นอกเหนือจากเที่ยวบินของกระสวยอวกาศไป ยังมี ร์แล้ว เฟสแรกยังประกอบด้วย "ช่วง" เจ็ดช่วงบนสถานี ซึ่งเป็นเที่ยวบินระยะยาวบนมีร์โดยนักบินอวกาศชาวอเมริกัน นักบินอวกาศทั้งเจ็ดคนที่เข้าร่วมในช่วง ได้แก่ นอ ร์แมน ธาการ์ด , แชนนอน ลูซิด , จอห์น บลาฮา , เจอร์รี ลิเนนเจอร์ , ไมเคิล โฟล , เดวิด วูล์ฟและแอนดรูว์ โทมัสต่างก็ถูกส่งตัวไปยังเมืองสตาร์ซิตี้ประเทศรัสเซียเพื่อเข้ารับการฝึกอบรมในด้านต่างๆ ของการปฏิบัติงานของมีร์และยานอวกาศโซยุซที่ใช้ในการเดินทางไปและกลับจากสถานี นักบินอวกาศยังได้รับการฝึกฝนในการเดินอวกาศนอกมีร์และเรียนภาษารัสเซียซึ่งจะใช้ตลอดภารกิจของพวกเขาในการพูดคุยกับนักบินอวกาศคนอื่นๆ บนสถานีและศูนย์ควบคุมภารกิจในรัสเซียTsUP ^{[ 10 ]}

ระหว่างการเดินทางสำรวจบนสถานีอวกาศมีร์ นักบินอวกาศได้ทำการทดลองต่างๆ รวมถึงการปลูกพืชและผลึก และถ่ายภาพโลกหลายร้อยภาพพวกเขายังช่วยในการบำรุงรักษาและซ่อมแซมสถานีอวกาศที่เสื่อมสภาพตามกาลเวลา หลังจากเกิดเหตุการณ์ต่างๆ เช่น ไฟไหม้ การชนกัน ไฟฟ้าดับ การหมุนที่ควบคุมไม่ได้ และการรั่วไหลของสารพิษ โดยรวมแล้ว นักบินอวกาศชาวอเมริกันใช้เวลาเกือบหนึ่งพันวันบนสถานีอวกาศมีร์ทำให้ NASA ได้เรียนรู้มากมายเกี่ยวกับการบินอวกาศระยะยาว โดยเฉพาะอย่างยิ่งในด้านจิตวิทยาของนักบินอวกาศและวิธีการจัดตารางการทดลองสำหรับลูกเรือบนสถานีอวกาศให้ดีที่สุด^{[ 9 ] [ 10 ]}

สถานีอวกาศ มีร์ถูกสร้างขึ้นระหว่างปี 1986 ถึง 1996 และเป็นสถานีอวกาศแบบโมดูลาร์แห่งแรกของโลก เป็นสถานีวิจัย ระยะยาวแห่งแรก ในอวกาศที่มีผู้คนอาศัยอยู่ต่อเนื่อง และก่อนหน้านี้เคยครองสถิติการมีมนุษย์อยู่ในอวกาศอย่างต่อเนื่องยาวนานที่สุด โดยขาดไปเพียง 8 วันก็จะครบ 10 ปี จุดประสงค์ ของสถานีมีร์คือการจัดหาห้องปฏิบัติการทางวิทยาศาสตร์ขนาดใหญ่ที่สามารถอยู่อาศัยได้ในอวกาศ และด้วยความร่วมมือหลายประการ รวมถึงโครงการIntercosmosและ Shuttle– Mirทำให้สถานีนี้สามารถเข้าถึงได้ในระดับนานาชาติสำหรับนักบินอวกาศจากหลายประเทศ สถานีนี้มีอยู่จนถึงวันที่ 23 มีนาคม 2001 ซึ่งในเวลานั้นสถานีถูกปลดออกจากวงโคจรโดยเจตนา และแตกออกเป็นชิ้นๆ ระหว่างการกลับเข้าสู่ชั้นบรรยากาศ^{[ 3 ]}

สถานีอวกาศ มีร์มีพื้นฐานมาจากสถานีอวกาศซาลยุตซี รีส์ที่ สหภาพโซเวียต เคยปล่อยขึ้นสู่ อวกาศ (มีการปล่อยสถานีอวกาศซาลยุตไปแล้ว 7 สถานีตั้งแต่ปี 1971) และส่วนใหญ่ให้บริการโดยยานอวกาศโซยุซที่ มีลูกเรือชาวรัสเซีย และเรือขนส่งสินค้าโปรเกรส ยานอวกาศ บูรานคาดว่าจะมาเยือนมีร์แต่โครงการถูกยกเลิกหลังจากเที่ยวบินอวกาศไร้คนขับครั้งแรก ยานอวกาศของสหรัฐฯ ที่มาเยือนใช้ ปลอกคอเชื่อมต่อ ระบบ Androgynous Peripheral Attach Systemซึ่งเดิมออกแบบมาสำหรับบูราน ติดตั้งบนตัวยึดที่เดิมออกแบบมาเพื่อใช้กับสถานีอวกาศฟรีดอมของ อเมริกา ^{[ 3 ]}

เมื่อยานอวกาศสเปซชัตเติลจอดเทียบท่าที่เมียร์ การขยายพื้นที่อยู่อาศัยและพื้นที่ทำงานชั่วคราวกลายเป็นสิ่งก่อสร้างที่ซับซ้อนซึ่งถือเป็น ยานอวกาศที่ใหญ่ที่สุดในโลกในขณะนั้น โดยมีมวลรวม250 เมตริกตัน(250 ลองตัน; 280 ชอ ร์ตตัน) ^{[ 3 ] [ 11 ]}

ยานอวกาศสเปซชัตเติลเป็น ระบบ ยานอวกาศโคจรต่ำรอบโลกที่สามารถนำกลับมาใช้ใหม่ได้ บางส่วน ซึ่งดำเนินการโดย องค์การบริหารการบินและอวกาศแห่งชาติ ของสหรัฐอเมริกา (NASA) ตั้งแต่ปี 1981 ถึง 2011 ภายใต้ โครงการสเปซชัตเติลชื่อโครงการอย่างเป็นทางการคือระบบขนส่งอวกาศ (Space Transportation System หรือ STS)ซึ่งมาจากแผนในปี 1969 สำหรับระบบยานอวกาศที่สามารถนำกลับมาใช้ใหม่ได้โดยเป็นรายการเดียวที่ได้รับทุนสนับสนุนสำหรับการพัฒนา^{[ 12 ]}เที่ยวบินทดสอบโคจรครั้งแรกจากทั้งหมดสี่ครั้งเกิดขึ้นในปี 1981 นำไปสู่การเริ่มบินปฏิบัติการในปี 1982 นอกจากต้นแบบซึ่งการสร้างถูกยกเลิกแล้ว ยังมีการสร้างระบบสเปซชัตเติลที่สมบูรณ์อีกห้าระบบและใช้ในภารกิจทั้งหมด 135 ภารกิจตั้งแต่ปี 1981 ถึง 2011 โดยปล่อยจากศูนย์อวกาศเคนเนดี (KSC) ในฟลอริดา เวลาปฏิบัติภารกิจรวมของกองยานสเปซชัตเติลคือ 1322 วัน 19 ชั่วโมง 21 นาที และ 23 วินาที^{[ 13 ]}

ยานอวกาศสเปซชัตเติลบรรทุกสัมภาระขนาดใหญ่ไปยังวงโคจรต่างๆ และในระหว่างโครงการสเปซชัตเติล- มีร์และสถานีอวกาศนานาชาติ (ISS) ได้ให้บริการหมุนเวียนลูกเรือและขนส่งเสบียง โมดูล และอุปกรณ์ต่างๆ ไปยังสถานีอวกาศ ยานสเปซชัตเติลแต่ละลำได้รับการออกแบบให้มีอายุการใช้งานที่คาดการณ์ไว้ 100 ครั้ง หรืออายุการใช้งาน 10 ปี^{[ 14 ] [ 15 ]}

ภารกิจเชื่อมต่อยานอวกาศเก้าครั้งได้ถูกส่งไปยังมีร์ตั้งแต่ปี 1995 ถึง 1997 ในช่วง "เฟสหนึ่ง": ยานอวกาศแอตแลนติส เชื่อมต่อกับ มีร์เจ็ดครั้งโดยดิสคัฟเวอรีและเอนเดเวอร์แต่ละลำส่งภารกิจเชื่อมต่อกับมีร์ หนึ่ง ครั้ง เนื่องจากยานอวกาศโคลัมเบียเป็นยานที่เก่าที่สุดและหนักที่สุดในฝูงบิน จึงไม่เหมาะสมสำหรับการปฏิบัติงานอย่างมีประสิทธิภาพที่ มุม เอียง 51.6 องศาของ มีร์ (และต่อมาของสถานีอวกาศนานาชาติ ) ดังนั้น โคลัมเบียจึงไม่ได้รับการปรับปรุงด้วยระบบล็อกอากาศภายนอกและระบบเชื่อมต่อวงโคจรที่จำเป็น และไม่เคยบินไปยังสถานีอวกาศ^{[ 16 ] [ 17 ] [ 18 ]}

ระยะที่หนึ่งของโครงการกระสวยอวกาศ- มีร์เริ่มต้นขึ้นเมื่อวันที่ 3 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2537 ด้วยการปล่อย กระสวย อวกาศดิสคัฟ เวอรี ในภารกิจที่ 18 STS-60ภารกิจแปดวันนี้เป็นเที่ยวบินกระสวยอวกาศครั้งแรกของปีนั้น เป็นเที่ยวบินแรกของนักบินอวกาศ ชาวรัสเซีย เซอร์เกย์ คริคาเลฟบนกระสวยอวกาศของอเมริกา และเป็นจุดเริ่มต้นของความร่วมมือในอวกาศที่เพิ่มขึ้นระหว่างสองประเทศ 37 ปีหลังจากที่การแข่งขันด้านอวกาศเริ่มต้นขึ้น^{[ 19 ]}ภารกิจนี้เป็นส่วนหนึ่งของข้อตกลงระหว่างประเทศ เกี่ยวกับการบินอวกาศของมนุษย์ เป็นเที่ยวบินที่สองของโมดูลปรับความดัน Spacehabและเป็นเที่ยวบินที่ 100 ของ " Getaway Special " ที่บินในอวกาศ สัมภาระหลักของภารกิจคือWake Shield Facility (หรือ WSF) ซึ่งเป็นอุปกรณ์ที่ออกแบบมาเพื่อสร้างฟิล์มเซมิคอนดักเตอร์ใหม่สำหรับอุปกรณ์อิเล็กทรอนิกส์ขั้นสูง WSF ถูกติดตั้งไว้ที่ปลาย แขนหุ่นยนต์ ของดิสคัฟเวอรีตลอดเที่ยวบิน ระหว่างภารกิจ นักบินอวกาศบนยาน ดิส คัฟเวอรียังได้ทำการทดลองต่างๆ บน โมดูล สเปซแฮบในช่องบรรทุกสัมภาระของยานออร์บิเตอร์ และมีส่วนร่วมในการเชื่อมต่อเสียงและวิดีโอแบบสองทิศทางแบบสดระหว่างตนเองกับนักบินอวกาศชาวรัสเซียสามคนบนยานมีร์ ได้แก่วาเลรี โพลยาคอฟวิคเตอร์ อฟานาซีเยฟและยูรี อูซาเชฟ (ซึ่งกำลังบิน ในภารกิจสำรวจ มีร์ LD-4 และ EO-15) ^{[ 16 ] [ 20 ] [ 21 ]}

ปี 1995 เริ่มต้นด้วยการปล่อยยานอวกาศดิสคัฟเวอรีในวันที่ 3 กุมภาพันธ์ ภารกิจSTS-63 ของดิสคัฟเวอรี เป็นเที่ยวบินยานอวกาศลำที่สองในโครงการ และเป็นเที่ยวบินแรกของยานอวกาศที่มีนักบินหญิงคือไอรีน คอลลินส์ ภารกิจ นี้ถูกเรียกว่า "ภารกิจใกล้มีร์ " เที่ยวบินแปดวันนี้ได้เห็นการนัดพบกันครั้งแรกของยานอวกาศกับมีร์โดยนักบินอวกาศชาวรัสเซียวลาดิมีร์ ติตอฟและลูกเรือที่เหลือของดิสคัฟเวอ รี เข้าใกล้มีร์ในระยะ37ฟุต(11 เมตร)หลังจากการนัดพบกัน คอลลินส์ได้ทำการบินรอบสถานี ภารกิจนี้เป็นการซ้อมใหญ่สำหรับภารกิจเชื่อมต่อครั้งแรกในโครงการSTS-71และยังได้ทำการทดสอบเทคนิคและอุปกรณ์ต่างๆ ที่จะใช้ในระหว่างภารกิจเชื่อมต่อที่ตามมาอีกด้วย^{[ 20 ] [ 22 ] [ 23 ]} 

ห้าสัปดาห์หลังจาก เที่ยว บินของดิสคัฟเวอรีการปล่อยยานโซยุซ TM-21 เมื่อวันที่ 14 มีนาคม ได้นำคณะสำรวจ EO-18 ไปยังมีร์ลูกเรือประกอบด้วยนักบินอวกาศ ชาวรัสเซีย วลาดิมีร์ เดซูรอฟและเกนนาดี สเตรคาลอฟและนักบินอวกาศของนาซา นอร์แมน ธาการ์ดซึ่งกลายเป็นชาวอเมริกันคนแรกที่เดินทางไปในอวกาศด้วยยานอวกาศโซยุซในระหว่างการสำรวจ 115 วัน โมดูลวิทยาศาสตร์ สเปกเตอร์ (ซึ่งทำหน้าที่เป็นพื้นที่อยู่อาศัยและทำงานสำหรับนักบินอวกาศชาวอเมริกัน) ถูกปล่อยขึ้น สู่อวกาศด้วย จรวดโปรตอนและเชื่อมต่อกับมีร์สเปกเตอร์บรรทุกอุปกรณ์วิจัยมากกว่า1,500 ปอนด์ (680 กิโลกรัม)จากอเมริกาและประเทศอื่นๆ ลูกเรือของการสำรวจกลับสู่โลกด้วยกระสวยอวกาศแอตแลนติสหลังจากการเชื่อมต่อกระสวยอวกาศกับมีร์ ครั้งแรก ในภารกิจSTS- 71 ^{[ 3 ] [ 9 ] [ 24 ]} 

วัตถุประสงค์หลักของ STS-71 ซึ่งปล่อยเมื่อวันที่ 27 มิถุนายน คือการที่กระสวยอวกาศแอตแลนติสจะเข้าเทียบท่าและทำการเชื่อมต่อครั้งแรกระหว่างกระสวยอวกาศของอเมริกากับสถานีอวกาศนานาชาติ เมื่อวันที่ 29 มิถุนายน แอตแลนติสได้เชื่อมต่อกับสถานี อวกาศมีร์สำเร็จกลายเป็นยานอวกาศของสหรัฐฯ ลำแรกที่เชื่อมต่อกับยานอวกาศของรัสเซีย นับตั้งแต่โครงการทดสอบอะพอลโล-โซยุซในปี 1975 ^{[ 25 ]}แอตแลนติสได้ส่งนักบินอวกาศอนาโตลี โซโลวีฟและนิโคไล บูดารินซึ่งจะเป็นลูกเรือของภารกิจ EO-19 และรับนักบินอวกาศนอร์แมน ธาการ์ด และนักบินอวกาศวลาดิมีร์ เดซูรอฟและเกนนาดี สเตรคาลอฟจากลูกเรือของภารกิจ EO-18 กลับมาแอตแลนติสยังได้ดำเนินการวิจัยวิทยาศาสตร์ชีวภาพร่วมกันระหว่างสหรัฐฯ และรัสเซียในวงโคจรบน โมดูล สเปซแล็บและดำเนินการจัดส่งเสบียงให้กับสถานีอวกาศ^{[ 20 ] [ 26 ] [ 27 ]}

เที่ยวบินสุดท้ายของกระสวยอวกาศในปี 1995 คือSTS-74เริ่มต้นด้วยการปล่อยกระสวยอวกาศแอตแลนติส ในวันที่ 12 พฤศจิกายน และนำโมดูลเชื่อมต่อ ที่สร้างโดยรัสเซีย ไปยังสถานีมีร์พร้อมกับแผงโซลาร์เซลล์คู่ใหม่และอุปกรณ์อัพเกรดอื่นๆ สำหรับสถานี โมดูลเชื่อมต่อได้รับการออกแบบมาเพื่อให้มีระยะห่างมากขึ้นสำหรับกระสวยอวกาศ เพื่อป้องกันการชนกับ แผงโซลาร์เซลล์ ของ สถานี มีร์ระหว่างการเชื่อมต่อ ซึ่งเป็นปัญหาที่ได้รับการแก้ไขในภารกิจSTS-71 โดยการย้ายโมดูล คริสตัลของสถานีไปยังตำแหน่งอื่นบนสถานี โมดูลที่ติดอยู่กับ พอร์ตเชื่อมต่อ ของคริสตัลช่วยป้องกันความจำเป็นในการใช้ขั้นตอนนี้ในภารกิจต่อๆ ไป ในระหว่างเที่ยวบินมีการถ่ายโอนน้ำ เกือบ 1,000 ปอนด์ (450 กิโลกรัม) ไปยัง สถานีมีร์และตัวอย่างการทดลองรวมถึงเลือด ปัสสาวะ และน้ำลายถูกย้ายไปยังแอตแลนติสเพื่อนำกลับมายังโลก^{[ 20 ] [ 28 ] [ 29 ] [ 30 ]} 

การมีอยู่ของสหรัฐฯ อย่างต่อเนื่องบนสถานีอวกาศมีร์เริ่มต้นในปี 1996 ด้วยการปล่อยยานอวกาศแอตแลนติส เมื่อวันที่ 22 มีนาคม ในภารกิจSTS-76ซึ่งนักบินอวกาศแชนนอน ลูซิด จากส่วนเพิ่มเติมที่สอง ได้ถูกส่งตัวไปยังสถานี ภารกิจ STS-76 เป็นภารกิจเชื่อมต่อครั้งที่สามกับสถานี อวกาศ มีร์ซึ่งยังแสดงให้เห็นถึงความสามารถด้านโลจิสติกส์ผ่านการติดตั้ง โมดูล Spacehabและวางชุดอุปกรณ์ทดลองไว้บน โมดูลเชื่อมต่อ ของ สถานีอวกาศ มีร์ซึ่งถือเป็นการเดินอวกาศ ครั้งแรก ที่เกิดขึ้นรอบยานที่เชื่อมต่อกัน การเดินอวกาศที่ดำเนินการจาก ห้องโดยสาร ของ ลูกเรือ แอตแลนติสได้มอบประสบการณ์อันมีค่าให้กับนักบินอวกาศเพื่อเตรียมพร้อมสำหรับภารกิจประกอบสถานีอวกาศนานาชาติใน ภายหลัง ^{[ 31 ]}

ลูซิดกลายเป็นสตรีชาวอเมริกันคนแรกที่อาศัยอยู่บนสถานีอวกาศ และหลังจากขยายเวลาภารกิจออกไปอีกหกสัปดาห์เนื่องจากปัญหาเกี่ยวกับจรวดขับดันแข็งของกระสวยอวกาศ ภารกิจ 188 วันของเธอได้สร้างสถิติการบินอวกาศครั้งเดียวของสหรัฐฯ ในช่วงเวลาที่ลูซิดอยู่บนสถานีอวกาศมี ร์ โมดูล พริโรดาซึ่งบรรทุกอุปกรณ์วิทยาศาสตร์ของสหรัฐฯ ประมาณ2,200 ปอนด์ (1,000 กิโลกรัม)ได้เชื่อมต่อกับสถานีอวกาศมีร์ ลูซิดใช้ทั้งพริโรดาและสเปกเตอร์ในการดำเนินการทดลองทางวิทยาศาสตร์ 28 รายการ และเป็นที่พักอาศัย^{[ 20 ] [ 32 ]} 

การพำนักของเธอบนสถานีอวกาศมีร์สิ้นสุดลงด้วยเที่ยวบินของยานอวกาศแอตแลนติสในภารกิจSTS-79ซึ่งปล่อยขึ้นสู่อวกาศเมื่อวันที่ 16 กันยายน STS-79 เป็นภารกิจกระสวยอวกาศครั้งแรกที่บรรทุกโมดูล Spacehab สองโมดูลมีการถ่ายโอนเสบียง มากกว่า 4,000 ปอนด์ (1,800 กิโลกรัม) ไปยังสถานีอวกาศ มีร์รวมถึงน้ำที่ผลิตโดยเซลล์เชื้อเพลิงของแอตแลนติสและการทดลองต่างๆ ซึ่งรวมถึงการวิจัยเกี่ยวกับตัวนำยิ่งยวดการ พัฒนา ของกระดูกอ่อนและการศึกษาทางชีววิทยาอื่นๆ นอกจากนี้ยังมีการถ่ายโอนตัวอย่างและอุปกรณ์การทดลองประมาณ2,000 ปอนด์ (910 กิโลกรัม)กลับจากสถานีอวกาศมีร์ไปยังแอตแลนติสทำให้การถ่ายโอนทั้งหมดครั้งนี้เป็นการถ่ายโอนที่ครอบคลุมมากที่สุดเท่าที่เคยมีมา^{[ 33 ]}  

ในการเชื่อมต่อสถานีอวกาศครั้งที่สี่นี้จอห์น บลาฮาได้ย้ายไป ประจำการที่ สถานีมีร์ในฐานะนักบินอวกาศประจำสถานี การประจำการของเขาบนสถานีอวกาศช่วยปรับปรุงการปฏิบัติงานในหลายด้าน รวมถึงขั้นตอนการถ่ายโอนยานอวกาศที่เชื่อมต่อแล้ว ขั้นตอนการ "ส่งมอบงาน" สำหรับลูกเรือชาวอเมริกันที่ประจำการเป็นเวลานาน และการสื่อสารทางวิทยุสมัครเล่น "แฮม"

ในระหว่างที่เขาอยู่บนยานอวกาศ มีการปฏิบัติภารกิจเดินอวกาศสองครั้ง จุดประสงค์คือเพื่อถอด ขั้วต่อ ไฟฟ้า ออกจากแผง โซลาร์เซลล์อายุ 12 ปีบนฐาน และเชื่อมต่อสายเคเบิลเข้ากับแผงโซลาร์เซลล์ใหม่ที่มีประสิทธิภาพมากกว่า โดยรวมแล้ว บลาฮาใช้เวลาสี่เดือนกับลูกเรือนักบินอวกาศของยาน Mir-22 เพื่อทำการ วิจัย ด้านวัสดุศาสตร์วิทยาศาสตร์ของไหลและวิทยาศาสตร์ชีวภาพก่อนที่จะกลับสู่โลกในปีถัดมาบนยานแอตแลนติสในภารกิจ STS- 81 ^{[ 20 ] [ 34 ]}

ในปี พ.ศ. 2540 ภารกิจ STS-81ได้เปลี่ยนตัวนักบินอวกาศ John Blaha จาก Increment เป็นJerry Linengerหลังจากที่ Blaha อยู่บนสถานีMir เป็นเวลา 118 วัน ในระหว่างการเชื่อมต่อยานอวกาศครั้งที่ห้าครั้งนี้ ลูกเรือของAtlantisได้เคลื่อนย้ายเสบียงไปยังสถานีและนำพืชชุดแรกที่เจริญเติบโตครบวงจรในอวกาศกลับสู่โลก ซึ่งเป็นข้าวสาลีที่ปลูกโดย Shannon Lucid ในระหว่างการปฏิบัติงานร่วมกันห้าวัน ลูกเรือได้ถ่ายโอนสิ่งของเกือบ6,000 ปอนด์ (2,700 กิโลกรัม)ไปยังMirและถ่ายโอนวัสดุ2,400 ปอนด์ (1,100 กิโลกรัม) กลับไปยัง Atlantis (ซึ่งเป็นปริมาณวัสดุที่ถ่ายโอนระหว่างยานอวกาศทั้งสองลำมากที่สุดจนถึงขณะนั้น) ^{[ 35 ]}  

ลูกเรือ STS-81 ยังได้ทดสอบ ระบบ แยกการสั่นสะเทือนและการรักษาเสถียรภาพของกระสวยอวกาศ (TVIS) ซึ่งออกแบบมาเพื่อใช้ในโมดูลZvezdaของสถานีอวกาศนานาชาติ มีการจุดเครื่องยนต์ไอพ่นขนาดเล็กของกระสวยอวกาศระหว่างการปฏิบัติการเชื่อมต่อเพื่อรวบรวมข้อมูลทางวิศวกรรมสำหรับการ "เร่ง" สถานีอวกาศนานาชาติ หลังจากแยกตัวออกจากสถานีแอตแลนติสได้บินวนรอบสถานีมีร์โดยทิ้งลิเนนเจอร์ไว้บนสถานี^{[ 20 ] [ 35 ]}

ระหว่างช่วง Increment ของเขา Linenger กลายเป็นชาวอเมริกันคนแรกที่ทำการเดินอวกาศจากสถานีอวกาศต่างประเทศ และเป็นคนแรกที่ทดสอบ ชุดอวกาศ Orlan-M ที่สร้างโดยรัสเซีย ร่วมกับนักบินอวกาศชาวรัสเซียVasili Tsibliyevลูกเรือทั้งสามคนของภารกิจ EO-23 ได้ทำการ "บินวนรอบ" ในยานอวกาศ Soyuz โดยเริ่มจากการแยกตัวออกจากพอร์ตเชื่อมต่อของสถานี จากนั้นจึงบินไปยังและเชื่อมต่อแคปซูลอีกครั้งที่ตำแหน่งอื่น ทำให้ Linenger เป็นชาวอเมริกันคนแรกที่แยกตัวออกจากสถานีอวกาศโดยใช้ยานอวกาศสองลำที่แตกต่างกัน (Space Shuttle และ Soyuz) ^{[ 24 ]}

ลิเนนเจอร์และเพื่อนร่วมทีมชาวรัสเซียของเขา วาซีลี ซิบลีเยฟ และอเล็กซานเดอร์ ลาซุตกินต้องเผชิญกับความยากลำบากหลายประการระหว่างภารกิจ ซึ่งรวมถึงเหตุเพลิงไหม้ที่รุนแรงที่สุดบนยานอวกาศที่โคจรอยู่ (เกิดจากอุปกรณ์สร้างออกซิเจนสำรอง) ความล้มเหลวของระบบต่างๆ บนยาน การเกือบชนกับ ยานขนส่งเสบียง Progressระหว่างการทดสอบระบบเชื่อมต่อระยะไกลด้วยตนเอง และการสูญเสียพลังงานไฟฟ้าทั้งหมดของสถานี การไฟฟ้าดับยังทำให้สูญเสียการควบคุมทิศทางซึ่งนำไปสู่การ "หมุน" อย่างควบคุมไม่ได้ในอวกาศ^{[ 3 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 20 ]}

นักบินอวกาศ NASA คนต่อไปที่อยู่บนMirคือMichael Foale Foale และElena Kondakova ผู้เชี่ยวชาญภารกิจชาวรัสเซีย ขึ้นยานAtlantisจากMirในภารกิจSTS-84ลูกเรือ STS-84 ถ่ายโอนสิ่งของ 249 รายการระหว่างยานอวกาศทั้งสองลำ พร้อมด้วยน้ำ ตัวอย่างการทดลอง เสบียง และฮาร์ดแวร์ หนึ่งในสิ่งของแรกๆ ที่ถ่ายโอนไปยังMirคือเครื่องกำเนิดออกซิเจน Elektron ยานAtlantisหยุดสามครั้งขณะถอยห่างระหว่างลำดับการแยกตัวในวันที่ 21 พฤษภาคม จุดประสงค์คือเพื่อรวบรวมข้อมูลจากอุปกรณ์เซ็นเซอร์ของยุโรปที่ออกแบบมาสำหรับการนัดพบกันในอนาคตของยานAutomated Transfer Vehicle (ATV) ของESAกับสถานีอวกาศนานาชาติ^{[ 20 ] [ 36 ]}

ภารกิจของ Foale ดำเนินไปค่อนข้างปกติจนกระทั่งวันที่ 25 มิถุนายน เมื่อเรือขนส่งเสบียงชนกับแผงโซลาร์เซลล์บน โมดูล Spektrระหว่างการทดสอบครั้งที่สองของระบบเชื่อมต่อแบบแมนนวล Progress หรือ TORU เปลือกนอกของโมดูลถูกชนและเป็นรู ทำให้สถานีสูญเสียความดัน นี่เป็นการลดความดันในวงโคจรครั้งแรกในประวัติศาสตร์การบินอวกาศ ลูกเรือตัดสายเคเบิลที่เชื่อมไปยังโมดูลอย่างรวดเร็วและปิด ประตู ของ Spektrเพื่อป้องกันไม่ให้ต้องสละสถานีโดยใช้ยานชูชีพ Soyuz ความพยายามของพวกเขาช่วยรักษาระดับความดันอากาศของสถานีให้คงที่ ในขณะที่ความดันในSpektr ซึ่งบรรจุการทดลองและสิ่งของส่วนตัวของ Foale จำนวนมาก ลดลงจนเป็นสุญญากาศ โชคดีที่อาหาร น้ำ และเสบียงสำคัญอื่นๆ ถูกเก็บไว้ในโมดูลอื่นๆ และความพยายามในการกู้ภัยและการวางแผนใหม่โดย Foale และชุมชนวิทยาศาสตร์ช่วยลดการสูญเสียข้อมูลการวิจัยและความสามารถให้น้อยที่สุด^{[ 9 ] [ 20 ]}

เพื่อพยายามฟื้นฟูพลังงานและระบบบางส่วนที่สูญเสียไปหลังจากการแยกSpektr ออก และเพื่อพยายามค้นหาจุดรั่วAnatoly Solovyevผู้บัญชาการคนใหม่ของ MirและPavel Vinogradov วิศวกรการบินได้ดำเนินการกู้ซากในภายหลังของภารกิจ พวกเขาเข้าไปในโมดูลที่ว่างเปล่าระหว่างการเดินอวกาศที่เรียกว่า "IVA" ตรวจสอบสภาพของฮาร์ดแวร์และเดินสายเคเบิลผ่านช่องพิเศษจากระบบของSpektrไปยังส่วนที่เหลือของสถานี หลังจากการตรวจสอบเบื้องต้นเหล่านี้ Foale และ Solovyev ได้ทำการเดินอวกาศ (EVA) เป็นเวลา 6 ชั่วโมงบนพื้นผิวของSpektrเพื่อตรวจสอบโมดูลที่เสียหาย^{[ 20 ] [ 37 ]}

หลังจากเหตุการณ์เหล่านี้ รัฐสภาสหรัฐฯ และนาซาได้พิจารณาว่าจะยกเลิกโครงการหรือไม่เนื่องจากกังวลเกี่ยวกับความปลอดภัยของนักบินอวกาศ แต่ผู้บริหารนาซาแดเนียล โกลดินตัดสินใจที่จะดำเนินโครงการต่อไป^{[ 10 ]}เที่ยวบินถัดไปไปยังมีร์ STS -86ได้นำนักบินอวกาศเดวิด วูล์ฟไปยังสถานี

ภารกิจ STS-86 ได้ทำการเชื่อมต่อยานอวกาศ Shuttle กับ สถานีอวกาศ Mir ครั้งที่ 7 ซึ่งเป็นครั้งสุดท้ายของปี 1997 ในระหว่าง ที่ยาน Atlantis จอดอยู่ที่ สถานีอวกาศสมาชิกทีม Titov และ Parazynski ได้ทำการปฏิบัติการนอกยานอวกาศร่วมกันครั้งแรกระหว่างสหรัฐฯ และรัสเซียในภารกิจ Shuttle และเป็นครั้งแรกที่ชาวรัสเซียสวมชุดอวกาศของสหรัฐฯ ในระหว่างการเดินอวกาศเป็นเวลา 5 ชั่วโมง ทั้งคู่ได้ติดตั้งฝาครอบแผงโซลาร์เซลล์หนัก 121 ปอนด์ (55 กิโลกรัม) เข้ากับ โมดูลเชื่อมต่อเพื่อเตรียมพร้อมสำหรับการพยายามอุดรอยรั่วใน ตัวยาน Spektr ในอนาคต ภารกิจนี้ได้นำ Foale กลับสู่โลกพร้อมกับตัวอย่าง อุปกรณ์ และเครื่องกำเนิดออกซิเจน Elektron รุ่นเก่า และส่ง Wolf ไปยังสถานีอวกาศเพื่อเตรียมพร้อมสำหรับภารกิจ 128 วันของเขา เดิมที Wolf มีกำหนดจะเป็นนักบินอวกาศคนสุดท้ายของ Mirแต่ได้รับเลือกให้ไปในภารกิจนี้แทนนักบินอวกาศWendy Lawrenceเนื่องจาก Lawrence ถูกตัดสิทธิ์การบินเนื่องจากการเปลี่ยนแปลงข้อกำหนดของรัสเซียหลังจากการชนกันของยานขนส่ง Progress กฎใหม่กำหนดให้ลูกเรือMir ทุกคนต้องได้รับการฝึกฝนและพร้อมสำหรับการเดินอวกาศ แต่ชุดอวกาศของรัสเซียไม่สามารถเตรียมให้ลอว์เรนซ์ได้ทันเวลาสำหรับการปล่อย ^{[ 20 ] [ 38 ]} 

ปีสุดท้ายของเฟสหนึ่งเริ่มต้นด้วยการบินของกระสวยอวกาศเอน เดเวอร์ ในภารกิจ STS-89ภารกิจนี้ส่งนักบินอวกาศSalizhan SharipovไปยังMirและแทนที่ David Wolf ด้วยAndy Thomasหลังจากที่ Wolf ปฏิบัติภารกิจเป็นเวลา 119 วัน^{[ 20 ] [ 39 ]}

ในระหว่างช่วงเวลาสุดท้ายของโครงการ โทมัสได้ทำการวิจัยทางวิทยาศาสตร์ 27 เรื่องในด้านเทคโนโลยีขั้นสูงวิทยาศาสตร์โลกวิทยาศาสตร์ชีวภาพของมนุษย์ การวิจัยเกี่ยวกับสภาวะไร้แรงโน้มถ่วง และการลดความเสี่ยงของสถานีอวกาศนานาชาติ การพำนักของเขาบนสถานีอวกาศมีร์ซึ่งถือว่าราบรื่นที่สุดในโครงการเฟสหนึ่งทั้งหมด มีการส่ง "จดหมายจากนอกสถานี" รายสัปดาห์จากโทมัส และทำลายสถิติสำคัญสองประการเกี่ยวกับระยะเวลาการบินในอวกาศ ได้แก่ นักบินอวกาศชาวอเมริกันอยู่ในอวกาศติดต่อกัน 815 วัน นับตั้งแต่การปล่อยยานแชนนอน ลูซิด ในภารกิจ STS-76 ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2539 และนักบินอวกาศชาวอเมริกันพำนักอยู่บนสถานี อวกาศมีร์ 907 วันนับตั้งแต่การเดินทางของนอร์แมน ธาการ์ดไปยังสถานีอวกาศมีร์ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2538 ^{[ 20 ] [ 40 ]}

โทมัสเดินทางกลับสู่โลกในภารกิจ กระสวยอวกาศ- มีร์ ครั้งสุดท้าย STS-91ภารกิจนี้ปิดฉากเฟสแรก โดยลูกเรือ EO-25 และ STS-91 ได้ถ่ายโอนน้ำไปยังมีร์และแลกเปลี่ยนสินค้าทดลองและเสบียงเกือบ4,700 ปอนด์ (2,100 กิโลกรัม)ระหว่างยานอวกาศทั้งสองลำ การทดลองระยะยาวของอเมริกาที่เคยอยู่บนมีร์ก็ถูกย้ายไปยังดิสคัฟเวอ รี ด้วย ประตูถูกปิดเพื่อแยกตัวออกจากกันเวลา 9:07 น. ตาม เวลาฤดูร้อนตะวันออก (EDT) ในวันที่ 8 มิถุนายน และยานอวกาศแยกตัวออกจากกันเวลา 12:01 น. EDT ในวันนั้น^{[ 20 ] [ 41 ] [ 42 ]}   

เมื่อยานดิสคัฟเวอรี ลงจอด เมื่อวันที่ 12 มิถุนายน พ.ศ. 2541 โครงการเฟสหนึ่งก็สิ้นสุดลง เทคนิคและอุปกรณ์ที่พัฒนาขึ้นในระหว่างโครงการนี้ได้ช่วยในการพัฒนาเฟสสอง: การประกอบสถานีอวกาศนานาชาติ (ISS) ในขั้นต้น การมาถึงของโมดูลห้องปฏิบัติการเดสตินีในปี พ.ศ. 2544 ถือเป็นการสิ้นสุดเฟสสองและเริ่มต้นเฟสสาม ซึ่งเป็นการติดตั้งอุปกรณ์ขั้นสุดท้ายของสถานี ซึ่งเสร็จสมบูรณ์ในปี พ.ศ. 2555 ^{[ 43 ]}

ในปี 2558 การปรับโครงสร้างส่วนของอเมริกาเสร็จสมบูรณ์เพื่อให้พอร์ตเชื่อมต่อสามารถรองรับยานอวกาศเชิงพาณิชย์ที่ได้รับการสนับสนุนจาก NASA ซึ่งคาดว่าจะเริ่มเข้าเยี่ยมชม ISS ในปี 2561 ^{[ 44 ]}

ข้อมูล ณ เดือนมิถุนายน พ.ศ. 2558สถานีอวกาศนานาชาติ (ISS) มีปริมาตรความดัน915 ลูกบาศก์เมตร (32,300 ลูกบาศก์ฟุต)และโมดูลความดันมีความยาว รวม 51 เมตร (167 ฟุต) บวกกับโครงสร้างโครงถักขนาดใหญ่ที่ทอดยาว 109 เมตร (358 ฟุต)ทำให้เป็นยานอวกาศที่ใหญ่ที่สุดเท่าที่เคยประกอบมา^{[ 45 ]}สถานีที่สร้างเสร็จแล้วประกอบด้วยห้องปฏิบัติการ 5 ห้อง และสามารถรองรับลูกเรือได้ 6 คน ด้วยปริมาตรที่อยู่อาศัยได้มากกว่า332 ลูกบาศก์เมตร (11,700 ลูกบาศก์ฟุต)และมวล400,000 กิโลกรัม (880,000 ปอนด์)สถานีที่สร้างเสร็จแล้วจึงมีขนาดใหญ่เกือบสองเท่าของยานอวกาศ Shuttle– Mir ที่รวมกัน ^{[ 45 ]}       

ระยะที่สองและสามมีจุดประสงค์เพื่อสานต่อความร่วมมือระหว่างประเทศในอวกาศและการวิจัยทางวิทยาศาสตร์ในสภาวะไร้แรงโน้มถ่วง โดยเฉพาะอย่างยิ่งเกี่ยวกับการบินอวกาศระยะยาว ในฤดูใบไม้ผลิปี 2015 Roscosmos , NASA และCanadian Space Agency (CSA) ได้ตกลงที่จะขยายภารกิจของ ISS จากปี 2020 เป็นปี 2024 ^{[ 46 ]}

ในปี 2018 ได้มีการขยายระยะเวลาออกไปจนถึงปี 2030 ^{[ 47 ]}ผลการวิจัยนี้จะให้ข้อมูลจำนวนมากสำหรับการสำรวจดวงจันทร์ ในระยะยาว และการบินไปยังดาวอังคาร^{[ 48 ]}

หลังจากการปล่อยสถานีอวกาศMir ออกจากวงโคจรโดยเจตนา เมื่อวันที่ 23 มีนาคม พ.ศ. 2544 สถานีอวกาศนานาชาติ (ISS) จึงกลายเป็นสถานีอวกาศเพียงแห่งเดียวที่โคจรรอบโลก^{[ 49 ]}และยังคงรักษาสถานะดังกล่าวไว้จนกระทั่งการปล่อยห้องปฏิบัติการอวกาศเทียนกง-1 ของจีนเมื่อวันที่ 29 กันยายน พ.ศ. 2554 ^{[ 50 ]}

มรดก ของ Mirยังคงอยู่ต่อไปในสถานี โดยรวบรวมหน่วยงานอวกาศ 5 แห่งเข้าด้วยกันเพื่อการสำรวจ และอนุญาตให้หน่วยงานอวกาศเหล่านั้นเตรียมพร้อมสำหรับการก้าวไปสู่อวกาศครั้งต่อไป ไม่ว่าจะเป็นดวงจันทร์ ดาวอังคาร และที่อื่นๆ^{[ 51 ]}

การวิพากษ์วิจารณ์โครงการส่วนใหญ่เกี่ยวข้องกับความปลอดภัยของสถานีมิร์ ที่เก่าแก่ โดยเฉพาะอย่างยิ่งหลังจากเกิดไฟไหม้บนสถานีและการชนกับเรือขนส่งเสบียงโปรเกรสในปี 1997 ^{[ 10 ]}

ไฟไหม้ซึ่งเกิดจากการทำงานผิดปกติของเครื่องกำเนิดออกซิเจนเชื้อเพลิงแข็ง สำรอง (SFOG) ลุกไหม้นานประมาณ 90 วินาทีถึง 14 นาที ตามแหล่งข้อมูลต่างๆ และก่อให้เกิดควันพิษจำนวนมากที่ปกคลุมสถานีเป็นเวลาประมาณ 45 นาที ทำให้ลูกเรือต้องสวมหน้ากากป้องกัน แต่หน้ากากป้องกันบางส่วนที่สวมใส่ในตอนแรกนั้นชำรุดเครื่องดับเพลิงที่ติดตั้งอยู่บนผนังของโมดูลก็ไม่สามารถเคลื่อนย้ายได้ ไฟไหม้เกิดขึ้นในระหว่างการเปลี่ยนเวรของลูกเรือ ดังนั้นจึงมีลูกเรือ 6 คนอยู่บนสถานี แทนที่จะเป็น 3 คนตามปกติ การเข้าถึงเรือชูชีพโซยุซลำหนึ่งที่จอดอยู่ถูกปิดกั้น ซึ่งจะทำให้ลูกเรือครึ่งหนึ่งไม่สามารถหนีออกมาได้ เหตุการณ์ที่คล้ายกันนี้เคยเกิดขึ้นใน การสำรวจ มีร์ ครั้งก่อน แม้ว่าในกรณีนั้น SFOG จะลุกไหม้เพียงไม่กี่วินาที^{[ 9 ] [ 10 ]}

เหตุการณ์เฉียดชนและเหตุการณ์ชนกันดังกล่าวทำให้เกิดปัญหาด้านความปลอดภัยเพิ่มเติม ทั้งสองเหตุการณ์เกิดจากความล้มเหลวของอุปกรณ์ชิ้นเดียวกัน นั่นคือระบบเทียบท่าแบบแมนนวล TORU ซึ่งกำลังอยู่ระหว่างการทดสอบในขณะนั้น การทดสอบดังกล่าวจัดขึ้นเพื่อประเมินประสิทธิภาพการเทียบท่าระยะไกล เพื่อให้รัสเซียซึ่งมีงบประมาณจำกัดสามารถถอด ระบบเทียบท่าอัตโนมัติ Kursที่มีราคาแพงออกจากเรือ Progress ได้

หลังจากการชนกัน NASA และองค์การอวกาศรัสเซียได้จัดตั้งคณะกรรมการความปลอดภัยหลายชุดเพื่อตรวจสอบสาเหตุของอุบัติเหตุ เมื่อการสอบสวนดำเนินไป ผลการสอบสวนของทั้งสององค์การอวกาศเริ่มแตกต่างกัน ผลการสอบสวนของ NASA ระบุว่าระบบเชื่อมต่อ TORU เป็นสาเหตุ เนื่องจากระบบดังกล่าวต้องการให้นักบินอวกาศหรือนักบินอวกาศที่รับผิดชอบทำการเชื่อมต่อยาน Progress โดยปราศจากความช่วยเหลือจากระบบโทรมาตรหรือคำแนะนำใดๆ อย่างไรก็ตาม ผลการสอบสวนขององค์การอวกาศรัสเซียระบุว่าอุบัติเหตุเกิดจากความผิดพลาดของลูกเรือ โดยกล่าวหาว่านักบินอวกาศของตนเองคำนวณระยะห่างระหว่างยาน Progress กับสถานีอวกาศผิดพลาด^{[ 52 ]}ผลการสอบสวนขององค์การอวกาศรัสเซียถูกวิพากษ์วิจารณ์อย่างหนัก แม้กระทั่งจากนักบินอวกาศของตนเองอย่าง Tsibliyev ซึ่งพวกเขาได้กล่าวโทษไว้ ในระหว่างการแถลงข่าวครั้งแรกหลังจากกลับสู่โลก นักบินอวกาศได้แสดงความโกรธและความไม่พอใจโดยประกาศว่า "การหาแพะรับบาปเป็นประเพณีที่มีมายาวนานในรัสเซีย" ^{[ 53 ]}

อุบัติเหตุยังเพิ่มเสียงวิพากษ์วิจารณ์ที่ดังขึ้นเรื่อยๆ เกี่ยวกับความน่าเชื่อถือของสถานีอวกาศที่เก่าแก่แห่งนี้ นักบินอวกาศBlaine Hammondอ้างว่าข้อกังวลด้านความปลอดภัยของเขาเกี่ยวกับMirถูกเจ้าหน้าที่ NASA เพิกเฉย และบันทึกการประชุมด้านความปลอดภัย "หายไปจากห้องนิรภัยที่ล็อกไว้" ^{[ 54 ]} เดิมที Mirถูกออกแบบมาให้ใช้งานได้ห้าปี แต่ในที่สุดก็ใช้งานได้นานกว่านั้นถึงสามเท่า ในช่วงเฟสแรกและหลังจากนั้น สถานีอวกาศก็แสดงให้เห็นถึงความเก่าแก่ของมัน—คอมพิวเตอร์ขัดข้องอย่างต่อเนื่อง การสูญเสียพลังงาน การหมุนคว้างอย่างควบคุมไม่ได้ในอวกาศ และท่อรั่ว เป็นปัญหาที่ลูกเรือต้องกังวลอยู่เสมอ การทำงานผิดพลาดต่างๆ ของ ระบบผลิตออกซิเจน Elektron ของ Mir ก็เป็นปัญหาเช่นกัน การทำงานผิดพลาดเหล่านี้ทำให้ลูกเรือต้อง พึ่งพาระบบ SFOG มากขึ้น ซึ่งเป็นสาเหตุของการเกิดไฟไหม้ในปี 1997 ระบบ SFOG ยังคงเป็นปัญหาบนสถานีอวกาศนานาชาติ^{[ 9 ]}

ประเด็นถกเถียงอีกประเด็นหนึ่งคือขนาดของผลตอบแทนทางวิทยาศาสตร์ที่แท้จริง โดยเฉพาะอย่างยิ่งหลังจากการสูญเสีย โมดูลวิทยาศาสตร์ Spektrนักบินอวกาศ ผู้จัดการ และสมาชิกสื่อต่างๆ ต่างบ่นว่าประโยชน์ของโครงการนั้นน้อยกว่าความเสี่ยงที่เกี่ยวข้อง โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อพิจารณาจากข้อเท็จจริงที่ว่าการทดลองทางวิทยาศาสตร์ของสหรัฐฯ ส่วนใหญ่เกิดขึ้นภายในโมดูลที่มีรูรั่ว ด้วยเหตุนี้ งานวิจัยของอเมริกาจำนวนมากจึงไม่สามารถเข้าถึงได้ ทำให้วิทยาศาสตร์ที่สามารถดำเนินการได้ลดลง^{[ 55 ]}ปัญหาด้านความปลอดภัยทำให้ NASA ต้องพิจารณาอนาคตของโครงการนี้ใหม่หลายครั้ง ในที่สุดหน่วยงานก็ตัดสินใจที่จะดำเนินการต่อและถูกวิพากษ์วิจารณ์จากสื่อหลายฝ่ายเกี่ยวกับการตัดสินใจนั้น^{[ 56 ]}

ทัศนคติของโครงการอวกาศรัสเซียและนาซาต่อเฟสหนึ่งก็เป็นเรื่องที่น่ากังวลสำหรับนักบินอวกาศที่เกี่ยวข้องเช่นกัน เนื่องจากปัญหาทางการเงินของรัสเซีย พนักงานหลายคนในTsUPรู้สึกว่าฮาร์ดแวร์ของภารกิจและการดำเนินงานของสถานีมีร์ ต่อไป นั้นสำคัญกว่าชีวิตของนักบินอวกาศบนสถานี ดังนั้นโครงการจึงดำเนินไปแตกต่างจากโครงการของอเมริกามาก นักบินอวกาศมีการวางแผนตารางงานประจำวันอย่างละเอียด การกระทำต่างๆ (เช่น การเชื่อมต่อยาน) ที่ปกติจะกระทำด้วยตนเองโดยนักบินกระสวยอวกาศ กลับถูกดำเนินการโดยอัตโนมัติ และนักบินอวกาศจะถูกหักเงินเดือนหากทำผิดพลาดระหว่างการบิน ชาวอเมริกันเรียนรู้จากภารกิจสกายแล็บและภารกิจอวกาศก่อนหน้านี้ว่าการควบคุมในระดับนี้ไม่ก่อให้เกิดประโยชน์ และได้วางแผนภารกิจให้มีความยืดหยุ่นมากขึ้นตั้งแต่นั้นมา อย่างไรก็ตาม ชาวรัสเซียไม่ยอมอ่อนข้อ และหลายคนรู้สึกว่าเสียเวลาทำงานไปมากเพราะเหตุนี้^{[ 9 ] [ 57 ]}

หลังเกิดอุบัติเหตุสองครั้งในปี 1997 นักบินอวกาศเจอร์รี ลิเนนเจอร์รู้สึกว่าทางการรัสเซียพยายามปกปิดเพื่อลดความสำคัญของเหตุการณ์ โดยเกรงว่าชาวอเมริกันจะถอนตัวออกจากความร่วมมือ ส่วนสำคัญของการ "ปกปิด" นี้คือการสร้างความประทับใจว่านักบินอวกาศชาวอเมริกันไม่ได้เป็น "พันธมิตร" บนสถานีอวกาศ แต่เป็นเพียง "แขก" เจ้าหน้าที่นาซาไม่ทราบเรื่องไฟไหม้และการชนกันเป็นเวลาหลายชั่วโมง และพบว่าตนเองถูกกีดกันออกจากกระบวนการตัดสินใจ นาซาเข้ามามีส่วนร่วมมากขึ้นเมื่อผู้ควบคุมภารกิจของรัสเซียตั้งใจที่จะโยนความผิดทั้งหมดของอุบัติเหตุไปที่วาซีลี ซิบลีเยฟมีเพียงหลังจากที่นาซาใช้แรงกดดันอย่างมากเท่านั้นที่ทำให้ท่าทีนี้เปลี่ยนไป^{[ 9 ] [ 10 ]}

ในช่วงเวลาต่างๆ ของโครงการ ผู้จัดการและบุคลากรของ NASA พบว่าตนเองมีข้อจำกัดในด้านทรัพยากรและกำลังคน โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อเริ่มเฟสสอง และประสบปัญหาในการประสานงานกับฝ่ายบริหารของ NASA ประเด็นที่เป็นข้อถกเถียงโดยเฉพาะคือการมอบหมายลูกเรือให้กับภารกิจ นักบินอวกาศหลายคนอ้างว่าวิธีการคัดเลือกทำให้ผู้ที่มีทักษะมากที่สุดไม่ได้รับบทบาทที่เหมาะสมกับตนเองมากที่สุด^{[ 9 ] [ 10 ] [ 58 ]}

นับตั้งแต่การล่มสลายของสหภาพโซเวียตเมื่อไม่กี่ปีที่ผ่านมาเศรษฐกิจของรัสเซียก็ค่อยๆ ทรุดโทรมลง และงบประมาณสำหรับการสำรวจอวกาศก็ลดลงประมาณ 80% ก่อนและหลังเฟสหนึ่ง เงินทุนด้านอวกาศของรัสเซียส่วนใหญ่มาจากเที่ยวบินของนักบินอวกาศจากยุโรปและประเทศอื่นๆ โดยสถานีโทรทัศน์ ของญี่ปุ่นแห่งหนึ่ง จ่ายเงิน 9.5  ล้านดอลลาร์เพื่อให้นักข่าวของพวกเขาโทโยฮิโร อากิยามะเดินทางไปกับมิร์ [ ^{9 ] เมื่อ} เริ่มต้นเฟสหนึ่ง นักบินอวกาศมักพบว่าภารกิจของพวกเขาถูกขยายออกไปเพื่อประหยัดเงินในส่วนของจรวดส่ง การบินของ โปรเกรสทุกๆ หกปีลดลงเหลือสามครั้ง และมีความเป็นไปได้สูงที่มิร์  จะถูกขายในราคาประมาณ 500 ล้านดอลลาร์^{[ 9 ]}

นักวิจารณ์โต้แย้งว่าสัญญามูลค่า 325 ล้านดอลลาร์ที่ NASA ทำกับรัสเซียเป็นสิ่งเดียวที่ทำให้โครงการอวกาศของรัสเซียยังคงอยู่ และมีเพียงกระสวยอวกาศเท่านั้นที่ทำให้สถานีอวกาศมีร์ลอยอยู่ได้ NASA ยังต้องจ่ายค่าธรรมเนียมจำนวนมากสำหรับคู่มือการฝึกอบรมและอุปกรณ์ที่นักบินอวกาศใช้ในการฝึกอบรมที่ สตา ร์ซิตี้^{[ 10 ]}ปัญหาเริ่มรุนแรงขึ้นเมื่อรายการ Nightline ของ ABC เปิดเผยว่ามีความเป็นไปได้อย่างชัดเจนที่ทางการรัสเซียจะยักยอกเงินทุนของอเมริกาเพื่อสร้างบ้านพักนักบินอวกาศชุดใหม่ในมอสโกหรือไม่ก็โครงการก่อสร้างได้รับเงินทุนจากมาเฟียรัสเซียผู้บริหาร NASA นายโกลดินได้รับเชิญไปออกรายการ Nightlineเพื่อปกป้องบ้านพักเหล่านี้ แต่เขาปฏิเสธที่จะแสดงความคิดเห็น สำนักงานกิจการภายนอกของ NASA กล่าวว่า "สิ่งที่รัสเซียทำกับเงินของตัวเองเป็นเรื่องของพวกเขา" ^{[ 9 ] [ 59 ]}