วิทยาเห็ดกลายเป็นวิทยาศาสตร์ที่เป็นระบบหลังจากมีการพัฒนากล้องจุลทรรศน์ในศตวรรษที่ 17 แม้ว่าGiambattista della Porta จะสังเกตเห็นสปอร์ของเชื้อราเป็นครั้งแรก ในปี 1588 แต่งานสำคัญในการพัฒนาวิทยาเห็ดถือเป็นการตีพิมพ์ ผลงาน Nova plantarum genera ของ Pier Antonio Micheliในปี 1729 ^{[ 61 ]} Micheli ไม่เพียงแต่สังเกตสปอร์เท่านั้น แต่ยังแสดงให้เห็นว่าภายใต้สภาวะที่เหมาะสม สปอ ร์เหล่านั้นสามารถถูกชักนำให้เจริญเติบโตเป็นเชื้อราสายพันธุ์เดียวกันกับที่มันกำเนิดมาได้^{[ 62 ]} Christiaan Hendrik Persoon ชาวดัตช์ (1761–1836) ได้ขยายการใช้ระบบการตั้งชื่อแบบทวิภาค ที่ Carl Linnaeusนำมาใช้ในSpecies plantarum (1753) ของเขา และได้จัดตั้งการจำแนกประเภทของเห็ดเป็นครั้งแรกด้วยทักษะที่ยอดเยี่ยมจนได้รับการยกย่องว่าเป็นผู้ก่อตั้งวิทยาเห็ดสมัยใหม่ ต่อมาElias Magnus Fries (1794–1878) ได้พัฒนาการจัดประเภทของเชื้อราเพิ่มเติม โดยใช้สีของสปอร์และลักษณะทางจุลภาค ซึ่งเป็นวิธีการที่นักอนุกรมวิธานยังคงใช้ในปัจจุบัน ผู้มีส่วนร่วมที่โดดเด่นอื่นๆ ในด้านวิทยาเชื้อราในช่วงศตวรรษที่ 17–19 และต้นศตวรรษที่ 20 ได้แก่ Miles Joseph Berkeley, August Carl Joseph Corda , Anton de Bary , พี่น้องLouis RenéและCharles Tulasne , Arthur HR Buller , Curtis G. LloydและPier Andrea Saccardoในศตวรรษที่ 20 และ 21 ความก้าวหน้าในด้านชีวเคมีพันธุศาสตร์ชีววิทยาโมเลกุลเทคโนโลยีชีวภาพการจัดลำดับดีเอ็นเอ และการวิเคราะห์ทางวิวัฒนาการ ได้ให้ข้อมูลเชิงลึกใหม่ๆ เกี่ยวกับความสัมพันธ์และความหลากหลายทางชีวภาพ ของเชื้อรา และได้ท้าทายการจัดกลุ่มตามสัณฐานวิทยาแบบดั้งเดิมในอนุกรมวิธานของเชื้อรา^{[ 63 ]}

เชื้อราส่วนใหญ่เจริญเติบโตเป็นไฮฟาซึ่งเป็นโครงสร้างทรงกระบอกคล้ายเส้นด้ายมีเส้นผ่านศูนย์กลาง 2–10 ไมโครเมตร และยาวได้ถึงหลายเซนติเมตร ไฮฟาเจริญเติบโตที่ปลาย (ปลายยอด) โดยทั่วไปไฮฟาใหม่จะเกิดขึ้นจากการงอกของปลายใหม่ตามไฮฟาที่มีอยู่แล้วโดยกระบวนการที่เรียกว่า การแตกแขนงหรือบางครั้งปลายไฮฟาที่กำลังเจริญเติบโตจะแยกออกเป็นสองเส้นที่เจริญเติบโตขนานกัน^{[ 64 ]}บางครั้งไฮฟาก็รวมตัวกันเมื่อสัมผัสกัน ซึ่งเรียกว่าการรวมตัวของไฮฟา (หรือการเชื่อมต่อ ) กระบวนการเจริญเติบโตเหล่านี้ทำให้เกิดไมซีเลียมซึ่งเป็นเครือข่ายของไฮฟาที่เชื่อมต่อกัน^{[ 39 ]}ไฮฟาอาจเป็นแบบมีผนังกั้นหรือแบบมีเซลล์ร่วมกันไฮฟาแบบมีผนังกั้นจะถูกแบ่งออกเป็นช่องๆ ที่แยกจากกันด้วยผนังขวาง (ผนังเซลล์ภายในที่เรียกว่าผนังกั้น ซึ่งก่อตัวเป็นมุมฉากกับผนังเซลล์ที่ทำให้ไฮฟามีรูปร่าง) โดยแต่ละช่องจะมีนิวเคลียสหนึ่งหรือมากกว่าหนึ่งนิวเคลียส ไฮฟาแบบมีเซลล์ร่วมกันจะไม่มีการแบ่งช่อง^{[ 65 ]}เซปต้ามีรูพรุนที่ยอมให้ไซโตพลาซึมออร์แกเนลล์และบางครั้งนิวเคลียสผ่านเข้าไปได้ ตัวอย่างเช่นเซปตัมโดลิพอร์ในเชื้อราไฟลัม Basidiomycota ^{[ 66 ]}ไฮฟาโคเอโนไซติกโดยพื้นฐานแล้วคือซูเปอร์เซลล์ที่มีนิวเคลียสหลายอัน^{[ 67 ]} 

หลายชนิดได้พัฒนาโครงสร้างไฮฟาเฉพาะเพื่อดูดซับสารอาหารจากโฮสต์ที่มีชีวิต ตัวอย่างเช่นฮอสทอเรียในพืชปรสิตของเชื้อราไฟลัมส่วนใหญ่^{[ 68 ]}และอาร์บัสคูล ของเชื้อรา ไมคอร์ไรซาหลายชนิดซึ่งแทรกซึมเข้าไปในเซลล์โฮสต์เพื่อบริโภคสารอาหาร^{[ 69 ]}

แม้ว่าเชื้อราจะเป็นออพิสโทคอนต์ซึ่งเป็นกลุ่มของสิ่งมีชีวิตที่มีความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการซึ่งโดยทั่วไปมีลักษณะเด่นคือ มี แฟลเจลลัม ด้านหลังเพียงเส้นเดียว แต่ไฟลัมทั้งหมด ยกเว้นไคทริดและบลาสโตคลาดิโอไมซีสได้สูญเสียแฟลเจลลัมด้านหลังไปแล้ว^{[ 70 ] [ 71 ]}เชื้อราเป็นสิ่งมีชีวิตยูคาริโอตที่ผิดปกติตรงที่มีผนังเซลล์ซึ่งนอกจากจะมีกลูแคน (เช่นβ-1,3-กลูแคน ) และส่วนประกอบทั่วไปอื่นๆ แล้ว ยังมีไบ โอพอลิเมอร์ไคตินอีกด้วย^{[ 42 ]}

เส้นใยของเชื้อราสามารถมองเห็นได้ด้วยตาเปล่า เช่น บนพื้นผิวและวัสดุ ต่างๆ เช่น ผนังที่ชื้นและอาหารที่เน่าเสีย ซึ่งโดยทั่วไปเรียกว่า รา เส้นใยที่เจริญเติบโตบน อาหารเลี้ยง เชื้อ แข็งในจาน เพาะเชื้อในห้องปฏิบัติการมักเรียกว่าโคโลนีโคโลนีเหล่านี้สามารถแสดงรูปร่างและการเจริญเติบโต (เนื่องจากสปอร์หรือเม็ดสี ) ซึ่งสามารถใช้เป็นลักษณะเฉพาะในการระบุชนิดหรือกลุ่มได้^{[ 72 ]}โคโลนีของเชื้อราบางชนิดสามารถมีขนาดและอายุที่มากเป็นพิเศษ เช่น โค โลนีโคลนของArmillaria solidipesซึ่งแผ่ขยายไปทั่วพื้นที่มากกว่า 900 เฮกตาร์ (3.5 ตารางไมล์) โดยมีอายุประมาณเกือบ 9,000 ปี^{[ 73 ]}  

อะโพทีเซียมซึ่งเป็นโครงสร้างพิเศษที่สำคัญในการสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศในแอสโคไมซีส เป็นโครงสร้างผลรูปถ้วยที่มักมองเห็นได้ด้วยตาเปล่าและมีไฮเมเนียมซึ่งเป็นชั้นเนื้อเยื่อที่มีเซลล์ที่สร้างสปอร์^{[ 74 ]}โครงสร้างผลของเบสิดิโอไมซีส ( เบสิดิโอคาร์ป ) และแอสโคไมซีสบางชนิดสามารถเจริญเติบโตได้ใหญ่มาก และหลายชนิดเป็นที่รู้จักกันดีในชื่อเห็ด

การสืบพันธุ์แบบไม่อาศัยเพศเกิดขึ้นผ่านสปอร์แบบอาศัยเพศ ( โคนิเดีย ) หรือผ่านการแตกตัวของไมซีเลียมการแตกตัวของไมซีเลียมเกิดขึ้นเมื่อไมซีเลียมของเชื้อราแยกออกเป็นชิ้นๆ และแต่ละส่วนจะเจริญเติบโตเป็นไมซีเลียมแยกต่างหาก การแตกตัวของไมซีเลียมและสปอร์แบบอาศัยเพศช่วยรักษา ประชากร โคลน ที่ปรับตัวให้เข้ากับ แหล่งที่อยู่อาศัยเฉพาะและช่วยให้การแพร่กระจายรวดเร็วกว่าการสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศ^{[ 93 ]} Fungi imperfecti ('เชื้อราที่ไม่มีระยะสมบูรณ์หรือระยะอาศัยเพศ') หรือDeuteromycotaประกอบด้วยสปีชีส์ทั้งหมดที่ไม่มีวงจรการสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศที่สังเกตได้^{[ 94 ]} Deuteromycota (หรือที่รู้จักกันในชื่อ Deuteromycetes, conidial fungi หรือ mitosporic fungi) ไม่ใช่กลุ่มอนุกรมวิธานที่ได้รับการยอมรับ และในปัจจุบันถือว่าหมายถึงเชื้อราที่ไม่มีระยะอาศัยเพศที่รู้จัก^{[ 95 ]}

การสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศโดยใช้ไมโอซิสได้รับการสังเกตโดยตรงในไฟลัมของเชื้อราทั้งหมด ยกเว้นGlomeromycota ^{[ 96 ]} (แม้ว่าการวิเคราะห์ทางพันธุกรรมจะชี้ให้เห็นว่าไมโอซิสเกิดขึ้นใน Glomeromycota เช่นกัน) มันแตกต่างจากการสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศในสัตว์หรือพืชในหลายแง่มุม ความแตกต่างยังคงมีอยู่ระหว่างกลุ่มเชื้อรา และสามารถใช้ในการจำแนกชนิดโดยอาศัยความแตกต่างทางสัณฐานวิทยาของโครงสร้างทางเพศและกลยุทธ์การสืบพันธุ์^{[ 97 ] [ 98 ]}การทดลองผสมพันธุ์ระหว่างเชื้อราที่แยกได้อาจระบุชนิดโดยอาศัยแนวคิดทางชีววิทยาของชนิด^{[ 98 ]}กลุ่มเชื้อราหลัก ๆ ได้รับการกำหนดขอบเขตเบื้องต้นโดยอาศัยสัณฐานวิทยาของโครงสร้างทางเพศและสปอร์ ตัวอย่างเช่น โครงสร้างที่บรรจุสปอร์ ได้แก่ แอสซีและบาซิเดียสามารถใช้ในการระบุแอสโคไมซีสและบาซิดิโอไมซีสตามลำดับ เชื้อราใช้ระบบการผสมพันธุ์ สองแบบ : ชนิดเฮเทอโรทัลลิก อนุญาตให้ผสมพันธุ์ได้เฉพาะระหว่างตัวที่มี ประเภทการผสมพันธุ์ ตรงข้ามกันเท่านั้น ในขณะที่ ชนิด โฮโมทัลลิกสามารถผสมพันธุ์และสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศกับตัวอื่นหรือกับตัวเองก็ได้^{[ 99 ]}

เชื้อราส่วนใหญ่มีทั้ง ระยะ แฮพลอยด์และดิพลอยด์ในวงจรชีวิต ในเชื้อราที่สืบพันธุ์แบบอาศัยเพศ เชื้อราที่เข้ากันได้อาจรวมกันโดยการหลอมรวมเส้นใยเข้าด้วยกันเป็นเครือข่ายที่เชื่อมต่อกัน กระบวนการนี้เรียกว่า อนาสโตโมซิส ซึ่งจำเป็นสำหรับการเริ่มต้นวงจรการสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศ เชื้อราแอสโคไมซีสและเบซิดิโอไมซีสจำนวนมากผ่าน ระยะ ไดคาริโอติกซึ่งนิวเคลียสที่ได้รับมาจากพ่อแม่ทั้งสองจะไม่รวมกันทันทีหลังจากการหลอมรวมเซลล์ แต่จะยังคงแยกกันอยู่ในเซลล์เส้นใย (ดูเฮเทอโรคาริโอซิส ) ^{[ 100 ]}

ในแอสโคไมซีส ไฮฟาแบบไดคาริโอติกของไฮเมเนียม (ชั้นเนื้อเยื่อที่สร้างสปอร์) จะสร้าง ตะขอ (crozier) ที่มีลักษณะเฉพาะที่ผนังกั้นไฮฟา ในระหว่างการแบ่งเซลล์การสร้างตะขอนี้จะช่วยให้มั่นใจได้ว่านิวเคลียสที่แบ่งใหม่จะกระจายไปยังส่วนปลายและส่วนฐานของไฮฟาอย่างเหมาะสม จากนั้นจะสร้างแอสคัส (พหูพจน์asci ) ขึ้น ซึ่ง จะเกิดการรวมตัวของนิวเคลียส ( karyogamy ) แอสคัสจะฝังอยู่ในแอสโคคาร์ป หรือผล การรวมตัวของ นิวเคลียสในแอสคัสจะตามมาด้วยไมโอซิสและการสร้างแอสโคสปอร์ทันทีหลังจากกระจายตัวแล้ว แอสโคสปอร์อาจงอกและสร้างไมซีเลียมแฮพลอยด์ใหม่ได้^{[ 101 ]}

การสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศในเบสิดิโอไมซีสคล้ายคลึงกับของแอสโคไมซีส เส้นใยแฮพลอยด์ที่เข้ากันได้จะรวมตัวกันเพื่อสร้างไมซีเลียมแบบไดคาริโอติก อย่างไรก็ตาม ระยะไดคาริโอติกนั้นกว้างขวางกว่าในเบสิดิโอไมซีส มักพบในไมซีเลียมที่เจริญเติบโตแบบไม่อาศัยเพศด้วย โครงสร้างทางกายวิภาคเฉพาะที่เรียกว่าแคลมป์คอนเนคชั่นจะเกิดขึ้นที่ผนังกั้นเส้นใยแต่ละอัน เช่นเดียวกับตะขอที่มีโครงสร้างคล้ายกันในแอสโคไมซีส แคลมป์คอนเนคชั่นในเบสิดิโอไมซีสจำเป็นสำหรับการถ่ายโอนนิวเคลียสอย่างควบคุมได้ในระหว่างการแบ่งเซลล์ เพื่อรักษาระยะไดคาริโอติกที่มีนิวเคลียสที่แตกต่างกันทางพันธุกรรมสองนิวเคลียสในแต่ละส่วนของเส้นใย^{[ 102 ]}เกิดเป็นเบสิดิโอคาร์ปซึ่งมีโครงสร้างคล้ายกระบองที่เรียกว่าเบสิเดีย สร้างเบสิดิโอสปอร์ แฮพลอยด์ หลังจากคาริโอกามีและไมโอซิส^{[ 103 ]}เบสิดิโอคาร์ปที่รู้จักกันทั่วไปมากที่สุดคือเห็ด แต่ก็อาจมีรูปร่างอื่นๆ ได้เช่นกัน (ดู ส่วน สัณฐานวิทยา )

ในเชื้อราที่เคยถูกจัดอยู่ในกลุ่มZygomycotaเส้นใยแฮพลอยด์ของเชื้อราสองตัวจะรวมกัน เกิดเป็นแกมีแทงเจียมซึ่งเป็นโครงสร้างเซลล์พิเศษที่ กลายเป็นเซลล์สร้าง แกมีต ที่เจริญพันธุ์ แกมี แทงเจียมจะพัฒนาเป็นไซโกสปอร์ซึ่งเป็นสปอร์ที่มีผนังหนาที่เกิดจากการรวมตัวของแกมีต เมื่อไซโกสปอร์งอก มันจะเกิดการแบ่งเซลล์แบบไมโอซิส ทำให้เกิดเส้นใยแฮพลอยด์ใหม่ ซึ่งอาจก่อตัวเป็นสปอแรนจิโอสปอร์ แบบไม่ใช้เพศ สปอแรนจิโอ สปอร์เหล่านี้ทำให้เชื้อราสามารถแพร่กระจายและงอกเป็นไมซีเลียมของเชื้อราแฮพลอยด์ที่มีลักษณะทางพันธุกรรมเหมือนกันได้อย่างรวดเร็ว^{[ 104 ]}

สปอร์ของเชื้อราส่วนใหญ่ที่ได้รับการวิจัยจะถูกขนส่งโดยลม^{[ 105 ] [ 106 ]}เชื้อราเหล่านี้มักสร้างสปอร์แห้งหรือ สปอ ร์ที่ไม่ชอบน้ำ ซึ่งไม่ดูดซับน้ำและกระจายตัวได้ง่ายโดยหยาดฝน เป็นต้น^{[ 105 ] [ 107 ] [ 108 ]}ในเชื้อราชนิดอื่นๆ ทั้งสปอร์แบบไม่อาศัยเพศและแบบอาศัยเพศ หรือสปอแรนจิโอสปอร์ มักถูกกระจายตัวอย่างแข็งขันโดยการดีดออกจากโครงสร้างสืบพันธุ์ การดีดนี้ทำให้สปอร์ออกจากโครงสร้างสืบพันธุ์และเดินทางผ่านอากาศได้ในระยะทางไกล

กลไกเชิงกลและสรีรวิทยาเฉพาะทาง รวมถึงโครงสร้างพื้นผิวของสปอร์ (เช่นไฮโดรโฟบิน ) ช่วยให้การดีดสปอร์มีประสิทธิภาพ^{[ 109 ]}ตัวอย่างเช่น โครงสร้างของเซลล์ที่มีสปอร์ในเชื้อราแอสโคไมซีตบางชนิดมีลักษณะที่การสะสมของสารที่ส่งผลต่อปริมาตรของเซลล์และสมดุลของของเหลวช่วยให้สามารถดีดสปอร์ออกไปในอากาศได้อย่างรวดเร็ว^{[ 110 ]}การดีดสปอร์เดี่ยวอย่างรุนแรงที่เรียกว่าบัลลิสโตสปอร์ เกี่ยวข้องกับการก่อตัวของหยดน้ำขนาดเล็ก (หยดของบูลเลอร์ ⁾ซึ่งเมื่อสัมผัสกับสปอร์จะนำไปสู่การดีดสปอร์ด้วยแรงเร่งเริ่มต้นมากกว่า 10,000 g ^{[ 111} ] ผลลัพธ์สุทธิคือสปอร์ถูกดีดออกไป 0.01–0.02 ซม. ซึ่งเป็นระยะทางที่เพียงพอให้ตกลงผ่านเหงือกหรือรูพรุนลงไปในอากาศด้านล่าง^{[ 112 ]}เชื้อราอื่นๆ เช่นพัฟบอลอาศัยกลไกทางเลือกในการดีดสปอร์ เช่น แรงเชิงกลภายนอก เชื้อราไฮดนอยด์ (เชื้อราฟัน) ผลิตสปอร์บนส่วนที่ห้อยลงมาคล้ายฟันหรือหนาม^{[ 113 ]}เชื้อรารังนกใช้แรงของหยดน้ำที่ตกลงมาเพื่อปลดปล่อยสปอร์จากส่วนที่สร้างสปอร์รูปถ้วย^{[ 114 ]}กลยุทธ์อีกอย่างหนึ่งพบได้ในเชื้อรากลุ่มสติงฮอร์น ซึ่งเป็นเชื้อราที่มีสีสันสดใสและกลิ่นเหม็นเน่าที่ดึงดูดแมลงให้มาช่วยกระจายสปอร์^{[ 115 ]}  

สปอร์ของเชื้อราบางชนิดแพร่กระจายโดยสัตว์ ตัวอย่างเช่นเห็ดทรัฟเฟิลและเชื้อราใต้ดินชนิดอื่นๆ ไม่ได้ปล่อยสปอร์ออกมาเอง แต่ส่วนใหญ่จะสร้างดอกเห็ดที่มีกลิ่นแรงดึงดูดหนูและสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมขนาดเล็กอื่นๆ ซึ่งกินเข้าไปและแพร่กระจายสปอร์ในอุจจาระ ของพวกมัน ^{[ 116 ]} ใน ทำนองเดียวกัน แมลง เช่นแมลงวันและสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลัง อื่นๆ ก็อาจแพร่กระจายสปอร์ได้หลังจากกินดอกเห็ดหรือพืชที่มีเชื้อราเข้าไป นกก็เป็นที่ทราบกันดีว่าสามารถพาสปอร์ของเชื้อราที่ก่อโรคในต้นไม้ต่างๆ ได้เช่นกัน^{[ 117 ]}

ในการสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศแบบโฮโมทัลลิก นิวเคลียส แฮพลอยด์ สอง นิวเคลียสที่ได้มาจากสิ่งมีชีวิตตัวเดียวกันจะรวมกันเพื่อสร้างไซโกตซึ่งสามารถแบ่งตัวแบบไมโอซิสได้ เชื้อราแบบโฮโมทัลลิก ได้แก่ สปีชีส์ที่มี ระยะสืบพันธุ์แบบไม่อาศัยเพศ (อนามอร์ฟ) คล้ายกับ Aspergillusซึ่งพบได้ในหลายสกุลที่แตกต่างกัน^{[ 118 ]}สปีชีส์หลายชนิดของสกุลCochliobolusซึ่ง เป็นแอสโคไมซีต ^{[ 119 ]}และแอสโคไมซีตPneumocystis jirovecii [ ^{120 ] รูป}แบบการสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศที่เก่าแก่ที่สุดในยูคาริโอตน่าจะเป็นแบบโฮโมทัลลิสม์ นั่นคือ การสืบพันธุ์แบบเพศเดียวที่สามารถ ผสมพันธุ์ ^ได้เอง [ ^{121 ]}

นอกจากการสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศตามปกติด้วยไมโอซิสแล้ว เชื้อราบางชนิด เช่น เชื้อราในสกุลPenicilliumและAspergillusอาจแลกเปลี่ยนสารพันธุกรรมผ่าน กระบวนการ พาราเซ็กชวลซึ่งเริ่มต้นโดยการเชื่อมต่อระหว่างเส้นใยและพลาสโมกามีของเซลล์เชื้อรา^{[ 122 ]}ความถี่และความสำคัญสัมพัทธ์ของเหตุการณ์พาราเซ็กชวลยังไม่ชัดเจน และอาจต่ำกว่ากระบวนการสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศอื่นๆ เป็นที่ทราบกันว่ามีบทบาทในการผสมข้ามสายพันธุ์ภายในชนิดเดียวกัน^{[ 123 ]}และน่าจะจำเป็นสำหรับการผสมข้ามสายพันธุ์ระหว่างชนิด ซึ่งเกี่ยวข้องกับเหตุการณ์สำคัญในวิวัฒนาการของเชื้อรา^{[ 124 ]}

เมื่อเปรียบเทียบกับพืชและสัตว์บันทึกฟอสซิลยุคแรกของเชื้อรานั้นมีน้อยมาก ปัจจัยที่น่าจะส่งผลให้จำนวนชนิดของเชื้อราในฟอสซิลมีน้อย ได้แก่ ลักษณะของดอก เห็ด ซึ่งเป็นเนื้อเยื่อที่อ่อนนุ่ม อวบน้ำ และย่อยสลายได้ง่าย และขนาดในระดับจุลภาคของโครงสร้างเชื้อราส่วนใหญ่ จึงทำให้มองเห็นได้ยาก ฟอสซิลของเชื้อรานั้นยากที่จะแยกแยะออกจากฟอสซิลของจุลินทรีย์ชนิดอื่น และจะระบุได้ง่ายที่สุดเมื่อมีลักษณะคล้ายกับเชื้อราที่มีอยู่ในปัจจุบัน^{[ 125 ]} ตัวอย่างเหล่านี้ มักได้มาจาก พืชหรือสัตว์ที่เป็นโฮสต์ ที่กลายเป็นหินและโดยทั่วไปจะศึกษาโดยการเตรียมชิ้นส่วนบางๆ ที่สามารถตรวจสอบได้ด้วยกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงหรือกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่งผ่าน^{[ 126 ]}นักวิจัยศึกษาฟอสซิลแบบอัดโดยการละลายเมทริกซ์โดยรอบด้วยกรด แล้วใช้กล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงหรือกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบสแกนเพื่อตรวจสอบรายละเอียดบนพื้นผิว^{[ 127 ]}

ฟอสซิลที่เก่าแก่ที่สุดที่มีลักษณะเฉพาะของเชื้อรามีอายุย้อนไปถึง ยุค Paleoproterozoicประมาณ2,400 ล้านปีก่อน ( Ma ) สิ่งมีชีวิต เบนทิก หลายเซลล์เหล่านี้ มีโครงสร้างเป็นเส้นใยที่สามารถเชื่อมต่อกันได้^{[ 128 ]}การศึกษาอื่นๆ (2009) ประมาณการการมาถึงของสิ่งมีชีวิตที่เป็นเชื้อราเมื่อประมาณ 760–1060  Ma โดยอาศัยการเปรียบเทียบอัตราการวิวัฒนาการในกลุ่มที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด^{[ 129 ]}ไมซีเลียมฟอสซิลที่เก่าแก่ที่สุดที่ระบุได้จากองค์ประกอบโมเลกุลมีอายุระหว่าง 715 ถึง 810 ล้านปี^{[ 130 ]}ในช่วงเวลาส่วนใหญ่ของ ยุค Paleozoic (542–251  Ma) เชื้อราดูเหมือนจะเป็นสิ่งมีชีวิตในน้ำและประกอบด้วยสิ่งมีชีวิตที่คล้ายกับไคทริดในปัจจุบันที่มีสปอร์ที่มีแฟลเจลลัม^{[ 131 ]}การปรับตัวเชิงวิวัฒนาการจากวิถีชีวิตในน้ำไปสู่วิถีชีวิตบนบกจำเป็นต้องมีการกระจายตัวของกลยุทธ์ทางนิเวศวิทยาในการได้รับสารอาหาร รวมถึงการเป็นปรสิต การดำรงชีวิตแบบพึ่งพา อาศัยกันและการพัฒนา ความสัมพันธ์ แบบพึ่งพาซึ่งกันและกันเช่น ไมคอร์ไรซาและการเกิดไลเคน^{[ 132 ]}การศึกษาชี้ให้เห็นว่าสถานะทางนิเวศวิทยาดั้งเดิมของAscomycotaคือการดำรงชีวิตแบบพึ่งพาอาศัยกัน และ เหตุการณ์ การเกิดไลเคน แบบอิสระ ได้เกิดขึ้นหลายครั้ง^{[ 133 ]}

ในเดือนพฤษภาคม 2019 นักวิทยาศาสตร์รายงานการค้นพบ เชื้อรา ที่กลายเป็นฟอสซิลชื่อOurasphaira giraldaeในอาร์กติกของแคนาดาซึ่งอาจเติบโตบนบกเมื่อพันล้านปีก่อน ก่อนที่พืชจะอาศัยอยู่บนบก^{[ 134 ] [ 135 ] [ 136 ]} มีรายงานการค้นพบไมโครฟอสซิลคล้ายเชื้อราที่กลายเป็นไพไรต์ ซึ่งถูกเก็บรักษาไว้ในชั้นหิน Doushantuo Formation ยุค Ediacaran ตอนล่าง (~635 ล้านปี) ในจีนตอนใต้ ^{[ 137 ]}ก่อนหน้านี้ มีการสันนิษฐานว่าเชื้อราได้เข้ามาอาศัยบนบกในช่วงยุคแคมเบรียน (542–488.3 ล้านปี) ซึ่งเป็นเวลานานก่อนที่พืชบนบกจะเกิดขึ้นเช่นกัน^{[ 138 ]}เส้นใยและสปอร์ที่กลายเป็นฟอสซิลที่พบในยุคออร์โดวิเชียนของวิสคอนซิน (460 ล้านปี) มีลักษณะคล้ายกับ Glomeralesในปัจจุบันและมีอยู่จริงในช่วงเวลาที่พืชบนบกน่าจะประกอบด้วยพืชคล้ายไบรโอไฟต์ ที่ไม่มีท่อลำเลียงเท่านั้น ^{[ 139 ]} Prototaxitesซึ่งอาจเป็นเชื้อราหรือไลเคน น่าจะเป็นสิ่งมีชีวิตที่สูงที่สุดในยุคไซลูเรียน ตอนปลาย และยุคเดโวเนียน ตอนต้น ฟอสซิลของเชื้อราไม่แพร่หลายและไม่มีข้อโต้แย้งจนกระทั่งยุคเดโวเนียนตอนต้น (416–359.2 ล้านปี) เมื่อพบฟอสซิลเหล่านี้จำนวนมากในหินเชิร์ต Rhynieส่วนใหญ่เป็น Zygomycota และChytridiomycota ^{[ 138 ] [ 140 ] [ 141 ]}ในช่วงเวลาเดียวกันนี้ ประมาณ 400 ล้านปี Ascomycota และ Basidiomycota แยกสายวิวัฒนาการ^{[ 142 ]}และเชื้อราทุกชั้น ในปัจจุบัน ก็ปรากฏอยู่ในยุคคาร์บอนิเฟอรัส ตอนปลาย ( เพนซิลเวเนียน 318.1–299 ล้านปี) ^{[ 143 ]}     

ไลเคนเป็นส่วนประกอบของระบบนิเวศบนบกในยุคแรก และอายุโดยประมาณของฟอสซิลไลเคนบนบกที่เก่าแก่ที่สุดคือ 415  ล้านปี^{[ 144 ]}วันที่นี้สอดคล้องกับอายุของฟอสซิลสปอโรคาร์ปที่เก่าแก่ที่สุดที่รู้จัก ซึ่งเป็น สปีชีส์ Paleopyrenomycitesที่พบใน Rhynie Chert ^{[ 145 ]}ฟอสซิลที่เก่าแก่ที่สุดที่มีลักษณะทางจุลภาคคล้ายกับเบสิดิโอไมซีตในปัจจุบันคือPalaeoancistrusซึ่งพบในรูปของแร่ธาตุร่วมกับเฟิร์นจากยุคเพนซิลเวเนียน^{[ 146 ]} Homobasidiomycetes (กลุ่มอนุกรมวิธานที่เทียบเท่ากับสปีชีส์ที่สร้างเห็ดของAgaricomycetes ) นั้นหายากในบันทึกฟอสซิล ตัวอย่างที่เก็บรักษาไว้ใน อำพัน สองชิ้น ให้หลักฐานว่าเชื้อราที่สร้างเห็ดที่เก่าแก่ที่สุดที่รู้จัก (สปีชีส์ที่สูญพันธุ์Archaeomarasmius leggetti ) ปรากฏขึ้นในช่วงปลายยุคครีเทเชียส 90 ล้าน ปี^{[ 147 ] [ 148 ]}

หลังจากเหตุการณ์การสูญพันธุ์ครั้งใหญ่ในยุคเพอร์เมียน-ไทรแอสสิก (251.4 ล้าน ปีก่อน) ไม่นานนัก ก็มีการเพิ่มขึ้นของสปอร์เชื้อรา (เดิมทีคิดว่าเป็นสปอร์เชื้อราจำนวนมากผิดปกติในตะกอน ) ซึ่งบ่งชี้ว่าเชื้อราเป็นสิ่งมีชีวิตที่เด่นในเวลานั้น โดยคิดเป็นเกือบ 100% ของบันทึกฟอสซิล ที่มีอยู่ สำหรับช่วงเวลานี้^{[ 149 ]}อย่างไรก็ตาม การประเมินสัดส่วนสัมพัทธ์ของสปอร์เชื้อราเมื่อเทียบกับสปอร์ที่เกิดจากสาหร่ายนั้นทำได้ยาก^{[ 150 ]} การเพิ่มขึ้นของสปอร์ เชื้อราไม่ได้เกิดขึ้นทั่วโลก^{[ 151 ] [ 152 ]}และในหลายๆ ที่ก็ไม่ได้อยู่ในช่วงรอยต่อระหว่างยุคเพอร์เมียนและไทรแอสสิก^{[ 153 ]}

เมื่อ 65 ล้านปีก่อน ทันทีหลังจากเหตุการณ์การสูญพันธุ์ครั้งใหญ่ในยุคครีเทเชียส-พาลีโอจีนซึ่งทำให้ไดโนเสาร์ส่วนใหญ่สูญพันธุ์ไป มีหลักฐานของเชื้อราเพิ่มขึ้นอย่างมาก เห็นได้ชัดว่าการตายของพืชและสัตว์ส่วนใหญ่ทำให้เกิดการเพิ่มจำนวนของเชื้อราอย่างมหาศาล เหมือนกับ "กองปุ๋ยหมักขนาดมหึมา" ^{[ 154 ]}

แม้ว่าโดยทั่วไปจะรวมอยู่ในหลักสูตรและตำราพฤกษศาสตร์ แต่เชื้อรามีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับสัตว์มากกว่าพืช และถูกจัดอยู่ในกลุ่มเดียวกับสัตว์ในกลุ่มโอพิสโท คอนต์ที่มีบรรพบุรุษร่วมกัน ^{[ 155 ]}การวิเคราะห์โดยใช้พันธุศาสตร์ระดับโมเลกุลสนับสนุนต้นกำเนิดที่มีบรรพบุรุษร่วมกันของเชื้อรา^{[ 57 ] [ 156 ]}อนุกรมวิธานของเชื้อราอยู่ในสภาวะที่เปลี่ยนแปลงอยู่ตลอดเวลา โดยเฉพาะอย่างยิ่งเนื่องจากการวิจัยที่อิงจากการเปรียบเทียบดีเอ็นเอ การวิเคราะห์ทางพันธุศาสตร์ในปัจจุบันเหล่านี้มักจะล้มล้างการจำแนกประเภทที่อิงตามวิธีการเก่ากว่าและบางครั้งก็มีความแม่นยำน้อยกว่า ซึ่งอิงตามลักษณะทางสัณฐานวิทยาและแนวคิดเกี่ยวกับชนิดทางชีววิทยาที่ได้จากการผสมพันธุ์ทดลอง^{[ 157 ]}

ไม่มีระบบที่เป็นที่ยอมรับโดยทั่วไปเพียงระบบเดียวในระดับอนุกรมวิธานที่สูงขึ้น และมีการเปลี่ยนแปลงชื่อบ่อยครั้งในทุกระดับ ตั้งแต่ระดับสปีชีส์ขึ้นไป นักวิจัยกำลังพยายามสร้างและส่งเสริมการใช้ระบบการตั้งชื่อที่ เป็นหนึ่งเดียวและสอดคล้องกันมากขึ้น ^{[ 57 ] [ 158 ]}จนกระทั่งมีการเปลี่ยนแปลงรหัสการตั้งชื่อสากลสำหรับสาหร่าย เชื้อรา และพืช เมื่อไม่นานมานี้ (ปี 2012) สปีชีส์ของเชื้อราก็อาจมีชื่อวิทยาศาสตร์หลายชื่อขึ้นอยู่กับวงจรชีวิตและวิธีการสืบพันธุ์ (แบบอาศัยเพศหรือไม่อาศัยเพศ) ^{[ 159 ]}เว็บไซต์ต่างๆ เช่นIndex Fungorum , Fungal NamesและMycoBankเป็น แหล่งเก็บ ข้อมูลการตั้งชื่อ ที่ได้รับการยอมรับอย่างเป็นทางการ และแสดงรายการชื่อปัจจุบันของสปีชีส์เชื้อรา (พร้อมการอ้างอิงโยงไปยังชื่อพ้อง เดิม ) ^{[ 160 ]}

การจำแนกอาณาจักรเชื้อราในปี 2007 เป็นผลมาจากความพยายามในการวิจัยร่วมกันขนาดใหญ่ที่เกี่ยวข้องกับนักวิทยาเชื้อราและนักวิทยาศาสตร์อื่นๆ อีกหลายสิบคนที่ทำงานด้านอนุกรมวิธานของเชื้อรา^{[ 57 ]}โดยจำแนกออกเป็น 7 ไฟลัมซึ่ง 2 ไฟลัม ได้แก่ Ascomycota และ Basidiomycota อยู่ในสาขาที่แสดงถึงอาณาจักรย่อยDikarya ซึ่งเป็นกลุ่มที่มีจำนวนส ปีชีส์มากที่สุดและคุ้นเคยกันดี รวมถึงเห็ดทั้งหมด ราที่ทำให้เกิดการเน่าเสียของอาหารส่วนใหญ่ เชื้อราที่ก่อโรคในพืชส่วนใหญ่ และยีสต์ที่ใช้ทำเบียร์ ไวน์ และขนมปัง แผนภูมิวิวัฒนาการที่แนบมาแสดงให้เห็น ถึง อนุกรม วิธานของเชื้อราหลัก และความสัมพันธ์กับสิ่งมีชีวิต opisthokont และ unikont โดยอิงจากงานของ Philippe Silar ^{[ 161 ]} "The Mycota: A Comprehensive Treatise on Fungi as Experimental Systems for Basic and Applied Research" ^{[ 162 ]}และ Tedersoo et al. 2018. ^{[ 163 ]}ความยาวของกิ่งก้านไม่ได้เป็นสัดส่วนกับระยะทางวิวัฒนาการ

ไฟลัมหลัก (บางครั้งเรียกว่าดิวิชั่น) ของเชื้อราได้รับการจำแนกประเภทโดยอาศัยลักษณะของโครงสร้างการสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศ เป็นหลัก (ข้อมูล ณ ปี 2019)มีการระบุสายพันธุ์หลัก 9 ^สาย พันธุ์ ได้แก่ Opisthosporidia , Chytridiomycota , Neocallimastigomycota , Blastocladiomycota , Zoopagomycotina , Mucoromycota , Glomeromycota , AscomycotaและBasidiomycota ^{[ 164} ]

การวิเคราะห์ทางวิวัฒนาการแสดงให้เห็นว่าไมโครสปอริเดียซึ่งเป็นปรสิตเซลล์เดียวของสัตว์และโปรติสต์ เป็น เชื้อรา เอนโดไบโอติก (อาศัยอยู่ภายในเนื้อเยื่อของสิ่งมีชีวิตชนิดอื่น) ที่ ค่อนข้างใหม่และมีการวิวัฒนาการสูง ^{[ 131 ]}ก่อนหน้านี้เคยถูกพิจารณาว่าเป็นโปรโตซัว "ดั้งเดิม" แต่ปัจจุบันเชื่อกันว่าเป็นสาขาพื้นฐานของเชื้อรา หรือเป็นกลุ่มพี่น้องซึ่งเป็นญาติทางวิวัฒนาการที่ใกล้ชิดที่สุดของกันและกัน^{[ 165 ]}

ไคทริดิโอไมโคตา (Chytridiomycota ) เป็นที่รู้จักกันทั่วไปในชื่อไคทริด (chytrids) เชื้อราเหล่านี้มีการกระจายตัวอยู่ทั่วโลก ไคทริดและญาติใกล้ชิดอย่าง นีโอคัลลิมาสติโก ไมโคตา (Neocallimastigomycota ) และ บลาสโตคลาดิโอ ไมโคตา (Blastocladiomycota ) (ด้านล่าง) เป็นเชื้อราเพียงกลุ่มเดียวที่มีการเคลื่อนที่อย่างกระฉับกระเฉง โดยสร้างซูโอสปอร์ (zoospores ) ที่สามารถเคลื่อนที่อย่างกระฉับกระเฉงผ่านเฟสของเหลวด้วยแฟลเจลลัม เดี่ยว ทำให้ผู้จัดจำแนก ในยุคแรกๆ จัดพวกมันเป็นโปรติสต์ (protists ) การวิเคราะห์วิวัฒนาการระดับโมเลกุลที่อนุมานจาก ลำดับ rRNAในไรโบโซมชี้ให้เห็นว่าไคทริดเป็น กลุ่ม พื้นฐานที่แยกตัวออกจากไฟลัมเชื้อราอื่นๆ ประกอบด้วยกลุ่ม หลักสี่กลุ่ม ที่มีหลักฐานบ่งชี้ถึงพาราไฟลี (paraphyly)หรืออาจเป็นโพลีไฟลี (polyphyly ) ^{[ 166 ]}

ก่อนหน้านี้ Blastocladiomycota ถูกพิจารณาว่าเป็นกลุ่มอนุกรมวิธานภายใน Chytridiomycota อย่างไรก็ตาม ข้อมูลทางโมเลกุลและ ลักษณะ โครงสร้างระดับจุลภาคทำให้ Blastocladiomycota เป็นกลุ่มพี่น้องกับ Zygomycota, Glomeromycota และ Dikarya (Ascomycota และ Basidiomycota) Blastocladiomycetes เป็นsaprotrophsที่กินสารอินทรีย์ที่กำลังเน่าเปื่อย และเป็นปรสิตของกลุ่มยูคาริโอตทั้งหมด แตกต่างจากญาติใกล้ชิดอย่าง chytrids ซึ่งส่วนใหญ่มีการแบ่งเซลล์แบบไมโอซิสแบบไซโกต Blastocladiomycetes มีการแบ่งเซลล์แบบไมโอซิสแบบสปอร์^{[ 131 ]}

ก่อนหน้านี้ Neocallimastigomycota ถูกจัดอยู่ในไฟลัม Chytridiomycota สมาชิกของไฟลัมขนาดเล็กนี้เป็นสิ่งมีชีวิตแบบไม่ใช้ออกซิเจน อาศัยอยู่ในระบบย่อยอาหารของ สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมกินพืชขนาดใหญ่ และในสภาพแวดล้อมบนบกและในน้ำอื่นๆ ที่อุดมไปด้วยเซลลูโลส (เช่น สถานที่ฝังกลบขยะในครัวเรือน) ^{[ 167 ]}พวกมันไม่มีไมโทคอนเดรียแต่มีไฮโดรเจโนโซมที่มีต้นกำเนิดมาจากไมโทคอนเดรีย เช่นเดียวกับในไคทริดที่เกี่ยวข้อง Neocallimastigomycetes สร้างซูโอสปอร์ที่มีแฟลเจลเลตเดี่ยวหรือหลายแฟลเจลเลตที่ส่วนท้าย^{[ 57 ]}

สมาชิกของGlomeromycotaสร้างไมคอร์ไรซาแบบอาร์บัสคูลาร์ซึ่งเป็นรูปแบบหนึ่งของภาวะ พึ่งพาอาศัยกันแบบต่าง ตอบแทน โดยที่เส้นใยของเชื้อราจะบุกรุกเซลล์รากของพืช และทั้งสองชนิดจะได้รับประโยชน์จากการเพิ่มปริมาณสารอาหารที่เกิดขึ้น Glomeromycota ทุกชนิดที่รู้จักสืบพันธุ์แบบไม่อาศัยเพศ^{[ 96 ]}ความสัมพันธ์แบบพึ่งพาอาศัยกันระหว่าง Glomeromycota กับพืชนั้นมีมาแต่โบราณ โดยมีหลักฐานย้อนหลังไปถึง 400  ล้านปีก่อน^{[ 168 ]}เดิมที Glomeromycota เป็นส่วนหนึ่งของZygomycota (ที่รู้จักกันทั่วไปในชื่อราน้ำตาลและราเข็ม) แต่ได้รับการยกระดับเป็นไฟลัมในปี 2001 และปัจจุบันได้เข้ามาแทนที่ไฟลัม Zygomycota เดิม^{[ 169 ]}เชื้อราที่เคยอยู่ในกลุ่ม Zygomycota กำลังถูกจัดกลุ่มใหม่เป็น Glomeromycota หรือ subphyla incertae sedis Mucoromycotina , Kickxellomycotina , ZoopagomycotinaและEntomophthoromycotina ^{[ 57 ]}ตัวอย่างของเชื้อราที่เคยอยู่ในกลุ่ม Zygomycota ที่เป็นที่รู้จักกันดี ได้แก่ ราขนมปังดำ ( Rhizopus stolonifer ) และ เชื้อรา สกุลPilobolusซึ่งสามารถพ่นสปอร์ ได้ ^ไกลหลายเมตรในอากาศ^{[ 170 ]}สกุลที่มีความสำคัญทางการแพทย์ ได้แก่Mucor , RhizomucorและRhizopus ^{[ 171} ]

แอสโคไมโคตา (Ascomycota) ซึ่งโดยทั่วไปรู้จักกันในชื่อราถุงหรือแอสโคไมซีต (ascomycetes) เป็นกลุ่มอนุกรมวิธานที่ใหญ่ที่สุดในยูไมโคตา (Eumycota) ^{[ 56 ]}ราเหล่านี้สร้างสปอร์แบบไมโอ ซิสที่เรียกว่าแอสโคสปอร์ (ascospores ) ซึ่งถูกห่อหุ้มด้วยโครงสร้างคล้ายถุงพิเศษที่เรียกว่าแอสคัส (ascus) ไฟลัมนี้รวมถึงเห็ดมอเรล เห็ดบางชนิด และ เห็ด ทรัฟเฟิล ยีสต์ เซลล์เดียว(เช่น สกุลSaccharomyces , Kluyveromyces , PichiaและCandida ) และราเส้นใยจำนวนมากที่ดำรงชีวิตแบบแซโปรโทรฟ ปรสิต และซิมไบออนต์แบบพึ่งพาอาศัยกัน (เช่น ไล เคน) สกุลที่โดดเด่นและสำคัญของแอสโคไมซีตเส้นใย ได้แก่Aspergillus , Penicillium , FusariumและClavicepsแอสโคไมซีตหลายชนิดได้รับการสังเกตว่ามีการสืบพันธุ์แบบไม่อาศัยเพศเท่านั้น (เรียกว่า ชนิด อนามอร์ฟิก ) แต่การวิเคราะห์ข้อมูลโมเลกุลมักจะสามารถระบุเทเลโอมอร์ฟ ที่ใกล้เคียงที่สุด ในแอสโคไมโคตาได้^{[ 172 ]}เนื่องจากผลิตภัณฑ์ของไมโอซิสถูกเก็บไว้ภายในแอสคัสที่มีลักษณะคล้ายถุง แอสโคไมซีตจึงถูกนำมาใช้เพื่ออธิบายหลักการทางพันธุศาสตร์และการถ่ายทอดทางพันธุกรรม (เช่นNeurospora crassa ) ^{[ 173 ]}

สมาชิกของ Basidiomycota ซึ่งโดยทั่วไปรู้จักกันในชื่อเชื้อรากลุ่มคลับหรือเบสิดิโอไมซีตส์ ผลิตไมโอสปอร์ที่เรียกว่าเบสิดิโอสปอร์บนก้านคล้ายคลับที่เรียกว่าเบสิเดีย เห็ดทั่วไปส่วนใหญ่เป็นของกลุ่มนี้ เช่นเดียวกับเชื้อราสนิมและเชื้อราดำซึ่งเป็นเชื้อก่อโรคที่สำคัญของธัญพืช เบสิดิโอไมซีตส์ที่สำคัญอื่นๆ ได้แก่เชื้อก่อโรคข้าวโพดUstilago maydis [ ^{174 ] ส} ปีชีส์ ที่อาศัยอยู่ร่วมกับมนุษย์ในสกุลMalassezia [ ^{175 ]}และ เชื้อก่อโรค ฉวยโอกาส^ในมนุษย์Cryptococcus neoformans ^{[ 176 ]}

เนื่องจากมีความคล้ายคลึงกันในด้านสัณฐานวิทยาและวิถีชีวิตราเมือก ( ไมซีโตซั ว , พลาส โม ดิโอฟอริด , อะคราซิด , ฟอนติ คูลาและลาบิรินทูลิดซึ่งปัจจุบันอยู่ใน กลุ่มอะมีโบ ซัว , ไรซาเรีย , เอ็กซาวาตา , คริสทิดิสโคเดีย และสตราเมโนไพล์ตามลำดับ) ราน้ำ ( โอโอไม ซีต ) และไฮโฟไคทริด (ทั้งสองกลุ่มอยู่ในสตราเมโนไพล์) เคยถูกจัดอยู่ในอาณาจักรรา ในกลุ่มต่างๆ เช่นมาสติโกไมโคตินา , จิมโนไมโคตาและไฟโคไมซีตราเมือกยังถูกศึกษาในฐานะโปรโตซัวด้วยทำให้เกิดอนุกรมวิธานแบบซ้ำซ้อน^{[ 177 ]}

แตกต่างจากราแท้ผนังเซลล์ของโอโอไมซีตประกอบด้วยเซลลูโลสและไม่มีไคตินไฮโฟไคทริดมีทั้งไคตินและเซลลูโลส ราเมือกไม่มีผนังเซลล์ในช่วงระยะการดูดซึม (ยกเว้นลาบิรินทูลิดซึ่งมีผนังเป็นเกล็ด) และดูดซึมสารอาหารโดยการกลืนกิน ( ฟาโกไซโตซิสยกเว้นลาบิรินทูลิด) แทนที่จะเป็นการดูดซึม ( ออสโมโทรฟีเช่นเดียวกับรา ลาบิรินทูลิด โอโอไมซีต และไฮโฟไคทริด) ทั้งราน้ำและราเมือกไม่มีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับราแท้ ดังนั้นนักอนุกรมวิธานจึงไม่จัดกลุ่มพวกมันไว้ในอาณาจักรราอีกต่อไป อย่างไรก็ตาม การศึกษาเกี่ยวกับโอโอไมซีตและไมโซไมซีตยังคงถูกรวมอยู่ในตำราวิทยาเห็ดราและเอกสารงานวิจัยหลักอยู่บ่อยครั้ง^{[ 178 ]}

Eccrinales และAmoebidialesเป็นโปรติสต์ในกลุ่ม Opisthokont ซึ่งก่อนหน้านี้เคยคิดว่าเป็นราในกลุ่ม Zygomycete กลุ่มอื่นๆ ที่ปัจจุบันอยู่ในOpisthokonta (เช่นCorallochytrium , Ichthyosporea ) ก็เคยถูกจัดเป็นราในบางช่วงเวลาเช่นกัน สกุลBlastocystisซึ่งปัจจุบันอยู่ใน Stramenopiles เดิมทีถูกจัดเป็นยีสต์Ellobiopsisซึ่งปัจจุบันอยู่ในAlveolataเคยถูกพิจารณาว่าเป็น Chytrid แบคทีเรียก็เคยถูกรวมอยู่ในกลุ่มราในบางการจัดจำแนกเช่นกัน ในกลุ่ม Schizomycetes

กลุ่มRozellida ซึ่งรวมถึง Rozellaซึ่งเป็น "อดีตไคทริด" เป็นกลุ่มที่มีความแตกต่างทางพันธุกรรมซึ่งส่วนใหญ่รู้จักกันจากลำดับดีเอ็นเอในสิ่งแวดล้อม และเป็นกลุ่มพี่น้องกับเชื้อรา^{[ 164 ]}สมาชิกของกลุ่มที่ถูกแยกออกมานั้นขาดผนังเซลล์ไคตินซึ่งเป็นลักษณะเฉพาะของเชื้อรา หรืออีกทางหนึ่ง Rozella สามารถจัดเป็นกลุ่มเชื้อราพื้นฐานได้^{[ 156 ]}

นิวเคลียร์ลิอิดอาจเป็นกลุ่มพี่น้องถัดไปของกลุ่มยูไมซีต และด้วยเหตุนี้จึงอาจรวมอยู่ในอาณาจักรเชื้อราที่ขยายออกไป^{[ 155 ]} แอ คติโนไมซีทาล ( แอคติโนไมซีโตตา ) ซึ่งเป็นกลุ่มที่มีแบคทีเรียเส้นใยจำนวน มากก็เคยเชื่อกันมานานแล้วว่าเป็นเชื้อรา^{[ 179 ] [ 180 ]}

เชื้อราหลายชนิดมี ความสัมพันธ์ แบบพึ่งพาอาศัยกันที่ สำคัญ กับสิ่งมีชีวิตจากเกือบทุกอาณาจักร^{[ 184 ] [ 185 ] [ 186 ]}ปฏิสัมพันธ์เหล่านี้อาจเป็นแบบได้ประโยชน์ร่วมกันหรือเป็นปฏิปักษ์ต่อกัน หรือในกรณีของเชื้อราที่อยู่ร่วมกันโดยไม่ก่อให้เกิดประโยชน์หรือโทษใดๆ ต่อโฮสต์^{[ 187 ] [ 188 ] [ 189 ]}

กับต้นไม้

ความสัมพันธ์ แบบไมคอร์ไรซาระหว่างพืชและเชื้อราเป็นหนึ่งในความสัมพันธ์ระหว่างพืชและเชื้อราที่รู้จักกันดีที่สุด และมีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการเจริญเติบโตและการคงอยู่ของพืชในระบบนิเวศหลายแห่ง โดยพืชมากกว่า 90% ของสายพันธุ์ทั้งหมดมีความสัมพันธ์แบบไมคอร์ไรซากับเชื้อราและต้องพึ่งพาความสัมพันธ์นี้เพื่อความอยู่รอด^{[ 9 ]}

ความสัมพันธ์แบบไมคอร์ไรซาเป็นความสัมพันธ์ที่เก่าแก่ ย้อนกลับไปอย่างน้อย 400  ล้านปี^{[ 168 ]}มักจะช่วยเพิ่มการดูดซึมสารประกอบอนินทรีย์ เช่น ไนเตรตและฟอสเฟตจากดินที่มีความเข้มข้นของสารอาหารสำคัญเหล่านี้ต่ำ^{[ 182 ] [ 190 ]}เชื้อราที่เป็นพันธมิตรยังอาจเป็นตัวกลางในการถ่ายโอนคาร์โบไฮเดรตและสารอาหารอื่นๆ จากพืชสู่พืชได้อีกด้วย^{[ 191 ]}ชุมชนไมคอร์ไรซาดังกล่าวเรียกว่า " เครือข่ายไมคอร์ไรซา ทั่วไป " ^{[ 192 ] [ 193 ]}กรณีพิเศษของไมคอร์ไรซาคือไมโคเฮเทอโรโทรฟีซึ่งพืชเป็นปรสิตของเชื้อรา โดยได้รับสารอาหารทั้งหมดจากเชื้อราที่เป็นพันธมิตร^{[ 194 ]}เชื้อราบางชนิดอาศัยอยู่ในเนื้อเยื่อภายในราก ลำต้น และใบ ซึ่งในกรณีนี้เรียกว่าเอนโดไฟต์^{[ 195 ]}เช่นเดียวกับไมคอร์ไรซา การเข้าอาศัยภายในพืชโดยเชื้อราอาจเป็นประโยชน์ต่อทั้งสิ่งมีชีวิตร่วมอาศัย ตัวอย่างเช่น เชื้อราที่อาศัยอยู่ภายในพืชหญ้าจะช่วยเพิ่มความต้านทานต่อสัตว์กินพืชและสภาวะแวดล้อมอื่นๆ ให้แก่พืชเจ้าบ้าน และได้รับอาหารและที่พักพิงจากพืชเป็นการตอบแทน^{[ 196 ]}

ประกอบด้วยสาหร่ายและไซยาโนแบคทีเรีย

ไลเคนเป็นความสัมพันธ์แบบพึ่งพาอาศัยกันระหว่างเชื้อราและสาหร่ายหรือไซยาโนแบคทีเรียที่สังเคราะห์แสงได้ ในศัพท์เฉพาะของไลเคน ส่วนที่สังเคราะห์แสงได้เรียกว่า "โฟโตไบออนต์" ส่วนที่เป็นเชื้อรานั้นส่วนใหญ่ประกอบด้วยแอสโคไมซีตหลายชนิดและเบซิดิโอไมซีต จำนวน เล็กน้อย^{[ 197 ]}ไลเคนพบได้ในทุกระบบนิเวศบนทุกทวีป มีบทบาทสำคัญใน การก่อ ^ตัวของดินและการเริ่มต้นของการเปลี่ยนแปลงทางชีวภาพ [ ^{198 ]}และพบได้มากในสภาพแวดล้อมที่รุนแรงบางแห่ง รวมถึง บริเวณ ขั้วโลกเทือกเขาและทะเลทรายกึ่งแห้งแล้ง^{[ 199 ]}พวกมันสามารถเจริญเติบโตได้บนพื้นผิวที่ไม่เอื้ออำนวย รวมถึงดินเปล่า หินเปลือกไม้เนื้อไม้ เปลือกหอย เพรียง และใบไม้^{[ 200 ]}เช่นเดียวกับในไมคอร์ไรซา โฟโตไบออนต์จะให้สารอาหารจำพวกน้ำตาลและคาร์โบไฮเดรตอื่นๆ ผ่านการสังเคราะห์แสงแก่เชื้อรา ในขณะที่เชื้อราจะให้แร่ธาตุและน้ำแก่โฟโตไบออนต์ หน้าที่ของสิ่งมีชีวิตที่อยู่ร่วมกันทั้งสองชนิดนี้เกี่ยวพันกันอย่างใกล้ชิดจนแทบจะทำงานเป็นสิ่งมีชีวิตเดียว ในกรณีส่วนใหญ่ สิ่งมีชีวิตที่เกิดขึ้นจะแตกต่างจากส่วนประกอบแต่ละส่วนอย่างมาก^{[ 201 ]}การสร้างไลเคนเป็นรูปแบบการได้รับสารอาหารที่พบได้ทั่วไปในเชื้อรา ประมาณ 27% ของเชื้อราที่รู้จัก—มากกว่า 19,400 ชนิด—เป็นไลเคน^{[ 202 ]}ลักษณะทั่วไปของไลเคนส่วนใหญ่ ได้แก่ การได้รับคาร์บอนอินทรีย์ โดยการสังเคราะห์แสง การเจริญเติบโตช้า ขนาดเล็ก อายุยืนยาว โครงสร้าง สืบพันธุ์แบบไม่อาศัยเพศที่คงอยู่ยาวนาน (ตามฤดูกาล) การได้รับแร่ธาตุส่วนใหญ่จากแหล่งในอากาศ และความทนทานต่อการขาดน้ำมากกว่าสิ่งมีชีวิตสังเคราะห์แสงอื่นๆ ส่วนใหญ่ในถิ่นที่อยู่เดียวกัน^{[ 203 ]}

ในฐานะปรสิต

เชื้อราหลายชนิดเป็นปรสิตบนพืช สัตว์ (รวมถึงมนุษย์) และเชื้อราอื่นๆ เชื้อโรคที่ร้ายแรงของพืชปลูกหลายชนิดที่ก่อให้เกิดความเสียหายและการสูญเสียอย่างกว้างขวางต่อภาคเกษตรกรรมและป่าไม้ ได้แก่ เชื้อราที่ทำให้^{เกิดโรคไหม้ข้าว Magnaporthe oryzae [ 214 ] เชื้อโรคที่ทำให้เกิดโรคต้นไม้ เช่น Ophiostoma ulmi และ Ophiostoma novo-ulmi ที่ทำให้เกิดโรคดัตช์เอล์ม [ 215 ] Cryphonectria parasitica ที่ทำให้เกิดโรคใบไหม้เกาลัด [} 216 ] และ Phymatotrichopsis ^{omnivora ที่ทำให้}เกิดโรครากเน่าเท็กซัส^{และเชื้อโรค}พืชในสกุล^{Fusarium , Ustilago} , AlternariaและCochliobolus [ 188 ] เชื้อรากินเนื้อบางชนิด^{เช่น Purpureocillium lilacinum}เป็นผู้ล่าของไส้เดือนฝอยซึ่งพวกมันจับได้โดยใช้โครงสร้างพิเศษต่างๆ เช่น วงแหวนรัดหรือตาข่ายยึดเกาะ^{[ 217 ]}เชื้อราหลายชนิดที่เป็นเชื้อก่อโรคในพืช เช่นMagnaporthe oryzaeสามารถเปลี่ยนจากปรสิตที่อาศัยอยู่บนพืชมีชีวิต (biotrophic) ไปเป็นปรสิตที่กินเนื้อเยื่อที่ตายแล้วของพืชที่พวกมันฆ่า (necrotrophic) ได้^{[ 218 ]}หลักการเดียวกันนี้ถูกนำมาใช้กับปรสิตที่กินเชื้อราอื่น รวมถึงAsterotremella albidaซึ่งกินผลของเชื้อราอื่นทั้งในขณะที่ยังมีชีวิตอยู่และหลังจากที่เชื้อราเหล่านั้นตายแล้ว^{[ 219 ]}

เชื้อราบางชนิดเปลี่ยนแปลงพฤติกรรมของสัตว์ที่เป็นโฮสต์ในลักษณะที่ช่วยแพร่กระจายสปอร์ได้อย่างมีประสิทธิภาพมากขึ้น (เรียกอีกอย่างว่า "การแพร่เชื้อผ่านโฮสต์แบบแอคทีฟ") ตัวอย่างเช่นOphiocordyceps unilateralisและอาจ รวมถึง Allocordyceps ที่สูญพันธุ์ไปแล้ว ด้วย

ในฐานะเชื้อโรค

เชื้อราบางชนิดสามารถก่อให้เกิดโรคร้ายแรงในมนุษย์ได้ ซึ่งหลายโรคอาจถึงแก่ชีวิตได้หากไม่ได้รับการรักษา โรคเหล่านี้ได้แก่โรคแอสเปอร์จิลโลซิส โรคแคนดิไดซิส โรคค็อกซิไดโอไมโคซิ ส โรคคริปโต ค็อกโคซิส โรคฮิ ^ส โต พลาสโมซิส โรค ไมซีโตมา และโรคพาราค็อกซิไดโอไมโคซิส นอกจากนี้ ผู้ที่มีภาวะภูมิคุ้มกันบกพร่องจะมีความเสี่ยงต่อโรคจากเชื้อราสกุลต่างๆ เช่น Aspergillus, Candida, Cryptoccocus [ 189 ] [ 220 ] [ 221 ] Histoplasma [ 222 ] และPneumocystis [ 223 ]เชื้อราอื่นๆสามารถโจมตีตา^{เล็บผมและโดยเฉพาะอย่างยิ่งผิวหนังซึ่ง}เรียกว่า^{เชื้อราเด}อ^{ร์มาโต}ไฟติกและเคราติโนฟิลิก และทำให้เกิดการติดเชื้อเฉพาะที่ เช่นโรคกลากและ โรค เท้าของนักกีฬา^{[ 224 ]}สปอร์ของเชื้อราก็เป็นสาเหตุของอาการแพ้ได้เช่น กัน และเชื้อราจากกลุ่มอนุกรมวิธานที่แตกต่างกันสามารถกระตุ้นให้เกิดปฏิกิริยาแพ้ได้^{[ 225 ]}

ดูเหมือนว่าจะมีการสื่อสารทางไฟฟ้าระหว่างเชื้อราในส่วนประกอบที่คล้ายคำตามลักษณะการสไปค์^{[ 229 ]}

จากการศึกษาที่ตีพิมพ์ในวารสารวิชาการCurrent Biology พบว่าเชื้อราสามารถดูดซับ ก๊าซเรือนกระจกจากเชื้อเพลิงฟอสซิลทั่วโลกได้ประมาณ 36% จากชั้นบรรยากาศ^{[ 230 ] [ 231 ]}ทั้งนี้เนื่องจากเชื้อราไมคอร์ไรซาที่มีส่วนร่วมโดยตรงในการสังเคราะห์แสงจะสร้างเครือข่ายที่ช่วยยึดดินไว้ด้วยกันในเวลาเดียวกัน เชื้อราเหล่านี้ถูกคุกคามอย่างรุนแรงจากสารกำจัดวัชพืชสารฆ่าเชื้อรา ปุ๋ยการ^ตัดไม้ทำลายป่ามลภาวะและการปกคลุมดินด้วยวัสดุที่ไม่สามารถซึมผ่านได้ เช่นคอนกรีต [ ^{​​10 ]}

เห็ดหลินจือ (ซ้าย) และ เห็ด โอฟิโอคอร์ไดเซปส์ (ขวา) ถูกนำมาใช้ในทางการแพทย์แผนโบราณ

เห็ดบางชนิดถูกนำมาใช้เป็นยารักษาโรคตามความเชื่อใน การ แพทย์พื้นบ้านเช่น การแพทย์ ^แผนจีนเห็ดที่มีประวัติการใช้ดังกล่าว ได้แก่Agaricus subrufescens [ ^{259 ] [ 263 ]} Ganoderma lucidum ^{[ 264 ]}และOphiocordyceps sinensis ^{[ 265 ]}

ยีสต์ขนมปังหรือSaccharomyces cerevisiaeซึ่งเป็นเชื้อราเซลล์เดียว ใช้ในการทำขนมปังและผลิตภัณฑ์จากข้าวสาลีอื่นๆ เช่นแป้งพิซซ่า และ เกี๊ยว [ ^{266 ]}ยีสต์ในสกุลSaccharomycesยังใช้ในการผลิต เครื่อง ^ดื่มแอลกอฮอล์ผ่านกระบวนการหมัก^{[ 267 ]}เชื้อราโคจิโชยุ ( Aspergillus oryzae ) เป็นส่วนประกอบสำคัญในการผลิตโชยุ ( ซอสถั่วเหลือง ) และสาเกและการเตรียมมิโซะ [ ^{268 ] ใน}ขณะที่ เชื้อรา สกุล Rhizopusใช้ในการทำ เท มเป้^{[ 269 ]}เชื้อราเหล่านี้หลายชนิดเป็นสายพันธุ์ที่ได้รับการปรับปรุงพันธุ์หรือคัดเลือกตามความสามารถในการหมักอาหารโดยไม่ก่อให้เกิดไมโคทอกซินที่เป็นอันตราย (ดูด้านล่าง) ซึ่งผลิตโดยเชื้อราสกุล Aspergillusที่ มีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกันมาก ^{[ 270 ]} Quornซึ่งเป็นผลิตภัณฑ์ทดแทนเนื้อสัตว์ทำจากFusarium venenatum ^{[ 271 ]}

เห็ดกินได้ได้แก่ เห็ดที่ปลูกเพื่อการค้าและเห็ดที่เก็บเกี่ยวจากธรรมชาติ เห็ดAgaricus bisporusซึ่งขายเป็นเห็ดกระดุมเมื่อมีขนาดเล็ก หรือเห็ด Portobello เมื่อมีขนาดใหญ่ขึ้น เป็นสายพันธุ์ที่ปลูกกันอย่างแพร่หลายที่สุดในโลกตะวันตก ใช้ในสลัด ซุป และอาหารอื่นๆ อีกมากมาย เห็ดเอเชียหลายชนิดมีการปลูกเพื่อการค้าและได้รับความนิยมเพิ่มขึ้นในโลกตะวันตก มักมีจำหน่ายแบบสดๆ ในร้านขายของชำและตลาด รวมถึงเห็ดฟาง ( Volvariella volvacea ), เห็ดนางฟ้า ( Pleurotus spp. ), เห็ดชิตาเกะ ( Lentinula edodes ) และเห็ดเอโนกิตาเกะ ( Flammulina spp.) ^{[ 272 ]}

เห็ดชนิดอื่นๆ อีกมากมายถูกเก็บเกี่ยวจากป่าเพื่อการบริโภคส่วนตัวหรือเพื่อจำหน่ายเชิงพาณิชย์เห็ดมิลค์แคปเห็ดมอ เร ลเห็ด แชนเทอเร ลเห็ดทรั ฟเฟิ ล เห็ด ทรัมเป็ตดำและ เห็ด พอร์ชินี ( Boletus edulis ) (หรือที่รู้จักกันในชื่อเห็ดคิงโบเลเตส) มีราคาสูงในตลาด มักนำมาใช้ในอาหารรสเลิศ^{[ 273 ]}

ชีสบางชนิดจำเป็นต้องมีการเติมเชื้อราลงในนมที่จับตัวเป็นก้อน ซึ่งจะทำให้ชีสมีรสชาติและเนื้อสัมผัสที่เป็นเอกลักษณ์ ตัวอย่างเช่นสีน้ำเงินในชีสอย่างเช่นสติลตันหรือร็อกฟอร์ซึ่งทำโดยการเติมเชื้อราPenicillium roqueforti [ ^{274 ] เชื้อรา}ที่ใช้ในการผลิตชีสนั้นไม่เป็นพิษ จึงปลอดภัยสำหรับการบริโภคของมนุษย์ อย่างไรก็ตาม ไมโคทอกซิน (เช่น อะฟลาทอกซิน ร็อกฟอร์ทีน ซีแพทูลิน หรืออื่นๆ) อาจสะสมขึ้นเนื่องจากการเจริญเติบโตของเชื้อราอื่นๆ ในระหว่างการบ่มหรือการเก็บรักษาชีส^{[ 275 ]}

เห็ดหลายชนิดเป็นพิษต่อมนุษย์และก่อให้เกิดปฏิกิริยาต่างๆ รวมถึงปัญหาการย่อยอาหารเล็กน้อยอาการ แพ้ ภาพหลอนอวัยวะล้มเหลวอย่างรุนแรง และเสียชีวิต สกุลของเห็ดที่มีสารพิษร้ายแรง ได้แก่ แต่ไม่จำกัดเพียงConocybe , Galerina , Lepiotaและที่โด่งดังที่สุดคือAmanita [ ^{276 ] สกุล}หลังนี้ได้แก่ เห็ดหมวกมรณะ( A.  phalloides )ซึ่งเป็นสาเหตุที่พบบ่อยที่สุดของการเป็นพิษจากเห็ดที่ร้ายแรง โดยเฉพาะอย่างยิ่งAmanita sect. Phalloideaeมีเห็ดหลายสิบชนิดที่มีอะมาทอกซิน รวมถึงA. phalloidesและ เห็ด นางฟ้าพิฆาต^{[ 277 ]}เห็ดมอเรลเทียม ( Gyromitra esculenta ) บางครั้งถือว่าเป็นอาหารรสเลิศเมื่อปรุงสุก แต่สามารถเป็นพิษร้ายแรงได้เมื่อรับประทานดิบ^{[ 278 ]} Tricholoma equestreเคยถือว่ากินได้จนกระทั่งพบว่าเกี่ยวข้องกับการเป็นพิษร้ายแรงที่ทำให้เกิด ภาวะกล้าม เนื้อสลาย^{[ 279 ]} เห็ดพิษAmanita muscariaยังก่อให้เกิดพิษที่ไม่ถึงแก่ชีวิตเป็นครั้งคราว ส่วนใหญ่เกิดจากการรับประทานเพื่อ คุณสมบัติ หลอนประสาทในอดีต เห็ดพิษชนิดนี้ถูกใช้โดยผู้คนต่าง ๆ ในยุโรปและเอเชีย และปัจจุบันมีการรายงานการใช้เพื่อจุดประสงค์ทางศาสนาหรือไสยศาสตร์จากกลุ่มชาติพันธุ์บางกลุ่ม เช่นชาวโคเรียคในไซบีเรีย ตะวันออก เฉียง เหนือ ^{[ 280 ]}

เนื่องจากเป็นการยากที่จะระบุเห็ดที่ปลอดภัยได้อย่างแม่นยำโดยปราศจากการฝึกอบรมและความรู้ที่เหมาะสม จึงมักแนะนำให้สันนิษฐานว่าเห็ดป่าเป็นพิษและไม่ควรรับประทาน^{[ 281 ] [ 282 ]}

ในด้านการเกษตร เชื้อราอาจมีประโยชน์หากพวกมันแข่งขันกับ จุลินทรีย์ ก่อโรคเช่น แบคทีเรียหรือเชื้อราอื่นๆ อย่างแข็งขันเพื่อแย่งชิงสารอาหารและพื้นที่ผ่าน^{หลักการ}กีดกันการแข่งขัน [ ^{283 ]}หรือหากพวกมันเป็นปรสิตของจุลินทรีย์ก่อโรคเหล่านี้ ตัวอย่างเช่น เชื้อราบางชนิดสามารถกำจัดหรือยับยั้งการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์ก่อโรคพืชที่เป็นอันตราย เช่น แมลงไรวัชพืชไส้เดือนฝอยและเชื้อราอื่นๆ ที่ทำให้เกิดโรคในพืชผลทางการเกษตรที่สำคัญ[ 284 ] ^{สิ่งนี้ทำให้}เกิดความสนใจอย่างมากในการประยุกต์ใช้ในทางปฏิบัติที่ใช้เชื้อราเหล่านี้ในการควบคุมศัตรูพืชทางการเกษตร ทางชีวภาพ เชื้อราที่ก่อ โรคในแมลง สามารถใช้เป็นสารกำจัดศัตรู พืชทางชีวภาพ ได้ เนื่องจากพวกมันฆ่าแมลงอย่างแข็งขัน^{[ 285 ]}ตัวอย่างที่ใช้เป็นสารกำจัดแมลงทางชีวภาพได้แก่Beauveria bassiana , Metarhizium spp., Hirsutella spp., Paecilomyces ( Isaria ) spp. และLecanicillium lecanii ^{[ 286 ] [ 287 ]}เชื้อราเอนโดไฟต์ของหญ้าสกุลEpichloëเช่นE. coenophialaผลิตอัลคาลอยด์ที่เป็นพิษต่อสัตว์กิน พืชทั้งสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลังและสัตว์มีกระดูกสันหลังหลายชนิด อัลคาลอยด์เหล่านี้ช่วยปกป้องพืชหญ้าจาก การถูกสัตว์กินพืช กัดกินแต่เอนโดไฟต์อัลคาลอยด์หลายชนิดสามารถเป็นพิษต่อสัตว์ที่กินหญ้า เช่น วัวและแกะ^{[ 288 ]}การทำให้พันธุ์หญ้าเลี้ยงสัตว์หรือ หญ้าอาหารสัตว์ ติด เชื้อ ด้วย เอนโดไฟต์ Epichloëเป็นแนวทางหนึ่งที่ใช้ใน โครงการ ปรับปรุงพันธุ์หญ้าโดยจะคัดเลือกสายพันธุ์เชื้อราที่ผลิตเฉพาะอัลคาลอยด์ที่เพิ่มความต้านทานต่อสัตว์กินพืช เช่น แมลง ในขณะที่ไม่เป็นพิษต่อปศุสัตว์^{[ 289 ] [ 290 ]} 

เชื้อราบางชนิด โดยเฉพาะ เชื้อราที่ ทำให้เกิดการเน่าเปื่อยสีขาวสามารถย่อยสลายยาฆ่าแมลงสารกำจัดวัชพืชเพนตาคลอโรฟีนอลครีโอโซต น้ำมันดินจากถ่านหินและเชื้อเพลิงหนัก และเปลี่ยนให้เป็นคาร์บอนไดออกไซด์น้ำ และธาตุพื้นฐาน^{[ 291 ]}มีการแสดงให้เห็นว่าเชื้อราสามารถสร้าง แร่ชีวภาพจาก ยูเรเนียมออกไซด์ ซึ่งบ่งชี้ว่าอาจมีประโยชน์ในการบำบัดทางชีวภาพของพื้นที่ปนเปื้อนกัมมันตรังสี^{[ 292 ] [ 293 ] [ 294 ]}

นักวิจัยได้ค้นพบสิ่งสำคัญหลายอย่างในชีววิทยาโดยใช้เชื้อราเป็นแบบจำลองสิ่งมีชีวิต กล่าวคือ เชื้อราที่เจริญเติบโตและสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศได้อย่างรวดเร็วในห้องปฏิบัติการ ตัวอย่างเช่นสมมติฐานหนึ่งยีนหนึ่งเอนไซม์ถูกกำหนดขึ้นโดยนักวิทยาศาสตร์ที่ใช้ราขนมปังNeurospora crassaเพื่อทดสอบทฤษฎีทางชีวเคมีของพวกเขา^{[ 295 ]}เชื้อราแบบจำลองที่สำคัญอื่นๆ ได้แก่Aspergillus nidulansและยีสต์Saccharomyces cerevisiaeและSchizosaccharomyces pombeซึ่งแต่ละชนิดมีประวัติการใช้งานมายาวนานในการตรวจสอบประเด็นต่างๆ ในชีววิทยาของเซลล์ ยูคาริโอต และพันธุศาสตร์ เช่นการควบคุมวงจรเซลล์ โครงสร้าง โครมาตินและการควบคุมยีน แบบจำลอง เชื้อราอื่นๆ ได้เกิดขึ้นเพื่อตอบคำถามทางชีววิทยาเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับการแพทย์พยาธิวิทยาของพืชและการใช้งานทางอุตสาหกรรม ตัวอย่างได้แก่Candida albicansซึ่งเป็นเชื้อก่อโรคในมนุษย์แบบสองรูปแบบและฉวยโอกาส^{[ 296 ]} Magnaporthe griseaซึ่งเป็นเชื้อก่อโรคในพืช^{[ 297 ]}และPichia pastorisซึ่งเป็นยีสต์ที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในการผลิตโปรตีน ยูคาริโอ ต^{[ 298 ]}

เชื้อราถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการผลิตสารเคมีอุตสาหกรรม เช่นกรดซิตริกกรดกลูโคนิกกรดแลคติกและกรดมาลิก^{[ 299 ]}และเอนไซม์อุตสาหกรรมเช่นไลเปสที่ใช้ในผงซักฟอกชีวภาพ [ ^{300 ] เซลลูเล ส}ที่ใช้ในการผลิตเอทานอลจากเซลลูโลส^{[ 301 ]}และกางเกงยีนส์ฟอกสี [ ^{302 ]}และอะไมเลส [ ^{303 ] อิน}เวอร์เทสโปรตีเอสและไซลา^เนส^{[ 304 ]}