ในยูคาริโอตปัจจัยการถอดรหัสที่สำคัญกลุ่มหนึ่งที่เรียกว่าปัจจัยการถอดรหัสทั่วไป (GTFs) มีความจำเป็นต่อการเกิดการถอดรหัส^{[ 20 ] [ 21 ] [ 22 ]} GTFs เหล่านี้จำนวนมากไม่ได้จับกับ DNA โดยตรง แต่เป็นส่วนหนึ่งของคอมเพล็กซ์ก่อนการเริ่มต้นการถอดรหัส ขนาดใหญ่ ที่โต้ตอบกับRNA polymeraseโดยตรง GTFs ที่พบได้บ่อยที่สุด ได้แก่TFIIA , TFIIB , TFIID (ดู โปรตีนที่จับกับ TATAด้วย) , TFIIE , TFIIFและTFIIH ^{[ 23 ]} คอมเพล็กซ์ก่อนการเริ่มต้นจะจับกับ บริเวณ โปรโมเตอร์ของ DNA ต้นน้ำของยีนที่พวกมันควบคุม

ปัจจัยการถอดรหัสอื่นๆ ควบคุมการแสดงออกของยีนต่างๆ ที่แตกต่างกันโดยการจับกับ บริเวณตัว เร่งของ DNA ที่อยู่ติดกับยีนที่ถูกควบคุม ปัจจัยการถอดรหัสเหล่านี้มีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการทำให้แน่ใจว่ายีนจะถูกแสดงออกในเซลล์ที่ถูกต้องในเวลาที่ถูกต้องและในปริมาณที่ถูกต้อง ขึ้นอยู่กับความต้องการที่เปลี่ยนแปลงไปของสิ่งมีชีวิต^{[ 1 ]}

ปัจจัยการถอดรหัส (เช่นเดียวกับโปรตีนทั้งหมด) จะถูกถอดรหัสจากยีนบนโครโมโซมเป็น RNA จากนั้น RNA จะถูกแปลเป็นโปรตีน ขั้นตอนเหล่านี้สามารถควบคุมได้เพื่อส่งผลต่อการผลิต (และกิจกรรม) ของปัจจัยการถอดรหัส ผลที่ตามมาคือปัจจัยการถอดรหัสสามารถควบคุมตัวเองได้ ตัวอย่างเช่น ในวงจรป้อนกลับเชิงลบปัจจัยการถอดรหัสทำหน้าที่เป็นตัวยับยั้งของตัวเอง: หากโปรตีนปัจจัยการถอดรหัสจับกับ DNA ของยีนของตัวเอง มันจะลดการผลิตของตัวเองลง นี่เป็นกลไกหนึ่งในการรักษาระดับปัจจัยการถอดรหัสให้อยู่ในระดับต่ำในเซลล์^{[ 40 ]}

ในยูคาริโอตปัจจัยการถอดรหัส (เช่นเดียวกับโปรตีนส่วนใหญ่) จะถูกถอดรหัสในนิวเคลียสแต่จะถูกแปลในไซโตพลาสซึม ของเซลล์ โปรตีนหลายชนิดที่ทำงานในนิวเคลียสมีสัญญาณระบุตำแหน่งนิวเคลียสที่นำทางไปยังนิวเคลียส แต่สำหรับปัจจัยการถอดรหัสหลายชนิด นี่เป็นจุดสำคัญในการควบคุมของพวกมัน^{[ 41 ]} ปัจจัยการถอดรหัสที่สำคัญบางประเภท เช่นตัวรับนิวเคลียส บางชนิด ต้องจับกับลิแกนด์ในไซโตพลาสซึมก่อน จึงจะสามารถเคลื่อนย้ายไปยังนิวเคลียสได้^{[ 41 ]}

ปัจจัยการถอดรหัสอาจถูกเปิดใช้งานหรือปิดใช้งานผ่านโดเมนรับรู้สัญญาณหรือโดเมนตัวกระตุ้น อย่างไรก็ตาม ปัจจัยการถอดรหัสไม่ได้มีโดเมนตัวกระตุ้นเสมอไป ตัวอย่างเช่น ปัจจัยการถอดรหัส C2H2 zinc finger ประมาณ 400 ตัวมีเฉพาะโดเมนจับกับ DNA (DBD) เท่านั้น^{[ 6 ]}การเปิดใช้งานหรือการยับยั้งปัจจัยการถอดรหัสสามารถเกิดขึ้นได้ผ่านกลไกหลายประการ รวมถึง:

• การจับ กับลิแกนด์ – การจับกับลิแกนด์ไม่เพียงแต่ส่งผลต่อตำแหน่งของปัจจัยการถอดรหัสภายในเซลล์เท่านั้น แต่ยังสามารถส่งผลต่อว่าปัจจัยการถอดรหัสอยู่ในสถานะที่ทำงานอยู่และสามารถจับกับ DNA หรือโคแฟคเตอร์อื่นๆ ได้หรือไม่ (ดูตัวอย่างเช่นตัวรับนิวเคลียร์ )
• การฟอสโฟรีเลชัน^{[ 42 ] [ 43 ]} – ปัจจัยการถอดรหัสหลายอย่าง เช่นโปรตีน STATต้องได้รับการฟอสโฟรีเลชันก่อนจึงจะสามารถจับกับ DNA ได้
• ปฏิสัมพันธ์กับปัจจัยการถอดรหัสอื่นๆ ( เช่น การ เกิดโฮโมไดเมอไรเซชันหรือเฮเทโรไดเมอไรเซชัน )
• โดยมีปฏิสัมพันธ์กับ โปรตีน ควบคุมร่วมเช่น ตัวกระตุ้นร่วม (เช่นCOPS5 , EP300 , BCL3 ) และตัวยับยั้งร่วม (เช่นNCOR1 , SIN3A , TRIM24 ) อย่างไรก็ตาม มีตัวควบคุมร่วมการถอดรหัสบางชนิดที่สามารถทำหน้าที่ได้ทั้งเป็นตัวกระตุ้นและตัวยับยั้ง

ในยูคาริโอต DNA จะถูกจัดระเบียบด้วยความช่วยเหลือของฮิสโตนให้เป็นอนุภาคขนาดกะทัดรัดที่เรียกว่านิวคลีโอโซมโดยที่ลำดับของเบสคู่ DNA ประมาณ 147 คู่จะหมุนรอบอ็อกตาเมอร์ของโปรตีนฮิสโตนประมาณ 1.65 รอบ DNA ภายในนิวคลีโอโซมนั้นไม่สามารถเข้าถึงได้โดยปัจจัยการถอดรหัสหลายชนิด ปัจจัยการถอดรหัสบางชนิดที่เรียกว่าปัจจัยบุกเบิกยังคงสามารถจับกับตำแหน่งการจับ DNA บน DNA ของนิวคลีโอโซมได้ สำหรับปัจจัยการถอดรหัสส่วนใหญ่ นิวคลีโอโซมจะต้องถูกคลายออกอย่างแข็งขันโดยมอเตอร์โมเลกุล เช่นตัวปรับโครงสร้างโครมาติน [ ^{44 ] หรือ}อีกทางหนึ่ง นิวคลีโอโซมสามารถคลายออกได้บางส่วนโดยความผันผวนของอุณหภูมิ ทำให้สามารถเข้าถึงตำแหน่งการจับของปัจจัยการถอดรหัสได้ชั่วคราว ในหลายกรณี ปัจจัยการถอดรหัสจำเป็นต้องแข่งขันเพื่อจับกับตำแหน่งการจับ DNA ของมันกับปัจจัยการถอดรหัสอื่นๆ และฮิสโตนหรือโปรตีนโครมาตินที่ไม่ใช่ฮิสโตน^{[ 45 ]} คู่ของปัจจัยการถอดรหัสและโปรตีนอื่นๆ สามารถมีบทบาทที่ขัดแย้งกัน (ตัวกระตุ้นเทียบกับตัวยับยั้ง) ในการควบคุมยีน เดียวกัน ได้

ปัจจัยการถอดรหัสส่วนใหญ่ไม่ได้ทำงานเพียงลำพัง ตระกูล TF ขนาดใหญ่จำนวนมากสร้างปฏิสัมพันธ์แบบโฮโมไทป์หรือเฮเทอโรไทป์ที่ซับซ้อนผ่านการสร้างไดเมอร์^{[ 46 ]}เพื่อให้เกิดการถอดรหัสยีน ปัจจัยการถอดรหัสจำนวนหนึ่งต้องจับกับลำดับควบคุม DNA กลุ่มของปัจจัยการถอดรหัสนี้จะดึงดูดโปรตีนตัวกลาง เช่นโคแฟคเตอร์ซึ่งช่วยให้การดึงดูดคอมเพล็กซ์ก่อนการเริ่มต้นและRNA โพลีเมอเรส มีประสิทธิภาพ ดังนั้น เพื่อให้ปัจจัยการถอดรหัสเพียงตัวเดียวเริ่มต้นการถอดรหัส โปรตีนอื่นๆ เหล่านี้ทั้งหมดจะต้องมีอยู่ด้วย และปัจจัยการถอดรหัสจะต้องอยู่ในสถานะที่สามารถจับกับพวกมันได้หากจำเป็น โคแฟคเตอร์เป็นโปรตีนที่ปรับเปลี่ยนผลกระทบของปัจจัยการถอดรหัส โคแฟคเตอร์สามารถแลกเปลี่ยนกันได้ระหว่างโปรโมเตอร์ยีนเฉพาะ โปรตีนคอมเพล็กซ์ที่ครอบครอง DNA โปรโมเตอร์และลำดับกรดอะมิโนของโคแฟคเตอร์จะเป็นตัวกำหนดโครงสร้างเชิงพื้นที่ ตัวอย่างเช่น ตัวรับสเตียรอยด์บางชนิดสามารถแลกเปลี่ยนโคแฟคเตอร์กับNF-κBซึ่งเป็นสวิตช์ระหว่างการอักเสบและการแยกเซลล์ ดังนั้นสเตียรอยด์จึงสามารถส่งผลต่อการตอบสนองการอักเสบและการทำงานของเนื้อเยื่อบางชนิดได้^{[ 47 ]}

ปัจจัยการถอดรหัสและไซโตซีนที่ถูกเมทิลเลชันใน DNA ต่างก็มีบทบาทสำคัญในการควบคุมการแสดงออกของยีน (การเมทิลเลชันของไซโตซีนใน DNA ส่วนใหญ่เกิดขึ้นที่ไซโตซีนตามด้วยกัวนีนในลำดับ DNA 5' ถึง 3' ซึ่งเป็นไซต์ CpG ) การเมทิลเลชันของไซต์ CpG ในบริเวณโปรโมเตอร์ของยีนมักจะยับยั้งการถอดรหัสของยีน^{[ 48 ]}ในขณะที่การเมทิลเลชันของ CpG ในส่วนของยีนจะเพิ่มการแสดงออก^{[ 49 ]}เอนไซม์ TETมีบทบาทสำคัญในการกำจัดเมทิลเลชันของไซโตซีนที่ถูกเมทิลเลชัน การกำจัดเมทิลเลชันของ CpG ในโปรโมเตอร์ของยีนโดยกิจกรรมของเอนไซม์ TET จะเพิ่มการถอดรหัสของยีน^{[ 50 ]}

มีการประเมินตำแหน่งการจับ DNA ของปัจจัยการถอดรหัส 519 ตัว[ 51 ^{]ในจำนวน} นี้ ปัจจัยการถอดรหัส 169 ตัว (33%) ไม่มีไดนิวคลีโอไทด์ CpG ในตำแหน่งการจับ และปัจจัยการถอดรหัส 33 ตัว (6%) สามารถจับกับโมทีฟที่มี CpG ได้ แต่ไม่แสดงความชอบต่อตำแหน่งการจับที่มี CpG ที่ถูกเมทิลเลตหรือไม่ถูกเมทิลเลต ปัจจัยการถอดรหัส 117 ตัว (23%) ถูกยับยั้งไม่ให้จับกับลำดับการจับหากมีตำแหน่ง CpG ที่ถูกเมทิลเลต ปัจจัยการถอดรหัส 175 ตัว (34%) มีการจับที่เพิ่มขึ้นหากลำดับการจับมีตำแหน่ง CpG ที่ถูกเมทิลเลต และปัจจัยการถอดรหัส 25 ตัว (5%) ถูกยับยั้งหรือมีการจับที่เพิ่มขึ้นขึ้นอยู่กับตำแหน่งของ CpG ที่ถูกเมทิลเลตในลำดับการจับ

เอนไซม์ TET ไม่ได้จับกับเมทิลไซโตซีนโดยเฉพาะ ยกเว้นเมื่อถูกดึงดูด (ดูการกำจัดเมทิลของ DNA ) ปัจจัยการถอดรหัสหลายตัวที่มีความสำคัญในการจำแนกเซลล์และการกำหนดสายพันธุ์ รวมถึงNANOG , SALL4 A, WT1 , EBF1 , PU.1และE2Aได้รับการแสดงให้เห็นว่าดึงดูดเอนไซม์ TET ไปยังตำแหน่งจีโนมเฉพาะ (ส่วนใหญ่คือตัวเร่ง) เพื่อทำงานกับเมทิลไซโตซีน (mC) และแปลงเป็นไฮดรอกซีเมทิลไซโตซีน hmC (และในกรณีส่วนใหญ่จะทำเครื่องหมายไว้สำหรับการกำจัดเมทิลอย่างสมบูรณ์ในภายหลังเป็นไซโตซีน) ^{[ 52 ]} การแปลง mC เป็น hmC ที่เกิดจาก TET ดูเหมือนจะขัดขวางการจับของโปรตีนที่จับกับ 5mC รวมถึง โปรตีน MECP2และ MBD ( โดเมนที่จับกับเมทิล-CpG ) ซึ่งอำนวยความสะดวกในการปรับโครงสร้างนิวคลีโอโซมและการจับของปัจจัยการถอดรหัส จึงกระตุ้นการถอดรหัสของยีนเหล่านั้น EGR1เป็นปัจจัยการถอดรหัสที่สำคัญใน การสร้าง ความทรงจำมีบทบาทสำคัญใน การปรับเปลี่ยน เอพิเจเนติกส์ของเซลล์ประสาทในสมอง ปัจจัยการถอดรหัสEGR1ดึงดูด โปรตีน TET1ซึ่งเริ่มต้นเส้นทางของการกำจัดเมทิลของ DNA ^{[ 53} ] EGR1 ร่วมกับ TET1 ถูกนำมาใช้ในการกำหนดการกระจายของตำแหน่งเมทิลเลชันบน DNA ของสมองในระหว่างการพัฒนาสมองและ การ ^{เรียน}รู้ (ดูเอพิเจเนติกส์ในการเรียนรู้และความทรงจำ )

ส่วน ( โดเมน ) ของปัจจัยการถอดรหัสที่จับกับ DNA เรียกว่าโดเมนจับกับ DNA ด้านล่างนี้เป็นรายชื่อบางส่วนของตระกูลหลักๆ ของโดเมนจับกับ DNA/ปัจจัยการถอดรหัส:

ลำดับ DNA ที่ปัจจัยการถอดรหัสจับยึดเรียกว่าไซต์การจับยึดปัจจัยการถอดรหัสหรือองค์ประกอบการตอบสนอง^{[ 64 ]}

ปัจจัยการถอดรหัสจะโต้ตอบกับตำแหน่งการจับของมันโดยใช้แรงทางไฟฟ้าสถิต (ซึ่งพันธะไฮโดรเจนเป็นกรณีพิเศษ) และแรงแวนเดอร์วาลส์ร่วมกัน เนื่องจากลักษณะของปฏิกิริยาทางเคมีเหล่านี้ ปัจจัยการถอดรหัสส่วนใหญ่จึงจับกับ DNA ในลักษณะที่จำเพาะต่อลำดับ อย่างไรก็ตาม ไม่ใช่ทุกเบสในตำแหน่งการจับของปัจจัยการถอดรหัสจะโต้ตอบกับปัจจัยการถอดรหัส นอกจากนี้ ปฏิกิริยาบางอย่างอาจอ่อนกว่าปฏิกิริยาอื่นๆ ดังนั้น ปัจจัยการถอดรหัสจึงไม่ได้จับกับลำดับเพียงลำดับเดียว แต่สามารถจับกับลำดับที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดได้หลายลำดับ โดยแต่ละลำดับมีความแรงในการโต้ตอบที่แตกต่างกัน

ตัวอย่างเช่น แม้ว่าตำแหน่งการจับที่เป็นที่ยอมรับสำหรับโปรตีนที่จับกับ TATA (TBP) คือ TATAAAA แต่ปัจจัยการถอดรหัส TBP ก็สามารถจับกับลำดับที่คล้ายกัน เช่น TATATAT หรือ TATATAA ได้เช่นกัน^{[ 65 ]}

เนื่องจากปัจจัยการถอดรหัสสามารถจับกับลำดับที่เกี่ยวข้องได้หลายลำดับ และลำดับเหล่านี้มักจะสั้น ดังนั้นตำแหน่งการจับของปัจจัยการถอดรหัสอาจเกิดขึ้นโดยบังเอิญหากลำดับดีเอ็นเอมีความยาวเพียงพอ อย่างไรก็ตาม เป็นไปได้ยากที่ปัจจัยการถอดรหัสจะจับกับลำดับที่เข้ากันได้ทั้งหมดในจีโนมของเซลล์ข้อจำกัดอื่นๆ เช่น การเข้าถึงดีเอ็นเอในเซลล์ หรือความพร้อมของโคแฟคเตอร์อาจช่วยกำหนดตำแหน่งที่ปัจจัยการถอดรหัสจะจับได้จริง ดังนั้น แม้จะมีลำดับจีโนมแล้ว ก็ยังยากที่จะคาดเดาได้ว่าปัจจัยการถอดรหัสจะจับกับตำแหน่งใดในเซลล์ที่มีชีวิต

อย่างไรก็ตาม อาจได้รับความจำเพาะในการจดจำเพิ่มเติมได้โดยการใช้โดเมนจับกับ DNA มากกว่าหนึ่งโดเมน (ตัวอย่างเช่น DBD ที่เรียงต่อกันในปัจจัยการถอดรหัสเดียวกัน หรือผ่านการรวมตัวเป็นไดเมอร์ของปัจจัยการถอดรหัสสองตัว) ที่จับกับลำดับ DNA ที่อยู่ติดกันสองลำดับขึ้นไป

เนื่องจากมีบทบาทสำคัญในการพัฒนา การส่งสัญญาณระหว่างเซลล์ และวงจรเซลล์ โรคของมนุษย์บางโรคจึงเกี่ยวข้องกับการกลายพันธุ์ในปัจจัยการถอดรหัส^{[ 66 ]}

ปัจจัยการถอดรหัสจำนวนมากเป็นทั้งตัวยับยั้งเนื้องอกหรือยีนก่อเนื้องอกดังนั้นการกลายพันธุ์หรือการควบคุมที่ผิดปกติของปัจจัยเหล่านี้จึงเกี่ยวข้องกับมะเร็ง ปัจจัยการถอดรหัสสามกลุ่มเป็นที่ทราบกันว่ามีความสำคัญในมะเร็งของมนุษย์ ได้แก่ (1) ตระกูล NF-kappaBและAP-1 (2) ตระกูล STATและ (3) ตัวรับสเตี ยรอยด์^{[ 67 ]}

ด้านล่างนี้คือตัวอย่างบางส่วนที่ได้รับการศึกษาอย่างละเอียด:

ประมาณ 10% ของยาที่สั่งจ่ายในปัจจุบันมุ่งเป้าไปที่ กลุ่ม ตัวรับนิวเคลียร์ของปัจจัยการถอดรหัส โดยตรง ^{[ 78 ]}ตัวอย่างเช่นทาม็อกซิเฟนและไบคาลูทาไมด์สำหรับการรักษาโรคมะเร็งเต้านมและ มะเร็งต่อมลูกหมากตามลำดับ และสเตียรอยด์ ต้านการอักเสบและสเตียรอยด์อะนาโบลิกประเภทต่างๆ^{[ 79 ]}นอกจากนี้ ปัจจัยการถอดรหัสยังมักถูกปรับเปลี่ยนโดยอ้อมโดยยาผ่านทางลำดับการส่งสัญญาณอาจเป็นไปได้ที่จะกำหนดเป้าหมายปัจจัยการถอดรหัสอื่นๆ ที่ยังไม่ได้รับการสำรวจมากนัก เช่นNF-κBด้วยยาโดยตรง^{[ 80 ] [ 81 ] [ 82 ] [ 83 ]}ปัจจัยการถอดรหัสที่อยู่นอกตระกูลตัวรับนิวเคลียร์นั้นคิดว่ายากต่อการกำหนดเป้าหมายด้วย ยา โมเลกุลขนาดเล็กเนื่องจากยังไม่ชัดเจนว่า"สามารถใช้ยาได้" หรือไม่ แต่ก็มีความคืบหน้าเกิดขึ้นกับ Pax2 ^{[ 84 ] [ 85 ]}และวิถีNotch ^{[ 86 ]}

ปัจจัยการถอดรหัสทางพันธุกรรมแบ่งออกได้เป็น 2 ประเภทตามกลไกการทำงาน:

• ปัจจัยการถอดรหัสทั่วไปมีส่วนเกี่ยวข้องในการสร้างคอมเพล็กซ์ก่อนการเริ่มต้น ปัจจัยที่พบได้บ่อยที่สุดจะถูกย่อเป็นTFIIA , TFIIB , TFIID , TFIIE , TFIIFและTFIIHปัจจัยเหล่านี้มีอยู่ทั่วไปและมีปฏิสัมพันธ์กับบริเวณโปรโมเตอร์หลักที่ล้อมรอบไซต์เริ่มต้นการถอดรหัสของยีนคลาส II ทั้งหมด ^{[ 97 ]}
• ปัจจัยการถอดรหัสต้นน้ำเป็นโปรตีนที่จับกับบริเวณต้นน้ำของไซต์เริ่มต้นเพื่อกระตุ้นหรือยับยั้งการถอดรหัส ปัจจัยเหล่านี้มีความหมายคล้ายคลึงกับปัจจัยการถอดรหัสเฉพาะเนื่องจากมีความแตกต่างกันอย่างมากขึ้นอยู่กับลำดับการจดจำที่มีอยู่ในบริเวณใกล้เคียงกับยีน^{[ 98 ]}

ปัจจัยการถอดรหัสได้รับการจำแนกตามหน้าที่การควบคุม: ^{[ 15 ]}

• I. ปัจจัยการถอดรหัสแบบคงที่ – พบได้ในทุกเซลล์ตลอดเวลา ทำงานอย่างต่อเนื่อง และทำหน้าที่เป็นตัวกระตุ้นมีแนวโน้มสูงที่จะมีบทบาทสำคัญในการอำนวยความสะดวกในการถอดรหัสของยีนในโครโมโซมหลายยีน โดยเฉพาะอย่างยิ่งยีนที่ดูเหมือนจะถูกถอดรหัสอยู่ตลอดเวลา (เช่น โปรตีนโครงสร้างอย่างทูบูลินและแอคติน และเอนไซม์เมตาบอลิซึมที่พบได้ทั่วไป เช่น กลีเซอรัลดีไฮด์ฟอสเฟตดีไฮโดรจีเนส (GAPDH)) ตัวอย่างเช่นปัจจัยการถอดรหัสทั่วไป , Sp1 , NF1 , CCAAT
• II. ตัวควบคุม (ทำงานโดยมีเงื่อนไข) – ต้องเปิดใช้งานก่อน
  • II.A การพัฒนา(เฉพาะเซลล์แต่ละชนิด) – เริ่มต้นในไข่ที่ได้รับการปฏิสนธิแล้ว เมื่อแสดงออกแล้ว ไม่จำเป็นต้องมีการกระตุ้นเพิ่มเติม ตัวอย่างเช่นGATA , HNF , PIT-1 , MyoD , Myf5 , Hox , Winged Helix
  • II.B โปรตีนที่ขึ้นอยู่กับสัญญาณ – อาจมีการแสดงออกอย่างจำกัดในช่วงพัฒนาการ หรืออาจมีอยู่ในเซลล์ส่วนใหญ่หรือทุกเซลล์ แต่โปรตีนเหล่านี้จะอยู่ในสภาวะไม่ทำงาน (หรือทำงานน้อยมาก) จนกว่าเซลล์ที่มีโปรตีนดังกล่าวจะได้รับสัญญาณภายในหรือภายนอกเซลล์ที่เหมาะสม
    • II.B.1 ตัวรับนิวเคลียร์ที่ ขึ้นอยู่ กับลิแกนด์ภายนอกเซลล์ ( แบบเอนโดครีนหรือพาราครีน )
    • II.B.2 การทำงานแบบอาศัย ลิแกนด์ภายในเซลล์ ( แบบออโตครีน ) – ถูกกระตุ้นโดยโมเลกุลขนาดเล็กภายในเซลล์ เช่นSREBP , p53 , และตัวรับนิวเคลียร์ที่ไม่มีคู่
    • II.B.3 การทำงานขึ้นอยู่กับการโต้ตอบระหว่างตัวรับและลิแกนด์บนพื้นผิวเซลล์ – ถูกกระตุ้นโดยกระบวนการส่งสัญญาณของตัวกลางรอง
      • II.B.3.a ปัจจัยนิวเคลียร์พื้นฐานที่ถูกกระตุ้นโดยการฟอสโฟรีเลชันของซีรีน – ซึ่งอยู่ในนิวเคลียส เอนไซม์ฟอสโฟรีเลชันของซีรีนสามารถถูกกระตุ้นได้สองเส้นทางหลัก:
        • เมื่อลิแกนด์ จับกับตัวรับ G โปรตีนระดับของสารส่งสัญญาณรอง (cAMP, IP3, DAG, แคลเซียม) ภายในเซลล์จะเพิ่มขึ้นจะไปกระตุ้นเอนไซม์โปรตีนเซริน - ทรีโอนีนไคเนส (เช่นPKA , PKC )
        • เมื่อลิแกนด์จับกับ ตัวรับ ไทโรซีนไคเนสจะกระตุ้นกระบวนการอื่นๆ ซึ่งในที่สุดจะสิ้นสุดลงด้วยการฟอสโฟรีเลชันของซีรีนในปัจจัยการถอดรหัสภายในนิวเคลียสที่มีอยู่มากมาย
        • ตัวอย่างเช่น: CREB , AP-1 , Mef2
      • II.B.3.b ปัจจัยไซโตพลาสมิกแฝง – อยู่ในไซโตพลาสมเมื่อไม่ทำงาน เป็นกลุ่มที่มีโครงสร้างและองค์ประกอบทางเคมีหลากหลายมาก รวมถึงเส้นทางการกระตุ้นด้วย เช่นSTAT , R-SMAD , NF-κB , Notch , TUBBY , NFAT

ปัจจัยการถอดรหัสมักถูกจัดประเภทตามความคล้ายคลึงของลำดับและโครงสร้างสามมิติของโดเมนที่จับกับ DNA ^{[ 99 ] [ 14 ] [ 100 ] [ 13 ]}การจัดประเภทต่อไปนี้ขึ้นอยู่กับโครงสร้างสามมิติของDBDและวิธีที่มันสัมผัสกับ DNA การจัดประเภทนี้ได้รับการพัฒนาขึ้นครั้งแรกสำหรับปัจจัยการถอดรหัสของมนุษย์ และต่อมาได้ขยายไปยังสัตว์ฟันแทะ^{[ 95 ]}และพืชด้วย^{[ 96 ]}

• 1. ซูเปอร์คลาส: โดเมนพื้นฐาน
  • 1.1 ประเภท: ปัจจัยซิปของลิวซีน ( bZIP )
    • 1.1.1 ตระกูล: ส่วนประกอบ AP-1 (-like); รวมถึง ( c-Fos / c-Jun )
    • 1.1.2 ครอบครัว: CREB
    • 1.1.3 กลุ่ม: ปัจจัยคล้ายC/EBP
    • 1.1.4 ตระกูล: bZIP / PAR
    • 1.1.5 วงศ์: ปัจจัยการจับ G-box ของพืช
    • 1.1.6 ครอบครัว: เฉพาะรหัสไปรษณีย์
  • 1.2 กลุ่ม: ปัจจัยเฮลิกซ์-ลูป-เฮลิกซ์ ( bHLH )
    • 1.2.1 กลุ่ม: ปัจจัยที่พบได้ทั่วไป (กลุ่ม A)
    • 1.2.2 กลุ่ม: ปัจจัยถอดรหัสทางพันธุกรรมที่เกี่ยวข้องกับการสร้างกล้ามเนื้อ ( MyoD )
    • 1.2.3 วงศ์: Achaete-Scute
    • 1.2.4 ตระกูลเพลง: Tal/Twist/Atonal/Hen
  • 1.3 กลุ่ม: ปัจจัยเฮลิกซ์-ลูป-เฮลิกซ์ / ลิวซีนซิปเปอร์ ( bHLH-ZIP )
    • 1.3.1 กลุ่มยีน: ปัจจัย bHLH-ZIP ที่พบได้ทั่วไป; รวมถึง USF ( USF1 , USF2 ); SREBP ( SREBP )
    • 1.3.2 กลุ่มยีน: ปัจจัยควบคุมวงจรเซลล์; รวมถึงc-Myc
  • 1.4 ประเภท: NF-1
    • 1.4.1 กลุ่มโรค: NF-1 ( A , B , C , X )
  • คลาส 1.5: RF-X
    • 1.5.1 ตระกูล: RF-X ( 1 , 2 , 3 , 4 , 5 , ANK )
  • 1.6 ชั้นเรียน: bHSH
• 2. ซูเปอร์คลาส: โดเมนจับกับ DNA ที่ประสานกับสังกะสี
  • 2.1 ประเภท: ซิงค์ฟิงเกอร์ Cys4 ของ ตัว รับนิวเคลียร์ชนิด
    • 2.1.1 กลุ่ม: ตัวรับฮอร์โมนสเตียรอยด์
    • 2.1.2 กลุ่ม: ปัจจัยคล้ายตัวรับฮอร์โมนไทรอยด์
  • 2.2 คลาส: นิ้วสังกะสี Cys4 ที่หลากหลาย
    • 2.2.1 ครอบครัว: ปัจจัย GATA
  • 2.3 คลาส: โดเมนซิงค์ฟิงเกอร์ Cys2His2
    • 2.3.1 กลุ่มปัจจัย: ปัจจัยที่พบได้ทั่วไป รวมถึงTFIIIAและSp1
    • 2.3.2 กลุ่ม: ตัวควบคุมการพัฒนา/วงจรเซลล์; รวมถึงKrüppel
    • 2.3.4 กลุ่ม: ปัจจัยขนาดใหญ่ที่มีคุณสมบัติการจับแบบ NF-6B
  • 2.4 คลาส: Cys6 คลัสเตอร์ซิสเทอีน-สังกะสี
  • 2.5 ประเภท: ซิงค์ฟิงเกอร์ที่มีองค์ประกอบสลับกัน
• 3 ซูเปอร์คลาส: เฮลิกซ์-เทิร์น-เฮลิกซ์
  • 3.1 คลาส: โดเมนโฮมีโอ
    • 3.1.1 ตระกูล: เฉพาะโดเมน Homeo เท่านั้น; รวมถึงUbx ด้วย
    • 3.1.2 กลุ่ม: ปัจจัย โดเมน POU ; รวมถึงOct
    • 3.1.3 ตระกูล: โดเมนโฮมีโอที่มีบริเวณ LIM
    • 3.1.4 ตระกูล: โดเมนโฮมีโอ บวกกับโมทีฟนิ้วสังกะสี
  • 3.2 ประเภท: กล่องคู่
    • 3.2.1 ตระกูล: โดเมนโฮมีโอคู่บวก
    • 3.2.2 ตระกูล: โดเมนคู่เท่านั้น
  • 3.3 ประเภท: รูปทรงหัวแฉก / รูปทรงเกลียวปีก
    • 3.3.1 วงศ์: ตัวควบคุมการพัฒนา; รวมถึงฟอร์คเฮด
    • 3.3.2 กลุ่ม: ตัวควบคุมเฉพาะเนื้อเยื่อ
    • 3.3.3 กลุ่ม: ปัจจัยควบคุมวงจรเซลล์
    • 3.3.0 กลุ่มผลิตภัณฑ์: ตัวควบคุมอื่นๆ
  • 3.4 วิชา: ปัจจัยที่ทำให้เกิดการช็อกจากความร้อน
    • 3.4.1 ครอบครัว: HSF
  • 3.5 กลุ่ม: คลัสเตอร์ทริปโตแฟน
    • 3.5.1 ครอบครัว: Myb
    • 3.5.2 ตระกูล: ประเภท Ets
    • 3.5.3 กลุ่ม: ปัจจัยควบคุมอินเตอร์เฟอรอน
  • 3.6 คลาส: โดเมน TEA (ปัจจัยเสริมการถอดรหัส)
    • 3.6.1 กลุ่ม: TEA ( TEAD1 , TEAD2 , TEAD3 , TEAD4 )
• 4 ซูเปอร์คลาส: ปัจจัยโครงสร้างเบต้าที่มีหน้าสัมผัสร่องเล็ก
  • 4.1 คลาส: RHR ( บริเวณความคล้ายคลึงเชิงสัมพัทธ์ )
    • 4.1.1 ตระกูล: รีล/ แอนคิริน ; เอ็นเอฟ-แคปปาบี
    • 4.1.2 วงศ์: แอนคิรินเท่านั้น
    • 4.1.3 กลุ่มยีน: NFAT ( ปัจจัยนิวเคลียร์ของ เซลล์ T ที่ถูกกระตุ้น) ( NFATC1 , NFATC2 , NFATC3 )
  • 4.2 วิชา: STAT
    • 4.2.1 ครอบครัว: STAT
  • 4.3 ชั้นเรียน: หน้า 53
    • 4.3.1 ครอบครัว: หน้า 53
  • 4.4 ประเภท: กล่อง MADS
    • 4.4.1 กลุ่ม: ตัวควบคุมการเปลี่ยนแปลงรูปร่าง; รวมถึง ( Mef2 )
    • 4.4.2 กลุ่มเซลล์: เซลล์ที่ตอบสนองต่อสัญญาณภายนอก, SRF ( ปัจจัยการตอบสนองต่อซีรัม ) ( SRF )
    • 4.4.3 กลุ่ม: ตัวควบคุมการเผาผลาญ (ARG80)
  • 4.5 กลุ่ม: ปัจจัยการถอดรหัสเบต้า-บาร์เรลอัลฟา-เฮลิกซ์
  • 4.6 กลุ่ม: โปรตีนที่จับกับ TATA
    • 4.6.1 ครอบครัว: TBP
  • 4.7 ประเภท: กล่อง HMG
    • 4.7.1 กลุ่มยีน: ยีน SOX , SRY
    • 4.7.2 ตระกูล: TCF-1 ( TCF1 )
    • 4.7.3 ตระกูล: ที่เกี่ยวข้องกับ HMG2, SSRP1
    • 4.7.4 ครอบครัว: UBF
    • 4.7.5 ครอบครัว: MATA
  • 4.8 กลุ่ม: ปัจจัย CCAAT เฮเทอโรเมอริก
    • 4.8.1 กลุ่ม: ปัจจัย CCAAT แบบเฮเทอโรเมอริก
  • 4.9 ประเภท: หัวหยาบ
    • 4.9.1 ตระกูล: Grainyhead
  • 4.10 วิชา: ปัจจัย ในโดเมนการช็อกด้วยความเย็น
    • 4.10.1 ครอบครัว: csd
  • 4.11 คลาส: รันท์
    • 4.11.1 ครอบครัว: Runt
• 0 กลุ่มหลัก: ปัจจัยการถอดรหัสอื่นๆ
  • 0.1 ประเภท: โปรตีนกำปั้นทองแดง
  • 0.2 คลาส: HMGI(Y) ( HMGA1 )
    • 0.2.1 ครอบครัว: HMGI(Y)
  • 0.3 คลาส: โดเมนพ็อกเก็ต
  • 0.4 ประเภท: ปัจจัยคล้าย E1A
  • 0.5 ชั้นเรียน: ปัจจัยที่เกี่ยวข้องกับ AP2/EREBP
    • 0.5.1 ตระกูล: AP2
    • 0.5.2 ตระกูล: EREBP
    • 0.5.3 ตระกูลใหญ่: AP2/B3
      • 0.5.3.1 ครอบครัว: ARF
      • 0.5.3.2 ครอบครัว: ABI
      • 0.5.3.3 ตระกูล: RAV