ยาปฏิชีวนะมีประสิทธิภาพในการรักษาต่อมลูกหมากอักเสบเรื้อรังจากแบคทีเรีย และเป็นวิธีการรักษาลำดับแรกสำหรับภาวะนี้^{[ 11 ]}มีอุปสรรคกั้นระหว่างเลือดและต่อมลูกหมากที่ป้องกันไม่ให้ยาปฏิชีวนะหลายชนิดแทรกซึมเข้าไปในต่อมลูกหมากและบรรลุความเข้มข้นต้านเชื้อแบคทีเรียที่เพียงพอ^{[ 12 ] [ 13 ] [ 14 ]}ดังนั้น ยาปฏิชีวนะบางกลุ่มเท่านั้นที่มีประสิทธิภาพและแนะนำสำหรับการรักษาต่อมลูกหมากอักเสบเรื้อรังจากแบคทีเรีย^{[ 11 ] [ 15 ]}ซึ่งได้แก่ฟลูออโรควิโนโลนเช่นซิโปรฟลอกซาซินและเลโวฟลอกซาซิน ; ไตรเมโทพริม ; เตตราไซคลินเช่นด็อกซีไซคลิน ; และมาโครไลด์เช่นอะซิโทรไมซินและคลาริโทรไมซิน [ ^{11 ] [ 15 ] [ 16 ] [ 17 ] ฟ}ลูออโรควิโนโลนเป็นยาปฏิชีวนะลำดับแรกสำหรับต่อมลูกหมากอักเสบเรื้อรังจากแบคทีเรีย ในขณะที่ไตรเมโทพริมและเตตราไซคลินเป็นยาปฏิชีวนะลำดับที่สอง และอะซิโทรไมซินสงวนไว้สำหรับสถานการณ์พิเศษ^{[ 11 ] [ 15 ]}ฟอสโฟไมซินยังถูกนำมาใช้ใหม่สำหรับการรักษาต่อมลูกหมากอักเสบเรื้อรังจากแบคทีเรีย และมีการใช้ในการรักษาเพิ่มมากขึ้น^{[ 15 ] [ 18 ] [ 16 ]}การรักษาต่อมลูกหมากอักเสบเรื้อรังจากแบคทีเรียด้วยยาปฏิชีวนะต้องใช้ยาปฏิชีวนะเป็นเวลานาน โดยทั่วไป 4 ถึง 6  สัปดาห์ แต่มีช่วงตั้งแต่ 2 ถึง 12  สัปดาห์ และระยะเวลา การรักษาขั้นต่ำที่แนะนำคือ 4 สัปดาห์^{[ 11 ] [ 15 ] [ 7 ] [ 17 ]} พบว่าการใช้เลโวฟลอกซาซินในขนาดสูงเป็นเวลา 2 หรือ 3 สัปดาห์นั้นมีประสิทธิภาพทางคลินิกด้อยกว่าการใช้เลโวฟลอกซาซินในขนาดมาตรฐานเป็นเวลา 4  สัปดาห์^{[ 15 ] [ 19 ] [ 20 ]}อัตราการกำจัดเชื้อจุลินทรีย์ด้วยการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะมาตรฐานสำหรับโรคต่อมลูกหมากอักเสบเรื้อรังจากแบคทีเรียมีตั้งแต่ 40 ถึง 77% สำหรับซิโปรฟลอกซาซิน 75 ถึง 86% สำหรับเลโวฟลอกซาซิน 77% สำหรับด็อกซีไซคลิน 80% สำหรับอะซิโทรไมซิน 80% สำหรับคลาริโทรไมซิน และ 62 ถึง 77% สำหรับการใช้ซิโปรฟลอกซาซินและอะซิโทรไมซินร่วม^{กัน11 ] [ 21 ]}แม้ว่ายาปฏิชีวนะจะมีประสิทธิภาพในการรักษาโรคต่อมลูกหมากอักเสบเรื้อรังจากแบคทีเรีย แต่ก็มีอัตราการกลับมาเป็นซ้ำสูง โดยมีช่วงตั้งแต่ 25 ถึง 50% ^{[ 22 ]}

พบว่าเลโวฟลอกซาซิน (ไอ โซ เมอร์เลโวโร เททอรี ของออฟลอกซาซิน ) สามารถเข้าถึงความเข้มข้นในของเหลวในต่อมลูกหมาก ได้สูงกว่าซิโปรฟลอกซาซินในขนาดเดียวกันถึง 5.5 เท่า^{[ 23 ] [ 24 ] [ 25 ]}ผลการค้นพบเหล่านี้บ่งชี้ว่าเลโวฟลอกซาซินมีความสามารถในการแทรกซึมเข้าสู่ต่อมลูกหมากได้มากกว่าซิโปรฟลอกซาซิน และชี้ให้เห็นว่าอาจมีประสิทธิภาพมากกว่าในการรักษาโรคต่อมลูกหมากอักเสบเรื้อรังจากแบคทีเรีย^{[ 23 ] [ 24 ] [ 25 ]}อย่างไรก็ตาม ผลการศึกษาทางคลินิกมีความหลากหลาย โดยการทดลองทางคลินิก ขนาดใหญ่ครั้งหนึ่ง พบว่าเลโวฟลอกซาซินมีประสิทธิภาพมากกว่าซิโปรฟลอกซาซิน (อัตราการกำจัดเชื้อแบคทีเรีย = 86% เทียบกับ 60%; การรักษา/การปรับปรุงทางคลินิก = 93% เทียบกับ 72%; อัตราการกลับมาเป็นซ้ำของเชื้อแบคทีเรีย = 4% เทียบกับ 19%) และการทดลองขนาดใหญ่ที่คล้ายกันอีกครั้งหนึ่งพบว่ามีประสิทธิภาพเท่ากัน (อัตราการกำจัดเชื้อแบคทีเรีย = 75% เทียบกับ 77%; การรักษา/การปรับปรุงทางคลินิก = 75% เทียบกับ 73%) ^{[ 11 ] [ 23 ] [ 21 ] [ 26 ]}ม็อกซิฟลอกซาซินแสดงให้เห็นถึงการแทรกซึมเข้าสู่ต่อมลูกหมากได้มากกว่าเลโวฟลอกซาซิน รวมถึงมีฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียในวงกว้างกว่า โดยมีฤทธิ์ที่ดีขึ้นต่อแบคทีเรียแกรมบวกและเชื้อก่อโรคแบบไม่ใช้ออกซิเจน^{[ 16 ] [ 22 ]}อาจเป็นฟลูโอโรควินอลเพียงชนิดเดียวที่สามารถทำให้ความเข้มข้นในต่อมลูกหมากสูงกว่าความเข้มข้นต่ำสุดที่ยับยั้งเชื้อ (MIC) ของEnterococcus faecalis ถึง 10 เท่า ^{[ 22 ]}อย่างไรก็ตาม ประสบการณ์และข้อมูลเกี่ยวกับม็อกซิฟลอกซาซินสำหรับโรคต่อมลูกหมากอักเสบเรื้อรังจากแบคทีเรียยังมีจำกัด ณ ปี 2022 [ ^{22 ] [ 16 ] ข้อ}จำกัดอีกประการหนึ่งของม็อกซิฟลอกซาซินสำหรับวัตถุประสงค์ดังกล่าวคือ อาจมี ข้อกังวลด้าน ความปลอดภัย มากกว่า ฟลูโอโรควินอลชนิดอื่น เช่นความเสี่ยงต่อระบบหัวใจและ หลอดเลือดที่สูงกว่า ^{[ 16 ]} ฟลู โอโรควินอลชนิดอื่นที่เคยใช้และพบว่ามีประสิทธิภาพในการรักษาโรคต่อมลูกหมากอักเสบเรื้อรังจากแบคทีเรีย ได้แก่นอร์ฟลอกซา ซิน โลเมฟลอก ซา ซิน โอฟลอกซาซินและพรูลิฟลอกซาซิน^{[ 27 ] [ 16 ]} 

นอกเหนือจากฟลูออโรควิโนโลนแล้ว ยาปฏิชีวนะอื่นๆ ที่มีศักยภาพในการออกฤทธิ์ที่ดีขึ้น ได้แก่มินโนไซค ลิน ไทเกไซคลิน ไลเนโซลิด แดป โตไมซิ น คลิน ดาไมซินและแวนโคไมซินก็ถูกนำมาใช้แบบจำกัดนอกเหนือจากข้อบ่งใช้ในการรักษาต่อมลูกหมากอักเสบเรื้อรังจากแบคทีเรีย โดยมีรายงานว่าได้ผลดี^{[ 16 ] [ 15 ] [ 27 ] [ 17 ]}อย่างไรก็ตามความปลอดภัยของยาปฏิชีวนะชนิดใหม่ในการรักษาต่อมลูกหมากอักเสบเรื้อรังจากแบคทีเรียยังไม่ได้รับการศึกษาอย่างเพียงพอ และ เป็นที่ทราบกันดีว่ายาหลายชนิด มีพิษร้ายแรงซึ่งเป็นเรื่องที่น่ากังวลเป็นพิเศษเนื่องจากต้องใช้ระยะเวลาการรักษาที่ยาวนาน^{[ 16 ]}ยาปฏิชีวนะที่มีการซึมผ่านต่อมลูกหมากได้ไม่ดี ซึ่งอาจไม่เหมาะสมสำหรับการรักษาโรคต่อมลูกหมากอักเสบเรื้อรังจากแบคทีเรีย ได้แก่ไนโตรฟูแรนโทอิน [ ^{19 ] [ 28 ] [ 18 ] [ 12 ] [ 29 ]}ซัลฟาเมทอกซา โซล เพ นิซิลลิน^ส่วนใหญ่(เช่น แอมพิซิล ลิน เพนิซิลลิน จี ) อะมิโนไกลโคไซด์ เซฟาโลสปอริน ส่วนใหญ่เบต้าแลคแทมอื่นๆและเตตราไซคลิน ออกซีเตตรา ไซคลินเป็นต้น^{[ 7 ] [ 12 ] [ 16 ] [ 29 ]}ผลการศึกษาเกี่ยวกับการซึมผ่านของอะม็อกซิซิลลินเข้าสู่ต่อมลูกหมากนั้นไม่สอดคล้องกัน โดยมีรายงานระดับในเนื้อเยื่อต่อมลูกหมากที่ 0.77 และ 26.4 ไมโครกรัม/มิลลิลิตร ในการศึกษาที่แตกต่างกันสองครั้ง^{[ 12 ] [ 30 ]}ผลการศึกษาทางคลินิกเกี่ยวกับการใช้amoxicillin/clavulanic acid ในการรักษาต่อมลูกหมากอักเสบเรื้อรังจากแบคทีเรียก็มีทั้งผลดี และผลเสียโดยมีรายงานอัตราความสำเร็จสูง^{[ 28 ] [ 31 ] [ 32 ] และความล้มเหลว [ 33 ] [ 34 ]}ยาปฏิชีวนะกลุ่มเตตราไซคลินที่มีคุณสมบัติชอบไขมันมากกว่า เช่น minocycline และ doxycycline แสดงให้เห็นถึงการซึมผ่านต่อมลูกหมากที่ดีหรือดีเยี่ยมเช่นเดียวกับ ciprofloxacin ^{[ 29 ] [ 12 ] [ 35 ]} ในการศึกษาทางคลินิกขนาดเล็ก พบว่ามินโนไซคลินมีประสิทธิภาพเทียบเท่าหรือเหนือกว่าด็อกซีไซคลินในการรักษาต่อมลูกหมากอักเสบเรื้อรังจากแบคทีเรีย^{[ 36 ] [ 37 ]}เทียบเท่ากับไตรเมโทพริม/ซัลฟาเมโทซาโซล^{[ 38 ] [ 39 ]} และเหนือกว่า เซฟาเลกซินซึ่งเป็นเซฟาโลสปอรินรุ่นแรก^{[ 17 ] [ 27 ] [ 40 ]}นอกจากนี้ยังเทียบเท่ากับโอฟลอกซาซินซึ่งเป็นฟลูโอโรควินอลในการรักษาต่อมลูกหมากอักเสบเรื้อรังจากแบคทีเรียที่เกิดจากUreaplasma urealyticum ^{[ 27 ] [ 41 ]}

ในผู้ชายบางราย โรคต่อมลูกหมากอักเสบเรื้อรังจากแบคทีเรียอาจรุนแรงและดื้อต่อการรักษาหรือกำเริบซ้ำได้^{[ 42 ] [ 43 ]}นอกจากนี้ยังอาจเป็นอันตรายถึงชีวิตได้เนื่องจากการติดเชื้อทางเดินปัสสาวะ (UTIs) ^{[ 43 ]} การผ่าตัดต่อมลูกหมากออก ( Prostatectomy ) ถูกนำมาใช้น้อยมากและในผู้ป่วยที่ได้รับการคัดเลือกมาอย่างดีเพื่อรักษาในกรณีเหล่านี้^{[ 42 ] [ 43 ]}การทบทวนอย่างเป็นระบบในปี 2017 ได้ประเมินการผ่าตัดต่อมลูกหมากออกสำหรับโรคต่อมลูกหมากอักเสบเรื้อรัง^{[ 42 ]}การผ่าตัดต่อมลูกหมากผ่านทาง ท่อ ปัสสาวะ (TURP) โดยใช้เครื่องจี้ไฟฟ้าทำใน ผู้ป่วย 110 ราย และในบุคคลเหล่านี้ อาการหายขาด 70% ดีขึ้น 15% และไม่เปลี่ยนแปลง 15% ^{[ 42 ]} การผ่าตัดต่อมลูกหมากออก ทั้งหมด (Radical prostatectomy)ทำใน ผู้ป่วย 21 ราย และส่งผลให้อาการหายขาด 95% ^{[ 42 ]} อัตราการเกิด ภาวะหย่อนสมรรถภาพทางเพศและภาวะกลั้นปัสสาวะไม่อยู่ในการผ่าตัดต่อมลูกหมากมีนัยสำคัญ^{[ 42 ] [ 43 ]}ภาวะแทรกซ้อนเหล่านี้สามารถลดลงได้ด้วย เทคนิคการผ่าตัด แบบแผลเล็กและรักษาเส้นประสาทเช่น การผ่าตัดต่อมลูกหมากแบบราดิคัล โดยใช้หุ่นยนต์ช่วยหรือ การ ผ่าตัดต่อมลูกหมากแบบส่องกล้อง^{[ 42 ] [ 43 ]}อย่างไรก็ตาม อัตราการเกิดภาวะแทรกซ้อนยังคงสูงแม้จะใช้การผ่าตัดต่อมลูกหมากแบบแผลเล็กก็ตาม^{[ 42 ] [ 43 ]}การศึกษาทั้งหมดในการทบทวนอย่างเป็นระบบในปี 2017 เป็นการศึกษาแบบไปข้างหน้าหรือย้อนหลัง และไม่มี การทดลองแบบสุ่ม ที่มีกลุ่มควบคุม^{[ 42 ]}ดังนั้นจึงมีหลักฐานเพียงเล็กน้อยที่จะใช้ในการตัดสินใจทางคลินิกเกี่ยวกับการผ่าตัดต่อมลูกหมากสำหรับโรคต่อมลูกหมากอักเสบเรื้อรัง^{[ 42 ]}

ก่อนหน้านี้มีการเสนอว่า การนวดต่อมลูกหมากร่วมกับการใช้ยาปฏิชีวนะอาจเป็นประโยชน์ และการนวดต่อมลูกหมากอาจช่วยสลายไบโอฟิล์มและเพิ่มการระบายของต่อมลูกหมากได้^{[ 44 ] [ 45 ]}อย่างไรก็ตาม ในการทดลองล่าสุด การนวดต่อมลูกหมากไม่ได้แสดงให้เห็นว่าช่วยปรับปรุงผลลัพธ์เมื่อเทียบกับการใช้ยาปฏิชีวนะเพียงอย่างเดียว^{[ 46 ]}

แบคทีริโอเฟจมีแนวโน้มที่ดีในฐานะวิธีการรักษาที่มีศักยภาพอีกวิธีหนึ่งสำหรับโรคต่อมลูกหมากอักเสบเรื้อรังจากแบคทีเรีย^{[ 7 ] [ 47 ]}