รายชื่อฐานข้อมูลทางชีววิทยา
ฐานข้อมูลทางชีววิทยาเป็นแหล่งเก็บข้อมูลทางชีววิทยา[ 1 ]วารสารNucleic Acids Researchเผยแพร่ฉบับพิเศษเกี่ยวกับฐานข้อมูลทางชีววิทยาเป็นประจำ และมีรายชื่อฐานข้อมูลดังกล่าว ฉบับปี 2018 มีรายชื่อฐานข้อมูลประมาณ 180 ฐานข้อมูล และมีการอัปเดตฐานข้อมูลที่เคยอธิบายไว้ก่อนหน้านี้[ 2 ] Omics Discovery Indexสามารถใช้เพื่อเรียกดูและค้นหาฐานข้อมูลทางชีววิทยาหลายแห่งได้ นอกจากนี้NIAID Data Ecosystem Discovery Portalที่พัฒนาโดยสถาบันโรคภูมิแพ้และโรคติดเชื้อแห่งชาติ (NIAID)ยังช่วยให้สามารถค้นหาข้อมูลข้ามฐานข้อมูลได้
ฐานข้อมูลเมตา
ฐานข้อมูลเมตา (Meta databases) คือฐานข้อมูลของฐานข้อมูลที่รวบรวมข้อมูลเกี่ยวกับข้อมูลเพื่อสร้างข้อมูลใหม่ ฐานข้อมูลเหล่านี้สามารถผสานรวมข้อมูลจากแหล่งต่างๆ และทำให้ข้อมูลเหล่านั้นพร้อมใช้งานในรูปแบบใหม่ที่สะดวกยิ่งขึ้น หรือเน้นไปที่โรคหรือสิ่งมีชีวิตชนิดใดชนิดหนึ่งโดยเฉพาะ เดิมที เมตาเดต้าเป็นเพียงคำทั่วไปที่หมายถึงข้อมูลเกี่ยวกับข้อมูลเช่น แท็ก คำหลัก และส่วนหัวของมาร์กอัป
- bio.tools : ฐานข้อมูลที่ขับเคลื่อนโดยชุมชนสำหรับซอฟต์แวร์และแหล่งข้อมูลด้านชีวสารสนเทศ
- ConsensusPathDB : ฐานข้อมูลปฏิสัมพันธ์เชิงหน้าที่ระดับโมเลกุล ซึ่งบูรณาการข้อมูลจากฐานข้อมูลอื่นอีก 12 แห่ง
- ระบบค้นหา Entrezที่ศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ (NCBI) (ลิงก์ )
- ลิงก์ระบบวิเคราะห์โปรตีนผู้เชี่ยวชาญ (ExPASy)
- กรอบข้อมูลประสาทวิทยาศาสตร์ ( มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย ซานดิเอโก ): รวบรวมแหล่งข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับประสาทวิทยาศาสตร์หลายร้อยรายการ ซึ่งหลายรายการแสดงไว้ด้านล่าง
- แหล่งข้อมูลในระบบห้องสมุดวิทยาศาสตร์สุขภาพ (HSLS)ของมหาวิทยาลัยพิตต์สเบิร์ก
- บริการข้อมูล MolBio
- OBRC: แหล่งรวบรวมทรัพยากรชีวสารสนเทศออนไลน์
- ซอฟต์แวร์ HSLS MolBio ที่พร้อมใช้งาน
- ฐานข้อมูล AZ
- บริการข้อมูล MolBio
ฐานข้อมูลสิ่งมีชีวิตต้นแบบ
ฐานข้อมูลสิ่งมีชีวิตต้นแบบให้ข้อมูลทางชีววิทยาเชิงลึกสำหรับสิ่งมีชีวิตที่ได้รับการศึกษาอย่างเข้มข้น
- PomBase : ฐานความรู้สำหรับยีสต์แบ่งตัวSchizosaccharomyces pombe [ 3 ]
- Subti Wiki: ฐานข้อมูลแบบบูรณาการสำหรับแบคทีเรียต้นแบบBacillus subtilis [ 4 ]
- TAIR : ฐานข้อมูลความรู้สำหรับพืชArabidopsis thaliana [ 5 ]
ฐานข้อมูลกรดนิวคลีอิก
ฐานข้อมูลหลักประกอบขึ้นเป็นฐานข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์ระหว่างประเทศ (INSD) ซึ่งประกอบด้วย:
- ธนาคารข้อมูลดีเอ็นเอแห่งประเทศญี่ปุ่น ( สถาบันพันธุศาสตร์แห่งชาติ )
- EMBL ( สถาบันชีวสารสนเทศแห่งยุโรป )
- เจนแบงก์ ( ศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ )
DDBJ (ญี่ปุ่น), GenBank (สหรัฐอเมริกา) และ European Nucleotide Archive (ยุโรป) เป็นแหล่งเก็บข้อมูลลำดับ นิวคลีโอไทด์จาก สิ่งมีชีวิต ทุกชนิด ทั้งสามแห่งรับการส่งข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์ และแลกเปลี่ยนข้อมูลใหม่และข้อมูลที่ได้รับการปรับปรุงเป็นประจำทุกวันเพื่อให้เกิดการซิงโครไนซ์ที่ดีที่สุดระหว่างกัน ฐานข้อมูลทั้งสามนี้เป็นฐานข้อมูลหลัก เนื่องจากเป็นที่เก็บข้อมูลลำดับดั้งเดิม พวกเขาร่วมมือกับSequence Read Archive (SRA) ซึ่งจัดเก็บข้อมูลดิบจากเครื่องมือการจัดลำดับแบบความเร็วสูง
ฐานข้อมูลรองได้แก่:
- แผนที่แฮป
- OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man): โรคทางพันธุกรรม
- ลำดับอ้างอิง
- โครงการ 1000 จีโนม : เปิดตัวในเดือนมกราคม 2551 โดยได้ทำการวิเคราะห์และเผยแพร่จีโนมของผู้เข้าร่วมที่ไม่เปิดเผยตัวตนกว่าหนึ่งพันคนจากกลุ่มชาติพันธุ์ต่างๆ
- ฐานข้อมูล EggNOG:แหล่งข้อมูลออร์โธโลยีแบบลำดับชั้นที่มีคำอธิบายเชิงฟังก์ชันและเชิงวิวัฒนาการโดยอิงจากสิ่งมีชีวิต 5090 ชนิดและไวรัส 2502 ชนิด โดยมีการจัดเรียงลำดับหลายลำดับและแผนภูมิความน่าจะเป็นสูงสุด รวมถึงคำอธิบายเชิงฟังก์ชันที่ครอบคลุม[ 6 ] [ 7 ]
ฐานข้อมูลอื่นๆ
ฐานข้อมูลการแสดงออกของยีน
ฐานข้อมูลจีโนม
ฐานข้อมูลเหล่านี้รวบรวม ลำดับ จีโนมทำการระบุและวิเคราะห์ข้อมูล และเปิดให้สาธารณะเข้าถึงได้ บางฐานข้อมูลยังเพิ่มการรวบรวมเอกสารทางวิชาการจากการทดลองเพื่อปรับปรุงการระบุข้อมูลด้วยคอมพิวเตอร์ ฐานข้อมูลเหล่านี้อาจเก็บจีโนมของหลายสายพันธุ์ หรือจีโนมของสิ่งมีชีวิตต้นแบบ เพียงชนิดเดียวก็ได้
- ArrayExpress: [ 8 ]คลังข้อมูลจีโนมิกส์เชิงฟังก์ชัน จัดเก็บข้อมูลจากการทดลองจีโนมิกส์เชิงฟังก์ชันความเร็วสูงจากEMBL
- เครื่องเก็บเกี่ยวข้อมูลชีวสารสนเทศ
- ฐานข้อมูลยีนมะเร็งปากมดลูก
- Ensembl : ให้บริการฐานข้อมูลการระบุตำแหน่งยีนอัตโนมัติสำหรับจีโนม ของมนุษย์ หนู สัตว์ มีกระดูกสันหลัง อื่นๆ และยูคาริโอต
- Ensembl Genomes : ให้ข้อมูลระดับจีโนมสำหรับแบคทีเรีย โปรติสต์ เชื้อรา พืช และสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลัง ผ่านชุดอินเทอร์เฟซแบบโต้ตอบและแบบโปรแกรมที่รวมเป็นหนึ่งเดียว (โดยใช้แพลตฟอร์มซอฟต์แวร์ Ensembl)
- FlyBase : จีโนมของสิ่งมีชีวิตต้นแบบDrosophila melanogaster
- ฐานข้อมูลโรคทางพันธุกรรม
- Gene Expression Omnibus (GEO [ 9 ] ): คลังข้อมูลจีโนมิกส์เชิงฟังก์ชันสาธารณะจากสถาบันมะเร็งแห่งชาติ สหรัฐอเมริกา (NCI) ซึ่งรองรับข้อมูลแบบอาร์เรย์และแบบลำดับ มีเครื่องมือสำหรับการสอบถามและดาวน์โหลดโปรไฟล์การแสดงออกของยีน
- Human Protein Atlas (HPA [ 10 ] ): ฐานข้อมูลสาธารณะที่มีโปรไฟล์การแสดงออกของยีนที่เข้ารหัสโปรตีนของมนุษย์ทั้งในระดับ mRNA และโปรตีนในเนื้อเยื่อ เซลล์ ช่องย่อยของเซลล์ และเนื้องอกมะเร็ง
- ระบบข้อมูลพืชตระกูลถั่ว (LIS): ฐานข้อมูลจีโนมสำหรับพืชตระกูลถั่ว[ 11 ]
- หอสมุดวิจัยจีโนมแห่งชาติ: ชุดข้อมูลจีโนมทั้งหมดที่ครอบคลุมสำหรับโรคหายากและมะเร็ง ซึ่งดูแลโดยGenomics Englandร่วมกับNHS
- โครงการจีโนมส่วนบุคคล : จีโนมมนุษย์ของอาสาสมัคร 100,000 คนจากทั่วโลก
- Phytozome : แพลตฟอร์มจีโนมิกส์เชิงเปรียบเทียบสำหรับจีโนมพืชและสาหร่ายสีเขียวที่ได้รับการจัดลำดับ ซึ่งดูแลโดยสถาบันจีโนมร่วมของกระทรวงพลังงาน[ 12 ]
- RGD ( ฐานข้อมูลจีโนมหนู ): ข้อมูลทางพันธุกรรมและลักษณะทางกายภาพของหนู Rattus norvegicus
- ฐานข้อมูลจีโนม Saccharomyces : [ 13 ]จีโนมของสิ่งมีชีวิตต้นแบบยีสต์
- เอสเอ็นพีเดีย
- ฐานข้อมูล SoyBase [ 14 ] (SoyBase): ฐานข้อมูลพันธุกรรมและจีโนมถั่วเหลืองของ USDA ( ถั่วเหลือง )
- UCSC Malaria Genome Browser : จีโนมของสายพันธุ์ที่ก่อให้เกิดโรคมาลาเรีย ( Plasmodium falciparumและอื่นๆ)
- Wormbase : จีโนมของสิ่งมีชีวิตต้นแบบCaenorhabditis elegansและWormBase ParaSiteสำหรับสายพันธุ์ปรสิต
- Xenbase : จีโนมของสิ่งมีชีวิตต้นแบบXenopus tropicalisและXenopus laevis
- เครือข่ายข้อมูลปลาซีบร้า : จีโนมของปลาชนิดนี้ซึ่งเป็นสิ่งมีชีวิตต้นแบบในการวิจัย
ฐานข้อมูลฟีโนไทป์
- PHI-base : ฐานข้อมูลปฏิสัมพันธ์ระหว่างเชื้อก่อโรคและโฮสต์ ฐานข้อมูลนี้เชื่อมโยงข้อมูลทางพันธุกรรมกับข้อมูลลักษณะทางฟีโนไทป์ของเชื้อก่อโรคในโฮสต์ ข้อมูลทั้งหมดได้รับการคัดกรองด้วยตนเองจากเอกสารทางวิชาการที่ผ่านการตรวจสอบโดยผู้ทรงคุณวุฒิ
- ฐานข้อมูลจีโนมหนู RGD : ข้อมูลทางพันธุกรรมและลักษณะทางกายภาพของหนู Rattus norvegicus
- ฐานข้อมูล PomBase : ข้อมูลลักษณะทางฟีโนไทป์ที่คัดสรรด้วยตนเองสำหรับยีสต์Schizosaccharomyces pombe
ฐานข้อมูลอาร์เอ็นเอ
- miRBase : ฐานข้อมูลไมโครอาร์เอ็นเอ
- PolymiRTS : ฐานข้อมูลความแปรผันของดีเอ็นเอในบริเวณเป้าหมายของไมโครอาร์เอ็นเอที่คาดการณ์ไว้
- PolyQ : ฐานข้อมูลการซ้ำของโพลีกลูตามีนใน โปรตีนที่เกี่ยวข้องกับ โรคและไม่เกี่ยวข้องกับโรค
- Rfam : ฐานข้อมูลของตระกูล RNA
- IRESbase : ฐานข้อมูลที่ครอบคลุมของไซต์การเข้าสู่ไรโบโซมภายในที่ ได้รับการตรวจสอบโดยการทดลอง [ 15 ]
ฐานข้อมูลกรดอะมิโนและโปรตีน
(ดูเพิ่มเติม: รายชื่อโปรตีนในร่างกายมนุษย์ )
มีการพัฒนาคลังข้อมูลและแหล่งข้อมูลสาธารณะหลายแห่งเพื่อสนับสนุนและจัดการข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับโปรตีน การค้นพบความรู้ทางชีววิทยา และการสร้างสมมติฐานที่ขับเคลื่อนด้วยข้อมูล [ 16 ]ฐานข้อมูลในตารางด้านล่างนี้ได้รับการคัดเลือกจากฐานข้อมูลที่ระบุไว้ใน ประเด็นฐานข้อมูลและการรวบรวมฐานข้อมูลของ Nucleic Acids Research (NAR)และฐานข้อมูลที่อ้างอิงข้ามในUniProt KB ฐานข้อมูลส่วนใหญ่เหล่านี้มีการอ้างอิงข้ามกับUniProt / UniProt KB เพื่อให้สามารถจับคู่ตัวระบุระหว่างกันได้[ 16 ]
โปรตีนในร่างกายมนุษย์:
ในจีโนมมนุษย์มาตรฐานมีจีนที่เข้ารหัสโปรตีนอยู่ประมาณ 20,000 จีน (ประมาณ 1,200 จีนมีบทความในวิกิพีเดียเกี่ยว กับ จีน อยู่แล้ว ) หากเรารวมตัวแปรการต่อเชื่อมเข้าไปด้วย อาจมีโปรตีนของมนุษย์ที่ไม่ซ้ำกันมากถึง 500,000 ชนิด[ 17 ]
ฐานข้อมูลโปรตีนประเภทต่างๆ
| ชื่อฐานข้อมูล | เว็บไซต์ DB | ผู้ให้บริการ | แหล่งข้อมูล | แหล่งรายได้/ผู้สนับสนุน | บูรณาการ | คำอธิบาย | ขนาด | ประเภทฐานข้อมูล | มีการดูแลรักษาอย่างสม่ำเสมอ |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| อินเตอร์โปร | อินเตอร์โปร | โครงสร้างพื้นฐาน ELIXIR | สถาบันชีวสารสนเทศแห่งยุโรป | EMBL , The Welcome Trust, BBSRC | CATH-Gene3D, CDD, HAMAP, MobiDB, PANTHER, Pfam, SMART, SUPERFAMILY, SFLD, TIGRFAMs, | จำแนกโปรตีนออกเป็นกลุ่มต่างๆ และทำนายการมีอยู่ของโดเมนและไซต์ | ฐานข้อมูลลำดับโปรตีน | ใช่ | |
| เน็กซ์โปรท | เน็กซ์โปรท | CALIPHO (เป็นกลุ่มหนึ่งใน SIB) | สถาบันชีวสารสนเทศแห่งสวิตเซอร์แลนด์ | แหล่งเงินทุน | UniProt , Cellosaurus, Gnomad, IntAct, SRAA Atlas, Uniprot - GOA, BGEE, COSMIC, MassIVE, Peptide atlas | แหล่งความรู้ที่เน้นโปรตีนของมนุษย์ | ฐานข้อมูลลำดับโปรตีน | ใช่ | |
| วิกิ-พาย | วิกิ-พาย | มาธาวี เค. กานาปาธิราจู | ปัจจุบัน Wiki-Pi มีปฏิสัมพันธ์ที่ไม่ซ้ำกัน 48,419 รายการในโปรตีน 10,492 รายการ อย่างไรก็ตาม ยังไม่ชัดเจนว่านี่คือโปรตีนที่ไม่ซ้ำกันหรือไม่[13] | ฐานข้อมูลปฏิสัมพันธ์ของโปรตีน | ?? | ||||
| ฐานข้อมูลอ้างอิงโปรตีนของมนุษย์ | สถาบันชีวสารสนเทศ (IOB) บังกาลอร์อินเดีย | แหล่งข้อมูลหนึ่งอ้างว่ามีโปรตีน 15,000 [ 18 ]ชนิด แต่ยังไม่ชัดเจนว่าโปรตีนเหล่านี้มีลักษณะเฉพาะกี่ชนิด | |||||||
| พีแฟม | สถาบันแซงเกอร์ | ฐานข้อมูลตระกูลโปรตีนของการจัดเรียงลำดับและ HMMs | ฐานข้อมูลลำดับโปรตีน | ||||||
| โปรตีนของมนุษย์ | สถาบันชีวสารสนเทศ (IOB) บังกาลอร์และมหาวิทยาลัยจอห์นส์ ฮอปกินส์ | สารานุกรมโปรตีนของมนุษย์ (Human Proteinpedia) อ้างอิงจาก HPRD (Human protein reference database) ซึ่งเป็นแหล่งรวบรวมข้อมูลโปรตีนของมนุษย์กว่า 30,000 ชนิด อย่างไรก็ตาม ยังไม่ชัดเจนว่ามีโปรตีนที่ไม่ซ้ำกันในมนุษย์กี่ชนิด | |||||||
| แผนที่โปรตีนของมนุษย์ | รัฐบาลสวีเดน | ฐานข้อมูลนี้ประกอบด้วยภาพ IHC ประมาณ 10 ล้านภาพ ซึ่งมีแอนติบอดีอยู่ประมาณ 25,000 ชนิด แต่ก็ยังไม่ชัดเจนว่ามีแอนติบอดีที่ไม่ซ้ำกันกี่ชนิด | |||||||
| ภาพพิมพ์ | มหาวิทยาลัยแมนเชสเตอร์ | สารานุกรมลายนิ้วมือโปรตีน | ฐานข้อมูลลำดับโปรตีน | ||||||
| โปรไซต์ | โปรไซต์ | ฐานข้อมูลโดเมนโปรตีนตระกูลและตำแหน่งการทำงาน | ฐานข้อมูลลำดับโปรตีน | ||||||
| แหล่งข้อมูลโปรตีน | ศูนย์การแพทย์ มหาวิทยาลัยจอร์จทาวน์ [GUMC] | ฐานข้อมูลลำดับโปรตีน | |||||||
| ซูเปอร์แฟมิลี่ | คลังข้อมูลของแบบจำลอง HMM ที่แสดงถึงซูเปอร์แฟมิลี และฐานข้อมูลคำอธิบายประกอบ (ซูเปอร์แฟมิลีและแฟมิลี) สำหรับสิ่งมีชีวิตทั้งหมดที่มีการจัดลำดับจีโนมอย่างสมบูรณ์ | ฐานข้อมูลลำดับโปรตีน | |||||||
| สวิส-โปรท | สถาบันชีวสารสนเทศแห่งสวิตเซอร์แลนด์ | ฐานความรู้โปรตีน | ฐานข้อมูลลำดับโปรตีน | ||||||
| ธนาคารข้อมูลโปรตีน | RCSB PDB (ศูนย์ความร่วมมือวิจัยด้านชีวสารสนเทศเชิงโครงสร้าง - ธนาคารข้อมูลโปรตีน) | Protein DataBank ในยุโรป( PDBe) [ 19 ] ProteinDatabank ในญี่ปุ่น( PDBj) [ 20 ]และRCSB [ 21 ] | (พีดีบี) | ฐานข้อมูลโครงสร้างโปรตีน | |||||
| การจำแนกโครงสร้างโปรตีน (SCOP) | ฐานข้อมูลโครงสร้างโปรตีน | ||||||||
| ฐานข้อมูล CATH | ฐานข้อมูลโครงสร้างโปรตีน | ||||||||
| มอดเบส | ห้องปฏิบัติการซาลีมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย เอสเอฟ | ฐานข้อมูลแบบจำลองโครงสร้างโปรตีนเปรียบเทียบ | ฐานข้อมูลแบบจำลองโปรตีน | ||||||
| ซิมแมป | ฐานข้อมูลความคล้ายคลึงของโปรตีนที่คำนวณโดยใช้FASTA | ฐานข้อมูลแบบจำลองโปรตีน | |||||||
| แบบจำลองสวิส | เซิร์ฟเวอร์และแหล่งเก็บข้อมูลสำหรับแบบจำลองโครงสร้างโปรตีน | ฐานข้อมูลแบบจำลองโปรตีน | |||||||
| ดัชนี AA | ฐานข้อมูลดัชนีกรดอะมิโน เมทริกซ์การกลายพันธุ์ของกรดอะมิโน และศักยภาพการสัมผัสแบบคู่ | ฐานข้อมูลแบบจำลองโปรตีน | |||||||
| ไบโอกริด | สถาบันวิจัยซามูเอล ลูเนนเฟลด์ | แหล่งเก็บข้อมูลทั่วไปสำหรับชุดข้อมูลปฏิสัมพันธ์ | ปฏิสัมพันธ์ ระหว่างโปรตีนกับโปรตีนและปฏิสัมพันธ์ระดับโมเลกุลอื่นๆ | ||||||
| ฐานข้อมูลโปรตีนที่จับกับ RNA | ปฏิสัมพันธ์ ระหว่างโปรตีนกับโปรตีนและปฏิสัมพันธ์ระดับโมเลกุลอื่นๆ | ||||||||
| ฐานข้อมูลโปรตีนที่มีปฏิสัมพันธ์กัน | มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย | ปฏิสัมพันธ์ ระหว่างโปรตีนกับโปรตีนและปฏิสัมพันธ์ระดับโมเลกุลอื่นๆ | |||||||
| อินทแอคท์[ 22 ] | เอ็มบีแอล-อีบีไอ | ฐานข้อมูลโอเพนซอร์สสำหรับปฏิสัมพันธ์ระดับโมเลกุล | ปฏิสัมพันธ์ ระหว่างโปรตีนกับโปรตีนและปฏิสัมพันธ์ระดับโมเลกุลอื่นๆ | ||||||
| สตริง | ฐานข้อมูลปฏิสัมพันธ์ระดับโมเลกุลแบบโอเพนซอร์ส เพื่อศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีน | ปฏิสัมพันธ์ ระหว่างโปรตีนกับโปรตีนและปฏิสัมพันธ์ระดับโมเลกุลอื่นๆ | |||||||
| แผนที่โปรตีนของมนุษย์ | แผนที่โปรตีนของมนุษย์ | มีเป้าหมายเพื่อสร้างแผนที่โปรตีนทั้งหมดในเซลล์ เนื้อเยื่อ และอวัยวะของร่างกายมนุษย์ | ฐานข้อมูลการแสดงออกของโปรตีน | ||||||
| พอร์ทัลโมเดลโปรตีน | พอร์ทัลแบบจำลองโปรตีนของฐานความรู้ชีววิทยาโครงสร้าง PSI-Nature | ?? | ?? | ฐานข้อมูลโครงสร้างโปรตีน 3 มิติ | |||||
| คลังข้อมูล SWISS-MODEL | ฐานข้อมูลแบบจำลองโครงสร้างโปรตีน 3 มิติพร้อมคำอธิบายประกอบ | มหาวิทยาลัยบาเซิล | รัฐบาลสวิส | ฐานข้อมูลโครงสร้างโปรตีน 3 มิติ | |||||
| ดิสโปรท | ฐานข้อมูลความผิดปกติของโปรตีน | โครงสร้างพื้นฐาน ELIXIR | คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยอินเดียนา , มหาวิทยาลัยเทมเปิล , มหาวิทยาลัยปาดัว | ได้รับทุนสนับสนุนจากโครงการ Horizon 2020 ของสหภาพยุโรป | หน่วยงานคุ้มครองของสวิตเซอร์แลนด์/หน่วยงานคุ้มครองของมหาวิทยาลัย, CATH, Pfam, Europe PMC, BITEM, ECO, Geneontology | ฐานข้อมูลหลักฐานเชิงทดลองเกี่ยวกับความผิดปกติในโปรตีน | ฐานข้อมูลโครงสร้างโปรตีนสามมิติ, ฐานข้อมูลลำดับโปรตีน | ||
| โมบิดีบี | ฐานข้อมูลโปรตีนที่มีโครงสร้างไม่เป็นระเบียบและเคลื่อนที่ได้ | จอห์น โมลต์, คริสติน โอเรนโก, เพรแด็ก ราดิโวแจค | มหาวิทยาลัยปาดัว | รัฐบาลอิตาลี | ฐานข้อมูลคำอธิบายความผิดปกติของโปรตีนภายใน | ฐานข้อมูลโครงสร้างโปรตีนสามมิติ, ฐานข้อมูลลำดับโปรตีน | |||
| มอดเบส | ฐานข้อมูลแบบจำลองโครงสร้างโปรตีนเปรียบเทียบ | เออร์ซูลา เปียเปอร์, เบน เวบบ์, นารายานัน เอสวาร์, อันเดรจ ซาลี โรแบร์โต ซานเชซ | UCSF, ห้องปฏิบัติการซาลี | ฐานข้อมูลโครงสร้างโปรตีน 3 มิติ | |||||
| ผลรวม PDB | ฐานข้อมูลภาพโครงสร้างสามมิติในฐานข้อมูลโปรตีน (Protein Data Bank) | สถาบันชีวสารสนเทศแห่งยุโรป 2013 | เวลคัมทรัสต์ | ฐานข้อมูลโครงสร้างโปรตีน 3 มิติ | |||||
| ซีซีดีเอส | ฐานข้อมูลชุดโปรตีน Consensus CDS | เอ็นซีบีไอ | ?? | ฐานข้อมูลลำดับ | |||||
| ยูนิโปรทเคบี | แหล่งข้อมูลโปรตีนสากล (UniProt) | ?? | ?? | ฐานข้อมูลลำดับ | |||||
| สวิส โปรเตสแตนต์/ยูนิ โปรเตสแตนต์ | สวิสโปรเตสแตนต์และยูนิโปรเตสแตนต์ | SIB (Swiss Institute of Bioinformatics) | สถาบันชีวสารสนเทศแห่งยุโรป (EMBL-EBI) | ฐานข้อมูล Swiss-Prot ได้รวบรวมข้อมูลรูปแบบต่างๆ กว่า 81,000 รูปแบบ จากลำดับโปรตีนของมนุษย์ประมาณ 13,000 รายการ จากเอกสารทางวิชาการที่ผ่านการตรวจสอบโดยผู้เชี่ยวชาญ ยังไม่เป็นที่แน่ชัดว่ามีโปรตีนประเภทต่างๆ ที่ไม่ซ้ำกันกี่ประเภทในฐานข้อมูลนี้ |
ลิงก์ฐานข้อมูลโปรตีนอื่นๆ
- ลิงก์ฐานข้อมูล Pfam (ตระกูลโปรตีน)
- ลิงก์ไปยังฐานข้อมูลโปรตีนทั่วโลก ( wwPDB) และลิงก์ไปยัง มูลนิธิที่เกี่ยวข้อง
ฐานข้อมูลเส้นทางการส่งสัญญาณ
- ฐานข้อมูลปฏิสัมพันธ์เส้นทาง NCI-Nature
- Netpath : แหล่งข้อมูลที่คัดสรรมาอย่างดีเกี่ยวกับเส้นทางการส่งสัญญาณในมนุษย์
- Reactome : แผนที่นำทางของเส้นทางชีวภาพของมนุษย์ ตั้งแต่กระบวนการเผาผลาญไปจนถึงการส่งสัญญาณฮอร์โมน ( สถาบันวิจัยมะเร็งแห่งออนแทรีโอ , สถาบันชีวสารสนเทศแห่งยุโรป , ศูนย์การแพทย์ NYU Langone , ห้องปฏิบัติการ Cold Spring Harbor )
- วิกิพาธเวย์
ฐานข้อมูลเส้นทางการเผาผลาญและหน้าที่ของโปรตีน
- ชุดฐานข้อมูล BioCyc : ประกอบด้วยEcoCycและMetaCyc
- BRENDA : ระบบข้อมูลเอนไซม์แบบครบวงจร ซึ่งรวมถึง FRENDA, AMENDA, DRENDA และ KENDA
- HMDB : ประกอบด้วยข้อมูลโดยละเอียดเกี่ยวกับสารเมตาบอไลต์โมเลกุลขนาดเล็กที่พบในร่างกายมนุษย์
- ฐานข้อมูล KEGG PATHWAY ( มหาวิทยาลัยเกียวโต )
- ฐานข้อมูล MANET ( มหาวิทยาลัยอิลลินอยส์ )
- Reactome : แผนที่นำทางของเส้นทางชีวภาพของมนุษย์ ตั้งแต่กระบวนการเผาผลาญ ไปจนถึงการส่งสัญญาณฮอร์โมน ( สถาบันวิจัยมะเร็งแห่งออนแทรีโอ , สถาบันชีวสารสนเทศแห่งยุโรป , ศูนย์การแพทย์ NYU Langone , ห้องปฏิบัติการ Cold Spring Harbor )
- SABIO-RK : ฐานข้อมูลสำหรับปฏิกิริยาทางชีวเคมีและคุณสมบัติทางจลนศาสตร์ของปฏิกิริยาเหล่านั้น
- วิกิพาธเวย์
ฐานข้อมูลอนุกรมวิธาน
ฐานข้อมูลจำนวนมากรวบรวมข้อมูลเกี่ยวกับชนิดพันธุ์และ หมวดหมู่ ทางอนุกรมวิธาน อื่นๆ แคตตาล็อกสิ่งมี ชีวิต (Catalogue of Life) เป็นกรณีพิเศษ เนื่องจากเป็นเมตาฐานข้อมูลของ "ฐานข้อมูลชนิดพันธุ์ระดับโลก" (GSD) เฉพาะทางประมาณ 150 ฐาน ซึ่งได้รวบรวมชื่อและข้อมูลอื่นๆ เกี่ยวกับชนิดพันธุ์ที่ได้รับการอธิบายและ "รู้จัก" เกือบทั้งหมดแล้ว
- BacDive : ฐานข้อมูลเมตาของแบคทีเรียที่ให้ข้อมูลเกี่ยวกับความหลากหลายทางชีวภาพของแบคทีเรียและอาร์เคีย โดยเชื่อมโยงกับสายพันธุ์ต่างๆ รวมถึงข้อมูลอนุกรมวิธาน
- แคตตาล็อกของสิ่งมีชีวิต : ฐานข้อมูลเมตาของสิ่งมีชีวิตทุกชนิดบนโลก
- EzTaxon-e : ฐานข้อมูลสำหรับการระบุโปรคาริโอตโดยอาศัยลำดับยีน 16S ribosomal RNA
- ฐานข้อมูลอนุกรมวิธานของ NCBI: ฐานข้อมูลอนุกรมวิธานที่ดำเนินการโดยNCBIซึ่งมุ่งเน้นไปที่สิ่งมีชีวิตทุกชนิดที่มีลำดับดีเอ็นเอ (ลำดับเหล่านั้นถูกจัดเก็บไว้ในGenBankซึ่งเป็นอีกฐานข้อมูลหนึ่งที่ดำเนินการโดย NCBI)
ฐานข้อมูลรูปภาพ
ภาพมีบทบาทสำคัญในด้านชีวการแพทย์ ตั้งแต่ภาพของตัวอย่างทางมานุษยวิทยา ไปจนถึง สัตววิทยาอย่างไรก็ตาม มีฐานข้อมูลที่รวบรวมภาพค่อนข้างน้อย แม้ว่าบางโครงการ เช่นiNaturalistจะรวบรวมภาพถ่ายเป็นส่วนสำคัญของข้อมูลก็ตาม กรณีพิเศษของ "ภาพ" คือภาพสามมิติ เช่นโครงสร้างโปรตีนหรือการสร้างโครงสร้างทางกายวิภาคแบบสามมิติ ฐานข้อมูลภาพประกอบด้วย[ 23 ]
- แผนที่สมองของอัลเลน
- ธนาคารสมองดิจิทัล[ 24 ]
- คลังภาพสาธารณะกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน (EMPIAR) [ 25 ]
- ฟลายเอ็กซ์เพรส
- แหล่งข้อมูลรูปภาพ[ 23 ]
- มอร์โฟแบงก์
- มอร์โฟซอร์ส
ฐานข้อมูลรังสีวิทยา
ฐานข้อมูลเพิ่มเติม
ฐานข้อมูลเอ็กโซโซม
- เอ็กโซคาร์ตา
- Extracellular RNA Atlas: คลังข้อมูลโปรไฟล์ exRNA ที่ได้จาก RNA-seq และ qPCR ขนาดเล็กจากของเหลวชีวภาพของมนุษย์และหนู
ฐานข้อมูลแบบจำลองทางคณิตศาสตร์
- ฐานข้อมูลแบบจำลองชีวภาพ : แบบจำลองทางคณิตศาสตร์ที่เผยแพร่แล้วซึ่งอธิบายกระบวนการทางชีวภาพ
- คลังโมเดล MorpheusML : โมเดลหลายระดับและหลายเซลล์ที่เผยแพร่ มีส่วนร่วมจากชุมชน และเพื่อการศึกษาสำหรับชีววิทยาเชิงระบบ[ 26 ]
ฐานข้อมูลเกี่ยวกับอัตราการดื้อยาต้านจุลชีพ และการบริโภคยาปฏิชีวนะ
ฐานข้อมูลเกี่ยวกับกลไกการดื้อยาต้านจุลชีพ
- AMRFinderPlus
- ฐานข้อมูลยาต้านจุลชีพ (AMDD)
- ARDB (ไม่ได้รับการดูแลรักษาอีกต่อไป)
- อาร์จีไมเนอร์
- แบคเมท
- ฐานข้อมูลเบต้า-แลคตาเมส (BLAD)
- ซีบีเอ็มอาร์
- ฐานข้อมูลความต้านทานยาปฏิชีวนะที่ครอบคลุม
- ฟาร์ม
- อินทิเกรล
- เลซ
- เมกาเรส
- มูบีไอ-ทีบี-ดีบี
- ฐานข้อมูลมัสตาร์ด
- เอ็มไวร์ดีบี
- พยาธิฟีโนดีบี
- ฐานข้อมูล PATRIC
- RAC: คลังเก็บแคสเซ็ตต้านทานยาปฏิชีวนะ
- เรสฟินเดอร์
- TBDReaMDB
- ยู-แคร์
- วีเอฟดีบี
ฐานข้อมูลแบบวิกิ
ฐานข้อมูลเฉพาะทาง
- ระบบข้อมูลบาร์โค้ดของสิ่งมีชีวิต : ฐานข้อมูลบาร์โค้ดดีเอ็นเอ
- ฐานข้อมูลโปรตีนฆ่าแมลงของแบคทีเรีย[ 27 ] [ 28 ]
- โครงการแผนที่จีโนมมะเร็ง (TCGA): รวบรวมข้อมูลจากตัวอย่างมะเร็งหลายร้อยตัวอย่างโดยใช้เทคนิคที่มีประสิทธิภาพสูง เช่น การวิเคราะห์การแสดงออกของยีน การวิเคราะห์ความแปรผันของจำนวนสำเนา การระบุ SNP การวิเคราะห์การเมทิลเลชั่นของดีเอ็นเอทั่วทั้งจีโนม การวิเคราะห์ไมโครอาร์เอ็นเอ และการจัดลำดับเอ็กซอนของยีนอย่างน้อย 1,200 ยีน
- Cellosaurus : แหล่งข้อมูลความรู้เกี่ยวกับสายเซลล์
- CTD ( ฐานข้อมูลพิษวิทยาเชิงเปรียบเทียบ ): อธิบายปฏิสัมพันธ์ระหว่างสารเคมี ยีน และโรค
- DiProDB : ฐานข้อมูลสำหรับรวบรวมและวิเคราะห์คุณสมบัติทางอุณหพลศาสตร์ โครงสร้าง และคุณสมบัติอื่นๆ ของไดนิวคลีโอไทด์
- Housekeeping and Reference Transcript Atlas (HRT Atlas) [ 29 ]เป็นเครื่องมือบนเว็บสำหรับการค้นหายีน/ทรานสคริปต์อ้างอิงเฉพาะเซลล์ที่เหมาะสมสำหรับการทำให้การทดลอง qPCR เป็นมาตรฐาน HRT Atlas ยังอธิบายรายการยีนและทรานสคริปต์ควบคุมการทำงานของเซลล์ของมนุษย์และหนูทั้งหมดอีกด้วย
- Dryad : คลังข้อมูลที่เป็นพื้นฐานของสิ่งพิมพ์ทางวิทยาศาสตร์ในสาขาชีววิทยาพื้นฐานและประยุกต์
- แผนที่หนูแห่งเอดินบะระ
- ฐานข้อมูลโปรโมเตอร์ยูคาริโอติก EPD
- FINDbase (ฐานข้อมูลความถี่ของโรคทางพันธุกรรม)
- GigaDB : คลังข้อมูลขนาดใหญ่ที่เป็นพื้นฐานของสิ่งพิมพ์ทางวิทยาศาสตร์ในสาขาชีววิทยาและการวิจัยทางการแพทย์
- HGNC (HUGO Gene Nomenclature Committee): แหล่งข้อมูลสำหรับระบบการตั้งชื่อยีนมนุษย์ที่ได้รับการอนุมัติ
- กลุ่มความร่วมมือระหว่างประเทศด้านเอพิเจโนมของมนุษย์ : [ 30 ]บูรณาการข้อมูลอ้างอิงเอพิเจโนมิกจากความพยายามระดับชาติที่เป็นที่รู้จักกันดี เช่น CEEHRC ของแคนาดา[ 31 ] European Blueprint [ 32 ] European Genome-phenome Archive (EGA [ 33 ] ) ENCODE ของสหรัฐอเมริกา และ NIH Roadmapของเยอรมนี DEEP [ 34 ] CREST ของญี่ปุ่น[ 35 ] KNIH ของเกาหลี GIS ของสิงคโปร์ และ EpiHK ของจีน[ 36 ]
- MethBase : ฐานข้อมูลข้อมูลการเมทิลเลชั่นของดีเอ็นเอที่แสดงผลบนUCSC Genome Browser
- Minimotif Miner : ฐานข้อมูลของโมทีฟเปปไทด์เชิงฟังก์ชันที่ต่อเนื่องกันสั้นๆ
- ฐานข้อมูลออนโคจีโนมิกส์ : การรวบรวมฐานข้อมูลที่ใช้ในการวิจัยโรคมะเร็ง
- PubMed : แหล่งข้อมูลอ้างอิงและบทคัดย่อเกี่ยวกับวิทยาศาสตร์ชีวภาพและหัวข้อทางการแพทย์
- ฐานข้อมูลสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมแบบบูรณาการของ RIKEN
- TDR Targets : ฐานข้อมูลเคมีจีโนมิกส์ที่มุ่งเน้นการค้นพบยาสำหรับโรคเขตร้อน
- TRANSFAC : ฐานข้อมูลเกี่ยวกับปัจจัยการถอดรหัสในยูคาริโอต ตำแหน่งการจับกับจีโนม และรูปแบบการจับกับดีเอ็นเอ
- JASPAR : ฐานข้อมูลโปรไฟล์การจับตัวของปัจจัยถอดรหัสที่คัดสรรด้วยตนเองและไม่ซ้ำซ้อน
- MetOSite : ฐานข้อมูลเกี่ยวกับตำแหน่งซัลฟอกซิเดชันของเมไทโอนีนและบทบาทหน้าที่ในโปรตีน[ 37 ]
- โครงการต้นทุนและการใช้บริการด้านการดูแลสุขภาพ (HCUP) เป็นแหล่งรวบรวมข้อมูลการดูแลรักษาในโรงพยาบาลที่ใหญ่ที่สุดในสหรัฐอเมริกา ประกอบด้วยบันทึกผู้ป่วยใน ผู้ป่วยนอก และผู้ป่วยฉุกเฉินหลายร้อยล้านรายการ
- LEXASรวบรวมคำอธิบายเกี่ยวกับการทดลองทางชีววิทยาจากบทความใน PMC
- ฐานข้อมูลเมตาโบไลต์ของโค (Bovine Metabolome Database)เป็นฐานข้อมูลออนไลน์ฟรีที่รวบรวมรายชื่อเมตาโบไลต์ ที่รู้จัก ของโค
- ฐานข้อมูลแบบจำลองหนูสำหรับโรคมะเร็งในมนุษย์เป็นฐานข้อมูลที่รวบรวมแบบจำลองหนูสำหรับโรคมะเร็งในมนุษย์
ลิงก์ภายนอก
- ลิงก์ระบบฐานข้อมูลทะเบียนชีวภาพ
- ลิงก์ฐานข้อมูลการเคลื่อนที่ของโมเลกุล
- ลิงก์โครงการประสานงานELIXIR
- ศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ (NCBI) ลิงก์[ 1 ]
- ฐานข้อมูลสรุปงานวิจัยกรดนิวคลีอิก (NAR) รายการหมวดหมู่บทความ
- ฐานข้อมูลชีววิทยาโมเลกุลสำหรับการวิจัยกรดนิวคลีอิก – มีฐานข้อมูลมากกว่า 1,600 ฐานข้อมูล
- ↑แหล่งข้อมูลฐานข้อมูลของศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติณแพลตฟอร์มการวิจัยทางวิชาการของสำนักพิมพ์มหาวิทยาลัยออกซ์ฟอร์ด (OUP)