เส้นทางที่ต่อมากลายเป็นสาย E นั้นเกิดจากการรวมตัวของรถรางหลายสาย สายแรกคือ West Roxbury Railroad ซึ่งเป็น รถ รางม้าที่เปิดให้บริการเมื่อวันที่ 14 พฤศจิกายน พ.ศ. 2390 ในพื้นที่ที่ในขณะนั้นคือWest Roxbury [ ^{2 ] [ 3 ] : 60โดย}วิ่งจากRoxbury CrossingไปยังJamaica Plainตามถนน Lowell Street (ปัจจุบันคือ Columbus Avenue), Centre Street และ South Street ^{[ 4 ]}เส้นทางนี้ถูกเช่าโดยMetropolitan Railroad อย่างรวดเร็ว ซึ่งให้บริการขนส่งต่อเนื่องระหว่าง Jamaica Plain และใจกลางเมืองบอสตันโดยใช้เส้นทางบนถนน Tremont Streetเวลาเดินทางสำหรับ เส้นทางยาว 4 + 1 ⁄ 2ไมล์ (7.2 กม.)ใช้เวลามากกว่าหนึ่งชั่วโมง โดยมีค่าโดยสารสิบเซนต์^{[ 3 ] : 60}โรงจอดรถสองรางพร้อมห้องรอตั้งอยู่ที่ปลายทางของเส้นทางที่ถนน Jamaica Street ใน Jamaica Plain ^{[ 5 ] : 10} (โรงจอดรถและโรงเก็บของหลักของเมโทรโพลิแทนตั้งอยู่ที่ร็อกซ์เบอรีครอสซิ่ง) ^{[ 5 ] : 10}ในปี พ.ศ. 2491 เมโทรโพลิแทนได้เปิดเส้นทางเชื่อมระหว่างถนนโลเวลล์และจัตุรัสจอห์น เอเลียต ทำให้รถรางสายจาเมกาเพลนสามารถใช้เส้นทางถนนวอชิงตัน (ผ่านจัตุรัสดัดลีย์ ) เพื่อไปยังใจกลางเมืองได้ นอกจากนี้ทางรถไฟยังได้สร้างเส้นทางจาเมกาเพลนขึ้นใหม่ในปีนั้นเพื่อรองรับผู้โดยสารที่มากขึ้น รวมถึงการสร้างรางคู่ในบางส่วน^{[ 5 ] : 10} 

เมื่อวันที่ 1 สิงหาคม พ.ศ. 2392 เมโทรโพลิทันได้รับอนุญาตให้เพิ่มเส้นทางสาขาความยาว1.6 ไมล์ (2.6 กิโลเมตร) ไปยังถนนสคูล (ทางตะวันตกเฉียงเหนือของ หมู่บ้านบรูคลิน ) ตามแนวถนนที่ในขณะนั้นเรียกว่าถนนวอชิงตัน^{[ 6 ] [ 5 ] : 11} (ต่อมาได้เปลี่ยนชื่อเป็นถนนเทรมอนต์ทางตะวันออกของหมู่บ้านบรูคลิน ส่วนระหว่างวงเวียนบริกแฮมและหมู่บ้านบรูคลินได้เปลี่ยนชื่ออีกครั้งเป็นส่วนหนึ่งของถนนฮันติงตันในปี พ.ศ. 2338) เส้นทางนี้เปิดให้บริการเมื่อวันที่ 26 ตุลาคม พ.ศ. 2392 ^{[ 7 ]}ได้รับอนุญาตให้สร้างรางคู่เมื่อวันที่ 9 กันยายน พ.ศ. 2322 ^{[ 5 ] : 11}ส่วนทางตะวันตกของหมู่บ้านบรูคลินอาจมีการให้บริการเป็นช่วงๆ^{[ 8 ]} 

เมื่อพื้นที่ทางตะวันตกของBack Bayถูกถมถนน Huntington Avenueก็กลายเป็นถนนสายหลัก Metropolitan ได้รับสิทธิ์ในการสร้างทางรถไฟสองรางบนถนน Huntington จากCopley Square (ซึ่งเชื่อมต่อกับสายถนน Marlborough Street ที่มีอยู่แล้ว) ไปยัง West Chester Park (ต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็นMassachusetts Avenue ) เมื่อวันที่ 18 มีนาคม พ.ศ. 2424 ^{[ 5 ] : 11} ทางรถไฟ สาย นี้ มีความยาว 0.7 ไมล์ (1.1 กม.)เปิดให้บริการในเดือนกันยายนปีนั้น โดยให้บริการแก่นิทรรศการที่Mechanics HallและNew England Fair Building [ ^{9 ] การ} ขยายเส้นทาง อีก1.2 ไมล์ (1.9 กม.)ตามแนวถนน Huntington ที่วางผังใหม่จาก West Chester Park ไปยัง Brigham Circle ได้รับการอนุมัติเมื่อวันที่ 29 ตุลาคม พ.ศ. 2426 การเปิดให้บริการในวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2427 ทำให้เส้นทาง Brookline–Boston สายที่สองเสร็จสมบูรณ์^{[ 5 ] : 11 [ 8 ] [ 10 ]}ทาง รถไฟสายย่อย ระยะทาง 1.2 ไมล์ (1.9 กม.)เลียบถนนลองวูดไปยังคูลิดจ์คอร์เนอร์เปิดให้บริการในช่วงปลายปี 1884 ^{[ 11 ] [ 12 ]}ประมาณปี 1888 ทางรถไฟสายย่อย ระยะทาง 0.8 ไมล์ (1.3 กม.)เปิดให้บริการทางทิศตะวันตกจากหมู่บ้านบรูคลินบนถนนบอยล์สตันและถนนไซเพรส ให้บริการพื้นที่พิลล์ฮิลล์^{[ 13 ] [ 14 ] [ 15 ]} (นี่อาจเป็นการแข่งขันกับทางรถไฟบอสตันและอัลบานีซึ่งเริ่มให้ บริการ วงจรนิวตันผ่านบรูคลินในปี 1886 ^{[ 16 ]} )    

ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2430 รถไฟฟ้าเมโทรโพลิแทนได้ควบรวมเข้ากับรถไฟฟ้าเวสต์เอนด์สตรีทเรลเวย์โดยได้รวมรถไฟฟ้าต่างๆ ในบอสตันเข้าเป็นระบบเดียวกัน^{[ 17 ]}หลังจากการติดตั้งระบบไฟฟ้าให้กับสายบีคอนสตรีท ประสบความสำเร็จ ในปี พ.ศ. 2431-2432 เวสต์เอนด์ก็ได้ดำเนินการติดตั้งระบบไฟฟ้าให้กับระบบทั้งหมดอย่างรวดเร็ว^{[ 3 ] : 57} สาย จาเมกาเพลน- นอร์เทิร์นดีโปส์ได้เปลี่ยนมาใช้ระบบไฟฟ้าในวันที่ 14 ตุลาคม พ.ศ. 2434 ตามด้วยสายอื่นๆ บนถนนเทรมอนต์ในวันที่ 22 ตุลาคม^{[ 18 ] [ 19 ]}โรงเก็บรถรางม้าที่จาเมกาเพลนถูกแทนที่ด้วยโครงสร้างใหม่สำหรับรถรางไฟฟ้า ในช่วงต้นปี พ.ศ. 2444 ก็ถูกแทนที่ด้วย โรงเก็บรถราง ขนาด 320 x 325 ฟุต (98 ม. x 99 ม.)พร้อมห้องรอผู้โดยสารและพื้นที่สำหรับรถราง 150 คัน^{[ 20 ] [ 5 ] : 10–11}   

เวสต์เอนด์ได้ติดตั้งระบบไฟฟ้าให้กับสายฮันติงตันอเวนิวในปี พ.ศ. 2436–2437 งานเสร็จสมบูรณ์ในช่วงกลางเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2437 ยกเว้นช่วงสั้นๆ ใกล้กับริเวอร์เวย์ [ ^{21 ] ใน}วันที่ 4 สิงหาคม บริการทั้งหมดของบรูคลินผ่านทางฮันติงตันอเวนิวได้เปลี่ยนมาใช้ระบบไฟฟ้า ซึ่งรวมถึงสายวอชิงตันสตรีท (ขยายไปถึงพาร์คสตรีท) สายไซเพรสสตรีท และรางเทรมอนต์สตรีทไปยังร็อกซ์เบอรีครอสซิ่ง^{[ 22 ] [ 3 ] : 61}สายวอชิงตันสตรีทได้ขยายไปถึงบีคอนสตรีทที่วอชิงตันสแควร์ในวันที่ 1 กันยายน ทำให้สามารถให้บริการผ่านระหว่างเรเซอร์วัวร์ผ่านบรูคลินวิลเลจได้^{[ 23 ]}ในวันที่ 15 สิงหาคม พ.ศ. 2439 ส่วนขยายของสายบีคอนสตรีทเปิดให้บริการบนถนนเชสนัทฮิลล์อเวนิวและถนนคอมมอนเวลธ์อเวนิวไปยังถนนเลคสตรีท^{[ 24 ]}บริการเรเซอร์วัวร์ผ่านทางบรูคลินวิลเลจได้ขยายไปถึงถนนเลคสตรีท ซึ่งมีการเชื่อมต่อกับรถรางคอมมอนเวลธ์อเวนิว^{[ 3 ] : 58}

ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2437 สาขาถนนไซเพรสได้รับการขยายเล็กน้อยไปยังโรงเก็บรถรางถนนไซเพรสแห่งใหม่ซึ่งมีรถราง 36 คัน^{[ 25 ] [ 26 ]}โรงเก็บรถรางได้รับการขยายในปี พ.ศ. 2440 โดยมีความจุใหม่ประมาณ 79 คัน^{[ 25 ]}การติดตั้งระบบไฟฟ้าให้กับสาขาถนนลองวูดเกิดขึ้นหลังจากสาขาถนนฮันติงตันอื่นๆ ซึ่งแล้วเสร็จในปี พ.ศ. 2437 หรือ พ.ศ. 2438 ^{[ 22 ] [ 27 ]}มีเพียงส่วนของสาขาที่อยู่ในบอสตันเท่านั้นที่ได้รับการติดตั้งระบบไฟฟ้า (อาจเป็นเพราะสะพานที่ชำรุดเหนือแม่น้ำมัดดี้และสาขาไฮแลนด์ซึ่งถูกเปลี่ยนใหม่ในปี พ.ศ. 2440-2431 ^{[ 28 ]} ); ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2437 บรูคลินได้สั่งให้เวสต์เอนด์รื้อถอนรางรถไฟถนนลองวูดทางทิศตะวันตกของเขตเมือง^{[ 29 ]}ในปี พ.ศ. 2437–2439 เมืองได้ปูถนน Huntington Avenue เป็นถนนใหญ่โดยย้ายรางรถรางไปไว้บนเกาะกลางถนนที่จัดไว้โดยเฉพาะทางทิศตะวันออกของ Brigham Circle ^{[ 30 ] [ 31 ] [ 32 ]}

ส่วนแรกของรถไฟใต้ดินสายถนนเทรมอนต์เปิดให้บริการเมื่อวันที่ 1 กันยายน พ.ศ. 2440 ในบรรดาสายต่างๆ ที่เชื่อมต่อเข้ากับรถไฟใต้ดินโดยใช้ทางลาดสวนสาธารณะ ได้แก่ สายถนนไซเพรสผ่านถนนฮันติงตัน และสายจาเมกาเพลนข้ามเมืองผ่านถนนฮันติงตัน^{[ 33 ]}ส่วนรถไฟใต้ดินทางใต้ไปยังทางลาดถนนเพลแซนต์เปิดให้บริการเมื่อวันที่ 30 กันยายน และรถรางสายจาเมกาเพลนผ่านถนนเทรมอนต์ก็ถูกเชื่อมต่อเข้ากับรถไฟใต้ดิน^{[ 34 ] [ 3 ] : 23}บริการรถรางสายอ่างเก็บน้ำผ่านถนนฮันติงตันถูกเพิ่มเข้าไปในรถไฟใต้ดินเมื่อวันที่ 8 พฤศจิกายน^{[ 35 ]}รถรางสายถนนลองวูดและรถรางสายถนนเลคผ่านถนนฮันติงตันก็ใช้รถไฟใต้ดินในไม่ช้าเช่นกัน^{[ 3 ] : 22}บริการอื่นๆ ในช่วงแรกยังใช้ถนนฮันติงตันทางตะวันออกของถนนแมสซาชูเซตส์ รวมถึงเส้นทางฟอเรสต์ฮิลส์–ถนนพาร์คผ่านถนนวอชิงตัน (เปิดตัวเมื่อวันที่ 1 พฤศจิกายน พ.ศ. 2441) และเส้นทางถนนฮัมโบลด์–เรือเฟอร์รี่อีสต์บอสตัน^{[ 3 ] : 61 [ 36 ]}

เส้นทางเชื่อมต่อสองเส้นทางเปิดให้ บริการในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2443 รางรถไฟใหม่บนถนนฮาร์วาร์ดจากบรูคลินวิลเลจไปยังคูลิดจ์คอร์เนอร์ ทำให้สามารถให้บริการต่อเนื่องจากอัลสตันไปยังรถไฟใต้ดินผ่านทางถนนฮันติงตันได้ สายถนนอิปสวิชให้บริการเส้นทางเพิ่มเติมระหว่างบรูคลินวิลเลจและรถไฟใต้ดิน โดยเริ่มแรกให้บริการถึงถนนไซเพรส^{[ 37 ]}การให้บริการโดยใช้สายถนนอิปสวิชได้ขยายไปทางทิศตะวันตกบนถนนบอยล์สตันจากถนนไซเพรสไปยังถนนเชสนัทฮิลล์ในวันที่ 29 กันยายน พ.ศ. 2443 และไปยังสายนิวตันที่เชสนัทฮิลล์ในวันที่ 19 พฤศจิกายน^{[ 38 ] : 201}การให้บริการต่อเนื่องบนสาขาถนนลองวูดสิ้นสุดลงในวันที่ 8 สิงหาคม พ.ศ. 2444 โดยกลายเป็นรถรับส่งระหว่างบรูคลินอเวนิวและฮันติงตันอเวนิว^{[ 36 ]}ในวันที่ 5 พฤษภาคม พ.ศ. 2446 รถรางบอสตันและวูสเตอร์ (B&W) เริ่มดำเนินการ เดิมทีเส้นทางสิ้นสุดที่ Chestnut Hill แต่ได้ขยายเส้นทางไปตามราง BERy บนถนน Boylston และถนน Huntington ไปยัง Park Square เมื่อวันที่ 6 กรกฎาคม^{[ 39 ] [ 38 ] : 154}

รถไฟยกระดับสายหลักเปิดให้บริการระหว่างจัตุรัสดัดลีย์และจัตุรัสซัลลิแวนเมื่อวันที่ 10 มิถุนายน ค.ศ. 1901 รถไฟสายหลักใช้รางด้านนอกของรถไฟใต้ดินสายถนนเทรมนต์ (รางทางลาดถนนเพลแซนต์) และเป็นเส้นทางที่เร็วกว่ารถรางบนพื้นดินอย่างมากในการเดินทางไปยังใจกลางเมือง ส่งผลให้ต้องมีการปรับปรุงเครือข่ายรถรางใหม่ บริการรถรางสายจาเมกาเพลนถูกเปลี่ยนเส้นทางไปยังสถานีเปลี่ยนถ่ายดัดลีย์สแควร์ และมีการเปิดเส้นทางใหม่ระหว่างดัดลีย์และบรู๊คไลน์ในเวลาต่อมา^{[ 40 ] [ 41 ]}รางรถไฟบนถนนเซาท์สตรีท ระหว่างจาไมก้าเพลนและฟอเรสต์ฮิลส์สแควร์ (และฟอเรสต์ฮิลส์ยาร์ด ที่อยู่ติดกัน ) ได้รับการอนุมัติจากเมืองในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2443 ^{[ 42 ]}การก่อสร้างไม่ได้เริ่มต้นจนกระทั่งเดือนเมษายน พ.ศ. 2445 และทางเชื่อมเปิดให้บริการในวันที่ 17 พฤษภาคม^{[ 43 ] [ 3 ] : 61}ทางรถไฟยกระดับบอสตันเปิดรางรถไฟบนถนนเซาท์ฮันติงตันอเวนิวที่วางผังใหม่ระหว่างถนนเซ็นเตอร์สตรีทและถนนฮันติงตันอเวนิวในวันที่ 11 พฤษภาคม พ.ศ. 2446 และเริ่มให้บริการเส้นทางจาไมก้าเพลน–พาร์คสตรีท ผ่านทางเซาท์ เซ็นเตอร์ เซาท์ฮันติงตัน และฮันติงตัน^{[ 44 ] [ 3 ] : 61}

ภายในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2450 บริการปกติบนถนนฮันติงตัน อเวนิว ทางตะวันตกของถนนแมสซาชูเซตส์ อเวนิว ประกอบด้วยรถรางจากจาเมกาเพลน ผ่านถนนเซาท์ฮันติงตัน อเวนิว ถนนเลคสตรีท (โดยมีการเลี้ยวสั้นๆ ที่อ่างเก็บน้ำบ้าง) ผ่านถนนวอชิงตันสตรีท โอ๊คสแควร์ผ่านถนนฮาร์วาร์ดสตรีท และออลสตัน คาร์เฮาส์ ผ่านถนนฮาร์วาร์ดสตรีท โดยทั้งหมดจะเข้าสู่รถไฟใต้ดินและวนที่ถนนพาร์คสตรีท รวมถึงรถรางสายไซเพรสสตรีท–ดัดลีย์ และรถรางสาย B&W ด้วย (เส้นทางเพิ่มเติมอีกหลายเส้นทางยังคงใช้ถนนฮันติงตัน อเวนิว ทางตะวันออกของถนนแมสซาชูเซตส์ อเวนิว) เส้นทางเพิ่มเติมใช้รางบนถนนเซาท์สตรีทและถนนเซ็นเตอร์สตรีทในจาเมกาเพลน รวมถึงสายฟอเรสต์ฮิลส์–พาร์คสตรีท (ผ่านถนนโคลัมบัส อเวนิว) จาเมกาเพลน คาร์เฮาส์–ดัดลีย์ และจาเมกาเพลน–ซัลลิแวนสแควร์ [ ^{45 ] : 20–21รถ}รางสายออลสตัน–พาร์คสตรีทบางคันถูกเปลี่ยนเส้นทางไปยังถนนลองวูด อเวนิว เมื่อวันที่ 12 ตุลาคม พ.ศ. 2450 แทนที่รถรางรับส่ง^{[ 46 ]}เมื่อวันที่ 30 พฤศจิกายน พ.ศ. 2451 รถไฟสายเมนไลน์ถูกเปลี่ยนเส้นทางไปยังอุโมงค์ถนนวอชิงตันสตรีท รางรถไฟใต้ดินสายนอก Tremont Street และทางลาด Pleasant Street เปิดให้บริการรถรางอีกครั้งในวันที่ 4 ธันวาคม โดยมีการขยายหรือเปลี่ยนเส้นทางบางสายจาก Dudley รถรางที่เข้าสู่สถานีรถไฟใต้ดินบนถนน Boylston Street ยังคงวนที่ถนน Park Street ส่วนรถรางที่เข้าทางถนน Pleasant Street (รวมถึงสายจาก Brookline ผ่าน Tremont Street และ Jamaica Plain ผ่าน Roxbury Crossing) จะออกจากสถานีรถไฟใต้ดินที่ถนน Canal Streetและวนที่สถานี North Station ^{[ 47 ] [ 48 ] [ 45 ] : 25}

รถไฟ ยกระดับสายวอชิงตันสตรีทได้ขยายไปยังฟอเรสต์ฮิลส์เมื่อวันที่ 22 พฤศจิกายน พ.ศ. 2452 ทำให้สถานีแห่งนี้มีความสำคัญมากขึ้นในฐานะจุดเปลี่ยนถ่ายผู้โดยสาร^{[ 49 ]}คำขอจากผู้อยู่อาศัยและนักการเมืองในท้องถิ่นให้ขยายสายเซาท์ฮันติงตันอเวนิวจากจาเมกาเพลนคาร์เฮาส์ไปยังฟอเรสต์ฮิลส์เริ่มขึ้นก่อนที่การขยายจะเสร็จสมบูรณ์และดำเนินต่อไปตลอดช่วงทศวรรษ พ.ศ. 2453 ^{[ 50 ] [ 51 ] [ 52 ]}การเปลี่ยนถ่ายผู้โดยสารฟรีที่จาเมกาเพลนคาร์เฮาส์ถูกเพิ่มเข้ามาเมื่อวันที่ 1 มีนาคม พ.ศ. 2456 ^{[ 53 ]}ในเดือนเมษายนปีนั้น BERy แสดงความเต็มใจที่จะเพิ่มบริการรถด่วนให้กับสายเซาท์ฮันติงตันอเวนิว แต่ไม่สามารถขยายสายได้จนกว่าจะมีรถไฟเพิ่มขึ้น^{[ 54 ]}เมื่อวันที่ 12 มิถุนายน พ.ศ. 2458 สายไฮด์พาร์ค–ฟอเรสต์ฮิลส์ได้ขยายไปยังจาเมกาเพลนคาร์เฮาส์ โดยเส้นทางฟอเรสต์ฮิลส์–สถานีเหนือ (ผ่านถนนโคลัมบัส) ถูกตัดกลับไปยังจาเมกาเพลนคาร์เฮาส์ การเปลี่ยนแปลงนี้มีขึ้นเพื่อให้มีบริการที่ถี่ขึ้นระหว่างฟอเรสต์ฮิลส์และคาร์เฮาส์^{[ 55 ]}การเปลี่ยนแปลงนี้ไม่เป็นที่นิยมในหมู่ผู้อยู่อาศัย เมื่อวันที่ 2 ตุลาคม พ.ศ. 2458 เส้นทางไฮด์พาร์คถูกตัดให้เหลือเพียงฟอเรสต์ฮิลส์ และเส้นทางชาร์ลส์ริเวอร์ถูกขยายออกไปแทนที่ ทำให้เกิดการเชื่อมต่อโดยตรงระหว่างเวสต์ร็อกซ์เบอรีและเส้นทางเซาท์ฮันติงตันอเวนิว^{[ 56 ] [ 57 ] [ 58 ]}เมื่อวันที่ 1 มีนาคม พ.ศ. 2467 BERy ได้เปิดสถานีเปลี่ยนเส้นทางรถรางภายในอาร์บอร์เวย์ยาร์ดเพื่อบรรเทาความแออัดที่สถานีฟอเรสต์ฮิลส์ [ ^{59 ] เส้นทาง}เซาท์ฮันติงตันอเวนิวถูกขยายไปยังอาร์บอร์เวย์ในไม่ช้า ทำให้การเชื่อมต่อกับเส้นทางอื่นๆ ดีขึ้น^{[ 60 ] [ 61 ] [ 62 ]}

ตั้งแต่วันที่ 25 มกราคม พ.ศ. 2456 เป็นต้นไป สาย Allston–Brookline Village–Park Street ทั้งสองสายได้ขยายไปยังสถานี North Station ทำให้สามารถเดินทางเชื่อมต่อระหว่าง Back Bay และ North Station ได้^{[ 63 ]}ในวันที่ 24 พฤษภาคม พ.ศ. 2457 BERy เริ่มดำเนินการ สาย Allston–Dudleyที่วิ่งข้ามเมืองผ่าน Brookline Village ^{[ 25 ] : 5}รถไฟใต้ดินสาย Boylston Streetเปิดให้บริการในวันที่ 3 ตุลาคม พ.ศ. 2457 โดยขยายเส้นทางรถไฟใต้ดินไปทางทิศตะวันตกถึงKenmore Squareบริการบนถนน Huntington Avenue และ Ipswich Street เริ่มใช้ทางเข้าออกตรงกลางถนน Boylston Street ซึ่งมาแทนที่ทางลาด Public Garden Incline ^{[ 64 ]}สถานีปลายทางด้านนอกของบริการถนนวอชิงตันถูกลดเหลือเพียงจัตุรัสวอชิงตัน ยกเว้นในช่วงเวลาเร่งด่วน ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของการเปลี่ยนแปลงเมื่อวันที่ 3 ตุลาคม และสถานีปลายทางในช่วงเวลาเร่งด่วนถูกลดเหลือเพียงอ่างเก็บน้ำเมื่อวันที่ 21 พฤศจิกายน^{[ 64 ] [ 65 ]}บริการถนนโอ๊คสแควร์–ถนนพาร์ค ผ่านถนนฮันติงตัน ถูกลดเหลือเพียงถนนออลสตัน–ถนนพาร์ค เมื่อวันที่ 30 มกราคม พ.ศ. 2458 และมีการเพิ่มเส้นทางถนนไซเพรส–ถนนพาร์ค ผ่านถนนลองวูด^{[ 66 ]}บริการถนนวอชิงตันถูกขยายกลับไปถึงถนนเลค เมื่อวันที่ 6 พฤศจิกายน พ.ศ. 2458 เนื่องจากบริการถนนบีคอนถูกลดเหลือเพียงอ่างเก็บน้ำ^{[ 67 ]}

ในปี พ.ศ. 2464 มีบริการรถไฟใต้ดิน 4 สายที่วิ่งบนถนนฮันติงตัน ได้แก่ เลคสตรีท จาไมก้าเพลน ลองวูด และโอเปร่าเพลส (วิ่งระยะสั้น) ในเดือนพฤศจิกายนนั้น BERy เสนอให้ดำเนินการสายนี้ในรูปแบบบริการขนส่งด่วนกึ่งอัตโนมัติ บริการระหว่างบรูคลินวิลเลจและพาร์คสตรีทจะให้บริการด้วยรถไฟสองตู้ขนาดใหญ่ที่มีทางเข้าตรงกลาง (รถไฟสามตู้ในช่วงเวลาเร่งด่วน) ส่วนบริการระหว่างจาไมก้าเพลนและ ฮัน ติงตัน รวมถึงเซาท์ฮันติงตันและเลคสตรีทและบรูคลินวิลเลจ จะให้บริการด้วยรถไฟชัตเติลตู้เดียว ^{[ 68 ]}ชาวบ้านในจาไมก้าเพลนคัดค้านการเปลี่ยนเส้นทางโดยบังคับอย่างรุนแรง ทำให้ Elevated ต้องแก้ไขแผน^{[ 69 ]}ตั้งแต่วันที่ 6 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2465 รถไฟสองตู้ได้ให้บริการระหว่างบรูคลินวิลเลจ (ไซเพรสสตรีท) และพาร์คสตรีท บริการระหว่างวอชิงตันสตรีทให้บริการในรูปแบบชัตเติลระหว่างบรูคลินวิลเลจและเลคสตรีท ส่วนบริการระหว่างจาไมก้าเพลนยังคงเหมือนเดิม^{[ 70 ]}การเลี้ยวสั้นๆ ระหว่างถนนฟรานซิสและถนนพาร์ค ดำเนินการตั้งแต่วันที่ 20 ตุลาคม พ.ศ. 2469 ถึงวันที่ 27 มิถุนายน พ.ศ. 2475 และกลับมาดำเนินการอีกครั้งในวันที่ 25 มิถุนายน พ.ศ. 2477 ^{[ 3 ] : 61 [ 71 ]}

เมื่อวันที่ 13 มิถุนายน พ.ศ. 2468 บริการรถไฟสาย Ipswich Street ถูกตัดเหลือเพียงสายMassachusetts – Chestnut Hill ซึ่งทำให้บริการรถไฟตรงระหว่าง Chestnut Hill และตัวเมืองบอสตันสิ้นสุดลง^{[ 25 ] : 5 [ 72 ] : 110}ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2469 สาย Huntington Avenue และ Ipswich Street ได้สลับสถานีปลายทาง โดยรถไฟสาย Huntington Avenue วิ่งไปยัง Chestnut Hill เพื่อฟื้นฟูบริการรถไฟตรง^{[ 25 ] : 5}ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2461 BERy เริ่มให้บริการรถไฟด่วนสาย South Huntington Avenue ข้ามถนน Huntington Avenue ในช่วงเวลาเร่งด่วนตอนเย็น^{[ 73 ]}รถรับส่ง Longwood Avenue ถูกเปลี่ยนเป็นรถบัสเมื่อวันที่ 22 มิถุนายน พ.ศ. 2468 ^{[ 38 ] : 197 [ 72 ] : 110}ไม่ค่อยปรากฏบนแผนที่ และถูกยกเลิกในปี พ.ศ. 2485 (หลังจากแผนการในปี พ.ศ. 2477 ที่จะวิ่งรถบัสสาย Cypress Street–Kenmoreข้ามถนน Longwood Avenue ล้มเหลว ^{[ 74 ]} ) ถนนลองวูดอเวนิวไม่ได้ถูกใช้สำหรับการขนส่งสาธารณะอีกเลยจนกระทั่งมีการเปิดเส้นทางหมายเลข47 ในปี 1972 ^{[ 75 ] [ 38 ] : 197}รถรับส่งบนถนนวอชิงตันถูกเปลี่ยนเป็นรถประจำทางเมื่อวันที่ 24 เมษายน 1926 ^{[ 38 ] : 197}มันถูกเปลี่ยนเส้นทางไปยังไบรตันเซ็นเตอร์เมื่อวันที่ 23 มิถุนายน 1928 และในที่สุดก็กลายเป็นเส้นทางหมายเลข 65 [ ^{38 ] : 52 [ 49 ] ราง}รถไฟถูกถอดออกเพื่อนำไปขายเป็นเศษเหล็กในช่วงสงครามโลกครั้งที่สอง^{[ 76 ]}

ในทศวรรษ 1930 ถนน Worcester Turnpike ได้รับการปูผิวจราจรเป็นทางหลวงหมายเลข 9 ของรัฐแมสซาชูเซตส์ซึ่งเป็นทางหลวงระหว่างเมือง ทำให้ต้องยกเลิกรถราง รถโดยสารประจำทางเข้ามาแทนที่รถราง Boston and Worcester Street Railway ในวันที่ 11 มิถุนายน 1932 ^{[ 38 ] : 156}ในเดือนพฤศจิกายนปีนั้น การปูผิวจราจรไปถึง Chestnut Hill รถรางบนถนน Huntington Avenue ถูกลดเส้นทางเหลือเพียงถนน Cypress Street และรถรางบนถนน Ipswich Street ถูกลดเส้นทางเหลือเพียง Brookline Village และมีการเพิ่มเส้นทางรถโดยสารประจำทาง Chestnut Hill–Brookline Village เส้นทางถนน Ipswich Street ถูกลดเหลือเพียงเส้นทางรถรับส่งระยะสั้นในช่วงกลางปี ​​1933 พร้อมกับเส้นทางรถโดยสารประจำทาง ใหม่ Brookline Village– Kenmore ^{[ 25 ] : 5}โรงจอดรถ Cypress Street ปิดทำการในวันที่ 3 ธันวาคม 1933 เส้นทาง Cypress Street เข้าร่วมกับเส้นทาง South Huntington Avenue ในการดำเนินงานจาก Arborway Yard ^{[ 25 ] : 3}

เมื่อวันที่ 10 มิถุนายน พ.ศ. 2477 บริการรถโดยสารบนถนนไซเพรสถูกลดเส้นทางเหลือเพียงบรู๊คลินวิลเลจ และรถโดยสารประจำทางเริ่มให้บริการระหว่างถนนไซเพรสและเคนมอร์^{[ 25 ] : 5}เส้นทางรถโดยสารประจำทางทั้งสองสายได้รับการปรับเปลี่ยนหลายครั้ง ต่อมาในปี พ.ศ. 2528 เส้นทางทั้งสองถูกรวมเข้าด้วยกันและปัจจุบันคือเส้นทางรถโดยสารประจำทาง MBTAหมายเลข60 ^{[ 49 ]}เส้นทางออลสตัน-ดัดลีย์ถูกแทนที่ด้วยรถโดยสารประจำทางเมื่อวันที่ 10 กันยายน พ.ศ. 2481 โดยรถโดยสารประจำทางจากถนนฮันติงตันไปยังบรู๊คลินวิลเลจถูกลดเส้นทางลงเป็นการเลี้ยวสั้นๆเพิ่มเติม ที่ วงเวียนบริกแฮม^{[ 25 ] [ 77 ]}เมืองได้รื้อถอนสถานีเปลี่ยนถ่ายบรู๊คลินวิลเลจทันทีเพื่อเพิ่มความเร็วในการไหลเวียนของการจราจรผ่านจัตุรัส^{[ 77 ] [ 78 ] : 111}

มีการเสนอให้สร้างรถไฟใต้ดินสำหรับสาย Huntington Avenue ตั้งแต่ปี 1906 เพื่อลดจำนวนรถรางที่แออัดบนถนน Boylston Street และ Copley Square ^{[ 79 ]} (รถรางวิ่งร่วมกับรถยนต์บนเส้นทางเหล่านั้น โดยมีเกาะกลางเฉพาะบนถนน Huntington Avenue ทางตะวันตกของถนน Dartmouth Street เท่านั้น) มีการเสนอให้สร้างรถไฟใต้ดินไปจนถึงMechanics Hallในปี 1911 แต่ถูกปฏิเสธในปี 1912 โดยให้เหตุผลว่าการเปิดรถไฟใต้ดินสาย Cambridge และสาย Boylston Street จะทำให้จำนวนรถรางบนถนน Boylston Street ลดลงครึ่งหนึ่ง^{[ 80 ] [ 81 ]}

ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2467 สภานิติบัญญัติแห่งรัฐได้สั่งการให้คณะกรรมการเขตมหานครวางแผนระบบขนส่งมวลชนความเร็วสูงที่ขยายใหญ่ขึ้นในบอสตัน ซึ่งรวมถึงการขยายเส้นทางรถไฟใต้ดินถนนบอยล์สตันใต้จัตุรัสกอฟเวอร์เนอร์ส^{[ 82 ]}รายงานที่เผยแพร่ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2469 เรียกร้องให้มีการปรับปรุงอุโมงค์รถรางที่มีอยู่เดิมในบอสตันให้เป็นเส้นทางขนส่งมวลชนความเร็วสูงสองสายโดยใช้รถไฟที่มีพื้นสูง^{[ 83 ]}สายหนึ่งจะวิ่งจากเลชเมียร์ผ่านรถไฟใต้ดินถนนเทรมนต์ที่มีอยู่เดิม ขนานไปกับรางรถไฟนิวเฮเวนไปยังโพรวิเดนซ์โดยใช้อุโมงค์และคันดินไปจนถึงถนนแมสซาชูเซตส์ จากนั้นวิ่งไปตามพื้นผิวบนถนนฮันติงตันไปยังถนนฟรานซิส ( วงเวียนบริกแฮม ) ส่วนขยายจะมีสถานีใหม่ที่ถนนเพลแซนต์สถานีแบ็คเบย์ถนนเวสต์นิวตัน และถนนแมสซาชูเซตส์รวมทั้งป้ายหยุดรถบนพื้นผิวที่รวมกันที่พิพิธภัณฑ์วิจิตรศิลป์และพื้นที่การแพทย์ลองวูดเส้นทางรถรางบนถนนเทรมนต์และถนนฮันติงตันจะเชื่อมต่อกับรถไฟขนส่งมวลชนความเร็วสูงที่สถานีเปลี่ยนถ่ายระดับพื้นผิวที่วงเวียนบริกแฮม มีการพิจารณาขยายอุโมงค์ไปยัง Brookline Village ในอนาคต^{[ 83 ]}

หลังจากที่สาย Berkeley Street ปิดให้บริการราวปี 1930 มีเพียงรถรางสาย Huntington Avenue เท่านั้นที่ใช้ทางลาด Boylston Street ^{[ 45 ] : 26}ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2475 สภานิติบัญญัติแห่งรัฐได้อนุมัติการก่อสร้างอุโมงค์จาก Gainsborough Street ใต้ Huntington Avenue, Stuart Street, Columbus Avenue และ Boston Common ไปยังสถานี Park Street BERy ไม่ได้อนุมัติโครงการนี้เนื่องจากส่วนที่อยู่ทางตะวันออกของ Copley Square จะซ้ำซ้อนกับรถไฟใต้ดินที่มีอยู่แล้วด้วยต้นทุนที่สูงมาก และจะไม่ช่วยบรรเทาความแออัดที่ทางแยกกับ Massachusetts Avenue กฎหมายของรัฐไม่อนุญาตให้มีการแก้ไขเส้นทางใดๆ^{[ 84 ] [ 85 ] [ 86 ]}

ในปี 1933 นายกเทศมนตรีเจมส์ ไมเคิล เคอร์ลีย์ได้เสนอแผนใหม่ โดยเรียกร้องให้สร้างรถไฟใต้ดินมูลค่า 8.5 ล้านดอลลาร์ จากจัตุรัสคอปเลย์ไปยังถนนลองวูด ซึ่งจะได้รับเงินทุนจากพระราชบัญญัติการฟื้นฟูอุตสาหกรรมแห่งชาติแทนที่จะสร้างหนี้ให้กับท้องถิ่น^{[ 87 ] [ 88 ] : 106}ในเดือนกรกฎาคม ปี 1933 สภานิติบัญญัติแห่งรัฐได้กำหนดเงื่อนไขสำหรับการก่อสร้างรถไฟใต้ดินโดยให้มีความยืดหยุ่นในการกำหนดเส้นทางมากขึ้น แผนดังกล่าวได้รับการอนุมัติจากเมืองและ BERy แต่ไม่ได้รับการอนุมัติจากคณะกรรมการการเงินฉุกเฉินของรัฐ กรมการขนส่งบอสตันได้พัฒนาแผนอุโมงค์ที่เป็นไปได้หกแบบเพื่อการประเมิน อุโมงค์ที่ทอดยาวไปทางทิศตะวันตกจนถึงถนนลองวูด หรือสั้นสุดถึงถนนดาร์ทมัธ ได้รับการพิจารณา โดยแยกจากรถไฟใต้ดินที่มีอยู่ทางทิศตะวันออกของสถานีคอปเลย์ (โดยเพิ่มสถานีใหม่ใต้จัตุรัสคอปเลย์) หรือไปทางทิศตะวันตก^{[ 89 ]}

ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2479 การก่อสร้างรถไฟใต้ดินไปจนถึงเกือบถึงถนนเวสต์นิวตันได้รับการอนุมัติให้เป็น โครงการของ สำนักงานบริหารความก้าวหน้า ของรัฐบาลกลาง (WPA) คาดว่างานจะใช้เวลา 1 ปีและมีค่าใช้จ่าย 1.715 ล้านดอลลาร์ โดยส่วนแบ่งของเมืองอยู่ที่ประมาณ 539,000 ดอลลาร์^{[ 90 ]}สภาเมืองบอสตันและทางรถไฟยกระดับบอสตันอนุมัติแผนในเดือนเมษายน พ.ศ. 2480 ^{[ 91 ] [ 92 ]}การก่อสร้างเริ่มขึ้นในวันที่ 18 กันยายน พ.ศ. 2480 ^{[ 93 ] : 96}ในปี พ.ศ. 2481 กรมการขนส่งบอสตันได้ขยายโครงการไปยังโอเปร่าเพลส โดยมีสถานีใต้ดินที่เมคานิกส์และซิมโฟนีและทางลอดใต้ถนนแมสซาชูเซตส์ที่อยู่ติดกับสถานีซิมโฟนี^{[ 93 ] : 96}การอนุมัติของรัฐบาลกลางได้รับอนุมัติในช่วงต้นเดือนสิงหาคม^{[ 94 ]}

รถไฟใต้ดินถูกสร้างขึ้นเป็นท่อคู่ยาวประมาณ4,316 ฟุต (1,316 เมตร)โดยท่อทั้งสองอยู่ติดกัน ยกเว้นที่สถานีซิมโฟนี ซึ่งท่อทั้งสองวิ่งอยู่คนละฝั่งของทางลอด^{[ 95 ]}ค่าใช้จ่ายสุดท้ายของโครงการคือ 7.13 ล้านดอลลาร์ (เทียบเท่ากับ117 ล้าน ดอลลาร์ ในปี 2025 ) โดยเมืองจ่าย 1.93 ล้านดอลลาร์ และรัฐบาลกลางจ่าย 5.20 ล้านดอลลาร์^{[ 96 ]} นับเป็นโครงการที่ใหญ่เป็นอันดับสองที่ได้รับเงินทุนหลักจาก WPA รองจาก สนามบินลาการ์เดียเท่านั้น^{[ 88 ] : 107}  

รถไฟใต้ดินสาย Huntington Avenue เปิดให้บริการเมื่อวันที่ 16 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2484 โดยนำรถรางสาย Huntington Avenue (สายสุดท้ายที่ใช้ทางเข้าถนน Boylston Street) ลงใต้ดินเป็นส่วนใหญ่ของเส้นทาง^{[ 93 ] : 96}ในขณะนั้น มีสามเส้นทางที่ใช้สาย Huntington Avenue: ^{[ 93 ] : 74, 88 [ 97 ]}

• 39: อาร์บอร์เวย์ – พาร์คสตรีท
• 41 : จาไมก้าเพลน– ดัดลีย์สแควร์
• 57: ถนนฟรานซิส – ถนนพาร์ค ( เลี้ยวเล็กน้อยจากเส้นทางหมายเลข 39)

มีการสร้าง ทางวนที่ถนนฮีธในปี 1945 เพื่อให้สามารถใช้รถราง PCC รุ่นใหม่ ซึ่งมีห้องคนขับอยู่ที่ปลายด้านเดียวและไม่สามารถใช้ทางแยกแบบเดียวกับที่ถนนฟรานซิสเพื่อเปลี่ยนทิศทางได้ เส้นทาง 57 ได้ขยายไปยังทางวนใหม่ในวันที่ 15 ธันวาคม 1945 และเริ่มใช้รถราง PCC ในวันที่ 3 มกราคม 1946 ^{[ 93 ] : 97}ตั้งแต่เดือนมิถุนายน 1947 ถึงเดือนมิถุนายน 1949 และอีกครั้งในช่วงทศวรรษ 1950 มีการให้บริการรถรับส่งเพิ่มเติมระหว่างมหาวิทยาลัยนอร์ทอีสเทิร์นและถนน พาร์ค ^{[ 93 ] : 98}

เส้นทางหมายเลข 41 ถูกแทนที่ด้วยรถบัสเมื่อวันที่ 8 มิถุนายน พ.ศ. 2492 ^{[ 93 ] : 70}ในปี พ.ศ. 2497 เส้นทางหมายเลข 57 ได้ขยายไปยังสถานีปลายทางบนพื้นดินที่สถานีเหนือ^{[ 98 ] : 194}เส้นทางหมายเลข 57 ซึ่งในขณะนั้นเป็นเส้นทางที่ให้บริการเฉพาะวันธรรมดาเท่านั้น ได้ถูกยกเลิกอย่างมีผลตั้งแต่วันที่ 1 กันยายน พ.ศ. 2504 หมายเลขดังกล่าวถูกกำหนดใหม่ให้กับรถรับส่งระยะสั้นระหว่างบอยล์สตันและถนนเพลแซนต์ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2504 ^{[ 98 ] : 194}ตั้งแต่เดือนกันยายน พ.ศ. 2505 ถึงเดือนมีนาคม พ.ศ. 2508 มีการให้บริการรถโดยสารประจำทางแบบไป-กลับ ระหว่างเลชเมียร์และถนนฮีธเพียงเที่ยวเดียวในช่วงเวลาเร่งด่วนตอนเช้าเพื่อรองรับความต้องการของนักเรียน การเดินทางครั้งนี้เป็นเพียงครั้งเดียวที่มีการใช้รถไฟสามตู้ของรถโดยสาร PCC บนถนนฮันติงตัน^{[ 49 ]}

องค์การขนส่งมวลชนอ่าวแมสซาชูเซตส์ (MBTA) เข้ามารับช่วงต่อจาก MTA ในปี 1964 MBTA ได้กำหนดสีให้กับสายรถไฟใต้ดินทั้งสี่สายในปี 1965 โดยสายรถไฟใต้ดิน Tremont Street ถูกกำหนดให้เป็นสายสีเขียวในวันที่ 26 ธันวาคม 1964 ได้มีการเพิ่มเที่ยวรถไฟระยะสั้นจาก Heath Street ไปยัง Government Centerโดยใช้ทางวนที่เพิ่งเปิดใหม่ที่ Government Center เพื่อรองรับผู้โดยสารจากPrudential Center แห่งใหม่ เที่ยวรถไฟเหล่านี้ถูกลดเหลือเพียง Park Street ในเดือนถัดมา แต่กลับมาที่ Government Center อีกครั้งในวันที่ 25 มีนาคม 1967 ^{[ 49 ]}ในวันที่ 19 กันยายน 1966 เที่ยวรถไฟระยะสั้นจาก Heath Street ถูกเพิ่มความถี่ โดยทุกๆ เที่ยวจะสิ้นสุดที่ Heath Street ในช่วงชั่วโมงเร่งด่วน การทดลองนี้ไม่ประสบความสำเร็จและถูกยกเลิกในวันที่ 7 พฤศจิกายน^{[ 49 ]}เที่ยวรถไฟระยะสั้นจาก Heath Street ถูกลดจากรถไฟสองตู้เหลือตู้เดียวในวันที่ 3 มกราคม 1972 ^{[ 49 ]}

เส้นทางรถไฟสายสีเขียวทั้งห้าสายได้รับการกำหนดชื่อเป็นตัวอักษรในปี 1967 โดยสาย Huntington Avenue ได้รับการกำหนดให้เป็นสาย E ^{[ 49 ]}ในปี 1968 เมืองและ MBTA เริ่มวางแผนขยายถนน Huntington Avenue ทางตะวันออกของ Brigham Circle สถานีสามแห่งจากทั้งหมดแปดแห่ง (Forsyth Street, Vancouver Street และ Wigglesworth Street) จะถูกปิด และชานชาลาจะถูกขยาย (ซึ่งเป็นแรงผลักดันดั้งเดิมของโครงการ) ที่สถานีที่เหลืออีกห้าแห่ง รางรถไฟที่ยาวจะถูกย้ายเข้าไปอยู่ภายในเขตสงวน และจะมีการติดตั้งรั้วกั้นระหว่างรางเพื่อป้องกันไม่ให้คนเดินเท้าข้ามรางรถไฟจากทางแยก^{[ 99 ]}โครงการนี้หยุดชะงักในปี 1969 เนื่องจากการตัดงบประมาณของรัฐบาลกลาง^{[ 100 ]}ในปี 1971 MBTA ได้เปลี่ยนรางทั้งสองรางระหว่าง Brigham Circle และParker Hill Street [ ^{101 ] โครงการ}ขยายถนนได้รับการฟื้นฟูอีกครั้งในปี 1972 โดยมีการเพิ่มสะพานลอยคนเดินที่ Northeastern ^{[ 102 ]}โครงการนี้เผชิญกับการต่อต้านจากพิพิธภัณฑ์วิจิตรศิลป์ซึ่งคัดค้านการใช้พื้นที่สนามหญ้าของพิพิธภัณฑ์เป็นแถบกว้าง10 ฟุต (3.0 เมตร) ^{[ 103 ]}โครงการนี้ถูกระงับไว้ในปี 1975 เนื่องจาก ภาวะเศรษฐกิจถดถอยที่เกิดขึ้นอย่าง ต่อเนื่อง^{[ 104 ]} 

ตั้งแต่วันที่ 11 กันยายน พ.ศ. 2519 ถึงวันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2520 ได้มีการเปลี่ยนเส้นทางเดินรถในเวลากลางคืนเป็นรถประจำทาง เพื่อให้สามารถติดตั้งไฟส่องสว่างและอุปกรณ์ไฟฟ้าใหม่ในรถไฟใต้ดินสาย Huntington Avenue ได้^{[ 49 ]}ในวันที่ 1 มกราคม ได้มีการตัดเส้นทางเดินรถในช่วงเวลาเร่งด่วนและช่วงกลางวันทั้งหมดไปยังถนน Heath Street เนื่องจากสภาพอากาศในฤดูหนาวทำให้มีรถประจำทางไม่เพียงพอ รถประจำทางสาย 39 จึงวิ่งระหว่าง Arborway และ Copley ^{[ 49 ]}เส้นทางนี้สิ้นสุดลงในวันที่ 19 มีนาคม จากนั้นเส้นทางเดินรถปกติจากถนน Heath Street ก็ขยายไปยังสถานี North Station ตั้งแต่วันที่ 19 มีนาคมถึงวันที่ 18 มิถุนายน พ.ศ. 2520 ^{[ 49 ]}รถประจำทางสาย 39 กลับมาให้บริการแทนรถประจำทางในวันธรรมดาที่ผ่านถนน Heath Street อีกครั้งตั้งแต่วันที่ 18 มิถุนายนถึงวันที่ 9 กันยายน เนื่องจากมีการซ่อมแซมรางรถไฟบนถนน Centre Street ^{[ 49 ]}การขาดแคลนรถรางอย่างต่อเนื่องและความล่าช้าของรถรางโบอิ้ง รุ่นใหม่ ทำให้การให้บริการในวันธรรมดาต้องเปลี่ยนมาใช้รถบัสแทน โดยให้บริการผ่านถนนฮีธสตรีทในวันที่ 17 ตุลาคม พ.ศ. 2520 การให้บริการไปยังอาร์บอร์เวย์กลับมาดำเนินการเป็นระยะ และกลับมาให้บริการเต็มรูปแบบในวันที่ 31 ธันวาคม พ.ศ. 2521 ^{[ 49 ]}รถรางรุ่นใหม่ถูกนำมาใช้ครั้งแรกในเส้นทางนี้สำหรับการวิ่งระยะสั้นในสายตะวันออกเฉียงเหนือในวันที่ 16 มกราคม พ.ศ. 2521 และขยายไปยังถนนฮีธสตรีทในวันที่ 24 เมษายน^{[ 49 ]}

แม้ว่าการขยายถนนตามแผนจะไม่เกิดขึ้น แต่ในที่สุด MBTA ก็ได้สร้างเส้นทางใหม่เพื่อใช้โดยรถราง LRV ใหม่ ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของงานถนนและท่อระบายน้ำอื่นๆ บนถนนฮันติงตัน^{[ 105 ]}งานของ MBTA ส่วนใหญ่เป็นไปตามแผนที่เสนอไว้ในทศวรรษ 1960 สะพานลอยคนเดินนอร์ทอีสเทิร์นไม่ได้รวมอยู่ด้วย ป้ายหยุดรถสามป้ายที่เสนอไว้ก่อนหน้านี้ถูกตัดออกพร้อมกับถนนพาร์เกอร์ ป้ายหยุดรถที่เหลือที่บริกแฮมเซอร์เคิลลองวูดเมดิคอลแอเรียมิวเซียม-รักเกิลส์และนอร์ทอีสเทิร์นได้รับการสร้างใหม่ด้วยชานชาลาที่กว้างและยาวขึ้น ในวันที่ 21 มีนาคม 1980 บริการถูกลดลงเหลือเพียงรถรับส่งซิมโฟนี-พาร์คสตรีท (ดำเนินการโดยรถราง LRV) เพื่อให้สามารถดำเนินการก่อสร้างได้ โดยมีรถประจำทางสาย 39 กลับมาให้บริการอีกครั้ง^{[ 106 ] [ 49 ]}รถรับส่งได้ขยายไปยังนอร์ทอีสเทิร์นในวันที่ 21 มิถุนายน และบริกแฮมเซอร์เคิลในวันที่ 20 กันยายน^{[ 49 ]}ซิมโฟนีปิดให้บริการในวันที่ 3 มกราคม 1981 ในช่วงวิกฤตงบประมาณ^{[ 107 ] [ 49 ]}การฟื้นฟูการให้บริการในส่วนนอกของเส้นทาง ซึ่งเดิมกำหนดไว้ในปี 1981 ถูกเลื่อนออกไปเนื่องจากปัญหางบประมาณ^{[ 106 ] [ 108 ]}ในที่สุดการให้บริการ Arborway ก็กลับมาดำเนินการอีกครั้งในวันที่ 26 มิถุนายน 1982 รวมถึงการเลี้ยวสั้นๆ ที่ Heath Street ในช่วงชั่วโมงเร่งด่วนและการเปิดให้บริการ Symphony อีกครั้ง^{[ 49 ] [ 109 ] [ 110 ]}

บริการรถไฟสาย Heath Street ได้ขยายไปยัง Lechmere เมื่อวันที่ 2 มกราคม พ.ศ. 2526 พายุหิมะเมื่อวันที่ 11 กุมภาพันธ์ทำให้สาย Arborway ปิดให้บริการชั่วคราว มีการจัดรถรับส่ง Lechmere–Government Center เพื่อทดแทนรถไฟสาย Heath Street สาย Arborway เปิดให้บริการอีกครั้งอย่างรวดเร็ว แต่เส้นทางรถไฟสาย Heath Street ยังไม่กลับมาให้บริการ รถรับส่งให้บริการจนถึงวันที่ 26 มีนาคม^{[ 49 ]}ตั้งแต่วันที่ 12 ตุลาคมถึง 11 พฤศจิกายน พ.ศ. 2526 เส้นทางรถไฟถูกตัดเหลือเพียงBrigham Circle (โดยใช้รถไฟรางเบาแบบสองหัว) เนื่องจากมี การก่อสร้าง Southwest Corridorใกล้กับ Arborway โดยมีรถประจำทางสาย 39 ให้บริการ^{[ 49 ]}เส้นทางรถไฟสาย Heath Street กลับมาให้บริการอีกครั้งในวันที่ 18 กันยายน พ.ศ. 2527 โดยใช้รถไฟรางเบา^{[ 49 ]}

เมื่อวันที่ 28 ธันวาคม พ.ศ. 2528 รถรางสาย Arborway Line ถูกแทนที่อย่างไม่มีกำหนดด้วยรถประจำทาง สาย 39 (Arborway– Copley ) เนื่องจากมีการก่อสร้างถนนบนถนน Huntington Avenue ส่งผลให้รถราง PCC บนสายสีเขียวต้องหยุดให้บริการ แม้ว่ารถรางจะยังคงให้บริการบน สาย Mattapan Lineต่อ ไป ^{[ 49 ]}บริการรถราง LRV กลับมาให้บริการที่ Brigham Circle อีกครั้งในวันที่ 26 กรกฎาคม พ.ศ. 2529 โดยสถานีปลายทางในตัวเมืองคือ Lechmere ในวันธรรมดา และ Government Center ในช่วงกลางคืนและวันหยุดสุดสัปดาห์^{[ 49 ]}เมื่อวันที่ 20 มิถุนายน พ.ศ. 2530 บริการรถราง Brigham Circle ทั้งหมดได้ขยายไปยัง Lechmere โดยใช้รถราง LRV รุ่น Type 7 รุ่นใหม่กว่ามาแทนที่รถราง Boeing LRV ^{[ 49 ]}บริการรถราง Heath Street กลับมาให้บริการอีกครั้งในวันที่ 4 พฤศจิกายน พ.ศ. 2532 แต่รถประจำทางสาย 39 ยังคงให้บริการทั้งหมดทางใต้ของถนน Heath Street ^{[ 49 ]}ในเดือนธันวาคมนั้น รถประจำทางสาย 39 ได้ขยายไปยังสถานี Back Bayเพื่อเชื่อมต่อกับ สาย สีส้มค่าโดยสารลดลงจากราคารถไฟใต้ดินเหลือราคารถประจำทาง^{[ 49 ]}ในปี 1990 เส้นทาง Centre Street/South Huntington Avenue เป็น เส้นทาง รถประจำทาง MBTA ที่มีผู้โดยสารมากที่สุด โดยมีผู้โดยสาร 19,040 คนต่อวันในเส้นทางที่ 39 ^{[ 111 ]}ตั้งแต่ปี 2000 ถึง 2017 รถประจำทางใช้เส้นทางวนรอบ - ซึ่งเดิมสร้างขึ้นสำหรับสายสีเขียว แต่ไม่เคยถูกใช้โดยรถไฟโดยสาร - ที่Forest Hills ^{[ 49 ]}

การฟื้นฟูการให้บริการสาย E ไปยัง Arborway กลายเป็นประเด็นถกเถียงกัน ชาว Jamaica Plain ส่วนใหญ่ต้องการให้สายนี้กลับมา ในขณะที่ MBTA ไม่ต้องการกลับมาใช้ส่วนที่วิ่งบนถนนยาวๆ นั้นอีก^{[ 112 ]}การศึกษาในปี 1987 พบว่าการฟื้นฟูการให้บริการไปยัง Arborway จะมีค่าใช้จ่ายในการก่อสร้าง 37.4 ล้านดอลลาร์ และค่าใช้จ่ายในการดำเนินงานประจำปี 5.9 ล้านดอลลาร์ แต่จะดึงดูดผู้โดยสารได้มากกว่าบริการรถโดยสาร^{[ 113 ]}เพื่อยุติคดีความกับมูลนิธิกฎหมายอนุรักษ์สำนักงานบริหารการขนส่งและการก่อสร้างแห่งรัฐแมสซาชูเซตส์ (EOTC) ตกลงที่จะลดผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมจากการปล่อยมลพิษจากรถยนต์ที่เพิ่มขึ้นเนื่องจากโครงการ Central Artery/Tunnelในปี 2000 คำสั่งยินยอมทางปกครอง (ACO) ยืนยันข้อผูกพันของโครงการเฉพาะ รวมถึงการฟื้นฟูการให้บริการรถรางเลยถนน Heath ไปยัง Arborway การฟื้นฟูยังรวมอยู่ในแผนปฏิบัติการของรัฐสำหรับพระราชบัญญัติอากาศสะอาด (SIP) ซึ่งเป็นข้อกำหนดของสำนักงานคุ้มครองสิ่งแวดล้อมเนื่องจากการไม่บรรลุมาตรฐานคุณภาพอากาศแวดล้อมแห่งชาติ^{[ 114 ] [ 115 ]} หลังจากมีการคัดค้านจาก MBTA และชุมชนบางส่วน ข้อตกลงที่แก้ไขแล้วส่งผลให้มีการแทนที่ด้วยโครงการอื่น ๆ ที่มีประโยชน์ต่อคุณภาพอากาศในระดับภูมิภาค ที่คล้ายคลึงกัน แม้ว่าจะไม่ได้จำกัดอยู่เฉพาะบริเวณทางเดินสาย E อีกต่อไป EOTC สัญญาว่าจะพิจารณาการปรับปรุงการขนส่งอื่น ๆ ในทางเดิน Arborway ^{[ 116 ]}

การศึกษาในปี 2547 ระบุว่า เนื่องจากรางรถรางไปยัง Arborway จะวิ่งบนถนน South และ Centre การจราจรของรถรางจะทำให้การจราจรติดขัดในพื้นที่เพิ่มขึ้น และอาจกีดขวางรถฉุกเฉินได้ สมาชิกสภาJohn Tobinได้ขอให้ MBTA รื้อถอนรางรถรางในเดือนมีนาคม 2548 ซึ่งในขณะนั้นรางรถราง (รวมถึงเสาเหนือศีรษะ) ได้เสื่อมสภาพจนไม่สามารถใช้งานได้^{[ 117 ]}คณะกรรมการ Arborway ได้ยื่นฟ้องในปี 2550 แต่ศาลอุทธรณ์ได้ตัดสินในเดือนมกราคม 2554 ว่าการฟ้องร้องนั้นล่าช้าไปถึงสิบปี จึงไม่สามารถนำมาพิจารณาได้ ซึ่งเป็นการยุติความพยายามใดๆ ในการฟื้นฟูบริการรถรางในอนาคตอันใกล้^{[ 118 ]}เสาเหนือศีรษะที่เหลืออยู่ประมาณ 140 ต้นถูกรื้อถอนโดย MBTA ในช่วงปลายปี 2566 ^{[ 119 ]}เมืองบอสตันได้เสนอให้ขยายสาย E ไปทางใต้ไปยัง Hyde Square ในJamaica Plain ^{[ 120 ]}

มีการเพิ่มเลนเฉพาะบนถนนหลายสายในบอสตันระหว่างการปิดให้บริการรถไฟฟ้าสายสีส้มในเดือนสิงหาคม-กันยายน 2022สี่ส่วนซึ่งทั้งหมดใช้โดยรถประจำทางสาย 39 ได้ถูกทำให้เป็นเลนถาวร ได้แก่ ถนนบอยล์สตันจากถนนวงแหวนไปยังถนนแคลเรนดอน ถนนแคลเรนดอนจากถนนบอยล์สตันไปยังถนนโคลัมบัส ถนนเซนต์เจมส์จากบริเวณใกล้ถนนเบิร์กลีย์ไปยังถนนดาร์ทมัธ และถนนฮันติงตันจากวงเวียนบริกแฮมไปยังถนนเกนส์โบโร (สาย 39 และ66 ) ^{[ 121 ]}ในเดือนกันยายน 2023 MBTA ระบุว่าเลนบนถนนฮันติงตันช่วยประหยัดเวลาได้ถึงสองนาทีต่อการเดินทางในช่วงชั่วโมงเร่งด่วน^{[ 122 ]}ในเดือนพฤษภาคม 2022 MBTA ได้เผยแพร่ร่างแผนสำหรับการออกแบบเครือข่ายใหม่ทั่วทั้งระบบ ร่างดังกล่าวเสนอให้ขยายเส้นทางสาย 39 ไปยังพอร์เตอร์ผ่านเซ็นทรัลและเฟนเวย์โดยรับช่วงต่อบางส่วนของเส้นทางสาย47 , 91และ87ส่วนจากถนนลองวูดไปยังแบ็คเบย์จะถูกยกเลิก^{[ 123 ] [ 124 ]}แผนเครือข่ายฉบับร่างเดือนพฤศจิกายน 2022 ได้เปลี่ยนเส้นทางสาย 39 กลับไปใช้เส้นทางเดิม โดยขยายเส้นทางสาย 47 ไปยังUnion Squareแทน ซึ่งมีความถี่ในการให้บริการมากกว่า ^{[ 125 ] [ 126 ]}การเปลี่ยนแปลงการให้บริการมีผลตั้งแต่วันที่ 24 สิงหาคม 2025 โดยขยายเวลาการให้บริการออกไปอีกหนึ่งชั่วโมงในเย็นวันศุกร์และวันเสาร์^{[ 127 ]}ตั้งแต่วันที่ 14 ธันวาคม 2025 เส้นทางสาย 39 จะให้บริการทุกๆ 15 นาทีหรือน้อยกว่านั้นในช่วงเวลาทำการปกติ^{[ 128 ]}

เมื่อวันที่ 20 ตุลาคม พ.ศ. 2539 แม่น้ำมัดดี้ได้ท่วมสถานีรถไฟใต้ดินสายกลาง สาย E ถูกแทนที่ด้วยรถบัส บริการกลับมาให้บริการอีกครั้งที่สถานี Northeastern ในวันที่ 25 ตุลาคม สถานี Brigham Circle ในวันที่ 9 พฤศจิกายน และสถานี Heath Street ในวันที่ 7 ธันวาคม^{[ 49 ]}ตั้งแต่วันที่ 24 กรกฎาคม ถึง 17 ธันวาคม พ.ศ. 2543 เส้นทางถูกตัดเหลือเพียงสถานี Brigham Circle เพื่อซ่อมแซมรางรถไฟบนถนน South Huntington Avenue โดยมีเส้นทาง 39 เพิ่มบริการรถด่วนเข้ามา^{[ 49 ]}

ในช่วงต้นทศวรรษ 2000 MBTA ได้ปรับปรุงสถานีจอดรถโดยสารหลักๆ บนพื้นดินด้วยชานชาลายกสูงเพื่อให้เข้าถึงได้ง่ายขึ้นซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของโครงการการเข้าถึงรถไฟฟ้ารางเบา มีการติดตั้ง ลิฟต์แบบพกพาที่สถานี Heath Street และMuseum of Fine Arts ประมาณปี 2000 เป็นมาตรการชั่วคราว^{[ 129 ] [ 130 ]}ในช่วงกลางปี ​​2002 รถโดยสารประจำทางได้เข้ามาให้บริการแทนในช่วงสุดสัปดาห์เพื่อให้สามารถก่อสร้างสถานีได้^{[ 49 ]}ชานชาลาที่เข้าถึงได้ง่ายที่สถานี Northeastern, Museum of Fine Arts, Longwood, Brigham Circle และ Heath Street ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของการปรับปรุงสถานีสาขา B, C และ E จำนวน 13 แห่ง มูลค่า 32 ล้านดอลลาร์ เสร็จสมบูรณ์ในปี 2003 ^{[ 131 ] [ 132 ]}สถานี Prudential ได้รับการปรับปรุงให้เข้าถึงได้ง่ายในปี 2002–03 ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของการก่อสร้างอาคาร111 Huntington Avenueที่อยู่ใกล้เคียง^{[ 133 ] [ 134 ]}

ตั้งแต่วันที่ 28 มิถุนายน 2547 ถึงวันที่ 12 พฤศจิกายน 2548 บริการสาย E ถูกลดลงเหลือเพียงสถานี North Stationเนื่องจากทางยกระดับ Causeway Streetถูกแทนที่ด้วยอุโมงค์ใหม่^{[ 49 ]}งานซ่อมบำรุงรางทำให้เส้นทางถูกลดลงเหลือเพียง Brigham Circle ตั้งแต่วันที่ 2 กันยายน ถึง 30 ธันวาคม 2549 ^{[ 49 ]}มีการให้บริการรถไฟสามตู้ในเส้นทางนี้เป็นระยะเวลาสั้นๆ เริ่มตั้งแต่วันที่ 21 มีนาคม 2554 ^{[ 49 ]}บริการถูกลดลงเหลือเพียงสถานี North Station ตั้งแต่วันที่ 30 เมษายน ถึง 4 พฤศจิกายน 2554 เนื่องจากมีการปรับปรุงScience Park ^{[ 49 ]}

เนื่องจากการลดบริการหลายครั้งอันเนื่องมาจากวิกฤตงบประมาณ บริการในช่วงสุดสัปดาห์จึงถูกตัดไปที่ Brigham Circle เมื่อวันที่ 1 กรกฎาคม 2555 ^{[ 49 ]}การลดบริการดังกล่าวไม่เป็นที่ชื่นชอบของผู้อยู่อาศัยในท้องถิ่น ซึ่งมองว่าเป็นความไม่สะดวกที่ไม่จำเป็น^{[ 135 ]}เมื่อวันที่ 13 ตุลาคม 2555 การลดบริการดังกล่าวถูกยกเลิกอย่างเงียบๆ โดยการลดความถี่ในการเดินรถในสายย่อยลงเล็กน้อย ทำให้สามารถใช้อุปกรณ์เดียวกันครอบคลุมเส้นทางทั้งหมดได้โดยไม่มีค่าใช้จ่ายเพิ่มเติม^{[ 136 ]}การเปลี่ยนแปลงนี้ได้รับการประกาศอย่างเป็นทางการในตารางเวลาวันที่ 29 ธันวาคม 2555 ^{[ 49 ]}

ตั้งแต่วันที่ 3–29 สิงหาคม 2563 บริการรถไฟสาย Prudential–Heath Street ถูกแทนที่ด้วยรถบัสเพื่อให้สามารถดำเนินการซ่อมแซมรางรถไฟได้อย่างรวดเร็ว มีการเปลี่ยนทางข้ามระดับ 7 แห่งและ รางรถไฟยาว 9,500 ฟุต (2,900 เมตร)ในระหว่างการปิดให้บริการ^{[ 137 ]}การปิดให้บริการเพิ่มเติมอีกหนึ่งเดือนระหว่าง Heath Street และ Brigham Circle เกิดขึ้นระหว่างวันที่ 2–29 สิงหาคม 2564 ^{[ 138 ]} การก่อสร้างเฟสแรกเพื่อปรับปรุงการเข้าถึงที่สถานี Symphony เริ่มขึ้นในปี 2566 แต่เฟสหลักถูกระงับไว้ในปี 2567 หลังจากที่ราคาประมูลสูงกว่าที่คาดไว้^{[ 139 ] [ 140 ]} 

เมื่อวันที่ 24 พฤษภาคม 2020 บริการรถไฟจาก Lechmere ไปยังสถานี North ถูกลดลงเพื่อให้สามารถรื้อถอนรถไฟยกระดับ Lechmere เก่าและ เชื่อมต่อสะพาน Lechmere ViaductกับสะพานGreen Line Extension ได้ ^{[ 49 ]}แผนเดิมสำหรับ Green Line Extension กำหนดให้สาย E วิ่งไปยังUnion Square [ ^{141 ] [ 142 ] อย่างไรก็ตาม}ในเดือนเมษายน 2021 MBTA ระบุว่าสาย E จะถูกขยายไปยัง Medford/Tufts แทน โดยสาย Dจะวิ่งไปยัง Union Square ^{[ 143 ]}สาย D และ E ถูกเลือกสำหรับการขยายเนื่องจากให้บริการพื้นที่Longwood Medical Areaสาย E ถูกกำหนดให้เป็นสาย Medford ที่ยาวกว่าเนื่องจากส่วนตะวันตกของสาย E สั้นกว่าของสาย D ^{[ 144 ]}

สาย Union Square เปิดให้บริการเป็นส่วนหนึ่งของสาย E เมื่อวันที่ 21 มีนาคม 2022 ^{[ 145 ]}ตั้งแต่วันที่ 6-20 สิงหาคม 2022 สาย E ปิดให้บริการระหว่าง Heath Street และ Copley เพื่อเปลี่ยนรางและติดตั้งระบบป้องกันรถไฟ โดย Union Square ให้บริการโดยรถไฟสาย C และ D ^{[ 146 ] [ 147 ]}ส่วนระหว่าง Union Square และ Government Center ปิดให้บริการตั้งแต่วันที่ 22 สิงหาคม ถึง 18 กันยายน 2022 เพื่อให้สามารถเชื่อมต่อสาย Medford เข้าด้วยกันอย่างสมบูรณ์ ยกเลิกข้อจำกัดความเร็วบนสะพาน Lechmere Viaduct และงานอื่นๆ^{[ 148 ]}หลังจากการปิดให้บริการ รถไฟทั้งสาย D และ E ให้บริการที่ Union Square ในวันที่ 1 พฤศจิกายน 2022 Lechmere กลายเป็นสถานีปลายทางสำหรับบริการสาย E โดยรถไฟยังคงให้บริการนอกสถานที่ไปยัง Medford/Tufts ในฐานะรถไฟทดสอบ^{[ 49 ]}บริการรายได้สาขาเมดฟอร์ดเริ่มเมื่อวันที่ 12 ธันวาคม พ.ศ. 2565 ^{[ 149 ]}

ในปี 2021 MBTA ได้ระบุแผนการปรับปรุงส่วน Heath Street–Brigham Circle ของสาย E ด้วยชานชาลาที่สามารถเข้าถึงได้เพื่อแทนที่จุดจอดที่มีอยู่ซึ่งไม่สามารถเข้าถึงได้^{[ 150 ]}ชานชาลาใหม่นี้วางแผนไว้ให้มีความยาวเพียงพอที่จะรองรับ รถไฟ ประเภท 10 ขนาด110 ฟุต (34 เมตร) ได้สองขบวน งานออกแบบเริ่มขึ้นในเดือนกรกฎาคม 2023 ^{[ 139 ] [ 140 ]}จะมีการสร้างชานชาลาที่ Riverway และ Mission Park; Fenwood Road และ Back of the Hill จะถูกปิด วงเวียน Heath Street จะถูกแทนที่ด้วยสถานีใหม่ที่สามารถรองรับการขยายไปทางใต้ในอนาคตณ เดือนธันวาคม 2025 คาดว่างานออกแบบจะแล้วเสร็จในช่วงปลายปี 2026 โดยจะเริ่มก่อสร้างในปี 2027–2029 ^{[ 151 ]}คาดว่าโครงการทั้งหมดจะมีค่าใช้จ่าย 86 ล้านดอลลาร์ในปี 2022 ^{[ 152 ]}ในปี 2026 MBTA ประเมินว่าโครงการจะมีค่าใช้จ่าย 283 ล้านดอลลาร์^{[ 153 ]}สถานีซิมโฟนีปิดให้บริการตั้งแต่วันที่ 30 พฤษภาคม 2026 เป็นเวลาประมาณสามปีเพื่อทำการปรับปรุง รวมถึงการปรับปรุงด้านการเข้าถึง^{[ 154 ]}