การจำแนกสิ่งมีชีวิตออกเป็นสัตว์และพืชเป็นวิธีการที่มีมาแต่โบราณ อริสโตเติล (384–322 ปีก่อนคริสตกาล) ได้จำแนกชนิดของสัตว์ไว้ในหนังสือประวัติศาสตร์สัตว์ ของเขา ในขณะที่ ธีโอฟราสตัสลูกศิษย์ของเขา( ประมาณ371 – ประมาณ287 ปีก่อนคริสตกาล ) ได้เขียนหนังสือคู่ขนานชื่อHistoria Plantarumเกี่ยวกับพืช^{[ 7 ]}

คาร์ล ลินเนียส (ค.ศ. 1707–1778) ได้วางรากฐานให้กับการตั้งชื่อทางชีววิทยา แบบสมัยใหม่ ซึ่งปัจจุบันถูกควบคุมโดย หลักเกณฑ์การตั้ง ชื่อ (Nomenclature Codes ) ในปี ค.ศ. 1735 เขาได้แบ่งสิ่งมีชีวิตออกเป็นสองอาณาจักร คือRegnum Animale (' อาณาจักร สัตว์ ') และRegnum Vegetabile ('อาณาจักรพืช ' ) นอกจากนี้ ลินเนียสยังได้รวมแร่ธาตุ ไว้ ในระบบการจำแนก ของเขา โดยจัดให้อยู่ในอาณาจักรที่สาม คือRegnum Lapideum

ในปี ค.ศ. 1674 อันโตนี ฟาน ลีเวนฮุกผู้ซึ่งมักถูกเรียกว่า "บิดาแห่งกล้องจุลทรรศน์" ได้ส่ง สำเนาการสังเกตสิ่งมีชีวิตเซลล์เดียวขนาดเล็กครั้งแรกของเขาไปยัง ราชสมาคมแห่งลอนดอน ก่อนหน้านั้น การมีอยู่ของสิ่งมีชีวิตขนาดเล็กดังกล่าวเป็นสิ่งที่ไม่มีใครรู้จักมาก่อน แม้จะเป็นเช่นนั้น ลินเนียสก็ไม่ได้รวมสิ่งมีชีวิตขนาดเล็กใดๆ ไว้ในอนุกรมวิธานดั้งเดิมของเขา

ในตอนแรก สิ่งมีชีวิตขนาดเล็กถูกจัดอยู่ในอาณาจักรสัตว์และพืช อย่างไรก็ตาม ในช่วงกลางศตวรรษที่ 19 หลายคนเริ่มตระหนักว่า "การแบ่งแยกแบบเดิมระหว่างอาณาจักรพืชและสัตว์ [ได้] เลือนหายไปอย่างรวดเร็วและล้าสมัยไปแล้ว" ^{[ 8 ]}

ในปี พ.ศ. 2403 จอห์น ฮอก ก์ เสนอProtoctistaซึ่งเป็นอาณาจักรที่สามของสิ่งมีชีวิต ประกอบด้วย "สิ่งมีชีวิตระดับต่ำทั้งหมด หรือสิ่งมีชีวิตอินทรีย์ขั้นต้น" โดยเขายังคง Regnum Lapideum ไว้เป็นอาณาจักรที่สี่ของแร่ธาตุ^{[ 8 ]}ในปี พ.ศ. 2409 เอิร์นส์ เฮคเคลก็ได้เสนออาณาจักรที่สามของสิ่งมีชีวิตเช่นกัน คือProtistaสำหรับ "สิ่งมีชีวิตที่เป็นกลาง" หรือ "อาณาจักรของรูปแบบดั้งเดิม" ซึ่งไม่ใช่ทั้งสัตว์หรือพืช โดยเขาไม่ได้รวม Regnum Lapideum ไว้ในแผนการของเขา^{[ 8 ]}เฮคเคลได้แก้ไขเนื้อหาของอาณาจักรนี้หลายครั้งก่อนที่จะสรุปการแบ่งตามว่าสิ่งมีชีวิตนั้นเป็นเซลล์เดียว (Protista) หรือหลายเซลล์ (สัตว์และพืช) ^{[ 8 ]}

การพัฒนากล้องจุลทรรศน์เผยให้เห็นความแตกต่างที่สำคัญระหว่างสิ่งมีชีวิตที่มีเซลล์ซึ่งไม่มีนิวเคลียส ที่ชัดเจน ( โปรคาริโอต ) และสิ่งมีชีวิตที่มีเซลล์ซึ่งมีนิวเคลียสที่ชัดเจน ( ยูคาริโอต ) ในปี พ.ศ. 2480 Édouard Chattonได้นำคำว่า "โปรคาริโอต" และ "ยูคาริโอต" มาใช้เพื่อแยกความแตกต่างของสิ่งมีชีวิตเหล่านี้^{[ 9 ]}

ในปี พ.ศ. 2481 เฮอร์เบิร์ต เอฟ. โคปแลนด์ได้เสนอการจำแนกประเภทสี่อาณาจักรโดยการสร้างอาณาจักรโมเนรา (Monera)ขึ้นใหม่ ซึ่งประกอบด้วยสิ่งมีชีวิตโปรคาริโอต โดยเป็นไฟลัมโมเนราที่ได้รับการปรับปรุงใหม่ของโปรติสตา (Protista) ซึ่งรวมถึงสิ่งมีชีวิตที่ปัจจุบันจัดอยู่ในกลุ่มแบคทีเรีย (Bacteria ) และอาร์เคีย (Archaea ) เอิร์นส์ เฮคเคล ในหนังสือThe Wonders of Life ในปี พ.ศ. 2447 ได้จัดสาหร่ายสีเขียวแกมน้ำเงิน (หรือไฟโคโครมาเซีย) ไว้ในโมเนรา ซึ่งต่อมาได้รับการยอมรับมากขึ้น และสาหร่ายสีเขียวแกมน้ำเงินก็ถูกจัดอยู่ในกลุ่มแบคทีเรียในไฟลัมไซยาโนแบคทีเรีย (Cyanobacteria ) ^{[ 8 ] [ 9 ]}

ในช่วงทศวรรษ 1960 Roger StanierและCB van Nielได้ส่งเสริมและทำให้งานก่อนหน้าของ Édouard Chatton เป็นที่นิยม โดยเฉพาะอย่างยิ่งในบทความของพวกเขาในปี 1962 เรื่อง "แนวคิดของแบคทีเรีย" ซึ่งได้สร้างลำดับชั้นที่สูงกว่าอาณาจักรขึ้นมาเป็นครั้งแรก นั่นคืออาณาจักรใหญ่หรือจักรวรรดิด้วยระบบสองจักรวรรดิของโปรคาริโอตและยูคาริโอต^{[ 9 ]}ระบบสองจักรวรรดินี้ต่อมาได้ขยายไปสู่ระบบสามโดเมนของอาร์เคีย แบคทีเรีย และยูคาริโอต^{[ 10 ]}

ความแตกต่างระหว่างเชื้อราและสิ่งมีชีวิตอื่นๆ ที่ถือว่าเป็นพืชได้รับการยอมรับมานานแล้วโดยบางคน เฮคเคลได้ย้ายเชื้อราออกจาก Plantae ไปอยู่ใน Protista หลังจากการจัดจำแนกครั้งแรกของเขา^{[ 8 ] แต่การแยกนี้ส่วนใหญ่ถูกละเลยโดยนักวิทยาศาสตร์ในสมัยของเขา โรเบิร์ต วิทเทเกอร์ได้ยอมรับอาณาจักรเพิ่มเติมสำหรับเชื้อรา [ 11 ] ระบบ}ห้าอาณาจักรที่เกิดขึ้น^{ซึ่งเสนอ}โดยวิทเทเกอร์ในปี 1969 ได้กลายเป็นมาตรฐานที่เป็นที่นิยม และด้วยการปรับปรุงบางส่วนก็ยังคงใช้ในงานหลายชิ้นและเป็นพื้นฐานสำหรับระบบหลายอาณาจักรใหม่ๆ ระบบนี้ขึ้นอยู่กับความแตกต่างในด้านโภชนาการ เป็นหลัก Plantae ของเขาส่วนใหญ่เป็นออโตโทรฟ หลายเซลล์ Animalia ของเขา เป็นเฮเทอ โรโทร ฟหลายเซลล์ และ Fungi ของเขาเป็นแซโปรโทรฟหลาย เซลล์

อาณาจักรที่เหลืออีกสองอาณาจักร ได้แก่ Protista และ Monera ประกอบด้วยสิ่งมีชีวิตเซลล์เดียวและอาณานิคมเซลล์อย่างง่าย^{[ 11 ]}ระบบห้าอาณาจักรอาจรวมเข้ากับระบบสองจักรวรรดิ ในระบบของ Whittaker นั้น Plantae รวมถึงสาหร่ายบางชนิด ในระบบอื่นๆ เช่นระบบห้าอาณาจักรของLynn Margulis นั้น พืชจะรวมเฉพาะพืชบก ( Embryophyta ) เท่านั้น และ Protoctista มีคำจำกัดความที่กว้างกว่า^{[ 12 ]}

หลังจากการตีพิมพ์ระบบของ Whittaker โมเดลห้าอาณาจักรก็เริ่มถูกนำมาใช้กันอย่างแพร่หลายในตำราชีววิทยาของโรงเรียนมัธยม^{[ 13 ]}แต่ถึงแม้จะมีการพัฒนาจากสองอาณาจักรเป็นห้าอาณาจักรในหมู่นักวิทยาศาสตร์ส่วนใหญ่ ผู้เขียนบางคนก็ยังคงใช้ระบบสองอาณาจักรแบบดั้งเดิมของสัตว์และพืชจนถึงปี 1975 โดยแบ่งอาณาจักรพืชออกเป็นอาณาจักรย่อย Prokaryota (แบคทีเรียและไซยาโนแบคทีเรีย) Mycota (เชื้อราและญาติที่สันนิษฐาน) และ Chlorota (สาหร่ายและพืชบก) ^{[ 14 ]}

ในปี พ.ศ. 2520 คาร์ล โวเอสและเพื่อนร่วมงานได้เสนอการแบ่งย่อยพื้นฐานของโปรคาริโอตออกเป็นยูแบคทีเรีย (ต่อมาเรียกว่าแบคทีเรีย) และอาร์เคแบคทีเรีย (ต่อมาเรียกว่าอาร์เคีย) โดยอิงจากโครงสร้างของไรโบโซมอาร์ เอ็นเอ ^{[ 15 ]}ซึ่งต่อมานำไปสู่การเสนอ"โดเมน" สามโดเมนของสิ่งมีชีวิตได้แก่ แบคทีเรีย อาร์เคีย และยูคาริโอตา^{[ 5 ]}เมื่อรวมกับแบบจำลองห้าอาณาจักรแล้ว ทำให้เกิดแบบจำลองหกอาณาจักร โดยที่อาณาจักรโมเนราถูกแทนที่ด้วยอาณาจักรแบคทีเรียและอาร์เคีย^{[ 16 ]}แบบจำลองหกอาณาจักรนี้มักใช้ในตำราเรียนชีววิทยาระดับมัธยมปลายของสหรัฐอเมริกาในปัจจุบัน แต่ได้รับการวิพากษ์วิจารณ์ว่าขัดแย้งกับฉันทามติทางวิทยาศาสตร์ในปัจจุบัน^{[ 13 ]}แต่การแบ่งโปรคาริโอตออกเป็นสองอาณาจักรยังคงใช้กันอยู่ตาม แผนการ แบ่งเจ็ดอาณาจักร ล่าสุด ของโทมัส คาวาเลียร์-สมิธ แม้ว่าหลักๆ แล้วจะแตกต่างกันตรงที่โปรติสตาถูกแทนที่ด้วยโปรโตซัวและโครมิสตา^{[ 17 ]}

การจำแนกสิ่งมีชีวิตในระดับอาณาจักรยังคงถูกนำมาใช้กันอย่างแพร่หลายในฐานะวิธีการจัดกลุ่มสิ่งมีชีวิตที่มีประโยชน์ แม้ว่าจะมีปัญหาบางประการเกี่ยวกับวิธีการนี้ก็ตาม:

• อาณาจักรต่างๆ เช่น โปรโตซัว แสดงถึงระดับมากกว่ากลุ่มสายพันธุ์ดังนั้นจึงถูกปฏิเสธโดยระบบการจำแนกทางวิวัฒนาการ
• งานวิจัยล่าสุดไม่สนับสนุนการจำแนกยูคาริโอตออกเป็นระบบมาตรฐานใดๆ ในปี 2552 แอนดรูว์ โรเจอร์และอลาสแตร์ ซิมป์สันเน้นย้ำถึงความจำเป็นในการวิเคราะห์การค้นพบใหม่ๆ อย่างรอบคอบว่า "ด้วยอัตราการเปลี่ยนแปลงในปัจจุบันในความเข้าใจของเราเกี่ยวกับแผนภูมิวิวัฒนาการของยูคาริโอต เราควรดำเนินการด้วยความระมัดระวัง" ^{[ 40 ]}อาณาจักรต่างๆ แทบจะไม่ถูกนำมาใช้ในวิชาวิวัฒนาการเชิงวิชาการ และพบได้บ่อยกว่าในการศึกษาเบื้องต้น ซึ่งนิยมใช้แบบจำลอง 5-6 อาณาจักรมากกว่า^{[ 41 ]}

จากการศึกษา RNA คาร์ล โวเอสคิดว่าสิ่งมีชีวิตสามารถแบ่งออกเป็นสามกลุ่มใหญ่ๆ และเรียกกลุ่มเหล่านี้ว่าแบบจำลอง "อาณาจักรหลักสามอาณาจักร" หรือแบบจำลอง "อาณาจักรดั้งเดิม" ^{[ 15 ]}

ในปี พ.ศ. 2533 มีการเสนอชื่อ "โดเมน" สำหรับลำดับสูงสุด โดยมีคำภาษาละตินที่เทียบเท่าคือregio [ ^{5 ] Woese}แบ่งโปรคาริโอต (ซึ่งก่อนหน้านี้จัดอยู่ในอาณาจักรโมเนรา) ออกเป็นสองกลุ่ม เรียกว่ายูแบคทีเรียและอาร์เคแบคทีเรียโดยเน้นว่ามีความแตกต่างทางพันธุกรรมระหว่างสองกลุ่มนี้มากพอๆ กับความแตกต่างระหว่างกลุ่มใดกลุ่มหนึ่งกับยูคาริโอตทั้งหมด

จากข้อมูลทางพันธุกรรม แม้ว่ากลุ่มยูคาริโอต เช่น พืช เชื้อรา และสัตว์ อาจดูแตกต่างกัน แต่พวกมันมีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกันมากกว่าที่จะมีความสัมพันธ์กับยูแบคทีเรียหรืออาร์เคีย นอกจากนี้ยังพบว่ายูคาริโอตมีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับอาร์เคียมากกว่าที่จะมีความสัมพันธ์กับยูแบคทีเรีย แม้ว่าความสำคัญของการแบ่งแยกยูแบคทีเรีย-อาร์เคียจะถูกตั้งคำถาม แต่ก็ได้รับการยืนยันจากการวิจัยในภายหลัง^{[ 22 ]}ยังไม่มีข้อสรุปว่ามีอาณาจักรอยู่กี่อาณาจักรในแผนการจำแนกประเภทที่เสนอโดย Woese

ในปี พ.ศ. 2547 บทความวิจารณ์โดย Simpson และ Roger ตั้งข้อสังเกตว่า Protista เป็น " กลุ่มรวม ของ ยูคาริโอตทั้งหมดที่ไม่ใช่สัตว์ พืช หรือเชื้อรา" พวกเขายืนยันว่าควรยอมรับเฉพาะกลุ่มโมโนฟิเลติกเป็นลำดับชั้นอย่างเป็นทางการในการจำแนกประเภท และถึงแม้ว่าวิธีการนี้จะเป็นไปไม่ได้ในทางปฏิบัติมาก่อน (ซึ่งจำเป็นต้องมี "อาณาจักรยูคาริโอตหลายสิบอาณาจักร" )แต่ตอนนี้ก็เป็นไปได้ที่จะแบ่งยูคาริโอตออกเป็น "เพียงไม่กี่กลุ่มหลักที่น่าจะเป็นโมโนฟิเลติกทั้งหมด" ^{[ 42 ]}

บนพื้นฐานนี้ แผนภาพตรงข้าม (วาดใหม่จากบทความของพวกเขา) แสดงให้เห็น "อาณาจักร" ที่แท้จริง (เครื่องหมายอัญประกาศของพวกเขา) ของยูคาริโอต^{[ 42 ]}การจำแนกประเภทที่ปฏิบัติตามแนวทางนี้จัดทำขึ้นในปี 2548 สำหรับสมาคมโปรติสต์วิทยาแห่งนานาชาติ โดยคณะกรรมการที่ "ทำงานร่วมกับผู้เชี่ยวชาญจากหลายสมาคม" ซึ่งแบ่งยูคาริโอตออกเป็น 6 "กลุ่มใหญ่" เดียวกัน^{[ 43 ]}การจำแนกประเภทที่ตีพิมพ์จงใจไม่ใช้ลำดับชั้นทางอนุกรมวิธานอย่างเป็นทางการ รวมถึงลำดับชั้นของ "อาณาจักร" ด้วย

ในระบบนี้ สัตว์หลายเซลล์ ( Metazoa ) สืบเชื้อสายมาจากบรรพบุรุษเดียวกันกับทั้งโคอาโนแฟลเจล เลตเซลล์เดียว และเชื้อราซึ่งประกอบเป็นOpisthokonta [ ^{43 ] เชื่อ}กันว่าพืชมีความสัมพันธ์ที่ห่างไกลกับสัตว์และเชื้อรามากกว่า

อย่างไรก็ตาม ในปีเดียวกับที่การจำแนกประเภทของสมาคมโปรติสต์วิทยานานาชาติได้รับการตีพิมพ์ (2005) มีข้อสงสัยเกิดขึ้นว่ากลุ่มใหญ่บางกลุ่มเหล่านี้เป็นกลุ่มโมโนฟิเลติกหรือไม่ โดยเฉพาะอย่างยิ่ง Chromalveolata ^{[ 44 ]}และบทวิจารณ์ในปี 2006 ระบุว่าไม่มีหลักฐานเพียงพอสำหรับกลุ่มใหญ่ที่เสนอไว้หกกลุ่ม^{[ 45 ]}

ข้อมูล ณ ปี 2019มีความเห็นพ้องกันอย่างกว้างขวางว่า Rhizaria อยู่ในกลุ่มเดียวกับ Stramenopiles และ Alveolata ใน^{กลุ่มที่เรียกว่า SAR supergroup [ 46} ]ดังนั้นRhizariaจึง^{ไม่ใช่กลุ่ม}ยูคาริโอตหลักกลุ่มหนึ่ง^{[ 20 ] [ 47 ] [ 48 ] [ 49 ] [ 50 ]}

รหัสโปรคาริโอตถือว่าแบคทีเรียและอาร์เคียแต่ละชนิดเป็นโดเมน ตั้งแต่ปี 2024 แต่ละโดเมนประกอบด้วย 4 อาณาจักร รวมเป็น 8 อาณาจักร โดเมนแบคทีเรียประกอบด้วยอาณาจักรBacillati , Fusobacteriati , PseudomonadatiและThermotogatiโดเมนอาร์เคียประกอบด้วยอาณาจักรMethanobacteriati , Nanobdellati , PromethearchaeatiและThermoproteati ^{[ 51 ]}

ผู้เขียนบางท่านได้เพิ่มสิ่งมีชีวิตที่ไม่ใช่เซลล์เข้าไปในการจำแนกประเภทของตน ซึ่งสามารถสร้าง "ซูเปอร์โดเมน" ที่เรียกว่า "Acytota" หรือเรียกอีกอย่างว่า "Aphanobionta" ของสิ่งมีชีวิตที่ไม่ใช่เซลล์ โดยมีซูเปอร์โดเมนอีกอันคือ " cytota " หรือสิ่งมีชีวิตที่เป็นเซลล์^{[ 52 ] [ 53 ]} (ดูส่วนด้านล่างสำหรับการอภิปรายเพิ่มเติม)

สมมติฐานอีโอไซต์เสนอว่ายูคาริโอตเกิดขึ้นจากไฟลัมภายในอาร์เคียที่เรียกว่าเทอร์โมโปรทีโอ ตา (เดิมเรียกว่าอีโอไซต์หรือเครนาร์คีโอตา) ^{[ 54 ] [ 55 ]}