อ่าน 27 นาที
จีโนมมนุษย์
จีโนมของมนุษย์คือชุดลำดับดีเอ็นเอที่สมบูรณ์สำหรับออโตโซมทั้ง 22 โครโมโซม และ โครโมโซมเพศสองคู่ที่แตกต่างกัน(X และ Y) โมเลกุลดีเอ็นเอขนาดเล็กพบได้ภายในไมโทคอนเดรีย แต่ละตัว
จีโนมมนุษย์
ภาพแสดงแผนผังของคาริโอไทป์ แบบดิพลอยด์ของมนุษย์ แสดงให้เห็นถึงการจัดเรียงของจีโนมเป็นโครโมโซม รวมถึงแถบและแถบย่อยที่ระบุไว้ดังที่เห็นได้จากการย้อมสีแบบ Gภาพวาดนี้แสดงทั้งโครโมโซมคู่ที่ 23 ของเพศหญิง (XX) และเพศชาย (XY) การเปลี่ยนแปลงของโครโมโซมในระหว่างวงจรเซลล์แสดงอยู่ตรงกลางด้านบนจีโนมของไมโทคอนเดรียแสดงตามสเกลจริงที่ด้านล่างซ้าย | |
| NCBI ID | GCA_009914755.4 |
|---|---|
| รหัสการประกอบจีโนมของ UCSC Genome Browser | เอชเอส1 |
จีโนมของมนุษย์คือชุดลำดับดีเอ็นเอที่สมบูรณ์สำหรับออโตโซมทั้ง 22 โครโมโซม และ โครโมโซมเพศสองคู่ที่แตกต่างกัน(X และ Y) โมเลกุลดีเอ็นเอขนาดเล็กพบได้ภายในไมโทคอนเดรีย แต่ละตัว โดยปกติจะถือว่าแยกกันเป็นจีโนมนิวเคลียร์และจีโนมไมโทคอนเดรีย[ 1 ]
จีโนมมนุษย์ประกอบด้วยทั้งยีนและองค์ประกอบดีเอ็นเอเชิงหน้าที่ประเภทอื่นๆ องค์ประกอบเชิงหน้าที่นี้มีความหลากหลายมาก ซึ่งรวมถึงบริเวณโครงสร้าง ดีเอ็นเอควบคุม เทโลเมียร์เซนโทรเมียร์และจุดเริ่มต้นของการจำลอง แบบ นอกจากนี้ ยัง มี องค์ประกอบที่เคลื่อนย้ายได้จำนวนมาก ดีเอ็นเอ ของไวรัสที่เข้ามาอยู่ในจีโนม ยีนเทียมที่ไม่ทำงานและลำดับซ้ำๆ ที่เรียบง่ายจำนวนมากอินทรอนประกอบขึ้นเป็นสัดส่วนใหญ่ของจีโนมมนุษย์
จีโนมบางส่วนเป็น ดีเอ็นเอขยะที่ไม่ทำงานเช่น ยีนเทียม แต่ยังไม่มีข้อสรุปที่แน่ชัดเกี่ยวกับปริมาณดีเอ็นเอขยะทั้งหมด
ขนาดของจีโนมมนุษย์
ในปี 2000 นักวิทยาศาสตร์รายงานว่าได้จัดลำดับจีโนมมนุษย์ไปแล้ว 88% [ 2 ]แต่ในปี 2020 อย่างน้อย 8% ยังคงขาดหายไป[ 3 ]ในปี 2021 นักวิทยาศาสตร์รายงานว่าได้จัดลำดับจีโนมเพศหญิงที่สมบูรณ์ (กล่าวคือ ไม่รวมโครโมโซม Y) [ 4 ] [ 3 ]โครโมโซมY ของมนุษย์ซึ่งประกอบด้วยเบสคู่ 62,460,029 คู่ จากเซลล์สายพันธุ์อื่นและพบในเพศชายทุกคน ได้รับการจัดลำดับอย่างสมบูรณ์ในเดือนมกราคม 2022 [ 5 ]
จีโนมอ้างอิงมาตรฐานเวอร์ชันปัจจุบันเรียกว่า GRCh38.p14 (กรกฎาคม 2023) ประกอบด้วยออโตโซม 22 คู่ บวกกับโครโมโซม X หนึ่งชุด และโครโมโซม Y หนึ่งชุด มีเบสคู่ประมาณ 3.1 พันล้านคู่[ 6 ]ซึ่งแสดงถึงขนาดของจีโนมแบบผสมที่อิงตามข้อมูลจากบุคคลหลายคน แต่เป็นการบ่งชี้ที่ดีถึงปริมาณ DNA ทั่วไปในชุดโครโมโซมแฮพลอยด์ เนื่องจากโครโมโซม Y มีขนาดค่อนข้างเล็ก[ 7 ]เซลล์มนุษย์ส่วนใหญ่เป็นแบบดิพลอยด์ ดังนั้นจึงมี DNA มากเป็นสองเท่า (~6.2 พันล้านเบสคู่)
ในปี 2023 มีการเผยแพร่ร่างข้อมูลอ้างอิงแพนจีโนม ของมนุษย์ [ 8 ]โดยอิงจากจีโนม 47 ชุดจากผู้คนที่มีเชื้อชาติหลากหลาย[ 8 ]ขณะนี้กำลังดำเนินการจัดทำข้อมูลอ้างอิงที่ได้รับการปรับปรุงให้ดีขึ้น ซึ่งครอบคลุมความหลากหลายทางชีวภาพมากขึ้นจากกลุ่มตัวอย่างที่กว้างขึ้น[ 8 ]
แม้ว่าจะมีความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญระหว่างจีโนมของมนุษย์แต่ละคน (ประมาณ 0.1% เนื่องมาจากตัวแปรนิวคลีโอไทด์เดี่ยว[ 9 ]และ 0.6% เมื่อพิจารณาอินเดล ) [ 10 ]แต่ความแตกต่างเหล่านี้มีขนาดเล็กกว่าความแตกต่างระหว่างมนุษย์กับญาติที่ใกล้ชิดที่สุดที่ยังมีชีวิตอยู่ ได้แก่โบโนโบและชิมแปนซี ( ตัวแปรนิวคลีโอไทด์เดี่ยวคงที่ประมาณ 1.1% [ 11 ]และ 4% เมื่อรวมอินเดล) [ 12 ]
การจัดระเบียบระดับโมเลกุลและเนื้อหาของยีน
ความยาวทั้งหมดของจีโนมอ้างอิง ของมนุษย์ ไม่ได้แสดงถึงลำดับของบุคคลใดบุคคลหนึ่งโดยเฉพาะ และไม่ได้แสดงถึงลำดับของ DNA ทั้งหมดที่พบในเซลล์ จีโนมอ้างอิงของมนุษย์ประกอบด้วยสำเนาหนึ่งชุดของออโตโซมที่เป็นคู่กันและเป็นโฮโมล็อก บวกกับสำเนาหนึ่งชุดของโครโมโซมเพศทั้งสอง (X และ Y) ปริมาณ DNA ทั้งหมดในจีโนมอ้างอิงนี้คือ 3.1 พันล้านคู่เบส[ 13 ]
ยีนที่เข้ารหัสโปรตีน
ลำดับเบสที่เข้ารหัสโปรตีนเป็นส่วนประกอบของจีโนมมนุษย์ที่ได้รับการศึกษาและเข้าใจมากที่สุด ลำดับเบสเหล่านี้เป็นต้นกำเนิดของการสร้างโปรตีน ทั้งหมดในร่างกายมนุษย์ อย่างไรก็ตาม กระบวนการทางชีวภาพหลายอย่าง (เช่นการจัดเรียงตัวใหม่ของ DNAและการตัดต่อ pre-mRNA แบบทางเลือก ) อาจนำไปสู่การสร้างโปรตีนที่ไม่ซ้ำกันได้มากกว่าจำนวนยีนที่เข้ารหัสโปรตีน
จีโนมอ้างอิงของมนุษย์ประกอบด้วยยีนที่เข้ารหัสโปรตีนประมาณ 19,000 ถึง 20,000 ยีน[ 14 ] [ 15 ]ยีนเหล่านี้มีอินทรอนเฉลี่ย 10 ตัว และขนาดเฉลี่ยของอินทรอนอยู่ที่ประมาณ 6 กิโลเบส (6,000 คู่เบส) [ 16 ]ซึ่งหมายความว่าขนาดเฉลี่ยของยีนที่เข้ารหัสโปรตีนอยู่ที่ประมาณ 62 กิโลเบส และยีนเหล่านี้ใช้พื้นที่ประมาณ 40% ของจีโนม[ 17 ]
ลำดับเอ็กซอนประกอบด้วย DNA ที่เข้ารหัสและบริเวณที่ไม่ถูกแปล (UTR) ที่ปลายทั้งสองข้างของ mRNA ที่สมบูรณ์ ปริมาณ DNA ที่เข้ารหัสทั้งหมดคิดเป็นประมาณ 1-2% ของจีโนม[ 18 ] [ 16 ]
หลายคนแบ่งจีโนมออกเป็นดีเอ็นเอส่วนที่เข้ารหัสและดีเอ็นเอส่วนที่ไม่เข้ารหัส โดยยึดหลักว่าดีเอ็นเอส่วนที่เข้ารหัสเป็นส่วนประกอบที่สำคัญที่สุดในการทำงานของจีโนม ประมาณ 98-99% ของจีโนมมนุษย์เป็นดีเอ็นเอส่วนที่ไม่เข้ารหัส
ยีนที่ไม่เข้ารหัส
โมเลกุล RNA ที่ไม่เข้ารหัสมีบทบาทสำคัญหลายอย่างในเซลล์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในปฏิกิริยาการสังเคราะห์โปรตีนและการประมวลผล RNAยีนที่ไม่เข้ารหัส ได้แก่ ยีนสำหรับtRNA , ribosomal RNA, microRNA , snRNAและlong non-coding RNA (lncRNA) [ 19 ] [ 20 ] [ 21 ] [ 22 ]จำนวนยีนที่ไม่เข้ารหัสที่รายงานยังคงเพิ่มขึ้นอย่างช้าๆ แต่จำนวนที่แน่นอนในจีโนมมนุษย์ยังไม่ได้รับการกำหนด RNA จำนวนมากเชื่อว่าไม่มีฟังก์ชัน[ 23 ]
ncRNA จำนวนมากเป็นองค์ประกอบสำคัญในการควบคุมและการแสดงออกของยีน RNA ที่ไม่เข้ารหัสยังมีส่วนร่วมในด้านเอพิเจเนติกส์ การถอดรหัส การตัดต่อ RNA และกลไกการแปล บทบาทของ RNA ในการควบคุมทางพันธุกรรมและโรคต่างๆ นำเสนอระดับความซับซ้อนของจีโนมที่ยังไม่ถูกสำรวจในระดับใหม่[ 24 ]
ยีนเทียม
ยีนเทียมเป็นสำเนาที่ไม่ทำงานของยีนที่เข้ารหัสโปรตีน ซึ่งมักเกิดจากการจำลองยีนและกลายเป็นยีนที่ไม่ทำงานเนื่องจากการสะสมของการกลายพันธุ์ที่ทำให้ไม่ทำงาน จำนวนยีนเทียมในจีโนมของมนุษย์มีประมาณ 13,000 [ 25 ]และในบางโครโมโซมมีจำนวนเกือบเท่ากับจำนวนยีนที่เข้ารหัสโปรตีนที่ทำงานได้ การจำลองยีนเป็นกลไกหลักในการสร้างวัสดุพันธุกรรมใหม่ระหว่างวิวัฒนาการระดับโมเลกุล
ตัวอย่างเช่น ตระกูลยีน ตัวรับกลิ่นเป็นหนึ่งในตัวอย่างที่มีการบันทึกอย่างดีที่สุดของยีนเทียมในจีโนมมนุษย์ มากกว่า 60 เปอร์เซ็นต์ของยีนในตระกูลนี้เป็นยีนเทียมที่ไม่มีการทำงานในมนุษย์ เมื่อเปรียบเทียบกันแล้ว มีเพียง 20 เปอร์เซ็นต์ของยีนในตระกูลยีนตัวรับกลิ่นของหนูเท่านั้นที่เป็นยีนเทียม งานวิจัยชี้ให้เห็นว่านี่เป็นลักษณะเฉพาะของสายพันธุ์ เนื่องจากไพรเมตที่ใกล้เคียงกันที่สุดทั้งหมดมีสัดส่วนของยีนเทียมที่น้อยกว่า การค้นพบทางพันธุกรรมนี้ช่วยอธิบายประสาทสัมผัสการดมกลิ่นที่อ่อนกว่าในมนุษย์เมื่อเทียบกับสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมชนิดอื่น[ 26 ]
ลำดับดีเอ็นเอควบคุม
จีโนมของมนุษย์มีลำดับควบคุม ที่แตกต่างกันมากมาย ซึ่งมีความสำคัญต่อการควบคุมการแสดงออกของยีนนักวิทยาศาสตร์บางคนเชื่อว่าลำดับเหล่านี้ประกอบขึ้นเป็น 8% ของจีโนม[ 27 ]แต่นักวิทยาศาสตร์คนอื่นๆ คาดการณ์ว่า 20% หรือมากกว่าของจีโนมของมนุษย์อาจอุทิศให้กับลำดับควบคุม[ 28 ] [ 29 ]
ค่า 8% จะสอดคล้องกับดีเอ็นเอควบคุมประมาณ 10,000 bp ต่อหนึ่งยีน และค่า 20% จะสอดคล้องกับดีเอ็นเอควบคุม 25,000 bp ต่อหนึ่งยีน นักวิทยาศาสตร์หลายคนคิดว่าการประมาณค่าเหล่านี้สูงเกินไปอย่างไม่สมเหตุสมผลและขัดแย้งกับมุมมองที่ว่าจีโนมเพียง 10% เท่านั้นที่มีฟังก์ชันการทำงาน และ 90% เป็นดีเอ็นเอขยะ[ 30 ]
ลำดับควบคุมได้รับการรู้จักมาตั้งแต่ปลายทศวรรษ 1960 [ 31 ]การระบุลำดับควบคุมในจีโนมมนุษย์ครั้งแรกอาศัยเทคโนโลยีดีเอ็นเอลูกผสม[ 32 ] ต่อมาด้วยการมาถึงของการจัดลำดับจีโนม การระบุลำดับเหล่านี้สามารถอนุมานได้จากการอนุรักษ์ทางวิวัฒนาการ ตัวอย่างเช่นสาขาวิวัฒนาการระหว่างไพรเมตและหนู เกิดขึ้นเมื่อ 70–90 ล้านปีก่อน [ 33 ]ดังนั้นการเปรียบเทียบลำดับยีนด้วยคอมพิวเตอร์ที่ระบุลำดับที่ได้รับการอนุรักษ์จะเป็นตัวบ่งชี้ถึงความสำคัญของลำดับเหล่านั้นในหน้าที่ต่างๆ เช่น การควบคุมยีน[ 34 ]
ผลลัพธ์บ่งชี้ว่าจีโนมของมนุษย์ประมาณ 10% ได้รับการอนุรักษ์ไว้[ 35 ] [ 36 ]มีการจัดลำดับจีโนมของมนุษย์หลายแสนลำดับ และมีความแปรผันระหว่างบุคคลจำนวนมาก มีเพียง 10% ของจีโนมเท่านั้นที่ดูเหมือนจะได้รับการปกป้องจากการกลายพันธุ์โดยการคัดเลือกแบบบริสุทธิ์[ 37 ]
นับตั้งแต่ปี 2012 ความพยายามได้เปลี่ยนไปสู่การค้นหาปฏิสัมพันธ์ระหว่าง DNA และโปรตีนควบคุมโดยใช้เทคนิคChIP-Seqหรือช่องว่างที่ DNA ไม่ได้ถูกบรรจุโดยฮิสโตน ( ไซต์ที่ไวต่อ DNase ) ซึ่งทั้งสองอย่างนี้จะบอกตำแหน่งที่มีลำดับควบคุมที่เป็นไปได้ในเซลล์ประเภทที่ทำการศึกษา[ 27 ]
ลำดับดีเอ็นเอซ้ำๆ
ลำดับดีเอ็นเอที่ซ้ำกันประกอบขึ้นเป็นประมาณ 50% ของจีโนมมนุษย์[ 38 ]
ประมาณ 8% ของจีโนมมนุษย์ประกอบด้วยอาร์เรย์ DNA แบบเรียงต่อกันหรือลำดับซ้ำแบบเรียงต่อกันซึ่งเป็นลำดับซ้ำที่มีความซับซ้อนต่ำและมีสำเนาที่อยู่ติดกันหลายชุด (เช่น "CAGCAGCAG...") [ 39 ]ลำดับแบบเรียงต่อกันอาจมีความยาวแปรผันได้ ตั้งแต่สองนิวคลีโอไทด์ไปจนถึงหลายสิบนิวคลีโอไทด์ ลำดับเหล่านี้มีความแปรผันสูง แม้แต่ในบุคคลที่มีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกัน ดังนั้นจึงใช้สำหรับการทดสอบ DNA ทางพันธุศาสตร์และการวิเคราะห์ DNA ทางนิติวิทยาศาสตร์[ 40 ]
ลำดับนิวคลีโอไทด์ที่ซ้ำกันน้อยกว่าสิบตัว (เช่น ลำดับไดนิวคลีโอไทด์ (AC) n ) เรียกว่าลำดับไมโครแซทเทลไลต์ ในบรรดาลำดับไมโครแซทเทลไลต์ ลำดับไตรนิวคลีโอไทด์มีความสำคัญเป็นพิเศษ เนื่องจากบางครั้งเกิดขึ้นภายในบริเวณที่เข้ารหัสของยีนสำหรับโปรตีนและอาจนำไปสู่ความผิดปกติทางพันธุกรรม ตัวอย่างเช่น โรคฮันติงตันเกิดจากการขยายตัวของลำดับไตรนิวคลีโอไทด์ (CAG) nภายใน ยีน ฮันติงติ น บนโครโมโซมที่ 4 ของมนุษย์ เทโลเมียร์ (ปลายของโครโมโซมเชิงเส้น) สิ้นสุดด้วยลำดับเฮกซานิวคลีโอไทด์ไมโครแซท เท ลไลต์ที่มีลำดับ (TTAGGG) n
ลำดับที่ซ้ำกันแบบต่อเนื่องของลำดับที่ยาวกว่า (อาร์เรย์ของลำดับที่ซ้ำกันยาว 10–60 นิวคลีโอไทด์) เรียกว่ามินิแซทเทลไลท์[ 41 ]
องค์ประกอบ ทางพันธุกรรมที่เคลื่อนย้ายได้ (Transposable genetic elements ) ซึ่งเป็นลำดับดีเอ็นเอที่สามารถจำลองตัวเองและแทรกสำเนาของตัวเองในตำแหน่งอื่นภายในจีโนมของโฮสต์ เป็นองค์ประกอบที่พบได้มากในจีโนมของมนุษย์ สายพันธุ์ทรานสโพซอนที่พบมากที่สุดคือAluมีสำเนาที่ใช้งานได้ประมาณ 50,000 ชุด[ 42 ]และสามารถแทรกเข้าไปในบริเวณอินทราจีนิกและอินเตอร์จีนิกได้[ 43 ]สายพันธุ์อื่น ๆ อีกสายพันธุ์หนึ่งคือ LINE-1 มีสำเนาที่ใช้งานได้ประมาณ 100 ชุดต่อจีโนม (จำนวนจะแตกต่างกันไปในแต่ละบุคคล) [ 44 ]เมื่อรวมกับซากที่ไม่ทำงานของทรานสโพซอนเก่า พวกมันคิดเป็นสัดส่วนมากกว่าครึ่งหนึ่งของดีเอ็นเอทั้งหมดของมนุษย์[ 45 ]บางครั้งเรียกว่า "ยีนกระโดด" ทรานสโพซอนมีบทบาทสำคัญในการสร้างรูปร่างของจีโนมมนุษย์ ลำดับเหล่านี้บางส่วนแสดงถึงเรโทรไวรัสภายใน (endogenous retroviruses ) ซึ่งเป็นสำเนาดีเอ็นเอของลำดับไวรัสที่รวมเข้ากับจีโนมอย่างถาวรและถูกส่งต่อไปยังรุ่นต่อ ๆ ไป นอกจากนี้ ยังมีไวรัสเรโทรจำนวนมากในดีเอ็นเอของมนุษย์อย่างน้อย 3 ชนิดได้รับการพิสูจน์แล้วว่ามีหน้าที่สำคัญ (เช่น HERV-K ที่มีหน้าที่การทำงานคล้ายกับ HIV ; ยีนเปลือกของไวรัสที่ไม่ทำงานอย่าง HERV-W และ HERV-FRD มีบทบาทในการสร้างรกโดยการกระตุ้นการรวมตัวของเซลล์)
องค์ประกอบเคลื่อนที่ภายในจีโนมมนุษย์สามารถจำแนกได้เป็นLTR retrotransposons (8.3% ของจีโนมทั้งหมด), SINEs (13.1% ของจีโนมทั้งหมด) ซึ่งรวมถึงองค์ประกอบ Alu , LINEs (20.4% ของจีโนมทั้งหมด), SVAs (SINE- VNTR -Alu) และDNA transposons คลาส II (2.9% ของจีโนมทั้งหมด)
ดีเอ็นเอขยะ
ไม่มีฉันทามติเกี่ยวกับองค์ประกอบ "ที่ใช้งานได้" ในจีโนม เนื่องจากนักพันธุศาสตร์ นักชีววิทยาเชิงวิวัฒนาการ และนักชีววิทยาโมเลกุลใช้คำจำกัดความและวิธีการที่แตกต่างกัน[ 46 ] [ 47 ]เนื่องมาจากความกำกวมในคำศัพท์ จึงเกิดแนวคิดที่แตกต่างกันขึ้น[ 48 ]ในคำจำกัดความเชิงวิวัฒนาการ DNA "ที่ใช้งานได้" ไม่ว่าจะเป็นส่วนที่เข้ารหัสหรือไม่เข้ารหัส ล้วนมีส่วนช่วยให้สิ่งมีชีวิตมีความเหมาะสม และดังนั้นจึงได้รับการรักษาไว้ด้วยแรงกดดันเชิงวิวัฒนาการ เชิงลบ ในขณะที่ DNA "ที่ไม่ทำงาน" ไม่มีประโยชน์ต่อสิ่งมีชีวิต และดังนั้นจึงอยู่ภายใต้แรงกดดันเชิงคัดเลือกที่เป็นกลาง DNA ประเภทนี้ถูกอธิบายว่าเป็นDNA ขยะ [ 49 ] [ 50 ] ในคำจำกัดความทางพันธุกรรม DNA "ที่ใช้งานได้" เกี่ยวข้องกับวิธีที่ส่วนของ DNA แสดงออกโดยฟีโนไทป์ และ "ที่ไม่ทำงาน" เกี่ยวข้องกับผลกระทบจากการสูญเสียการทำงานของสิ่งมีชีวิต[ 46 ]ในคำจำกัดความทางชีวเคมี DNA ที่ "ทำหน้าที่" หมายถึงลำดับ DNA ที่ระบุผลิตภัณฑ์โมเลกุล (เช่น RNA ที่ไม่เข้ารหัส) และกิจกรรมทางชีวเคมีที่มีบทบาทเชิงกลไกในการควบคุมยีนหรือจีโนม (เช่น ลำดับ DNA ที่ส่งผลต่อกิจกรรมระดับเซลล์ เช่น ประเภทเซลล์ สภาวะ และกระบวนการโมเลกุล) [ 51 ] [ 46 ]ไม่มีข้อสรุปในวรรณกรรมเกี่ยวกับปริมาณของ DNA ที่ทำหน้าที่ เนื่องจากขึ้นอยู่กับว่า "หน้าที่" นั้นเข้าใจอย่างไร ช่วงต่างๆ ได้รับการประมาณไว้ตั้งแต่มากถึง 90% ของจีโนมมนุษย์น่าจะเป็น DNA ที่ไม่ทำงาน (DNA ขยะ) [ 52 ]ไปจนถึงมากถึง 80% ของจีโนมน่าจะเป็น DNA ที่ทำหน้าที่[ 53 ]นอกจากนี้ยังเป็นไปได้ที่ DNA ขยะอาจได้รับหน้าที่ในอนาคตและอาจมีบทบาทในวิวัฒนาการ[ 54 ]แต่สิ่งนี้มีแนวโน้มที่จะเกิดขึ้นน้อยมาก[ 49 ]สุดท้าย DNA ที่เป็นอันตรายต่อสิ่งมีชีวิตและอยู่ภายใต้ แรง กดดันการคัดเลือกเชิงลบเรียกว่า DNA ขยะ[ 50 ]
การจัดลำดับ
ลำดับจีโนมมนุษย์ชุดแรกได้รับการตีพิมพ์ในรูปแบบร่างที่เกือบสมบูรณ์ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2544 โดยโครงการจีโนมมนุษย์[ 55 ]และบริษัท Celera [ 56 ] ความสำเร็จของความพยายามในการจัดลำดับจีโนมมนุษย์ได้รับการประกาศในปี พ.ศ. 2547 ด้วยการตีพิมพ์ลำดับจีโนมฉบับร่าง ซึ่งเหลือช่องว่างเพียง 341 ช่องในลำดับ ซึ่งแสดงถึงดีเอ็นเอที่มีการทำซ้ำสูงและดีเอ็นเออื่นๆ ที่ไม่สามารถจัดลำดับได้ด้วยเทคโนโลยีที่มีอยู่ในขณะนั้น[ 57 ]จีโนมมนุษย์เป็นจีโนมของสัตว์มีกระดูกสันหลังชนิดแรกที่ได้รับการจัดลำดับจนเกือบสมบูรณ์ และในปี พ.ศ. 2561 จีโนมแบบดิพลอยด์ของมนุษย์มากกว่าหนึ่งล้านคนได้รับการกำหนดโดยใช้การจัดลำดับรุ่นต่อไป[ 58 ]
ข้อมูลเหล่านี้ถูกนำไปใช้ทั่วโลกในวิทยาศาสตร์ชีวการแพทย์ มานุษยวิทยานิติวิทยาศาสตร์และสาขาวิทยาศาสตร์อื่นๆ การศึกษาทางด้านจีโนมิกส์ดังกล่าวได้นำไปสู่ความก้าวหน้าในการวินิจฉัยและรักษาโรค ตลอดจนความเข้าใจใหม่ๆ ในหลายสาขาชีววิทยา รวมถึงวิวัฒนาการของมนุษย์
ภายในปี 2018 จำนวนยีนทั้งหมดเพิ่มขึ้นเป็นอย่างน้อย 46,831 ยีน[ 59 ] บวกกับ ยีนไมโครอาร์เอ็นเออีก 2,300 ยีน [ 60 ]การสำรวจประชากรในปี 2018 พบว่ามีเบสของจีโนมมนุษย์อีก 300 ล้านเบสที่ไม่อยู่ในลำดับอ้างอิง[ 61 ]ก่อนที่จะได้รับลำดับจีโนมทั้งหมด การประมาณจำนวนยีนของมนุษย์มีตั้งแต่ 50,000 ถึง 140,000 ยีน (โดยมีความคลุมเครือบ้างเป็นครั้งคราวว่าการประมาณเหล่านี้รวมถึงยีนที่ไม่เข้ารหัสโปรตีนหรือไม่) [ 62 ]เมื่อคุณภาพของลำดับจีโนมและวิธีการระบุยีนที่เข้ารหัสโปรตีนดีขึ้น[ 57 ]จำนวนยีนที่เข้ารหัสโปรตีนที่ได้รับการยอมรับลดลงเหลือ 19,000–20,000 ยีน[ 63 ]
ในปี 2022 กลุ่มความร่วมมือ Telomere-to-Telomere (T2T) ได้รายงานลำดับจีโนมเพศหญิงของมนุษย์ที่สมบูรณ์[ 3 ]ซึ่งเติมเต็มช่องว่างทั้งหมดในโครโมโซม X (2020) และออโตโซมทั้ง 22 คู่ (พฤษภาคม 2021) [ 3 ] [ 64 ]ส่วนที่ยังไม่ได้จัดลำดับก่อนหน้านี้ประกอบด้วย ยีนที่เกี่ยวข้อง กับการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันซึ่งช่วยในการปรับตัวและเอาชีวิตรอดจากการติดเชื้อ รวมถึงยีนที่สำคัญสำหรับการทำนายการตอบสนองต่อยา[ 65 ]ลำดับจีโนมมนุษย์ที่สมบูรณ์จะช่วยให้เข้าใจการก่อตัวของมนุษย์ในฐานะสิ่งมีชีวิตแต่ละตัวได้ดียิ่งขึ้น และเข้าใจว่ามนุษย์มีความแตกต่างกันอย่างไรทั้งระหว่างกันเองและกับสายพันธุ์อื่นๆ[ 65 ]
แม้ว่าจะมีการประกาศ "ความสำเร็จ" ของโครงการจีโนมมนุษย์ในปี 2001 [ 2 ]แต่ก็ยังคงมีช่องว่างอยู่หลายร้อยช่อง โดยประมาณ 5–10% ของลำดับทั้งหมดยังคงไม่ได้รับการกำหนด ข้อมูลทางพันธุกรรมที่หายไปส่วนใหญ่จะอยู่ใน บริเวณเฮเท อโรโครมาติ นที่ซ้ำกัน และใกล้กับเซนโทรเมียร์และเทโลเมียร์รวมถึงบริเวณยูโครมาติน ที่เข้ารหัสยีนบางส่วนด้วย [ 66 ]ยังคงมีช่องว่างยูโครมาติน 160 ช่องในปี 2015 เมื่อมีการกำหนดลำดับที่ครอบคลุมอีก 50 บริเวณที่ไม่เคยมีการจัดลำดับมาก่อน[ 67 ]จนกระทั่งในปี 2020 จึงมีการกำหนดลำดับเทโลเมียร์ถึงเทโลเมียร์ที่สมบูรณ์อย่างแท้จริงเป็นครั้งแรกของโครโมโซมมนุษย์ นั่นคือโครโมโซมX [ 68 ]ลำดับเทโลเมียร์ถึงเทโลเมียร์ที่สมบูรณ์เป็นครั้งแรกของโครโมโซมออโตโซมของมนุษย์โครโมโซม 8ตามมาในอีกหนึ่งปีต่อมา[ 69 ]จีโนมมนุษย์ฉบับสมบูรณ์ (ไม่รวมโครโมโซม Y) ได้รับการเผยแพร่ในปี 2021 ในขณะที่ฉบับรวมโครโมโซม Y ได้รับการเผยแพร่ในเดือนมกราคม 2022 [ 3 ] [ 4 ] [ 70 ]
ในปี 2023 กลุ่ม T2T ได้รายงานลำดับสมบูรณ์ของโครโมโซม Y ของมนุษย์ ซึ่งเป็นโครโมโซมสุดท้ายที่เสร็จสมบูรณ์ โดยแก้ไขข้อผิดพลาดในเอกสารอ้างอิงก่อนหน้านี้ และเพิ่มเบสคู่มากกว่า 30 ล้านคู่ที่ขาดหายไปจากGRCh38 [ 71 ] การศึกษาร่วมที่รวบรวมโครโมโซม Y จำนวน 43 โครโมโซมจากสายพันธุ์ที่หลากหลาย พบว่าความยาวของโครโมโซมเหล่านี้แตกต่างกันมากกว่าสองเท่าระหว่างผู้ชาย[ 72 ]
ในปี 2025 ทีมวิจัยได้เก็บรักษาสำเนาดิจิทัลของจีโนมมนุษย์ไว้บนผลึกหน่วยความจำ 5 มิติโดยใช้เทคโนโลยีการจารึกด้วยเลเซอร์เฟมโตวินาที จีโนมนี้ถูกจัดเก็บไว้เป็นส่วนหนึ่งของความพยายามในการเก็บรักษาข้อมูลทางชีววิทยาในระยะยาว ซึ่งมีจุดประสงค์เพื่อเก็บรักษาข้อมูลทางชีววิทยาไว้เป็นระยะเวลานานมาก (หลายพันล้านปี) และถูกเก็บไว้ในคลัง ข้อมูล Memory of Mankindในถ้ำเกลือในเมืองฮัลล์สตัดท์ ประเทศออสเตรีย[ 73 ] [ 74 ]
ความแปรผันทางพันธุกรรมในมนุษย์
จีโนมอ้างอิงของมนุษย์
ยกเว้นฝาแฝดเหมือนกัน มนุษย์ทุกคนแสดงให้เห็นถึงความแปรผันอย่างมีนัยสำคัญในลำดับดีเอ็นเอจีโนมจีโนมอ้างอิง ของมนุษย์ (HRG) ถูกใช้เป็นลำดับอ้างอิงมาตรฐาน
มีประเด็นสำคัญหลายประการเกี่ยวกับจีโนมอ้างอิงของมนุษย์:
- HRG เป็นลำดับแฮพลอยด์ โครโมโซมแต่ละตัวถูกแทนด้วยโครโมโซมเพียงชุดเดียว
- HRG เป็นลำดับข้อมูลแบบผสม และไม่ได้สอดคล้องกับบุคคลใดบุคคลหนึ่งโดยเฉพาะ
- HRG จะได้รับการปรับปรุงเป็นระยะเพื่อแก้ไขข้อผิดพลาด ความคลุมเครือ และ "ช่องว่าง" ที่ไม่ทราบสาเหตุ
- แบบจำลอง HRG ไม่ได้แสดงถึงบุคคลในอุดมคติหรือสมบูรณ์แบบแต่อย่างใด มันเป็นเพียงแบบจำลองหรือภาพจำลองมาตรฐานที่ใช้เพื่อการเปรียบเทียบเท่านั้น
กลุ่มอ้างอิงจีโนมมีหน้าที่รับผิดชอบในการอัปเดต HRG เวอร์ชัน 38 ได้รับการเผยแพร่ในเดือนธันวาคม 2013 [ 75 ]
การวัดความแปรผันทางพันธุกรรมของมนุษย์
การศึกษาส่วนใหญ่เกี่ยวกับความแปรผันทางพันธุกรรมของมนุษย์มุ่งเน้นไปที่โพลีมอร์ฟิซึมของนิวคลีโอไทด์เดี่ยว (SNP) ซึ่งเป็นการแทนที่ในเบสแต่ละตัวตามโครโมโซม การวิเคราะห์ส่วนใหญ่ประมาณการว่า SNP เกิดขึ้น 1 ใน 1,000 คู่เบสโดยเฉลี่ยใน จีโนม ยูโครมาติกของมนุษย์ แม้ว่าจะไม่ได้เกิดขึ้นในความหนาแน่นที่สม่ำเสมอ ดังนั้นจึงมีคำกล่าวที่นิยมกันว่า "เราทุกคน ไม่ว่าจะ เป็น เชื้อชาติใด ก็มีพันธุกรรมเหมือนกัน 99.9%" [ 76 ]แม้ว่านักพันธุศาสตร์ส่วนใหญ่จะมีข้อจำกัดอยู่บ้าง ตัวอย่างเช่น ปัจจุบันเชื่อกันว่าสัดส่วนของจีโนมที่เกี่ยวข้องกับความแปรผันของจำนวนสำเนามีขนาด ใหญ่กว่ามาก [ 77 ]โครงการ International HapMapกำลังดำเนินการความพยายามร่วมกันขนาดใหญ่เพื่อจัดทำรายการความแปรผันของ SNP ในจีโนมของมนุษย์[ 78 ]
ตำแหน่งทางพันธุกรรมและความยาวของลำดับซ้ำ ขนาดเล็กบางประเภท มีความแปรผันสูงมากในแต่ละบุคคล ซึ่งเป็นพื้นฐานของเทคโนโลยีการตรวจลายนิ้วมือดีเอ็นเอและการตรวจพิสูจน์ความเป็นพ่อด้วย ดีเอ็นเอ ส่วนเฮเท อโรโครมาตินของจีโนมมนุษย์ ซึ่งมีจำนวนเบสคู่หลายร้อยล้านคู่ ก็เชื่อว่ามีความแปรผันค่อนข้างมากในประชากรมนุษย์เช่นกัน (เนื่องจากมีการซ้ำซ้อนและยาวมากจนไม่สามารถหาลำดับได้อย่างแม่นยำด้วยเทคโนโลยีในปัจจุบัน) บริเวณเหล่านี้มีจำนวนยีนน้อย และยังไม่ชัดเจนว่าความ แปรผันตามปกติ ของลำดับซ้ำหรือเฮเทอโรโครมาตินนั้นส่งผลต่อลักษณะ ทางฟีโนไทป์ อย่างมีนัยสำคัญหรือไม่
การกลายพันธุ์ทางพันธุกรรมขนาดใหญ่ส่วนใหญ่ในเซลล์สืบพันธุ์มักส่งผลให้ตัวอ่อนไม่สามารถมีชีวิตอยู่ได้ อย่างไรก็ตาม โรคต่างๆ ในมนุษย์จำนวนมากมีความเกี่ยวข้องกับความผิดปกติทางพันธุกรรมขนาดใหญ่ กลุ่มอาการดาวน์ กลุ่ม อาการเทอ ร์เนอร์และโรคอื่นๆ อีกหลายโรคเกิดจากการแยกตัวผิดปกติของโครโมโซมทั้งหมด เซลล์ มะเร็งมักมี โครโมโซมและแขนโครโมโซม ผิดปกติแม้ว่าจะยังไม่มีการพิสูจน์ความสัมพันธ์ แบบเหตุและผล ระหว่างความผิดปกติของโครโมโซมกับมะเร็งก็ตาม
การทำแผนที่ความแปรผันทางพันธุกรรมของมนุษย์
ในขณะที่ลำดับจีโนมแสดงรายการลำดับของเบส DNA ทุกตัวในจีโนม แผนที่จีโนมจะระบุจุดสังเกต แผนที่จีโนมมีรายละเอียดน้อยกว่าลำดับจีโนมและช่วยในการนำทางไปรอบๆ จีโนม[ 79 ] [ 80 ]
ตัวอย่างของแผนที่ความแปรผันคือ HapMap ซึ่งกำลังได้รับการพัฒนาโดยโครงการ International HapMap Project HapMap เป็น แผนที่ แฮพลอไทป์ของจีโนมมนุษย์ "ซึ่งจะอธิบายรูปแบบทั่วไปของความแปรผันของลำดับดีเอ็นเอของมนุษย์" [ 81 ]โดยจัดทำรายการรูปแบบของความแปรผันขนาดเล็กในจีโนมที่เกี่ยวข้องกับตัวอักษรดีเอ็นเอเดี่ยวหรือเบส
นักวิจัยได้ตีพิมพ์แผนที่ลำดับแรกของการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างขนาดใหญ่ทั่วทั้งจีโนมมนุษย์ในวารสารNatureในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2551 [ 82 ] [ 83 ]การเปลี่ยนแปลงโครงสร้างขนาดใหญ่คือความแตกต่างในจีโนมระหว่างบุคคลที่มีตั้งแต่ไม่กี่พันถึงไม่กี่ล้านเบส DNA บางส่วนเป็นการเพิ่มขึ้นหรือลดลงของลำดับจีโนม และบางส่วนปรากฏเป็นการจัดเรียงใหม่ของลำดับ การเปลี่ยนแปลงเหล่านี้รวมถึงความแตกต่างในจำนวนสำเนาของยีนเฉพาะที่แต่ละบุคคลมี การลบ การย้ายตำแหน่ง และการผกผัน
ความแปรผันเชิงโครงสร้าง
ความแปรผันเชิงโครงสร้างหมายถึงรูปแบบทางพันธุกรรมที่ส่งผลกระทบต่อส่วนใหญ่ของจีโนมมนุษย์ ซึ่งแตกต่างจากการกลายพันธุ์ แบบจุด โดยทั่วไปแล้ว รูปแบบโครงสร้าง (SVs) จะถูกกำหนดให้เป็นรูปแบบที่มีขนาด 50 คู่เบส (bp) หรือมากกว่า เช่น การลบ การเพิ่มจำนวน การแทรก การผกผัน และการจัดเรียงใหม่แบบอื่นๆ ประมาณ 90% ของรูปแบบโครงสร้างเป็นการลบที่ไม่ใช่ส่วนที่เข้ารหัส แต่คนส่วนใหญ่มีการลบดังกล่าวมากกว่าหนึ่งพันรายการ ขนาดของการลบมีตั้งแต่หลายสิบคู่เบสไปจนถึงหลายหมื่นคู่เบส[ 84 ]โดยเฉลี่ยแล้ว บุคคลจะมีรูปแบบโครงสร้างที่หายากประมาณ 3 รูปแบบที่เปลี่ยนแปลงบริเวณที่เข้ารหัส เช่น การลบเอ็กซอนประมาณ 2% ของบุคคลจะมีรูปแบบโครงสร้างขนาดเมกะเบสที่หายากมาก โดยเฉพาะอย่างยิ่งการจัดเรียงใหม่ นั่นคือ คู่เบสหลายล้านคู่อาจถูกผกผันภายในโครโมโซม คำว่าหายากมากหมายความว่าพบได้เฉพาะในบุคคลหรือสมาชิกในครอบครัวของพวกเขาเท่านั้น และดังนั้นจึงเกิดขึ้นเมื่อไม่นานมานี้[ 84 ]
ความถี่ของ SNP ทั่วทั้งจีโนมมนุษย์
โพลีมอร์ฟิซึมของนิวคลีโอไทด์เดี่ยว (SNPs) ไม่ได้เกิดขึ้นอย่างสม่ำเสมอทั่วทั้งจีโนมของมนุษย์ อันที่จริง มีความหลากหลายอย่างมากใน ความถี่ ของ SNPระหว่างยีน ซึ่งสะท้อนถึงแรงกดดันในการคัดเลือกที่แตกต่างกันในแต่ละยีน รวมถึงอัตราการกลายพันธุ์และการรวมตัวใหม่ที่แตกต่างกันทั่วทั้งจีโนม อย่างไรก็ตาม การศึกษาเกี่ยวกับ SNPs มักเอนเอียงไปทางบริเวณการเข้ารหัส ข้อมูลที่ได้จากการศึกษาเหล่านั้นจึงไม่น่าจะสะท้อนถึงการกระจายตัวโดยรวมของ SNPs ทั่วทั้งจีโนม ดังนั้น โปรโตคอลของ SNP Consortiumจึงถูกออกแบบมาเพื่อระบุ SNPs โดยไม่มีอคติไปทางบริเวณการเข้ารหัส และ SNPs จำนวน 100,000 ตัวของ Consortium โดยทั่วไปสะท้อนถึงความหลากหลายของลำดับทั่วทั้งโครโมโซมของมนุษย์SNP Consortiumมีเป้าหมายที่จะขยายจำนวน SNPs ที่ระบุได้ทั่วทั้งจีโนมให้เป็น 300,000 ตัวภายในสิ้นไตรมาสแรกของปี 2544 [ 85 ]

การเปลี่ยนแปลงในลำดับที่ไม่ใช่รหัสและการเปลี่ยนแปลงแบบเดียวกันในลำดับรหัสโดยทั่วไปพบได้บ่อยกว่าการเปลี่ยนแปลงแบบไม่เหมือนกัน ซึ่งสะท้อนให้เห็นถึงแรงกดดันในการคัดเลือกที่มากขึ้นซึ่งลดความหลากหลายในตำแหน่งที่กำหนดเอกลักษณ์ของกรดอะมิโน การเปลี่ยนแปลงแบบเปลี่ยนตำแหน่งพบได้บ่อยกว่าการเปลี่ยนแปลงแบบสลับตำแหน่ง โดยไดนิวคลีโอไทด์ CpG แสดงอัตราการกลายพันธุ์สูงสุด ซึ่งสันนิษฐานว่าเกิดจากการกำจัดหมู่เอมีน
จีโนมส่วนบุคคล
ลำดับจีโนมส่วนบุคคลคือลำดับ ที่สมบูรณ์ (เกือบ) ของคู่เบสทางเคมีที่ประกอบขึ้นเป็นDNAของบุคคลคนเดียว เนื่องจากการรักษาทางการแพทย์มีผลที่แตกต่างกันในแต่ละบุคคลเนื่องจากความแปรผันทางพันธุกรรม เช่น โพลีมอร์ฟิซึมของ นิวคลีโอไทด์เดี่ยว (SNPs) การวิเคราะห์จีโนมส่วนบุคคลอาจนำไปสู่การรักษาทางการแพทย์เฉพาะบุคคลตามจีโนไทป์ของแต่ละบุคคล[ 86 ]
ลำดับจีโนมส่วนบุคคลแรกที่ได้รับการกำหนดคือของเครก เวนเตอร์ในปี 2550 จีโนมส่วนบุคคลไม่ได้รับการจัดลำดับในโครงการจีโนมมนุษย์สาธารณะเพื่อปกป้องตัวตนของอาสาสมัครที่ให้ตัวอย่างดีเอ็นเอ ลำดับนั้นได้มาจากดีเอ็นเอของอาสาสมัครหลายคนจากประชากรที่หลากหลาย[ 87 ]อย่างไรก็ตาม ในช่วงเริ่มต้นของ ความพยายามในการจัดลำดับจีโนม ของ Celera Genomics ที่นำโดยเวนเตอร์ ได้ มีการตัดสินใจเปลี่ยนจากการจัดลำดับตัวอย่างแบบผสมไปเป็นการใช้ดีเอ็นเอจากบุคคลเพียงคนเดียว ซึ่งต่อมาพบว่าเป็นเวนเตอร์เอง ดังนั้นลำดับจีโนมมนุษย์ของ Celera ที่เผยแพร่ในปี 2543 จึงเป็นของชายคนเดียวเป็นส่วนใหญ่ การแทนที่ข้อมูลที่ได้มาจากตัวอย่างแบบผสมในช่วงแรกและการกำหนดลำดับแบบดิพลอยด์ ซึ่งแสดงถึงโครโมโซม ทั้งสองชุด แทนที่จะเป็นลำดับแบบแฮพลอยด์ที่รายงานไว้ในตอนแรก ทำให้สามารถเผยแพร่จีโนมส่วนบุคคลแรกได้[ 88 ]ในเดือนเมษายน 2551 จีโนมของเจมส์ วัตสันก็เสร็จสมบูรณ์เช่นกัน ในปี 2009 Stephen Quake ได้เผยแพร่ลำดับจีโนมของเขาเองที่ได้มาจากเครื่องจัดลำดับที่เขาออกแบบเองชื่อ Heliscope [ 89 ]ทีมงานจากมหาวิทยาลัยสแตนฟอร์ดที่นำโดยEuan Ashleyได้เผยแพร่กรอบการทำงานสำหรับการตีความทางการแพทย์ของจีโนมมนุษย์ที่นำไปใช้กับจีโนมของ Quake และทำการตัดสินใจทางการแพทย์โดยอาศัยข้อมูลจีโนมทั้งหมดเป็นครั้งแรก[ 90 ]ทีมงานดังกล่าวได้ขยายแนวทางนี้ไปยังครอบครัว West ซึ่งเป็นครอบครัวแรกที่ได้รับการจัดลำดับจีโนมเป็นส่วนหนึ่งของโครงการจัดลำดับจีโนมส่วนบุคคลของ Illumina [ 91 ] ตั้งแต่นั้นมา มีการเผยแพร่ลำดับจีโนมส่วนบุคคลหลายร้อยรายการ [ 92 ] รวมถึงของ Desmond Tutu [ 93 ] [ 94 ] และของชาว Paleo - Eskimo [ 95 ] ในปี 2012 ลำดับจีโนมทั้งหมดของสองครอบครัวสามคนจากทั้งหมด 1092 จีโนมได้รับการเผยแพร่สู่สาธารณะ[ 9 ]ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2556 ครอบครัวชาวสเปนได้เปิดเผยชุดข้อมูลเอ็กโซมส่วนบุคคล 4 ชุด (ประมาณ 1% ของจีโนม) สู่สาธารณะภายใต้ใบอนุญาตสาธารณะ Creative Commons [ 96 ] [ 97 ] โครงการจีโนมส่วนบุคคล (เริ่มต้นในปี พ.ศ. 2548) เป็นหนึ่งในไม่กี่โครงการที่เปิดเผยทั้งลำดับจีโนมและลักษณะทางฟีโนไทป์ทางการแพทย์ที่เกี่ยวข้องสู่สาธารณะ[ 98 ] [ 99 ]
การจัดลำดับจีโนมของแต่ละบุคคลเผยให้เห็นระดับความซับซ้อนทางพันธุกรรมที่ไม่เคยมีมาก่อน จีโนมิกส์ส่วนบุคคลช่วยเปิดเผยความหลากหลายอย่างมีนัยสำคัญในจีโนมของมนุษย์ ซึ่งไม่ได้เกิดจาก SNP เท่านั้น แต่ยังเกิดจากการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างด้วย อย่างไรก็ตาม การนำความรู้ดังกล่าวไปใช้ในการรักษาโรคและในสาขาการแพทย์ยังอยู่ในช่วงเริ่มต้นเท่านั้น[ 100 ]การจัดลำดับเอ็กโซมได้รับความนิยมมากขึ้นเรื่อยๆ ในฐานะเครื่องมือช่วยในการวินิจฉัยโรคทางพันธุกรรม เนื่องจากเอ็กโซมมีส่วนร่วมเพียง 1% ของลำดับจีโนม แต่คิดเป็นประมาณ 85% ของการกลายพันธุ์ที่ก่อให้เกิดโรคอย่างมีนัยสำคัญ[ 101 ]
การน็อกเอาต์ของมนุษย์
ในมนุษย์การกลายพันธุ์แบบน็อคเอาท์ของยีนเกิดขึ้นตามธรรมชาติในรูปแบบเฮเทอโรไซกัสหรือโฮโมไซกัส ซึ่งทำให้สูญเสียการทำงานของยีน การกลายพันธุ์แบบน็อคเอาท์เหล่านี้มักแยกแยะได้ยาก โดยเฉพาะอย่างยิ่งใน พื้นฐานทางพันธุกรรม ที่หลากหลายนอกจากนี้ยังหาได้ยากเนื่องจากเกิดขึ้นในความถี่ต่ำ

ประชากรที่มีอัตราการแต่งงานในหมู่ญาติ สูง เช่น ประเทศที่มีอัตราการแต่งงานระหว่างลูกพี่ลูกน้องชั้นที่หนึ่งสูง จะแสดงความถี่ของยีนที่ถูกปิดใช้งานแบบโฮโมไซกัสสูงที่สุด ประชากรกลุ่มนี้ได้แก่ ปากีสถาน ไอซ์แลนด์ และชาวอามิช ประชากรเหล่านี้ที่มีความสัมพันธ์ทางสายเลือดสูงได้ถูกนำมาใช้ในการวิจัยเกี่ยวกับยีนที่ถูกปิดใช้งานในมนุษย์ ซึ่งช่วยในการกำหนดหน้าที่ของยีนเฉพาะในมนุษย์ โดยการแยกแยะยีนที่ถูกปิดใช้งานเฉพาะ นักวิจัยสามารถใช้การวิเคราะห์ลักษณะทางฟีโนไทป์ของบุคคลเหล่านี้เพื่อช่วยระบุลักษณะของยีนที่ถูกปิดใช้งานได้

การกำจัดยีนเฉพาะอาจทำให้เกิดโรคทางพันธุกรรม อาจมีผลดี หรืออาจไม่มีผลทางฟีโนไทป์เลยก็ได้ อย่างไรก็ตาม การพิจารณาผลทางฟีโนไทป์ของการกำจัดยีนในมนุษย์อาจเป็นเรื่องท้าทาย ความท้าทายในการระบุลักษณะและการตีความทางคลินิกของการกำจัดยีน ได้แก่ ความยากลำบากในการระบุตัวแปร DNA การพิจารณาการหยุดชะงักของการทำงานของโปรตีน (คำอธิบายประกอบ) และการพิจารณาปริมาณอิทธิพลของโมเสกที่มีต่อฟีโนไทป์[ 102 ]
การศึกษาวิจัยสำคัญชิ้นหนึ่งที่ตรวจสอบการน็อคเอาท์ของมนุษย์คือการศึกษา Pakistan Risk of Myocardial Infarction พบว่าบุคคลที่มีการน็อคเอาท์ยีนAPOC3 แบบเฮเทอโรไซกัสที่สูญเสียการทำงาน จะมีระดับไตรกลีเซอไรด์ในเลือดต่ำกว่าหลังจากรับประทานอาหารที่มีไขมันสูงเมื่อเทียบกับบุคคลที่ไม่มีการกลายพันธุ์ อย่างไรก็ตาม บุคคลที่มีการน็อคเอาท์ยีน APOC3 แบบโฮโมไซกัสที่สูญเสียการทำงานจะมีระดับไตรกลีเซอไรด์ในเลือดต่ำที่สุดหลังจากการทดสอบการรับไขมัน เนื่องจากพวกเขาไม่สร้างโปรตีน APOC3 ที่ใช้งานได้[ 103 ]
ความเสียหายของดีเอ็นเอ
ในแต่ละเซลล์ของร่างกายมนุษย์ จีโนมของมนุษย์จะประสบกับ ความเสียหายของ DNAโดยเฉลี่ยหลายหมื่นครั้งต่อวัน[ 104 ] ความเสียหายเหล่านี้สามารถขัดขวางการจำลองจีโนมหรือการถอดรหัสจีโนม และหากไม่ได้รับการซ่อมแซมหรือได้รับการซ่อมแซมอย่างไม่ถูกต้อง อาจนำไปสู่การกลายพันธุ์หรือการเปลี่ยนแปลงจีโนมอื่นๆ ในจีโนมของมนุษย์ที่คุกคามความอยู่รอดของเซลล์[ 104 ]
ความผิดปกติทางพันธุกรรมของมนุษย์
ลักษณะส่วนใหญ่ของชีววิทยาของมนุษย์เกี่ยวข้องกับทั้งปัจจัยทางพันธุกรรม (ที่ถ่ายทอดทางกรรมพันธุ์) และปัจจัยที่ไม่ใช่พันธุกรรม (สิ่งแวดล้อม) การเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมบางอย่างส่งผลต่อลักษณะทางชีววิทยาของเราที่ไม่เกี่ยวข้องกับการแพทย์ (เช่น ความสูง สีตา ความสามารถในการรับรสหรือกลิ่นของสารประกอบบางชนิด เป็นต้น) นอกจากนี้ ความผิดปกติทางพันธุกรรมบางอย่างจะก่อให้เกิดโรคก็ต่อเมื่อมีปัจจัยทางสิ่งแวดล้อมที่เหมาะสม (เช่น อาหาร) ร่วมด้วย ด้วยข้อจำกัดเหล่านี้ ความผิดปกติทางพันธุกรรมอาจถูกอธิบายว่าเป็นโรคที่กำหนดทางคลินิกซึ่งเกิดจากการเปลี่ยนแปลงลำดับดีเอ็นเอในจีโนม ในกรณีที่ตรงไปตรงมาที่สุด ความผิดปกติอาจเกี่ยวข้องกับการเปลี่ยนแปลงในยีนเพียงยีนเดียว ตัวอย่างเช่น โรคซิสติกไฟโบรซิสเกิดจากการกลายพันธุ์ในยีน CFTR และเป็นโรคทางพันธุกรรมแบบด้อยที่พบได้บ่อยที่สุดในประชากรผิวขาว โดยมีการกลายพันธุ์ที่แตกต่างกันมากกว่า 1,300 ชนิด[ 105 ]
การกลายพันธุ์ที่ก่อให้เกิดโรคในยีนเฉพาะมักจะรุนแรงในแง่ของการทำงานของยีนและเกิดขึ้นได้ยาก ดังนั้นโรคทางพันธุกรรมจึงเกิดขึ้นได้ยากเช่นกัน อย่างไรก็ตาม เนื่องจากมีหลายยีนที่สามารถเปลี่ยนแปลงเพื่อก่อให้เกิดโรคทางพันธุกรรมได้ โดยรวมแล้วโรคเหล่านี้จึงเป็นส่วนประกอบสำคัญของภาวะทางการแพทย์ที่ทราบกันดี โดยเฉพาะอย่างยิ่งในเวชศาสตร์เด็ก โรคทางพันธุกรรมที่มีการระบุลักษณะทางโมเลกุลแล้ว คือโรคที่สามารถระบุยีนที่เป็นสาเหตุได้แล้ว ปัจจุบันมีโรคดังกล่าวประมาณ 2,200 โรคที่ได้รับการบันทึกไว้ในฐานข้อมูลOMIM [ 105 ]
การศึกษาความผิดปกติทางพันธุกรรมมักดำเนินการโดยใช้วิธีการศึกษาจากครอบครัว ในบางกรณี อาจใช้วิธีการศึกษาจากประชากร โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกลุ่มประชากรดั้งเดิม เช่น ในฟินแลนด์ ฝรั่งเศสแคนาดา ยูทาห์ ซาร์ดิเนีย เป็นต้น การวินิจฉัยและการรักษาความผิดปกติทางพันธุกรรมมักดำเนินการโดย นัก พันธุศาสตร์ ซึ่งเป็นแพทย์ที่ได้รับการฝึกอบรมด้านพันธุศาสตร์ทางคลินิก/การแพทย์ ผลลัพธ์จากโครงการจีโนมมนุษย์น่าจะทำให้การตรวจทางพันธุกรรมสำหรับความผิดปกติที่เกี่ยวข้องกับยีนมีมากขึ้น และในที่สุดจะนำไปสู่การรักษาที่ดีขึ้น พ่อแม่สามารถได้รับการตรวจคัดกรองภาวะทางพันธุกรรมและได้รับการให้คำปรึกษาเกี่ยวกับผลที่ตามมา ความน่าจะเป็นของการถ่ายทอดทางพันธุกรรม และวิธีหลีกเลี่ยงหรือบรรเทาผลกระทบในลูกหลาน
ความแปรผันของลำดับดีเอ็นเอมีหลายประเภท ตั้งแต่โครโมโซมที่เกินหรือขาดหายไปทั้งหมด ไปจนถึงการเปลี่ยนแปลงของนิวคลีโอไทด์เพียงตัวเดียว โดยทั่วไปแล้วเชื่อกันว่าความแปรผันทางพันธุกรรมที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติในประชากรมนุษย์ส่วนใหญ่ไม่มีผลต่อลักษณะภายนอก กล่าวคือ แทบไม่มีหรือไม่มีผลกระทบต่อสรีรวิทยาของแต่ละบุคคล (แม้ว่าอาจมีความแตกต่างเล็กน้อยในความเหมาะสมทางชีวภาพที่กำหนดไว้ในช่วงเวลาวิวัฒนาการ) โรคทางพันธุกรรมอาจเกิดจากความแปรผันของลำดับทุกประเภทที่รู้จัก เพื่อที่จะระบุลักษณะทางโมเลกุลของโรคทางพันธุกรรมใหม่ จำเป็นต้องสร้างความเชื่อมโยงเชิงสาเหตุระหว่างความแปรผันของลำดับจีโนมเฉพาะกับโรคทางคลินิกที่กำลังศึกษา การศึกษาดังกล่าวเป็นขอบเขตของพันธุศาสตร์โมเลกุลของมนุษย์
ด้วยการเกิดขึ้นของโครงการจีโนมมนุษย์และโครงการแผนที่แฮปแมปสากลทำให้สามารถสำรวจอิทธิพลทางพันธุกรรมที่ละเอียดอ่อนต่อโรคทั่วไปหลายชนิด เช่น เบาหวาน หอบหืด ไมเกรน โรคจิตเภท เป็นต้น แม้ว่าจะมีการเชื่อมโยงเชิงสาเหตุระหว่างความแปรผันของลำดับจีโนมในยีนเฉพาะกับโรคเหล่านี้บางโรค ซึ่งมักได้รับการเผยแพร่ในสื่อทั่วไปอย่างกว้างขวาง แต่โดยทั่วไปแล้วโรคเหล่านี้มักไม่ถือว่าเป็นโรคทางพันธุกรรมโดยตรงเนื่องจากสาเหตุของโรคมีความซับซ้อน เกี่ยวข้องกับปัจจัยทางพันธุกรรมและสิ่งแวดล้อมหลายอย่าง ดังนั้นจึงอาจมีความเห็นที่แตกต่างกันในบางกรณีว่าควรเรียกภาวะทางการแพทย์เฉพาะนั้นว่าเป็นโรคทางพันธุกรรมหรือไม่
ความผิดปกติทางพันธุกรรมเพิ่มเติมที่ควรกล่าวถึง ได้แก่กลุ่มอาการ Kallmanและกลุ่มอาการ Pfeiffer (ยีน FGFR1), โรคกระจกตาเสื่อม Fuchs (ยีน TCF4), โรค Hirschsprung (ยีน RET และ FECH), กลุ่มอาการ Bardet-Biedl 1 (ยีน CCDC28B และ BBS1), กลุ่มอาการ Bardet-Biedl 10 (ยีน BBS10) และโรคกล้ามเนื้อเสื่อมชนิด facioscapulohumeral type 2 (ยีน D4Z4 และ SMCHD1) [ 106 ]
ปัจจุบันการจัดลำดับจีโนมสามารถจำกัดจีโนมให้แคบลงไปถึงตำแหน่งที่เฉพาะเจาะจงเพื่อค้นหาการกลายพันธุ์ที่จะส่งผลให้เกิดความผิดปกติทางพันธุกรรมได้อย่างแม่นยำยิ่งขึ้นการเปลี่ยนแปลงจำนวนสำเนา (CNVs) และการเปลี่ยนแปลงนิวคลีโอไทด์เดี่ยว (SNVs) ก็สามารถตรวจพบได้พร้อมกับการจัดลำดับจีโนมด้วยวิธีการลำดับแบบใหม่ที่เรียกว่า Next Generation Sequencing (NGS) [ 107 ]วิธีนี้วิเคราะห์เพียงส่วนเล็ก ๆ ของจีโนม ประมาณ 1–2% เท่านั้น ผลลัพธ์ของการลำดับนี้สามารถนำไปใช้ในการวินิจฉัยทางคลินิกของภาวะทางพันธุกรรม รวมถึงกลุ่มอาการอัชเชอร์โรคจอประสาทตา ความบกพร่องทางการได้ยิน โรคเบาหวาน โรคลมชักโรค Leighโรคมะเร็งทางพันธุกรรม โรคระบบประสาทและกล้ามเนื้อ ภาวะภูมิคุ้มกันบกพร่องปฐมภูมิภาวะภูมิคุ้มกันบกพร่องร่วมรุนแรง (SCID) และโรคของไมโทคอนเดรีย[ 108 ] NGS ยังสามารถใช้เพื่อระบุพาหะของโรคก่อนการตั้งครรภ์ได้อีกด้วย โรคที่สามารถตรวจพบได้จากการเรียงลำดับนี้ ได้แก่โรคเทย์-แซคส์ , กลุ่มอาการ บลูม , โรคเกาเชอร์ , โรคคานาวาน , โรค ความผิดปกติของระบบประสาทอัตโนมัติในครอบครัว , โรคซิสติกไฟโบรซิส, โรคกล้ามเนื้อฝ่อไขสันหลังและกลุ่มอาการฟราจิลเอ็กซ์ การเรียงลำดับจีโนมครั้งต่อไปสามารถจำกัดให้แคบลงเพื่อค้นหาโรคที่พบได้บ่อยในประชากรกลุ่มชาติพันธุ์บางกลุ่มโดยเฉพาะ[ 109 ]
| ความผิดปกติ | ความชุก | โครโมโซมหรือยีนที่เกี่ยวข้อง |
|---|---|---|
| ภาวะโครโมโซมผิดปกติ | ||
| กลุ่มอาการดาวน์ | 1:600 | โครโมโซม 21 |
| กลุ่มอาการไคลน์เฟลเตอร์ | 1:500–1000 เพศชาย | โครโมโซม X เพิ่มเติม |
| กลุ่มอาการเทอร์เนอร์ | 1:2000 เพศหญิง | การสูญเสียโครโมโซม X |
| โรคโลหิตจางชนิดเคียว | พบได้ 1 ใน 50 ของการเกิดในบางพื้นที่ของแอฟริกา และพบได้น้อยในที่อื่นๆ | เบต้า-โกลบิน (บนโครโมโซม 11) |
| กลุ่มอาการบลูม | 1:48000 ชาวยิวแอชเคนาซี | บีแอลเอ็ม |
| มะเร็ง | ||
| ความเสี่ยงต่อ มะเร็งเต้า นม / มะเร็งรังไข่ | ประมาณ 5% ของผู้ป่วยที่เป็นมะเร็งชนิดเหล่านี้ | บีอาร์ซี1, บีอาร์ซี2 |
| FAP (โรคทางพันธุกรรมที่ไม่ทำให้เกิดติ่งเนื้อในลำไส้ใหญ่) | 1:3500 | เอพีซี |
| กลุ่มอาการลินช์ | 5–10% ของผู้ป่วยมะเร็งลำไส้ใหญ่ทั้งหมด | MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 |
| โรคโลหิตจางแฟนโคนี | 1:130000 การเกิด | แฟนซีซี |
| ภาวะทางระบบประสาท | ||
| โรคฮันติงตัน | 1:20000 | ฮันติง |
| โรคอัลไซเมอร์ - เริ่มมีอาการตั้งแต่อายุยังน้อย | 1:2500 | PS1 , PS2 , APP |
| เทย์-แซคส์ | อัตราการคลอดบุตรในชาวยิวแอชเคนาซีอยู่ที่ 1 ใน 3600 คน | ยีน HEXA (บนโครโมโซม 15) |
| โรคคานาวาน | มีเชื้อสายชาวยิวจากยุโรปตะวันออก 2.5% | ยีน ASPA (บนโครโมโซม 17) |
| ภาวะความผิดปกติของระบบประสาทอัตโนมัติในครอบครัว | มีรายงานผู้ป่วย 600 รายทั่วโลกนับตั้งแต่มีการค้นพบ | ยีน IKBKAP (บนโครโมโซม 9) |
| กลุ่มอาการฟราจิลเอ็กซ์ | 1.4 ต่อ 10,000 ในเพศชาย, 0.9 ต่อ 10,000 ในเพศหญิง | ยีน FMR1 (บนโครโมโซม X) |
| โรคมิวโคลิพิโดซิสชนิดที่ 4 | 1:90 ถึง 1:100 ในชาวยิวแอชเคนาซี | เอ็มซีโอแอล1 |
| เงื่อนไขอื่นๆ | ||
| โรคซิสติกไฟโบรซิส | 1:2500 | ซีเอฟอาร์อาร์ |
| โรคกล้ามเนื้อเสื่อมดูเชน | เด็กชาย 1:3500 คน | ไดสโทรฟิน |
| โรคกล้ามเนื้อเสื่อมเบคเกอร์ | 1.5–6 ต่อ 100,000 เพศชาย | ดีเอ็มดี |
| เบต้าธาลัสซีเมีย | 1:100000 | เอชบีบี |
| ภาวะต่อมหมวกไตเจริญผิดปกติแต่กำเนิด | 1:280 ในชนพื้นเมืองอเมริกันและชาวเอสกิโมเผ่ายูพิก 1:15000 ในกลุ่มคนผิวขาวชาวอเมริกัน | ไซพีพี21เอ2 |
| โรคสะสมไกลโคเจนชนิดที่ 1 | อัตราการคลอดในอเมริกาอยู่ที่ 1 ต่อ 100,000 คน | จี6พีซี |
| โรคปัสสาวะน้ำเชื่อมเมเปิล | 1:180000 ในสหรัฐอเมริกา 1:176 ในชุมชนเมนโนไนต์/อามิช มาตราส่วน 1:250000 ในออสเตรีย | BCKDHA, BCKDHB, DBT, DLD |
| โรคนีแมนน์-พิก ที่เกี่ยวข้องกับยีน SMPD1 | 1,200 กรณีทั่วโลก | SMPD1 |
| กลุ่มอาการอัชเชอร์ | มาตราส่วน 1:23000 ในสหรัฐอเมริกา มาตราส่วน 1:28000 ในนอร์เวย์ 1:12500 ในเยอรมนี | CDH23, CLRN1, DFNB31, GPR98, MYO7A, PCDH15, USH1C, USH1G, USH2A |
วิวัฒนาการ
−10 — – −9 — – −8 — – −7 — – −6 — – −5 — – −4 — – −3 — – −2 — – −1 — – 0 — | ( O. praegens ) ( O. tugenensis ) ( อาร์. รามิดัส ) H. habilis ( H. rudolfensis )( Au. garhi ) H. erectus ( H. บรรพบุรุษ )( H. ergaster )( Au. sediba ) |
| ||||||||||||||||||||||||||
( ล้านปีก่อน ) | ||||||||||||||||||||||||||||
การศึกษา จีโนมิกส์เชิงเปรียบเทียบของจีโนมสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมชี้ให้เห็นว่าประมาณ 5% ของจีโนมมนุษย์ได้รับการอนุรักษ์ไว้โดยวิวัฒนาการนับตั้งแต่การแยกสายพันธุ์ที่มีอยู่เมื่อประมาณ 200 ล้านปีก่อน ซึ่งประกอบด้วยยีนส่วนใหญ่[ 110 ] [ 111 ] จีโน มชิมแปนซีที่ตีพิมพ์แตกต่างจากจีโนมมนุษย์ 1.23% ในการเปรียบเทียบลำดับโดยตรง[ 112 ]ประมาณ 20% ของตัวเลขนี้เกิดจากความแปรผันภายในแต่ละสายพันธุ์ ทำให้เหลือความแตกต่างของลำดับที่สอดคล้องกันระหว่างมนุษย์และชิมแปนซีที่ยีนร่วมกัน เพียงประมาณ 1.06% [ 113 ]อย่างไรก็ตาม ความแตกต่างแบบนิวคลีโอไทด์ต่อนิวคลีโอไทด์นี้ยังน้อยกว่าส่วนของแต่ละจีโนมที่ไม่ใช้ร่วมกัน ซึ่งรวมถึงยีนที่ทำงานได้ประมาณ 6% ที่เป็นเอกลักษณ์เฉพาะของมนุษย์หรือชิมแปนซี[ 114 ]
กล่าวอีกนัยหนึ่ง ความแตกต่างที่สังเกตได้มากระหว่างมนุษย์และชิมแปนซี อาจเกิดจากความแปรผันในระดับจีโนมในจำนวน หน้าที่ และการแสดงออกของยีน มากกว่าการเปลี่ยนแปลงลำดับดีเอ็นเอในยีนที่ใช้ร่วมกัน อันที่จริง แม้แต่ในมนุษย์เอง ก็พบว่ามีความแปรผันของจำนวนสำเนา (CNV) ในปริมาณที่ไม่เคยมีการประเมินมาก่อน ซึ่งอาจคิดเป็นสัดส่วนมากถึง 5–15% ของจีโนมมนุษย์ กล่าวคือ ระหว่างมนุษย์ อาจมีดีเอ็นเอประมาณ +/- 500,000,000 คู่เบส บางส่วนเป็นยีนที่ทำงานอยู่ บางส่วนไม่ทำงาน หรือทำงานในระดับที่แตกต่างกัน ความสำคัญอย่างเต็มที่ของข้อค้นพบนี้ยังคงต้องได้รับการศึกษาต่อไป โดยเฉลี่ยแล้ว ยีนที่เข้ารหัสโปรตีนของมนุษย์โดยทั่วไปจะแตกต่างจากยีนที่เทียบเคียงได้ใน ชิมแปนซี เพียงแค่ การแทนที่กรด อะมิโน สองตำแหน่งเท่านั้น เกือบหนึ่งในสามของยีนมนุษย์มีการแปลโปรตีนเหมือนกับยีนที่เทียบเคียงได้ในชิมแปนซีทุกประการ ความแตกต่างที่สำคัญระหว่างจีโนมทั้งสองคือโครโมโซมของมนุษย์ 2ซึ่งเทียบเท่ากับผลิตภัณฑ์ฟิวชั่นของโครโมโซม 12 และ 13 ของชิมแปนซี[ 115 ] (ต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็นโครโมโซม 2A และ 2B ตามลำดับ)
มนุษย์ประสบกับการสูญเสีย ยีน ตัวรับกลิ่น อย่างมาก ในช่วงวิวัฒนาการล่าสุด ซึ่งอธิบายถึงประสาทสัมผัสการดมกลิ่น ที่ค่อนข้างหยาบ เมื่อเทียบกับสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมชนิดอื่น ๆ ส่วนใหญ่ หลักฐานทางวิวัฒนาการชี้ให้เห็นว่าการเกิดขึ้นของการมองเห็นสีในมนุษย์และไพรเมตสายพันธุ์อื่น ๆ ได้ลดความจำเป็นของประสาทสัมผัสการดมกลิ่นลง[ 116 ]
ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2559 นักวิทยาศาสตร์รายงานว่า จากการศึกษาทางพันธุกรรมของดีเอ็นเอของมนุษย์ พบว่าประชากรที่ไม่ใช่ชาวแอฟริกันทั้งหมดในโลกปัจจุบันสามารถสืบย้อนไปถึงประชากรกลุ่มเดียวที่อพยพออกจากแอฟริกาเมื่อประมาณ 50,000 ถึง 80,000 ปีที่แล้ว[ 117 ]
ดีเอ็นเอไมโตคอนเดรีย
ดีเอ็นเอไมโทคอนเดรียของมนุษย์เป็นที่น่าสนใจอย่างยิ่งสำหรับนักพันธุศาสตร์ เนื่องจากมันมีบทบาทในโรคที่เกี่ยวข้องกับไมโทคอนเด รียอย่างไม่ต้องสงสัย นอกจากนี้ยังช่วยให้เข้าใจวิวัฒนาการของมนุษย์ได้ดียิ่งขึ้น ตัวอย่างเช่น การวิเคราะห์ความแปรผันในจีโนมไมโทคอนเดรียของมนุษย์นำไปสู่การตั้งสมมติฐานเกี่ยวกับบรรพบุรุษร่วมกันเมื่อไม่นานมานี้ของมนุษย์ทุกคนในสายสืบทางมารดา (ดูMitochondrial Eve )
เนื่องจากความเสียหายที่เกิดจากการสัมผัสกับสารออกซิเจนที่ว่องไว ดีเอ็นเอไมโทคอนเดรีย (mtDNA) จึงมีอัตราการเปลี่ยนแปลงที่เร็วกว่าดีเอ็นเอในนิวเคลียส อัตราการกลายพันธุ์ที่สูงกว่าถึง 20 เท่านี้ทำให้สามารถใช้ mtDNA ในการติดตามบรรพบุรุษทางมารดาได้อย่างแม่นยำยิ่งขึ้น การศึกษา mtDNA ในประชากรทำให้สามารถติดตามเส้นทางการอพยพในสมัยโบราณได้ เช่น การอพยพของชาวอเมริกันพื้นเมืองจากไซบีเรีย[ 118 ]หรือชาวโพลินีเซียนจากเอเชีย ตะวันออกเฉียงใต้ นอกจากนี้ยังใช้เพื่อแสดงให้เห็นว่าไม่มีร่องรอยของ ดีเอ็นเอของ มนุษย์นีแอ นเดอร์ทาล ในส่วนผสมของยีนชาวยุโรปที่สืบทอดผ่านทางสายเลือดมารดาอย่างเดียว[ 119 ]เนื่องจากลักษณะการสืบทอด mtDNA ที่จำกัดแบบทั้งหมดหรือไม่มีเลย ผลลัพธ์นี้ (ไม่มีร่องรอยของ mtDNA ของมนุษย์นีแอนเดอร์ทาล) จึงน่าจะเป็นไปได้ เว้นแต่จะมีบรรพบุรุษของมนุษย์นีแอนเดอร์ทาลเป็นจำนวนมาก หรือมีการคัดเลือกเชิงบวกที่แข็งแกร่งสำหรับ mtDNA นั้น ตัวอย่างเช่น หากย้อนกลับไป 5 รุ่น จะมีเพียง 1 ใน 32 บรรพบุรุษของบุคคลนั้นเท่านั้นที่ส่งผลต่อดีเอ็นเอไมโทคอนเดรีย (mtDNA) ของบุคคลนั้น ดังนั้น หากหนึ่งใน 32 บรรพบุรุษนั้นเป็นนีแอนเดอร์ทาลแท้ๆ ประมาณ 3% ของดีเอ็นเอออโตโซมของบุคคลนั้นจะมีต้นกำเนิดมาจากนีแอนเดอร์ทาล แต่โอกาสที่บุคคลนั้นจะไม่พบร่องรอยของดีเอ็นเอไมโทคอนเดรียของนีแอนเดอร์ทาลเลยมีมากถึงประมาณ 97%
เอพิเจโนม
เอพิเจเนติกส์อธิบายถึงคุณลักษณะต่างๆ ของจีโนมมนุษย์ที่อยู่เหนือลำดับดีเอ็นเอหลัก เช่นการจัดเรียงโครมาติ น การดัดแปลง ฮิสโตนและการเมทิลเลชันของดีเอ็นเอซึ่งมีความสำคัญในการควบคุมการแสดงออกของยีน การจำลองจีโนม และกระบวนการอื่นๆ ในเซลล์ เครื่องหมายเอพิเจเนติกส์จะเสริมและลดทอนการถอดรหัสของยีนบางชนิด แต่ไม่มีผลต่อลำดับนิวคลีโอไทด์ของดีเอ็นเอที่แท้จริง การเมทิลเลชันของดีเอ็นเอเป็นรูปแบบหลักของการควบคุมเอพิเจเนติกส์เหนือการแสดงออกของยีน และเป็นหนึ่งในหัวข้อที่มีการศึกษามากที่สุดในเอพิเจเนติกส์ ในระหว่างการพัฒนา โปรไฟล์การเมทิลเลชันของดีเอ็นเอของมนุษย์จะมีการเปลี่ยนแปลงอย่างมาก ในเซลล์สืบพันธุ์ระยะแรก จีโนมจะมีระดับการเมทิลเลชันต่ำมาก ระดับต่ำเหล่านี้โดยทั่วไปอธิบายถึงยีนที่ทำงานอยู่ เมื่อการพัฒนาดำเนินไป แท็กการประทับตราจากพ่อแม่จะนำไปสู่กิจกรรมการเมทิลเลชันที่เพิ่มขึ้น[ 120 ] [ 121 ]
รูปแบบเอพิเจเนติกส์สามารถระบุได้ทั้งระหว่างเนื้อเยื่อภายในบุคคลเดียวกันและระหว่างบุคคลต่างๆ ยีนที่เหมือนกันซึ่งมีความแตกต่างกันเฉพาะในสถานะเอพิเจเนติกส์เรียกว่าเอพิอัลลีลเอพิอัลลีลสามารถแบ่งออกได้เป็นสามประเภท ได้แก่ ประเภทที่ถูกกำหนดโดยตรงจากจีโนไทป์ของแต่ละบุคคล ประเภทที่ได้รับอิทธิพลจากจีโนไทป์ และประเภทที่ไม่ขึ้นอยู่กับจีโนไทป์เลย เอพิเจโนมยังได้รับอิทธิพลอย่างมากจากปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อม อาหาร สารพิษ และฮอร์โมนส่งผลกระทบต่อสถานะเอพิเจเนติกส์ การศึกษาเกี่ยวกับการปรับเปลี่ยนอาหารแสดงให้เห็นว่าอาหารที่ขาดเมทิลมีความสัมพันธ์กับการเกิดไฮโปเมทิลเลชันของเอพิเจโนม การศึกษาดังกล่าวทำให้เอพิเจเนติกส์เป็นส่วนเชื่อมต่อที่สำคัญระหว่างสิ่งแวดล้อมและจีโนม[ 122 ]
ดูเพิ่มเติม
ลิงก์ภายนอก
- โปรแกรมแสดงข้อมูลจีโนมแบบมีคำอธิบายประกอบ (เวอร์ชัน 110) ของ T2T-CHM13 v2.0
- จีโนมมนุษย์ฉบับสมบูรณ์ T2T-CHM13 v2.0 (ไม่มีช่องว่าง)
- โครงการเบราว์เซอร์จีโนมEnsembl
- โปรแกรมดูข้อมูลจีโนมของหอสมุดแห่งชาติทางการแพทย์ (GDV)
- UCSC Genome Browser โดยใช้ T2T-CHM13 v2.0
- Uniprot: รายชื่อยีนต่อโครโมโซม
- โครงการจีโนมมนุษย์
- สถาบันวิจัยจีโนมมนุษย์แห่งชาติ
- สำนักงานจีโนมิกส์สาธารณสุขแห่งชาติ
- โปรแกรมดูจีโนมมนุษย์แบบง่าย
สรุปเนื้อหา
ข้อมูลสำคัญจากบทความ
ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับ จีโนมมนุษย์
จีโนมของมนุษย์คือชุดลำดับดีเอ็นเอที่สมบูรณ์สำหรับออโตโซมทั้ง 22 โครโมโซม และ โครโมโซมเพศสองคู่ที่แตกต่างกัน(X และ Y) โมเลกุลดีเอ็นเอขนาดเล็กพบได้ภายในไมโทคอนเดรีย แต่ละตัว
ขนาดของจีโนมมนุษย์
ในปี 2000 นักวิทยาศาสตร์รายงานว่าได้จัดลำดับจีโนมมนุษย์ไปแล้ว 88% [ 2 ] แต่ในปี 2020 อย่างน้อย 8% ยังคงขาดหายไป [ 3 ] ในปี 2021 นักวิทยาศาสตร์รายงานว่าได้จัดลำดับจีโนมเพศหญิงที่สมบูรณ์ (กล่าวคือ ไม่รวมโครโมโซม Y) [ 4 ] [ 3 ] โครโมโซม Y ของมนุษย์...
การจัดระเบียบระดับโมเลกุลและเนื้อหาของยีน
ความยาวทั้งหมดของ จีโนมอ้างอิง ของมนุษย์ ไม่ได้แสดงถึงลำดับของบุคคลใดบุคคลหนึ่งโดยเฉพาะ และไม่ได้แสดงถึงลำดับของ DNA ทั้งหมดที่พบในเซลล์ จีโนมอ้างอิงของมนุษย์ประกอบด้วยสำเนาหนึ่งชุดของออโตโซมที่เป็นคู่กันและเป็นโฮโมล็อก...
ยีนที่เข้ารหัสโปรตีน
ลำดับเบสที่เข้ารหัสโปรตีนเป็นส่วนประกอบของจีโนมมนุษย์ที่ได้รับการศึกษาและเข้าใจมากที่สุด ลำดับเบสเหล่านี้เป็นต้นกำเนิดของการสร้าง โปรตีน ทั้งหมดในร่างกายมนุษย์ อย่างไรก็ตาม กระบวนการทางชีวภาพหลายอย่าง (เช่น การจัดเรียงตัวใหม่ของ DNA และ การตัดต่อ pre-mRNA...