นักบุญแพทริกได้รับที่ดินจากหัวหน้าเผ่าไดร์ บนเนินเขาที่ชื่อว่าอาร์ด-มาชา (ยอดเขามาชา) และได้สร้างโบสถ์หินบนยอดเขา รวมถึงอารามและสิ่งก่อสร้างทางศาสนาอื่นๆ และตั้งสถานที่แห่งนี้เป็นศูนย์กลางการปกครองของท่านนอกจากนี้ ท่านยังก่อตั้งโรงเรียนในสถานที่เดียวกัน ซึ่งในไม่ช้าก็มีชื่อเสียงและดึงดูดนักเรียนนับพันคน ในเวลาต่อมา คณะสงฆ์อื่นๆ ก็เข้ามาตั้งถิ่นฐานในอาร์มาห์ เช่น คณะคัลดีส์ ซึ่งสร้างอารามที่นั่นในศตวรรษที่ 8

เมืองอาร์มาห์จึงเป็นเพียงสถานที่ประกอบพิธีกรรมทางศาสนามาจนถึงยุคปัจจุบัน ประมาณปี ค.ศ. 448 นักบุญแพทริก โดยความช่วยเหลือจากเซคุนดินัสและออซิลิอุสศิษย์สองคนของท่าน ได้จัดประชุมสภาศาสนาขึ้นที่อาร์มาห์ ซึ่งบทบัญญัติบางส่วนยังคงหลงเหลืออยู่จนถึงปัจจุบัน หนึ่งในนั้นระบุไว้อย่างชัดเจนว่า คดีที่เกี่ยวกับมโนธรรมที่ยากลำบากทั้งหมดควรส่งไปให้พระอัครสังฆราชแห่งอาร์มาห์พิจารณา และหากยากเกินกว่าที่พระอัครสังฆราชและที่ปรึกษาของท่านจะจัดการได้ ก็ควรส่งต่อไปยังสำนักวาติกันแห่งโรม ในสมัยไอร์แลนด์ อำนาจสูงสุดของอาร์มาห์ถูกตั้งคำถามโดยศูนย์กลางสำคัญทางตอนใต้ของศาสนจักรไอร์แลนด์ที่เมืองคาเชลเท่านั้น

เป็นเวลาหลายศตวรรษที่บรรดาพระสังฆราชเคยชินกับการเดินทางและเยี่ยมเยียนไปทั่วทุกส่วนของประเทศเพื่อเก็บภาษี ธรรมเนียมนี้เรียกว่า "การเก็บภาษีปศุสัตว์" หรือ "กฎหมายของนักบุญแพทริก" เริ่มต้นในปี 734 ในสมัยของพระสังฆราชคองกัสและดำเนินต่อไปจนกระทั่งหลังจาก การรุกรานของชาว แคมเบรียน-นอร์ มัน แต่ก็ยุติลงทันทีที่พระสังฆราชชาวนอร์มันขึ้นครองบัลลังก์ มีกษัตริย์สองพระองค์ที่ทรงให้การรับรอง คือ พระเจ้าเฟลิมแห่งมุนสเตอร์ ในปี 822 และพระเจ้าไบรอัน โบรูในปี 1006 บันทึกการรับรองของพระเจ้าไบรอัน โบรูนั้นถูกเก็บรักษาไว้ในหนังสือแห่งอาร์มาห์ในลายมือของบาทหลวงประจำตัวของพระเจ้าไบรอัน โบรู เพื่อเพิ่มความศักดิ์สิทธิ์ให้กับการเดินทางเก็บภาษี บรรดาพระสังฆราชมักจะนำศาลเจ้าของนักบุญแพทริกไปด้วย และโดยทั่วไปแล้วการเดินทางของพวกเขาก็ประสบความสำเร็จอย่างแน่นอน ดูเหมือนว่าการรวบรวมสิ่งของเหล่านี้จะเกิดขึ้นในช่วงเวลาที่ไม่สม่ำเสมอ และน่าจะมีจุดประสงค์เพื่อบำรุงรักษาโรงเรียนที่มีชื่อเสียงของอาร์มาห์ ซึ่งว่ากันว่าครั้งหนึ่งเคยมีนักเรียนถึง 7,000 คน รวมถึงการบูรณะซ่อมแซมโบสถ์และอาคารทางศาสนาอื่นๆ ที่มักจำเป็นต้องทำเมื่อถูกทำลายด้วยไฟไหม้หรือถูกปล้นสะดมในสงคราม พงศาวดารของชาวไอริชบันทึกไว้ว่าเมืองนี้ถูกเผาทำลายไม่น้อยกว่าสิบเจ็ดครั้ง ไม่ว่าจะเป็นบางส่วนหรือทั้งหมด เมืองนี้ถูกปล้นสะดมหลายครั้งโดยชาวเดนมาร์ก และนักบวชถูกขับไล่ออกจากเมือง นอกจากนี้ยังถูกปล้นสะดมในช่วงการพิชิตอัลสเตอร์โดยชาวแคมโบร-นอร์มัน ด้วย

การยึดอำนาจการปกครองของอาร์มาห์โดยฆราวาสในศตวรรษที่ 11 ได้รับความสนใจอย่างมากเนื่องจากการประณามของนักบุญเบอร์นาร์ด ใน "ชีวประวัติของ นักบุญมาลาคี " แต่การละเมิดดังกล่าวก็ไม่ได้เกิดขึ้นโดยปราศจากกรณีตัวอย่างในทวีปยุโรป หัวหน้าเผ่าในดินแดนที่อาร์มาห์ตั้งอยู่ได้แย่งชิงตำแหน่งและผลประโยชน์ทางโลกของการปกครอง และมอบหมายให้ผู้แทนปฏิบัติหน้าที่ทางศาสนา การละเมิดนี้ดำเนินต่อไปแปดชั่วอายุคน จนกระทั่งเซลลาค หรือที่รู้จักกันในนาม นักบุญ เซลซัส (ค.ศ. 1105–1129) ซึ่งเข้ามาในฐานะฆราวาส ได้รับการแต่งตั้งเป็นบิชอปและปกครองด้วยปัญญาอันยิ่งใหญ่

ในปี ค.ศ. 1111 พระองค์ทรงจัดประชุมใหญ่ที่ฟิอาด-มิค-แองกัส ซึ่งมีบิชอป 50 องค์ บาทหลวง 300 คน และนักบวชอื่นๆ อีก 3,000 คน รวมทั้งมูร์โรห์ โอไบรอันกษัตริย์แห่งไอร์แลนด์ใต้ และขุนนางของพระองค์เข้าร่วมด้วย ในช่วงที่พระองค์ดำรงตำแหน่ง อารามนักบุญปีเตอร์และนักบุญพอลที่อาร์มาห์ได้รับการก่อตั้งขึ้นใหม่โดยอิมาร์ อาจารย์ผู้ทรงความรู้ของนักบุญมาลาคี นี่เป็นสถานประกอบการแห่งแรกในไอร์แลนด์ที่คณะนักบวชประจำนักบุญออกัสตินได้เข้ามามีส่วนร่วม ต่อมาโรลี โอคอนเนอร์กษัตริย์สูงสุดแห่งไอร์แลนด์ได้พระราชทานเงินบำนาญประจำปีสำหรับโรงเรียนสาธารณะแก่อารามแห่งนี้

หลังจากนั้นไม่นาน เซลซัสก็ได้รับการสืบทอดตำแหน่งโดยนักบุญมาลาคี โอ'มอร์แกร์ (ค.ศ. 1134–1137) ซึ่งต่อมาต้องเผชิญกับความยากลำบากมากมายในการพยายามปฏิรูปสังฆมณฑล ท่านลาออกจากตำแหน่งหลังจากสามปีและเกษียณไปอยู่ที่สังฆมณฑลดาวน์ในปี ค.ศ. 1139 ท่านเดินทางไปโรมและขอผ้าคลุมไหล่จากพระสันตะปาปาถึงสองผืน ผืนหนึ่งสำหรับสังฆมณฑลอาร์มาห์ และอีกผืนหนึ่งน่าจะเป็นสำหรับสังฆมณฑลใหม่แห่งคาเชล ในปีต่อมาท่านได้นำคณะซิสเตอร์เชียนเข้ามาในไอร์แลนด์ตามคำแนะนำของนักบุญเบอร์นาร์ด ท่านเสียชีวิตที่แคลร์โวซ์ระหว่างการเดินทางไปโรมครั้งที่สอง นักบุญมาลาคีได้รับการยกย่องให้เป็นนักบุญอุปถัมภ์ของสังฆมณฑล

เจลาเซียสสืบทอดตำแหน่งต่อจากเขา และในระหว่างดำรงตำแหน่งอันยาวนานถึงสามสิบเจ็ดปี ได้จัดการประชุมสังคายนาที่สำคัญหลายครั้ง ซึ่งนำไปสู่การปฏิรูปครั้งใหญ่ ในการประชุมสังคายนาที่เมืองเคลล์ส ซึ่งจัดขึ้นในปี 1152 และมี พระคาร์ดินัลปาปาโรเป็นประธานเจลาเซียส ผู้แทนของพระสันตะปาปา ได้รับผ้าคลุมไหล่ (pallium) และในเวลาเดียวกัน ผ้าคลุมไหล่อีกสามผืนก็ถูกส่งมอบให้กับเขตมหานครแห่งใหม่ ได้แก่ดับลินแคเชลและทูอัม

ผู้สืบทอดตำแหน่งของเจลาเซียสในสังฆมณฑล คือ คอร์เนลิอุส แมค คอนไคย์ ซึ่งเสียชีวิตที่ชอมเบรีในปีถัดมา ระหว่างการเดินทางไปโรม และได้รับการยกย่องนับถือเป็นนักบุญในท้องถิ่นนั้นนับตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา ต่อมา กิลเบิร์ต โอ'คารัน (ค.ศ. 1175–1180) ได้ขึ้นดำรงตำแหน่งต่อจากเขา ในช่วงที่เขาดำรงตำแหน่ง สังฆมณฑลได้รับความเสียหายอย่างหนักจากการรุกรานของชาวแองโกล-นอร์มัน วิลเลียม ฟิตซ์-อัลเดลม์ ปล้นสะดมเมืองอาร์มาห์และนำไม้เท้าของนักบุญแพทริก ซึ่งเรียกว่า "ไม้เท้าของพระเยซู" ไป ผู้สืบทอดตำแหน่งของโอ'คารัน คือโทมัส โอ'คอนเนอร์ (ค.ศ. 1181–1201) ในปีถัดจากที่สมเด็จ พระสันตะปาปาลูเซี ยสที่ 3 ขึ้น ดำรง ตำแหน่งพระองค์ทรงพยายามยกเลิกธรรมเนียมเก่าแก่ของชาวไอริชที่บรรดาประมุขแห่งคริสตจักรอ้างสิทธิ์ในการเดินทางตรวจเยี่ยมเยียนอย่างเป็นทางการในจังหวัดเลนสเตอร์เช่นเดียวกับจังหวัดทูอัมและมุนสเตอร์ พระราชโองการของพระสันตะปาปาที่ออกมานั้นระบุว่า ห้ามมิให้พระอัครสังฆราชหรือพระสังฆราชองค์ใดจัดการประชุมหรือศาลศาสนาในเขตสังฆมณฑลดับลิน หรือพิจารณาคดีความและกิจการทางศาสนาของเขตสังฆมณฑลดังกล่าว โดยปราศจากความยินยอมของพระอัครสังฆราชแห่งดับลิน หากพระอัครสังฆราชองค์นั้นประทับอยู่ในเขตปกครองของตน เว้นแต่จะได้รับอนุญาตเป็นพิเศษจากสำนักพระสันตะปาปาหรือผู้แทนพระสันตะปาปา พระราชโองการนี้ได้วางรากฐานของการโต้แย้งที่รุนแรงและยืดเยื้อระหว่างพระอัครสังฆราชแห่งอาร์มาห์และแห่งดับลิน เกี่ยวกับสิทธิอำนาจสูงสุดของพระอัครสังฆราชองค์แรกในการมีไม้กางเขนนำหน้าและพิจารณาคดีความทางศาสนาในเขตสังฆมณฑลของพระอัครสังฆราชองค์หลัง อย่างไรก็ตาม การโต้แย้งนี้ไม่ควรสับสนกับการโต้แย้งเกี่ยวกับอำนาจสูงสุด ซึ่งเกิดขึ้นในศตวรรษที่ 17 เท่านั้น

เนื่องจากนักผจญภัยชาวแองโกล-นอร์มันกลุ่มแรกที่เข้ามาในไอร์แลนด์ไม่ลังเลที่จะปล้นสะดมโบสถ์และอารามต่างๆ ทำให้เมืองอาร์มาห์ได้รับความเสียหายอย่างมากจากการปล้นสะดมเหล่านั้น เมื่อกษัตริย์อังกฤษเข้ามามีอำนาจในประเทศ พวกเขาก็เริ่มแทรกแซงการเลือกตั้งบิชอป และเกิดการแข่งขันระหว่างกษัตริย์จอห์นและสมเด็จพระสันตะปาปาอินโนเซนต์ที่ 3เกี่ยวกับยูจีน แมคกิลลาเวียร์ ผู้ได้รับเลือกให้ดำรงตำแหน่งประมุขแห่งคริสตจักรในปี 1203 บิชอปผู้นี้ได้เข้าร่วม การประชุม สภาลาเตรานครั้งที่ 4ในปี 1215 และเสียชีวิตที่กรุงโรมในปีถัดมา กษัตริย์อังกฤษยังเริ่มอ้างสิทธิ์ในทรัพย์สินของสังฆมณฑลในช่วงที่ตำแหน่งว่างลง และยืนกรานให้บิชอปที่ได้รับเลือกใหม่ฟ้องร้องพวกเขาอย่างนอบน้อมเพื่อขอคืนทรัพย์สินเหล่านั้น

ประมุขเรจินัลด์ (ค.ศ. 1247–1256) ซึ่งเป็นนักบวช คณะโดมินิกัน ได้รับพระราชทานคำสั่งจากพระสันตะปาปาให้รวมเขตปกครองลูธเข้ากับสังฆมณฑลอาร์มาห์ ประมุขแพทริก โอสแคนลัน (ค.ศ. 1261–1270) ซึ่งเป็นนักบวชคณะโดมินิกันเช่นกัน ได้บูรณะมหาวิหารอาร์มาห์ขึ้นใหม่เป็นส่วนใหญ่ และก่อตั้งสำนักสำหรับ นักบวชคณะฟราน ซิสกันในเมืองนั้น ประมุขนิโคลัส แมคมาเอลิซู (ค.ศ. 1272–1302) ได้จัดการประชุมใหญ่ของบรรดาบิชอปและนักบวชแห่งไอร์แลนด์ที่เมืองทูอัมในปี ค.ศ. 1291 ซึ่งพวกเขาได้ให้คำสาบานอย่างเคร่งครัดว่าจะต่อต้านการรุกรานของอำนาจทางโลก ประมุขริชาร์ด ฟิตซ์-ราล์ฟ (ค.ศ. 1346–1360) ได้โต้แย้งอย่างเปิดเผยทั้งในไอร์แลนด์และอังกฤษกับคณะนักบวชขอทานในประเด็นเรื่องคำปฏิญาณและสิทธิพิเศษของพวกเขา

การแข่งขันเพื่อแย่งชิงตำแหน่งประมุขแห่งอาร์มาห์เกิดขึ้นเป็นระยะๆ ตลอดหลายศตวรรษที่ผ่านมา โดยอาร์ชบิชอปแห่งดับลินและแคเชลโดยเฉพาะอย่างยิ่งแห่งดับลิน เนื่องจากเมืองดับลินเป็นเมืองหลวงของราชอาณาจักร ในช่วงยุคอังกฤษปกครอง บรรดาประมุขแห่งคริสตจักรไม่ค่อยได้ไปเยือนเมืองอาร์มาห์ แต่เลือกที่จะพำนักอยู่ที่คฤหาสน์ของอาร์ชบิชอปแห่งดรอมิสกินและเทอร์มอนเฟชัน ในเขตลูธ ซึ่งอยู่ในเขตเพล (Pale) ในรัชสมัยของพระเจ้าเฮนรีที่ 8 ประมุขแห่งคริ สตจักรโครเมอร์ถูกสงสัยว่านอกรีตโดยสำนักวาติกัน จึงถูกปลดออกจากตำแหน่งและแต่งตั้งโรเบิร์ต วอชอป (ค.ศ. 1539–1551) นักเทววิทยาผู้มีชื่อเสียง ซึ่งมีส่วนร่วมในสภาเทรนต์ ขึ้นมาแทนที่ ในขณะเดียวกันจอร์จ ดาวดอลผู้สนับสนุนพระเจ้าเฮนรีอย่างกระตือรือร้น ได้รับการแต่งตั้งให้เป็น ประมุขแห่ง คริสตจักรแห่งไอร์แลนด์ แห่งอาร์ มาห์โดยพระมหากษัตริย์พระองค์นั้น แต่เมื่อมีการนำหนังสือสวดมนต์ทั่วไป (Book of Common Prayer) มาใช้ ในรัชสมัยของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 6เขาก็ออกจากไอร์แลนด์ด้วยความไม่พอใจ ในช่วงต้นรัชสมัยของสมเด็จพระราชินีนาถแมรีที่ 1ดาวดอลล์ (ค.ศ. 1553–1558) ได้รับการแต่งตั้งอย่างเป็นทางการจากพระสันตะปาปาเนื่องจากความกระตือรือร้นอย่างมากที่เขาแสดงออกในการต่อต้านลัทธิโปรเตสแตนต์ เขาดำรงตำแหน่งได้เพียงสามเดือนเท่านั้น

หลังจากที่โดนาห์ โอ'ไทจ์ ดำรงตำแหน่งได้ไม่นาน (ค.ศ. 1560–62) ตำแหน่งก็ตกเป็นของริชาร์ด เครก (ค.ศ. 1564–85) ชาวเมืองลิเมอริก เขาถูกจับกุมและคุมขังในหอคอยแห่งลอนดอน อย่างถูกต้องตามกฎหมาย ที่นั่นเขาถูกสอบสวนตามกระบวนการยุติธรรมและถูกปล่อยให้ทุกข์ทรมานในคุกเป็นเวลาหลายปีจนกระทั่งเสียชีวิต เอ็ดเวิร์ด แมคกอแรน ผู้สืบทอดตำแหน่งต่อจากเขา (ค.ศ. 1587–94) มีบทบาทอย่างมากในการขอความช่วยเหลือจากพระสันตะปาปาและพระเจ้าฟิลิปที่ 2 แห่งสเปนสำหรับชาวไอริชที่กำลังต่อสู้กับราชวงศ์อังกฤษในขณะนั้น หลังจากนั้นแปดปี แมคกอแรนก็ถูกสืบทอดตำแหน่งโดยปีเตอร์ ลอมบาร์ด (ค.ศ. 1601–25) (ไม่ควรสับสนกับปีเตอร์ ลอมบาร์ดบิชอปแห่งปารีสในยุคกลาง) เขาใช้ชีวิตลี้ภัยอยู่ในกรุงโรมตลอดระยะเวลา 24 ปีที่ดำรงตำแหน่ง และไม่เคยไปเยี่ยมเยียนเขตปกครองของตนเลยแม้แต่ครั้งเดียว

ฮิวจ์ แมคคาวเว ลล์ นักบวช ฟรานซิสกันได้รับการอภิเษกเป็นประมุขแห่งคริสตจักรนิกายโรมันคาทอลิกในต่างประเทศในปี 1626 แต่เสียชีวิตก่อนที่จะได้เดินทางไปถึงที่นั่นฮิวจ์ โอ'ไรลีย์ประมุขแห่งคริสตจักรนิกายโรมันคาทอลิกคนต่อไป (1628–1653) มีบทบาทอย่างมากในขบวนการทางการเมืองในยุคของเขา ในช่วงเวลาแห่งความวุ่นวายหลังจากการกบฏของชาวไอริชในปี 1641ในปี 1642 เขาได้เรียกประชุมบิชอปและนักบวชแห่งอัลสเตอร์ที่เมือง เคลล์ สซึ่งใน ที่ประชุมนั้นได้ประกาศว่า สงครามที่ชาวไอริชกำลังทำอยู่นั้นเป็นสิ่งที่ถูกต้องตามกฎหมายและเป็นไปตามหลักศาสนา เขาได้มีบทบาทสำคัญในสมาพันธ์ชาวไอริชแห่งคิลเคนนีและได้รับการแต่งตั้งเป็นสมาชิกของสภาสูงสุดซึ่งประกอบด้วยบุคคล 24 คน ที่ทำหน้าที่ปกครองประเทศในนามของพระเจ้าชาร์ลส์ที่ 1ในช่วงการพิชิตไอร์แลนด์ของครอมเวลล์ (1649–1653) ไอร์แลนด์ถูกยึดครองคืนโดยกองกำลังรัฐสภาอังกฤษ ซึ่งเป็นปฏิปักษ์ต่อศาสนาคาทอลิกอย่างมาก หลังจากผู้นำชาวไอริชที่นับถือนิกายโรมันคาทอลิกส่วนใหญ่พ่ายแพ้ เสียชีวิต หรือถูกเนรเทศ เขาก็ได้รับการเลือกตั้งให้เป็นผู้บัญชาการกองกำลังโรมันคาทอลิกอย่างเป็นทางการตลอดช่วงเวลาที่เหลือของความขัดแย้ง

เอ็ดมุนด์ โอ'ไรลีย์ (ค.ศ. 1657–1669) สืบทอดตำแหน่งต่อจากเขา แต่เนื่องจากความยากลำบากในสมัยนั้น ทำให้เขาสามารถดำรงตำแหน่งในสังฆมณฑลได้เพียงสองปีจากทั้งหมดสิบสองปี เขาถูกเนรเทศถึงสี่ครั้ง ตลอดช่วงเวลาที่เขาอยู่ในสังฆมณฑล เขาหลบซ่อนตัวอยู่ในป่าและถ้ำ และไม่เคยมีที่นอนนอกจากเสื้อคลุมที่คลุมบนฟาง เขาคัดค้านปีเตอร์ วาเลเซียส วอลช์ผู้เขียน "คำร้องแสดงความจงรักภักดี" (ค.ศ. 1661, 1672) ต่อพระเจ้าชาร์ลส์ที่ 2และเสียชีวิตในฝรั่งเศสขณะถูกเนรเทศ

ประมุขคนต่อไปคือโอลิเวอร์ พลันเก็ตต์ (ค.ศ. 1669–1681) ไม่นานหลังจากขึ้นดำรงตำแหน่ง เขาก็มีหน้าที่ปกป้องสิทธิของประมุขแห่งอาร์มาห์จากการอ้างสิทธิ์ของอาร์คบิชอปปีเตอร์ ทัลบอต แห่ง ดับลิน ในการประชุมของคณะสงฆ์โรมันคาทอลิกในดับลินในปี ค.ศ. 1670 ประมุขทั้งสองต่างปฏิเสธที่จะลงนามต่อจากอีกฝ่าย พลันเก็ตต์จึงเขียนงานเกี่ยวกับสิทธิและอำนาจพิเศษโบราณของสังฆมณฑลของเขา ซึ่งตีพิมพ์ในปี ค.ศ. 1672 ในชื่อJus Primatiale; หรือ ความสำคัญสูงสุดโบราณของสังฆมณฑลอาร์มาห์เหนืออาร์คบิชอปอื่น ๆ ในราชอาณาจักรไอร์แลนด์ ซึ่งยืนยันโดยคำสาบาน พลันบอตตอบโต้สองปีต่อมาในวิทยานิพนธ์ชื่อPrimatus Dublinensis; หรือ เหตุผลหลักที่คริสตจักรแห่งดับลินใช้ในการครอบครองและดำเนินคดีสิทธิของตนในฐานะประมุขแห่งไอร์แลนด์ การกดขี่ข่มเหงอย่างรุนแรงทำให้ข้อโต้แย้งสงบลงไปชั่วระยะหนึ่ง และบรรดาผู้นำทางศาสนาในยุคต่อมาก็แสดงอำนาจของตนในดับลินเป็นครั้งคราว

ในปี ค.ศ. 1719 พระราชดำรัสสองฉบับของสมเด็จพระสันตะปาปาเคลเมนต์ที่ 11สนับสนุนข้อเรียกร้องของอาร์มาห์ อย่างไรก็ตาม ในทางปฏิบัติ สิทธิของประมุขแห่งคริสตจักรได้เสื่อมถอยลงในไอร์แลนด์ เช่นเดียวกับในส่วนอื่นๆ ของคริสตจักร ในปี ค.ศ. 1679 โอลิเวอร์ พลันเก็ตต์ถูกจับกุมในข้อหาสมคบคิดนำชาวฝรั่งเศส 20,000 คนเข้ามาในประเทศ และเรียกเก็บเงินจากคณะสงฆ์เพื่อเลี้ยงดูชาย 70,000 คนสำหรับการก่อกบฏติดอาวุธต่อต้านพระมหากษัตริย์ หลังจากถูกคุมขังในปราสาทดับลินเป็นเวลาหลายเดือน เขาถูกนำตัวขึ้นศาลในข้อหาเหล่านี้และข้อหาอื่นๆ ที่ดันดอล์กแต่คณะลูกขุน แม้จะเป็นโปรเตสแตนต์ทั้งหมด ก็ปฏิเสธที่จะตัดสินว่าเขามีความผิด อย่างไรก็ตาม สถานที่พิจารณาคดีของเขาถูกเปลี่ยนไปที่ลอนดอน ซึ่งเขาถูกพิจารณาคดีโดยคณะลูกขุนก่อนที่เขาจะสามารถรวบรวมพยานและนำพวกเขามาได้ แม้ว่าเขาจะร้องขอต่อผู้พิพากษาแล้วก็ตาม พยานหลักที่ให้การปรักปรำเขาคือบรรดาบาทหลวงและนักบวชจากเมืองอาร์มาห์ ซึ่งเขาเคยตำหนิและสั่งพักงานเนื่องจากพฤติกรรมที่ถูกกล่าวหา เขาถูกลากไปบนเลื่อนไปยังไทเบิร์นในวันที่ 1 กรกฎาคม ค.ศ. 1681 ที่นั่นเขาถูกแขวนคอ ตัดศีรษะ และผ่าร่างเป็นสี่ส่วนต่อหน้าฝูงชนจำนวนมหาศาล ศีรษะของเขายังคงอยู่ในสภาพดี และสามารถชมได้จนถึงทุกวันนี้ในโบสถ์เซนต์ปีเตอร์ ถนนเวสต์ เมืองดรอเกดา

โดมินิก แม็กไกวร์ (ค.ศ. 1683–1707) นักบวชคณะโดมินิกัน ขึ้นดำรงตำแหน่งต่อจากโอลิเวอร์ พลันเก็ต หลังจากที่พลันเก็ตเสียชีวิต พลันเก็ตต้องลี้ภัยหลังจากเมืองลิเมอริกยอมจำนนในปี ค.ศ. 1691 และใช้ชีวิตอย่างยากลำบากตลอด 16 ปีระหว่างนั้นจนถึงวาระสุดท้ายของชีวิต ในระหว่างนั้น ตำแหน่งบิชอปแห่งอาร์มาห์ได้รับการดูแลโดยแพทริก ดอนเนลลี บาทหลวงประจำสังฆมณฑล ซึ่งต่อมาในปี ค.ศ. 1697 ได้รับแต่งตั้งเป็นบิชอปแห่งดรอมอร์ แต่ยังคงดูแลการบริหารงานของอาร์มาห์ต่อไปอีกหลายปี

เนื่องจากความเข้มงวดของกฎหมาย ทำให้ไม่มีประมุขศาสนาประจำอยู่ในไอร์แลนด์เป็นเวลา 23 ปี หลังจากการหลบหนีของประมุขศาสนาแม็กไกวร์ในปี 1691 ในที่สุด ฮิวจ์ แม็กมาฮอน (1714–37) บิชอปแห่งคล็อกเฮอร์ ก็ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งที่ว่างลง ในช่วงเวลาที่เกิดการลงโทษอย่างรุนแรงที่สุด ประมุขศาสนาต้องเดินทางไปทั่วทุกแห่งเพื่อประกอบพิธีมิสซาและพิธีรับศีลยืนยันกลางแจ้ง อย่างไรก็ตาม แม้จะมีอุปสรรคเหล่านี้ เขาก็ได้ทิ้งชื่อเสียงไว้ให้คนรุ่นหลังด้วยผลงานทางวิชาการเรื่องJus Primatiale Armacanumซึ่งเขียนขึ้นตามคำสั่งของพระสันตะปาปาเพื่อปกป้องสิทธิของประมุขศาสนาแห่งอาร์มาห์ เขาได้รับการสืบทอดตำแหน่งโดยหลานชายของเขาเบอร์นาร์ด แม็กมาฮอน (1737–47) ซึ่งต่อมาเป็นบิชอปแห่งคล็อกเฮอร์ และได้รับการกล่าวขานว่าเป็นพระสังฆราชที่โดดเด่นในด้านความกระตือรือร้น ความเมตตา ความรอบคอบ และหลักคำสอนที่ถูกต้อง เขายังต้องทนทุกข์ทรมานจากการถูกกดขี่ข่มเหงอย่างมาก และใช้เวลาส่วนใหญ่ในการหลบซ่อนตัว เบอร์นาร์ดได้รับการสืบทอดตำแหน่งประมุขศาสนาโดยน้องชายของเขา รอสส์ แม็กมาฮอน (ค.ศ. 1747–48) ซึ่งดำรงตำแหน่งบิชอปแห่งคล็อกเฮอร์เช่นกัน

ไมเคิล โอ'ไรลีย์ (ค.ศ. 1749–58) บิชอปแห่งเดอร์รี เป็นประมุขคนต่อไป เขาได้ตีพิมพ์หนังสือคำสอนสองเล่ม เล่มหนึ่งเป็นภาษาไอริช และอีกเล่มเป็นภาษาอังกฤษ ซึ่งเล่มหลังนี้ยังคงใช้ในบางส่วนของไอร์แลนด์เหนือมาจนถึงปัจจุบัน ครั้งหนึ่งประมุขผู้นี้และบาทหลวงอีกสิบแปดคนถูกจับกุมใกล้เมืองดันดอล์ก เขาอาศัยอยู่ในกระท่อมมุงจากหลังเล็กๆ ที่มิลล์ทาวน์ ในเขตแพริชเทอร์มอนเฟชิน และบางครั้งต้องซ่อนตัวอยู่ในห้องใต้หลังคาแคบๆ ใต้หลังคามุงจาก แอนโทนี เบลค (ค.ศ. 1758–86) เป็นผู้สืบทอดตำแหน่งต่อจากเขา การกดขี่ข่มเหงลดลงไปมาก เขาจึงไม่ถูกรังแกเหมือนผู้ดำรงตำแหน่งก่อนหน้า แต่ถึงกระนั้นก็ไม่สามารถชักจูงให้มาอาศัยอยู่ในเขตปกครองของตนอย่างถาวรได้ ซึ่งเป็นสาเหตุของความไม่พอใจอย่างมากในหมู่บาทหลวงของเขา และนำไปสู่การถูกระงับการปฏิบัติหน้าที่ชั่วคราว ริชาร์ด โอ'ไรลีย์ (ค.ศ. 1787–1818) เป็นผู้สืบทอดตำแหน่งประมุขต่อจากเขา ด้วยฐานะที่ร่ำรวย เขาจึงเป็นพระสังฆราชคาทอลิกคนแรกนับตั้งแต่การปฏิวัติที่สามารถดำรงชีวิตได้อย่างสมฐานะ ด้วยความอ่อนโยนและอัธยาศัยดี เขาประสบความสำเร็จในการระงับความขัดแย้งที่เคยเกิดขึ้นในสังฆมณฑลในสมัยของพระสังฆราชองค์ก่อน และนับแต่นั้นมา เขาจึงได้รับการยกย่องว่าเป็น "ทูตแห่งสันติภาพ" ในปี 1793 เขาได้วางศิลาฤกษ์ของโบสถ์เซนต์ปีเตอร์ในเมืองดรอเกดา ซึ่งจะใช้เป็นโบสถ์ประจำตำแหน่งของเขา นับเป็นหนึ่งในโบสถ์คาทอลิกแห่งแรกที่สร้างขึ้นภายในกำแพงเมืองในไอร์แลนด์นับตั้งแต่การปฏิรูปศาสนา สภาเมืองดรอเกดาซึ่งสวมชุดคลุมและถือคทาและดาบได้ปรากฏตัวขึ้นและห้ามไม่ให้ดำเนินพิธีต่อไป แต่การประท้วงของพวกเขาก็ถูกเพิกเฉย

แพทริก เคอร์ติส (ค.ศ. 1819–1832) ซึ่งเคยเป็นอธิการของวิทยาลัยไอริชแห่งซาลามันกาได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งบิชอปในช่วงเวลาที่เต็มไปด้วยความหวัง และมีชีวิตอยู่จนได้เห็นการปลดปล่อยคริสตจักรโรมันคาทอลิกในสหราชอาณาจักร เขาเป็นหนึ่งในบุคคลแรกๆ ที่เข้าร่วมสมาคมคาทอลิก และมีความสัมพันธ์ฉันมิตรกับดยุคแห่งเวลลิงตันซึ่งเขาได้พบกันในสเปนระหว่างสงครามคาบสมุทรโทมัส เคลลี สืบทอดตำแหน่งต่อจากเคอร์ติส ( ค.ศ. 1832–1835) เขาใช้ชีวิตและเสียชีวิตด้วยชื่อเสียงดุจนักบุญ

วิลเลียม ครอลลี่สืบทอดตำแหน่งต่อจากเขา (ค.ศ. 1835–1849) เขาเป็นประมุขแห่งคริสตจักรคาทอลิกคนแรกที่พำนักอยู่ในอาร์มาห์ และปฏิบัติหน้าที่ในฐานะบิชอปที่นั่น นับตั้งแต่มีการประกาศใช้กฎหมายลงโทษ เขาเริ่มก่อสร้างมหาวิหารเซนต์แพทริกซึ่งใช้เวลากว่าหกสิบปีจึงจะแล้วเสร็จ ศิลาฤกษ์วางเมื่อวันที่ 17 มีนาคม ค.ศ. 1840 และก่อนที่ประมุขจะเสียชีวิต กำแพงก็ถูกสร้างขึ้นจนสูงขึ้นมาก พอล คัลเลนสืบทอดตำแหน่งต่อจากเขาในปี ค.ศ. 1849 แต่ได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งบิชอปแห่งดับลินในปี ค.ศ. 1852 ในปี ค.ศ. 1850 เขาเป็นประธานในการประชุมสมัชชาแห่งชาติแห่งเธอร์เลส ซึ่งเป็นการประชุมสมัชชาครั้งแรกที่จัดขึ้นในไอร์แลนด์นับตั้งแต่การประชุมของบิชอปและนักบวชในคิลเคนนีในปี ค.ศ. 1642

โจเซฟ ดิกสัน (ค.ศ. 1852–66) ประมุขแห่งคริสตจักรนิกายแองกลิกันคนต่อไป ได้จัดประชุมสังคายนาที่เมืองดรอเกดาในปี ค.ศ. 1854 ซึ่งมีบิชอปจากทางเหนือทั้งหมดเข้าร่วม อาร์ชบิชอปดิกสันได้เริ่มการก่อสร้างมหาวิหารอีกครั้ง แต่ท่านเสียชีวิตก่อนที่จะสร้างเสร็จ ไมเคิล คีแรน (ค.ศ. 1866–69) ขึ้นดำรงตำแหน่งต่อ โดยพำนักอยู่ที่เมืองดันดอล์กในระหว่างดำรงตำแหน่งประมุขแห่งคริสตจักรนิกายแองกลิกัน ผู้สืบทอดตำแหน่งต่อจากท่านคือแดเนียล แม็กเก็ตติแกน (ค.ศ. 1870–87) ใช้เวลาสามปีในการทำงานอย่างจริงจังเพื่อสร้างมหาวิหารให้เสร็จสมบูรณ์ และสามารถเปิดใช้งานได้ในปี ค.ศ. 1873 ท่านได้รับการสืบทอดตำแหน่งโดยพระคาร์ดินัลไมเคิล โลเก ซึ่งขึ้นดำรงตำแหน่งประมุขแห่งคริสตจักรนิกายแองกลิกันในปี ค.ศ. 1887 ท่านเป็นประมุขแห่งคริสตจักรนิกายแองกลิกันคนแรกของอาร์มาห์ที่เป็นสมาชิกของวิทยาลัยพระคาร์ดินัลท่านอุทิศตนเป็นเวลาหลายปีให้กับงานตกแต่งและทำให้สิ่งก่อสร้างอันงดงามนี้เสร็จสมบูรณ์ในทุกด้าน ในการก่อสร้างห้องเก็บเครื่องใช้ในพิธี ห้องสมุด ห้องประชุมสังฆราช ห้องเก็บเอกสารสำคัญ การซื้อกรรมสิทธิ์ที่ดิน และการตกแต่งภายในและแท่นบูชา เขาใช้เงินไปมากกว่า 50,000 ปอนด์สำหรับมหาวิหารแห่งนี้ มหาวิหารอันยิ่งใหญ่นี้ได้รับการประกอบพิธีเสกเมื่อวันที่ 24 กรกฎาคม ค.ศ. 1904 โดยพระคาร์ดินัลวินเซนโซ วานนูเตลลี ผู้แทนของสมเด็จพระสันตะปาปาปิอุสที่ 10ได้เข้าร่วมในพิธีเสกด้วย