ตั้งแต่ปี 1899 บริษัท Brooklyn Rapid Transit Company (BRT; 1896–1923) และบริษัท Brooklyn–Manhattan Transit Corporation (BMT; 1923–1940) ได้ดำเนินการเดินรถด่วนในนครนิวยอร์กโดยในช่วงแรกมีเพียงทางรถไฟยกระดับและต่อมาได้ ขยายไป ยังรถไฟใต้ดิน ด้วย

จนถึงปี 1907 เส้นทางเหล่านี้ถูกเช่าให้กับบริษัท Brooklyn Heights Railroadซึ่งเป็นผู้ดำเนินการ เส้นทาง ขนส่งมวลชนบนพื้นดิน ของ BRT ด้วย ในปี 1907 สัญญาเช่าของบริษัทBrooklyn Union Elevated Railroadถูกยกเลิก และบริษัทนี้เริ่มดำเนินการเส้นทางขนส่งมวลชนด่วนส่วนใหญ่ บริษัทใหม่ชื่อNew York Consolidated Railroadก่อตั้งขึ้นในปี 1912 ในฐานะบริษัทลูกที่ดำเนินการขนส่งมวลชนด่วน และในปีเดียวกันนั้นเอง บริษัทNew York Municipal Railwayก็ถูกก่อตั้งขึ้นเพื่อเข้าทำสัญญาฉบับที่ 4 ของสัญญาคู่ (Dual Contracts) กับเมืองนิวยอร์ก ซึ่งภายใต้สัญญานี้ BRT ได้รับส่วนต่อขยายรถไฟใต้ดินและทางยกระดับ

ในปี ค.ศ. 1923 ในฐานะส่วนหนึ่งของการปรับโครงสร้างองค์กรของ BRT ให้เป็น BMT บริษัททั้งสองได้ควบรวมกิจการกันเพื่อก่อตั้งบริษัทNew York Rapid Transit Corporationและบริษัท Brooklyn and Queens Transit Corporationก็ถูกก่อตั้งขึ้นในลักษณะเดียวกันในปี ค.ศ. 1929 ในฐานะบริษัทลูกที่ให้บริการขนส่งทางบก เมื่อคณะกรรมการขนส่งแห่งนครนิวยอร์กเข้าควบคุม BMT ในปี ค.ศ. 1940 บริษัทจึงยุติการดำเนินงาน

บริษัทBrooklyn Union Elevated Railroadก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 30 มกราคม พ.ศ. 2442 และเข้าซื้อทรัพย์สินของบริษัทBrooklyn Elevated Railroad ที่ล้มละลาย เมื่อวันที่ 17 กุมภาพันธ์ BRT เข้าควบคุมกิจการในอีกหนึ่งเดือนต่อมา คือวันที่ 25 มีนาคม^{[ 1 ]}และให้เช่าบริษัทรถไฟยกระดับแก่Brooklyn Heights Railroadซึ่งก่อนหน้านั้นเป็นเพียง บริษัท รถรางเมื่อวันที่ 1 เมษายน ส่วนบริษัทรถไฟยกระดับอีกแห่งในบรูคลิน คือKings County Elevated Railwayถูกขายภายใต้การยึดทรัพย์ให้กับ BRT เมื่อวันที่ 6 กรกฎาคม พ.ศ. 2442 ^{[ 2 ]}และจัดตั้งใหม่เมื่อวันที่ 1 สิงหาคม ในชื่อ Kings County Elevated Railroad

ขั้นตอนแรกในการลดความซับซ้อนของโครงสร้างองค์กรเกิดขึ้นในปี ค.ศ. 1900 เมื่อทางรถไฟ Sea View ( สาย Brighton Beach ) ถูกควบรวมเข้ากับทางรถไฟยกระดับ Kings County (เมื่อวันที่ 9 พฤษภาคม) และทางรถไฟยกระดับ Kings County ก็ถูกควบรวมเข้ากับทางรถไฟยกระดับ Brooklyn Union (เมื่อวันที่ 24 พฤษภาคม) สัญญาเช่ากับ Brooklyn Heights ถูกยกเลิกโดยมีผลตั้งแต่วันที่ 1 มีนาคม ค.ศ. 1907 หลังจากนั้น Brooklyn Union Elevated ก็ดำเนินการเอง ในขณะเดียวกัน สัญญาเช่าทางรถไฟ Canarsie ระดับพื้นดิน ซึ่งดำเนินการเป็นส่วนหนึ่งของระบบยกระดับ ก็ถูกโอนไปยัง Brooklyn Union Elevated ทางรถไฟ Sea Beach (สาย Sea Beach) และทางรถไฟ South Brooklyn ( สาย Culver ) ซึ่งเคยดำเนินการโดย Brooklyn Heights เป็นส่วนหนึ่งของระบบยกระดับก็ถูกปล่อยให้ดำเนินการอย่างอิสระ^{[ 3 ]}

ดังนั้น ณ เดือนมีนาคม พ.ศ. 2450 เส้นทางต่อไปนี้จึงให้บริการรถไฟยกระดับ:

ทางรถไฟยกระดับบรูคลินยูเนียน

• รถไฟสายไบรตันบีช , พาร์คโรว์ , จากแมนฮัตตันตอนล่างไปยังโคนีย์ไอส์แลนด์
  • โดยรถไฟสายลองไอส์แลนด์ (Long Island Rail Road) สายแมนฮัตตันบีช (Manhattan Beach Division)ไปยังแมนฮัตตันบีช
• รถไฟสายบรอดเวย์ , เรือเฟอร์รี่บ รอดเวย์ , จากวิลเลียมส์ เบิร์กไปยังไซเพรสฮิลส์
  • โดยทางลาดและทางรถไฟลองไอส์แลนด์สายแอตแลนติกอเวนิวไปยังจาไมกา ควีนส์ หรือโดยทางสายร็อกอะเวย์บีชไปยังร็อกอะเวย์พาร์ค ควีนส์
• เรือเฟอร์รี่สายคานาร์ซี (Canarsie Line) , เรือเฟอร์รี่บรอดเวย์ (Broadway Ferry), จากวิลเลียมส์เบิร์กไปยังคานาร์ซีแลนดิ้ง (Canarsie Landing)
• รถไฟฟ้าสายฟิฟท์อเวนิว สถานีพาร์คโรว์ จากแมนฮัตตันตอนล่างไปยังเบย์ริดจ์
• สายฟุลตันสตรีท , พาร์คโรว์, แมนฮัตตันตอนล่าง ไปยังสายซิตี้ไลน์
• สาย Lexington Avenue , Park Row, Lower Manhattan ไปยัง Cypress Hills
• รถไฟสายเมอร์เทิลอเวนิว (Myrtle Avenue Line) สายพาร์คโรว์ (Park Row) จากแมนฮัตตันตอนล่าง ไปยังริดจ์วูด (Ridgewood) ในควีนส์

รถไฟไฟฟ้าแนสซอ

• รถไฟฟ้าสายเวสต์เอนด์ ( West End Line) วิ่งจาก พาร์คโรว์ (Park Row) ในแมนฮัตตันตอนล่างไปยังโคนีย์ไอส์แลนด์ (Coney Island) (ดำเนินการโดยรถไฟฟ้ายกระดับบรู๊คลินยูเนียน (Brooklyn Union Elevated) ทางเหนือของถนนสายที่ 36 ) นอกจากนี้ รถไฟฟ้าแนสซออิเล็กทริก (Nassau Electric) ยังให้บริการรถรางสายถนนสายที่ 86 (86th Street Line) บนสายเวสต์เอนด์ทางใต้ของหาดบาธ (Bath Beach)

ทางรถไฟชายหาด

• เส้นทางรถไฟซีบีช ( Sea Beach Line)จากพาร์คโรว์ (Park Row) แมนฮัตตันตอนล่าง ไปยังโคนีย์ไอส์แลนด์ (Coney Island) (ดำเนินการโดยรถไฟยกระดับบรู๊คลินยูเนียน (Brooklyn Union Elevated) ทางเหนือของถนนสายที่ 36 และโดยรถไฟซีบีช (Sea Beach) บน เส้นทางรถไฟ ของแนสซออิเล็กทริก (Nassau Electric) ในเส้นทางเวสต์เอนด์ (West End Line) ระหว่างถนนสายที่ 36 และบาธจังก์ชัน (Bath Junction )) นอกจากนี้ รถไฟซีบีชยังให้บริการรถรางทางตะวันตกของบาธจังก์ชันด้วย

ทางรถไฟเซาท์บรู๊คลิน

• รถไฟสายคัลเวอร์ (Culver Line)วิ่งจากพาร์คโรว์ (Park Row) จากแมนฮัตตันตอนล่างไปยังโคนีย์ไอส์แลนด์ (Coney Island) (ดำเนินการโดยรถไฟยกระดับบรู๊คลินยูเนียน (Brooklyn Union Elevated) ทางเหนือของถนนสายที่ 36) นอกจากนี้ยังมีรถรางหลายสายวิ่งบนเส้นทางนี้ด้วย

ในไม่ช้าทางรถไฟซีบีชก็ถูกเช่าโดยทางรถไฟบรู๊คลินยูเนียนอีเลฟเต็ดแต่ทางรถไฟอีกสองสาย ได้แก่ สายคัลเวอร์และสายเวสต์เอนด์ ยังคงดำเนินการแยกกันต่อไปในวันที่ 30 พฤศจิกายน 1912 ทางรถไฟบรู๊คลินยูเนียนอีเลฟเต็ด ทางรถไฟคานาร์ซี และทางรถไฟซีบีช ได้รวมกันเพื่อก่อตั้งเป็นทางรถไฟนิวยอร์กคอนโซลิเดเต็ด

บริษัทรถไฟเทศบาลนิวยอร์กก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 27 กันยายน พ.ศ. 2455 ^{[ 4 ]}เพื่อเช่าเส้นทาง BRT ที่สร้างโดยเมืองภายใต้สัญญาฉบับที่ 4 ของสัญญาคู่ สัญญาเช่านี้มีอายุ 49 ปี นับจากวันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2460 ภายใต้เงื่อนไขของสัญญา ระบบทั้งสองจะต้องดำเนินการเป็นระบบเดียว และเมืองมีสิทธิ์ในการเรียกคืน ซึ่งสามารถนำเส้นทางที่เมืองเป็นเจ้าของกลับมาดำเนินการได้หลังจากสิบปี^{[ 5 ]}เส้นทางยกระดับตามสัญญาฉบับที่ 4 สร้างเสร็จเหนือรางรถไฟฝั่งตะวันตกในปี พ.ศ. 2460 และรางรถไฟคัลเวอร์ในปี พ.ศ. 2463 ทำให้การดำเนินงานยกระดับบนพื้นผิวสิ้นสุดลงแม้ว่าจะให้เช่าแก่บริษัทรถไฟเทศบาลนิวยอร์ก แต่เส้นทางใหม่ทั้งหมดดำเนินการโดยบริษัทรถไฟยกระดับ คือ บริษัทรถไฟรวมนิวยอร์ก^{[ 6 ]}

งานก่อสร้างต่อไปนี้ดำเนินการภายใต้สัญญา 4: ^{[ 7 ] [ 8 ]}

• รถไฟใต้ดินบรอดเวย์จากแมนฮัตตันตอนล่างไปยังลองไอส์แลนด์ซิตี้ ควีนส์
• รถไฟใต้ดินสายคาแนลสตรีท ย่านแมนฮัตตันตอนล่าง
• รถไฟใต้ดินสาย Centre Street Loop , แมนฮัตตันตอนล่าง
• ทางยกระดับถนนเกรฟเซนด์จากโคนีย์ไอส์แลนด์ บรูคลินไปยังซันเซ็ตพาร์ค บรูคลิน
• รถไฟใต้ดินเขตตะวันออก (Eastern District Subway ) จากมิดทาวน์แมนฮัตตันไปยังอีสต์นิวยอร์ก บรู๊คลิน
• รถไฟใต้ดินสายโฟร์ทอเวนิวจากเบย์ริดจ์ บรูคลินไปยังดาวน์ทาวน์บรูคลิน
• ทางยกระดับถนนนิวอูเทรคต์อเวนิวจากโคนีย์ไอส์แลนด์ บรูคลิน ไปยังซันเซ็ตพาร์ค บรูคลิน
• สิทธิ์ในการใช้รางรถไฟ ยกระดับแอ สโตเรียและโคโรนาใน ควีนส์ ให้เช่าแก่บริษัทอินเตอร์โบโรห์ แรพิด ทรานสิตคอมปานี

การก่อสร้างต่อไปนี้ดำเนินการโดยบริษัทรถไฟเทศบาลนิวยอร์กเป็นผู้รับผิดชอบค่าใช้จ่ายเอง: ^{[ 7 ]}

• การปรับปรุง ทางยกระดับหาดไบรตัน , โคนีย์ไอส์แลนด์
• รถไฟใต้ดินสายแฟลตบุช อเวนิวจากพร็อสเปคต์พาร์ค บรูคลินไปยังดาวน์ทาวน์บรูคลิน
• ทางยกระดับจาไมกาอเวนิวไซเพรสฮิลส์ บรูคลินไปยังจาไมกา ควีนส์
• รถไฟยกระดับลิเบอร์ตี้อเวนิว สายซิตี้ไลน์ บรูคลินไปยังโอโซนพาร์ค ควีนส์
• สุสานลูเธอรันยกระดับริดจ์วูด ควีนส์ไปยังมิดเดิลวิลเลจ ควีนส์
• การก่อสร้าง เส้นทางรถไฟ Sea Beach Lineใหม่ (ระดับต่ำกว่าปกติ) จาก Coney Island ไปยังBay Ridge, Brooklyn
• อาคารผู้โดยสาร Stillwell Avenueที่ Coney Island
• ชานชาลาด่วน (สายที่สาม) บนรถไฟยกระดับบรอดเวย์ , รถไฟยกระดับฟุลตันสตรีทและรถไฟยกระดับเมอร์เทิลอเวนิว

บริษัท New York Consolidated Railroad และ New York Municipal Railway ได้ควบรวมกิจการกันในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2466 ซึ่งเป็นเดือนเดียวกับที่บริษัท Brooklyn Rapid Transit Companyได้รับการปรับโครงสร้างใหม่เป็นBrooklyn–Manhattan Transit Corporationเพื่อก่อตั้งบริษัท New York Rapid Transit Corporationเส้นทาง Contract 4 ที่เหลือก็สร้างเสร็จในไม่ช้า เมื่อวันที่ 1 มิถุนายน พ.ศ. 2483 คณะกรรมการการขนส่งของเมืองนิวยอร์กได้เข้าควบคุมการดำเนินงาน^{[ 9 ]}

บริการ BMT ได้รับการกำหนดหมายเลขในปี พ.ศ. 2467 ซึ่งปรากฏเฉพาะที่ด้านหน้าของขบวนรถและในตารางเวลาเท่านั้น ในปี พ.ศ. 2503 องค์การขนส่งมวลชนนครนิวยอร์กได้นำ BMT เข้าสู่ ระบบตัวอักษร INDและบริการส่วนใหญ่ได้รับการกำหนดใหม่เป็นตัวอักษร ตั้งแต่นั้นมา มีการเปลี่ยนแปลงมากมาย โปรดดูบทความแต่ละบทความเกี่ยวกับตัวอักษรสำหรับรายละเอียดเพิ่มเติม และระบบการตั้งชื่อรถไฟใต้ดินนครนิวยอร์กสำหรับข้อมูลทั่วไปเพิ่มเติม^{[ 9 ]}

สถานีปลายทางที่แสดงในตารางด้านล่างเป็นสถานีก่อนตัวอักษร แผนภูมินี้แสดงรหัสตัวอักษรที่กำหนดให้กับบริการ BMT แต่ละสายในปี 1960 มีการเปลี่ยนแปลงที่สำคัญเกิดขึ้นในบางสายระหว่างนั้นจนถึงเมื่อมีการใช้ตัวอักษรอย่างเป็นทางการเป็นครั้งแรก แม้ว่ารหัสตัวเลข BMT จะถูกยกเลิกอย่างเป็นทางการในช่วงทศวรรษ 1960 แต่เครื่องหมายสองอย่างนี้ยังคงปรากฏบนอุปกรณ์จนถึงช่วงต้นทศวรรษ 1980 ตัวอย่างเช่น เครื่องหมาย BMT 7 ปรากฏบนรถไฟ Franklin Avenue Shuttle จนถึงปี 1982 ^{[ 10 ] [ 11 ]}

ระบบขนส่งมวลชนด่วน (BRT) ซึ่งเป็นระบบขนส่งมวลชนด่วนรุ่นก่อนหน้าของ BMT ได้จัดแบ่งเส้นทางรถไฟด่วนออกเป็นสองส่วน คือ ส่วนตะวันออกและส่วนใต้ เมื่อ BMT เริ่มให้บริการในสายโคโรนาและ แอสตอเรีย ในปี 1923 ก็ได้เพิ่มส่วนควีนส์เข้ามา และเมื่อเส้นทางควีนส์ซึ่งให้บริการร่วมกันถูกแบ่งระหว่าง BMT และ IRT ในปี 1949 ส่วนควีนส์ก็ถูกยุบเลิกไป

เส้นทางทั้งหมดที่วิ่งไปยังทางใต้ของบรู๊คลิน รวมถึงสายไบรตัน-แฟรงคลินสายบรอดเวย์ ที่วิ่ง ไปจนถึงควีนส์โบโรพลาซาและสายบีเอ็มที นัสเซา สตรีท ที่วิ่ง ไปทางเหนือสุดถึงแชมเบอร์ส สตรีทจัดอยู่ในเขตภาคใต้ ส่วนที่เหลือของระบบทั้งหมดอยู่ในเขตภาคตะวันออก ยกเว้นสายแอสโตเรียและสายฟลัชชิงซึ่งเดิมอยู่ในเขตควีนส์ (ดูด้านบน) สายแอสโตเรียเป็นส่วนหนึ่งของเขตภาคใต้มาตั้งแต่ปี 1949

แต่ละแผนกมีกองรถและฐานซ่อมบำรุงแยกจากกัน โดยรถบางประเภทจะถูกจัดสรรให้กับแผนกใดแผนกหนึ่งเท่านั้น และอุปกรณ์ทั่วไป เช่น รถมาตรฐาน BMT ก็ยังถูกแบ่งตามหมายเลขรถระหว่างแผนกต่างๆ

การแบ่งแยกระหว่างแผนก BMT ตะวันออกและใต้ยังคงมีอยู่จนถึงปัจจุบัน ส่วนหนึ่งเป็นเพราะเหตุผลด้านการปฏิบัติงานและการบำรุงรักษา และอีกส่วนหนึ่งเป็นเพราะแผนกตะวันออกจำกัดเฉพาะรถไฟที่มีความยาวสั้นกว่า 60 ฟุต เมื่อเส้นทางChrystie Street Connectionเข้าร่วมกับ IND และ BMT ในการดำเนินงานในปี 1967 ก็ไม่ได้เปลี่ยนแปลงขอบเขตของแผนก แต่ได้ทำลายการกำหนดประเภทของรถไฟให้กับแผนกใดแผนกหนึ่งอย่างเคร่งครัด

ก่อนที่จะมีสถานีคริสตี้ สตรีท การให้บริการในทั้งสองสายพร้อมกันนั้นเกิดขึ้นได้ยากมาก จนกระทั่ง มีการเปิดให้บริการสาย QJและRJในปี 1967 มีการใช้รางร่วมกันบ้างในบางกรณี โดยส่วนใหญ่จะเป็นสายแนสซอ สตรีทและช่วงใกล้สะพานบรู๊คลินปัจจุบันไม่มีการให้บริการในทั้งสองสายพร้อมกันแล้ว

เมื่อ BMT เริ่มใช้หมายเลขสายรถไฟในปี 1924 ก็ได้แบ่งสายรถไฟออกเป็นโซนต่างๆ ดังนี้ สาย1ถึง4สำหรับรถไฟใต้ดินโซนใต้ สาย 5 , 6และ7สำหรับรถไฟยกระดับโซนใต้สาย 8และ9สำหรับโซนควีนส์ และ สาย 10ถึง16สำหรับรถไฟโซนตะวันออก

ในปี 1940 เมื่อเทศบาลเมืองเป็นเจ้าของพื้นที่แล้ว เขตต่างๆ จึงถูกเปลี่ยนชื่ออย่างเป็นทางการเป็น "ส่วน" เพื่อหลีกเลี่ยงการแบ่งเขตย่อยออกเป็นหลายชั้น เช่น "เขต BMT ส่วนตะวันออก" แต่โดยทั่วไปแล้วก็ยังคงเรียกกันว่า "เขต" มาจนถึงปัจจุบัน

ปัจจุบัน เส้นทางรถไฟ BMT ในแมนฮัตตันเป็นรถไฟใต้ดินทั้งหมด ส่วนเส้นทางในบรูคลินประกอบด้วยรถไฟใต้ดินสายยาวหนึ่งสาย คือสายโฟร์ทอเวนิว และรถไฟใต้ดินเชื่อมต่ออีกหนึ่งสาย ซึ่งเชื่อมต่อ สายไบรตันบีชที่มีอยู่เดิม กับรถไฟใต้ดินสายหลัก ณ จุดเชื่อมต่อลอยฟ้าขนาดใหญ่ที่ถนนเดคาลบ์และถนนแฟลตบุช เส้นทางที่เหลือในบรูคลินอยู่บนโครงสร้างยกระดับ ในพื้นที่เปิดโล่ง หรือบนคันดิน หรือบนรางรถไฟบนพื้นดินช่วงสั้นๆ เส้นทางในบรูคลินหลายสายขยายไปยังควีนส์ และเส้นทางเหล่านี้เป็นทางยกระดับ ยกเว้น สายมิดเดิ ลวิลเลจ-เมโทรโพลิแทนอเวนิวบนสายเมอร์เทิลอเวนิวซึ่งอยู่บนคันดิน และสาย BMT อาร์เชอร์อเวนิวซึ่งเป็นรถไฟใต้ดินสายสั้นๆ ที่เปิดให้บริการในปี 1989 โดยมีบริการรถไฟ IND วิ่งอยู่ด้านบน เส้นทางเดียวของ BMT ในควีนส์ที่มาจากแมนฮัตตันโดยตรง คือสาย BMT แอสตอเรียซึ่งเป็นทางยกระดับทั้งหมด