PRR และ Reading ดำเนินการเดินรถไฟทั้งผู้โดยสารและสินค้าตามเส้นทางรถไฟของตนในภูมิภาคฟิลาเดลเฟีย เริ่มตั้งแต่ปี 1915 ทั้งสองบริษัทได้ติดตั้งระบบไฟฟ้าให้กับเส้นทางที่พลุกพล่านที่สุดเพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพการให้บริการผู้โดยสาร พวกเขาใช้สายไฟฟ้าเหนือศีรษะแบบรถรางที่จ่ายพลังงานด้วยกระแสสลับ เฟส เดียว 11,000 โวลต์ที่ 25 เฮิรตซ์ (Hz) ^{[ 24 ]} PRR ติดตั้งระบบไฟฟ้าให้กับสาย Paoli ในปี 1915 สาย Chestnut Hill West ในปี 1918 และสาย Media/West Chester และ Wilmington ในปี 1928 ทั้งสองบริษัทรถไฟยังคงติดตั้งระบบไฟฟ้าให้กับเส้นทางต่างๆ ต่อเนื่องไปจนถึงทศวรรษ 1930 โดยเปลี่ยนรถไฟที่ลากโดยหัวรถจักรไอน้ำเป็นรถไฟไฟฟ้าแบบหลายตู้และหัวรถจักรไฟฟ้า การติดตั้งระบบไฟฟ้าของ PRR ไปถึง Trenton และ Norristown ในปี 1930 Reading เริ่มดำเนินการติดตั้งระบบไฟฟ้าในปี 1931 ไปยัง West Trenton, Hatboro (ขยายไปยังWarminsterในปี 1974) และ Doylestown; และในปี พ.ศ. 2476 ไปยัง Chestnut Hill East และ Norristown ข้อยกเว้นที่สำคัญคือเส้นทางไปยัง Newtown ซึ่งเป็นเส้นทางชานเมืองเพียงเส้นเดียวของ Reading ที่ไม่ได้ใช้ระบบไฟฟ้า ในขณะที่ PRR ขยายระบบไฟฟ้าไปทั่วภาคตะวันออกเฉียงเหนือ (ในที่สุดก็ขยายจากวอชิงตัน ดี.ซี.ไปจนถึงนิวยอร์กซิตี้ ) Reading ไม่เคยขยายเส้นทางไฟฟ้าออกไปนอกเขตชานเมืองฟิลาเดลเฟีย^{[ 25 ]}

ในช่วงปลายทศวรรษ 1950 บริการรถไฟโดยสารกลายเป็นภาระต่อผลกำไรของ PRR และ Reading เช่นเดียวกับทางรถไฟส่วนใหญ่ในยุคนั้น บริการรถไฟโดยสารต้องการอุปกรณ์จำนวนมาก พนักงานจำนวนมากในการใช้งานอุปกรณ์และสถานี และการบำรุงรักษาทางรถไฟจำนวนมากที่ใช้งานหนักมากเพียงวันละหกชั่วโมง สัปดาห์ละห้าวัน^{[ 23 ]}ในขณะเดียวกัน การเพิ่มขึ้นของ การเป็นเจ้าของ รถยนต์และการสร้างระบบทางหลวงระหว่างรัฐได้ลดจำนวนผู้โดยสารที่ใช้บริการอย่างต่อเนื่องลง เนื่องจากประชากรในชานเมืองเพิ่มขึ้น เมื่อชานเมืองฟิลาเดลเฟียยังเป็นเมืองเล็กๆ ผู้คนอาศัยอยู่ใกล้สถานีรถไฟมากพอที่จะเดินไปและกลับจากรถไฟได้ เมื่อชานเมืองขยายตัวไปยังพื้นที่ซึ่งเคยเป็นทุ่งนาและทุ่งหญ้า การเดินทางไปยังสถานีต้องใช้รถยนต์ ทำให้ผู้โดยสารต้องอยู่ในรถและขับรถเข้าไปในเมืองเพื่อความสะดวก^{[ 23 ]}

ทางรถไฟทั้งสองสายได้ยกเลิกเส้นทางที่ขาดทุนเล็กน้อยไปบ้าง แต่ความพยายามในการลดขนาดเส้นทางหลักกลับต้องเผชิญกับการต่อต้านจากสาธารณชนและกฎระเบียบของรัฐบาล^{[ 25 ]}การยุติเส้นทางสายหลักเกี่ยวข้องกับการไต่สวนต่อหน้าคณะกรรมการการค้าข้ามรัฐ (ICC) ซึ่งเป็นหน่วยงานก่อนหน้าคณะกรรมการการขนส่งทางบกซึ่งดำเนินการอย่างเชื่องช้าและไม่แน่นอนในเรื่องการอนุมัติ โดยกำหนดให้ทางรถไฟสายหนึ่งต้องดำเนินการเดินรถไฟท้องถิ่นต่อไปในเส้นทางที่มีรถไฟอีกสี่สายให้บริการอยู่ ในขณะที่อนุญาตให้อีกสายหนึ่งยกเลิกรถไฟที่มีผู้โดยสารจำนวนมากซึ่งไม่มีเส้นทางอื่นมาแข่งขันด้วย^{[ 23 ]}เพื่อตอบโต้ ทางรถไฟจึงทำให้การเดินทางของผู้โดยสารไม่น่าพึงพอใจด้วยการละเลยการบำรุงรักษาอุปกรณ์^{[ 23 ]}

เมื่อเผชิญกับความเป็นไปได้ที่จะสูญเสียบริการรถไฟโดยสาร ผลประโยชน์ทางธุรกิจในท้องถิ่น นักการเมือง และสหภาพแรงงานรถไฟในฟิลาเดลเฟียจึงผลักดันให้รัฐบาลให้เงินอุดหนุนอย่างจำกัด^{[ 25 ]}ในปี 1958 เมืองได้จัดตั้งบริษัทปรับปรุงบริการรถไฟโดยสารฟิลาเดลเฟีย (PSIC) ซึ่งประกอบด้วยการเป็นพันธมิตรกับ Reading และ PRR เพื่อให้เงินอุดหนุนบริการบนเส้นทาง Chestnut Hill ทั้งสองสาย^{[ 25 ]}แต่สิ่งนี้ไม่เพียงพอที่จะพลิกฟื้นโครงสร้างพื้นฐานทางรถไฟที่เสื่อมโทรมลง ในปี 1960 PSIC ได้ให้ความช่วยเหลือด้านบริการที่ขยายไปไกลถึงเขตเมืองในทุกทิศทาง PSIC ให้เงินอุดหนุนรถไฟไปยัง Manayunk บนเส้นทาง Schuylkill ของ PRR ^{[ 25 ]}ไปยัง Shawmont บนเส้นทาง Norristown ของ Reading ไปยัง Fox Chase บนเส้นทาง Newtown ของ Reading และไกลถึง Torresdale บนเส้นทางตะวันออกเฉียงเหนือของ PRR ไปยังนิวยอร์กซิตี้^{[ 25 ]}ต่อมา เมืองได้ซื้อรถไฟใหม่ ความสำเร็จของโครงการเงินอุดหนุน PSIC ส่งผลให้มีการขยายไปทั่วพื้นที่ชานเมืองห้าเขตภายใต้ข้อตกลงการขนส่งทางตะวันออกเฉียงใต้ของเพนซิลเวเนีย (SEPACT)ในปี พ.ศ. 2505 ^{[ 25 ]}ในปี พ.ศ. 2509 SEPTA เริ่มทำสัญญากับPennsylvania RailroadและReading Companyเพื่อให้เงินอุดหนุนแก่เส้นทางรถไฟโดยสารของพวกเขา

ถึงกระนั้น เงินอุดหนุนก็ไม่สามารถช่วยบริษัทรถไฟขนาดใหญ่ได้ PRR พยายามรักษาฐานะทางการเงินด้วยการควบรวมกิจการกับNew York Central Railroadเมื่อวันที่ 1 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2511 แต่บริษัทที่เกิดขึ้นใหม่คือPenn Centralก็ล้มละลายเมื่อวันที่ 21 มิถุนายน พ.ศ. 2513 The Reading ยื่นขอล้มละลายในปี พ.ศ. 2514 ^{[ 23 ]}ระหว่างปี พ.ศ. 2517 ถึง พ.ศ. 2519 SEPTA ได้สั่งซื้อและรับมอบSilverliner IVs

ในปี พ.ศ. 2519 Conrailเข้าครอบครองสินทรัพย์และการดำเนินงานที่เกี่ยวข้องกับทางรถไฟของบริษัทรถไฟ PRR และ Reading ที่ล้มละลาย ซึ่งรวมถึงการดำเนินงานรถไฟโดยสาร Conrail ให้บริการรถไฟโดยสารภายใต้สัญญากับ SEPTA จนถึงวันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2526 เมื่อ SEPTA เข้ามารับช่วงการดำเนินงาน^{[ 23 ]}

รถไฟระดับภูมิภาค SEPTA ซึ่งสืบทอดมาจาก Conrail และบริษัทรถไฟก่อนหน้านั้น ดำเนินการเกือบทั้งหมดด้วยรถไฟและหัวรถจักรไฟฟ้าอย่างไรก็ตาม Conrail (Reading ก่อนปี 1976) ดำเนินการเส้นทางที่ใช้ตราสินค้า SEPTA สี่เส้นทางภายใต้สัญญาตลอดช่วงทศวรรษ 1970 ซึ่งทั้งหมดเริ่มต้นจากสถานี Reading Terminal บริการ Allentownผ่านBethlehem , QuakertownและLansdaleถูกลดลงเรื่อยๆ บริการ Allentown–Bethlehem สิ้นสุดลงในปี 1979 ^{[ 25 ]}บริการ Bethlehem-Quakertown สิ้นสุดลงเมื่อวันที่ 1 กรกฎาคม 1981 และบริการ Quakertown–Lansdale สิ้นสุดลงเมื่อวันที่ 27 กรกฎาคม 1981 บริการสาย Pottsville ไปยัง Pottsvilleผ่านReadingและNorristownก็สิ้นสุดลงเมื่อวันที่ 27 กรกฎาคม 1981 เช่นกัน บริการ West Trenton ก่อนหน้านี้วิ่งไปยังสถานีNewark Penn Stationเส้นทางนี้ถูกตัดกลับไปยังเวสต์เทรนตันในวันที่ 1 กรกฎาคม พ.ศ. 2524 โดยมีบริการเชื่อมต่อของ New Jersey Transit ทดแทนซึ่งให้บริการต่อเนื่องจนถึงเดือนธันวาคม พ.ศ. 2525 ^{[ 26 ]}บริการสุดท้ายคือบริการ Fox Chase-Newtown ซึ่งสิ้นสุดลงในวันที่ 1 กรกฎาคม พ.ศ. 2524 ต่อมาได้มีการเปิดให้บริการอีกครั้งในวันที่ 5 ตุลาคม พ.ศ. 2524 ในชื่อFox Chase Rapid Transit Lineซึ่งต่อมาได้สิ้นสุดลงในวันที่ 14 มกราคม พ.ศ. 2526 ^{[ 25 ]}

รถไฟส่วนใหญ่เป็นรถดีเซล Budd Railหรือรถไฟ แบบ ผลักและดึงที่ ใช้หัวรถจักร Reading FP7 รุ่นเก่า อุปกรณ์ดีเซลได้รับการบำรุงรักษาที่โรงซ่อมReading Shops ซึ่งเป็นของบริษัท Reading Company/Conrail ในเมือง Reading รัฐเพน ซิลเวเนีย

บริการต่างๆ ถูกทยอยยกเลิกเนื่องจากสาเหตุหลายประการ ได้แก่ จำนวนผู้โดยสารไม่เพียงพอ การขาดเงินทุนนอกพื้นที่ห้าเขต การถอนตัวของ Conrail ในฐานะผู้ให้บริการตามสัญญา อุปกรณ์เก่าจำนวนน้อยที่ต้องเปลี่ยน และการขาดโครงสร้างพื้นฐานการบำรุงรักษาเครื่องยนต์ดีเซลที่เป็นของ SEPTA สิ่งที่ทำให้การกลับมาให้บริการเครื่องยนต์ดีเซลต้องยุติลงคือ โครงการอุโมงค์ Center City Commuter Connectionซึ่งขาดระบบระบายอากาศที่จำเป็นสำหรับหัวรถจักรที่ปล่อยไอเสีย^{[ 27 ]}

ในปี 1980 มีการขยายเส้นทางรถไฟจาก Cynwyd ไปยังสถานีระดับสูงแห่งใหม่ที่ Ivy Ridge และสถานี 52nd Street ก็ปิดทำการในปีเดียวกัน

การเปลี่ยนผ่านจาก Conrail ไปเป็น SEPTA ซึ่งอยู่ภายใต้การดูแลของผู้จัดการทั่วไปDavid L. Gunn (ซึ่งต่อมาได้เป็นประธานของNew York City Transit AuthorityและAmtrak ) เป็นช่วงเวลาที่วุ่นวาย^{[ 23 ]} SEPTA พยายามที่จะกำหนดอัตราค่าจ้างและกฎการทำงานที่ต่ำกว่าสำหรับพนักงานขนส่ง (พนักงานขับรถบัสและรถไฟใต้ดิน) ซึ่งได้รับการต่อต้านจากBLE (มีการทดลองอยู่แล้วในสายFox Chase Rapid Transit Line ที่ใช้เครื่องยนต์ดีเซลเท่านั้น ซึ่งใช้พนักงานของ City Transit Division แทนพนักงานรถไฟแบบดั้งเดิมเป็นเครื่องต่อรอง) เมื่อใกล้ถึงกำหนดเส้นตายวันที่ 1 มกราคม 1983 สหภาพแรงงานระบุว่าพวกเขายินดีที่จะทำงานแม้ว่าสัญญาสหภาพแรงงานฉบับใหม่จะยังไม่มีผลบังคับใช้ภายในปีใหม่ก็ตาม^{[ 25 ]} SEPTA ใช้เวลาส่วนใหญ่ในเดือนธันวาคม 1982 ในการเตรียมผู้โดยสารสำหรับความเป็นไปได้ที่จะไม่มีบริการรถไฟในปีใหม่^{[ 25 ]}แม้ว่าสหภาพแรงงานจะเสนอให้ทำงานต่อไป SEPTA ก็ยังยืนยันว่าจำเป็นต้องปิดบริการชั่วคราว โดยอ้างว่าจะไม่ทราบจนกว่าจะถึงนาทีสุดท้ายว่าจะมีพนักงาน Conrail กี่คนที่จะมาทำงานให้กับ SEPTA ^{[ 25 ]}นอกจากนี้ SEPTA ยังอ้างว่าพนักงานเหล่านี้จะต้องมีคุณสมบัติเหมาะสมที่จะทำงานในส่วนต่างๆ ของระบบที่พวกเขาไม่คุ้นเคย^{[ 25 ]}

ทนายความที่เดินทางจากนิวทาวน์โดยใช้สาย Fox Chase Rapid Transit เป็นประจำ ได้ยื่นฟ้องคดีแบบกลุ่มต่อ SEPTA เพื่อบังคับให้หน่วยงานดังกล่าวต้องเดินรถไฟต่อไป^{[ 25 ]}ผู้พิพากษาที่พิจารณาคดี แม้จะเห็นด้วยว่า SEPTA อาจจะไม่สามารถดำเนินการตามตารางเวลาเต็มรูปแบบได้ในตอนแรก แต่ก็สั่งให้หน่วยงานดังกล่าวต้องให้บริการรถไฟให้มากที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้^{[ 25 ]}ส่งผลให้มีการให้บริการอย่างจำกัดหลังจากวันที่ 1 มกราคม 1983 บนสาย Reading ทั้งหมดและสาย PRR Paoli ที่มีผู้ใช้บริการจำนวนมาก[ 25 ^{]การให้}บริการเต็มรูปแบบได้รับการฟื้นฟูอย่างค่อยเป็นค่อยไปในช่วงหลายสัปดาห์ถัดมา^{[ 25 ]}

จากนั้นสหภาพแรงงานก็สร้างความประหลาดใจให้กับ SEPTA ในวันที่ 15 มีนาคม พ.ศ. 2526 โดยการหยุดงานประท้วง ทั้งที่ยังไม่มีสัญญาจ้างงาน ซึ่งเป็นการกระทำที่เกิดขึ้นในช่วงเวลาเดียวกับการหยุดงานประท้วงของ City Transit Division ที่คาดว่าจะเกิดขึ้น^{[ 25 ]}ในขณะนั้น City Transit Division กำลังไม่พอใจ SEPTA ที่ยกเลิกบริการรถไฟดีเซลในสาย Fox Chase Rapid Transit Line ในวันที่ 14 มกราคม พ.ศ. 2526 เนื่องจากพนักงานได้รับเงินเดือนสูงกว่าสำหรับการเดินทางเป็นระยะทางไกลเพื่อปฏิบัติงานรถไฟที่ฐานอยู่ในเมืองนิวทาวน์^{[ 25 ]}อย่างไรก็ตาม SEPTA ได้ตกลงกับสหภาพแรงงานขนส่งมวลชนก่อนถึงกำหนดเส้นตายการหยุดงานประท้วงไม่นาน ซึ่งสหภาพแรงงานรถไฟมองว่าเป็นการทรยศ^{[ 25 ]}สหภาพแรงงานรถไฟหวังว่าเมื่อทั้งทางรถไฟและ City Transit ปิดตัวลง สหภาพแรงงานจะสามารถเรียกร้องค่าชดเชยใดๆ ก็ได้ตามที่ต้องการ^{[ 23 ]}การหยุดงานประท้วงของรถไฟกินเวลา 108 วัน และบริการก็กลับมาดำเนินการอีกครั้งในวันที่ 3 กรกฎาคม พ.ศ. 2526 เมื่อสหภาพแรงงานสุดท้ายที่ยังคงไม่ยอมตกลงทำสัญญากับสหภาพแรงงานรถไฟอื่นๆ^{[ 25 ]}

ในท้ายที่สุด SEPTA ปฏิบัติต่อคนงานสหภาพแรงงานรถไฟในฐานะคนงานรถไฟมากกว่าผู้ให้บริการขนส่งสาธารณะ แต่ระดับค่าจ้างของพวกเขายังคงต่ำกว่ารถไฟโดยสารอื่นๆ ในภาคตะวันออกเฉียงเหนือ เช่นNJ TransitและLong Island Rail Roadการนัดหยุดงานส่งผลให้จำนวนผู้โดยสารลดลง ซึ่งต้องใช้เวลากว่า 10 ปีในการฟื้นฟู

แนวคิดในการเชื่อมต่อเส้นทางฟิลาเดลเฟียและเรดดิงด้วยอุโมงค์ในเมืองได้รับการนำเสนอครั้งแรกโดยคณะกรรมการวางแผนเมืองฟิลาเดลเฟียในปี พ.ศ. 2503 ภายใต้การนำของเอ็ดมันด์ เบคอน^{[ 28 ]}อุโมงค์ดังกล่าวจะช่วยปรับปรุงการเชื่อมต่อของเครือข่าย^{[ 29 ]}อุโมงค์นี้ถูกสร้างขึ้นระหว่างปี พ.ศ. 2519 ถึง พ.ศ. 2527 ด้วยงบประมาณ 330 ล้านดอลลาร์สหรัฐ^{[ 30 ]}

ในฐานะส่วนหนึ่งของโครงการอุโมงค์ SEPTA ได้นำรูปแบบการเดินรถแบบกลับด้านมาใช้ ก่อนหน้านี้ รถไฟสายเพนซิลเวเนียและเรดดิงจะสิ้นสุดการเดินทางที่สถานีปลายทางของตนเอง ซึ่งนอกจากจะทำให้การเปลี่ยนขบวนรถยากลำบากแล้ว ยังนำไปสู่ความแออัดและลดขีดความสามารถในการรองรับผู้โดยสารอีกด้วย เมื่ออุโมงค์เปิดทำการ รถไฟสายเพนซิลเวเนียจะวิ่งผ่านอุโมงค์ไปยังสายเรดดิงที่ตรงกัน และในทางกลับกัน ซึ่งจะช่วยลดความแออัดที่สถานีในตัวเมือง เนื่องจากจะมีรถไฟเพียงไม่กี่ขบวนที่สิ้นสุดหรือเริ่มต้นการเดินทางที่สถานีเหล่านั้น และลดจำนวนการเปลี่ยนขบวนรถของผู้โดยสาร เนื่องจากรถไฟแต่ละขบวนสามารถวิ่งไปยังจุดหมายปลายทางได้มากขึ้น แผนเดิมของระบบนี้จัดทำโดยศาสตราจารย์Vukan Vuchic จาก มหาวิทยาลัยเพนซิลเว เนีย โดยอิงจาก ระบบ รถไฟโดยสารS-Bahnในประเทศเยอรมนีหมายเลขของสายเพนซิลเวเนียถูกกำหนดตามลำดับจากใต้ (สนามบิน) ไปทางตะวันออกเฉียงเหนือ (เทรนตัน) การจับคู่สายเรดดิงถูกเลือกเพื่อให้เกิดความสมดุลระหว่างจำนวนผู้โดยสาร ลักษณะทางกายภาพของเส้นทาง และที่ตั้งของสถานีจอดรถไฟ ข้อพิจารณาเพิ่มเติมคือการหลีกเลี่ยงการสับเปลี่ยนเส้นทางบนสายหลัก และพยายามหลีกเลี่ยงไม่ให้รถไฟวิ่งเต็มขบวนในด้านหนึ่งแล้ววิ่งเกือบว่างเปล่าในอีกด้านหนึ่ง^{[ 31 ]} Vuchic แนะนำเจ็ดบรรทัด: ^{[ 32 ]}

ขั้นตอนที่ 1 ซึ่งแสดงถึงสถานการณ์เมื่ออุโมงค์เปิดในปี 1984 ประสบปัญหาจาก "ความไม่สมดุล" ระหว่างสายเพนซิลเวเนียและสายเรดดิง ทั้งรถไฟ R3 และ R4 จะเลี้ยวสั้นที่สถานีเวย์นจังก์ชันหรือสถานีซับเออร์บัน (เช่นเดียวกับรถไฟ R7 บางขบวน) ซึ่งขัดกับหลักการเส้นผ่านศูนย์กลาง^{[ 33 ]}เพื่อแก้ไขปัญหานี้ วูชิชเสนอให้สร้างทางเชื่อมในย่านสแวมพูเดิลระหว่างสายเชสนัทฮิลล์เวสต์ ของอดีตเพนซิลเวเนีย และสายหลักของอดีตเรดดิงทางตะวันตกของเวย์นจังก์ชันเป็นส่วนหนึ่งของขั้นตอนที่ 2 โดยย้ายสายเชสนัทฮิลล์เวสต์ไปฝั่ง "เรดดิง" ^{[ 34 ]}ทางเชื่อมนี้ไม่เคยถูกสร้างขึ้น ทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงดังต่อไปนี้ (ท่ามกลางปัจจัยอื่นๆ):

• รถไฟสาย R3 ไม่สามารถวิ่งไปยัง Chestnut Hill West ได้ ดังนั้นรถไฟ R3 จาก Media/West Chester จึงวิ่งไปยัง West Trenton ตามเส้นทาง R1 แทน ส่วนการให้บริการไปยัง Chestnut Hill West นั้นได้ถูกโอนไปยังรถไฟสาย R8 แล้ว
• เส้นทาง R4 ถูกยกเลิก เส้นทาง R5 Paoli วิ่งในพื้นที่ท้องถิ่นเกือบตลอดเส้นทาง และเส้นทาง Fox Chase กลายเป็นครึ่งหนึ่งของเส้นทาง R8
• มีการเพิ่มเส้นทาง R8 สำหรับบริการจาก Fox Chase ไปยัง Chestnut Hill West โดยใช้ส่วนต่างระหว่างเส้นทาง R4-Fox Chase และ R3-Chestnut Hill West เดิม

หนึ่งในข้อสมมติฐานของแผนนี้คือจำนวนผู้โดยสารจะเพิ่มขึ้นหลังจากเปิดเส้นทางเชื่อมต่อ แต่ในทางกลับกัน จำนวนผู้โดยสารกลับลดลงหลังจากเหตุการณ์ประท้วงหยุดงานในปี 1983 แม้ว่าราคาน้ำมันที่สูงขึ้นเมื่อเร็วๆ นี้จะส่งผลให้จำนวนผู้โดยสารรถไฟที่เดินทางไปทำงานทุกวันเพิ่มขึ้น แต่รถไฟในช่วงนอกเวลาเร่งด่วนหลายขบวนกลับมีผู้โดยสารน้อย การจับคู่เส้นทางรถไฟตามจำนวนผู้โดยสารจึงมีความสำคัญน้อยลงในปัจจุบันเมื่อเทียบกับตอนที่ระบบนี้เริ่มใช้งานครั้งแรก

ในเวลาต่อมา สาย R1 ถูกนำไปใช้กับฝั่ง Reading เดิม โดยใช้ร่วมกับสาย R2 และ R5 ไปยังสถานี Glensideและสาย R3 ไปยังJenkintownและรถไฟ R1-Airport วิ่งไปยังสถานี Glenside แทนที่จะกลายเป็นรถไฟ R3 ไปยัง West Trenton ในช่วงหลายปีต่อมา SEPTA มีความยืดหยุ่นมากขึ้นเพื่อรับมือกับความแตกต่างของจำนวนผู้โดยสารในสายต่างๆ หลังจากที่รูปแบบการให้บริการเดิมถูกนำมาใช้ สถานีปลายทางต่อไปนี้ได้เปลี่ยนแปลงไป:

• R2 – แผนพัฒนาของ Marcus Hook ขยายไปยังเมืองวิลมิงตันและนิวอาร์ก
• R3 – เวสต์เชสเตอร์ถูกตัดกลับไปเป็นเอลวิน
• เส้นทาง R5 – Paoli ขยายไปถึง Downingtown และ Parkesburg จากนั้นจึงตัดกลับมาที่ Downingtown และต่อมาขยายไปถึง Thorndale อีกครั้ง
• R6 – เส้นทาง Ivy Ridge ถูกตัดเหลือเพียง Cynwyd

เมื่อวันที่ 25 กรกฎาคม พ.ศ. 2553 ระบบการกำหนดหมายเลข R ถูกยกเลิก และแต่ละสาขาได้รับการตั้งชื่อตามสถานีปลายทางภายนอกหลัก^{[ 35 ]}

เมื่อวันที่ 16 พฤศจิกายน พ.ศ. 2527 สะพาน Columbia Avenue (ปัจจุบันคือ Cecil B. Moore Avenue) ใกล้สถานี Temple University เก่า พบว่าไม่ปลอดภัย ทำให้รางรถไฟทั้งสี่รางทางเหนือของสถานี Market East ไม่สามารถใช้งานได้ ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2527 สะพานชั่วคราวได้เปิดใช้งาน ทำให้สามารถกลับมาให้บริการทางเหนือของสถานี Market East ได้อีกครั้งอย่างไรก็ตาม ผลจากการบำรุงรักษาที่ล่าช้ามานานหลายทศวรรษบนสะพาน Reading Viaductระหว่างCenter City Commuter Connectionและ Wayne Junction ยังคงคุกคามทางรถไฟ ในปี พ.ศ. 2535 สะพานอยู่ในสภาพที่ย่ำแย่มากจนผู้ตรวจสอบสะพานเห็นโครงสร้างทรุดตัวลงทุกครั้งที่รถไฟวิ่งผ่านสะพาน การตรวจสอบเพิ่มเติมพบว่าสะพานอยู่ในอันตรายที่จะพังทลายในไม่ช้า^{[ 25 ]}

ตลอดปีถัดมา SEPTA ได้ดำเนิน โครงการปรับปรุงสะพานลอยเป็นเวลา 10 เดือน มูลค่า 354 ล้านดอลลาร์ (เทียบเท่า812ล้านดอลลาร์ในปี 2025 ) ซึ่งมีชื่อว่า "RailWorks" ^{[ 25 ]}สะพานลอยถูกปิดอย่างสมบูรณ์ตั้งแต่วันที่ 5 เมษายนถึง 3 ตุลาคม พ.ศ. 2535 และตั้งแต่วันที่ 2 พฤษภาคมถึง 4 กันยายน พ.ศ. 2536 โดยสาย R6 Norristown, R7 Chestnut Hill East และ R8 Fox Chase ถูกระงับ^{[ 25 ] [ 42 ] [ 43 ]}สายรถไฟ Reading อื่นๆ เข้ามาในเมืองได้ไกลถึงศูนย์การขนส่ง Fern Rock เท่านั้น ซึ่งผู้โดยสารต้องเปลี่ยนไปใช้สายBroad Street ^{[ 25 ]}มีการเพิ่มรางรถไฟด่วนในสาย Broad Street เพื่อปรับปรุงเวลาเดินทางจาก Center City ไปยัง Fern Rock อย่างไรก็ตาม จำนวนรถไฟใต้ดินที่จำเป็นต้องใช้เพื่อขนส่งทั้งผู้โดยสารสาย Broad Street Line ปกติ และผู้โดยสารที่เปลี่ยนมาใช้รถไฟใต้ดินเนื่องจาก RailWorks นั้น เกินขีดความสามารถของสถานีปลายทาง Fern Rock ที่มีรางคู่เหนือพื้นดิน [ ^{25 ] [ 44 ]}ในปี 1993 SEPTA ได้เพิ่มรางวนเข้าไปใน Fern Rock Yard เพื่อให้รถไฟที่มุ่งหน้าไปทางเหนือไม่จำเป็นต้องใช้ทางแยกที่ทางเข้าสถานี ซึ่งช่วยบรรเทาปัญหาได้บ้าง^{[ 25 ] ในช่วงชั่วโมงเร่งด่วน SEPTA ได้เดินรถไฟดีเซลหลาย ขบวน}จากสาขาฝั่ง Reading ไปตาม ราง Conrail ที่ไม่มีระบบไฟฟ้า ไปยังสถานี30th Street ^{[ 25 ]}

ในขณะเดียวกัน ทีมงานของ SEPTA ได้เปลี่ยนสะพานที่ชำรุดหลายแห่ง ติดตั้งรางเชื่อมต่อเนื่องและสายส่งไฟฟ้าเหนือศีรษะ ใหม่ สร้างสถานีรถไฟใหม่ที่มหาวิทยาลัยเทมเปิลและถนนนอร์ทบรอดและปรับปรุงสัญญาณ[ ^{25 ] เมื่อ} RailWorks เสร็จสมบูรณ์ สะพาน Reading Viaduct ก็กลายเป็นทางรถไฟที่ "ใหม่ที่สุด" ที่ SEPTA เป็นเจ้าของ แม้ว่าโครงการอื่นๆ ในภายหลังจะช่วยให้การบริการดีขึ้นในฝั่งอดีตของ Reading ของระบบ^{[ 25 ]}

เมื่อ Conrail เข้ามาดำเนินการแทน SEPTA จำนวนผู้โดยสารโดยรวมสูงสุดในปี 1980 ด้วย จำนวน  การเดินทางที่ไม่เชื่อมต่อกันกว่า 373 ล้านเที่ยวต่อปี ส่วนบริการรถไฟภูมิภาค (Regional Rail Division) ขนส่ง ผู้โดยสารกว่า 32 ล้านคนในปีเดียวกัน ซึ่งเป็นระดับที่ไม่เคยมีใครทำได้สูงกว่านี้อีกหลายทศวรรษ ต่อมาจำนวนผู้โดยสารรถไฟภูมิภาคลดลงในปี 1982 หลังจาก SEPTA หยุดให้บริการ รถไฟดีเซล และลดลงอย่างรวดเร็วเหลือครึ่งหนึ่งหลังจาก SEPTA เข้ามาดำเนินการในปี 1983 ลดลงเหลือเพียงไม่ถึง 13 ล้านคน การลดลงของจำนวนผู้โดยสารนี้เป็นผลมาจาก การประท้วงหยุดงานที่ยืดเยื้อของสหภาพแรงงานรถไฟ การยกเลิกบริการในกว่า 60 สถานี การขึ้นค่าโดยสารในช่วงที่ราคาน้ำมันเบนซินลดลง และความไม่คุ้นเคยของฝ่ายบริหารของ SEPTA ในการดำเนินงานรถไฟโดยสาร

ในปี 1992 จำนวนผู้โดยสารลดลงอีกครั้งเนื่องจากปัจจัยทางเศรษฐกิจและโครงการ RailWorks ของ SEPTA ซึ่งปิดเส้นทางรถไฟครึ่งหนึ่งเป็นสองช่วง ช่วงละหลายเดือน ในปี 1992 และ 1993 ภาวะเศรษฐกิจถดถอยเล็กน้อยในช่วงปี 1992–1994 ก็ส่งผลให้จำนวนผู้โดยสารลดลงเช่นกัน แต่เศรษฐกิจที่เฟื่องฟูในช่วงปลายทศวรรษ 1990 ช่วยให้จำนวนผู้โดยสารเพิ่มขึ้นใกล้เคียงกับระดับสูงสุดในปี 1980

ในปี 2000 จำนวนผู้โดยสารเริ่มลดลงเล็กน้อยเนื่องจากเศรษฐกิจชะลอตัว แต่ในปี 2003 จำนวนผู้โดยสารก็เริ่มเพิ่มขึ้นอีกครั้ง จำนวนผู้โดยสารเฉลี่ยในวันธรรมดาไม่ได้เพิ่มขึ้นในอัตราเดียวกับจำนวนผู้โดยสารทั้งหมดต่อปี ซึ่งอาจหมายความว่าจำนวนผู้โดยสารในวันหยุดสุดสัปดาห์กำลังเพิ่มขึ้น ในปี 2008 จำนวนผู้โดยสารรถไฟประจำภูมิภาคแตะระดับสูงสุดเป็นประวัติการณ์ที่มากกว่า 35 ล้านคน ในปี 2009 ลดลง 1% จากระดับสูงสุดนี้ แต่ในปีงบประมาณ 2013 จำนวนผู้โดยสารแตะระดับสูงสุดใหม่ที่มากกว่า 36 ล้านคน^{[ 45 ]} ตัวเลขนี้ถูกทำลายอีกครั้งในปี 2015 ด้วยสถิติใหม่ที่ 37.7 ล้านเที่ยว^{[ 46 ]}

เมื่อวันที่ 14 มิถุนายน 2557 การประท้วงหยุดงานทำให้บริการรถไฟภูมิภาคของ SEPTA หยุดชะงักลง หลังจากที่การเจรจาระหว่าง SEPTA กับBrotherhood of Locomotive Engineers and TrainmenและInternational Brotherhood of Electrical Workersล้มเหลว คนงานทั้งหมด 400 คนหยุดงานประท้วง^{[ 47 ] [ 48 ]}จากผลของการประท้วงหยุดงาน SEPTA วางแผนที่จะเพิ่มความจุในการให้บริการรถโดยสาร รถไฟใต้ดิน และรถราง รวมถึงNorristown High Speed ​​Lineในช่วงนอกเวลาเร่งด่วน^{[ 48 ]}ในวันแรกของการประท้วงหยุดงาน ผู้ว่าการรัฐทอม คอร์เบ็ตต์ได้ขอให้ประธานาธิบดีบารัค โอบามา แต่งตั้งคณะกรรมการฉุกเฉินของประธานาธิบดีเพื่อพยายามยุติข้อพิพาทแรงงานและบังคับให้พนักงานกลับไปทำงาน^{[ 48 ]}ไม่นานหลังจากเวลา 19.00 น. ของวันที่ 14 มิถุนายน ประธานาธิบดีโอบามาได้ลงนามในคำสั่งบริหารบังคับให้คนงานกลับไปทำงานและดำเนินการเจรจาต่อรองต่อไปผ่านคณะกรรมการฉุกเฉินของประธานาธิบดี บริการรถไฟภูมิภาคของ SEPTA กลับมาให้บริการอีกครั้งในวันที่ 15 มิถุนายน^{[ 49 ]}

รถไฟภูมิภาค SEPTA ดำเนินการ "บริการช่วยชีวิต" ในช่วงการระบาดของ COVID-19 ^{[ 50 ]}เมื่อวันที่ 9 เมษายน 2563 บริการถูกระงับในสายChestnut Hill East , Chestnut Hill West , Cynwyd , Manayunk/Norristown , West TrentonและWilmington/Newark [ ^{51 ] บริการ}ตาม สาย Lansdale/DoylestownและPaoli/Thorndaleก็ถูกตัดเหลือเพียงLansdaleและMalvernตามลำดับ^{[ 51 ]}บริการสาย Wilmington/Newark กลับมาให้บริการอีกครั้งในวันที่ 10 พฤษภาคม 2563 ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของโครงการปรับปรุงการเชื่อมต่อทางตะวันตกเฉียงใต้ ในขณะที่บริการตามสาย Media/Wawa ถูกระงับ ในวันเดียวกัน^{[ 52 ]}บริการสาย West Trenton และสาย Paoli/Thorndale ไปยังThorndaleกลับมาให้บริการอีกครั้งในวันที่ 15 มิถุนายน 2020 บริการสาย Lansdale/Doylestown ไปยังDoylestownกลับมาให้บริการอีกครั้งในวันที่ 22 มิถุนายน 2020 สาย Chestnut Hill East, Manayunk/Norristown และ Media/Elwyn กลับมาให้บริการอีกครั้งในวันที่ 28 มิถุนายน 2020 ในวันเดียวกันนั้น ระดับการให้บริการเพิ่มขึ้นในทุกสาย ยกเว้นสาย Chestnut Hill West และ Cynwyd ^{[ 51 ]}บริการสาย Wilmington/Newark ไปยัง Newark กลับมาให้บริการอีกครั้งในวันที่ 25 มกราคม 2021 เพื่อเป็นทางเลือกในการขนส่งสาธารณะในระหว่างโครงการก่อสร้างตามทางหลวงInterstate 95ใน Wilmington ^{[ 53 ]}บริการสาย Chestnut Hill West กลับมาให้บริการอีกครั้งในวันที่ 8 มีนาคม 2021 ตามตารางเวลาที่จำกัด โดยให้บริการวันจันทร์ถึงวันศุกร์^{[ 51 ] [ 54 ]}การให้บริการบนสาย Cynwyd กลับมาดำเนินการอีกครั้งโดยมีการให้บริการแบบจำกัดในวันที่ 7 กันยายน 2021 ^{[ 55 ]}การให้บริการในช่วงสุดสัปดาห์บนสาย Chestnut Hill West กลับมาดำเนินการอีกครั้งในวันที่ 19 ธันวาคม 2021 ^{[ 56 ]}

ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2564 รัฐบาลเมืองฟิลาเดลเฟียได้ประกาศแผนการขนส่งมวลชนฟิลาเดลเฟีย ซึ่งร่างข้อเสนอของเมืองสำหรับระบบขนส่งสาธารณะไปจนถึงปี พ.ศ. 2588 สำหรับรถไฟระดับภูมิภาค แผนดังกล่าวรวมถึงการเพิ่มความถี่ในการให้บริการ การปรับปรุงระบบค่าโดยสาร และการสร้างเส้นทางรถไฟระดับภูมิภาคหลายสาย ที่คล้ายกับ รถไฟใต้ดินภายในเขตเมืองฟิลาเดลเฟียและชานเมืองใกล้เคียง รถไฟระดับภูมิภาคจะแบ่งออกเป็น Silver Line, รถไฟระดับภูมิภาคที่มีความถี่สูง (เส้นทางแบบรถไฟใต้ดิน) และ Regional Express Service (เส้นทางที่คล้ายกับรถไฟระดับภูมิภาคในปัจจุบัน ซึ่งจะมีจุดจอดน้อยลงและใกล้กับฟิลาเดลเฟียมากขึ้น) แผนนี้จะต้องการการปรับปรุงรางและสถานี ยานพาหนะใหม่ และการเปลี่ยนและปรับปรุงโครงสร้างพื้นฐานที่คล้ายกับการปรับปรุงโครงสร้างพื้นฐานครั้งใหญ่ของเครือข่ายการเดินทางโดยสารที่มีอยู่ เช่นGO Transit Regional Express Railในโตรอนโตหรือโครงการปรับปรุง Caltrainในซานฟรานซิสโกแผนดังกล่าวยังเสนอให้ขยายบริการรถไฟระดับภูมิภาคไปยังPhoenixville , QuakertownและWest Chesterอีก ด้วย ^{[ 57 ] [ 58 ]}

แผนการขนส่งปี 2045 แบ่งแผนนี้ออกเป็น 3 ระยะ