครื่องบินตอบสนองต่อเจ้าหน้าที่ควบคุมการจราจรทางอากาศและลงจอดอย่างปลอดภัยในคลีฟแลนด์ รัฐโอไฮโอ^{[ 141 ]}

ในการสัมภาษณ์เมื่อเดือนเมษายน พ.ศ. 2545 คาลิด เชค โมฮัมเหม็ด และรามซี บิน อัล-ชิบห์ ซึ่งเชื่อกันว่าเป็นผู้จัดการโจมตี กล่าวว่าเป้าหมายที่ตั้งใจไว้ของเที่ยวบินที่ 93 คืออาคารรัฐสภาสหรัฐฯ ไม่ใช่ทำเนียบขาว^{[ 142 ]}ในระหว่างขั้นตอนการวางแผนการโจมตี โมฮาเหม็ด อัตตา (ผู้จี้เครื่องบินและนักบินของเที่ยวบินที่ 11) คิดว่าทำเนียบขาวอาจเป็นเป้าหมายที่ยากเกินไป และขอให้ฮานี ฮันจูร์ (ผู้จี้เครื่องบินและนักบินของเที่ยวบินที่ 77) ประเมินสถานการณ์^{[ 143 ]}โมฮัมเหม็ดกล่าวว่าอัล-เคดาในตอนแรกวางแผนที่จะโจมตีโรงงานนิวเคลียร์แทนที่จะเป็นเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์และเพนตากอน แต่ตัดสินใจไม่ทำเช่นนั้นเพราะกลัวว่าสิ่งต่างๆ อาจ "ควบคุมไม่ได้" ^{[ 144 ]}การตัดสินใจขั้นสุดท้ายเกี่ยวกับเป้าหมาย ตามที่โมฮัมเหม็ดกล่าว ถูกปล่อยให้เป็นหน้าที่ของนักบิน^{[ 143 ]}หากนักบินคนใดไม่สามารถไปถึงเป้าหมายที่ตั้งใจไว้ได้ เขาจะต้องทำให้เครื่องบินตก^{[ 99 ]}

การโจมตีตึกนอร์ททาวเวอร์ของเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์เพียงอย่างเดียว^{[ q ]}ทำให้เหตุการณ์ 9/11 เป็นการก่อการร้ายที่ร้ายแรงที่สุดในประวัติศาสตร์^{[ 146 ]}เมื่อรวมกันแล้ว เครื่องบินทั้งสี่ลำคร่าชีวิตผู้คนไป 2,996 คน (รวมถึงผู้ก่อการร้าย) และบาดเจ็บอีกหลายพันคน^{[ 147 ]}จำนวนผู้เสียชีวิตรวมถึง 265 คนบนเครื่องบินทั้งสี่ลำ (ซึ่งไม่มีผู้รอดชีวิต) 2,606 คนในเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์และบริเวณโดยรอบ และ 125 คนที่เพนตากอน^{[ 148 ] [ 149 ]}ผู้เสียชีวิตส่วนใหญ่เป็นพลเรือน รวมถึงนักดับเพลิง 343 คน เจ้าหน้าที่บังคับใช้กฎหมาย 72 คน เจ้าหน้าที่ทหาร 55 คน และผู้ก่อการร้าย 19 คน^{[ 150 ] [ 151 ]}มากกว่า 90 ประเทศสูญเสียพลเมืองในการโจมตีครั้งนี้^{[ 152 ]}

ในนครนิวยอร์ก ผู้เสียชีวิตในตึกมากกว่า 90% อยู่ที่หรือเหนือจุดที่เครื่องบินชน ในตึกนอร์ททาวเวอร์ มีผู้เสียชีวิตระหว่าง 1,344 ^{[ 153 ]}ถึง 1,402 คน อยู่ที่ เหนือ หรือต่ำกว่าจุดที่เครื่องบินชนหนึ่งชั้น และเสียชีวิตทั้งหมด หลายร้อยคนเสียชีวิตทันทีเมื่อเครื่องบินพุ่งชน^{[ 154 ]} ผู้ที่รอดชีวิตจากการชน ประมาณ 800 คน^{[ 155 ]}ติดอยู่ในกองไฟหรือเสียชีวิตจากการสูดดมควันไฟ ตกจากตึกหรือกระโดดลงมาจากตึกเพื่อหนีควันและเปลวไฟ หรือเสียชีวิตจากการถลถล่มของอาคาร การที่บันไดทั้งสามแห่งในตึกนอร์ททาวเวอร์ถูกทำลายเมื่อเที่ยวบินที่ 11 พุ่งชน ทำให้เป็นไปไม่ได้ที่ใครก็ตามจากโซนที่เครื่องบินชนขึ้นไปจะหนีออกมาได้ ผู้เสียชีวิต 107 คนที่ไม่ได้ติดอยู่จากการชน^{[ 156 ]}เมื่อเครื่องบินเที่ยวบินที่ 11 พุ่งชนระหว่างชั้นที่ 93 และ 99 ชั้นที่ 92 ก็ไม่สามารถหลบหนีได้อีกต่อไป การชนทำให้ปล่องลิฟต์ทั้งหมดขาดออกจากกัน ขณะที่เศษซากที่ตกลงมาปิดกั้นบันได ทำให้คนงานทั้ง 69 คนบนชั้นนั้นเสียชีวิต^{[ 157 ]}

ในตึกเซาท์ทาวเวอร์ มีผู้คนประมาณ 600 คนอยู่บนชั้น 77 หรือสูงกว่านั้นเมื่อเครื่องบินเที่ยวบิน 175 พุ่งชน มีผู้รอดชีวิตเพียงไม่กี่คน เช่นเดียวกับตึกนอร์ททาวเวอร์ มีผู้เสียชีวิตหลายร้อยคนในขณะที่เครื่องบินพุ่งชน ต่างจากผู้ที่อยู่ในตึกนอร์ททาวเวอร์ ผู้รอดชีวิตประมาณ 300 คน^{[ 155 ]}จากอุบัติเหตุครั้งนี้ไม่ได้ติดอยู่ภายในอาคาร แต่ส่วนใหญ่ไม่ทราบว่ายังมีทางหนีอยู่หรือไม่สามารถใช้ทางหนีได้ บันไดทางขึ้นลงบันได Aเกือบจะถูกทำลาย ทำให้ผู้คน 14 คนที่อยู่บนชั้นที่เครื่องบินพุ่งชน (รวมถึงสแตนลีย์ ไพรมนาธ ชายที่เห็นเครื่องบินพุ่งเข้ามาหาเขา) และอีก 4 คนจากชั้นบนสามารถหนีออกมาได้ เจ้าหน้าที่โอเปเร เตอร์ 9-1-1ของนครนิวยอร์กที่ได้รับโทรศัพท์จากผู้คนภายในตึกไม่ได้รับแจ้งสถานการณ์ที่เกิดขึ้นอย่างรวดเร็ว และด้วยเหตุนี้จึงบอกผู้โทรว่าอย่าลงจากตึกด้วยตนเอง^{[ 158 ]}โดยรวมแล้ว มีผู้เสียชีวิตในตึกใต้ 630 คน ซึ่งน้อยกว่าครึ่งหนึ่งของจำนวนผู้เสียชีวิตในตึกเหนือ^{[ 156 ]}จากจำนวน 100–200 คนที่เห็นเหตุการณ์กระโดดหรือตกลงมาเสียชีวิต^{[ 159 ]}มีเพียง 3 ครั้งที่บันทึกไว้ว่าเห็นเหตุการณ์จากตึกใต้^{[ 131 ] : 86}จำนวนผู้เสียชีวิตในตึกใต้ลดลงอย่างมาก เนื่องจากผู้ที่อยู่ในอาคารบางส่วนตัดสินใจออกจากอาคารทันทีหลังจากการชนครั้งแรก และเนื่องจาก Eric Eisenberg ผู้บริหารของAON Insuranceตัดสินใจอพยพออกจากชั้นที่ AON อยู่ (ชั้น 92 และ 98–105) หลังจากการชนของเที่ยวบินที่ 11 ช่องว่าง 17 นาทีทำให้พนักงาน AON มากกว่า 900 คนจากทั้งหมด 1,100 คนที่อยู่ในอาคารสามารถอพยพออกจากชั้นที่สูงกว่าชั้น 77 ได้ก่อนที่ตึกใต้จะถูกชน Eisenberg เป็นหนึ่งในเกือบ 200 คนที่ไม่สามารถหนีออกมาได้ บริษัท Fiduciary Trust , CSC และ Euro Brokers ดำเนินการอพยพก่อนเกิดเหตุการณ์ในลักษณะเดียวกัน โดยบริษัทเหล่านี้มีสำนักงานอยู่บนชั้นเหนือจุดที่เครื่องบินชน ความล้มเหลวในการสั่งอพยพออกจากอาคารใต้ทั้งหมดหลังจากเครื่องบินลำแรกชนเข้ากับอาคารเหนือ ถูกอธิบายโดยUSA Todayว่าเป็น "หนึ่งในโศกนาฏกรรมครั้งใหญ่ของวันนั้น" ^{[ 160 ]}

ดังที่แสดงให้เห็นในภาพถ่ายThe Falling Manมีผู้คนมากกว่า 200 คนเสียชีวิตจากการตกจากตึกที่กำลังลุกไหม้ โดยส่วนใหญ่ถูกบังคับให้กระโดดลงมาเพื่อหนีความร้อน ไฟ และควัน^{[ 161 ]}ผู้พักอาศัยบางส่วนในแต่ละตึกที่อยู่เหนือจุดที่เกิดเหตุได้เดินทางไปยังดาดฟ้าด้วยความหวังว่าจะได้รับการช่วยเหลือจากเฮลิคอปเตอร์ แต่ประตูทางขึ้นดาดฟ้าถูกล็อก^{[ 162 ]}ไม่มีแผนการช่วยเหลือด้วยเฮลิคอปเตอร์ และการรวมกันของอุปกรณ์บนดาดฟ้า ควันหนา และความร้อนจัด ทำให้เฮลิคอปเตอร์ไม่สามารถเข้าใกล้ได้^{[ 163 ]}

ที่ศูนย์การค้าโลก เจ้าหน้าที่กู้ภัย 414 คนเสียชีวิตขณะพยายามช่วยเหลือผู้คนและดับไฟ ขณะที่เจ้าหน้าที่บังคับใช้กฎหมายอีกคนหนึ่งเสียชีวิตเมื่อเครื่องบินยูไนเต็ด 93 ตก เจ้าหน้าที่ดับเพลิงของกรมดับเพลิงนครนิวยอร์ก (FDNY) เสียชีวิต 343 คน รวมถึงบาทหลวงและเจ้าหน้าที่พยาบาลฉุกเฉิน 2 คน ^{[ 164 ] [ 165 ] [ 166 ]}เจ้าหน้าที่ตำรวจนครนิวยอร์ก (NYPD) เสียชีวิต 23 นาย ^{[ 167 ]}เจ้าหน้าที่ตำรวจของกรมตำรวจท่าเรือ (PAPD) เสียชีวิต 37 นาย ^{[ 168 ]}เจ้าหน้าที่เทคนิคการแพทย์ฉุกเฉินและเจ้าหน้าที่พยาบาลฉุกเฉินจากหน่วยบริการการแพทย์ฉุกเฉินเอกชนเสียชีวิต 8 คน^{[ 169 ]}เกือบทั้งหมดของเจ้าหน้าที่กู้ภัยที่เสียชีวิตในที่เกิดเหตุเสียชีวิตจากการถล่มของตึก ยกเว้นเพียงคนเดียวที่ถูกพลเรือนที่ตกลงมาจากตึกใต้ทับ^{[ 170 ]}

พนักงาน 658 คนจากCantor Fitzgerald LP ซึ่งเป็นธนาคารเพื่อการลงทุนที่ตั้งอยู่บนชั้น 101-105 ของอาคารนอร์ททาวเวอร์ เสียชีวิต ซึ่งมากกว่าพนักงานของบริษัทอื่น ๆ อย่างมาก^{[ 171 ]}พนักงาน 358 คนจากMarsh Inc.ซึ่งตั้งอยู่ด้านล่าง Cantor Fitzgerald บนชั้น 93-100 เสียชีวิต^{[ 172 ] [ 173 ]}และพนักงาน 176 คนจากAon Corporationเสียชีวิต^{[ 174 ]}สถาบันมาตรฐานและเทคโนโลยีแห่งชาติ (NIST) ประเมินว่ามีพลเรือนประมาณ 17,400 คนอยู่ในอาคารเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ในขณะที่เกิดการโจมตี^{[ 175 ] : xxxiii}การนับจำนวนคนผ่านประตูหมุนจากหน่วยงานท่าเรือบ่งชี้ว่าโดยปกติจะมีคน 14,154 คนอยู่ในอาคารแฝดในเวลา 8:45  น. ^{[ 176 ]}คนส่วนใหญ่ที่อยู่ต่ำกว่าโซนที่ได้รับผลกระทบอพยพออกไปอย่างปลอดภัย^{[ 177 ]}

ในอาร์ลิงตันเคาน์ตี้ รัฐเวอร์จิเนียพนักงานเพนตากอน 125 คนเสียชีวิตเมื่อเครื่องบินเที่ยวบินที่ 77 พุ่งชนด้านตะวันตกของอาคาร 70 คนเป็นพลเรือน และ 55 คนเป็นบุคลากรทางทหาร ซึ่งหลายคนทำงานให้กับกองทัพบกหรือกองทัพเรือสหรัฐฯพนักงานพลเรือน 47 คน ผู้รับเหมาพลเรือน 6 ​​คน และทหาร 22 นายที่ทำงานให้กับกองทัพบกเสียชีวิต ขณะที่พนักงานพลเรือน 6 ​​คน ผู้รับเหมาพลเรือน 3 คน และทหารเรือ 33 นายที่ทำงานให้กับกองทัพเรือเสียชีวิตพนักงานพลเรือน ของ สำนักงานข่าวกรองกลาโหม (DIA) 7 คน และผู้รับเหมา ของสำนักงานเลขาธิการกระทรวงกลาโหม 1 คน เสียชีวิต^{[ 178 ] [ 179 ] [ 180 ]}ทิโมธี มอเดพลโทและรองเสนาธิการกองทัพบก เป็นเจ้าหน้าที่ทหารระดับสูงสุดที่เสียชีวิตที่เพนตากอน^{[ 181 ]}

หลายสัปดาห์หลังจากการโจมตี จำนวนผู้เสียชีวิตถูกประเมินว่ามากกว่า 6,000 ราย ซึ่งมากกว่าจำนวนผู้เสียชีวิตที่ได้รับการยืนยันในที่สุดถึงสองเท่า^{[ 182 ]}เมืองนี้สามารถระบุตัวตนซากศพของเหยื่อจากเหตุการณ์โจมตีเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ได้เพียงประมาณ 1,600 รายเท่านั้น สำนักงานชันสูตรศพได้รวบรวม "เศษกระดูกและเนื้อเยื่อที่ไม่สามารถระบุตัวตนได้ประมาณ 10,000 ชิ้น ซึ่งไม่สามารถจับคู่กับรายชื่อผู้เสียชีวิตได้" ^{[ 183 ]}เศษกระดูกยังคงถูกพบในปี 2006 โดยคนงานที่กำลังเตรียมรื้อถอน อาคาร ดอยช์แบงก์ ที่เสียหาย ^{[ 184 ]}

ในปี 2010 ทีมงานนักมานุษยวิทยาและนักโบราณคดีได้ค้นหาซากศพมนุษย์และสิ่งของส่วนตัวที่บ่อขยะเฟรชคิลส์ซึ่งพบซากศพมนุษย์เพิ่มอีก 72 ซาก ทำให้จำนวนซากศพที่พบทั้งหมดเป็น 1,845 ซาก ณ ปี 2011 การวิเคราะห์ดีเอ็นเอได้ดำเนินการอย่างต่อเนื่องเพื่อพยายามระบุตัวตนเหยื่อเพิ่มเติม^{[ 185 ] [ 186 ] [ 187 ]}ในปี 2014 โลงศพขนาดเท่าโลงศพ 3 โลงบรรจุซากศพที่ไม่สามารถระบุตัวตนได้ 7,930 ซาก ถูกส่งไปยังคลังเก็บศพของเจ้าหน้าที่ชันสูตรพลิกศพซึ่งตั้งอยู่ที่เดียวกับ อนุสรณ์สถานและ พิพิธภัณฑ์แห่งชาติ 11 กันยายน^{[ 188 ]}ครอบครัวของเหยื่อได้รับอนุญาตให้เข้าเยี่ยม "ห้องรำลึก" ส่วนตัวซึ่งปิดไม่ให้บุคคลทั่วไปเข้าชม การเลือกที่จะวางซากศพไว้ในพื้นที่ใต้ดินที่ติดกับพิพิธภัณฑ์นั้นเป็นที่ถกเถียงกัน ครอบครัวของเหยื่อบางรายพยายามที่จะให้ฝังซากศพไว้ในอนุสาวรีย์ที่อยู่เหนือพื้นดินแยกต่างหากแทน^{[ 189 ]}

ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2560 เหยื่อรายที่ 1,641 ได้รับการระบุตัวตนอันเป็นผลมาจากเทคโนโลยี DNA ที่เพิ่งมีให้ใช้^{[ 190 ]}และรายที่ 1,642 ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2561 ^{[ 191 ]}เหยื่ออีก 3 รายได้รับการระบุตัวตนในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2562 ^{[ 192 ]} 2 รายใน เดือนกันยายน พ.ศ. 2564 ^{[ 193 ]}และอีก 2 รายในเดือน กันยายน พ.ศ. 2566 ^{[ 194 ]}ณ ปี พ.ศ. 2568 เหยื่อ 1,103 รายยังคงไม่ได้รับการระบุตัวตน ซึ่งคิดเป็น 40% ของผู้เสียชีวิตจากการโจมตีเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์^{[ 195 ]}เมื่อวันที่ 25 กันยายน พ.ศ. 2566 FDNY รายงานว่าหน่วยงานได้สูญเสียสมาชิกจากโรคที่เกี่ยวข้องกับเหตุการณ์ 9/11 จำนวนเท่ากับที่สูญเสียไปในวันที่เกิดเหตุ^{[ 196 ] [ 197 ]}

ภาพถ่ายมุมสูงจากจุดที่เครื่องบินพุ่งชนตึกเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ แสดงให้เห็นตำแหน่งของเครื่องบินขณะเกิดการชน

ตำแหน่งของเศษซากจากเครื่องบินสองลำที่พุ่งชนตึกเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์

ตึกแฝดศูนย์การค้าโลกแมริออท (3 WTC  ) ศูนย์การค้าโลก 7 และโบสถ์กรีกออร์โธดอกซ์เซนต์นิโคลัสถูกทำลาย^{[ 198 ]}อาคารศุลกากรสหรัฐฯ ( 6 ศูนย์การค้าโลก ) ศูนย์การค้าโลก4 ศูนย์การค้าโลก 5และสะพานลอยคนเดินเชื่อมอาคารทั้งสองแห่งได้รับความเสียหายอย่างหนัก ถนนโดยรอบทั้งหมดพังทลาย^{[ 199 ]}ไฟไหม้ครั้งสุดท้ายที่บริเวณศูนย์การค้าโลกดับลงเมื่อวันที่ 20 ธันวาคม^{[ 200 ]}

อาคารธนาคารดอยช์แบงก์ได้รับความเสียหายและต่อมาถูกประกาศว่าไม่สามารถอยู่อาศัยได้เนื่องจากมีสารพิษ และเริ่มรื้อถอนตั้งแต่ปี 2007 ^{[ 201 ] [ 202 ] [ 203 ] [ 204 ]}อาคารของศูนย์การเงินโลกได้รับความเสียหาย^{[ 201 ]} อาคาร Fiterman Hall ของวิทยาลัยชุมชน Borough of Manhattanถูกประกาศว่าไม่สามารถอยู่อาศัยได้เนื่องจากความเสียหายอย่างหนัก และเปิดทำการอีกครั้งในปี 2012 ^{[ 205 ]}

อาคารใกล้เคียงอื่นๆ (รวมถึง90 West Streetและอาคาร Verizon ) ได้รับความเสียหายอย่างหนักแต่ได้รับการบูรณะแล้ว^{[ 206 ]}อาคาร World Financial Center, One Liberty Plaza , Millennium Hiltonและ 90 Church Street ได้รับความเสียหายปานกลางและได้รับการบูรณะแล้ว^{[ 207 ]}อุปกรณ์สื่อสารบนยอดตึก North Tower ก็ถูกทำลายเช่นกัน โดยมีเพียงWCBS-TV เท่านั้น ที่ยังคงมีเครื่องส่งสัญญาณสำรองบนตึก Empire State Buildingแต่สถานีสื่อต่างๆ ก็สามารถเปลี่ยนเส้นทางสัญญาณและกลับมาออกอากาศได้อย่างรวดเร็ว^{[ 198 ] [ 208 ]}สถานี World Trade Center ของ ระบบรถไฟPATH ตั้งอยู่ใต้ตึกและถูกทำลายเมื่อตึกถล่ม อุโมงค์ที่นำไปสู่สถานี Exchange PlaceในJersey Cityถูกน้ำท่วม^{[ 209 ]}สถานีดังกล่าวได้รับการสร้างใหม่เป็นศูนย์การขนส่งเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ มูลค่า 4 พันล้าน ดอลลาร์ ซึ่งเปิดให้บริการอีกครั้งในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2558 ^{[ 210 ] [ 211 ]}สถานีคอร์ทแลนด์สตรีทบนสาย IRT บรอดเวย์-เซเว่นท์อเวนิวของรถไฟใต้ดินนครนิวยอร์กก็อยู่ใกล้กับอาคารเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์เช่นกัน และสถานีทั้งหมดรวมถึงรางรถไฟโดยรอบก็ถูกทำลายจนเหลือแต่ซากปรักหักพัง^{[ 212 ]}สถานีดังกล่าวได้รับการสร้างใหม่และเปิดให้บริการแก่ประชาชนอีกครั้งในวันที่ 8 กันยายน พ.ศ. 2561 ^{[ 213 ]} 

เพนตากอนได้รับความเสียหายอย่างหนัก ส่งผลให้ส่วนหนึ่งของวงแหวน E ของอาคารพังถล่มลงมา^{[ 214 ]}เครื่องบินพุ่งชนเพนตากอนที่ชั้นหนึ่ง ส่วนหน้าของลำตัวเครื่องบินแตกกระจายเมื่อถูกกระแทก^{[ 215 ]}เศษซากจากส่วนหางทะลุเข้าไปในอาคารมากที่สุด โดยทะลุวงแหวนสามวงนอกสุดจากทั้งหมดห้าวงของอาคาร เป็นระยะทาง 310 ฟุต (94 เมตร) ^{[ 215 ] [ 216 ]} 

กรมดับเพลิงนครนิวยอร์ก (FDNY) ได้ส่งหน่วยมากกว่า 200 หน่วย (ประมาณครึ่งหนึ่งของกรม) ไปยังเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์^{[ 217 ]}ความพยายามของพวกเขาได้รับการสนับสนุนจากนักดับเพลิงนอกเวลาราชการหน่วยฮัตโซลาห์^[ 218 ^{] และ}เจ้าหน้าที่แพทย์ฉุกเฉิน [ ^{219 ] [ 217 ] [ 220 ] กรม}ตำรวจนครนิวยอร์ก (NYPD) ได้ส่งหน่วยบริการฉุกเฉินและเจ้าหน้าที่ตำรวจอื่นๆ และส่งหน่วยการบิน^{[ 221 ]}ซึ่งพบว่าการช่วยเหลือด้วยเฮลิคอปเตอร์จากตึกสูงนั้นไม่สามารถทำได้^{[ 222 ]}เจ้าหน้าที่ตำรวจจำนวนมากของกรมตำรวจท่าเรือ (PAPD) ก็ได้เข้าร่วมในความพยายามช่วยเหลือด้วย^{[ 223 ]}เมื่อมาถึงที่เกิดเหตุ FDNY, NYPD และ PAPD ไม่ได้ประสานงานกันและทำการค้นหาพลเรือนซ้ำซ้อน^{[ 219 ] [ 224 ]}

เมื่อสถานการณ์เลวร้ายลง หน่วยการบินของ NYPD ได้ส่งต่อข้อมูลไปยังผู้บัญชาการตำรวจ ซึ่งได้ออกคำสั่งให้เจ้าหน้าที่อพยพออกจากอาคาร เจ้าหน้าที่ NYPD ส่วนใหญ่สามารถอพยพออกไปได้ก่อนที่อาคารจะพังถล่ม^{[ 224 ] [ 225 ]}เนื่องจากมีการตั้งศูนย์บัญชาการแยกกันและการสื่อสารทางวิทยุที่ไม่เข้ากันระหว่างหน่วยงาน คำเตือนจึงไม่ถูกส่งต่อไปยังผู้บัญชาการ FDNY ^{[ 226 ]}

หลังจากหอคอยแรกพังถล่ม ผู้บัญชาการ FDNY ได้ออกคำเตือนให้มีการอพยพ เนื่องจากระบบทวนสัญญาณวิทยุทำงานผิดปกตินักดับเพลิงหลายคนจึงไม่ได้ยินคำสั่งอพยพ นอกจากนี้ เจ้าหน้าที่ศูนย์รับแจ้งเหตุ 9-1-1 ยังได้รับข้อมูลจากผู้โทรที่ไม่ได้รับการส่งต่อไปยังผู้บัญชาการในที่เกิดเหตุ^{[ 217 ]}

เวลา 8:32  น. เจ้าหน้าที่FAA  ได้รับแจ้งว่าเที่ยวบินที่ 11 ถูกจี้ และพวกเขาก็ได้แจ้งไปยังกองบัญชาการป้องกันภัยทางอากาศอเมริกาเหนือ (NORAD) NORAD ได้ส่งเครื่องบินF-15 สองลำ จากฐานทัพอากาศแห่งชาติโอทิสในแมสซาชูเซตส์ขึ้นบิน เวลา 8:53  น. เนื่องจากการสื่อสารที่ล่าช้าและสับสนจากเจ้าหน้าที่ FAA ทำให้ NORAD ได้รับแจ้งล่วงหน้าเพียงเก้านาที และไม่ได้รับแจ้งเกี่ยวกับเที่ยวบินอื่นๆ ก่อนที่เครื่องบินจะตก^{[ 233 ]}

หลังจากที่ตึกแฝดทั้งสองถูกโจมตี เครื่องบินรบเพิ่มเติมถูกส่งขึ้นจากฐานทัพอากาศแลงลีย์ในรัฐเวอร์จิเนียเวลา 9:30  น. ^{[ 234 ]}เวลา 10:20  น. รองประธานาธิบดีดิ๊ก เชนีย์ออกคำสั่งให้ยิงเครื่องบินพาณิชย์ใดๆ ก็ตามที่สามารถระบุได้อย่างแน่ชัดว่าเป็นเครื่องบินที่ถูกจี้ คำสั่งเหล่านี้ไม่ได้ถูกส่งต่อทันเวลาให้เครื่องบินรบดำเนินการ^{[ 234 ] [ 235 ] [ 236 ]}เครื่องบินรบบางลำขึ้นบินโดยไม่มีกระสุนจริง เนื่องจากรู้ว่าเพื่อป้องกันไม่ให้ผู้จี้โจมตีเป้าหมายที่ตั้งใจไว้ นักบินอาจต้องสกัดกั้นและพุ่งชนเครื่องบินที่ถูกจี้ และอาจดีดตัวออกจากเครื่องบินในวินาทีสุดท้าย^{[ 237 ]}

เป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์ของสหรัฐอเมริกาที่มีการใช้แผนเตรียมความพร้อมฉุกเฉินด้านการควบคุมความปลอดภัยของการจราจรทางอากาศและอุปกรณ์ช่วยนำทางทางอากาศ (SCATANA) ^{[ 238 ]} ส่งผล ให้ผู้โดยสารหลายหมื่นคนทั่วโลกต้องตกค้าง^{[ 239 ]}เบน สไลนีย์ในวันแรกที่เขาดำรงตำแหน่งผู้จัดการฝ่ายปฏิบัติการแห่งชาติของ FAA ^{[ 240 ]}ได้สั่งให้ปิดน่านฟ้าของอเมริกาสำหรับเที่ยวบินระหว่างประเทศทั้งหมด ทำให้เที่ยวบินประมาณ 500 เที่ยวบินต้องบินกลับหรือเปลี่ยนเส้นทางไปยังประเทศอื่น แคนาดารับเที่ยวบินที่เปลี่ยนเส้นทาง 226 เที่ยวบิน และได้เริ่มปฏิบัติการริบบิ้นสีเหลืองเพื่อจัดการกับเครื่องบินที่จอดอยู่จำนวนมากและผู้โดยสารที่ตกค้าง^{[ 241 ]}

การโจมตี 9/11 ส่งผลกระทบต่อชาวอเมริกันทันที^{[ 242 ]}ตำรวจและเจ้าหน้าที่กู้ภัยจากทั่วประเทศเดินทางไปยังนครนิวยอร์กเพื่อช่วยกู้ร่างจากซากปรักหักพังของตึกแฝด^{[ 243 ]}เด็กมากกว่า 3,000 คนสูญเสียพ่อแม่ในการโจมตีครั้งนี้^{[ 244 ]}การบริจาคโลหิตทั่วสหรัฐอเมริกาเพิ่มขึ้นอย่างมากในช่วงหลายสัปดาห์หลังเหตุการณ์ 9/11 ^{[ 245 ] [ 246 ]}

ระหว่างการกล่าวสุนทรพจน์ต่อที่ประชุมร่วมของรัฐสภา ประธานาธิบดีจอร์จ ดับเบิลยู. บุช ให้คำมั่นว่าจะ "ปกป้องเสรีภาพจากการก่อการร้าย" 20 กันยายน 2544 (เฉพาะเสียง)

หลังจากการโจมตี คะแนนความนิยมของบุชเพิ่มขึ้นเป็น 90% ^{[ 247 ]}ในวันที่ 20 กันยายน เขาได้กล่าวปราศรัยต่อประชาชนและที่ประชุมร่วมของรัฐสภาเกี่ยวกับเหตุการณ์ ความพยายามในการช่วยเหลือและฟื้นฟู และการตอบสนองต่อการโจมตีที่เขาตั้งใจไว้บทบาทที่โดดเด่นของนายกเทศมนตรีเมืองนิวยอร์ก รูดี้ จิอูลีอานีส่งผลให้ได้รับการยกย่องทั้งในนิวยอร์กและระดับประเทศ^{[ 248 ]}

มีการจัดตั้งกองทุนบรรเทาทุกข์ขึ้นทันทีเพื่อให้ความช่วยเหลือทางการเงินแก่ผู้รอดชีวิตจากการโจมตีและครอบครัวของผู้เสียชีวิต ภายในกำหนดเส้นตายสำหรับการชดเชยแก่ผู้เสียชีวิตในวันที่ 11 กันยายน 2546 มีการรับใบสมัครจากครอบครัวของผู้เสียชีวิตจำนวน 2,833 ราย^{[ 249 ]}แผนฉุกเฉินสำหรับการดำเนินงานของรัฐบาลอย่างต่อเนื่องและการอพยพผู้นำได้รับการดำเนินการในไม่ช้าหลังจากการโจมตี^{[ 239 ]}รัฐสภาไม่ได้รับแจ้งว่าสหรัฐอเมริกาอยู่ภายใต้สถานะการดำเนินงานของรัฐบาลอย่างต่อเนื่องจนกระทั่งเดือนกุมภาพันธ์ 2545 ^{[ 250 ]}ในการปรับโครงสร้างรัฐบาลสหรัฐฯ ครั้งใหญ่ที่สุดในประวัติศาสตร์ร่วมสมัย สหรัฐอเมริกาได้ออกกฎหมายความมั่นคงแห่งมาตุภูมิปี 2545ซึ่งจัดตั้งกระทรวงความมั่นคงแห่งมาตุภูมิของสหรัฐอเมริการัฐสภายังได้ผ่านกฎหมาย USA PATRIOT Actซึ่งระบุว่าจะช่วยตรวจจับและดำเนินคดีกับการก่อการร้ายและอาชญากรรมอื่นๆ^{[ 251 ]}กลุ่มสิทธิพลเมืองวิพากษ์วิจารณ์พระราชบัญญัติ PATRIOT โดยกล่าวว่าพระราชบัญญัตินี้อนุญาตให้เจ้าหน้าที่บังคับใช้กฎหมายละเมิดความเป็นส่วนตัวของพลเมือง และขจัดอำนาจการกำกับดูแลของศาลต่อการบังคับใช้กฎหมายและหน่วยข่าวกรองภายในประเทศ^{[ 252 ] [ 253 ] [ 254 ]}

เพื่อต่อสู้กับการก่อการร้ายในอนาคตอย่างมีประสิทธิภาพสำนักงานความมั่นคงแห่งชาติ (NSA) จึงได้รับอำนาจอย่างกว้างขวาง NSA เริ่มดำเนินการสอดแนมการสื่อสารโทรคมนาคมโดยไม่ต้องมีหมายศาลซึ่งบางครั้งก็ถูกวิพากษ์วิจารณ์ว่าทำให้หน่วยงานสามารถ "ดักฟังการสื่อสารทางโทรศัพท์และอีเมลระหว่างสหรัฐอเมริกาและบุคคลในต่างประเทศโดยไม่ต้องมีหมายศาล" ^{[ 255 ]}เพื่อตอบสนองต่อคำขอจากหน่วยงานข่าวกรองศาลการสอดแนมข่าวกรองต่างประเทศของสหรัฐอเมริกาอนุญาตให้รัฐบาลสหรัฐฯ ขยายอำนาจในการแสวงหา รับ และแบ่งปันข้อมูลเกี่ยวกับพลเมืองสหรัฐฯ รวมถึงชาวต่างชาติทั่วโลก^{[ 256 ]}

การโจมตีดังกล่าวถูกประณามโดยสื่อมวลชนและรัฐบาลทั่วโลก ประเทศต่างๆ เสนอการสนับสนุนและความเป็นน้ำหนึ่งใจเดียวกันกับอเมริกา^{[ 272 ]}ผู้นำในประเทศส่วนใหญ่ในตะวันออกกลาง รวมถึงลิเบียและอัฟกานิสถาน ต่างประณามการโจมตีดังกล่าว อิรักเป็นข้อยกเว้นที่น่าสังเกต โดยมีแถลงการณ์อย่างเป็นทางการในทันทีว่า "คาวบอยอเมริกันกำลังเก็บเกี่ยวผลกรรมจากอาชญากรรมต่อมนุษยชาติของพวกเขา" ^{[ 273 ]}รัฐบาลซาอุดีอาระเบียประณามการโจมตีอย่างเป็นทางการ แต่ในทางส่วนตัว ชาวซาอุดีอาระเบียจำนวนมากสนับสนุนบินลาเดน^{[ 274 ] [ 275 ]}

แม้ว่า ประธานาธิบดี ขององค์การบริหารปาเลสไตน์⁽ PA) ยัสเซอร์ อาราฟัตจะประณามการโจมตีเช่นกัน แต่ก็มีรายงานเกี่ยวกับการเฉลิมฉลองที่มีขนาดเป็นที่ถกเถียงกันในเขตเวสต์แบงก์ฉนวนกาซา [ ^{276 ]}และ เยรูซาเล มตะวันออก^{[ 277 ] [ 278 ]}อาราฟัตสั่งให้หน่วยงานรักษาความปลอดภัยของเขาสลายการเฉลิมฉลองและพยายามขัดขวางไม่ให้สำนักข่าวต่างๆ นำเสนอภาพ เหล่านั้น ^{[ 279 ] [ 276 ] [ 280 ]} PA อ้างว่าการเฉลิมฉลองดังกล่าวไม่ได้แสดงถึงความรู้สึกของชาวปาเลสไตน์โดยรวม^{[ 279 ]} รายงานจากมหาวิทยาลัยแห่งหนึ่งในบราซิลระบุว่า ภาพวิดีโอจาก CNN และสำนักข่าวอื่นๆ มาจากปี 1991 ซึ่งต่อมาได้รับการพิสูจน์แล้วว่าเป็นข้อกล่าวหาเท็จ^{[ 281 ] [ 282 ]}เช่นเดียวกับในสหรัฐอเมริกา ผลที่ตามมาของการโจมตีทำให้ความตึงเครียดระหว่างชาวมุสลิมและผู้ที่ไม่ใช่มุสลิมเพิ่มขึ้นในประเทศอื่นๆ^{[ 283 ]}

มติคณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติที่ 1368ประณามการโจมตีและแสดงความพร้อมที่จะดำเนินการทุกวิถีทางที่จำเป็นเพื่อตอบโต้และต่อสู้กับการก่อการร้ายตามกฎบัตร ของ ตน^{[ 284 ]}หลายประเทศได้ออกกฎหมายต่อต้านการก่อการร้ายและอายัดบัญชีธนาคารที่ต้องสงสัยว่ามีความเกี่ยวข้องกับอัล-เคดา^{[ 285 ] [ 286 ]}หน่วยงานบังคับใช้กฎหมายและหน่วยข่าวกรองในหลายประเทศได้จับกุมผู้ต้องสงสัยว่าเป็นผู้ก่อการร้าย^{[ 287 ] [ 288 ]}

นายกรัฐมนตรีอังกฤษโทนี่ แบลร์กล่าวว่าอังกฤษยืนเคียงข้างสหรัฐอเมริกา^{[ 289 ]}ในสุนทรพจน์ต่อรัฐสภาเก้าวันหลังจากการโจมตี ซึ่งแบลร์เข้าร่วมในฐานะแขกรับเชิญ ประธานาธิบดีบุชประกาศว่า "อเมริกาไม่มีเพื่อนแท้ยิ่งกว่าสหราชอาณาจักร" ^{[ 290 ]}ต่อมา นายกรัฐมนตรีแบลร์ได้เริ่มดำเนินการทางการทูตเป็นเวลาสองเดือนเพื่อรวบรวมการสนับสนุนจากนานาชาติสำหรับการดำเนินการทางทหาร โดยเขาได้จัดการประชุมกับผู้นำโลก 54 ครั้ง^{[ 291 ]}

สหรัฐอเมริกาได้จัดตั้งค่ายกักกันกวนตานาโมเบย์เพื่อกักขังนักโทษที่พวกเขากำหนดว่าเป็น " นักรบศัตรูที่ผิดกฎหมาย " สหภาพยุโรปและองค์กรสิทธิมนุษยชนได้ตั้งคำถามถึงความชอบธรรมของการกักขังเหล่านี้^{[ 292 ] [ 293 ] [ 294 ]}

เมื่อวันที่ 25 กันยายน พ.ศ. 2544 ประธานาธิบดี โมฮัมหมัด คาตามีแห่งอิหร่านได้พบกับรัฐมนตรีต่างประเทศอังกฤษแจ็ค สตรอว์และกล่าวว่า "อิหร่านเข้าใจความรู้สึกของชาวอเมริกันเกี่ยวกับการโจมตีของผู้ก่อการร้ายในนิวยอร์กและวอชิงตันเมื่อวันที่ 11 กันยายนเป็นอย่างดี" เขากล่าวว่าถึงแม้ฝ่ายบริหารของสหรัฐฯ จะเฉยเมยต่อปฏิบัติการก่อการร้ายในอิหร่าน แต่ชาวอิหร่านมีความรู้สึกที่แตกต่างออกไป และได้แสดงความเห็นอกเห็นใจต่อชาวอเมริกันผู้สูญเสียในเหตุการณ์โศกนาฏกรรมในสองเมืองนั้น เขายังกล่าวอีกว่า "ไม่ควรลงโทษประเทศต่างๆ แทนผู้ก่อการร้าย" ^{[ 295 ]}

ตาม เว็บไซต์ของ Radio Fardaเมื่อข่าวการโจมตีถูกเผยแพร่ พลเมืองอิหร่านบางส่วนได้รวมตัวกันหน้าสถานทูตสวิตเซอร์แลนด์ในกรุงเตหะราน ซึ่งทำหน้าที่เป็นผู้คุ้มครองสหรัฐอเมริกาในอิหร่าน เพื่อแสดงความเห็นใจ และบางส่วนได้จุดเทียนเป็นสัญลักษณ์ของการไว้อาลัย เว็บไซต์ของ Radio Farda ยังระบุอีกว่า ในปี 2011 ในวันครบรอบการโจมตีกระทรวงการต่างประเทศของสหรัฐอเมริกาได้เผยแพร่โพสต์บนบล็อกของตน โดยกระทรวงฯ ขอบคุณประชาชนอิหร่านสำหรับความเห็นใจ และระบุว่าจะไม่ลืมความเมตตาของประชาชนอิหร่าน^{[ 296 ]}หลังจากการโจมตี ทั้งประธานาธิบดี^{[ 297 ] [ 298 ]}และผู้นำสูงสุดของอิหร่านต่างประณามการโจมตีBBCและ นิตยสาร Timeได้เผยแพร่รายงานเกี่ยวกับการจัดพิธีจุดเทียนไว้อาลัยให้กับเหยื่อโดยพลเมืองอิหร่านบนเว็บไซต์ของพวกเขา^{[ 299 ] [ 300 ]}ตามรายงานของนิตยสาร Politicoหลังจากการโจมตีอาลี คาเมเนอีผู้นำสูงสุดของอิหร่าน ได้ "ระงับการตะโกน ' ความตายแด่อเมริกา ' ตามปกติในการละหมาดวันศุกร์ " ชั่วคราว^{[ 301 ]}

เวลา 14:40  น. ของวันที่ 11 กันยายน รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม โดนัลด์ รัมส์เฟลด์ได้ออกคำสั่งให้ผู้ช่วยของเขาค้นหาหลักฐานการมีส่วนร่วมของอิรัก ตามบันทึกที่เจ้าหน้าที่นโยบายอาวุโสสตีเฟน แคม โบเน จดไว้ รัมส์เฟลด์ได้ขอว่า “ขอข้อมูลที่ดีที่สุดอย่างรวดเร็ว ตัดสินว่าพวกเขามีฝีมือดีพอที่จะโจมตีซูซานในเวลาเดียวกันหรือไม่ ไม่ใช่แค่โอซามา บิน ลาเดน เท่านั้น ” ^{[ 302 ]}

ในการประชุมที่แคมป์เดวิดเมื่อวันที่ 15 กันยายน รัฐบาลบุชปฏิเสธแนวคิดที่จะโจมตีอิรักเพื่อตอบโต้การโจมตีเมื่อวันที่ 11 กันยายน^{[ 303 ]}อย่างไรก็ตาม ต่อมาพวกเขาก็บุกอิรักพร้อมกับพันธมิตร โดยอ้างว่า " ซัดดัม ฮุสเซนให้การสนับสนุนการก่อการร้าย " ^{[ 304 ]}ในขณะนั้น ชาวอเมริกันมากถึงเจ็ดในสิบคนเชื่อว่าประธานาธิบดีอิรักมีส่วนเกี่ยวข้องกับการโจมตีเมื่อวันที่ 11 กันยายน^{[ 305 ]}สามปีต่อมา บุชยอมรับว่าเขาไม่มีส่วนเกี่ยวข้อง^{[ 306 ]}

สภาNATOประกาศว่าการโจมตีของผู้ก่อการร้ายต่อสหรัฐอเมริกาเป็นการโจมตีประเทศสมาชิก NATO ทั้งหมด ซึ่งเข้าข่ายตามมาตรา 5ของกฎบัตร NATO นี่ถือเป็นการอ้างถึงมาตรา 5 เป็นครั้งแรก ซึ่งเขียนขึ้นในช่วงสงครามเย็นโดยคำนึงถึงการโจมตีของสหภาพโซเวียต^{[ 307 ]}นายกรัฐมนตรีจอห์น ฮาวาร์ด แห่งออสเตรเลีย ซึ่งอยู่ในกรุงวอชิงตัน ดี.ซี. ระหว่างการโจมตี ได้อ้างถึงมาตรา 4 ของสนธิสัญญาANZUS ^{[ 308 ]}รัฐบาลบุชประกาศสงครามต่อต้านการก่อการร้ายโดยมีเป้าหมายที่ระบุไว้คือการนำตัวบิน ลาเดนและอัล-เคดามาลงโทษ และป้องกันการเกิดขึ้นของเครือข่ายก่อการร้ายอื่นๆ^{[ 309 ]}เป้าหมายเหล่านี้จะบรรลุได้โดยการกำหนดมาตรการคว่ำบาตรทางเศรษฐกิจและการทหารต่อรัฐที่ให้ที่พักพิงแก่ผู้ก่อการร้าย และเพิ่มการเฝ้าระวังและการแบ่งปันข่าวกรองทั่วโลก^{[ 310 ]}

เมื่อวันที่ 14 กันยายน พ.ศ. 2544 รัฐสภาสหรัฐฯได้ผ่านกฎหมายอนุญาตให้ใช้กำลังทหารต่อต้านผู้ก่อการร้ายซึ่งให้อำนาจประธานาธิบดีในการใช้ "กำลังที่จำเป็นและเหมาะสม" ทั้งหมดต่อผู้ที่เขาพิจารณาว่า "วางแผน อนุญาต กระทำการ หรือช่วยเหลือ" การโจมตีเมื่อวันที่ 11 กันยายน หรือผู้ที่ให้ที่พักพิงแก่บุคคลหรือกลุ่มดังกล่าว กฎหมายนี้ยังคงมีผลบังคับใช้จนถึงปัจจุบัน^{[ 311 ]}

เมื่อวันที่ 7 ตุลาคม พ.ศ. 2544 สงครามในอัฟกานิสถานได้เริ่มต้นขึ้นเมื่อกองกำลังสหรัฐฯ และอังกฤษเริ่มปฏิบัติการโจมตีทางอากาศโดยมีเป้าหมายที่ ค่ายของกลุ่ม ตาลีบันและอัล-เคดา จากนั้นจึงบุกเข้าอัฟกานิสถานด้วยกองกำลังภาคพื้นดินของ หน่วย รบพิเศษ^{[ 312 ]}ในที่สุดสิ่งนี้นำไปสู่การโค่นล้มการปกครองของกลุ่มตาลีบันในอัฟกานิสถานด้วยการล่มสลายของเมืองกันดาฮาร์ในวันที่ 7 ธันวาคม โดยกองกำลังพันธมิตร ที่นำ โดย สหรัฐฯ ^{[ 313 ]}

โอซามา บิน ลาเดน ผู้นำอัล-เคดา ซึ่งหลบซ่อนตัวอยู่ในเทือกเขาไวท์เมาน์ เทนส์ ถูกกองกำลังพันธมิตรของสหรัฐฯ หมายหัวในยุทธการที่โทราโบรา [ ^{314 ] แต่}เขาหนีข้ามพรมแดนปากีสถาน ไป ได้และหายตัวไปเกือบสิบปี^{[ 314 ]}ในการสัมภาษณ์กับไทเซอร์ อัลลูนีเมื่อวันที่ 21 ตุลาคม พ.ศ. 2544 บิน ลาเดน กล่าวว่า:

เหตุการณ์ดังกล่าวพิสูจน์ให้เห็นถึงขอบเขตของการก่อการร้ายที่อเมริกาได้กระทำในโลก บุชกล่าวว่าโลกจะต้องถูกแบ่งออกเป็นสองส่วน คือ บุชและผู้สนับสนุนของเขา และประเทศใดก็ตามที่ไม่เข้าร่วมในสงครามครูเสดระดับโลกก็อยู่ฝ่ายผู้ก่อการร้าย การก่อการร้ายใดจะชัดเจนไปกว่านี้อีกเล่า? รัฐบาลหลายแห่งถูกบังคับให้สนับสนุน "การก่อการร้ายรูปแบบใหม่" นี้... อเมริกาจะไม่สามารถอยู่อย่างปลอดภัยได้จนกว่าเราจะได้ใช้ชีวิตอย่างปลอดภัยอย่างแท้จริงในปาเลสไตน์ นี่แสดงให้เห็นถึงความเป็นจริงของอเมริกา ซึ่งให้ความสำคัญกับผลประโยชน์ของอิสราเอลเหนือผลประโยชน์ของประชาชนของตนเอง อเมริกาจะไม่สามารถหลุดพ้นจากวิกฤตนี้ได้จนกว่าจะถอนตัวออกจากคาบสมุทรอาหรับ และจนกว่าจะหยุดให้การสนับสนุนอิสราเอล^{[ 315 ]}

เศษซากพิษหลายแสนตันซึ่งประกอบด้วยสารปนเปื้อนและสารก่อมะเร็งมากกว่า 2,500 ชนิด กระจายไปทั่วแมนฮัตตันตอนล่างเมื่อตึกถล่ม^{[ 318 ] [ 319 ]}มีการกล่าวอ้างว่าการสัมผัสกับสารพิษในเศษซากมีส่วนทำให้เกิดโรคร้ายแรงถึงขั้นเสียชีวิตหรือทุพพลภาพในหมู่ผู้คนที่อยู่ในบริเวณกราวด์ซีโร่^{[ 320 ] [ 321 ]}รัฐบาลบุชสั่งให้สำนักงานคุ้มครองสิ่งแวดล้อม (EPA) ออกแถลงการณ์ที่สร้างความมั่นใจเกี่ยวกับคุณภาพอากาศภายหลังการโจมตี โดยอ้างถึงความมั่นคงของชาติ แต่ EPA ไม่ได้ตรวจสอบว่าคุณภาพอากาศกลับคืนสู่ระดับก่อนวันที่ 11 กันยายน จนกระทั่งเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2545 ^{[ 322 ]}

ผลกระทบต่อสุขภาพขยายวงกว้างไปยังผู้อยู่อาศัย นักเรียน และพนักงานออฟฟิศในแมนฮัตตันตอนล่างและไชน่าทาวน์ที่ อยู่ใกล้เคียง ^{[ 323 ]}มีผู้เสียชีวิตหลายรายที่เชื่อมโยงกับฝุ่นพิษ และชื่อของผู้เสียชีวิตถูกรวมอยู่ในอนุสรณ์สถานเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์^{[ 324 ]}มีผู้คนประมาณ 18,000 คนป่วยด้วยโรคที่เกิดจากฝุ่นพิษ^{[ 325 ]}นอกจากนี้ยังมีการคาดการณ์ทางวิทยาศาสตร์ว่าการสัมผัสกับสารพิษในอากาศอาจส่งผลเสียต่อพัฒนาการของทารกในครรภ์^{[ 326 ]}การศึกษาของเจ้าหน้าที่กู้ภัยที่เผยแพร่ในเดือนเมษายน 2010 พบว่าผู้ที่ได้รับการศึกษาทั้งหมดมีการทำงานของปอดบกพร่อง^{[ 327 ]}

หลายปีหลังจากการโจมตี ข้อพิพาททางกฎหมายเกี่ยวกับค่าใช้จ่ายของโรคที่เกี่ยวข้องยังคงอยู่ในระบบศาล ในปี 2549 ผู้พิพากษาของรัฐบาลกลางปฏิเสธการที่นครนิวยอร์กปฏิเสธที่จะจ่ายค่าใช้จ่ายด้านสุขภาพสำหรับเจ้าหน้าที่กู้ภัย ทำให้มีความเป็นไปได้ที่จะมีการฟ้องร้องเมือง^{[ 328 ]}เจ้าหน้าที่รัฐบาลถูกตำหนิที่เร่งเร้าให้ประชาชนกลับไปยังแมนฮัตตันตอนล่างในช่วงไม่กี่สัปดาห์หลังจากการโจมตี คริสติน ทอดด์ วิทแมน ผู้บริหารของ EPA ในช่วงหลังการโจมตี ถูกผู้พิพากษาศาลแขวงสหรัฐฯ วิพากษ์วิจารณ์อย่างหนักที่กล่าวอย่างไม่ถูกต้องว่าพื้นที่นั้นปลอดภัยต่อสิ่งแวดล้อม^{[ 329 ]}นายกเทศมนตรีจูลิอานีถูกวิพากษ์วิจารณ์ที่เร่งเร้าให้บุคลากรในอุตสาหกรรมการเงินกลับไปยังพื้นที่วอลล์สตรีท อย่างรวดเร็ว ^{[ 330 ]}

พระราชบัญญัติสุขภาพและการชดเชย 9/11 ของเจมส์ แอล. ซาดรอกา (2010) จัดสรรเงิน 4.2  พันล้านดอลลาร์เพื่อสร้างโครงการสุขภาพศูนย์การค้าโลกซึ่งให้บริการตรวจและรักษาสำหรับผู้ที่มีปัญหาสุขภาพระยะยาวที่เกี่ยวข้องกับการโจมตี 9/11 ^{[ 331 ] [ 332 ]}โครงการสุขภาพศูนย์การค้าโลกเข้ามาแทนที่โครงการสุขภาพที่เกี่ยวข้องกับ 9/11 ที่มีอยู่เดิม เช่น โครงการติดตามและรักษาทางการแพทย์ และโครงการศูนย์สุขภาพสิ่งแวดล้อมศูนย์การค้าโลก^{[ 332 ]}

ในปี 2020 กรมตำรวจนิวยอร์ก (NYPD) ยืนยันว่าเจ้าหน้าที่ตำรวจ NYPD 247 นายเสียชีวิตจากโรคที่เกี่ยวข้องกับเหตุการณ์ 9/11 ในเดือนกันยายน 2022 หน่วยดับเพลิงนิวยอร์ก (FDNY) ยืนยันว่านักดับเพลิง 299 นายเสียชีวิตจากโรคที่เกี่ยวข้องกับเหตุการณ์ 9/11 ทั้งสองหน่วยงานเชื่อว่าจำนวนผู้เสียชีวิตจะเพิ่มขึ้นอย่างมากในอีกไม่กี่ปีข้างหน้า กรมตำรวจท่าเรือนิวยอร์กและนิวเจอร์ซีย์ (PAPD) ซึ่งเป็นหน่วยงานบังคับใช้กฎหมายที่มีอำนาจเหนือศูนย์การค้าโลก ยืนยันว่าเจ้าหน้าที่ตำรวจ 4 นายเสียชีวิตจากโรคที่เกี่ยวข้องกับเหตุการณ์ 9/11 หัวหน้า PAPD ในขณะนั้น โจเซฟ มอร์ริส ได้ตรวจสอบให้แน่ใจว่ามีการจัดหาเครื่องช่วยหายใจระดับอุตสาหกรรมให้กับเจ้าหน้าที่ตำรวจ PAPD ทุกนายภายใน 48 ชั่วโมง และตัดสินใจว่าเจ้าหน้าที่ตำรวจ 30-40 นายเดิมจะประจำการอยู่ที่ซากปรักหักพังของศูนย์การค้าโลก ซึ่งช่วยลดจำนวนเจ้าหน้าที่ PAPD ที่จะสัมผัสกับอากาศได้อย่างมาก หน่วยดับเพลิงนิวยอร์ก (FDNY) และหน่วยตำรวจนิวยอร์ก (NYPD) ได้สลับเปลี่ยนบุคลากรหลายร้อยคน หรืออาจจะหลายพันคน จากทั่วเมืองนิวยอร์กไปยังกองซากศพโดยไม่มีเครื่องช่วยหายใจและอุปกรณ์ช่วยหายใจที่เพียงพอ ซึ่งอาจช่วยป้องกันโรคต่างๆ ในอนาคตได้^{[ 333 ] [ 334 ] [ 335 ] [ 336 ]}

การโจมตีดังกล่าวส่งผลกระทบทางเศรษฐกิจอย่างมากต่อตลาดสหรัฐฯ และตลาดโลก^{[ 337 ]}ตลาดหลักทรัพย์ไม่ได้เปิดทำการในวันที่ 11 กันยายน และปิดทำการจนถึงวันที่ 17 กันยายน เมื่อเปิดทำการอีกครั้งดัชนีอุตสาหกรรมดาวโจนส์ (DJIA) ลดลง 684 จุด หรือ 7.1% เหลือ 8921 ซึ่งเป็นการลดลงมากที่สุดในหนึ่งวันเป็นประวัติการณ์^{[ 338 ]}เมื่อสิ้นสุดสัปดาห์ DJIA ลดลง 1,369.7 จุด (14.3%) ซึ่งเป็นการลดลงมากที่สุดในหนึ่งสัปดาห์ในประวัติศาสตร์ ในราคาดอลลาร์ปี 2001 หุ้นสหรัฐฯ สูญเสีย มูลค่าไป 1.4 ล้านล้านดอลลาร์สหรัฐ ในสัปดาห์นั้น^{[ 339 ]}

ในนครนิวยอร์กมีการสูญเสียงานประมาณ 430,000 ตำแหน่งและค่าจ้าง2.8 พันล้านดอลลาร์สหรัฐ ในช่วงสามเดือนแรกหลังการโจมตี ผลกระทบทางเศรษฐกิจส่วนใหญ่เกิดขึ้นกับภาคการส่งออกของเศรษฐกิจ ^{[ 340 ] [ 341 ] [ 342 ]}มีการประมาณการว่า GDP ของเมืองลดลง27.3 พันล้านดอลลาร์สหรัฐในช่วงสามเดือนสุดท้ายของปี 2001 และตลอดทั้งปี 2002 รัฐบาลสหรัฐฯ ได้ให้ความช่วยเหลือทันทีแก่รัฐบาลนครนิวยอร์กเป็นจำนวน 11.2 พันล้านดอลลาร์สหรัฐในเดือนกันยายน 2001 และ10.5 พันล้านดอลลาร์สหรัฐในช่วงต้นปี 2002 สำหรับการพัฒนาเศรษฐกิจและความต้องการด้านโครงสร้างพื้นฐาน^{[ 343 ]}    

ธุรกิจขนาดเล็กในย่านแมนฮัตตันตอนล่างใกล้กับเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ก็ได้รับผลกระทบเช่นกัน (18,000 แห่งถูกทำลายหรือต้องย้ายที่อยู่) ส่งผลให้สูญเสียงานและค่าจ้าง ความช่วยเหลือได้รับจาก สินเชื่อของ สำนักงานบริหารธุรกิจขนาดเล็กโครงการให้ทุนพัฒนาชุมชนของรัฐบาลกลาง และสินเชื่อภัยพิบัติทางเศรษฐกิจ^{[ 343 ]}พื้นที่สำนักงานในแมนฮัตตันตอนล่างประมาณ 31,900,000 ตารางฟุต (2,960,000 ตารางเมตร) ได้รับความเสียหายหรือถูกทำลาย^[ 344 ] หลายคน^{สงสัยว่างาน}เหล่านี้จะกลับมาหรือไม่ และฐานภาษีที่เสียหายจะฟื้นตัวได้หรือไม่^{[ 345 ]}การศึกษาผลกระทบทางเศรษฐกิจของเหตุการณ์ 9/11 แสดงให้เห็นว่าตลาดอสังหาริมทรัพย์สำนักงานและการจ้างงานในสำนักงานในแมนฮัตตันได้รับผลกระทบน้อยกว่าที่คาดการณ์ไว้ในตอนแรก เนื่องจากอุตสาหกรรมบริการทางการเงินจำเป็นต้องมีการปฏิสัมพันธ์แบบเห็นหน้ากัน^{[ 346 ] [ 347 ]} 

น่านฟ้าอเมริกาเหนือถูกปิดเป็นเวลาหลายวันหลังจากการโจมตี และการเดินทางทางอากาศลดลงเมื่อเปิดให้บริการอีกครั้ง ส่งผลให้ความจุในการเดินทางทางอากาศลดลงเกือบ 20% และทำให้ปัญหาทางการเงินในอุตสาหกรรมการบินของสหรัฐฯ ที่กำลังประสบปัญหาอยู่แล้วยิ่งแย่ลงไปอีก^{[ 348 ]}

การโจมตีเมื่อวันที่ 11 กันยายนยังนำไปสู่สงครามของสหรัฐฯ^ในอัฟกานิสถานและอิรัก [ ^{349 ]}รวมถึง การใช้จ่าย ด้านความมั่นคงภายในประเทศ เพิ่มเติม ซึ่งมีมูลค่ารวมอย่างน้อย 5 ล้านล้านดอลลาร์สหรัฐ^{[ 350 ]} 

ประชากร ส่วนใหญ่ของอัฟกานิสถานกำลังอดอยากอยู่แล้วในขณะที่มีการโจมตี^{[ 352 ]}หลังจากการโจมตี ผู้คนหลายหมื่นคนพยายามหลบหนีออกจากอัฟกานิสถานเนื่องจากความเป็นไปได้ที่จะมีการตอบโต้ทางทหารจากสหรัฐฯ และปากีสถาน ซึ่งเป็นที่พำนักของผู้ลี้ภัยชาวอัฟกานิสถานจำนวนมากจากความขัดแย้งก่อนหน้านี้ ได้ปิดพรมแดนกับอัฟกานิสถานเมื่อวันที่ 17 กันยายน 2544 ^{[ 353 ]}ชาวอัฟกานิสถานหลายพันคนยังหลบหนีไปยังชายแดนกับทาจิกิสถานแต่ถูกปฏิเสธไม่ให้เข้าประเทศ^{[ 354 ]}ผู้นำกลุ่มตาลีบันในอัฟกานิสถานวิงวอนไม่ให้มีการใช้กำลังทางทหาร โดยกล่าวว่า "เราขอร้องให้สหรัฐอเมริกาอย่าทำให้อัฟกานิสถานตกอยู่ในความทุกข์ยากมากขึ้น เพราะประชาชนของเราต้องทนทุกข์ทรมานมามากแล้ว" ซึ่งหมายถึงความขัดแย้งสองทศวรรษและวิกฤตการณ์ด้านมนุษยธรรมที่เกิดขึ้น^{[ 351 ]}

ชาวต่างชาติของสหประชาชาติทั้งหมดได้ออกจากอัฟกานิสถานหลังจากการโจมตี และไม่มีเจ้าหน้าที่ช่วยเหลือระดับชาติหรือระดับนานาชาติอยู่ที่ตำแหน่งของพวกเขา เจ้าหน้าที่กำลังเตรียมการอยู่ในประเทศเพื่อนบ้าน เช่น ปากีสถาน จีน และอุซเบกิสถาน เพื่อป้องกัน "หายนะด้านมนุษยธรรม" ที่อาจเกิดขึ้น ท่ามกลางปริมาณอาหารที่เหลือน้อยมากสำหรับประชากรชาวอัฟกานิสถาน^{[ 355 ]}โครงการอาหารโลกหยุดนำเข้าข้าวสาลีไปยังอัฟกานิสถานเมื่อวันที่ 12 กันยายน เนื่องจากความเสี่ยงด้านความปลอดภัย^{[ 356 ]}

จากซ้ายไปขวา : ทหารสหรัฐฯ ที่เข้าร่วมสงครามต่อต้านการก่อการร้ายในอัฟกานิสถานในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2549 • พลตรีคริส โดนาฮิว แห่งกองทัพ บก ออกจากอัฟกานิสถานในฐานะทหารอเมริกันคนสุดท้ายเมื่อวันที่ 30 สิงหาคม พ.ศ. 2564 ^{[ 357 ]}

ประมาณหนึ่งเดือนหลังจากการโจมตี สหรัฐอเมริกาได้นำกองกำลังพันธมิตรนานาชาติ จำนวนมาก เข้าโค่นล้มระบอบตาลีบันในอัฟกานิสถานเนื่องจากให้ที่พักพิงแก่อัล-เคดา^{[ 353 ]}แม้ว่าในตอนแรกทางการปากีสถานจะลังเลที่จะร่วมมือกับสหรัฐฯ ต่อต้านตาลีบัน แต่พวกเขาก็อนุญาตให้กองกำลังพันธมิตรเข้าถึงฐานทัพของตน และจับกุมและส่งตัวสมาชิกอัล-เคดาที่ต้องสงสัยมากกว่า 600 คนให้กับสหรัฐฯ^{[ 358 ]}

ในปี 2011 สหรัฐอเมริกาและนาโตภายใต้ประธานาธิบดีโอบามาได้เริ่มดำเนินการถอนกำลังทหาร ออกจาก อัฟกานิสถาน ซึ่งเสร็จสิ้นในปี 2016 ในช่วงการดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีของโดนัลด์ ทรัมป์และโจ ไบเดนในปี 2020 และ 2021 สหรัฐอเมริการ่วมกับพันธมิตรนาโตได้ถอนกำลังทหารทั้งหมดออกจากอัฟกานิสถานโดยเสร็จสิ้นการถอนกำลังทหารประจำการของสหรัฐฯ ทั้งหมดในวันที่ 30 สิงหาคม 2021 ^{[ 134 ] [ 359 ] [ 360 ]}การถอนกำลังครั้งนี้ถือเป็นการสิ้นสุดสงครามในอัฟกานิสถานระหว่างปี 2001-2021 ไบเดนกล่าวว่าหลังจากสงครามเกือบ 20 ปี เป็นที่ชัดเจนว่ากองทัพสหรัฐฯ ไม่สามารถเปลี่ยนแปลงอัฟกานิสถานให้เป็นประชาธิปไตยสมัยใหม่ได้^{[ 361 ]}

การตอบสนองทันทีต่อเหตุการณ์ 9/11 ได้แก่ การให้ความสำคัญกับชีวิตในบ้านและการใช้เวลากับครอบครัวมากขึ้น การเข้าร่วมพิธีทางศาสนาที่มากขึ้น และการแสดงออกถึงความรักชาติที่เพิ่มขึ้น เช่น การชักธงชาติอเมริกัน^{[ 362 ]}อุตสาหกรรมวิทยุตอบสนองโดยการลบเพลงบางเพลงออกจากเพลย์ลิสต์และการโจมตีดังกล่าวได้ถูกนำมาใช้เป็นฉากหลัง เนื้อเรื่อง หรือองค์ประกอบเชิงธีมในภาพยนตร์ดนตรีวรรณกรรมและอารมณ์ขันรายการโทรทัศน์ที่ออกอากาศอยู่แล้ว รวมถึงรายการที่พัฒนาขึ้นหลังเหตุการณ์ 9/11 ได้สะท้อนให้เห็นถึงความกังวลทางวัฒนธรรม หลัง เหตุการณ์9/11 ^{[ 363 ]}

ทฤษฎีสมคบคิดเกี่ยวกับเหตุการณ์ 9/11ได้กลายเป็นปรากฏการณ์ทางสังคม แม้ว่าจะขาดการสนับสนุนจากนักวิทยาศาสตร์ วิศวกร และนักประวัติศาสตร์ผู้เชี่ยวชาญก็ตาม^{[ 364 ]}เหตุการณ์ 9/11 ยังส่งผลกระทบอย่างมากต่อความเชื่อทางศาสนาของหลายๆ คน สำหรับบางคนมันกลับทำให้ความเชื่อแข็งแกร่งขึ้น เพื่อหาทางปลอบประโลมและรับมือกับการสูญเสียคนที่รักและเอาชนะความโศกเศร้า ในขณะที่บางคนเริ่มตั้งคำถามเกี่ยวกับความเชื่อของตน หรือสูญเสียความเชื่อไปโดยสิ้นเชิงเพราะไม่สามารถประนีประนอมความเชื่อนั้นกับมุมมองทางศาสนาของตนได้^{[ 365 ] [ 366 ]}

วัฒนธรรมของอเมริกาหลังจากการโจมตีนั้นโดดเด่นด้วยความปลอดภัยที่เพิ่มขึ้นและความต้องการที่มากขึ้น รวมถึงความหวาดระแวงและความวิตกกังวลเกี่ยวกับการโจมตีของผู้ก่อการร้ายในอนาคตต่อพื้นที่ส่วนใหญ่ของประเทศ นักจิตวิทยายังยืนยันว่ามีความวิตกกังวลในระดับประเทศเพิ่มขึ้นในการเดินทางทางอากาศเชิงพาณิชย์^{[ 367 ]}อาชญากรรมจากความเกลียดชังต่อชาวมุสลิมเพิ่มขึ้นเกือบสิบเท่าในปี 2544 และหลังจากนั้นก็ยังคง "สูงกว่าอัตราก่อนเหตุการณ์ 9/11 ประมาณห้าเท่า" ^{[ 368 ]}

การโจมตีเมื่อวันที่ 11 กันยายน ทำให้การก่อการร้ายจากต่างประเทศกลายเป็นประเด็นความมั่นคงที่สำคัญสำหรับสหรัฐอเมริกา เนื่องจากแสดงให้เห็นว่ารัฐขนาดเล็กและองค์กรก่อการร้ายมีความสามารถเพิ่มมากขึ้นแม้กระทั่งต่อมหาอำนาจระดับโลก^{[ 370 ]}รัฐบาลหลายแห่งทั่วโลกได้ออกกฎหมายเพื่อต่อต้านการก่อการร้ายอันเป็นผลมาจากการโจมตีดังกล่าว^{[ 371 ]}ในเยอรมนี ซึ่งผู้ก่อการร้าย 9/11 หลายคนเคยอาศัยอยู่และใช้ประโยชน์จากนโยบายการลี้ภัยที่เสรีของประเทศนั้น ได้มีการออกกฎหมายต่อต้านการก่อการร้ายที่สำคัญสองฉบับ ฉบับแรกเป็นการกำจัดช่องโหว่ทางกฎหมายที่อนุญาตให้ผู้ก่อการร้ายอาศัยและระดมทุนในเยอรมนี ฉบับที่สองกล่าวถึงประสิทธิภาพและการสื่อสารของหน่วยข่าวกรองและการบังคับใช้กฎหมาย^{[ 372 ]}แคนาดาได้ผ่านกฎหมายต่อต้านการก่อการร้ายของแคนาดาซึ่งเป็นกฎหมายต่อต้านการก่อการร้ายฉบับแรกของพวกเขา^{[ 373 ]}สหราชอาณาจักรได้ผ่านกฎหมายต่อต้านการก่อการร้าย อาชญากรรม และความมั่นคง พ.ศ. 2544และกฎหมายป้องกันการก่อการร้าย พ.ศ. 2548 ^{[ 374 ] [ 375 ]}นิวซีแลนด์ได้ออกกฎหมายปราบปรามการก่อการร้าย พ.ศ. 2545 ^{[ 376 ]}

ในสหรัฐอเมริกากระทรวงความมั่นคงแห่งมาตุภูมิถูกสร้างขึ้นโดยพระราชบัญญัติความมั่นคงแห่งมาตุภูมิปี 2002 เพื่อประสานงานความพยายามต่อต้านการก่อการร้ายภายในประเทศ^{[ 377 ]}พระราชบัญญัติUSA Patriot Actให้อำนาจแก่รัฐบาลกลางมากขึ้น รวมถึงอำนาจในการควบคุมตัวผู้ต้องสงสัยก่อการร้ายชาวต่างชาติเป็นเวลาหนึ่งสัปดาห์โดยไม่ต้องตั้งข้อหา การตรวจสอบการสื่อสารทางโทรศัพท์ อีเมล และการใช้อินเทอร์เน็ตของผู้ต้องสงสัยก่อการร้าย และการดำเนินคดีกับผู้ต้องสงสัยว่าเป็นผู้ก่อการร้ายโดยไม่มีข้อจำกัดด้านเวลา^{[ 378 ]} FAA สั่งให้เสริมความแข็งแกร่งให้กับห้องนักบินของเครื่องบินด้วยห้องนักบินสำรองเพื่อป้องกันไม่ให้ผู้ก่อการร้ายเข้าควบคุมเครื่องบิน และมอบหมายเจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยบนเครื่องบินให้กับเที่ยวบินต่างๆ^{[ 379 ]}

นอกจากนี้พระราชบัญญัติการบินและการขนส่งยังกำหนดให้รัฐบาลกลางเป็นผู้รับผิดชอบด้านความปลอดภัยของสนามบิน แทนที่จะเป็นสนามบิน กฎหมายดังกล่าวได้จัดตั้งสำนักงานบริหารความปลอดภัยด้านการขนส่ง ขึ้น เพื่อตรวจสอบผู้โดยสารและสัมภาระ ซึ่งก่อให้เกิดความล่าช้าเป็นเวลานานและความกังวลเกี่ยวกับความเป็นส่วนตัวของผู้โดยสาร^{[ 380 ]}หลังจากที่การละเมิดที่ต้องสงสัยของพระราชบัญญัติ USA Patriot Act ถูกเปิดเผยในเดือนมิถุนายน 2013 ด้วยบทความเกี่ยวกับการรวบรวมบันทึกการโทรของชาวอเมริกันโดย NSA และ โครงการ PRISMตัวแทนจิม เซนเซนเบรนเนอร์ (แห่งวิสคอนซิน ) ซึ่งเป็นผู้เสนอพระราชบัญญัติ Patriot Act ในปี 2001 กล่าวว่า NSA ได้ละเมิดขอบเขตอำนาจของตน^{[ 381 ] [ 382 ]}

การวิพากษ์วิจารณ์สงครามต่อต้านการก่อการร้ายมุ่งเน้นไปที่ศีลธรรม ประสิทธิภาพ และต้นทุน ตามรายงานปี 2021 ของโครงการต้นทุนสงครามสงครามหลายครั้งหลังเหตุการณ์ 9/11 ที่สหรัฐอเมริกาเข้าร่วมในสงครามต่อต้านการก่อการร้ายได้ก่อให้เกิดการพลัดถิ่น (คำนวณอย่างระมัดระวัง) ของผู้คน 38 ล้านคนในอัฟกานิสถาน ปากีสถาน อิรัก ลิเบีย ซีเรีย เยเมน โซมาเลีย และฟิลิปปินส์^{[ 383 ] [ 384 ] [ 385 ]}พวกเขาประเมินว่าสงครามเหล่านี้ทำให้มีผู้เสียชีวิตโดยตรง 897,000 ถึง 929,000 คน และมีต้นทุน 8 ล้านล้านดอลลาร์สหรัฐ^{[ 385 ]}ในรายงานปี 2023 โครงการต้นทุนสงครามประเมินว่ามีผู้เสียชีวิตทางอ้อมระหว่าง 3.6 ถึง 3.7 ล้านคนในเขตสงครามหลังเหตุการณ์ 9/11 โดยมีจำนวนผู้เสียชีวิตทั้งหมด 4.5 ถึง 4.6 ล้านคน รายงาน ดัง กล่าวได้กำหนดเขตสงครามหลัง เหตุการณ์ 9/11 ว่าเป็นความขัดแย้งที่รวมถึงปฏิบัติการต่อต้านการก่อการร้ายที่สำคัญของสหรัฐฯ นับตั้งแต่เหตุการณ์ 9/11 ซึ่งนอกเหนือจากสงครามในอิรักอัฟกานิสถาน และปากีสถานแล้ว ยังรวมถึงสงครามกลางเมืองในซีเรียเยเมนลิเบียและโซมาเลียด้วย^{[ 17 ]}รายงานดังกล่าวได้ประมาณการจำนวนผู้เสียชีวิตทางอ้อมโดยใช้การคำนวณจากปฏิญญาเจนีวาของสำนักเลขาธิการซึ่งประมาณการว่าสำหรับทุกๆ คนที่เสียชีวิตโดยตรงจากสงคราม จะมีอีก 4 คนเสียชีวิตจากผลกระทบทางอ้อมของสงคราม[ 17 ] รัฐธรรมนูญ^{และกฎหมายของ}สหรัฐฯห้ามการใช้การทรมานแต่การละเมิดสิทธิมนุษยชนดังกล่าวเกิดขึ้นในช่วงสงครามต่อต้านการก่อการร้ายภายใต้คำที่ใช้เรียกอย่างสุภาพว่า " การสอบสวนที่เข้มข้นขึ้น " ^{[ 386 ] [ 387 ]}ในปี 2548 วอชิงตันโพสต์และฮิวแมนไรท์วอทช์ (HRW) ได้เผยแพร่การเปิดเผยเกี่ยวกับเที่ยวบินของซีไอเอและ " สถานที่ลับ " ซึ่งเป็นเรือนจำลับที่ดำเนินการโดยซีไอเอ^{[ 388 ] [ 389 ]}นักวิจารณ์บางคนใช้คำว่า "การทรมานโดยตัวแทน" เพื่ออธิบายสถานการณ์ที่ซีไอเอและหน่วยงานอื่นๆ ของสหรัฐฯ ได้ส่งตัวผู้ก่อการร้ายที่ต้องสงสัยไปยังประเทศที่ทราบกันว่ามีการใช้การทรมาน^{[ 390 ] [ 391 ]}   

เนื่องจากผู้ก่อการร้ายทั้ง 19 คนเสียชีวิตในการโจมตี พวกเขาจึงไม่เคยถูกดำเนินคดี โอซามา บิน ลาเดน ไม่เคยถูกฟ้องร้องอย่างเป็นทางการ เขาถูกสังหารโดยหน่วยปฏิบัติการพิเศษของสหรัฐฯ ในวันที่ 2 พฤษภาคม 2554 ในที่พักของเขาในเมืองแอบบอตตาบัดประเทศปากีสถาน หลังจากการไล่ล่าเป็นเวลา 10 ปี^{[ r ]}การ พิจารณาคดีหลักของ การโจมตีต่อโมฮัมเหม็ดและผู้ร่วมสมคบคิดของเขา วาลิด บิน อัตตาช, รามซี บินอัล-ชิบห์, อัมมาร์ อัล-บาลูชีและมุสตาฟา อาห์หมัด อัล-ฮาวซาวียังคงไม่ได้รับการตัดสิน คาลิด เชค โมฮัมเหม็ด ถูกจับกุมเมื่อวันที่ 1 มีนาคม 2546 ในเมืองราวัลปินดี ประเทศปากีสถาน โดยเจ้าหน้าที่ความมั่นคงของปากีสถานซึ่งทำงานร่วมกับซีไอเอ จากนั้นเขาถูกคุมขังใน เรือนจำลับของซีไอเอหลายแห่งและค่ายกักกันกวนตานาโมเบย์ ซึ่งเขาถูกสอบสวนและทรมานด้วยวิธีการต่างๆ รวมถึงการทรมาน ด้วยการ จุ่มน้ำ^{[ 393 ] [ 394 ]}ในปี 2003 อัล-ฮาวซาวีและอับดุล-อาซิซ อาลี ถูกจับกุมและส่งตัวไปยังสหรัฐฯ ทั้งสองถูกกล่าวหาในภายหลังว่าให้ความช่วยเหลือด้านเงินและการเดินทางแก่ผู้ก่อการร้าย^{[ 395 ]}ระหว่างการพิจารณาคดีของสหรัฐฯ ที่อ่าวกวนตานาโมในเดือนมีนาคม 2007 โมฮัมเหม็ดสารภาพความรับผิดชอบต่อการโจมตีอีกครั้ง โดยระบุว่าเขา "รับผิดชอบปฏิบัติการ 9/11 ตั้งแต่ต้นจนจบ" และคำให้การของเขาไม่ได้เกิดขึ้นภายใต้การบีบบังคับ^{[ 54 ] [ 396 ]}ในเดือนมกราคม 2023 รัฐบาลสหรัฐฯ ได้เปิดเผยเกี่ยวกับข้อตกลงประนีประนอมที่ เป็นไปได้ ^{[ 397 ]}โดยไบเดนล้มเลิกความพยายามในเดือนกันยายนปีนั้น^{[ 398 ]}

จนถึงปัจจุบัน มีเพียงบุคคลรอบนอกเท่านั้นที่ถูกตัดสินว่ามีความผิดในข้อหาที่เกี่ยวข้องกับการโจมตีดังกล่าว ซึ่งได้แก่:

• ซาคาริอัส มูสซาวีผู้ซึ่งถูกฟ้องร้องในเดือนธันวาคม 2001 และถูกศาลรัฐบาลกลางสหรัฐฯ พิพากษาจำคุกตลอดชีวิตโดยไม่มีโอกาสได้รับการปล่อยตัวในเดือนพฤษภาคม 2006
• Mounir el-Motassadeqซึ่งถูกตัดสินว่ามีความผิดครั้งแรกในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2546 โดยศาลยุติธรรมแห่งสหพันธรัฐในเยอรมนี และถูกเนรเทศไปยังโมร็อกโกในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2561 หลังจากรับโทษจำคุก^{[ 399 ]}
• อาบู ดาห์ดะห์ผู้ซึ่งถูกจับกุมในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2544 ถูกศาลสูงของสเปน ตัดสิน และได้รับการปล่อยตัวจากเรือนจำในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2556 ^{[ 400 ]}

ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2567 หนังสือพิมพ์นิวยอร์กไทมส์รายงานว่าโมฮัมเหม็ด บิน อัตตาช และอัล-ฮาวซาวี ตกลงที่จะรับสารภาพในข้อหาสมคบคิดเพื่อแลกกับการรับโทษจำคุกตลอดชีวิต หลีกเลี่ยงการพิจารณาคดีและการประหารชีวิต อย่างไรก็ตามลอยด์ ออสติน รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมสหรัฐฯ ได้ยกเลิกข้อตกลงรับสารภาพกับโมฮัมเหม็ดในอีกไม่กี่วันต่อมา^{[ 401 ]}

หลังจากการโจมตีสิ้นสุดลงสำนักงานสอบสวนกลาง (FBI) ได้เริ่มปฏิบัติการPENTTBOMซึ่งเป็นการสอบสวนคดีอาญาครั้งใหญ่ที่สุดในประวัติศาสตร์สหรัฐอเมริกา ในช่วงที่มีการดำเนินการสูงสุด เจ้าหน้าที่ FBI มากกว่าครึ่งหนึ่งได้ร่วมสืบสวนและติดตามเบาะแสกว่าครึ่งล้านรายการ^{[ 402 ]} FBI สรุปว่ามีหลักฐานที่ "ชัดเจนและไม่อาจปฏิเสธได้" ที่เชื่อมโยงอัล-เคดาและบิน ลาเดนกับการโจมตี^{[ 403 ]}

FBI ระบุตัวผู้ก่อการร้ายได้อย่างรวดเร็ว รวมถึงผู้นำอย่างโมฮาเหม็ด อัตตาเมื่อพบกระเป๋าเดินทางของเขาที่สนามบินโลแกนในบอสตัน อัตตาถูกบังคับให้เช็คอินกระเป๋าเดินทางสองในสามใบเนื่องจากพื้นที่จำกัดบนเที่ยวบินโดยสารขนาด 19 ที่นั่งที่เขาใช้เดินทางไปบอสตัน เนื่องจากนโยบายใหม่ที่กำหนดขึ้นเพื่อป้องกันเที่ยวบินล่าช้า กระเป๋าเดินทางจึงไม่ได้ขึ้นเครื่องบินของสายการบินอเมริกันแอร์ไลน์ เที่ยวบินที่ 11 ตามแผน กระเป๋าเดินทางดังกล่าวมีชื่อ ภารกิจ และความเชื่อมโยงกับอัล-เคดาของผู้ก่อการร้าย “มันมีเอกสารภาษาอาหรับทั้งหมดซึ่งเปรียบเสมือนศิลาโรเซตตาของการสืบสวน” เจ้าหน้าที่ FBI คนหนึ่งกล่าว^{[ 404 ]}ภายในไม่กี่ชั่วโมงหลังจากการโจมตี FBI ได้เปิดเผยชื่อและในหลายกรณีรายละเอียดส่วนบุคคลของนักบินและผู้ก่อการร้ายที่ต้องสงสัย^{[ 405 ] [ 406 ]}อบู จันดัล ผู้ซึ่งทำหน้าที่เป็นหัวหน้าองครักษ์ของบิน ลาเดนมานานหลายปี ได้ยืนยันตัวตนของผู้ก่อการร้าย 7 คนว่าเป็นสมาชิกอัล-เคดา ระหว่างการสอบสวนโดยเอฟบีไอเมื่อวันที่ 17 กันยายน เขาถูกจำคุกในเรือนจำเยเมนตั้งแต่ปี 2000 ^{[ 407 ] [ 408 ]}เมื่อวันที่ 27 กันยายน มีการเผยแพร่ภาพถ่ายของผู้ก่อการร้ายทั้ง 19 คน พร้อมกับข้อมูลเกี่ยวกับสัญชาติและนามแฝงที่เป็นไปได้^{[ 409 ]}ชายทั้ง 15 คนมาจากซาอุดีอาระเบีย 2 คนมาจากสหรัฐอาหรับเอมิเรตส์ 1 คนมาจากอียิปต์ และ 1 คนมาจากเลบานอน^{[ 410 ]}

เมื่อถึงเที่ยงวัน สำนักงานความมั่นคงแห่งชาติของสหรัฐฯ และหน่วยข่าวกรองของเยอรมนีได้ดักฟังการสื่อสารที่ชี้ไปยังโอซามา บิน ลาเดน^{[ 411 ]}เป็นที่ทราบกันว่าผู้ก่อการร้ายสองคนเคยเดินทางไปมาเลเซียกับผู้ร่วมงานของบิน ลาเดนในปี 2000 ^{[ 412 ]}และผู้ก่อการร้ายโมฮาเหม็ด อัตตา เคยเดินทางไปอัฟกานิสถานมาก่อน^{[ 413 ]}เขาและคนอื่นๆ เป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มก่อการร้ายในเมืองฮัมบูร์ก ประเทศเยอรมนี^{[ 414 ]}พบว่าสมาชิกคนหนึ่งของกลุ่มในฮัมบูร์ก ประเทศเยอรมนี ได้ติดต่อสื่อสารกับคาลิด เชค โมฮัมเหม็ด ซึ่งถูกระบุว่าเป็นสมาชิกของอัล-เคดา^{[ 415 ]}

เจ้าหน้าที่ในสหรัฐอเมริกาและสหราชอาณาจักรยังได้ดักฟังการสื่อสารทางอิเล็กทรอนิกส์ ซึ่งรวมถึงการสนทนาทางโทรศัพท์และการโอนเงินทางอิเล็กทรอนิกส์ ซึ่งบ่งชี้ว่าโมฮัมเหม็ด อาเตฟเป็นบุคคลสำคัญในการวางแผนการโจมตี 9/11 นอกจากนี้ยังได้ดักฟังการสนทนาที่เกิดขึ้นหลายวันก่อนวันที่ 11 กันยายน ระหว่างบิน ลาเดนกับผู้ร่วมงานในปากีสถาน ซึ่งกล่าวถึง "เหตุการณ์ที่จะเกิดขึ้นในอเมริกาในวันที่ 11 กันยายน หรือใกล้เคียง" และหารือเกี่ยวกับผลกระทบที่อาจเกิดขึ้น ในการสนทนาอีกครั้งกับผู้ร่วมงานในอัฟกานิสถาน บิน ลาเดนได้หารือเกี่ยวกับ "ขนาดและผลกระทบของการปฏิบัติการที่จะเกิดขึ้น" การสนทนาเหล่านี้ไม่ได้กล่าวถึงเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ เพนตากอน หรือรายละเอียดอื่น ๆ โดยเฉพาะ^{[ 416 ]}

ในดัชนีอาชญากรรมรุนแรงประจำปี 2001 FBI ได้บันทึกการเสียชีวิตจากการโจมตีว่าเป็นคดีฆาตกรรม โดยแยกไว้ในตารางต่างหากเพื่อไม่ให้ปะปนกับอาชญากรรมอื่นๆ ที่รายงานในปีนั้น^{[ 417 ]}ในคำชี้แจง FBI ระบุว่า "จำนวนผู้เสียชีวิตมีมากจนการนำไปรวมกับสถิติอาชญากรรม แบบดั้งเดิม จะทำให้เกิด ค่าผิด ปกติที่บิดเบือนการวัดทุกประเภทในการวิเคราะห์ของโครงการ" ^{[ 418 ]}นครนิวยอร์กก็ไม่ได้รวมการเสียชีวิตเหล่านี้ไว้ในสถิติอาชญากรรมประจำปี 2001 เช่นกัน^{[ 419 ]}

ในปี 2547 จอห์น แอล. เฮลเกอร์สันผู้ตรวจการทั่วไปของสำนักงานข่าวกรองกลาง (CIA) ได้ทำการตรวจสอบภายในเกี่ยวกับการปฏิบัติงานของหน่วยงานก่อนเหตุการณ์ 9/11 และวิพากษ์วิจารณ์เจ้าหน้าที่ระดับสูงของ CIA อย่างรุนแรงที่ไม่ทำทุกอย่างที่เป็นไปได้เพื่อต่อต้านการก่อการร้าย^{[ 420 ]}ตามที่ฟิลิป จิรัลดี กล่าวไว้ ในThe American Conservativeเฮลเกอร์สันวิพากษ์วิจารณ์ความล้มเหลวของพวกเขาในการหยุดยั้งผู้ก่อการร้าย 9/11 สองคน คือ นาวาฟ อัล-ฮัซมี และ คาลิด อัล-มิห์ดาร์ ขณะที่พวกเขาเข้ามาในสหรัฐอเมริกา และความล้มเหลวของพวกเขาในการแบ่งปันข้อมูลเกี่ยวกับชายทั้งสองคนกับ FBI ^{[ 421 ]}

ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2550 สมาชิกวุฒิสภาจากทั้งสองพรรคการเมืองหลักของสหรัฐฯ (พรรครีพับลิกันและพรรคเดโมแคร ต) ได้ร่างกฎหมายเพื่อเปิดเผยรายงานการตรวจสอบต่อสาธารณะ หนึ่งในผู้สนับสนุนคือ สมาชิกวุฒิสภา รอน ไวย์เดนกล่าวว่า "ประชาชนชาวอเมริกันมีสิทธิที่จะรู้ว่าสำนักงานข่าวกรองกลางกำลังทำอะไรในช่วงหลายเดือนที่สำคัญก่อนเหตุการณ์ 9/11" ^{[ 422 ]}รายงานดังกล่าวได้รับการเผยแพร่ในปี พ.ศ. 2552 โดยประธานาธิบดีบารัค โอบามา^{[ 420 ]}

ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2545 คณะกรรมการคัดเลือกวุฒิสภาด้านข่าวกรองและคณะกรรมการคัดเลือกถาวรสภาผู้แทนราษฎรด้านข่าวกรองได้ร่วมกันสอบสวนการปฏิบัติงานของหน่วยงานข่าวกรองของสหรัฐฯ [ ^{423 ] รายงาน} 832 หน้าที่เผยแพร่ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2545 ^{[ 424 ]} ได้ให้ รายละเอียดเกี่ยวกับความล้มเหลวของ FBI และ CIA ในการใช้ข้อมูลที่มีอยู่ รวมถึงข้อมูลเกี่ยวกับผู้ก่อการร้ายที่ CIA รู้ว่าอยู่ในสหรัฐฯ เพื่อขัดขวางแผนการก่อการร้าย^{[ 425 ]}การสอบสวนร่วมนี้ได้รวบรวมข้อมูลเกี่ยวกับการมีส่วนร่วมที่เป็นไปได้ของเจ้าหน้าที่รัฐบาลซาอุดีอาระเบียจากแหล่งข้อมูลที่ไม่เป็นความลับ^{[ 426 ]}ฝ่ายบริหารของบุชเรียกร้องให้เอกสารที่เกี่ยวข้อง 28 หน้ายังคงเป็นความลับ^{[ 425 ]} ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2545 บ็อบ เกรแฮมประธานการสอบสวนได้เปิดเผยในการสัมภาษณ์ว่ามี "หลักฐานว่ามีรัฐบาลต่างประเทศที่เกี่ยวข้องกับการอำนวยความสะดวกกิจกรรมของผู้ก่อการร้ายอย่างน้อยบางส่วนในสหรัฐฯ" ^{[ 427 ]}ครอบครัวผู้เสียหายรู้สึกผิดหวังกับคำถามที่ยังไม่ได้รับคำตอบและเอกสารที่ถูกปกปิดจากการสอบสวนของรัฐสภา และเรียกร้องให้มีการจัดตั้งคณะกรรมการอิสระ^{[ 425 ]}ครอบครัวผู้เสียหายจากเหตุการณ์ 11 กันยายน^{[ 428 ]}สมาชิกรัฐสภา^{[ 429 ]}และรัฐบาลซาอุดีอาระเบียยังคงพยายามขอให้มีการเปิดเผยเอกสาร^{[ 430 ] [ 431 ]}ในเดือนมิถุนายน 2016 จอห์น เบรนแนน หัวหน้าซีไอเอ กล่าวว่าเขาเชื่อว่าเอกสารที่ถูกปกปิด 28 หน้าจากการสอบสวนของรัฐสภาเกี่ยวกับเหตุการณ์ 11 กันยายน จะถูกเปิดเผยต่อสาธารณะในเร็วๆ นี้ และเอกสารเหล่านั้นจะพิสูจน์ได้ว่ารัฐบาลซาอุดีอาระเบียไม่มีส่วนเกี่ยวข้องกับการโจมตีเมื่อวันที่ 11 กันยายน^{[ 432 ]}

ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2559 รัฐสภาได้ผ่านร่างกฎหมาย Justice Against Sponsors of Terrorism Actซึ่งจะอนุญาตให้ญาติของผู้เสียชีวิตจากเหตุการณ์โจมตีเมื่อวันที่ 11 กันยายน ฟ้องร้องซาอุดีอาระเบียในข้อหาที่รัฐบาลมีส่วนเกี่ยวข้องกับการโจมตีดังกล่าว^{[ 433 ] [ 434 ] [ 435 ]}

คณะกรรมการแห่งชาติว่าด้วยการโจมตีของผู้ก่อการร้ายต่อสหรัฐอเมริกา หรือที่รู้จักกันในชื่อคณะกรรมการ 9/11 ซึ่งมี โทมัส คีนเป็นประธาน^{[ s ]}ก่อตั้งขึ้นในช่วงปลายปี 2002 เพื่อจัดทำรายงานอย่างละเอียดเกี่ยวกับสถานการณ์ที่เกี่ยวข้องกับการโจมตี รวมถึงการเตรียมการและการตอบสนองต่อการโจมตีในทันที^{[ 440 ]}คณะกรรมการได้ออกรายงานคณะกรรมการ 9/11ในเดือนกรกฎาคม 2004 ซึ่งเป็นรายงาน 585 หน้าที่อิงจากการสืบสวนสอบสวน รายงานดังกล่าวได้ให้รายละเอียดเกี่ยวกับเหตุการณ์ที่นำไปสู่การโจมตี โดยสรุปว่าการโจมตีนั้นกระทำโดยอัล-เคดา^{[ 441 ]}คณะกรรมการยังได้ตรวจสอบด้วยว่าหน่วยงานด้านความมั่นคงและหน่วยข่าวกรองมีการประสานงานกันไม่เพียงพอในการป้องกันการโจมตีอย่างไร^{[ 442 ]}

ตามรายงานระบุว่า "เราเชื่อว่าการโจมตี 9/11 เผยให้เห็นความล้มเหลวสี่ประการ ได้แก่ จินตนาการ นโยบาย ความสามารถ และการจัดการ" ^{[ 443 ]}คณะกรรมการได้ให้คำแนะนำมากมายเกี่ยวกับวิธีการป้องกันการโจมตีในอนาคต และในปี 2011 ก็รู้สึกผิดหวังที่คำแนะนำหลายข้อของตนยังไม่ได้รับการดำเนินการ^{[ 444 ]}

สถาบันมาตรฐานและเทคโนโลยีแห่งชาติของสหรัฐอเมริกาได้ทำการสอบสวนการถล่มของตึกแฝดและตึก 7  WTC การสอบสวนได้ตรวจสอบสาเหตุที่อาคารถล่มและมาตรการป้องกันอัคคีภัยที่มีอยู่ และประเมินว่าระบบป้องกันอัคคีภัยอาจได้รับการปรับปรุงอย่างไรในการก่อสร้างในอนาคต^{[ 445 ]}การสอบสวนการถล่มของตึก 1  WTC และ 2  WTC เสร็จสิ้นในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2548 และการสอบสวนตึก 7  WTC เสร็จสิ้นในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2551 ^{[ 446 ]}

NIST พบว่าวัสดุกันไฟบนโครงสร้างเหล็กของตึกแฝดถูกพัดปลิวไปจากการชนครั้งแรกของเครื่องบิน และหากไม่เกิดเหตุการณ์นี้ ตึกแฝดน่าจะยังคงตั้งอยู่ได้^{[ 447 ]}การศึกษาเกี่ยวกับการถล่มของตึกเหนือในปี 2007 ที่ตีพิมพ์โดยนักวิจัยจากมหาวิทยาลัย Purdueระบุว่า เนื่องจากการชนของเครื่องบินได้ทำลายฉนวนกันความร้อนของโครงสร้างไปมาก ความร้อนจากไฟไหม้ในสำนักงานทั่วไปจะทำให้คานและเสาที่สัมผัสกับความร้อนอ่อนตัวและอ่อนแอลงมากพอที่จะทำให้เกิดการถล่มได้ ไม่ว่าจะมีเสาจำนวนเท่าใดที่ถูกตัดหรือเสียหายจากการชนก็ตาม^{[ 448 ] [ 449 ]}

ผู้อำนวยการการสอบสวนครั้งแรกระบุว่า "หอคอยทำได้ดีอย่างน่าทึ่ง เครื่องบินของผู้ก่อการร้ายไม่ได้ทำให้อาคารพังลง แต่เป็นไฟที่ตามมา มีการพิสูจน์แล้วว่าคุณสามารถทำลายเสาได้สองในสามของหอคอย และอาคารก็ยังคงตั้งอยู่ได้" ^{[ 450 ]}ไฟทำให้โครงสร้างค้ำยันพื้นอ่อนแอลง ทำให้พื้นทรุดตัวลง พื้นที่ทรุดตัวลงดึงเสาเหล็กภายนอก ทำให้เสาภายนอกโค้งงอเข้าด้านใน

ด้วยความเสียหายต่อเสาหลัก เสาภายนอกที่โก่งงอจึงไม่สามารถรองรับอาคารได้อีกต่อไป ทำให้ตัวอาคารพังถล่ม นอกจากนี้ รายงานยังพบว่าบันไดหนีไฟของหอคอยไม่ได้เสริมแรงอย่างเหมาะสมเพื่อให้ผู้คนที่อยู่เหนือโซนที่เกิดการชนสามารถหนีออก จากอาคารได้อย่างเพียงพอในกรณีฉุกเฉิน ^{[ 451 ]} NIST สรุปว่าไฟที่ควบคุมไม่ได้ใน 7  WTC ทำให้คานพื้นและคานเหล็กเกิดความร้อน และต่อมา "ทำให้เสาหลักที่สำคัญพังทลายลง ก่อให้เกิดการพังทลายแบบต่อเนื่องที่เกิดจากไฟไหม้จนทำให้อาคารพังลงมา" ^{[ 446 ]}

ฝ่ายบริหารของโอบามาได้เผยแพร่เอกสารที่รวบรวมโดยนักสืบของสหรัฐฯ ดานา เลเซมันน์ และไมเคิล เจคอบสัน ซึ่งรู้จักกันในชื่อ "ไฟล์ 17" ^{[ 452 ]}ซึ่งมีรายชื่อบุคคล 34 คน รวมทั้ง เจ้าหน้าที่ หน่วยข่าวกรองซาอุดีอาระเบีย ที่ต้องสงสัย ซึ่งประจำอยู่ที่สถานทูตซาอุดีอาระเบียในวอชิงตัน ดี.ซี. ^{[ 453 ]}ซึ่งเชื่อมโยงซาอุดีอาระเบียกับผู้ก่อการร้าย^{[ 454 ] [ 455 ]}

รัฐสภาได้ผ่านร่างกฎหมายว่าด้วยความยุติธรรมต่อผู้สนับสนุนการก่อการร้าย^{[ 456 ] [ 457 ]}ผลในทางปฏิบัติของกฎหมายนี้คือการอนุญาตให้ดำเนินคดีแพ่งที่ยืดเยื้อมานานซึ่งครอบครัวของผู้เสียชีวิตจากเหตุการณ์โจมตี 11 กันยายน ฟ้องร้องซาอุดีอาระเบียในข้อหาที่รัฐบาลมีส่วนเกี่ยวข้องกับการโจมตี^{[ 458 ]}ผู้พิพากษาของสหรัฐฯ อนุญาตอย่างเป็นทางการให้ดำเนินคดีกับรัฐบาลซาอุดีอาระเบียต่อไปได้ ซึ่งฟ้องร้องโดยผู้รอดชีวิตจากเหตุการณ์ 11 กันยายน และครอบครัวของผู้เสียชีวิต^{[ 456 ]}

ครอบครัวของเหยื่อเหตุการณ์ 9/11 บางส่วนได้รับวิดีโอสองคลิปและสมุดบันทึกที่ศาลอังกฤษ ยึดมาจากนายโอมาร์ อั ล-บายูมี ชาวซาอุดีอาระเบีย วิดีโอแรกแสดงให้เห็นเขาจัดงานเลี้ยงใน ซานดิเอโกเพื่อต้อนรับนายนาวาฟ อัล-ฮาซมี และนายคาลิด อัล-มิห์ดาร์ ผู้ก่อการร้ายสองคนแรกที่เดินทางมาถึงสหรัฐฯ ส่วนวิดีโออีกคลิปแสดงให้เห็นอัล-บายูมีทักทายกับนักบวชอันวาร์ อัล-อัฟลาคีผู้ซึ่งถูกกล่าวหาว่าปลุกระดมชาวอเมริกันให้มีแนวคิดหัวรุนแรง และต่อมาถูกสังหารในการโจมตีด้วยโดรนของซีไอเอ สมุดบันทึกมีภาพวาดเครื่องบินด้วยมือและสมการทางคณิตศาสตร์บางอย่าง ซึ่งตามคำให้การของนักบินในศาล อาจใช้ในการคำนวณอัตราการลดระดับเพื่อไปยังเป้าหมาย ตามบันทึกของเอฟบีไอในปี 2017 ตั้งแต่ปลายทศวรรษ 1990 จนถึงเหตุการณ์ 9/11 อัล-บายูมีเป็นผู้สมรู้ร่วมคิด ที่ได้รับค่าจ้างจาก สำนักงานข่าวกรองทั่วไปของซาอุดีอาระเบียณ เดือนเมษายน2022 เชื่อกันว่าเขาอาศัยอยู่ในซาอุดีอาระเบีย ซึ่งปฏิเสธว่าไม่มีส่วนเกี่ยวข้องกับเหตุการณ์ 9/11 ^{[ 459 ]}

ภายในไม่กี่ชั่วโมงหลังจากการโจมตี ปฏิบัติการค้นหาและกู้ภัยก็เริ่มขึ้น หลังจากปฏิบัติการตลอด 24 ชั่วโมงเป็นเวลาหลายเดือน พื้นที่เวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ก็ถูกเคลียร์เสร็จสิ้นภายในสิ้นเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2545 ^{[ 460 ]}ส่วนที่เสียหายของเพนตากอนได้รับการสร้างใหม่และใช้งานอีกครั้งภายในหนึ่งปีหลังจากการโจมตี^{[ 461 ]}สถานี PATHชั่วคราว ของเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ เปิดให้บริการในปลายปี พ.ศ. 2546 และการก่อสร้างอาคาร 7  เวิลด์เทรดเซ็นเตอร์แห่งใหม่เสร็จสมบูรณ์ในปี พ.ศ. 2549 งานสร้างใหม่ของพื้นที่เวิลด์เทรดเซ็นเตอร์หลักล่าช้าออกไปจนถึงปลายปี พ.ศ. 2549 เมื่อผู้เช่าLarry Silversteinและการท่าเรือแห่งนิวยอร์กและนิวเจอร์ซีย์ตกลงเรื่องการจัดหาเงินทุน^{[ 462 ]}การก่อสร้างวันเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์เริ่มขึ้นในเดือนเมษายน พ.ศ. 2549 และเสร็จสมบูรณ์ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2556 ยอดแหลมถูกติดตั้งบนยอดอาคารในวันนั้น ทำให้ ความสูงของวันเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์อยู่ที่ 1,776 ฟุต (541  เมตร) ทำให้เป็นอาคารที่สูงที่สุดในซีกโลกตะวันตก^{[ 463 ] [ 464 ]}อาคารวัน ดับเบิลยูทีซี สร้างเสร็จและเปิดให้บริการเมื่อวันที่ 3 พฤศจิกายน 2014 ^{[ 464 ] [ 465 ] [ 466 ]}

บนพื้นที่ของเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ จะมีการสร้างอาคารสำนักงานเพิ่มอีก 3 แห่ง ห่างจากที่ตั้งของอาคารเดิมไปทางทิศตะวันออก 1 บล็อก^{[ 467 ]} ในขณะเดียวกัน อาคาร 4  WTCเปิดทำการในเดือนพฤศจิกายน 2013 ทำให้เป็นอาคารหลังที่สองบนพื้นที่ดังกล่าวที่เปิดทำการต่อจากอาคาร 7  เวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ และเป็นอาคารหลังแรกบนที่ดินของหน่วยงานท่าเรือ^{[ 468 ]} อาคาร 3  WTC เปิดทำการในเดือนมิถุนายน 2018 กลายเป็นตึกระฟ้าหลังที่สี่บนพื้นที่ดังกล่าวที่สร้างเสร็จสมบูรณ์^{[ 469 ]}ในเดือนธันวาคม 2022 โบสถ์กรีกออร์โธดอกซ์นิโคลัสได้เปิดให้บริการตามปกติอีกครั้ง^{[ 470 ]}ตามด้วยการเปิดศูนย์ศิลปะการแสดงโรนัลด์ โอ. เพอร์เรลแมนในเดือนกันยายน 2023 ^{[ 471 ]}ด้วยการก่อสร้างที่เริ่มต้นในปี 2008 ^{[ 472 ]}อาคาร 2 เวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ยังคงสร้างไม่เสร็จจนถึงปี 2026 ^{[ 473 ]}แบบจำลองขนาดของอาคารได้รับการเปิดเผยต่อสาธารณะในเดือนกันยายน พ.ศ. 2567 แม้ว่า ในขณะนั้น Silverstein Propertiesยังคงพยายามหาเงินทุนสำหรับหอคอยอยู่ก็ตาม^{[ 474 ] [ 475 ]}

ในช่วงหลายวันหลังการโจมตี มีการจัดพิธีรำลึกและไว้อาลัยมากมายทั่วโลก และมีการติดรูปถ่ายของผู้เสียชีวิตและผู้สูญหายไว้รอบๆ บริเวณGround Zeroพยานคนหนึ่งบรรยายว่าไม่สามารถ "หลีกหนีจากใบหน้าของเหยื่อผู้บริสุทธิ์ที่ถูกฆ่าได้ รูปภาพของพวกเขาอยู่ทุกหนทุกแห่ง บนตู้โทรศัพท์ เสาไฟ และผนังสถานีรถไฟใต้ดิน ทุกอย่างทำให้ฉันนึกถึงงานศพขนาดใหญ่ ผู้คนเงียบและเศร้า แต่ก็ใจดีมาก ก่อนหน้านี้ นิวยอร์กทำให้ฉันรู้สึกเย็นชา แต่ตอนนี้ผู้คนต่างยื่นมือช่วยเหลือซึ่งกันและกัน" ^{[ 476 ]}ประธานาธิบดีบุชประกาศให้วันศุกร์ที่ 14 กันยายน พ.ศ. 2544 เป็นวันแห่งความรักชาติ^{[ 477 ]}

หนึ่งในอนุสรณ์สถานแรกๆ คือTribute in Lightซึ่งเป็นการติดตั้งไฟสปอตไลท์ 88 ดวง ณ บริเวณที่เคยเป็นฐานของตึกเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์^{[ 478 ]}ในนครนิวยอร์ก มีการจัดการ แข่งขันออกแบบอนุสรณ์สถาน ณ ที่ตั้งตึกเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์เพื่อออกแบบอนุสรณ์สถานที่เหมาะสมกับพื้นที่^{[ 479 ]}แบบที่ชนะเลิศคือReflecting Absenceได้รับเลือกในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2549 โดยประกอบด้วยสระน้ำสะท้อนแสงสองสระในบริเวณที่เคยเป็นฐานของตึก ล้อมรอบด้วยรายชื่อเหยื่อในพื้นที่อนุสรณ์สถานใต้ดิน^{[ 480 ]}อนุสรณ์สถานแห่งนี้สร้างเสร็จสมบูรณ์ในวันครบรอบ 10 ปีของการโจมตีในปี พ.ศ. 2554 ^{[ 481 ]}และพิพิธภัณฑ์ก็เปิดทำการในพื้นที่ดังกล่าวในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2557 ^{[ 482 ]}

ประติมากรรม ทรงกลม (The Sphere)โดยประติมากรชาวเยอรมันฟริตซ์ โคนิก (Fritz Koenig)เป็นประติมากรรมบรอนซ์ที่ใหญ่ที่สุดในโลกในยุคปัจจุบัน ตั้งอยู่ระหว่างตึกแฝดบนจัตุรัสออสติน เจ. โทบิน (Austin J. Tobin Plaza)ตั้งแต่ปี 1971 จนกระทั่งเกิดเหตุการณ์โจมตี ประติมากรรมนี้มีน้ำหนักมากกว่า 20 ตัน และเป็นงานศิลปะชิ้นเดียวที่ยังคงสภาพสมบูรณ์จากซากปรักหักพังของตึกแฝด นับตั้งแต่นั้นมา งานศิลปะชิ้นนี้ ซึ่งในสหรัฐอเมริกาเรียกว่า "ทรงกลม" (The Sphere ) ได้ถูกเปลี่ยนให้เป็นอนุสรณ์สถานเชิงสัญลักษณ์เพื่อรำลึกถึงเหตุการณ์ 9/11 หลังจากถูกรื้อถอนและเก็บไว้ใกล้โรงเก็บเครื่องบินที่สนามบินนานาชาติจอห์น เอฟ. เคนเนดี ประติมากรรมนี้เป็นหัวข้อของสารคดีเรื่อง "ทรงกลม" (The Sphere) ในปี 2001 โดยผู้สร้างภาพยนตร์ เพอร์ ซี แอดลอน (Percy Adlon ) ในเดือนสิงหาคม 2017 งานศิลปะชิ้นนี้ได้ถูกติดตั้งที่สวนลิเบอร์ตี้ (Liberty Park ) ใกล้กับสะพานลอยเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์แห่งใหม่และอนุสรณ์สถาน 9/11 ^{[ 483 ]}

ในเขตอาร์ลิงตันอนุสรณ์สถานเพนตากอนสร้างเสร็จและเปิดให้ประชาชนเข้าชมในวันครบรอบ 7 ปีของการโจมตีในปี 2008 ^{[ 484 ] [ 485 ]}ประกอบด้วยสวนภูมิทัศน์ที่มีม้านั่ง 184 ตัวหันหน้าไปทางเพนตากอน^{[ 486 ]}เมื่อเพนตากอนได้รับการซ่อมแซมในปี 2001–2002 โบสถ์ส่วนตัวและอนุสรณ์สถานภายในอาคารถูกรวมไว้ในบริเวณที่เครื่องบินเที่ยวบินที่ 77 ตกใส่ตัวอาคาร^{[ 487 ]}

ในเมืองแชงค์สวิลล์ศูนย์บริการนักท่องเที่ยวที่สร้างด้วยคอนกรีตและกระจกเปิดให้บริการในปี 2558 ^{[ 488 ]}ตั้งอยู่บนเนินเขาที่มองเห็นจุดที่เครื่องบินตกและกำแพงหินอ่อนสีขาวแห่งรายชื่อ ผู้ เสีย ชีวิต ^{[ 489 ]}แท่นชมวิวที่ศูนย์บริการนักท่องเที่ยวและกำแพงหินอ่อนสีขาวต่างก็อยู่ในแนวเดียวกับเส้นทางของเที่ยวบินที่ 93 ^{[ 489 ] [ 490 ]}นักดับเพลิงจากนครนิวยอร์กได้บริจาคไม้กางเขนที่ทำจากเหล็กจากเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์และติดตั้งไว้บนแท่นที่มีรูปร่างเหมือนเพนตากอน^{[ 491 ]}ซึ่งได้รับการติดตั้งไว้ด้านนอกสถานีดับเพลิงเมื่อวันที่ 25 สิงหาคม 2551 ^{[ 492 ]}อนุสรณ์สถานถาวรอื่นๆ อีกมากมายตั้งอยู่ในที่อื่นๆ ครอบครัวของผู้เสียชีวิตและองค์กรอื่นๆ รวมถึงบุคคลทั่วไปได้จัดตั้งทุนการศึกษาและองค์กรการกุศลขึ้น^{[ 493 ]}

ในทุกวันครบรอบในนครนิวยอร์ก ชื่อของเหยื่อผู้เสียชีวิตจะถูกอ่านออกเสียงพร้อมกับเสียงดนตรี ประธานาธิบดีสหรัฐฯ เข้าร่วมพิธีรำลึกที่เพนตากอน^{[ 494 ]}และขอให้ชาวอเมริกันร่วมรำลึกวันแห่งความรักชาติด้วยการสงบนิ่งสักครู่ มีการจัดพิธีขนาดเล็กขึ้นในแชงค์สวิลล์ รัฐเพนซิลเวเนีย ซึ่งโดยปกติแล้วสุภาพสตรีหมายเลขหนึ่งจะเข้าร่วมด้วย ในปี 2023 โจ ไบเดน ไม่ได้เข้าร่วมพิธีในพื้นที่ที่ได้รับผลกระทบ แต่เลือกที่จะรำลึกวันนั้นในแองเคอเรจรัฐอะแลสกา ซึ่งเป็นประธานาธิบดีสหรัฐฯ เพียงคนเดียวที่ทำเช่นนั้นนับตั้งแต่เกิดเหตุการณ์โจมตี^{[ 495 ] [ 496 ] [ 497 ]}