ชื่อเดิมของจินนาห์คือ มะฮ์มุดาลี จินนาห์ไบ และเขาน่าจะเกิดเมื่อวันที่25 ธันวาคม พ.ศ. 2419 [ ^{c ]}ในอพาร์ตเมนต์ที่เช่าบนชั้นสองของคฤหาสน์วาซีร์ใกล้เมืองการาจี^{[ 2 ] ซึ่ง}ปัจจุบันอยู่ในแคว้นสินธ์ประเทศปากีสถาน แต่ในขณะนั้นอยู่ในเขตปกครองบอมเบย์ของบริติชอินเดียปู่ของจินนาห์อาศัยอยู่ในรัฐกอนดาลใน คาบสมุทร กา เธียวาร์ (ปัจจุบันอยู่ในรัฐคุชราตประเทศอินเดีย) ^{[ 3 ] [ 4 ] [ 5 ]}ตัวเขาเองมีพื้นฐานมาจากนิกายอิสมาอีลีนิกายนิซารีของศาสนาอิสลาม นิกายชีอะห์ ในรัฐคุชราต แม้ว่าต่อมาเขาจะปฏิบัติตามคำสอนของนิกายชีอะห์สิบสอง อิหม่าม ^{[ 6 ]}หลังจากการเสียชีวิตของเขา ญาติและพยานคนอื่นๆ อ้างว่าเขาเปลี่ยนศาสนาในภายหลังเป็น ศาสนาอิสลาม นิกายซุนนี^{[ 3 ]}

จินนาห์มาจากครอบครัวพ่อค้าที่ร่ำรวย บิดาของเขาเป็นพ่อค้าและเกิดในครอบครัวช่างทอผ้าในหมู่บ้านปาเนลีในรัฐเจ้าชายกอนดาล ส่วนมารดามาจากหมู่บ้านดัฟฟาที่อยู่ใกล้เคียง^{[ 4 ]}พวกเขาย้ายไปการาจีในปี 1875 หลังจากแต่งงานกันก่อนออกเดินทาง การาจีกำลังเฟื่องฟูทางเศรษฐกิจในขณะนั้น การเปิดคลองสุเอซ ในปี 1869 ทำให้การาจีอยู่ใกล้ยุโรปมากกว่า บอมเบย์ถึง200 ไมล์ทะเล^{[ 7 ] [ 8 ]}จินนาห์เป็นบุตรคนโต^{[ 9 ]}เขามีพี่น้องชาย 3 คนและพี่น้องหญิง 4 คน รวมถึงน้องสาวของเขาฟาติมา จินนาห์^{[ 10 ] [ 11 ] [ 12 ]}และน้องชายอาห์เหม็ด อาลี จินนาห์ [ ^{13 ] [ 14 ] จิ}นนาห์ไม่คล่องแคล่วในภาษาคุชราตี ซึ่งเป็นภาษาแม่ของเขา หรือในภาษาอูร์ดู แต่เขาคล่องแคล่วในภาษาอังกฤษมากกว่า^{[ 15 ] [ 16 ] [ 17 ]}นอกจากฟาติมาแล้ว แทบไม่มีใครรู้เรื่องราวของพี่น้องของเขาเลย ไม่ว่าจะเป็นเรื่องที่พวกเขาไปตั้งรกรากอยู่ที่ไหน หรือว่าพวกเขาได้พบกับพี่ชายของพวกเขาหรือไม่ ในขณะที่เขาก้าวหน้าในอาชีพด้านกฎหมายและการเมือง^{[ 18 ]}

ในวัยเด็ก จินนาห์อาศัยอยู่กับป้า ใน บอมเบย์ เป็นระยะเวลาหนึ่ง และอาจเคยเข้าเรียนที่โรงเรียนประถมโกกัล ดาส เตจ ที่นั่น ต่อมาได้ศึกษาต่อที่ โรงเรียนคาเทดรัลและจอห์น คอนนอนในการาจี เขาเข้าเรียนที่ โรงเรียนสินธ์ มาดราสซาตุล อิสลามและโรงเรียนมัธยมคริสเตียน มิช ชันนารี โซไซ ตี้^{[ 19 ] [ 20 ] [ 21 ]}เขาสำเร็จการศึกษาระดับมัธยมปลายจากมหาวิทยาลัยบอมเบย์ในช่วงบั้นปลายชีวิต โดยเฉพาะอย่างยิ่งหลังจากที่เขาเสียชีวิต มีเรื่องราวมากมายเกี่ยวกับวัยเด็กของผู้ก่อตั้งประเทศปากีสถานถูกเผยแพร่ เช่น เขาใช้เวลาว่างทั้งหมดอยู่ที่ศาลตำรวจ ฟังการพิจารณาคดี และเขาศึกษาหนังสือโดยใช้แสงไฟจากถนนเนื่องจากไม่มีแสงสว่างอื่น นักเขียนชีวประวัติอย่างเป็นทางการของเขาเฮคเตอร์ โบลิโธเขียนในปี 1954 ได้สัมภาษณ์เพื่อนร่วมวัยเด็กที่ยังมีชีวิตอยู่ และได้รับเรื่องราวว่าจินนาห์ในวัยเด็กห้ามเด็กคนอื่นๆ ไม่ให้เล่นลูกแก้วในฝุ่น โดยกระตุ้นให้พวกเขาลุกขึ้น รักษาความสะอาดมือและเสื้อผ้า และเล่นคริกเก็ตแทน^{[ 22 ]}

ในปี พ.ศ. 2435 เซอร์เฟรเดอริก ลีห์ ครอฟต์ หุ้นส่วนทางธุรกิจของจินนาห์ไบ ปูนจา ได้เสนอตำแหน่งฝึกงานในลอนดอนให้กับจินนาห์หนุ่มกับบริษัทของเขา เกรแฮมส์ ชิปปิ้ง แอนด์ เทรด ดิ้ง คอมพานี ^{[ 23 ]}เขาตอบรับตำแหน่งนี้แม้จะได้รับการคัดค้านจากมารดาของเขา ซึ่งก่อนที่เขาจะจากไป ได้จัดการให้เขาแต่งงานกับลูกพี่ลูกน้องของเขาซึ่งอายุน้อยกว่าเขา 2 ปี จากหมู่บ้านบรรพบุรุษปาเนลีเอมิไบ จินนาห์มารดาและภรรยาคนแรกของจินนาห์เสียชีวิตทั้งคู่ในระหว่างที่เขาไม่อยู่ในอังกฤษ^{[ 24 ]}แม้ว่าการฝึกงานในลอนดอนจะถือเป็นโอกาสที่ดีสำหรับจินนาห์ แต่เหตุผลหนึ่งที่ส่งเขาไปต่างประเทศก็คือการดำเนินคดีทางกฎหมายกับบิดาของเขา ซึ่งทำให้ทรัพย์สินของครอบครัวตกอยู่ในความเสี่ยงที่จะถูกศาลยึด ในปี พ.ศ. 2436 ครอบครัวจินนาห์ไบย้ายไปบอมเบย์^{[ 19 ]}

ไม่นานหลังจากที่จินนาห์เดินทางมาถึงลอนดอน เขาก็ละทิ้งการฝึกงานทางธุรกิจเพื่อไปเรียนกฎหมาย ซึ่งทำให้บิดาของเขาโกรธเคือง เพราะก่อนที่เขาจะจากไป บิดาของเขาได้ให้เงินเขาเพียงพอสำหรับการใช้ชีวิตสามปีทนายความผู้ ทะเยอทะยานคนนี้ ได้เข้าเรียนที่Lincoln's Innและต่อมาได้กล่าวว่าเหตุผลที่เขาเลือก Lincoln's Inn มากกว่าInns of Court อื่นๆ ก็เพราะเหนือทางเข้าหลักของ Lincoln's Inn มีชื่อของนักกฎหมายผู้ยิ่งใหญ่ของโลก รวมถึงมูฮัมหมัด ชีวประวัติของจินนาห์โดย Stanley Wolpert ตั้งข้อสังเกตว่าไม่มีจารึกดังกล่าว แต่ภายในมีภาพจิตรกรรมฝาผนังที่แสดงภาพมูฮัมหมัดและนักกฎหมายคนอื่นๆ และคาดเดาว่าจินนาห์อาจแก้ไขเรื่องราวในใจของเขาเองเพื่อหลีกเลี่ยงการกล่าวถึงภาพวาดที่อาจทำให้ชาวมุสลิมหลายคนขุ่นเคือง^{[ 25 ]}การศึกษากฎหมายของจินนาห์เป็นไปตาม ระบบการฝึกงานทางกฎหมาย ( pupillage ) ซึ่งมีผลบังคับใช้มานานหลายศตวรรษ เพื่อให้ได้ความรู้เกี่ยวกับกฎหมาย เขาจึงติดตามทนายความผู้มีชื่อเสียงและเรียนรู้จากสิ่งที่เขาทำ รวมถึงจากการศึกษาตำรากฎหมายด้วย^{[ 26 ]} ในช่วงเวลานี้ เขาได้ย่อชื่อของเขาเหลือเพียง มูฮัมหมัด อาลี จินนาห์^{[ 27 ]}

ในช่วงที่จินนาห์ศึกษาอยู่ในอังกฤษ เขาได้รับอิทธิพลจากลัทธิเสรีนิยม ของอังกฤษในศตวรรษที่ 19 เช่นเดียวกับผู้นำการต่อสู้เพื่อเอกราชของอินเดียในอนาคตอีกหลายคน บุคคลสำคัญที่เขาอ้างอิงทางปัญญา ได้แก่เบนแธมมิลล์สเปนเซอร์และคอมต์ [ ^{28 ] [ 29 ] การ}ศึกษาทางการเมืองนี้รวมถึงการเปิดรับแนวคิดเรื่องชาติประชาธิปไตยและการเมืองแบบก้าวหน้า^{[ 30 ]}เขากลายเป็นผู้ชื่นชมผู้นำทางการเมืองชาวอินเดีย เชื้อสาย ปาร์ซี ในอังกฤษ อย่างดาดาไบ นาโอโรจีและเซอร์ เฟโรเซชาห์ เมห์ตานาโอโรจีได้เป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรชาวอังกฤษเชื้อสายอินเดียคนแรกไม่นานก่อนที่จินนาห์จะมาถึง โดยได้รับชัยชนะด้วยคะแนนเสียงส่วนใหญ่ 3 เสียงในฟินส์เบอรีเซ็นทรัลจินนาห์ได้ฟังคำปราศรัยครั้งแรก ของนาโอโรจี ในสภาสามัญชนจากระเบียงผู้มาเยือน^{[ 31 ] [ 32 ]}

โลกตะวันตกไม่เพียงแต่เป็นแรงบันดาลใจให้จินนาห์ในชีวิตทางการเมืองของเขาเท่านั้น แต่ยังมีอิทธิพลอย่างมากต่อความชอบส่วนตัวของเขา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในเรื่องการแต่งกาย จินนาห์ละทิ้งเครื่องแต่งกายท้องถิ่นเพื่อสวมใส่เสื้อผ้าสไตล์ตะวันตก และตลอดชีวิตของเขา เขามักจะแต่งกายอย่างเรียบร้อยในที่สาธารณะเสมอ เขามีชุดสูทมากกว่า 200 ชุด ซึ่งเขาสวมใส่กับเสื้อเชิ้ตที่รีดจนแข็งมากและมีปกที่ถอดได้ และในฐานะทนายความ เขามีความภาคภูมิใจที่ไม่เคยสวมเนคไทผ้าไหมเส้นเดียวกันซ้ำสองครั้ง^{[ 33 ]} แม้กระทั่งตอนที่เขากำลังจะตาย เขาก็ยังยืนยันที่จะแต่งกายอย่างเป็นทางการ “ฉันจะไม่เดินทางในชุดนอน” ^{[ 18 ]}ในช่วงบั้นปลายชีวิต เขามักจะสวมหมวกคาราคูลซึ่งต่อมากลายเป็นที่รู้จักในชื่อ “หมวกจินนาห์” ^{[ 34 ]}

ด้วยความไม่พอใจในกฎหมาย จินนาห์จึงเริ่มต้นอาชีพนักแสดงบนเวทีกับคณะละครเชกสเปียร์ชั่วคราว แต่ลาออกหลังจากได้รับจดหมายตำหนิอย่างรุนแรงจากบิดาของเขา^{[ 35 ]}ในปี พ.ศ. 2438 เมื่ออายุ 19 ปี เขากลายเป็นชาวอินเดียเชื้อสายอังกฤษที่อายุน้อยที่สุดที่ได้รับแต่งตั้งให้เป็นทนายความในอังกฤษ^{[ 10 ]}แม้ว่าเขาจะกลับมาที่การาจี แต่เขาก็อยู่ที่นั่นเพียงช่วงสั้นๆ ก่อนที่จะย้ายไปบอมเบย์^{[ 35 ]}

เมื่ออายุ 20 ปี จินนาห์เริ่มฝึกฝนในบอมเบย์ โดยเป็นทนายความมุสลิมเพียงคนเดียวในเมือง^{[ 10 ]}ภาษาอังกฤษกลายเป็นภาษาหลักของเขาและจะเป็นเช่นนั้นตลอดชีวิตของเขา สามปีแรกในอาชีพทนายความ ตั้งแต่ปี 1897 ถึง 1900 เขาได้รับคดีน้อยมาก ก้าวแรกสู่เส้นทางอาชีพที่สดใสกว่าเกิดขึ้นเมื่อ จอห์น โมลส์เวิร์ธ แมคเฟอร์ สัน อัยการสูงสุดรักษาการของบอมเบย์ เชิญจินนาห์ให้ทำงานในห้องทำงานของเขา^{[ 36 ] [ 37 ]}ในปี 1900 พีเอช ดาสตูร์ผู้พิพากษาประจำเขตปกครองบอมเบย์ลาออกจากตำแหน่งชั่วคราว และจินนาห์ก็ได้รับตำแหน่งรักษาการนั้น หลังจากดำรงตำแหน่งเป็นเวลาหกเดือน จินนาห์ได้รับข้อเสนอให้ดำรงตำแหน่งถาวรด้วยเงินเดือน 1,500 รูปีต่อเดือน จินนาห์ปฏิเสธข้อเสนออย่างสุภาพ โดยระบุว่าเขาวางแผนที่จะหารายได้ 1,500 รูปีต่อวัน ซึ่งเป็นจำนวนเงินมหาศาลในเวลานั้น และในที่สุดเขาก็ทำได้^{[ 36 ] [ 37 ] [ 38 ]} อย่างไรก็ตาม ในฐานะผู้ว่าการทั่วไปของปากีสถานเขาจะปฏิเสธที่จะรับเงินเดือนจำนวนมาก โดยกำหนดไว้ที่ 1 รูปีต่อเดือน^{[ 39 ]}

ในฐานะทนายความ จินนาห์ได้รับชื่อเสียงจากการจัดการคดี " คดีคอคัส " ปี 1908 อย่างเชี่ยวชาญ ข้อพิพาทนี้เกิดขึ้นจากการเลือกตั้งเทศบาลเมืองบอมเบย์ ซึ่งชาวอินเดียกล่าวหาว่ามีการโกงโดย "คอคัส" ของชาวยุโรปเพื่อกีดกันเซอร์เฟโรเซชาห์ เมห์ตาออกจากสภา^{[ 40 ]}จินนาห์ได้รับความเคารพนับถืออย่างมากจากการเป็นผู้นำคดีให้กับเซอร์เฟโรเซชาห์ ซึ่งเป็นทนายความที่มีชื่อเสียงเช่นกัน หลังจากคดีนี้ จินนาห์ก็สร้างผลงานที่ประสบความสำเร็จและเป็นที่รู้จักในด้านการว่าความและตรรกะทางกฎหมาย^{[ 41 ]}ในปี 1908 ศัตรูของเขาในพรรคคองเกรสแห่งชาติอินเดียบาลกังกาธาร์ ติลักถูกจับกุมในข้อหาปลุกระดม ก่อนที่ติลักจะว่าความด้วยตนเองในการพิจารณาคดีแต่ไม่สำเร็จ เขาได้ว่าจ้างจินนาห์เพื่อพยายามขอประกันตัว จินนาห์ไม่ประสบความสำเร็จ แต่ได้รับคำตัดสินให้ติลักพ้นผิดเมื่อเขาถูกตั้งข้อหาปลุกระดมอีกครั้งในปี พ.ศ. 2459 ^{[ 42 ]}

ทนายความคนหนึ่งของจินนาห์จากศาลสูงบอมเบย์จำได้ว่า "ความเชื่อมั่นในตัวเองของจินนาห์นั้นเหลือเชื่อ" เขาเล่าว่าเมื่อถูกผู้พิพากษาตักเตือนว่า "คุณจินนาห์ โปรดจำไว้ว่าคุณไม่ได้กำลังพูดกับผู้พิพากษาชั้นสาม" จินนาห์ก็ตอบกลับไปว่า "ท่านผู้พิพากษา ขออนุญาตเตือนท่านว่าท่านไม่ได้กำลังพูดกับทนายความชั้นสาม" ^{[ 43 ]} ทนายความอีกคนหนึ่งของเขาได้บรรยายถึงเขาว่า:

เขาเป็นอย่างที่พระเจ้าสร้างเขาขึ้นมา คือนักโต้แย้งที่ยอดเยี่ยม เขามีสัมผัสพิเศษ: เขามองเห็นสิ่งที่อยู่เบื้องลึก นั่นคือพรสวรรค์ของเขา ... เขาเป็นคนที่คิดได้อย่างชัดเจนมาก ... แต่เขาเน้นย้ำประเด็นของเขา—ประเด็นที่เลือกมาอย่างพิถีพิถัน—ด้วยการนำเสนอที่ช้าๆ ทีละคำ^{[ 44 ]}

จินนาห์ยังเป็นผู้สนับสนุนสาเหตุของชนชั้นแรงงานและเป็นนักสหภาพแรงงานที่กระตือรือร้น^{[ 45 ]}เขาได้รับเลือกเป็นประธานสหภาพพนักงานไปรษณีย์แห่งอินเดียทั้งหมดในปี 1925 ซึ่งมีสมาชิก 70,000 คน^{[ 45 ]}ตามสิ่งพิมพ์ของสหพันธ์แรงงานปากีสถานทั้งหมดเรื่องบทบาทที่สร้างสรรค์ของสหภาพแรงงานและความสัมพันธ์ทางอุตสาหกรรมในฐานะสมาชิกสภานิติบัญญัติ จินนาห์ได้เรียกร้องอย่างหนักแน่นเพื่อสิทธิของคนงานและต่อสู้เพื่อให้ได้ "ค่าจ้างที่เพียงพอต่อการดำรงชีพและสภาพการทำงานที่เป็นธรรม" สำหรับพวกเขา^{[ 46 ]}เขายังมีบทบาทสำคัญในการออกกฎหมายสหภาพแรงงานปี 1926ซึ่งให้ความคุ้มครองทางกฎหมายแก่ขบวนการสหภาพแรงงานในการจัดตั้งองค์กร^{[ 46 ]}

ในปี ค.ศ. 1857 ชาวอินเดียจำนวนมากได้ลุกขึ้นก่อกบฏต่อต้านการปกครองของอังกฤษหลังความขัดแย้ง ชาวแองโกล-อินเดียบางส่วน รวมถึงชาวอินเดียในบริเตน ได้เรียกร้องให้มีการปกครองตนเองมากขึ้นสำหรับอนุทวีป ส่งผลให้มีการก่อตั้งสภาแห่งชาติอินเดียขึ้นในปี ค.ศ. 1885 สมาชิกผู้ก่อตั้งส่วนใหญ่ได้รับการศึกษาในบริเตน และพอใจกับความพยายามในการปฏิรูปเพียงเล็กน้อยที่รัฐบาลกำลังดำเนินการอยู่^{[ 47 ]}ชาวมุสลิมไม่ได้กระตือรือร้นกับการเรียกร้องให้มีสถาบันประชาธิปไตยในบริติชอินเดียเนื่องจากพวกเขามีจำนวนเพียงหนึ่งในสี่ถึงหนึ่งในสามของประชากร ซึ่งมีจำนวนน้อยกว่าชาวฮินดู^{[ 48 ]}การประชุมในช่วงแรกของสภาประกอบด้วยชาวมุสลิมส่วนน้อย ส่วนใหญ่มาจากชนชั้นสูง^{[ 49 ]}

ในช่วงต้นทศวรรษ 1900 จินนาห์อุทิศเวลาส่วนใหญ่ให้กับการประกอบวิชาชีพกฎหมาย แต่ยังคงมีส่วนร่วมทางการเมือง จินนาห์เริ่มต้นชีวิตทางการเมืองด้วยการเข้าร่วมการประชุมประจำปีครั้งที่ 20 ของพรรคคองเกรสที่บอมเบย์ในเดือนธันวาคม ค.ศ. 1904 ^{[ 50 ]}เขาเป็นสมาชิกของกลุ่มสายกลางในพรรคคองเกรส ซึ่งสนับสนุนความสามัคคีระหว่างชาวฮินดูและชาวมุสลิมในการบรรลุการปกครองตนเอง และปฏิบัติตามผู้นำเช่น เมห์ตา นาโอโรจี และโกปาล กฤษณะ โกคาเล [ ^{51 ] พวก}เขาถูกต่อต้านโดยผู้นำเช่น ติลัก และลาลา ลาจปัต ไรซึ่งต้องการการดำเนินการอย่างรวดเร็วเพื่อเอกราช^{[ 52 ]} ในปี ค.ศ. 1906 คณะผู้แทนผู้นำมุสลิมที่รู้จักกันในชื่อคณะผู้แทนซิมลา นำโดยอากา ข่านได้เข้าพบอุปราชคนใหม่ของอินเดียลอร์ดมินโตเพื่อยืนยันความจงรักภักดีและขอคำรับรองว่าในการปฏิรูปทางการเมืองใด ๆ พวกเขาจะได้รับการปกป้องจาก "เสียงข้างมาก [ชาวฮินดู] ที่ไม่เห็นอกเห็นใจ" ^{[ 53 ]} ด้วยความไม่พอใจกับเรื่องนี้ จินนาห์จึงเขียนจดหมายถึงบรรณาธิการหนังสือพิมพ์คุชราตีถามว่าสมาชิกของคณะผู้แทนมีสิทธิ์อะไรที่จะพูดแทนชาวมุสลิมอินเดีย ในเมื่อพวกเขาไม่ได้มาจากการเลือกตั้งและแต่งตั้งตัวเอง^{[ 51 ]} เมื่อผู้นำหลายคนกลุ่มเดียวกันนี้มาพบกันที่ดักกาในเดือนธันวาคมของปีนั้น เพื่อจัดตั้งสันนิบาตมุสลิมแห่งอินเดียทั้งหมดเพื่อเรียกร้องผลประโยชน์ของชุมชนของพวกเขา จินนาห์ก็ถูกต่อต้านอีกครั้ง ต่อมาอากา ข่านเขียนว่ามันเป็นเรื่อง "น่าขันอย่างประหลาด" ที่จินนาห์ ผู้ที่จะนำสันนิบาตไปสู่เอกราช "ออกมาแสดงความเป็นปรปักษ์อย่างรุนแรงต่อทุกสิ่งที่ฉันและเพื่อนๆ ได้ทำ ... เขากล่าวว่าหลักการเลือกตั้งแยกส่วนของเรากำลังแบ่งแยกประเทศชาติออกจากกัน" ^{[ 54 ]} อย่างไรก็ตาม ในช่วงปีแรกๆ สันนิบาตยังไม่มีอิทธิพลมากนัก มินโตปฏิเสธที่จะพิจารณาว่าเป็นตัวแทนของชุมชนมุสลิม และไม่มีประสิทธิภาพในการป้องกันการยกเลิกการแบ่งแยกเบงกอล ในปี 1911 ซึ่งเป็นการกระทำที่ถูกมองว่าเป็นการทำลายผลประโยชน์ของชาวมุสลิม^{[ 55 ]}จินนาห์ยังได้รับการแต่งตั้งให้เป็นคณะกรรมการซึ่งช่วยจัดตั้งสถาบันการทหารอินเดียในเดห์ราดูน^{[ 56 ]}

แม้ว่าในตอนแรกจินนาห์จะคัดค้านการเลือกตั้งแยกต่างหากสำหรับชาวมุสลิม แต่เขากลับใช้ช่องทางนี้เพื่อก้าวขึ้นสู่ตำแหน่งทางการเมืองครั้งแรกในปี 1909 ในฐานะตัวแทนชาวมุสลิมของบอมเบย์ในสภานิติบัญญัติแห่งจักรวรรดิเขาเป็นผู้สมัครประนีประนอมเมื่อชาวมุสลิมอาวุโสและมีชื่อเสียงมากกว่าสองคนที่แย่งชิงตำแหน่งนี้ไม่สามารถลงสมัครได้ สภาซึ่งขยายจำนวนสมาชิกเป็น 60 คนเป็นส่วนหนึ่งของการปฏิรูปที่มินโตดำเนินการ มีหน้าที่แนะนำกฎหมายต่ออุปราช เฉพาะเจ้าหน้าที่เท่านั้นที่มีสิทธิ์ลงคะแนนในสภา สมาชิกที่ไม่ใช่เจ้าหน้าที่ เช่น จินนาห์ ไม่มีสิทธิ์ออกเสียง ตลอดอาชีพนักกฎหมายของเขา จินนาห์ประกอบวิชาชีพกฎหมายเกี่ยวกับการจัดการมรดก (โดยมีลูกค้าจำนวนมากจากชนชั้นสูงของอินเดีย) และในปี 1911 เขาได้เสนอ กฎหมายรับรอง วาคฟ์เพื่อวางรากฐานทางกฎหมายที่มั่นคงให้กับกองทุนทางศาสนาของชาวมุสลิมภายใต้กฎหมายของอังกฤษในอินเดีย สองปีต่อมา มาตรการดังกล่าวผ่านการอนุมัติ ซึ่งเป็นกฎหมายฉบับแรกที่ได้รับการสนับสนุนจากบุคคลที่ไม่ใช่เจ้าหน้าที่ที่ผ่านการอนุมัติจากสภาและประกาศใช้โดยอุปราช^{[ 57 ] [ 58 ]}จินนาห์ยังได้รับการแต่งตั้งให้เป็นคณะกรรมการซึ่งช่วยจัดตั้งสถาบันการทหารอินเดียในเดห์ราดูน^{[ 56 ]}

ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2455 จินนาห์ได้กล่าวปราศรัยในการประชุมประจำปีของสันนิบาตมุสลิม แม้ว่าเขายังไม่ได้เป็นสมาชิกก็ตาม เขาเข้าร่วมเป็นสมาชิกในปีถัดมา แม้ว่าเขาจะยังคงเป็นสมาชิกของพรรคคองเกรสด้วย และเน้นย้ำว่าการเป็นสมาชิกของสันนิบาตมุสลิมมีความสำคัญรองลงมาจาก "อุดมการณ์แห่งชาติที่ยิ่งใหญ่กว่า" ของอินเดียที่เป็นอิสระ ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2456 เขาเดินทางไปอังกฤษอีกครั้งพร้อมกับโกคาเล เพื่อพบกับเจ้าหน้าที่ในนามของพรรคคองเกรส โกคาเลซึ่งเป็นชาวฮินดู กล่าวในภายหลังว่า จินนาห์ "มีคุณธรรมที่แท้จริงอยู่ในตัว และปราศจากอคติทางนิกายใดๆ ซึ่งจะทำให้เขาเป็นทูตที่ดีที่สุดของความสามัคคีระหว่างฮินดูและมุสลิม" ^{[ 59 ]}จินนาห์นำคณะผู้แทนของพรรคคองเกรสไปยังลอนดอนอีกครั้งในปี พ.ศ. 2457 แต่เนื่องจากการเริ่มต้นของสงครามโลกครั้งที่หนึ่งในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2457 เขาพบว่าเจ้าหน้าที่ไม่ค่อยสนใจการปฏิรูปของอินเดีย โดยบังเอิญ เขาอยู่ในอังกฤษในช่วงเวลาเดียวกับชายคนหนึ่งซึ่งต่อมาจะกลายเป็นคู่แข่งทางการเมืองที่ยิ่งใหญ่ของเขา คือโมฮันดาส คานธี นักกฎหมายชาวฮินดูผู้มีชื่อเสียงจากการสนับสนุนสัตยาคราห์การไม่ให้ความร่วมมือโดยไม่ใช้ความรุนแรง ขณะที่อยู่ในแอฟริกาใต้ จินนาห์เข้าร่วมงานเลี้ยงรับรองคานธี ซึ่งทั้งสองคนได้พบปะและพูดคุยกันเป็นครั้งแรก หลังจากนั้นไม่นาน จินนาห์ก็เดินทางกลับบ้านที่อินเดียในเดือนมกราคม พ.ศ. 2458 ^{[ 60 ]}

กลุ่มสายกลางของจินนาห์ในพรรคคองเกรสอ่อนแอลงจากการเสียชีวิตของเมห์ตาและโกคาเลในปี 1915 เขายังถูกโดดเดี่ยวมากขึ้นเนื่องจากนาโอโรจีอยู่ในลอนดอน ซึ่งเขาพำนักอยู่จนกระทั่งเสียชีวิตในปี 1917 อย่างไรก็ตาม จินนาห์ได้ทำงานเพื่อรวมพรรคคองเกรสและสันนิบาตมุสลิมเข้าด้วยกัน ในปี 1916 เมื่อจินนาห์ดำรงตำแหน่งประธานสันนิบาตมุสลิม ทั้งสององค์กรได้ลงนามในสนธิสัญญาลัคเนาซึ่งกำหนดโควตาการเป็นตัวแทนของมุสลิมและฮินดูในจังหวัดต่างๆ แม้ว่าสนธิสัญญานี้จะไม่ได้รับการดำเนินการอย่างเต็มที่ แต่การลงนามดังกล่าวได้นำมาซึ่งช่วงเวลาแห่งความร่วมมือระหว่างพรรคคองเกรสและสันนิบาตมุสลิม^{[ 61 ] [ 49 ]}เพื่อยกย่องความพยายามของจินนาห์ซาโรจินี ไนดูได้กล่าวถึงเขาว่าเป็น 'ทูตแห่งความสามัคคีระหว่างฮินดูและมุสลิม' แต่หลายทศวรรษต่อมาเหตุการณ์จลาจลในกัลกัตตาปี 1946ได้ทำลายความสัมพันธ์ระหว่างพรรคคองเกรสและสันนิบาตมุสลิมจนไม่อาจแก้ไขได้ ไม่กี่วันต่อมา เมื่อเวเวลเชิญซาโรจินี ไนดูไปรับประทานอาหารเย็น เธอพูดถึงจินนาห์ว่า "ราวกับลูซิเฟอร์...เทวดาตกสวรรค์ ผู้ซึ่งครั้งหนึ่งเคยสัญญาว่าจะเป็นผู้นำที่ยิ่งใหญ่แห่งอิสรภาพของอินเดีย แต่ได้ขับไล่ตัวเองออกจากสวรรค์ของพรรคคองเกรส" ^{[ 62 ]}

ในช่วงสงคราม จินนาห์ได้เข้าร่วมกับกลุ่มสายกลางชาวอินเดียคนอื่นๆ ในการสนับสนุนความพยายามทำสงครามของอังกฤษ โดยหวังว่าชาวอินเดียจะได้รับรางวัลเป็นเสรีภาพทางการเมือง จินนาห์มีบทบาทสำคัญในการก่อตั้งสันนิบาตปกครองตนเองแห่งอินเดียทั้งหมดในปี 1916 ร่วมกับผู้นำทางการเมืองอย่างแอนนี เบแซนต์และติลัก จินนาห์เรียกร้อง " การปกครองตนเอง " สำหรับอินเดีย ซึ่งเป็นสถานะของดินแดน ปกครองตนเอง ในจักรวรรดิคล้ายกับแคนาดา นิวซีแลนด์ และออสเตรเลีย แม้ว่าในช่วงสงคราม นักการเมืองของอังกฤษจะไม่สนใจที่จะพิจารณาการปฏิรูปรัฐธรรมนูญของอินเดียก็ตามเอ็ดวิน มอนทากู รัฐมนตรีในคณะรัฐมนตรีของอังกฤษ ได้กล่าวถึงจินนาห์ในบันทึกความทรงจำของเขาว่า "หนุ่ม มีมารยาทดีเยี่ยม ดูน่าประทับใจ เชี่ยวชาญด้านตรรกะและยืนกรานในแผนการทั้งหมดของเขา" ^{[ 63 ]}

ในปี 1918 จินนาห์แต่งงานกับรัตตันไบ เปอตีต์ ("รัตตี") ภรรยาคนที่สองของเขา ซึ่งมีอายุน้อยกว่าเขา 24 ปี เธอเป็นลูกสาวคนสวยของเซอร์ดินชอว์ เปอตีต์ เพื่อนของเขา และเป็นส่วนหนึ่งของ ครอบครัว ชาวปาร์ซี ชั้นสูง ในบอมเบย์^{[ 30 ]}การแต่งงานครั้งนี้ได้รับการต่อต้านอย่างมากจากครอบครัวของรัตตันไบและชุมชนชาวปาร์ซี รวมถึงผู้นำศาสนาอิสลามบางคน รัตตันไบขัดขืนครอบครัวของเธอและเปลี่ยนศาสนาเป็นอิสลาม อย่างเป็นทางการ โดยใช้ชื่อว่ามารยัม จินนาห์ (แม้ว่าจะไม่เคยใช้) ส่งผลให้เธอเหินห่างจากครอบครัวและสังคมชาวปาร์ซีอย่างถาวร ทั้งคู่พำนักอยู่ที่คฤหาสน์เซาท์คอร์ตในบอมเบย์ และเดินทางไปทั่วอินเดียและยุโรปบ่อยครั้ง ลูกสาวคนเดียวของทั้งคู่ชื่อดีนาเกิดเมื่อวันที่ 15 สิงหาคม 1919 ^{[ 30 ]}ทั้งคู่แยกทางกันก่อนที่รัตตีจะเสียชีวิตในปี 1929 และต่อมาฟาติมา น้องสาวของจินนาห์ ได้ดูแลเขาและลูกของเขา^{[ 64 ]}

ความสัมพันธ์ระหว่างชาวอินเดียและชาวอังกฤษตึงเครียดในปี 1919 เมื่อสภานิติบัญญัติแห่งจักรวรรดิขยายมาตรการจำกัดเสรีภาพพลเมืองในช่วงสงครามฉุกเฉิน จินนาห์จึงลาออกจากสภาเมื่อเกิดเหตุการณ์ดังกล่าวขึ้น ความไม่สงบเกิดขึ้นทั่วอินเดีย และทวีความรุนแรงขึ้นหลังเหตุการณ์สังหารหมู่จัลเลียนวาลาบาห์ในเมืองอัมริตซาร์ซึ่ง ทหาร อังกฤษในอินเดียได้ยิงใส่การชุมนุมประท้วง ทำให้มีผู้เสียชีวิตหลายร้อยคน หลังเหตุการณ์อัมริตซาร์ คานธีซึ่งกลับมายังอินเดียและกลายเป็นผู้นำที่ได้รับการเคารพนับถืออย่างกว้างขวางและมีอิทธิพลสูงในพรรคคองเกรส ได้เรียกร้องให้มีการต่อสู้แบบสันติวิธี (สัตยาเคราะห์)ต่อต้านอังกฤษ ข้อเสนอของคานธีได้รับการสนับสนุนอย่างกว้างขวางจากชาวฮินดู และยังดึงดูดใจชาวมุสลิมจำนวนมากใน กลุ่ม คิลาฟัตด้วย ชาวมุสลิมเหล่านี้ได้รับการสนับสนุนจากคานธี และต้องการรักษาตำแหน่งกาหลิบแห่งออตโตมันไว้ซึ่งเป็นผู้นำทางจิตวิญญาณแก่ชาวมุสลิมจำนวนมาก กาหลิบคือจักรพรรดิออต โตมัน ซึ่งจะถูกปลดออกจากทั้งสองตำแหน่งหลังความพ่ายแพ้ของประเทศในสงครามโลกครั้งที่หนึ่ง คานธีได้รับความนิยมอย่างมากในหมู่ชาวมุสลิมเนื่องจากผลงานของเขาในช่วงสงครามเพื่อช่วยเหลือชาวมุสลิมที่ถูกฆ่าหรือถูกจำคุก^{[ 65 ] [ 66 ] [ 67 ]}แตกต่างจากจินนาห์และผู้นำคนอื่นๆ ของพรรคคองเกรส คานธีไม่ได้สวมใส่เสื้อผ้าสไตล์ตะวันตก พยายามอย่างเต็มที่ที่จะใช้ภาษาอินเดียแทนภาษาอังกฤษ และมีรากฐานอย่างลึกซึ้งในวัฒนธรรมอินเดีย รูปแบบการเป็นผู้นำแบบท้องถิ่นของคานธีได้รับความนิยมอย่างมากจากชาวอินเดีย จินนาห์วิพากษ์วิจารณ์การสนับสนุนคิลาฟัตของคานธี ซึ่งเขาเห็นว่าเป็นการสนับสนุนความคลั่งไคล้ทางศาสนา^{[ 68 ]} จินนาห์มองว่าการรณรงค์ สัตยาคราห์ที่คานธีเสนอเป็นการก่อความวุ่นวายทางการเมือง และเชื่อว่าการปกครองตนเองควรได้รับการคุ้มครองผ่านวิธีการตามรัฐธรรมนูญ เขาต่อต้านคานธี แต่กระแสความคิดเห็นของชาวอินเดียส่วนใหญ่ต่อต้านเขา ในการประชุมสภาในปี 1920 ที่เมืองนาคปุระจินนาห์ถูกผู้แทนตะโกนด่าทอ ซึ่งผู้แทนเหล่านั้นได้ผ่านมติของคานธีที่ให้คำมั่นว่าจะต่อสู้แบบสันติวิธีจนกว่าอินเดียจะได้รับเอกราช จินนาห์ไม่ได้เข้าร่วมการประชุมสันนิบาตมุสลิมครั้งต่อมาซึ่งจัดขึ้นในเมืองเดียวกัน ซึ่งได้ผ่านมติที่คล้ายคลึงกัน เนื่องจากการกระทำของสภาในการสนับสนุนการรณรงค์ของคานธี จินนาห์จึงลาออกจากสภา โดยละทิ้งตำแหน่งทั้งหมด ยกเว้นในสันนิบาตมุสลิม^{[ 69 ] [ 70 ]}

จนกระทั่งช่วงปลายทศวรรษ 1930 ชาวมุสลิมส่วนใหญ่ในบริติชราชคาดหวังว่าเมื่อได้รับเอกราชแล้ว จะได้เป็นส่วนหนึ่งของรัฐเอกภาพที่ครอบคลุมบริติชอินเดีย ทั้งหมด เช่นเดียวกับชาวฮินดูและคนอื่นๆ ที่สนับสนุนการปกครองตนเอง^{[ 96 ]}ถึงกระนั้น ก็มีการเสนอแนวคิดชาตินิยมอื่นๆ ขึ้นมา ในสุนทรพจน์ที่อัลลาฮาบาดในการประชุมสันนิบาตในปี 1930 เซอร์มูฮัมหมัด อิกบาลเรียกร้องให้มีรัฐสำหรับชาวมุสลิมในบริติชอินเดียชูดฮารี ราห์มัต อาลีได้ตีพิมพ์จุลสารในปี 1933 สนับสนุนรัฐ "ปากีสถาน" ในหุบเขาอินดัสโดยมีชื่ออื่นๆ ที่ใช้เรียกพื้นที่ที่มีชาวมุสลิมเป็นส่วนใหญ่ในที่อื่นๆ ของอินเดีย^{[ 97 ]}จินนาห์และอิกบาลได้ติดต่อกันทางจดหมายในปี 1936 และ 1937 ในปีต่อๆ มา จินนาห์ยกย่องอิกบาลว่าเป็นอาจารย์ของเขา และใช้ภาพพจน์และวาทศิลป์ของอิกบาลในสุนทรพจน์ของเขา^{[ 98 ]}

แม้ว่าผู้นำหลายคนของพรรคคองเกรสจะต้องการรัฐบาลกลางที่เข้มแข็งสำหรับรัฐอินเดีย แต่ก็มีนักการเมืองมุสลิมบางคน รวมทั้งจินนาห์ ที่ไม่เต็มใจที่จะยอมรับสิ่งนี้หากปราศจากการคุ้มครองที่แข็งแกร่งสำหรับชุมชนของพวกเขา^{[ 96 ]}มุสลิมคนอื่นๆ สนับสนุนพรรคคองเกรส ซึ่งสนับสนุนอย่างเป็นทางการให้มีรัฐฆราวาสเมื่อได้รับเอกราช แม้ว่าฝ่ายอนุรักษ์นิยม (รวมถึงนักการเมืองเช่นมาดัน โมฮัน มาลาวิยาและวัลลาบห์ไบ ปาเตล ) เชื่อว่าอินเดียที่เป็นอิสระควรออกกฎหมาย เช่น ห้ามการฆ่าโค และกำหนดให้ ภาษา ฮินดีเป็นภาษาประจำชาติ ความล้มเหลวของผู้นำพรรคคองเกรสในการปฏิเสธกลุ่มชาตินิยม ฮินดู ทำให้มุสลิมที่สนับสนุนพรรคคองเกรสกังวล อย่างไรก็ตาม พรรคคองเกรสได้รับการสนับสนุนจากมุสลิมจำนวนมากจนถึงประมาณปี 1937 ^{[ 99 ]}

เหตุการณ์ที่แบ่งแยกชุมชน ได้แก่ ความพยายามที่ล้มเหลวในการจัดตั้งรัฐบาลผสมระหว่างพรรคคองเกรสและสันนิบาตมุสลิมในมณฑลสหรัฐหลังการเลือกตั้งปี 1937 ^{[ 100 ]}ตามที่นักประวัติศาสตร์ เอียน ทัลบอต กล่าวว่า "รัฐบาลพรรคคองเกรสประจำมณฑลไม่ได้พยายามที่จะเข้าใจและเคารพความรู้สึกทางวัฒนธรรมและศาสนาของประชากรมุสลิม การอ้างของสันนิบาตมุสลิมว่าตนเพียงผู้เดียวสามารถปกป้องผลประโยชน์ของชาวมุสลิมได้จึงได้รับการสนับสนุนอย่างมาก ที่สำคัญคือหลังจากช่วงเวลาการปกครองของพรรคคองเกรสนี้เองที่สันนิบาตมุสลิมได้เรียกร้องให้มีการจัดตั้งรัฐปากีสถาน ..." ^{[ 89 ]}

บัลราช ปุรีในบทความวารสารของเขาเกี่ยวกับจินนาห์ เสนอว่าประธานสันนิบาตมุสลิม หลังจากการเลือกตั้งปี 1937 ได้หันมาใช้แนวคิดเรื่องการแบ่งแยกดินแดนด้วย "ความสิ้นหวังอย่างแท้จริง" ^{[ 101 ]}นักประวัติศาสตร์อัคบาร์ เอส. อาห์เหม็ด เสนอว่าจินนาห์ละทิ้งความหวังที่จะปรองดองกับพรรคคองเกรส เนื่องจากเขา "ค้นพบรากเหง้าอิสลามของตนเอง ความรู้สึกถึงอัตลักษณ์ วัฒนธรรม และประวัติศาสตร์ของตนเอง ซึ่งจะปรากฏเด่นชัดมากขึ้นในช่วงปีสุดท้ายของชีวิตเขา" ^{[ 20 ]}จินนาห์ยังสวมใส่เครื่องแต่งกายแบบมุสลิมมากขึ้นในช่วงปลายทศวรรษ 1930 ^{[ 102 ]}หลังจากการเลือกตั้งปี 1937 จินนาห์เรียกร้องให้มีการตัดสินปัญหาการแบ่งปันอำนาจบนพื้นฐานของอินเดียทั้งหมด และให้เขาในฐานะประธานสันนิบาต ได้รับการยอมรับในฐานะโฆษกเพียงผู้เดียวของชุมชนมุสลิม^{[ 103 ]}

อิทธิพลของอิกบาลที่มีต่อจินนาห์ในการเป็นผู้นำในการสร้างประเทศปากีสถานได้รับการบันทึกไว้อย่างดี โดยนักวิชาการได้อธิบายว่าเป็น "สำคัญ" "ทรงพลัง" และ "ไม่อาจปฏิเสธได้" ^{[ 105 ] [ 106 ] [ 107 ]}อิกบาลยังถูกอ้างถึงว่าเป็นแรงผลักดันสำคัญในการโน้มน้าวให้จินนาห์ยุติการลี้ภัยในลอนดอนและกลับเข้าสู่การเมืองของอินเดีย^{[ 108 ] [ 109 ] [ 110 ] [ 111 ]}อย่างไรก็ตาม ในช่วงแรก อิกบาลและจินนาห์เป็นศัตรูกัน เนื่องจากอิกบาลเชื่อว่าจินนาห์ไม่สนใจวิกฤตการณ์ที่ชุมชนมุสลิมเผชิญในช่วงยุคอาณานิคมอังกฤษ ตามที่อักบาร์ เอส. อาห์เหม็ด กล่าว ไว้ สิ่งนี้เริ่มเปลี่ยนไปในช่วงปีสุดท้ายของอิกบาลก่อนที่เขาจะเสียชีวิตในปี 1938 อิกบาลค่อยๆ ประสบความสำเร็จในการเปลี่ยนความคิดของจินนาห์ให้มาเห็นด้วยกับเขา ซึ่งในที่สุดจินนาห์ก็ยอมรับอิกบาลเป็นอาจารย์ของเขา อาห์เหม็ดแสดงความคิดเห็นว่าในคำอธิบายประกอบจดหมายของอิกบาล จินนาห์แสดงความเห็นพ้องกับมุมมองของอิกบาลที่ว่าชาวมุสลิมอินเดียต้องการดินแดนแยกต่างหาก^{[ 112 ]}

อิทธิพลของอิกบาลยังทำให้จินนาห์เข้าใจอัตลักษณ์ของชาวมุสลิมอย่างลึกซึ้งยิ่งขึ้น^{[ 113 ]}หลักฐานของอิทธิพลนี้เริ่มปรากฏให้เห็นตั้งแต่ปี 1937 เป็นต้นไป จินนาห์ไม่เพียงแต่เริ่มเลียนแบบอิกบาลในสุนทรพจน์ของเขาเท่านั้น แต่เขายังเริ่มใช้สัญลักษณ์อิสลามและเริ่มกล่าวสุนทรพจน์โดยมุ่งเป้าไปที่ผู้ด้อยโอกาส อาห์เหม็ดสังเกตเห็นการเปลี่ยนแปลงในคำพูดของจินนาห์: ในขณะที่เขายังคงสนับสนุนเสรีภาพทางศาสนาและการปกป้องชนกลุ่มน้อย แต่แบบอย่างที่เขาปรารถนาในขณะนี้คือแบบอย่างของศาสดามูฮัมหมัด มากกว่าแบบอย่างของนักการเมืองฆราวาส อาห์เหม็ดกล่าวเพิ่มเติมว่านักวิชาการที่วาดภาพจินนาห์ในภายหลังว่าเป็นฆราวาสนั้นตีความสุนทรพจน์ของเขาผิด ซึ่งเขาโต้แย้งว่าต้องอ่านในบริบทของประวัติศาสตร์และวัฒนธรรมอิสลาม ดังนั้น ภาพลักษณ์ของปากีสถานในมุมมองของจินนาห์จึงเริ่มชัดเจนว่าจะมีลักษณะเป็นอิสลาม การเปลี่ยนแปลงนี้ได้รับการมองว่าคงอยู่ตลอดช่วงชีวิตที่เหลือของจินนาห์ เขายังคงยืมความคิด "โดยตรงจากอิกบาล—รวมถึงความคิดของเขาเกี่ยวกับความเป็นเอกภาพของชาวมุสลิม เกี่ยวกับอุดมคติของอิสลามเรื่องเสรีภาพ ความยุติธรรม และความเสมอภาค เกี่ยวกับเศรษฐศาสตร์ และแม้กระทั่งเกี่ยวกับแนวปฏิบัติเช่นการละหมาด" ^{[ 114 ] [ 105 ]}

ในการกล่าวสุนทรพจน์ในปี พ.ศ. 2483 สองปีหลังจากที่อิกบาลเสียชีวิต จินนาห์ได้แสดงความต้องการที่จะดำเนินการตามวิสัยทัศน์ของอิกบาลเกี่ยวกับปากีสถานที่เป็นอิสลาม แม้ว่านั่นหมายความว่าตัวเขาเองจะไม่มีวันได้เป็นผู้นำประเทศก็ตาม จินนาห์กล่าวว่า "หากผมมีชีวิตอยู่จนได้เห็นอุดมคติของรัฐมุสลิมสำเร็จในอินเดีย และผมได้รับโอกาสให้เลือกระหว่างผลงานของอิกบาลกับการปกครองรัฐมุสลิม ผมจะเลือกอย่างแรก" ^{[ 115 ]}

เมื่อวันที่ 3 กันยายน พ.ศ. 2482 นายกรัฐมนตรีอังกฤษเนวิลล์ แชมเบอร์เลนประกาศเริ่มสงครามกับนาซีเยอรมนี [ ^{116 ] ใน}วันถัดมา อุปราชลอร์ดลินลิธโกว์โดยไม่ปรึกษาผู้นำทางการเมืองของอินเดีย ประกาศว่าอินเดียเข้าร่วมสงครามกับอังกฤษ เกิดการประท้วงอย่างกว้างขวางในอินเดีย หลังจากพบกับจินนาห์และคานธี ลินลิธโกว์ประกาศว่าการเจรจาเกี่ยวกับการปกครองตนเองถูกระงับตลอดช่วงสงคราม^{[ 117 ]}เมื่อวันที่ 14 กันยายน พรรคคองเกรสเรียกร้องเอกราชทันทีพร้อมสภาร่างรัฐธรรมนูญเพื่อตัดสินรัฐธรรมนูญ เมื่อถูกปฏิเสธ รัฐบาลระดับจังหวัดทั้ง 8 แห่งจึงลาออกเมื่อวันที่ 10 พฤศจิกายน และผู้ว่าการในจังหวัดเหล่านั้นปกครองโดยคำสั่งในช่วงที่เหลือของสงคราม ในทางกลับกัน จินนาห์เต็มใจที่จะประนีประนอมกับอังกฤษมากกว่า และอังกฤษก็ยอมรับเขาและสันนิบาตในฐานะตัวแทนของชาวมุสลิมในอินเดียมากขึ้นเรื่อยๆ^{[ 118 ]}จินนาห์กล่าวในภายหลังว่า "หลังจากสงครามเริ่มต้นขึ้น ... ผมได้รับการปฏิบัติในลักษณะเดียวกับนายคานธี ผมรู้สึกประหลาดใจที่ทำไมผมถึงได้รับการเลื่อนตำแหน่งและได้รับตำแหน่งเคียงข้างนายคานธี" ^{[ 119 ]}แม้ว่าสันนิบาตจะไม่สนับสนุนความพยายามทำสงครามของอังกฤษอย่างแข็งขัน แต่พวกเขาก็ไม่ได้พยายามขัดขวางเช่นกัน^{[ 120 ]}

เนื่องจากอังกฤษและมุสลิมให้ความร่วมมือกันในระดับหนึ่ง อุปราชจึงขอให้จินนาห์แสดงจุดยืนของสันนิบาตมุสลิมเกี่ยวกับการปกครองตนเอง โดยมั่นใจว่าจุดยืนนั้นจะแตกต่างจากของพรรคคองเกรสอย่างมาก เพื่อให้ได้จุดยืนดังกล่าว คณะทำงานของสันนิบาตจึงประชุมกันเป็นเวลาสี่วันในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2483 เพื่อกำหนดขอบเขตอำนาจหน้าที่ให้กับคณะอนุกรรมการรัฐธรรมนูญ คณะทำงานขอให้คณะอนุกรรมการกลับมาพร้อมกับข้อเสนอที่จะส่งผลให้เกิด "อาณาจักรอิสระที่มีความสัมพันธ์โดยตรงกับบริเตนใหญ่" ซึ่งมุสลิมเป็นประชากรส่วนใหญ่^{[ 121 ]} ในวันที่ 6 กุมภาพันธ์ จินนาห์แจ้งอุปราชว่าสันนิบาตมุสลิมจะเรียกร้องให้มีการแบ่งแยกดินแดนแทนที่จะเป็นสหพันธรัฐตามที่ระบุไว้ในพระราชบัญญัติ พ.ศ. 2478 มติลาฮอร์ (บางครั้งเรียกว่า "มติปากีสถาน" แม้ว่าจะไม่มีชื่อนั้นอยู่ก็ตาม) ซึ่งอิงตามงานของคณะอนุกรรมการ ได้ยึดถือทฤษฎีสองชาติและเรียกร้องให้มีการรวมตัวของจังหวัดที่มีประชากรส่วนใหญ่เป็นมุสลิมในภาคตะวันตกเฉียงเหนือของบริติชอินเดีย โดยมีอำนาจปกครองตนเองอย่างสมบูรณ์ สิทธิที่คล้ายกันนี้จะมอบให้แก่พื้นที่ที่มีประชากรส่วนใหญ่เป็นมุสลิมในภาคตะวันออก และการคุ้มครองที่ไม่ระบุรายละเอียดจะมอบให้แก่ชนกลุ่มน้อยมุสลิมในจังหวัดอื่นๆ มติดังกล่าวได้รับการอนุมัติโดยที่ประชุมสันนิบาตในลาฮอร์เมื่อวันที่ 23 มีนาคม พ.ศ. 2483 ^{[ 122 ] [ 123 ]}

ปฏิกิริยาของคานธีต่อมติลาฮอร์นั้นค่อนข้างเงียบงัน เขาเรียกมันว่า "น่าสับสน" แต่บอกกับลูกศิษย์ของเขาว่าชาวมุสลิม เช่นเดียวกับประชาชนอื่นๆ ในอินเดีย มีสิทธิในการกำหนดอนาคตของตนเอง ผู้นำของพรรคคองเกรสแสดงออกอย่างชัดเจนกว่าชวาหาร์ลัล เนห์รูกล่าวถึงลาฮอร์ว่าเป็น "ข้อเสนออันน่าเหลือเชื่อของจินนาห์" ในขณะที่จักราวาตี ราชากอปาลชาลีมองว่าทัศนะของจินนาห์เกี่ยวกับการแบ่งแยกดินแดนเป็น "สัญญาณของความคิดที่ป่วยไข้" ^{[ 124 ]}ลินลิธโกว์พบกับจินนาห์ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2483 ^{[ 125 ]}ไม่นานหลังจากที่วินสตัน เชอร์ชิลล์กลายเป็นนายกรัฐมนตรีของอังกฤษ และในเดือนสิงหาคมได้เสนอข้อตกลงกับทั้งพรรคคองเกรสและสันนิบาต โดยแลกกับการสนับสนุนสงครามอย่างเต็มที่ ลินลิธโกว์จะอนุญาตให้มีตัวแทนชาวอินเดียในสภาสงครามหลักของเขา อุปราชสัญญาว่าจะมีองค์กรตัวแทนหลังสงครามเพื่อกำหนดอนาคตของอินเดีย และจะไม่มีการบังคับใช้ข้อตกลงใดๆ ในอนาคตโดยขัดกับข้อโต้แย้งของประชากรส่วนใหญ่ สิ่งนี้ไม่เป็นที่น่าพอใจสำหรับทั้งสภาคองเกรสและสันนิบาต แม้ว่าจินนาห์จะยินดีที่อังกฤษได้ก้าวไปสู่การยอมรับจินนาห์ในฐานะตัวแทนผลประโยชน์ของชุมชนมุสลิม^{[ 126 ]}จินนาห์ลังเลที่จะเสนอข้อเสนอที่เฉพาะเจาะจงเกี่ยวกับเขตแดนของปากีสถาน หรือความสัมพันธ์กับอังกฤษและกับส่วนอื่นๆ ของอนุทวีป เนื่องจากเกรงว่าแผนการที่ชัดเจนใดๆ จะทำให้สันนิบาตแตกแยก^{[ 127 ]}

การโจมตีเพิร์ลฮาร์เบอร์ของญี่ปุ่นในเดือนธันวาคม ค.ศ. 1941 ทำให้สหรัฐอเมริกาเข้าร่วมสงคราม ในอีกไม่กี่เดือนต่อมา ญี่ปุ่นรุกคืบในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ และคณะรัฐมนตรีอังกฤษได้ส่งคณะผู้แทนนำโดยเซอร์สแตฟฟอร์ด คริปส์ไปเจรจาเพื่อไกล่เกลี่ยกับอินเดียและขอให้พวกเขาสนับสนุนสงครามอย่างเต็มที่ คริปส์เสนอให้บางจังหวัดมีสิ่งที่เรียกว่า "ทางเลือกในท้องถิ่น" เพื่อให้สามารถดำรงอยู่นอกเหนือรัฐบาลกลางของอินเดียได้ ไม่ว่าจะเป็นระยะเวลาหนึ่งหรือถาวร เพื่อเป็นประเทศในเครือจักรภพของตนเอง หรือเป็นส่วนหนึ่งของสมาพันธรัฐอื่น พรรคสันนิบาตมุสลิมไม่แน่ใจว่าจะได้รับคะแนนเสียงในสภามากพอสำหรับจังหวัดผสม เช่น เบงกอลและปัญจาบที่จะแยกตัวออกไป และจินนาห์ปฏิเสธข้อเสนอดังกล่าวโดยมองว่าไม่ยอมรับสิทธิในการดำรงอยู่ของปากีสถานอย่างเพียงพอ พรรคคองเกรสก็ปฏิเสธแผนของคริปส์เช่นกัน โดยเรียกร้องให้มีการประนีประนอมทันที ซึ่งคริปส์ไม่พร้อมที่จะให้^{[ 128 ] [ 129 ]}แม้จะถูกปฏิเสธ แต่จินนาห์และสันนิบาตก็มองว่าข้อเสนอของคริปส์เป็นการยอมรับปากีสถานในหลักการ^{[ 130 ]}

หลังจากภารกิจของคริปส์ล้มเหลว พรรคคองเกรสจึงเรียกร้องในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2485 ให้สหราชอาณาจักร " ถอนตัวออกจากอินเดีย " โดยประกาศการรณรงค์สัตยาเคราะห์ ครั้ง ใหญ่จนกว่าสหราชอาณาจักรจะทำเช่นนั้น สหราชอาณาจักรจึงจับกุมผู้นำคนสำคัญส่วนใหญ่ของพรรคคองเกรสและคุมขังพวกเขาตลอดช่วงที่เหลือของสงคราม อย่างไรก็ตาม คานธีถูกกักบริเวณในวังแห่งหนึ่งของอากา ข่าน ก่อนที่จะได้รับการปล่อยตัวเนื่องจากปัญหาสุขภาพในปี พ.ศ. 2487 เมื่อผู้นำพรรคคองเกรสไม่อยู่ในเวทีการเมือง จินนาห์จึงเตือนถึงภัยคุกคามจากการครอบงำของชาวฮินดูและยังคงเรียกร้องให้มีการจัดตั้งปากีสถานโดยไม่ได้ลงรายละเอียดมากนักว่าสิ่งนั้นจะหมายถึงอะไร จินนาห์ยังทำงานเพื่อเพิ่มการควบคุมทางการเมืองของสันนิบาตในระดับจังหวัดอีกด้วย^{[ 131 ] [ 132 ]} เขาช่วยก่อตั้งหนังสือพิมพ์Dawnในช่วงต้นทศวรรษ พ.ศ. 2483 ในเดลี ซึ่งช่วยเผยแพร่ข้อความของสันนิบาตและในที่สุดก็กลายเป็นหนังสือพิมพ์ภาษาอังกฤษหลักของปากีสถาน^{[ 133 ]}เขายังเริ่มอาศัยอยู่ในเดลีบนถนนออรังเซบ (ปัจจุบันคือถนนดร. เอพีเจ อับดุล กาลาม) ใกล้กับบ้านเบอร์ลาซึ่งเป็นที่ที่มหาตมา คานธี เคยพัก และจินนาห์เป็นเพื่อนบ้านกับ เซอร์ โสภา ซิงห์ซึ่งเป็นบุคคลที่ร่ำรวยที่สุดในเดลีในขณะนั้น^{[ 134 ]}ปัจจุบันบ้านของเขาเป็นสถานทูตเนเธอร์แลนด์ในอินเดีย และเป็นที่รู้จักกันในชื่อบ้านจินนาห์^{[ 135 ]}

ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2487 จินนาห์ได้ต้อนรับคานธีซึ่งเพิ่งได้รับการปล่อยตัวจากการถูกคุมขัง ณ บ้านของเขาบนเนินเขามาลาบาร์ในบอมเบย์ การเจรจาระหว่างทั้งสองกินเวลาสองสัปดาห์ แต่ก็ไม่สามารถบรรลุข้อตกลงได้ จินนาห์ยืนกรานว่าปากีสถานควรได้รับการยอมรับก่อนที่อังกฤษจะถอนตัวออกไปและควรเกิดขึ้นทันที ในขณะที่คานธีเสนอว่าการลงประชามติเกี่ยวกับการแบ่งแยกดินแดนควรเกิดขึ้นหลังจากที่อินเดียรวมเป็นหนึ่งเดียวได้รับเอกราช แล้ว ^{[ 136 ]}ในช่วงต้นปี พ.ศ. 2488 เลียกัตและผู้นำพรรคคองเกรสบูลาไบ เดไซได้พบกันโดยได้รับความเห็นชอบจากจินนาห์ และตกลงกันว่าหลังสงคราม พรรคคองเกรสและสันนิบาตควรจัดตั้งรัฐบาลชั่วคราวโดยมีสมาชิกสภาบริหารของอุปราชที่ได้รับการเสนอชื่อโดยพรรคคองเกรสและสันนิบาตในจำนวนเท่ากัน เมื่อผู้นำพรรคคองเกรสได้รับการปล่อยตัวจากเรือนจำในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2488 พวกเขาปฏิเสธข้อตกลงและตำหนิเดไซที่กระทำการโดยปราศจากอำนาจที่ถูกต้อง^{[ 137 ]}

จอมพลวิสเคานต์เวเวลล์สืบทอดตำแหน่งอุปราชต่อจากลินลิธโกว์ในปี 1943 ในเดือนมิถุนายน 1945 หลังจากการปล่อยตัวผู้นำพรรคคองเกรส เวเวลล์ได้เรียกประชุมและเชิญบุคคลสำคัญจากชุมชนต่างๆ มาพบกับเขาที่ซิมลาเขาเสนอให้จัดตั้งรัฐบาลชั่วคราวตามแนวทางที่เลียกัตและเดไซตกลงกันไว้ อย่างไรก็ตาม เวเวลล์ไม่เต็มใจที่จะรับประกันว่าจะมีเพียงผู้สมัครของสันนิบาตเท่านั้นที่จะได้รับที่นั่งที่สงวนไว้สำหรับชาวมุสลิม กลุ่มอื่นๆ ที่ได้รับเชิญได้ส่งรายชื่อผู้สมัครให้แก่อุปราช เวเวลล์ยุติการประชุมกลางเดือนกรกฎาคมโดยไม่ได้แสวงหาข้อตกลงเพิ่มเติม เนื่องจาก ใกล้จะมี การเลือกตั้งทั่วไปของอังกฤษรัฐบาลของเชอร์ชิลล์จึงรู้สึกว่าไม่สามารถดำเนินการต่อได้^{[ 138 ]}

ผู้มีสิทธิเลือกตั้งชาวอังกฤษได้เลือกเคลเมนต์ แอตลีและพรรคแรงงานของเขา กลับ เข้าสู่รัฐบาลอีกครั้งในปลายเดือนกรกฎาคม แอตลีและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงอินเดียของเขา ลอร์ดเฟรเดอริก เพทิก-ลอว์เรน ซ์ ได้ สั่งให้ทบทวนสถานการณ์ในอินเดียทันที^{[ 139 ]}จินนาห์ไม่ได้แสดงความคิดเห็นเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงรัฐบาล แต่ได้เรียกประชุมคณะทำงานของเขาและออกแถลงการณ์เรียกร้องให้มีการเลือกตั้งใหม่ในอินเดีย สันนิบาตมีอิทธิพลในระดับจังหวัดในรัฐที่มีประชากรส่วนใหญ่เป็นมุสลิมโดยอาศัยพันธมิตร และจินนาห์เชื่อว่า หากได้รับโอกาส สันนิบาตจะปรับปรุงสถานะทางการเลือกตั้งและให้การสนับสนุนเพิ่มเติมแก่การอ้างสิทธิ์ของเขาในการเป็นโฆษกเพียงผู้เดียวของชาวมุสลิม เวเวลล์กลับไปอินเดียในเดือนกันยายนหลังจากปรึกษาหารือกับเจ้านายใหม่ของเขาในลอนดอน การเลือกตั้งทั้งในระดับศูนย์กลางและระดับจังหวัดได้รับการประกาศในไม่ช้าหลังจากนั้น ฝ่ายอังกฤษระบุว่าการจัดตั้งองค์กรร่างรัฐธรรมนูญจะตามมาหลังจากการลงคะแนนเสียง^{[ 140 ]}

สันนิบาตมุสลิมประกาศว่าพวกเขาจะรณรงค์ในประเด็นเดียวคือ ปากีสถาน^{[ 141 ]} จินนาห์ กล่าวในเมืองอาห์เมดาบัดว่า "ปากีสถานเป็นเรื่องความเป็นความตายสำหรับเรา" ^{[ 142 ]}ใน การเลือกตั้ง สภารัฐธรรมนูญแห่งอินเดีย ใน เดือนธันวาคม พ.ศ. 2488สันนิบาตมุสลิมชนะทุกที่นั่งที่สงวนไว้สำหรับชาวมุสลิม ในการเลือกตั้งระดับจังหวัดในเดือนมกราคม พ.ศ. 2489 สันนิบาตมุสลิมได้รับคะแนนเสียงจากชาวมุสลิม 75% เพิ่มขึ้นจาก 4.4% ในปี พ.ศ. 2480 ^{[ 143 ]}ตามที่โบลิโธ ผู้เขียนชีวประวัติของเขากล่าวไว้ว่า "นี่คือช่วงเวลาอันรุ่งโรจน์ของจินนาห์ การรณรงค์ทางการเมืองที่ยากลำบาก ความเชื่อและข้อเรียกร้องที่แข็งแกร่งของเขาได้รับการพิสูจน์แล้วในที่สุด" ^{[ 144 ]}วอลเพิร์ตเขียนว่าผลการเลือกตั้งของสันนิบาตมุสลิม "ดูเหมือนจะพิสูจน์ถึงความนิยมอย่างกว้างขวางของปากีสถานในหมู่ชาวมุสลิมในอนุทวีป" ^{[ 145 ]}พรรคคองเกรสยังคงครองเสียงข้างมากในสภากลาง แม้ว่าจะเสียที่นั่งไป 4 ที่นั่งจากจำนวนที่นั่งเดิมก็ตาม^{[ 145 ]}

ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2489 คณะรัฐมนตรีอังกฤษมีมติส่งคณะผู้แทนไปอินเดียเพื่อเจรจากับผู้นำที่นั่นคณะผู้แทนคณะรัฐมนตรี นี้ ประกอบด้วย Cripps และ Pethick-Lawrence ซึ่งเป็นคณะผู้แทนระดับสูงสุดที่พยายามจะยุติความขัดแย้ง ได้เดินทางมาถึงนิวเดลีในปลายเดือนมีนาคม การเจรจามีความคืบหน้าน้อยมากนับตั้งแต่เดือนตุลาคมปีก่อน เนื่องจากมีการเลือกตั้งในอินเดีย^{[ 146 ]}ในเดือนพฤษภาคม อังกฤษได้เผยแพร่แผนการจัดตั้งรัฐอินเดียที่เป็นเอกภาพ ซึ่งประกอบด้วยจังหวัดที่มีอำนาจปกครองตนเองเป็นส่วนใหญ่ และเรียกร้องให้จัดตั้ง "กลุ่ม" จังหวัดตามหลักศาสนา เรื่องต่างๆ เช่น การป้องกันประเทศ ความสัมพันธ์ระหว่างประเทศ และการสื่อสาร จะได้รับการจัดการโดยหน่วยงานส่วนกลาง จังหวัดต่างๆ จะมีทางเลือกที่จะแยกตัวออกจากสหภาพโดยสิ้นเชิง และจะมีรัฐบาลชั่วคราวที่มีตัวแทนจากพรรคคองเกรสและสันนิบาต จินนาห์และคณะทำงานของเขายอมรับแผนนี้ในเดือนมิถุนายน แต่แผนนี้ล้มเหลวเนื่องจากคำถามเกี่ยวกับจำนวนสมาชิกของรัฐบาลชั่วคราวที่พรรคคองเกรสและสันนิบาตจะมี และความปรารถนาของพรรคคองเกรสที่จะรวมสมาชิกมุสลิมไว้ในตัวแทนของตน ก่อนออกจากอินเดีย รัฐมนตรีอังกฤษระบุว่าพวกเขามีเจตนาที่จะจัดตั้งรัฐบาลชั่วคราว แม้ว่ากลุ่มหลักกลุ่มใดกลุ่มหนึ่งจะไม่เต็มใจเข้าร่วมก็ตาม^{[ 147 ]}

พรรคคองเกรสเข้าร่วมคณะรัฐมนตรีอินเดียชุดใหม่ในไม่ช้า พรรคสันนิบาตมุสลิมเข้าร่วมช้ากว่า โดยเข้าร่วมในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2489 เมื่อตกลงให้พรรคสันนิบาตมุสลิมเข้าร่วมรัฐบาล จินนาห์จึงละทิ้งข้อเรียกร้องเรื่องความเท่าเทียมกับพรรคคองเกรสและสิทธิยับยั้งในเรื่องที่เกี่ยวข้องกับชาวมุสลิม คณะรัฐมนตรีชุดใหม่ประชุมกันท่ามกลางเหตุการณ์จลาจล โดยเฉพาะในเมืองกัลกัตตา [ ^{148 ] พรรค}คองเกรสต้องการให้อุปราชเรียกประชุมสภาร่างรัฐธรรมนูญทันทีและเริ่มดำเนินการร่างรัฐธรรมนูญ และรู้สึกว่ารัฐมนตรีของพรรคสันนิบาตมุสลิมควรเข้าร่วมในข้อเรียกร้องนี้หรือลาออกจากรัฐบาล เวเวลล์พยายามแก้ไขสถานการณ์โดยการส่งผู้นำเช่น จินนาห์ เลียกัต และจาวาฮาร์ลัล เนห์รู ไปยังลอนดอนในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2489 เมื่อสิ้นสุดการเจรจา ผู้เข้าร่วมได้ออกแถลงการณ์ว่ารัฐธรรมนูญจะไม่ถูกบังคับใช้กับส่วนใดส่วนหนึ่งของอินเดียที่ไม่เต็มใจ^{[ 149 ]}ระหว่างทางกลับจากลอนดอน จินนาห์และเลียกัตได้แวะที่ไคโรเป็นเวลาหลายวันเพื่อเข้าร่วมการประชุมระดับนานาชาติของชาวมุสลิม^{[ 150 ]}

รัฐสภารับรองแถลงการณ์ร่วมจากการประชุมที่ลอนดอน แม้จะมีเสียงคัดค้านอย่างรุนแรงจากบางฝ่าย สันนิบาตปฏิเสธที่จะทำเช่นนั้น และไม่มีส่วนร่วมในการอภิปรายรัฐธรรมนูญ^{[ 149 ]}จินนาห์เคยเต็มใจที่จะพิจารณาความสัมพันธ์บางอย่างกับฮินดูสถาน (ซึ่งเป็นชื่อเรียกรัฐที่มีประชากรส่วนใหญ่เป็นชาวฮินดูที่จะก่อตั้งขึ้นหลังการแบ่งแยกดินแดน) เช่น การทหารหรือการสื่อสารร่วมกัน อย่างไรก็ตาม ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2489 เขายืนยันที่จะมีปากีสถานที่มีอำนาจอธิปไตยอย่างสมบูรณ์และมีสถานะเป็นประเทศในเครือจักรภพ^{[ 151 ]}

หลังจากการเดินทางไปลอนดอนล้มเหลว จินนาห์ไม่รีบร้อนที่จะบรรลุข้อตกลง โดยคิดว่าเวลาจะทำให้เขาสามารถได้จังหวัดเบงกอลและปัญจาบที่ยังไม่แบ่งแยกมาเป็นของปากีสถาน แต่จังหวัดที่ร่ำรวยและมีประชากรหนาแน่นเหล่านี้มีชนกลุ่มน้อยที่ไม่ใช่มุสลิมจำนวนมาก ทำให้การเจรจาต่อรองมีความซับซ้อน^{[ 152 ]}รัฐบาลแอตลีต้องการให้สหราชอาณาจักรออกจากอนุทวีปอย่างรวดเร็ว แต่ไม่ค่อยเชื่อมั่นว่าเวเวลล์จะบรรลุเป้าหมายนั้นได้ ตั้งแต่เดือนธันวาคม พ.ศ. 2489 เจ้าหน้าที่อังกฤษเริ่มมองหาผู้สืบทอดตำแหน่งอุปราชต่อจากเวเวลล์ และในไม่ช้าก็เลือกพลเรือเอกลอร์ดเมาท์แบตเทนแห่งพม่าผู้นำสงครามที่เป็นที่นิยมในหมู่พรรคอนุรักษ์นิยมในฐานะเหลนของสมเด็จพระราชินีนาถวิกตอเรียและในหมู่พรรคแรงงานเนื่องจากมุมมองทางการเมืองของเขา^{[ 150 ]}

เมื่อวันที่ 20 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2490 แอตลีประกาศแต่งตั้งเมาท์แบตเทน และว่าอังกฤษจะถ่ายโอนอำนาจในอินเดียไม่เกินเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2491 ^{[ 153 ]}เมาท์แบตเทนเข้ารับตำแหน่งอุปราชเมื่อวันที่ 24 มีนาคม พ.ศ. 2490 สองวันหลังจากเดินทางมาถึงอินเดีย^{[ 154 ]}ในเวลานั้น พรรคคองเกรสได้ยอมรับแนวคิดเรื่องการแบ่งแยกดินแดน เนห์รูกล่าวในปี พ.ศ. 2503 ว่า "ความจริงก็คือพวกเราเหนื่อยล้าและอายุมากขึ้น ... แผนการแบ่งแยกดินแดนเสนอทางออกและเราก็เลือกใช้มัน" ^{[ 155 ]} ผู้นำของพรรคคองเกรสตัดสินใจว่าการมีจังหวัดที่มีประชากรส่วนใหญ่เป็นมุสลิมซึ่งผูกพันกันอย่างหลวมๆ เป็นส่วนหนึ่งของอินเดียในอนาคตนั้นไม่คุ้มค่ากับการสูญเสียรัฐบาลกลางที่มีอำนาจซึ่งพวกเขาต้องการ^{[ 156 ]}อย่างไรก็ตาม พรรคคองเกรสยืนยันว่าหากปากีสถานจะได้รับเอกราช เบงกอลและปัญจาบจะต้องถูกแบ่งแยก^{[ 157 ]}

เมาท์แบตเทนได้รับการเตือนในเอกสารสรุปของเขาว่าจินนาห์จะเป็น "ลูกค้าที่ยากที่สุด" ของเขา ซึ่งพิสูจน์แล้วว่าเป็นปัญหาเรื้อรังเพราะ "ไม่มีใครในประเทศนี้ [อินเดีย] สามารถเข้าถึงความคิดของจินนาห์ได้เลย" ^{[ 158 ]}ทั้งสองคนพบกันเป็นเวลาหกวัน เริ่มตั้งแต่วันที่ 5 เมษายน การประชุมเริ่มต้นอย่างสบายๆ เมื่อจินนาห์ ซึ่งถ่ายรูปอยู่ระหว่างหลุยส์และเอ็ดวินา เมาท์ แบตเทน พูดติดตลกว่า "กุหลาบระหว่างหนามสองอัน" ซึ่งอุปราชตีความ (อาจจะโดยไม่จำเป็น) ว่าเป็นหลักฐานว่าผู้นำมุสลิมวางแผนมุกตลกไว้ล่วงหน้า แต่คาดหวังว่าอุปราชจะยืนอยู่ตรงกลาง^{[ 159 ]}เมาท์แบตเทนไม่ประทับใจจินนาห์นัก โดยแสดงความไม่พอใจต่อเจ้าหน้าที่ของเขาซ้ำแล้วซ้ำเล่าเกี่ยวกับการยืนกรานของจินนาห์เรื่องปากีสถานแม้จะมีข้อโต้แย้งมากมาย^{[ 160 ]}

จินนาห์เกรงว่าเมื่อสิ้นสุดการปกครองของอังกฤษในอนุทวีป พวกเขาจะมอบอำนาจการควบคุมให้กับสภาร่างรัฐธรรมนูญที่พรรคคองเกรสครองเสียงข้างมาก ซึ่งจะทำให้ชาวมุสลิมเสียเปรียบในการพยายามเรียกร้องเอกราช เขาเรียกร้องให้เมาท์แบตเทนแบ่งกองทัพก่อนได้รับเอกราช ซึ่งจะใช้เวลาอย่างน้อยหนึ่งปี เมาท์แบตเทนหวังว่าการจัดการหลังได้รับเอกราชจะรวมถึงกองกำลังป้องกันร่วมกัน แต่จินนาห์มองว่าเป็นสิ่งจำเป็นที่รัฐอธิปไตยควรมีกองกำลังของตนเอง เมาท์แบตเทนพบกับเลียกัตในวันที่มีการประชุมครั้งสุดท้ายกับจินนาห์ และสรุปดังที่เขาบอกกับแอตลีและคณะรัฐมนตรีในเดือนพฤษภาคมว่า "เป็นที่ชัดเจนแล้วว่าสันนิบาตมุสลิมจะหันไปใช้กำลังอาวุธหากปากีสถานไม่ได้รับการยอมรับในรูปแบบใดรูปแบบหนึ่ง" ^{[ 161 ] [ 162 ]} อุปราชยังได้รับอิทธิพลจากปฏิกิริยาเชิงลบของชาวมุสลิมต่อรายงานรัฐธรรมนูญของสภา ซึ่งมองเห็นอำนาจที่กว้างขวางสำหรับรัฐบาลกลางหลังได้รับเอกราช^{[ 163 ]}

เมื่อวันที่ 2 มิถุนายน พ.ศ. 2490 แผนขั้นสุดท้ายถูกนำเสนอโดยอุปราชแก่ผู้นำอินเดีย: ในวันที่ 15 สิงหาคม อังกฤษจะมอบอำนาจให้กับสองอาณาจักร จังหวัดต่างๆ จะลงคะแนนเสียงว่าจะยังคงอยู่ในสภารัฐธรรมนูญที่มีอยู่เดิมหรือจะจัดตั้งสภาใหม่ นั่นคือเข้าร่วมกับปากีสถาน เบงกอลและปัญจาบก็จะลงคะแนนเสียงเช่นกัน ทั้งในประเด็นว่าจะเข้าร่วมสภาใด และในเรื่องการแบ่งแยกดินแดน คณะกรรมการกำหนดเขตแดนจะกำหนดเส้นเขตแดนสุดท้ายในจังหวัดที่ถูกแบ่งแยก การลงประชามติจะเกิดขึ้นในจังหวัดชายแดนตะวันตกเฉียงเหนือ (ซึ่งไม่มีรัฐบาลสันนิบาตแม้จะมีประชากรส่วนใหญ่เป็นมุสลิม) และในเขตซิลเฮตของอัสสัม ซึ่งส่วนใหญ่เป็นมุสลิม ติดกับเบงกอลตะวันออก เมื่อวันที่ 3 มิถุนายน เมาท์แบตเทน เนห์รู จินนาห์ และผู้นำชาวซิกข์ บัลเดฟ ซิงห์ได้ประกาศอย่างเป็นทางการทางวิทยุ^{[ 164 ] [ 165 ] [ 166 ]}จินนาห์กล่าวปิดท้ายสุนทรพจน์ของเขาด้วย " ปากีสถาน ซินดาบาด " (ปากีสถานจงเจริญ) ซึ่งไม่ได้อยู่ในบทพูด^{[ 167 ]} ผู้ฟังบางคนเข้าใจภาษาอูร์ดูของเขาผิดเป็น "ปากีสถานอยู่ในมือแล้ว!" ^{[ 168 ]} ในช่วงหลายสัปดาห์ต่อมา ปัญจาบและเบงกอลได้ลงคะแนนเสียงซึ่งส่งผลให้เกิดการแบ่งแยกดินแดน ซิลเฮตและ NWFP ลงคะแนนเสียงเพื่อเข้าร่วมกับปากีสถาน ซึ่งเป็นการตัดสินใจที่สภาในสินธ์และบาลูจิสถานเห็นพ้องด้วย^{[ 166 ]}

เมื่อวันที่ 4 กรกฎาคม 1947 เลียกัตได้ขอให้เมาท์แบตเทนช่วยแนะนำพระเจ้าจอร์จที่ 6 แห่งอังกฤษ ในนามของจินนาห์ ให้แต่งตั้งจินนาห์เป็นผู้ว่าการทั่วไปคนแรกของปากีสถาน คำขอครั้งนี้ทำให้เมาท์แบตเทนไม่พอใจ เพราะเขาหวังที่จะได้ดำรงตำแหน่งนั้นในทั้งสองประเทศ—เขาจะเป็นผู้ว่าการทั่วไปคนแรกของอินเดียหลังได้รับเอกราช—แต่จินนาห์รู้สึกว่าเมาท์แบตเทนน่าจะเข้าข้างรัฐใหม่ที่มีประชากรส่วนใหญ่เป็นชาวฮินดู เนื่องจากความใกล้ชิดกับเนห์รู นอกจากนี้ ผู้ว่าการทั่วไปจะเป็นบุคคลที่มีอำนาจมากในตอนแรก และจินนาห์ไม่ไว้ใจใครอื่นที่จะรับตำแหน่งนั้น แม้ว่าคณะกรรมการกำหนดเขตแดน ซึ่งนำโดยเซอร์ไซริล แรดคลิฟฟ์ ทนายความชาวอังกฤษ ยังไม่ได้รายงานผล แต่ก็มีการเคลื่อนย้ายประชากรครั้งใหญ่ระหว่างประเทศที่กำลังจะก่อตั้งขึ้น รวมถึงความรุนแรงทางศาสนา จินนาห์จึงจัดการขายบ้านของเขาในบอมเบย์และซื้อบ้านใหม่ในเมืองการาจี เมื่อวันที่ 7 สิงหาคม จินนาห์พร้อมด้วยน้องสาวและเจ้าหน้าที่ใกล้ชิด บินจากเดลีไปยังการาจีด้วยเครื่องบินของเมาท์แบตเทน และขณะที่เครื่องบินกำลังเคลื่อนตัวบนทางวิ่ง มีคนได้ยินเขาพึมพำว่า "นั่นคือจุดจบของเรื่องนั้น" ^{[ 169 ] [ 170 ] [ 171 ]} เมื่อวันที่ 11 สิงหาคม เขาเป็นประธานในการประชุมสภาร่างรัฐธรรมนูญ แห่งใหม่ ของปากีสถาน ณ การาจี และกล่าวปราศรัยต่อพวกเขาว่า "พวกท่านเป็นอิสระ พวกท่านมีอิสระที่จะไปวัดของพวกท่าน พวกท่านมีอิสระที่จะไปมัสยิดของพวกท่าน หรือไปสถานที่สักการะอื่นใดในรัฐปากีสถานนี้ ... พวกท่านอาจนับถือศาสนาใด วรรณะใด หรือความเชื่อใดก็ได้ นั่นไม่เกี่ยวข้องกับกิจการของรัฐ ... ผมคิดว่าเราควรยึดถือสิ่งนั้นไว้เป็นอุดมคติของเรา และท่านจะพบว่าเมื่อเวลาผ่านไป ชาวฮินดูจะเลิกเป็นชาวฮินดู และชาวมุสลิมจะเลิกเป็นชาวมุสลิม ไม่ใช่ในแง่ศาสนา เพราะนั่นเป็นความเชื่อส่วนบุคคลของแต่ละบุคคล แต่ในแง่การเมืองในฐานะพลเมืองของรัฐ" ^{[ 172 ]}เมื่อวันที่ 14 สิงหาคม ปากีสถานได้รับเอกราช จินนาห์เป็นผู้นำการเฉลิมฉลองในเมืองการาจี ผู้สังเกตการณ์คนหนึ่งเขียนว่า "ที่นี่คือกษัตริย์ จักรพรรดิ อาร์ชบิชอปแห่งแคนเทอร์เบอรี ประธานสภา และนายกรัฐมนตรีของปากีสถาน รวมอยู่ในQuaid-e-Azam ผู้ทรงอำนาจเพียงคนเดียว " ^{[ 173 ]}

After Jinnah died, his sister Fatima asked the court to execute Jinnah's will under Shia Islamic law.^[210] This subsequently became part of the argument in Pakistan about Jinnah's religious affiliation. Iranian-American academic Vali Nasr claimed that Jinnah "was an Ismaili by birth and a Twelver Shia by confession, though not a religiously observant man."^[211] In a 1970 legal challenge, Hussain Ali Ganji Walji claimed Jinnah had converted to Sunni Islam. Witness Syed Sharifuddin Pirzada stated in court that Jinnah converted to Sunni Islam in 1901 when his sisters married Sunnis. In 1970, Liaquat Ali Khan and Fatima Jinnah's joint affidavit that Jinnah was Shia was rejected. But in 1976 the court rejected Walji's claim that Jinnah was Sunni; effectively implying that he was a Shia. In 1984 a high court bench reversed the 1976 verdict and maintained that "the Quaid was definitely not a Shia", which suggested that Jinnah was Sunni.^[212] According to the journalist Khaled Ahmed, Jinnah publicly had a non-sectarian stance and "was at pains to gather the Muslims of India under the banner of a general Muslim faith and not under a divisive sectarian identity." Liaquat H. Merchant, Jinnah's grandnephew, writes that "the Quaid was not a Shia; he was also not a Sunni, he was simply a Muslim".^[210] An eminent lawyer who practised in the Bombay High Court until 1940 testified that Jinnah used to pray as an orthodox Sunni.^[213] According to Akbar Ahmed, Jinnah became a firm Sunni Muslim by the end of his life.^[3]

ความพยายามของจินนาห์ในการรับรองการคุ้มครองสิทธิของชาวมุสลิมในอินเดีย และต่อมาการสร้างรัฐมุสลิมที่มีอำนาจอธิปไตยในอนุทวีปอินเดียส่งผลให้เขาส่งเสริมลัทธิชาตินิยมทางเศรษฐกิจสำหรับชาวมุสลิมอินเดียท่ามกลางขบวนการปากีสถานในปี 1944 จินนาห์ได้จัดตั้งคณะกรรมการวางแผนของสันนิบาตมุสลิมในเมืองการาจีเพื่อเตรียมโครงการพัฒนาเศรษฐกิจห้าปี โดยส่วนใหญ่เกี่ยวข้องกับการพัฒนาอุตสาหกรรมในจังหวัดทางตะวันตกเฉียงเหนือของบริติชอินเดียซึ่งคาดว่าจะก่อตั้งเป็นรัฐอิสระของปากีสถาน^{[ 215 ]}ในปีเดียวกันนั้น เขายังได้ก่อตั้งสหพันธ์หอการค้ามุสลิมเพื่อส่งเสริมการเป็นผู้ประกอบการและการมีส่วนร่วมของชาวมุสลิมในการค้าและการพาณิชย์ในบริติชอินเดียและต่างประเทศมากขึ้น^{[ 216 ]}จินนาห์มีอิทธิพลต่อกิจการทางเศรษฐกิจหลายแห่งเพื่อเสริมสร้างอำนาจทางเศรษฐกิจของชาวมุสลิมอินเดียเพื่อเตรียมพร้อมสำหรับการได้รับเอกราชของปากีสถาน รวมถึงการสนับสนุนให้Ispahaniซื้อบริษัทเดินเรือโมกุลไลน์การก่อตั้งธนาคาร MCBการก่อตั้งสายการบินโอเรียนท์แอร์เวย์และกิจการอื่น ๆ ที่คล้ายคลึงกัน เขายังส่งเสริมการขยายตัวของธุรกิจธนาคารมุสลิมนอกบริติชอินเดีย โดยเฉพาะ^ในสิงคโปร์^{[ 216} ]

ตามที่นักประวัติศาสตร์Sharif al Mujahid กล่าวไว้ Jinnah มองแนวคิดทุนนิยม ในแง่ลบ ว่าเป็นระบบที่ "ชั่วร้าย" และ "เลวทราม" ที่เอารัดเอาเปรียบมวลชน ซึ่งเขาจะไม่ยอมให้เป็นนโยบายเศรษฐกิจของปากีสถาน แต่กลับสนับสนุนระบบ เศรษฐกิจ แบบอิสลาม แทน ^{[ 215 ]}ในระหว่างงานเลี้ยงรับรองสาธารณะในเมืองจิตตะกองในปี 1948 Jinnah ประกาศว่าปากีสถานควรตั้งอยู่บนพื้นฐานของความยุติธรรมทางสังคมและสังคมนิยมอิสลาม [ ^{217 ] อย่างไรก็ตาม} Jinnah ไม่ได้มีอุดมการณ์ทางเศรษฐกิจเพียงอย่างเดียว แต่สนับสนุนเศรษฐกิจแบบผสมผสานซึ่งจะรวมทั้งวิสาหกิจเอกชนและภาครัฐเพื่ออำนวยความสะดวกในการพัฒนาอุตสาหกรรม และระบบความเสมอภาคเพื่อให้โอกาสที่เท่าเทียมกัน เขาเสนอแนะว่าเฉพาะ ภาค การป้องกันประเทศและการสื่อสารเท่านั้นที่ควรเป็นของรัฐ ส่วนอุตสาหกรรมอื่นๆ ควรเปิดให้เอกชนเข้ามาดำเนินการ^{[ 215 ]}

ในระหว่างการประชุมของสันนิบาตมุสลิมที่เดลีในปี 1943 จินนาห์กล่าวถึงตัวเองว่าเป็นคอมมิวนิสต์หากคอมมิวนิสต์หมายถึงการยกเลิกการแบ่งชนชั้นและการกำจัดความยากจน อย่างไรก็ตาม เขาประกาศปฏิเสธ ปรัชญาคอมมิวนิสต์ของ คาร์ล มาร์กซ์และขอความคุ้มครองจากพระเจ้า^{[ 218 ]}เขาถือว่าอุดมการณ์ทางเศรษฐกิจของตะวันตกไม่เข้ากันกับโลกมุสลิมและเศรษฐศาสตร์อิสลามเป็นทางสายกลางในความขัดแย้งระหว่างทุนนิยมและคอมมิวนิสต์^{[ 215 ]}

วิสัยทัศน์ของจินนาห์สำหรับปากีสถานได้รับแรงบันดาลใจอย่างมากจากรัฐอิสลามแห่งแรกที่สร้างขึ้นโดยศาสดามูฮัมหมัดในเมดินา [ ^{219 ] ตาม}ที่เฮคเตอร์ โบลิโธ กล่าว จินนาห์ยังได้รับแรงบันดาลใจจากลัทธิเสรีนิยมของอังกฤษโดยเฉพาะอย่างยิ่งขบวนการปฏิรูปในศตวรรษที่ 19 โดยนักเคลื่อนไหวเช่นเจ.เอ. ฮอบสันและอาร์.เอช. ทอว์นีย์ควบคู่ไปกับ สมาคม เฟเบียน^{[ 214 ]}

ในปี พ.ศ. 2480 จินนาห์ได้ออกแถลงการณ์ด้านเศรษฐกิจและสังคมสำหรับชาวมุสลิมในบริติชอินเดียระหว่างการประชุมของสันนิบาตมุสลิม ซึ่งเสนอแนะการปฏิรูปหลายประการ รวมถึงการปรับปรุงชั่วโมงการทำงานในโรงงาน การยกเลิกการคิดดอกเบี้ย เกินควร การบังคับใช้การห้ามและการกำจัด "ประเพณีที่ไม่เป็นอิสลาม" อื่นๆ ในสังคมมุสลิม^{[ 214 ]}

ตำแหน่งของจินนาห์เกี่ยวกับว่าปากีสถานจะปกครองในฐานะรัฐฆราวาสหรือรัฐอิสลามยังคงเป็นประเด็นถกเถียงกันในหมู่นักประวัติศาสตร์และนักวิชาการ^{[ 220 ]}ตามที่ผู้เขียนPervez Hoodbhoyกล่าว จินนาห์อ้างถึงกรอบรัฐธรรมนูญของปากีสถานซ้ำแล้วซ้ำเล่าว่าขึ้นอยู่กับ "หลักการพื้นฐาน" ของอัลกุรอานและชารีอะห์โดยไม่มีการอธิบายเพิ่มเติม Hoodbhoy โต้แย้งต่อไปว่าความคลุมเครือของจินนาห์เกี่ยวกับหัวข้อนี้เกิดจากภูมิทัศน์ทางการเมืองที่ขบวนการปากีสถานสร้างขึ้น จินนาห์อาศัยการสนับสนุนจากซามินดาร์ปิรและเมาลานาเพื่อให้บรรลุถึงรัฐมุสลิมแยกต่างหาก และการเรียกร้องใดๆ สำหรับปากีสถานที่เป็นเสรีนิยมและฆราวาสจะส่งผลให้เขาถูกปลดออกจากตำแหน่งหัวหน้าขบวนการ^{[ 221 ]}นักประวัติศาสตร์ชาวปากีสถานSyed Nomanul Haqโต้แย้งว่าข้อโต้แย้งเสรีนิยมของ Jinnah ที่สนับสนุนรัฐฆราวาสนั้นไม่มีพื้นฐานที่ดี เนื่องจากนโยบายที่มุ่งเน้นอิสลามของเขาหลังจากการได้รับเอกราชของปากีสถาน เช่น คำขอของเขาในการสร้างระบบธนาคารอิสลามใหม่^{[ 222 ]}

สุนทรพจน์ครั้งแรกของจินนาห์ต่อสภาร่างรัฐธรรมนูญแห่งปากีสถานซึ่งเพิ่งก่อตั้งขึ้นใหม่เมื่อวันที่ 11 สิงหาคม พ.ศ. 2490 ประกาศว่าประชาชนทุกศาสนามีอิสระที่จะไปสถานที่สักการะของตน และไม่ใช่เรื่องของรัฐ^{[ 223 ]}เขาปฏิเสธแนวคิดที่ว่าปากีสถานจะเป็นรัฐศาสนา ซ้ำแล้วซ้ำเล่า โดยยืนยันว่าปากีสถานจะเป็นรัฐที่มีสิทธิและโอกาสเท่าเทียมกัน^{[ 224 ]}นักรัฐศาสตร์อิชติอัค อาห์เหม็ด ให้เหตุผลว่าความคลุมเครือของจินนาห์เกี่ยวกับสถานะของปากีสถานว่าเป็นรัฐอิสลามหรือรัฐฆราวาสนั้นเป็นเพราะความปรารถนาที่จะดึงดูดกลุ่มต่างๆ ที่มีผลประโยชน์แตกต่างกัน ตัวอย่างเช่น จินนาห์ได้รับการสนับสนุนจากชาวชีอะห์ ชาวคริสต์ และสมาชิกของอะห์มาดิยะห์โดยให้คำมั่นว่ารัฐบาลปากีสถานจะเป็นกลางในเรื่องความขัดแย้งทางศาสนาและป้องกันการกดขี่ข่มเหง อย่างไรก็ตาม เขาได้รับการสนับสนุนจากสมาชิกของอุลามาอ์ ซุนนี เนื่องจากพวกเขาเข้าใจว่าปากีสถานจะเป็นรัฐที่ตั้งอยู่บนพื้นฐานของกฎหมายอิสลาม ไม่ใช่รัฐฆราวาส^{[ 224 ]}