คำนี้ยังคงถูกใช้ทั่วอินเดียเพื่อต่อต้านการปกครองอาณานิคมของอังกฤษ ของชาวมุสลิม ^{[ 1 ]}ในช่วงการกบฏอินเดียปี 1857นักรบศักดิ์สิทธิ์เหล่านี้กล่าวกันว่ารับทหาร อินเดียที่หนีทัพ และเกณฑ์เข้าเป็นพวก เมื่อเวลาผ่านไป กลุ่มนี้ก็เติบโตขึ้นเรื่อยๆ จนไม่เพียงแต่ทำการปล้นสะดมเท่านั้น แต่ยังควบคุมพื้นที่ในอัฟกานิสถานอีกด้วย^{[ 4 ​​]}

การใช้คำว่ามูจาฮิดีน เป็นครั้งแรก เพื่ออ้างถึงลัทธิสุดโต่งทางศาสนาอิสลาม (ซึ่งได้รับการตั้งชื่อใหม่ว่าญิฮาด ) เชื่อกันว่าเกิดขึ้นในช่วงปลายศตวรรษที่ 19 ในปี 1887 โดยโทมัส แพทริก ฮิวจ์ส (1838–1911) ^{[ 3 ] [ 5 ]}

ในเอเชียกลางตั้งแต่ปี 1916 ถึงทศวรรษ 1930 กองโจรอิสลามเป็นฝ่ายตรงข้ามกับระบอบซาร์และลัทธิบอลเชวิกและถูกโซเวียตเรียกว่าบาสมาชี ('โจร') กลุ่มเหล่านี้เรียกตัวเองว่ามูจาฮีดโดยอธิบายว่าตนเองยืนหยัดเพื่อศาสนาอิสลาม^{[ 6 ] [ 7 ]} มูจาฮี ดีนต้นแบบคนอื่นๆ ได้แก่อุสมาน ดัน โฟดิโอ [ ^{8 ] จา}ฮันกีร์ โคจา [ ^{9 ] และ}มูฮัมหมัด อาห์เหม็ด อัล มาห์ดี^{[ 10 ] [ 11 ] [ 12 ]}

อาจกล่าวได้ว่ากลุ่มมูจาฮิดีนที่เป็นที่รู้จักมากที่สุดนอกโลกอิสลาม คือ กลุ่มต่อต้านรัฐบาลอัฟกานิสถานหลายกลุ่มที่รวมตัวกันอย่างหลวมๆซึ่งเริ่มแรกก่อกบฏต่อรัฐบาลสาธารณรัฐประชาธิปไตยอัฟกานิสถาน (DRA) ที่สนับสนุนโซเวียตในช่วงปลายทศวรรษ 1970 ตามคำขอของ DRA สหภาพโซเวียตได้ส่งกองกำลังเข้ามาในประเทศเพื่อช่วยเหลือรัฐบาลในปี 1979 กลุ่มมูจาฮิดีนได้ต่อสู้กับกองทัพโซเวียตและ DRA ในช่วงสงครามโซเวียต-อัฟกานิสถาน (1979-1989) ขบวนการต่อต้านของอัฟกานิสถานเริ่มต้นขึ้นท่ามกลางความวุ่นวาย และในตอนแรกผู้นำกอง กำลังท้องถิ่น เป็นผู้ดำเนินการสู้รบเกือบทั้งหมดในพื้นที่ เมื่อสงครามมีความซับซ้อนมากขึ้น การสนับสนุนจากภายนอกและการประสานงานในระดับภูมิภาคก็เพิ่มขึ้น หน่วยพื้นฐานขององค์กรและการกระทำของกลุ่มมูจาฮิดีนยังคงสะท้อนให้เห็นถึงลักษณะการกระจายอำนาจสูงของสังคมอัฟกานิสถาน และจุดรวมศูนย์ที่เข้มแข็งของกลุ่มมูจาฮิดีนและกลุ่มชนเผ่าปัชตุน ที่แข่งขัน กัน โดยเฉพาะอย่างยิ่งในพื้นที่ห่างไกลในแถบภูเขา^{[ 13 ]}ในที่สุด พรรคมูจาฮิดีนหลักทั้งเจ็ดพรรคได้รวมตัวกันเป็นกลุ่มการเมืองที่เรียกว่าเอกภาพอิสลามแห่งอัฟกานิสถานมูจาฮิดีนพรรคเหล่านี้ไม่ได้อยู่ภายใต้การบังคับบัญชาเดียวกันและมีความแตกต่างทางอุดมการณ์

ชาวมุสลิมจากประเทศอื่นๆ จำนวนมากได้ให้ความช่วยเหลือกลุ่มมูจาฮิดีนต่างๆ ในอัฟกานิสถาน กลุ่มทหารผ่านศึกเหล่านี้บางกลุ่มได้กลายเป็นผู้มีบทบาทสำคัญในความขัดแย้งต่างๆ ในเวลาต่อมา ทั้งในและรอบๆ โลกมุสลิมโอซามา บิน ลาเดนซึ่งเดิมมาจากครอบครัวร่ำรวยในซาอุดีอาระเบียเป็นผู้จัดตั้งและให้เงินทุนสนับสนุนกลุ่มอาสาสมัครต่างชาติชาวอาหรับอิสลามิสต์ที่โดดเด่น กลุ่มมักตับ อัล-คาดะมัต ของเขา ได้ส่งเงิน อาวุธ และนักรบมุสลิมจากทั่วโลกมุสลิมเข้าสู่อัฟกานิสถาน โดยได้รับการช่วยเหลือและสนับสนุนจากรัฐบาลซาอุดีอาระเบียและปากีสถาน นักรบต่างชาติเหล่านี้เป็นที่รู้จักในชื่อ " ชาวอาหรับอัฟกานิสถาน " และความพยายามของพวกเขาได้รับการประสานงานโดยอับดุลลาห์ ยูซุฟ อัซซัม

แม้ว่ามูจาฮิดีนจะได้รับการสนับสนุนจากรัฐบาลปากีสถานอเมริกาอังกฤษจีนและซาอุดีอาระเบียแต่แหล่งเงินทุนหลักของมูจาฮิดีนมาจากผู้บริจาคส่วนตัวและองค์กรการกุศลทางศาสนาทั่วโลกมุสลิม โดยเฉพาะในอ่าวเปอร์เซียเจสัน เบิร์กเล่าว่า "เงินสำหรับญิฮาดในอัฟกานิสถานมีเพียง 25% เท่านั้นที่มาจากรัฐโดยตรง" ^{[ 14 ]}

กองกำลังมูจาฮิดีนก่อให้เกิดความสูญเสียอย่างร้ายแรงแก่กองกำลังโซเวียต และทำให้สงครามครั้งนี้มีค่าใช้จ่ายสูงมากสำหรับสหภาพโซเวียต ในปี 1989 สหภาพโซเวียตได้ถอนกำลังทหารออกจากอัฟกานิสถาน ในเดือนกุมภาพันธ์ 1989 กลุ่มมูจาฮิดีนนิกายซุนนีทั้งเจ็ดกลุ่มได้จัดตั้งรัฐบาลชั่วคราวอัฟกานิสถาน (AIG) ขึ้นในเมืองเปชาวาร์รัฐบาลชั่วคราวนี้ลี้ภัยอยู่ในปากีสถานตั้งแต่ปี 1988 นำโดยซิบกัตุลลาห์ โมจาเดดีเพื่อพยายามสร้างแนวร่วมต่อต้าน DRA รัฐบาล AIG ล้มเหลว ส่วนหนึ่งเป็นเพราะไม่สามารถแก้ไขความขัดแย้งระหว่างกลุ่มต่างๆ ได้ ส่วนหนึ่งเป็นเพราะได้รับการสนับสนุนจากประชาชนอย่างจำกัด เนื่องจากไม่รวมกลุ่มมูจาฮิดีนนิกายชีอะห์ที่ได้รับการสนับสนุนจากอิหร่าน และไม่รวมผู้สนับสนุนอดีตกษัตริย์โมฮัมหมัด ซาฮีร์ ชาห์และความล้มเหลวของมูจาฮิดีนในการรบที่จาลาลาบาดในเดือนมีนาคม 1989 ^{[ 15 ] [ 16 ] [ 17 ] [ 18 ]}

ในปี 1992 โมฮัมหมัด นาจิบูลลาห์ประธานาธิบดีคนสุดท้ายของสาธารณรัฐประชาธิปไตยอาหรับ ถูกโค่นล้ม และกลุ่มมูจาฮิดีนส่วนใหญ่ได้ลงนามในข้อตกลงเปชาวาร์ กลุ่ม มูจาฮิดีนไม่สามารถจัดตั้งรัฐบาลที่เป็นเอกภาพได้อย่างมีประสิทธิภาพ และกลุ่มมูจาฮิดีนขนาดใหญ่หลายกลุ่มเริ่มต่อสู้กันเองเพื่อแย่งชิงอำนาจในกรุงคาบูล

หลังจากสงครามที่สร้างความเสียหายอย่างหนักเป็นเวลาหลายปี ในหมู่บ้านปัชตุน เล็กๆ แห่งหนึ่ง มุลลาห์ชื่อโมฮัมเหม็ด โอมาร์ได้จัดตั้งขบวนการติดอาวุธใหม่ขึ้นโดยได้รับการสนับสนุนจากปากีสถาน ขบวนการนี้เป็นที่รู้จักในชื่อตาลีบัน ("นักเรียน" ในภาษาปัชโต ) ซึ่งหมายถึงว่าตาลีบันส่วนใหญ่เติบโตขึ้นในค่ายผู้ลี้ภัยในปากีสถานในช่วงทศวรรษ 1980 และได้รับการศึกษาในโรงเรียนสอนศาสนาวะฮาบี ที่ได้รับการสนับสนุนจากซาอุดีอาระเบีย ซึ่งเป็นโรงเรียนที่ขึ้นชื่อเรื่องการสอนศาสนาอิสลามแบบสุดโต่ง

แม้ว่าจะมีกลุ่มมากกว่าหนึ่งกลุ่มในอิหร่านที่เรียกตัวเองว่ามูจาฮิดีน แต่กลุ่มที่มีชื่อเสียงที่สุดคือมูจาฮิดีนประชาชนแห่งอิหร่าน (PMOI; ภาษาเปอร์เซีย : Mojāhedin-e Khalq) ซึ่งเป็นองค์กรอิหร่านที่สนับสนุนการโค่นล้มสาธารณรัฐอิสลามอิหร่าน [ ^{1 ] กลุ่ม}นี้ได้มีส่วนร่วมในความขัดแย้งที่มีชื่อเสียงหลายครั้งในภูมิภาค และมีความขัดแย้งกับรัฐบาลอนุรักษ์นิยมของอิหร่านนับตั้งแต่การปฏิวัติอิหร่านในปี 1979

มูจาฮิดีนอีกกลุ่มหนึ่งคือ มูจาฮิดีน-อี อิสลาม ซึ่งเป็นพรรคอิสลามที่นำโดยอยาตอลลาห์ อะโบล-กาเซม คาชานี^{[ 19 ]}พรรคนี้เป็นส่วนหนึ่งของแนวร่วมแห่งชาติอิหร่านในช่วงที่โมฮัมหมัด มอสัดเดกทำการแปรรูปน้ำมันเป็นของรัฐ แต่ได้แยกตัวออกจากมอสัดเดกเนื่องจากนโยบายที่ถูกกล่าวหาว่าไม่เป็นไปตามหลักอิสลาม^{[ 20 ]}

ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2490 ถึง พ.ศ. 2504 นักรบมูจาฮิดีนท้องถิ่น (ฟูริกกะ) ต่อสู้กับทหารรัฐบาลพม่าเพื่อพยายามให้คาบสมุทรมายูทางตอนเหนือของอาระกัน ประเทศพม่า (ปัจจุบันคือรัฐยะไข่ประเทศเมียนมาร์ ) แยกตัวออกจากประเทศ เพื่อที่จะผนวกเข้ากับปากีสถานตะวันออก (ปัจจุบันคือบังกลาเทศ ) ^{[ 21 ]}ในช่วงปลายทศวรรษ พ.ศ. 2493 และต้นทศวรรษ พ.ศ. 2403 นักรบมูจาฮิดีนสูญเสียกำลังและแรงสนับสนุนไปมาก ส่งผลให้พวกเขาส่วนใหญ่ยอมจำนนต่อกองกำลังรัฐบาล^{[ 22 ] [ 23 ]}

ในช่วงทศวรรษ 1990 องค์กรความสามัคคีโรฮิงยาที่มีอาวุธครบมือเป็นผู้ก่อเหตุโจมตีเจ้าหน้าที่พม่าที่ประจำการอยู่บริเวณชายแดนบังกลาเทศ-เมียนมาร์เป็น หลัก ^{[ 24 ]}

ในปี พ.ศ. 2512 ความตึงเครียดทางการเมืองและความเป็นปรปักษ์อย่างเปิดเผยได้เกิดขึ้นระหว่างรัฐบาลฟิลิปปินส์และกลุ่มกบฏญิฮาด^{[ 25 ]}แนวร่วมปลดปล่อยแห่งชาติโมโร (MNLF) ก่อตั้งขึ้นโดยศาสตราจารย์นูร์ มิซูอารีแห่งมหาวิทยาลัยฟิลิปปินส์ เพื่อประณาม การสังหารชาวมุสลิมฟิลิปปินส์มากกว่า 60 คนและต่อมาได้กลายเป็นผู้รุกรานรัฐบาล ในขณะที่แนวร่วมปลดปล่อยอิสลามโมโร (MILF) ซึ่งเป็นกลุ่มแตกแยกจาก MNLF ก่อตั้งขึ้นเพื่อแสวงหารัฐอิสลามภายในฟิลิปปินส์ และมีแนวคิดหัวรุนแรงและก้าวร้าวมากกว่า ความขัดแย้งยังคงดำเนินต่อไป สถิติผู้เสียชีวิตจากความขัดแย้งนั้นแตกต่างกันไป โดยประมาณการอย่างระมัดระวังของโครงการข้อมูลความขัดแย้งอุปซาลาบ่งชี้ว่ามีผู้เสียชีวิตอย่างน้อย 6,015 คนในความขัดแย้งทางอาวุธระหว่างรัฐบาลฟิลิปปินส์กับ กลุ่ม ASG , BIFM, MILFและMNLFระหว่างปี 1989 ถึง 2012 ^{[ 26 ]} กลุ่ม อาบูซายาฟเป็นกลุ่มแบ่งแยกดินแดนอิสลามในฟิลิปปินส์ ตอนใต้ ก่อตั้งขึ้นในปี 1991 กลุ่มนี้เป็นที่รู้จักจากการลักพาตัวชาวตะวันตกและชาวฟิลิปปินส์ ซึ่งได้รับ เงิน ค่าไถ่ จำนวนมาก สมาชิกอาบูซายาฟบางคนเคยศึกษาหรือทำงานในซาอุดีอาระเบียและพัฒนาความสัมพันธ์กับสมาชิกมูจาฮิดีนในขณะที่ต่อสู้และฝึกฝนในสงครามต่อต้านการรุกรานอัฟกานิสถานของโซเวียต^{[ 27 ]}

ในช่วงสงครามบอสเนีย พ.ศ. 2535–2538 ชาวมุสลิมต่างชาติจำนวนมากเดินทางมายังบอสเนียในฐานะมูจาฮิดีน ชาวมุสลิมทั่วโลกที่เชื่อในลัทธิมูจาฮิดีนและเคารพผู้เขียนคำประกาศอิสลามได้ให้ความช่วยเหลือแก่ชาวมุสลิมด้วยกัน อาลียา อิเซตเบโกวิช ผู้เขียนคำประกาศอิสลามและในวัยหนุ่มเป็นผู้ประพันธ์บทกวี "เพื่อญิฮาด" ^{[ 28 ]}รู้สึกยินดีเป็นอย่างยิ่งกับการมีอยู่ของมูจาฮิดีนในบอสเนียและให้การสนับสนุนอย่างเต็มที่^{[ 29 ]}สมาชิกเอลมูจาฮิดอ้างว่าในบอสเนีย พวกเขาเคารพเฉพาะอาลียา อิเซตเบโกวิช และหัวหน้ากองทัพบอสเนียกองที่สาม ซากิบ มาห์มุลจิน เท่านั้น^{[ 30 ] [ 31 ]}รายงานข่าวในหนังสือพิมพ์ร่วมสมัยประเมินจำนวนอาสาสมัครชาวมุสลิมต่างชาติในบอสเนียไว้ที่ 4,000 คน^{[ 32 ]}การวิจัยในภายหลังประเมินว่าจำนวนอยู่ที่ประมาณ 400 คน^{[ 33 ]}พวกเขามาจากสถานที่ต่างๆ เช่นซาอุดีอาระเบียปากีสถานอัฟกานิสถานจอร์แดนอียิปต์อิรักและดินแดนปาเลสไตน์อ้างอิงจากบทสรุปของ^{คำพิพากษา} ของศาลอาญา ระหว่างประเทศสำหรับอดีตยูโกสลาเวีย : [ ^{34 ]}

หลักฐานแสดงให้เห็นว่าอาสาสมัครต่างชาติเดินทางมาถึงบอสเนียตอนกลางในช่วงครึ่งหลังของปี 1992 โดยมีเป้าหมายเพื่อช่วยเหลือชาวมุสลิม ส่วนใหญ่มาจากแอฟริกาเหนือตะวันออกใกล้ และตะวันออกกลาง อาสาสมัครต่างชาติเหล่านี้แตกต่างจากประชากรท้องถิ่นอย่างมาก ไม่เพียงแต่รูปลักษณ์ภายนอกและภาษาที่พวกเขาพูดเท่านั้น แต่ยังรวมถึงวิธีการต่อสู้ด้วย อาสาสมัครมุสลิมต่างชาติเหล่านี้ส่วนใหญ่รวมตัวกันเป็นหน่วยย่อยภายใต้กองพลมุสลิมที่ 7ซึ่งเป็นกองพลของกองทัพสาธารณรัฐบอสเนียและเฮอ ร์เซโกวี นา ตั้งอยู่ที่เมืองเซนิกาหน่วยย่อยอิสระนี้เรียกกันทั่วไปว่าเอล-มุดจาฮิดประกอบด้วยชาวต่างชาติทั้งหมด ไม่ใช่ชาวบอสเนีย (ในขณะที่กองพลมุสลิมที่ 7 ประกอบด้วยชาวบอสเนียพื้นเมืองทั้งหมด) และมีจำนวนอาสาสมัครประมาณ 300 ถึง 1,500 คนพันโท เอ็นเวอร์ ฮัดจิฮาซาโนวิช แห่งกองทัพบอสเนีย กองพลที่ 3ได้แต่งตั้ง มาห์มุต คาราลิช (ผู้บัญชาการ), อาซิม โคริซิช (เสนาธิการ) และ อามีร์ คูบูรา (ผู้ช่วยเสนาธิการฝ่ายปฏิบัติการและหลักสูตร) ​​เป็นผู้นำกลุ่ม

นักรบมูจาฮิดีนบางส่วนได้ลักลอบนำอาวุธและเงินเข้าประเทศ ซึ่งบอสเนียต้องการอย่างมากเนื่องจากสหประชาชาติได้ออกมาตรการคว่ำบาตรด้านอาวุธที่จำกัดการนำเข้าอาวุธไปยังสาธารณรัฐทั้งหมดของสหพันธ์สาธารณรัฐสังคมนิยมยูโกสลาเวียนักรบมูจาฮิดีนจำนวนมากเป็นมุสลิมที่เคร่งครัดใน นิกาย ซาลาฟีซึ่งแตกต่างอย่างสิ้นเชิงกับสังคมมุสลิมบอสเนีย ที่ค่อนข้างเป็นฆราวาส ทำให้เกิดความขัดแย้งระหว่างนักรบมูจาฮิดีนและชาวบอสเนีย

อาสาสมัครต่างชาติในบอสเนียถูกกล่าวหาว่าก่ออาชญากรรมสงครามระหว่างความขัดแย้ง ศาลอาญาระหว่างประเทศสำหรับอดีตยูโกสลาเวีย (ICTY) ไม่เคยออกคำฟ้องต่อนักรบมูจาฮิดีน แต่ ICTY กลับฟ้องผู้บัญชาการกองทัพบอสเนียบางคนโดยอาศัยความรับผิดทางอาญาของผู้บังคับบัญชา ICTY ยกฟ้อง Amir Kubura และ Enver Hadžihasanović จากกองทัพที่ 3 ของบอสเนียจากข้อกล่าวหาทั้งหมดที่เกี่ยวข้องกับเหตุการณ์ที่เกี่ยวข้องกับมูจาฮิดีน ยิ่งไปกว่านั้น คณะอุทธรณ์ยังตั้งข้อสังเกตว่าความสัมพันธ์ระหว่างกองทัพที่ 3 กับหน่วย El Mujahedin ไม่ใช่ความสัมพันธ์แบบอยู่ใต้บังคับบัญชา แต่กลับใกล้เคียงกับความเป็นปรปักษ์อย่างเปิดเผย เนื่องจากวิธีเดียวที่จะควบคุมหน่วยนี้ได้คือการโจมตีพวกเขาเสมือนเป็นกองกำลังศัตรูที่แตกต่างออกไป^{[ 35 ]}

ศาลอาญาระหว่างประเทศสำหรับอดีตยูโกสลาเวีย (ICTY) ตัดสินลงโทษRasim Delićอดีตหัวหน้าเสนาธิการกองทัพบอสเนีย ICTY พบว่า Delic มีอำนาจควบคุมหน่วย El Mujahid อย่างมีประสิทธิภาพ เขาถูกตัดสินจำคุก 3 ปี เนื่องจากไม่สามารถป้องกันหรือลงโทษการปฏิบัติอย่างโหดร้ายต่อทหารเซอร์เบีย 12 นายที่ถูกจับกุมโดยกลุ่มมูจาฮิดีน Delic ยังคงอยู่ในหน่วยกักขังระหว่างที่การอุทธรณ์ดำเนินอยู่^{[ 36 ]}

นักรบมูจาฮิดีนชาวบอสเนียบางคน เช่นอับเดลคาเดอร์ โมคทารี , ฟาเตห์ คาเมลและคาริม ซาอิด อัตมานีได้รับความสนใจอย่างมากทั้งในบอสเนียและจากรัฐบาลต่างประเทศต่างๆ พวกเขาล้วนเป็นอาสาสมัครจากแอฟริกาเหนือที่มีความสัมพันธ์อันแน่นแฟ้นกับ กลุ่ม อิสลามหัวรุนแรงทั้งก่อนและหลังสงครามบอสเนีย

ในปี 2558 อดีตรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสิทธิมนุษยชนและรองประธานาธิบดีสหพันธ์บอสเนียและเฮอร์เซโกวีนา Mirsad Kebo ได้กล่าวถึงอาชญากรรมสงครามจำนวนมากที่มูจาฮิดีนกระทำต่อชาวเซิร์บในบอสเนีย และความเชื่อมโยงกับเจ้าหน้าที่มุสลิมทั้งในอดีตและปัจจุบัน รวมถึงอดีตและปัจจุบันประธานาธิบดีสหพันธ์และประธานรัฐสภา โดยอ้างอิงจากบันทึกสงครามและหลักฐานเอกสารอื่นๆ เขาได้ให้การต่ออัยการสหพันธ์บอสเนียและเฮอร์เซโกวีนา^{[ 37 ] [ 38 ] [ 39 ] [ 40 ]}

คำว่ามูจาฮิดีนมักถูกใช้เพื่อหมายถึงนักรบแบ่งแยกดินแดนทั้งหมดในกรณีของสงครามเชเชเนียครั้งที่หนึ่งและ ครั้งที่สอง ในบทความนี้ คำนี้หมายถึงนักรบต่างชาติที่ไม่ใช่ชาวคอเคซัสที่เข้าร่วมกับฝ่ายแบ่งแยกดินแดนเพื่อญิฮาดพวกเขามักถูกเรียกว่าอันซาร์ (ผู้ช่วยเหลือ) ในเอกสารที่เกี่ยวข้องกับความขัดแย้งนี้ เพื่อป้องกันความสับสนกับนักรบพื้นเมือง

นักรบต่างชาติมีบทบาทในสงครามเชเชเนียทั้งสองครั้ง หลังจากการล่มสลายของสหภาพโซเวียตและการประกาศเอกราชของเชเชเนียนักรบต่างชาติเริ่มเข้ามาในภูมิภาคและเข้าร่วมกับกลุ่มกบฏท้องถิ่น (โดยเฉพาะอย่างยิ่งชามิล บาซาเยฟ ) นักรบต่างชาติหลายคนเป็นทหารผ่านศึกจากสงครามโซเวียต-อัฟกานิสถานนักรบต่างชาติยังให้การสนับสนุนทางการเงินอย่างมากแก่ฝ่ายแบ่งแยกดินแดน ด้วยการเข้าถึงความมั่งคั่งมหาศาลของ องค์กรการกุศล ซาลาฟิสต์เช่นอัล-ฮาราเมนพวกเขาจึงกลายเป็นแหล่งเงินทุนที่ล้ำค่าสำหรับขบวนการต่อต้านเชเชเนีย ซึ่งมีทรัพยากรของตนเองน้อยมาก

นักรบมูจาฮิดีนส่วนใหญ่ตัดสินใจอยู่ต่อในเชชเนียหลังจากการถอนกำลังทหารรัสเซีย ในปี 1999 นักรบต่างชาติมีบทบาทสำคัญในการรุกรานดาเกสถานของ ชาวเชเชนที่ล้มเหลว ซึ่งพวกเขาพ่ายแพ้อย่างราบคาบและถูกบังคับให้ถอยกลับไปยังเชชเนีย การรุกรานครั้งนี้เป็นข้ออ้างให้รัฐบาลรัสเซียชุดใหม่เข้าแทรกแซง กองกำลังภาคพื้นดินของรัสเซียจึงบุกเชชเนียอีกครั้งในปี 1999

กลุ่มแบ่งแยกดินแดนประสบความสำเร็จน้อยลงในสงครามเชเชเนียครั้งที่สอง เจ้าหน้าที่รัสเซียอ้างว่ากลุ่มแบ่งแยกดินแดนพ่ายแพ้ตั้งแต่ปี 2002 แล้ว นอกจากนี้ รัสเซียยังประสบความสำเร็จในการสังหารผู้นำมูจาฮิดีนที่มีชื่อเสียงที่สุด โดยเฉพาะอย่างยิ่งอิบนุ อัล-คัตตาบและอบู อัล-วาลิด

แม้ว่าภูมิภาคนี้จะไม่ได้มีเสถียรภาพมาตั้งแต่ตอนนั้น แต่กิจกรรมแบ่งแยกดินแดนก็ลดลง แม้ว่าจะมีนักรบต่างชาติบางส่วนยังคงเคลื่อนไหวอยู่ในเชชเนียก็ตาม ในช่วงปลายปี 2550 อิทธิพลของนักรบต่างชาติก็ปรากฏชัดอีกครั้ง เมื่อด็อกกา อูมารอฟ ประกาศจัดตั้งรัฐอิสลามคอเคซัส ซึ่งเป็นรัฐอิสลาม ทั่วคอเคซัสที่กลุ่มมูจาฮาดีน คอเคซัส กำลังต่อสู้เพื่อแย่งชิง โดยเชชเนียจะเป็นจังหวัดหนึ่งของรัฐนี้ การกระทำนี้ทำให้เกิดความแตกแยกในขบวนการต่อต้านระหว่างผู้ที่สนับสนุนรัฐอิสลามและผู้ที่ต้องการรักษาไว้ซึ่งสาธารณรัฐเชชเนียแห่งอิชเคเรีย

ในอินเดียกลุ่มที่เรียกตัวเองว่าIndian Mujahideenได้ปรากฏตัวขึ้นในปี 2008 พร้อมกับการโจมตีของผู้ก่อการร้ายขนาดใหญ่หลายครั้ง เมื่อวันที่ 26 พฤศจิกายน 2008 กลุ่มที่เรียกตัวเองว่าDeccan Mujahideenได้อ้างความรับผิดชอบต่อการโจมตีหลายครั้งทั่วเมืองมุมไบ Weekly Standardอ้างว่า "หน่วยข่าวกรองของอินเดียเชื่อว่า Indian Mujahideen เป็นกลุ่มหน้าฉากที่สร้างขึ้นโดยLashkar-e-TaibaและHarkat-ul-Jihad-al-Islamiเพื่อทำให้ผู้สืบสวนสับสนและปกปิดร่องรอยของStudents Islamic Movement of Indiaหรือ SIMI ซึ่งเป็นขบวนการอิสลามหัวรุนแรงที่มีเป้าหมายในการสถาปนาระบอบอิสลามเหนืออินเดีย^{[ 43 ]}ในรัฐชัมมูและแคชเมียร์ ของอินเดีย กลุ่มแบ่งแยกดินแดนชาวมุสลิมแคชเมียร์ที่ต่อต้านการปกครองของอินเดีย มักถูกเรียกว่ามูจาฮิดีนสมาชิกของขบวนการซาลาฟี (ภายในศาสนาอิสลามนิกายซุนนี ) ในรัฐ เกรละทางตอนใต้ของอินเดียถูกเรียกว่า "มูจาฮิด" ^{[ 44 ]}

กลุ่มติดอาวุธหลายกลุ่มมีส่วนร่วมในสงครามในปากีสถานตะวันตกเฉียงเหนือ โดยเฉพาะอย่างยิ่งTehrik-i-Taliban Pakistan , Al QaedaและISIS Khorasan Provinceกลุ่มเหล่านี้เรียกตัวเองว่ามูจาฮิดีนในการทำสงครามกับกองทัพปากีสถานและตะวันตก กลุ่มติดอาวุธหลายกลุ่มยังได้หยั่งรากในแคชเมียร์ที่อยู่ภายใต้การควบคุมของปากีสถาน กลุ่มที่โดดเด่นที่สุด ได้แก่Lashkar-e-Taiba (LeT), Jaish-e-Mohammed (JeM), Jammu and Kashmir Liberation Front (JKLF), Hizbul MujahideenและHarkat-ul-Mujahideen (HuM) ^{[ 45 ]}รายงานปี 1996 โดยHuman Rights Watchประเมินจำนวนมูจาฮิดีนที่ยังคงปฏิบัติการอยู่ไว้ที่ 3,200 คน^{[ 46 ]}

ในบังกลาเทศองค์กรJamaat-ul-Mujahideenเป็น องค์กร อิสลามที่ถูกรัฐบาลบังกลาเทศ สั่งห้ามอย่างเป็นทางการ ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2548 หลังจากการโจมตีNGO องค์กรดังกล่าวตอบโต้กลับในช่วงกลางเดือนสิงหาคม โดยจุดระเบิด 500 ลูกใน 300 แห่งทั่วบังกลาเทศ^{[ 47 ]}

สภาชูรามูจาฮิดีนในบริเวณรอบกรุงเยรูซาเลม (MSC) ได้รับการกำหนดให้เป็นองค์กรก่อการร้ายต่างประเทศ (FTO) โดยกระทรวงการต่างประเทศของสหรัฐอเมริกา^{[ 60 ]}

เมื่อวันที่ 12 พฤศจิกายน 2018 กระทรวงการต่างประเทศสหรัฐฯ ได้ขึ้นบัญชีดำกลุ่ม Al-Mujahidin Brigades (AMB) เนื่องจากถูกกล่าวหาว่ามี ความเกี่ยวข้องกับกลุ่ม ฮิซบอลลาห์รวมถึงห้าม Jawad Nasrallah บุตรชายของSayyed Hassan Nasrallah ผู้นำกลุ่มฮิซบอลลาห์ที่ได้รับการสนับสนุนจากอิหร่านในเลบานอน ใช้ระบบการเงินของสหรัฐฯ และยังกล่าวหาว่าเขาเป็นผู้ก่อการร้ายที่มีหลักฐานว่ามีส่วนเกี่ยวข้องกับการโจมตีอิสราเอลในเขตเวสต์แบงก์^[ 61 ^]มีรายงานในอิสราเอลว่า AMB เคยมีความเชื่อมโยงกับ^{กลุ่ม} Fatahมากกว่ากลุ่มHamas ^{[ 62 ]}