ป้อมมอนโรมีบทบาทสำคัญในสงครามกลางเมืองอเมริกาเมื่อวันที่ 20 ธันวาคม ค.ศ. 1860 รัฐเซาท์แคโรไลนาเป็นรัฐแรกที่แยกตัวออกจากสหภาพสี่เดือนต่อมา ในวันที่ 12 เมษายน ค.ศ. 1861 กองทหารของรัฐนั้นได้เปิดฉากยิงใส่ป้อมซัมเตอร์ใน ท่าเรือ ชาร์ลสตันห้าวันต่อมา สภานิติบัญญัติของรัฐเวอร์จิเนียได้ผ่านร่างกฎหมาย (ซึ่งต้องได้รับการให้สัตยาบันจากผู้มีสิทธิเลือกตั้ง) พระราชบัญญัติการแยกตัวของรัฐเวอร์จิเนียเพื่อถอนตัวออกจากสหภาพและเข้าร่วมกับสมาพันธรัฐอเมริกา ที่ก่อตั้งขึ้นใหม่ เมื่อวันที่ 23 พฤษภาคม ค.ศ. 1861 ผู้มีสิทธิเลือกตั้งในรัฐเวอร์จิเนียได้ให้สัตยาบันการแยกตัวของรัฐออกจากสหภาพ

ประธานาธิบดีอับราฮัม ลินคอล์นสั่งให้เสริมกำลังป้อมมอนโรอย่างรวดเร็วเพื่อป้องกันไม่ให้ตกอยู่ภายใต้การยึดครองของกองกำลังฝ่ายใต้ ป้อมแห่งนี้ถูกกองกำลังฝ่ายเหนือยึดครองไว้ตลอดช่วงสงครามกลางเมือง และได้ใช้ที่นี่เป็นฐานในการส่งกองกำลังทางทะเลและทางบกหลายครั้ง

ไม่กี่สัปดาห์หลังจากการรบที่ป้อมซัมเตอร์ ในปี 1861 พลเอก วินฟิลด์ สก็อตต์ผู้บัญชาการทหารสูงสุดของกองทัพสหรัฐฯได้เสนอแผนการต่อประธานาธิบดีอับราฮัม ลินคอล์น เพื่อนำรัฐต่างๆ กลับเข้าสู่สหภาพอีกครั้ง นั่นคือ การตัดขาดฝ่ายสมาพันธรัฐจากโลกภายนอกแทนที่จะโจมตีกองทัพของพวกเขาในเวอร์จิเนียแผนอนาคอนดา ของเขา คือการปิดล้อมหรือยึดครองชายฝั่งของฝ่ายสมาพันธรัฐเพื่อจำกัดการเคลื่อนไหวของเรือที่ฝ่าการปิดล้อมและควบคุม หุบ แม่น้ำมิสซิสซิปปีด้วยเรือปืน ในความร่วมมือกับกองทัพเรือ กองกำลังจากป้อมมอนโรได้ขยายการควบคุมของสหภาพไปตามชายฝั่งของแคโรไลนาเมื่อลินคอล์นสั่งปิดล้อมชายฝั่งทางใต้จากแนวชายฝั่งเซาท์แคโรไลนาไปจนถึงแม่น้ำริโอแกรนด์ในวันที่ 19 เมษายน และในวันที่ 27 เมษายน ได้ขยายการปิดล้อมไปรวมถึง ชายฝั่ง นอร์ทแคโรไลนาและเวอร์จิเนียด้วย

เมื่อวันที่ 20 เมษายน กองทัพเรือสหภาพได้เผาและอพยพออกจากอู่ต่อเรือกอสพอร์ตในพอร์ตสมัธทำลายเรือไป 9 ลำในกระบวนการดังกล่าว ทำให้ป้อมมอนโรที่โอลด์พอยต์คอมฟอร์ตยังคงเป็นป้อมปราการสุดท้ายของสหรัฐอเมริกาในเวอร์จิเนียตอนเหนือการที่ฝ่ายสมาพันธรัฐเข้ายึดครอง นอร์ ฟอล์กทำให้ได้อู่ต่อเรือขนาดใหญ่และปืนใหญ่หลายพันกระบอก แต่พวกเขายึดครองได้เพียงปีเดียว พลจัตวาวอลเตอร์ กวินน์ผู้บัญชาการกองกำลังป้องกันของฝ่ายสมาพันธรัฐรอบนอร์ฟอล์ก ได้สร้างป้อมปืนที่เซเวลล์สพอยต์เพื่อปกป้องนอร์ฟอล์กและควบคุมแฮมป์ตันโรดส์

ฝ่ายสหภาพส่งกองเรือไปยังแฮมป์ตันโรดส์เพื่อบังคับใช้การปิดล้อม ในวันที่ 18-19 พฤษภาคม ค.ศ. 1861 เรือปืนของฝ่ายสหภาพที่ประจำการอยู่ที่ป้อมมอนโรได้ยิงปะทะกับปืนใหญ่ของฝ่ายสมาพันธรัฐที่เซเวลล์สพอยต์การรบที่เซเวลล์สพอยต์ ซึ่งไม่ค่อยเป็นที่รู้จักนี้ ส่งผลให้ทั้งสองฝ่ายได้รับความเสียหายเพียงเล็กน้อย มีปฏิบัติการทางบกหลายครั้งต่อกองกำลังฝ่ายสมาพันธรัฐจากป้อมแห่งนี้ โดยเฉพาะอย่างยิ่งการรบที่บิ๊กเบเธลในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1861

เมื่อวันที่ 27 พฤษภาคม ค.ศ. 1861 พลตรีเบนจามิน บัตเลอร์ได้ตัดสินใจครั้งสำคัญเกี่ยวกับ " สินค้าต้องห้าม " หรือ " หลักการฟอร์ตมอนโร " โดยกำหนดว่าทาสชายที่เดินทางมาถึงแนวรบของฝ่ายสหภาพจะถือเป็น "สินค้าต้องห้ามในสงคราม" (ทรัพย์สินของศัตรูที่ยึดได้) และจะไม่ถูกส่งกลับไปเป็นทาสอีก ก่อนหน้านี้ ฝ่ายสหภาพได้บังคับใช้กฎหมายว่าด้วย ทาสหลบหนีโดยทั่วไป โดยส่งทาสที่หลบหนีกลับคืนให้กับเจ้าของ คำสั่งนี้ส่งผลให้ทาสหลายพันคนหลบหนีไปยังแนวรบของฝ่ายสหภาพรอบ ๆ ฟอร์ตมอนโร ซึ่งเป็นกองบัญชาการของบัตเลอร์ในรัฐเวอร์จิเนีย ฟอร์ตมอนโรจึงถูกเรียกว่า "ป้อมปราการแห่งเสรีภาพ" เพราะผู้ที่ปลดปล่อยตนเองและเดินทางมาถึงที่นี่จะได้รับอิสรภาพ ในฤดูร้อนปี ค.ศ. 1861 แฮร์รี จาร์วิส เดินทางมาถึงฟอร์ตมอนโรและยืนกรานให้พลตรีบัตเลอร์รับเขาเข้าประจำการ บัตเลอร์ปฏิเสธเพราะเขาเชื่อว่า "นี่ไม่ใช่สงครามของคนผิวดำ" จาร์วิสตอบว่า "มันจะเป็นสงครามของคนผิวดำ" เนื่องจากการมาถึงของทาสที่หลบหนีหลายพันคน นี่เป็นการเปลี่ยนแปลงอย่างฉับพลันในสงคราม^{[ 24 ]}ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2405 รัฐสภาได้ผ่านกฎหมายเพื่อกำหนดนโยบายนี้อย่างเป็นทางการภายในฤดูใบไม้ร่วง กองทัพได้สร้างค่ายผู้ลี้ภัยขนาดใหญ่ในแฮมป์ตันเพื่อเป็นที่พักของครอบครัวต่างๆ นี่เป็นค่ายแรกจากกว่า 100 แห่งที่จะจัดตั้งขึ้นเมื่อสงครามสิ้นสุดลง และอาณานิคมฟรีดเมนแห่งเกาะโรอาโนก (พ.ศ. 2406–2400) ซึ่งเริ่มต้นจากการเป็นค่ายผู้ลี้ภัย ผู้ลี้ภัยจำนวนมากได้รับการว่าจ้างจากกองทัพสหภาพในบทบาทสนับสนุน เช่น พ่อครัว คนขับรถม้า และกรรมกร ตั้งแต่เดือนมกราคม พ.ศ. 2406 กองทหารผิวสีแห่งสหรัฐอเมริกาได้ถูกจัดตั้งขึ้น โดยมีผู้ลี้ภัยจำนวนมากเข้าร่วม หน่วยเหล่านี้ประกอบด้วยนายทหารผิวขาวและพลทหารชาวแอฟริกันอเมริกันเป็นหลัก และในที่สุดก็มีจำนวนทหารเกือบ 180,000 นาย^{[ 25 ]}

แมรี เอส. พีคกำลังสอนเด็กๆ ของผู้ที่ได้รับการปลดปล่อยจากการเป็นทาสให้เรียนรู้การอ่านและการเขียนใกล้กับป้อมมอนโร เธอเป็นครูผิวดำคนแรกที่ได้รับการว่าจ้างจากสมาคมมิชชันนารีอเมริกัน (AMA) ซึ่งเป็นกลุ่มมิชชันนารีทางเหนือที่นำโดยบาทหลวงผิวดำและผิวขาวจากนิกายคองเกรเกชันนัล เพรสไบทีเรียนและเมธอดิสต์ซึ่งสนับสนุนการศึกษาของผู้ที่ได้รับการปลดปล่อยจากการเป็นทาสอย่างแข็งขัน ในไม่ช้าเธอก็สอนเด็กๆ ในเวลากลางวันและสอนผู้ใหญ่ในเวลากลางคืน AMA ให้การสนับสนุนครูทางเหนือหลายร้อยคนและว่าจ้างครูท้องถิ่นในทางใต้ ก่อตั้งโรงเรียนท้องถิ่นมากกว่า 500 แห่งและวิทยาลัย 11 แห่งสำหรับผู้ที่ได้รับการปลดปล่อยจากการเป็นทาสและลูกหลานของพวกเขา

ในช่วงสงครามกลางเมือง ป้อมมอนโรเป็นที่ตั้งของ ค่าย บอลลูน ทหาร ภายใต้การควบคุมการบินของนักบินบอลลูนจอห์น ลามอนเทนกองทัพบอลลูนของฝ่ายสหภาพกำลังได้รับการพัฒนาที่ป้อมคอร์โคแรนใกล้กับอาร์ลิงตันภายใต้การดูแลของศาสตราจารย์ธัดเดียส เอสซี โลว์ ซึ่งได้รับการแต่งตั้ง จากประธานาธิบดี ในขณะเดียวกัน ลามอนเทนซึ่งกำลังแย่งชิงตำแหน่งหัวหน้านักบินบอลลูน ได้รับความไว้วางใจจากบัตเลอร์ในการใช้บอลลูนแอตแลนติก ของเขาเพื่อการสังเกตการณ์ทางอากาศ ลามอนเทนได้รับการยกย่องว่าเป็นผู้รายงานข่าวกรอง ทางทหารที่มีประโยชน์เป็นครั้งแรกจากสถานีทางอากาศ ต่อมาลามอนเทนถูกย้ายไปประจำการในกองทัพบอลลูนของโลว์ แต่หลังจากเกิดความขัดแย้งภายในกับโลว์ เขาก็ถูกปลดประจำการจากกองทัพ ในที่สุดโลว์ก็มอบหมายบอลลูนทหารปกติให้ประจำการที่ป้อมมอนโร

ในปี พ.ศ. 2404 ปืนใหญ่ Rodmanขนาด 15 นิ้วต้นแบบถูกส่งไปยังป้อมมอนโร และต่อมาได้ถูกยิงทดสอบ 350 ครั้ง อาวุธนี้ (Fort Pitt Foundry หมายเลข 1 ปี พ.ศ. 2404) ถูกจัดแสดงที่ป้อมในปี พ.ศ. 2461 โดยมีป้ายจารึกระบุว่ามีการทดสอบยิงต่อหน้าประธานาธิบดีลินคอล์น และได้รับฉายาว่า "ปืนลินคอล์น" อาวุธประเภทนี้ถูกนำไปใช้ในการป้องกันชายฝั่งในช่วงสงคราม (แผนที่ปี พ.ศ. 2405 แสดงให้เห็นแบตเตอรี่ภายนอกของปืนประเภทนี้ที่ป้อมมอนโร) และถูกนำไปใช้อย่างกว้างขวางมากขึ้นหลังสงคราม^{[ 26 ]}

ในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1862 ยุทธนาวีแฮมป์ตันโรดส์เกิดขึ้นนอกชายฝั่งเซเวลล์สพอยต์ ระหว่างเรือรบหุ้มเกราะเหล็ก สองลำแรก คือ เรือ CSS Virginiaและ เรือ USS Monitorแม้ผลลัพธ์จะไม่ชัดเจน แต่ยุทธนาวีนี้ถือเป็นการเปลี่ยนแปลงในสงครามทางทะเลและเป็นการสิ้นสุดยุคของเรือรบไม้

ต่อมาในฤดูใบไม้ผลิปีนั้น การคงอยู่ของกองทัพเรือสหภาพที่ประจำการอยู่ที่ป้อมมอนโร ทำให้การขนส่งทางน้ำของรัฐบาลกลางจากวอชิงตัน ดี.ซี. สามารถขึ้นฝั่งได้อย่างปลอดภัยเพื่อสนับสนุนการรณรงค์บนคาบสมุทรของ พลตรี จอร์จ บี. แมคเคลแลน กองทัพของแมคเคลแลนซึ่งจัดตั้งขึ้นที่ป้อมมอนโร เคลื่อนพลขึ้นไปตามคาบสมุทรเวอร์จิเนียในช่วงฤดูใบไม้ผลิปี 1862 โดยเข้าใกล้ประตูเมืองริชมอนด์ ซึ่งอยู่ ห่างไปทางตะวันตกประมาณ80 ไมล์ (129 กิโลเมตร) ในวันที่ 1 มิถุนายน เป็นเวลา 30 วัน พวกเขาปิดล้อมเมืองริชมอนด์ จากนั้น ในช่วง การรบเจ็ดวันแมคเคลแลนก็ล่าถอยไปยังแม่น้ำเจมส์ซึ่งอยู่ทางใต้ของริชมอนด์ ทำให้การรณรงค์สิ้นสุดลง โชคดีสำหรับแมคเคลแลน ในช่วงเวลานั้น กองทัพสหภาพได้ยึดคืนการควบคุมนอร์ฟอล์ก แฮมป์ตันโรดส์ และแม่น้ำเจมส์ทางใต้ของดรูว์รีส์บลัฟฟ์ (จุดยุทธศาสตร์ที่อยู่ห่างจากริชมอนด์ไปทางใต้ ประมาณ 8 ไมล์ (13 กิโลเมตร) )  

ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2405 ป้อมมอนโรยังถูกใช้เป็นจุดส่งต่อสำหรับการแลกเปลี่ยนจดหมาย จดหมายที่ส่งจากรัฐในฝ่ายสมาพันธรัฐที่ส่งไปยังสถานที่ต่างๆ ในฝ่ายสหภาพจะต้องส่งโดยใช้ธงสงบศึก และสามารถผ่านได้เฉพาะที่ป้อมมอนโรเท่านั้น ซึ่งจดหมายจะถูกเปิด ตรวจสอบ ปิดผนึกใหม่ ทำเครื่องหมาย และส่งต่อจดหมายของเชลยศึกจากทหารฝ่ายสหภาพในเรือนจำของฝ่ายสมาพันธรัฐจะต้องผ่านจุดนี้เพื่อตรวจสอบ^{[ 27 ] [ 28 ]}

ในปี พ.ศ. 2407 กองทัพสหภาพแห่งแม่น้ำเจมส์ภายใต้การนำของพลตรีเบนจามิน บัตเลอร์ได้ก่อตั้งขึ้นที่ป้อมมอนโรกองทหารม้าผิวดำที่ 2 แห่งสหรัฐอเมริกาได้เข้าประจำการที่ป้อมมอนโรในวันที่ 22 ธันวาคม พ.ศ. 2407 ^{[ 29 ]}และกองทหารม้าผิวดำที่ 1 แห่งสหรัฐอเมริกาได้เข้าประจำการในวันเดียวกันที่ค่ายแฮมิลตันที่อยู่ใกล้เคียง^{[ 30 ]} การล้อมเมืองปีเตอร์สเบิร์กในช่วงปี พ.ศ. 2407 และ พ.ศ. 2408 ได้รับการสนับสนุนจากฐานทัพที่ซิตี้พอยต์ (ปัจจุบันคือโฮปเวลล์ รัฐเวอร์จิเนีย ) บนแม่น้ำเจมส์ การรักษาการควบคุมแฮมป์ตันโรดส์ที่ป้อมมอนโรและป้อมวูลมีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการสนับสนุนทางเรือที่แกรนต์ต้องการสำหรับการรณรงค์ของสหภาพที่ประสบความสำเร็จในการยึดปีเตอร์สเบิร์ก ซึ่งเป็นกุญแจสำคัญในการล่มสลายของเมืองหลวงของฝ่ายสัมพันธมิตรที่ริชมอนด์ เมื่อปีเตอร์สเบิร์กแตก ริชมอนด์ก็ถูกอพยพในคืนวันที่ 2-3 เมษายน พ.ศ. 2408 ในคืนนั้นประธานาธิบดีเจฟเฟอร์สัน เดวิส แห่งฝ่าย ใต้และคณะรัฐมนตรีได้หลบหนีออกจากริชมอนด์ โดยใช้ทางรถไฟริชมอนด์และแดนวิลล์เพื่อไปยังแดนวิลล์ ก่อน แล้วจึงไปยังนอร์ทแคโรไลนาอย่างไรก็ตาม ฝ่ายใต้พ่ายแพ้ และนายพลโรเบิร์ต อี. ลีแห่งฝ่ายใต้ได้ยอมจำนนกองทัพเวอร์จิเนีย เหนือที่เหลืออยู่ให้แก่นายพล แกรนต์ที่ศาลแอปโปแมททอกซ์ในสัปดาห์ต่อมา

หลังจากการประชุมคณะรัฐมนตรีฝ่ายสัมพันธมิตรครั้งสุดท้ายจัดขึ้นเมื่อวันที่ 26 เมษายน 1865 ที่เมืองชาร์ลอตต์ รัฐนอร์ทแคโรไลนาเจฟเฟอร์สัน เดวิสถูกจับกุมที่ เมืองเออร์วิน วิลล์รัฐจอร์เจียและถูกคุมขัง เดวิสถูกคุมขังเป็นเวลาสองปีที่ป้อมมอนโร เริ่มตั้งแต่วันที่ 22 พฤษภาคม 1865 เป็นเวลาสองสามวัน เขาถูกล่ามโซ่ไว้ รายงานข่าวในหนังสือพิมพ์ที่เริ่มตั้งแต่วันที่ 27 พฤษภาคม ทำให้เกิดความเห็นใจต่อเขา แม้แต่ในภาคเหนือ และเอ็ดวิน เอ็ม. สแตนตันเลขาธิการกระทรวงสงครามของ ฝ่ายสหภาพ ได้สั่งให้ถอดโซ่ออกในไม่ช้า ที่ป้อม จอห์น เจ. เครเวน ศัลยแพทย์ของฝ่ายสหภาพ ได้แนะนำเรื่องนี้ไว้แล้ว และยังคงแนะนำให้จัดหาที่พักที่ดีกว่า การเข้าถึงยาสูบ และเสรีภาพในการเคลื่อนไหวสำหรับเดวิส^{[ 31 ]} ด้วยสุขภาพที่ไม่ดี เดวิสได้รับการปล่อยตัวในเดือนพฤษภาคม 1867 โดยการประกันตัว ซึ่งวางโดยพลเมืองที่มีชื่อเสียงของทั้งรัฐทางเหนือและทางใต้ รวมถึงฮอเรซ กรีลีย์และคอร์เนลิอุส แวนเดอร์บิลต์ซึ่งเชื่อมั่นว่าเขาได้รับการปฏิบัติอย่างไม่เป็นธรรม รัฐบาลกลางยุติการดำเนินคดีต่อไปเนื่องจากความกังวลด้านรัฐธรรมนูญของประธานศาลฎีกาสหรัฐฯซัลมอน พี. เชสเดวิสเสียชีวิตในปี 1889

ในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 1ป้อมมอนโรและป้อมวูลถูกใช้เพื่อปกป้องแฮมป์ตันโรดส์และทรัพยากรทางทหารและพลเรือนที่สำคัญในพื้นที่อ่าวเชซาพีค ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของการป้องกันชายฝั่งของอ่าวเชซาพี ค ป้อมแห่งนี้ได้ติดตั้ง ตาข่ายป้องกันเรือดำน้ำแห่งแรกในอเมริกาในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2460 โดยทอดยาวไปถึงป้อมวูล แนวกั้นนี้ช่วยปกป้องทางเข้าสู่แฮมป์ตันโรดส์ในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 1 ^{[ 45 ]}แม้ว่าปืนใหญ่จำนวนมากจะถูกถอดออกจากระบบป้องกันชายฝั่งในช่วงสงครามโลกครั้ง ที่ 1 เพื่อนำไปใช้เป็นปืนใหญ่สนามและปืนใหญ่รางรถไฟแต่สิ่งนี้ไม่ได้เกิดขึ้นกับอาวุธส่วนใหญ่ที่ป้อมมอนโรเนื่องจากความสำคัญทางยุทธศาสตร์ อย่างไรก็ตาม ปืนครก 8 กระบอกถูกถอดออกจากแบตเตอรี่แอนเดอร์สัน-รักเกิลส์เพื่อนำไปใช้ในต่างประเทศและเพื่อปรับปรุงอัตราการยิงของอาวุธที่เหลืออยู่ ปืนครกที่ถอดออก 5 กระบอกกลายเป็นปืนใหญ่รางรถไฟในฝรั่งเศส ไม่ชัดเจนว่าพวกมันถูกนำไปใช้ในการรบหรือไม่^{[ 41 ] [ 46 ]} ปืน ใหญ่ขนาด 6 นิ้ว (152 มม.) สองกระบอกที่ติดตั้งบนฐานของป้อมปืนใหญ่ Montgomery ถูกย้ายไปยังป้อมปืนใหญ่ชั่วคราวที่Cape Henryในปี 1917 และถูกแทนที่ด้วยอาวุธประเภทเดียวกันในเดือนกุมภาพันธ์ 1919 ^{[ 47 ]}ป้อม Fort Monroe ยังทำหน้าที่เป็นศูนย์ระดมพลและฝึกอบรมที่สำคัญ หน่วยจากกองปืนใหญ่ชายฝั่งได้ปฏิบัติการปืนใหญ่หนักและปืนใหญ่รางรถไฟในแนวรบด้านตะวันตก [ ^{48 ] ใน}ปี 1918 ค่าย Eustis (ปัจจุบันคือ Fort Eustis) ได้ถูกจัดตั้งขึ้นใกล้กับ Newport News เพื่อเป็นศูนย์ทดแทนปืนใหญ่ชายฝั่งเพื่อบรรเทาความแออัดที่ Fort Monroe ^{[ 49 ]}ในช่วงสงครามโลกครั้ง ที่ 1 กำลังพลที่ได้รับอนุญาตของกองกำลังป้องกันชายฝั่งของอ่าว Chesapeake คือ 17 กองร้อย รวมถึง 5 กองร้อยจาก กอง กำลังพิทักษ์ชาติเวอร์จิเนีย^{[ 50 ] [ 51 ]}

ในปี พ.ศ. 2465 ความสำคัญของป้อมมอนโรในการป้องกันอ่าวเชซาพีคได้ลดลงบ้าง เนื่องจากการจัดตั้งป้อมปืนครกขนาด 16 นิ้ว (406 มม.) จำนวน 4 กระบอก ที่ป้อมสตอรี่บนแหลมเฮนรี่ บริเวณทางเข้าอ่าว ด้วยตำแหน่งอาวุธที่ดีขึ้นและระยะยิงที่ได้เปรียบกว่าปืนขนาด 12 นิ้วของป้อมมอนโรที่24,500 หลา (22,400 ม.)เทียบกับ18,400 หลา (16,800 ม.)ปืนขนาด 16 นิ้วจึงสามารถยิงเรือรบที่โจมตีได้นานก่อนที่เรือเหล่านั้นจะเข้ามาอยู่ในระยะยิงของป้อมมอนโรได้^{[ 52 ] [ 53 ]}ในปี พ.ศ. 2463 ปืน ขนาด 3 นิ้ว (76 มม.) จำนวน 4 กระบอกของป้อมเออร์วิน ถูกถอดออก ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของการถอดปืนขนาด 3 นิ้ว M1898 ออกจากการใช้งานโดยทั่วไป และไม่ได้มีการติดตั้งปืนใหม่จนกระทั่งปี พ.ศ. 2489 เมื่อป้อมนี้กลายเป็นป้อมยิงสลุต^{[ 54 ]}ในปี พ.ศ. 2467 กองกำลังป้องกันท่าเรือของหน่วยปืนใหญ่ชายฝั่งได้เปลี่ยนจากโครงสร้างระดับกองร้อยเป็นโครงสร้างระดับกรม กองกำลังป้องกันท่าเรืออ่าวเชซาพีค (ซึ่งเปลี่ยนชื่อในปี พ.ศ. 2468) มีกองพันปืนใหญ่ชายฝั่งที่ 12ของกองทัพบกประจำการประจำการอยู่ [ ^{55 ] โดย}มีกรมปืนใหญ่ชายฝั่งที่ 246เป็นส่วนประกอบ ของ กองกำลังพิทักษ์ชาติเวอร์จิเนีย^{[ 56 ]} ในปี พ.ศ. 2475 กองพันปืนใหญ่ชายฝั่งที่ 12 ได้รับการกำหนดชื่อใหม่เป็นกองพันปืน ใหญ่ชายฝั่งที่ 2อย่างมีประสิทธิภาพและยังคงทำหน้าที่รักษาการณ์ในอ่าวเชซาพีคต่อไป^{[ 57 ]}   

ในช่วงสงครามโลก ครั้งที่สองป้อมมอนโรยังคงทำหน้าที่เป็นกองบัญชาการป้องกันท่าเรือของอ่าวเชซาพีคอย่างไรก็ตาม ในช่วงสงครามได้ มีการสร้างป้อม ปืนขนาด 16 นิ้ว (406 มม.)  ขึ้นใหม่ ที่ป้อมสตอรี่และที่ป้อมจอห์น คัสติสบนแหลมชาร์ลส์ [ ^{58 ] ป้อม}ปืนเหล่านี้ทำให้ปืนใหญ่ของป้อมมอนโรล้าสมัย และระหว่างปี 1942 ถึง 1944 ปืน ขนาด 10 นิ้ว (254 มม.)และ12 นิ้ว (305 มม.)และปืนครกทั้งหมดของป้อมถูกนำไปทำลาย อย่างไรก็ตาม ปืนยิงเร็วขนาด 6 นิ้ว (152 มม.) สอง กระบอกของป้อมปืนมอนต์โกเมอรียังคงอยู่จนถึงปี 1948 มีการเสนอให้สร้างป้อมปืน ขนาด 16 นิ้ว (406 มม.)สองกระบอก (ป้อมปืน 124) สำหรับป้อมมอนโร แต่ไม่ได้สร้างขึ้น แบตเตอรี่ต่อต้านเรือตอร์ปิโด (AMTB) ใหม่ (AMTB 23) ถูกสร้างขึ้นในปี 1943 โดยมีปืน90 มม. แบบติดตั้งอยู่กับที่สองกระบอก ซึ่งใช้งานได้ทั้งต่อต้านเรือผิวน้ำและต่อต้านอากาศยาน ที่ป้อมปืนพาร์รอตต์เดิม ซึ่งได้รับการปรับปรุงใหม่บางส่วนเพื่อรองรับปืนเหล่านี้^{[ 8 ]}แบตเตอรี่ประเภทนี้มักได้รับอนุญาตให้มีปืน 90 มม. แบบติดตั้งอยู่กับที่สองกระบอกและแบบเคลื่อนที่ได้สองกระบอก และปืน 37 มม. หรือ 40 มม. อีกสองกระบอก แต่ไม่ชัดเจนว่าอาวุธเพิ่มเติมเหล่านี้ตั้งอยู่ที่ใด นอกจากนี้ แนวกั้นเรือดำน้ำและสนามทุ่นระเบิดใต้น้ำยังคงถูกควบคุมจากป้อมมอนโร แต่เมื่อสิ้นสุดสงครามโลกครั้งที่สอง อาวุธยุทโธปกรณ์จำนวนมากที่ปกป้องอ่าวเชซาพีคก็ล้าสมัยไปมากเนื่องจากการพัฒนาเครื่องบินทิ้งระเบิดระยะไกลและการปรับปรุงการบินของกองทัพเรือ โดยพื้นฐานแล้วปืนป้องกันชายฝั่งของสหรัฐอเมริกาทั้งหมดถูกปลดระวางภายในสิ้นปี 1948 ^{[ 59 ]}        

นับตั้งแต่สงครามโลกครั้ง ที่สอง ฟอร์ตมอนโรเป็นกองบัญชาการฝึกอบรมกองทัพบกที่สำคัญ อย่างไรก็ตาม ในปี 1946 โรงเรียนปืนใหญ่ชายฝั่งได้ย้ายไปที่ฟอร์ตวินฟิลด์สก็อตต์ในซานฟรานซิสโก ซึ่งถูกยุบเลิกในปี 1949 ส่วนที่เหลือของกองปืนใหญ่ชายฝั่งก็ถูกยุบเลิกในอีกหนึ่งปีต่อมา^{[ 7 ]}นอกจากนี้ ในปี 1946 กองร้อยเออร์วินได้กลายเป็นกองร้อยยิงสลุต โดยมีปืน M1902 ขนาด 3 นิ้ว สองกระบอก ที่ย้ายมาจากฟอร์ตวูล ซึ่งยังคงตั้งอยู่ที่นั่นจนถึงปัจจุบัน^{[ 8 ]}ป้อมแห่งนี้ยังเป็นที่ตั้งของ ระบบป้องกันภัยทางอากาศใน ช่วงสงครามเย็นในช่วงทศวรรษ 1950 ได้แก่ กองร้อยปืน 90 มม. สี่ กระบอกในปี 1953–55 (ไซต์ N-03) และ กองบัญชาการกองร้อย ขีปนาวุธไนกี้ในปี 1955–60 (ไซต์ N-08) ^{[ 7 ]}กองบัญชาการกองทัพบกภาคพื้นทวีป (CONARC) ตั้งอยู่ที่ฟอร์ตมอนโรตลอดระยะเวลาการดำรงอยู่ตั้งแต่ปี 1955 ถึง 1973 CONARC รับผิดชอบหน่วยทหารบกที่ปฏิบัติงานทั้งหมดในสหรัฐอเมริกาภาคพื้นทวีปและในปี 1973 ได้แยกออกเป็นกองบัญชาการกองกำลังกองทัพบกสหรัฐ (FORSCOM) และกองบัญชาการฝึกอบรมและหลักการกองทัพบกสหรัฐ (TRADOC) กองบัญชาการหลังนี้มีสำนักงานใหญ่อยู่ที่ฟอร์ตตั้งแต่ปี 1973 จนกระทั่งฟอร์ตถูกยุบในปี 2011 ^{[ 10 ]}ในช่วงต้นศตวรรษที่ 21 ฟอร์ตมอนโรมีประชากรทำงานประมาณ 3,000 คน รวมถึง 1,000 คนในเครื่องแบบ